Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01013494.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig13527, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 5409--5439 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
5399 GTACGCAGTC
5409 TTCTTTTCTTTTCTTT
1 TTCTTTTC-TTTCTTT
5425 TTCTTTTCTTTCTTT
1 TTCTTTTCTTTCTTT
5440 GTTGCTGAAA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
15 7 0.47
16 8 0.53
ACGTcount: A:0.00, C:0.19, G:0.00, T:0.81
Consensus pattern (15 bp):
TTCTTTTCTTTCTTT
Found at i:7454 original size:325 final size:328
Alignment explanation
Indices: 6722--8251 Score: 1910
Period size: 325 Copynumber: 4.7 Consensus size: 328
6712 GCCCCGGAAC
* * * * *
6722 CCGAAAGATTTTTCCTTAATTTTGAACCTCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGACAGAA
1 CCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA
* * * * * **
6787 AGATTGAAGGGCCTTTCAGGCGTCTAATATCATTTTCTTTCAATT-TTTTCCGTATTAATTTCCG
66 AGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCA-TTT-TTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTA
* * * * * *
6851 ATTAAATCGAAACATGATTCGGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATT
129 ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGATATT
* * * *
6916 TGG-GATGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGGCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGG
194 TGGTTA-GATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG
* * ** *
6980 GGCCCCGG-ACGGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTAAAATTTTG
258 GGCCCCGGAAC-GCGTTTTTAGCCAAAAACC---AT-GATAGTACACGATTTCACTAAAATTTTA
7044 CAAAAATTGAT
318 CAAAAATTGAT
* *
7055 CCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACTGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTTAACGCCAAAA
1 CCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA
* * * *
7120 AGATTGAAGGGCTTCTCACGCTCCTAATACCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATCTCTAAT
66 AGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAAT
* * * **
7185 TAAATAGAAAAAAGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAAATATTTG
131 TAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGATATTTG
*
7250 TTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCC-AAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGC
196 GTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGC
* ** *
7314 CCGGGAACGCGTTTTTAGGGAAAAACCATGAT-G-ACACGATTTCAACAAAAATTTTACAAAAAT
261 CCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATAGTACACGATTTC-ACTAAAATTTTACAAAAAT
*
7377 TGAC
325 TGAT
* * * *
7381 CCGAAAGATTTTT-CTCAATTTTTATCCGCAATTCTCGTAAAAAACATATAATTCAACGCCAGAA
1 CCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA
* * ** *
7445 AGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCAAATATCATTTTTTCAATAT-TTTCCCGAATTGGTTTCTAT
66 AGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAAT-TCTTTCCCGAATTAATTTCTAA
* *
7509 TTAAATCGAAATAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGATATTT
130 TTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGATATTT
* * * *
7574 GGTT-GATTAATACAGATATTTCAATGAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAGGG
195 GGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGG
* * **
7638 CCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCATGATGGTTATAGTA-AGCGATTTCGGTAAAATTTTA
260 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-C--CAT-G--ATAGTACA-CGATTTCACTAAAATTTTA
7702 CAAAAATTGAT
318 CAAAAATTGAT
*
7713 CCGAAAGATTTTTCCTCAATTATTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA
1 CCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA
* * *
7778 AGATTGAAGGGCTTTTTGACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCAAATTTATTTCTAA
66 AGATTGAAGGGC-TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAA
* * *
7843 TTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCAT-AATCCATTGTGGCTGAGATTA
130 TTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGATATTT
** * * *
7907 GGGAAGATTAATACAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGGG
195 GGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGG
* * **
7972 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC--G-T-GT-C-C-ATGT-ACGTACACGATTTCGGCAA
260 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATAGTACACGATTTCAC-TA-A-AATTT-TACAA
8029 AAATTGAT
321 AAATTGAT
* * * *
8037 CCGAAAGATTTTTCTTCAATTTTTAACTGCAATACTCGTAAAAAATTGTATAATTCAATGCCAAA
1 CCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAA-TATATAATTCAACGCCAAA
*
8102 AAGATTGAAGGGCTTTTCACGATTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAA
65 AAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAA
* * * * * *
8167 TTAAATCGAAACAAGATTCAGATTATCATAAAAATAAATCTTTAGATCCATTGTGGCTGGTATTT
130 TTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGATATTT
8232 GGTTAGATTAATATAGATAT
