Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01013497.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig13530, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3520
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Found at i:3497 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 1--3520 Score: 5077
Period size: 332 Copynumber: 10.6 Consensus size: 332
* * * *
1 ATATATTTTTTACGAGTATGGCGGTTAAAAATTGCGGTAAAATCTTTCGGGTCAATTGTTACAAA
1 ATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGTAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAA
* * * * *
66 ATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTTGCTAAAAACACGTTCCGAGACCCCGG
66 ATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGG
* *
131 CTCAGTTTTGCGTGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATAA
131 CTCAGTTTTGCGTGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATAT
* * * *
196 CAACCACAATAGATTTAAGGATTTATTTTTACGATCATCTGAAT-TTGTTTCGATTTAAATAGAA
196 CAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* * * *
260 ATTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGCGAAAAGCTCTTCAATCTTTCTGGTG
261 ATTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCG
325 TTGAATT
326 TTGAATT
* * * * *
332 ATATATTTTATACGAGTATTGCGGTTCAAAATTGAGGAAAAATATTTC-GGTCAATTATTGCAAA
1 ATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGTAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAA
* * *
396 ATTTTTTGCCGAAATCGTG---T-A-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGACTCG
66 A-TTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCG
* ** *
456 ACTCAGTTTTGAATGATTTTTGGGGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATA
130 GCTCAGTTTTGCGTGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATA
521 TCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
195 TCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
*
586 AATTAATTCGAGAAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGG
260 AATTAATTCG-GGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGG
651 CGTTGAATT
324 CGTTGAATT
* *
660 ATATATTTTTTACGAGT-TTGGCGGTTAAAGATTGCGGTAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAA
1 ATATATTTTTTACGAGTATT-GCGGTTAAAAATTGAGGTAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAA
* * *
724 AATTTTTGCCGAAATCGTGTA-TAAACTATCACGGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCCGGGACCC
65 AATTTTTGCCGAAATCGTGTACT-AACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCC
* *
788 CGGCTCAGTTTTG-GATGATTTTTGTCGCCAAGACTTATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAA
128 CGGCTCAGTTTTGCG-TGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAA
*
852 ATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCCGAATCTTGTTTCGATTTAATT
192 ATATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATT
*
917 AGAAATTAATTCGGGAAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAATCTTTT
257 AGAAATTAATTCGGG-AAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTT
982 TGGCGTTGAA-T
321 TGGCGTTGAATT
* * * *
993 ACTATATTTTTTACGAGTATGGCGGTTAAAAATTGATGTAAAACCTTTCGGGTCAATTTTAGCAA
1 A-TATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGTAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAA
* * *
1058 AATTTTTGCCGAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGAGACCCC
65 AATTTTTGCCG-AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCC
*
1123 GGCTCAGTTTTGCGTGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAAT
129 GGCTCAGTTTTGCGTGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAAT
* * * *
1188 AACAACCACAATAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAAT-TTGTTTCGATTTAAATAG
194 ATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
*
1252 AAATTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGG
259 AAATTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGG
*
1317 TGTTGAATT
324 CGTTGAATT
* * * **
1326 ATATATTTTATACGAGTATTGCGGTTAAAAATTAAGGAAAAATCTTTCGGGTCTGTTTTTG-AAA
1 ATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGTAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAA
* * *
1390 ATTTTTTGCAGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCCGGGGCGCCG
66 A-TTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCG
*
1455 GCTCAGTTTTGGGTGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATA
130 GCTCAGTTTTGCGTGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATA
* * * *
1520 ACAACCACAATAGATTTAAGGATTTATTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
195 TCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
*
1585 AATTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGC
260 AATTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGC
*
1650 GTTGAATA
325 GTTGAATT
* * * *
1658 ATATATTTTTTACGAGTATGGCGGTTAAAGATTGCGGTAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAA
1 ATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGTAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAA
* * **
1723 ATTTTTGCCGAAAATCGTG---T-ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGAGACCCAA
66 ATTTTTGCCG-AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCG
*
1784 GCTCAGTTTTGCGTGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATA
130 GCTCAGTTTTGCGTGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATA
* * * *