195 GGTTAGATTAATATAGATAT
8252 GATTCAGATG
Statistics
Matches: 1044, Mismatches: 127, Indels: 60
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
321 5 0.00
322 2 0.00
323 4 0.00
324 173 0.17
325 282 0.27
326 34 0.03
327 2 0.00
328 5 0.00
329 1 0.00
331 55 0.05
332 142 0.14
333 172 0.16
334 167 0.16
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (328 bp):
CCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA
AGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAAT
TAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGATATTTG
GTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGC
CCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATAGTACACGATTTCACTAAAATTTTACAAAAATT
GAT
Found at i:7708 original size:658 final size:658
Alignment explanation
Indices: 6722--8251 Score: 1928
Period size: 658 Copynumber: 2.3 Consensus size: 658
6712 GCCCCGGAAC
* * * * *
6722 CCGAAAGATTTTTCCTTAATTTTGAACCTCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGACAGAA
1 CCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA
* * * * * * **
6787 AGATTGAAGGGCCTTTCAGGCGTCTAATATCATTTTCTTTCAATT-TTTTCCGTATTAATTTCCG
66 AGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAATATCA-TTT-TTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTA
* * * * * *
6851 ATTAAATCGAAACATGATTCGGATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATT
129 ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAA-AAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGATATT
* * **
6916 TGG-GATGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGGCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CTG
193 TGGTTA-GATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-G
*
6979 GGGCCCCGG-ACGGCGTTTTTAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTAAAATTTT
256 GGGCCCCGGAAC-GCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTAAAATTTT
*
7043 GCAAAAATTGATCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACTGCAATACTCGTAAAAAATATATAAT
320 GCAAAAATTGATCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAAT
* * * * *
7108 TTAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTCTCACGCTCCTAATACCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAA
385 TCAACGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAA
* * * * *
7173 TTAATCTCTAATTAAATAGAAAAAAGATTCTGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGT
450 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGT
** * **
7238 GGCAAATATTT-GTTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCC-AAAATCATGCAAA
515 GGCTGAGATTTGGGAT-GATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAA
* * ** * ***
7301 ACTGAGCCGGGGCCCGGGAACGCGTTTTTAGGGAAAAACCATGATG-ACACGATTTCAACAAAAA
579 ACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGTACACGATTTC-GGTAAAA
* *
7365 TTTTACAAAAATTGAC
643 TTTTGCAAAAATTGAT
* * * *
7381 CCGAAAGATTTTT-CTCAATTTTTATCCGCAATTCTCGTAAAAAACATATAATTCAACGCCAGAA
1 CCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA
* ** *
7445 AGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCAAATATCATTTTTTCAATAT-TTTCCCGAATTGGTTTCTAT
66 AGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAAT-TCTTTCCCGAATTAATTTCTAA
* *
7509 TTAAATCGAAATAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAGATATTT
130 TTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAA-AAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGATATTT
* * * *
7574 GGTT-GATTAATACAGATATTTCAATGAGTTTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAGGG
194 GGTTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGG
* * * *
7638 CCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCATGATGGTTATAGTA-AGCGATTTCGGTAAAATTTTA
259 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG-T-TAGTACA-CGATTTCGGTAAAATTTTG
*
7702 CAAAAATTGATCCGAAAGATTTTTCCTCAATTATTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATT
321 CAAAAATTGATCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATT
* * *
7767 CAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTTGACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCAAA
386 CAACGCCAAAAAGATTGAAGAGC-TTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAA
*
7832 TTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCAT-AATCCATTGT
450 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGT
* * *
7896 GGCTGAGATTAGGGAAGATTAATACAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAA
515 GGCTGAGATTTGGGATGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAA
* * *
7961 CAGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC--G-TGT-C-C-ATGTAC-GTACACG
580 CTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGTACACGAT-TTCGGTA-A-A
*
8019 ATTTCGGCAAAAATTGAT
642 ATTT-TGCAAAAATTGAT
* * * *
8037 CCGAAAGATTTTTCTTCAATTTTTAACTGCAATACTCGTAAAAAATTGTATAATTCAATGCCAAA
1 CCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAA-TATATAATTCAACGCCAAA
* *
8102 AAGATTGAAGGGCTTTTCACGATTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAA
65 AAGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAA
* * * * *
8167 TTAAATCGAAACAAGATTCAGATTATCATAAAAATAAATCTTTAGATCCATTGTGGCTGGTATTT
130 TTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAA-AAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGATATTT
8232 GGTTAGATTAATATAGATAT
194 GGTTAGATTAATATAGATAT
8252 GATTCAGATG
Statistics
Matches: 756, Mismatches: 95, Indels: 40
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
653 1 0.00
654 3 0.00
655 7 0.01
656 114 0.15
657 109 0.14
658 362 0.48
659 160 0.21
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (658 bp):
CCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA
AGATTGAAGGACTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAAT
TAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAAAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGATATTTGG
TTAGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCC
CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTAAAATTTTGCAAAA
ATTGATCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACG
CCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATT
TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGA
GATTTGGGATGATTAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGT
CGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGTACACGATTTCGGTAAAATTTTGCAA
AAATTGAT
Found at i:8303 original size:71 final size:71
Alignment explanation
Indices: 8181--8322 Score: 189
Period size: 71 Copynumber: 2.0 Consensus size: 71
8171 ATCGAAACAA
* * * * * *
8181 GATTCAGATTATCATAAAAATAAATCTTTAGATCCATTGTGGCTGGTATTT-GGTTAGATTAATA
1 GATTCAGATGATCACAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGGTATTTGGGAT-GATTAATA
8245 TAGATAT
65 TAGATAT
*
8252 GATTCAGATGATCGCAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAG-ATTTGGGATGATTAATA
1 GATTCAGATGATCACAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTG-GTATTTGGGATGATTAATA
8316 TAGATAT
65 TAGATAT
8323 TTCAATGAGT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 7, Indels: 4
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
71 58 0.94
72 4 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (71 bp):
GATTCAGATGATCACAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGGTATTTGGGATGATTAATAT
AGATAT
Found at i:8870 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 8252--10775 Score: 4173
Period size: 332 Copynumber: 7.6 Consensus size: 332
8242 ATATAGATAT
* *
8252 GATTCAGATGATCGCAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATAT
1 GATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATAT
*
8317 AGATATTTCAATGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTT
66 AGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTT
8382 TTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAA
131 TTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAA
* *
8447 GATTTTTCCTCAAGTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAGTATATAATTCAACGCCAAAAAGATTG
196 GATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTG
* **
8512 AAGAGCTATTCACGCTTCTAATATCATTTTTAGAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
261 AAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
8577 GAAACAA
326 GAAACAA
* *
8584 GATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATGAATAT
1 GATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATAT
*
8649 AGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCTCCCGGAACGCGT
66 AGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGGGC-CCCGGAACGCGT
*
8714 TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAA
130 TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAA
* * *
8779 AGATTTTTCCACAATTTTTAACCGCAATACCCGTAGAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATT
195 AGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATT
* ** *
8844 GAAGAGCTTTTCACGCTTAT-ATATCATTTTTAGAATTCTTTCCCGAATAAATTTCTAATTAAAT
260 GAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
8908 CGAAACAA
325 CGAAACAA
* * * *
8916 GATTCAGATGATCGTAAAAA-ATTAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTG-TATTT-GGTTACATTA
1 GATTCAGATGATCGTAAAAACA--AATCCATAAATCCATTGTGGC-TGAGATTTGGGAT-GATTA
*
8978 ATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGGGCCCCGGAACG
62 ATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGGGCCCCGGAACG
*
9043 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGATC
127 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG-TAAAATTTTGCAAAAATTGATC
*
9108 CGAAAGATTTTTCCTCAATTTATAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA
191 CGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA
* * *
9173 GATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATTATTTTTTCAATTCATTCCCGAATTAATTTCTAGTT