1849 ACAACCACAATAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAAT-TTGTTTCGATTTAAATAGA
195 TCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
* * ** *
1913 AATTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGATGCGCGAAAAGCTTTTCAATCTTTTTGGT
260 AATTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGC
1978 GTTGAATT
325 GTTGAATT
* * * * * ** *
1986 TTATATTTTATATGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTACGGGTCTGTATTTG-AAA
1 ATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGTAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAA
*
2050 ATTTTTGCCAGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCCGGGG-CCCG
66 ATTTTTGCC-GAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCG
* *
2114 GCTCAGTTTTGGGTGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCGAATA
130 GCTCAGTTTTGCGTGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATA
* * * *
2179 ACAACCACAATAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAAT-TTGTTTCGATTTAAATAGA
195 TCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
*
2243 AATTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGAGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGC
260 AATTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGC
2308 GTTGAATT
325 GTTGAATT
* * * *
2316 ATATACTTTTTACGAGTATAGCGGTTAAAAATTGCGGTAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAA
1 ATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGTAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAA
* * * * *
2381 ATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATTACGGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGAGACCCCG
66 ATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCG
* * * *
2446 GCTTAGTTTTGCGTAATTTTTTGCCCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATA
130 GCTCAGTTTTGCGTGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATA
2511 TCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
195 TCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA
* * * * * * *
2576 AATTAATTCTGGAAAGAAATG-TAAAATGATATTAGAAGCGTAAAAAGCCTTTCAATCATTTTGA
260 AATTAATTCGGGAAA-AATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGG
2640 CGTTGAATT
324 CGTTGAATT
* * * *
2649 ATATATTTTTTACTAGTATTGCGGTTAAAAATTAAAG-AGAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAA
1 ATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGTA-AAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAA
* * ** *
2713 AATTGTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTAACTAAAAACGCGTTCC-TGGCCCCG
65 AATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCG
* * * * *
2777 GCTTAGTTTTGCATGATTTTGGGCTCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAAT-TATCCCAAAT
130 GCTCAGTTTTGCGTGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTA-ACCAAAT
*
2841 CTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
194 ATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
* * *
2906 AAATTAATTCGGGAAAGAATTGAAAAAATAATATTAGAAGCATGAAAAGCCCTTCAATCATTTTG
259 AAATTAATTCGGGAAA-AATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTG
2971 GCGTTGAATT
323 GCGTTGAATT
* * *
2981 ATATGTTTTTTACGAGTATTACGATTAAAAATTGAGG-ATAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAA
1 ATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGTA-AAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAA
* **
3045 AATTTTTGCCGAAATCGTGTACAAACCATCACATTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCG
65 AATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCG
* * * *
3110 GCTCAGTTTTAG-ATGATTTTTGGTGCCAAGACTCATTGAAATATCTACATTAATC-ATCCCAAA
130 GCTCAGTTTT-GCGTGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTA-ACCAAA
* * *
3173 TCTCAGCCAAAATGGATTTAAGGGTTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA
193 TATCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA
3238 GAAATTAATTCGGGAAAGAATTGAAAAAATGATA-TAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTT
258 GAAATTAATTCGGGAAA-AATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTT
3302 GGCGTTGAATT
322 GGCGTTGAATT
* * * * * * *
3313 ATATGTTTTTTACGAGTATTGCGATAAAAAATTGAGGGAAAACCTTTCGGGTAAACTTTTGCAAA
1 ATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGTAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAA
* * * * * *
3378 AATTTTACCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAGAAACGCGTTCTGGGGCCCCGA
66 ATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGG
* *
3443 CTCAGTTTTAG-ATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATC-ATCCCAAAT
131 CTCAGTTTT-GCGTGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTA-ACCAAAT
*
3506 CTCAGCCACAATGGA
194 ATCAGCCACAATGGA
Statistics
Matches: 2896, Mismatches: 253, Indels: 79
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
326 132 0.05
327 51 0.02
328 249 0.09
329 158 0.05
330 288 0.10
331 431 0.15
332 771 0.27
333 376 0.13
334 417 0.14
335 22 0.01
336 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (332 bp):
ATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGTAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAA
ATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGG
CTCAGTTTTGCGTGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATAT
CAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAA
ATTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCG
TTGAATT
Done.