256 GATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATT
9238 AAATCGAAACAA
321 AAATCGAAACAA
*
9250 GATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGCTTAATAT
1 GATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATAT
*
9315 AGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCACAAA-TGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGT
66 AGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCA-AAACAGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGT
* * *
9379 TTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G-AACGTACACGATTTCGGTAAAATTTTGCAAAATTTGATCTGA
130 TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA-GTACACGATTTCGGTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGA
* ** *
9442 AAGAGTTTTCCTCAATAATTAACCGCAATACCCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGAT
194 AAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGAT
* **
9507 TGAAGGGCTTTTCACGCTTCT-ATATCATTTTTAGAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAA
259 TGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAA
9571 TCGAAACAA
324 TCGAAACAA
* * * *
9580 GATTCAGATGATCGTAAAAA-ATAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTG-TATTT-GGTTACATTAA
1 GATTCAGATGATCGTAAAAACA-AATCCATAAATCCATTGTGGC-TGAGATTTGGGAT-GATTAA
*
9642 TATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGGGCCCCGGAACGC
63 TATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGGGCCCCGGAACGC
* *
9707 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-G---GTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCGAAAATTGATCC
128 GTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG-TAAAATTTTGCAAAAATTGATCC
*
9768 -AAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACCCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAG
192 GAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAG
9832 ATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTA
257 ATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTA
*
9897 AATCGAAACCA
322 AATCGAAACAA
* *
9908 GATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCTTTGTGGCTGAGATTTGGGATGTTTAATAT
1 GATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATAT
9973 AGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTT
66 AGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTT
*
10038 TTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTCCACGATTTCGGTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAA
131 TTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAA
10103 GATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTG
196 GATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTG
10168 AAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
261 AAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
10233 GAAACAA
326 GAAACAA
* * *
10240 GATTCAGATGATCGTAAAAATAAATCCATAAACCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGTTTAATAT
1 GATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATAT
*
10305 AGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTT
66 AGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTT
*
10370 TTTAGCCAAAAACCGTGATGGATAGTACACGATTTCGGTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAA
131 TTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAA
*
10435 GATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAGATTG
196 GATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTG
*
10500 AAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCTCGAATTAATTTCTAATTAAATC
261 AAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
*
10565 GAAACCA
326 GAAACAA
* *
10572 GATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTAGGGATGTTTAATAT
1 GATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATAT
* * * * *
10637 AGATATTTCAATGAGTTTTGGTGCCAAAAATCATACACAAA-TGAGTTGGGGCCCCGGAACGCGT
66 AGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCA-AAACAGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGT
*
10701 TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTAAAATTTTGCAAAATTTGATCCCGA
130 TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTAAAATTTTGCAAAAATTGAT-CCG-
10766 AAAGATTTTT
193 AAAGATTTTT
10776 T
Statistics
Matches: 2061, Mismatches: 102, Indels: 56
0.93 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
327 99 0.05
328 201 0.10
329 12 0.01
330 177 0.09
331 127 0.06
332 904 0.44
333 456 0.22
334 84 0.04
335 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (332 bp):
GATTCAGATGATCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATAT
AGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTT
TTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAA
GATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTG
AAGAGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
GAAACAA
Done.