Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01013572.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig13605, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 32516
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.18, T:0.30
Found at i:224 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 192--239 Score: 87
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
182 AGTTAAAAAT
192 TTAGAAAGTTAGAAATGATTTGAG
1 TTAGAAAGTTAGAAATGATTTGAG
*
216 TTAGAAAGTTAGAAATTATTTGAG
1 TTAGAAAGTTAGAAATGATTTGAG
240 AGAACTTTGA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 23 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.00, G:0.23, T:0.35
Consensus pattern (24 bp):
TTAGAAAGTTAGAAATGATTTGAG
Found at i:895 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 884--927 Score: 88
Period size: 6 Copynumber: 7.3 Consensus size: 6
874 ATTTTTCTTC
884 TTAAAA TTAAAA TTAAAA TTAAAA TTAAAA TTAAAA TTAAAA TT
1 TTAAAA TTAAAA TTAAAA TTAAAA TTAAAA TTAAAA TTAAAA TT
928 TTTTGTGCGA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 38 1.00
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (6 bp):
TTAAAA
Found at i:5524 original size:22 final size:23
Alignment explanation
Indices: 5479--5525 Score: 62
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
5469 TTTAAGAGAT
*
5479 GAGTTCAATTTATCTAGACAAAA
1 GAGTTCAATTCATCTAGACAAAA
5502 GAGTTCAATTGCATC-A-ACAAAA
1 GAGTTCAATT-CATCTAGACAAAA
5524 GA
1 GA
5526 ACAATGTCAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 3
0.85 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
22 8 0.36
23 11 0.50
24 3 0.14
ACGTcount: A:0.45, C:0.15, G:0.15, T:0.26
Consensus pattern (23 bp):
GAGTTCAATTCATCTAGACAAAA
Found at i:8485 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 8478--8518 Score: 64
Period size: 2 Copynumber: 19.5 Consensus size: 2
8468 GGTAGTTGGA
8478 AT AT AT AT AT GACT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT -A-T AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
8519 GTCAAGGGAT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 0, Indels: 4
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
2 34 0.92
3 2 0.05
4 1 0.03
ACGTcount: A:0.49, C:0.02, G:0.02, T:0.46
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:11543 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 11523--11551 Score: 58
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 15
11513 TTTGTATTAC
11523 AAATAATAATAATAT
1 AAATAATAATAATAT
11538 AAATAATAATAATA
1 AAATAATAATAATA
11552 CGAACAATTT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.69, C:0.00, G:0.00, T:0.31
Consensus pattern (15 bp):
AAATAATAATAATAT
Found at i:18011 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 17973--18010 Score: 53
Period size: 5 Copynumber: 8.0 Consensus size: 5
17963 CTTTTTGGGG
*
17973 GTTTT -TTTT GTTTT ATTTT GTTTT GTTTT GTTTT -TTTT
1 GTTTT GTTTT GTTTT GTTTT GTTTT GTTTT GTTTT GTTTT
18011 TATAATTAGA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 3
0.86 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
4 8 0.27
5 22 0.73
ACGTcount: A:0.03, C:0.00, G:0.13, T:0.84
Consensus pattern (5 bp):
GTTTT
Found at i:18378 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 18353--18392 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
18343 CTATTTTTGA
*
18353 ATGATATATATATATATTATG
1 ATGATATATAT-TACATTATG
18374 ATGATATATATTACATTAT
1 ATGATATATATTACATTAT
18393 TAGGTGTGGA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 7 0.39
21 11 0.61
ACGTcount: A:0.42, C:0.03, G:0.07, T:0.47
Consensus pattern (20 bp):
ATGATATATATTACATTATG
Found at i:18426 original size:19 final size:20
Alignment explanation
Indices: 18402--18449 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 20
18392 TTAGGTGTGG
18402 AAACAAGTATACACATGCA-
1 AAACAAGTATACACATGCAT
*
18421 AAACAA--ATA-ACATGTAT
1 AAACAAGTATACACATGCAT
18438 AAACAAGTATAC
1 AAACAAGTATAC
18450 CCACATTAAA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 7
0.75 0.03 0.22
Matches are distributed among these distances:
16 6 0.25
17 9 0.38
19 9 0.38
ACGTcount: A:0.56, C:0.17, G:0.08, T:0.19
Consensus pattern (20 bp):
AAACAAGTATACACATGCAT
Found at i:30596 original size:47 final size:46
Alignment explanation
Indices: 30538--31172 Score: 880
Period size: 47 Copynumber: 13.7 Consensus size: 46
30528 ACTTCTTCTT
*
30538 TTAGTTTAATTACCTA-AGATTAAACTAATCTTTCCTTCTTCTACTAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGA-ATTAAACTAAT-TTTCCTTCTTTTACTAC
* *
30585 TTAGTTTAATTACCTA-AGATTAAACTAGTTTCTTCTTCTTTTACTAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGA-ATTAAACTAATTT-TCCTTCTTTTACTAC
* *
30632 TTAGTTTAATTACTTAGAATTAAACTAATCTCTT-C-TCCTTT--TAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAAT-T-TTCCTTCTTTTACTAC
* *
30676 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAGAA-GAATTTCTCCCT-TTTTACTAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTA-AACTAATTT-TCCTTCTTTTACTAC
30722 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTCCTTCTTTTACTAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTT-TCCTTCTTTTACTAC
* *
30769 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAAATTCTT-CTTCTTTTACCAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAA-CTAATT-TTCCTTCTTTTACTAC
*
30816 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTCATTCTTTTACTAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTT-TCCTTCTTTTACTAC
*
30863 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTCTCCTTCTTTTACTAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTTCCTTCTTTTACTAC
*
30909 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAAATTCTT-CTTCTTTTACTAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAA-CTAATT-TTCCTTCTTTTACTAC
30956 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTCCTTCTTTTACTAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTT-TCCTTCTTTTACTAC
*
31003 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTCTCCTTCTTTTACTAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTTCCTTCTTTTACTAC
* *
31049 TTAGTGTAATTACCTAGAATTAAACCAAATTCTT-CTTCTTTTACTAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAA-CTAATT-TTCCTTCTTTTACTAC
31096 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTCTT-CTTCTTTTACTAC
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATT-TTCCTTCTTTTACTAC
*
31142 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAATTT
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTT
31173 CTTTTTCTTC
Statistics
Matches: 538, Mismatches: 28, Indels: 46
0.88 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
42 1 0.00
43 2 0.00
44 31 0.06
45 8 0.01
46 180 0.33
47 303 0.56
48 11 0.02
49 2 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.05, T:0.46
Consensus pattern (46 bp):
TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTTCCTTCTTTTACTAC
Found at i:30896 original size:140 final size:140
Alignment explanation
Indices: 30538--31171 Score: 1018
Period size: 140 Copynumber: 4.5 Consensus size: 140
30528 ACTTCTTCTT
*
30538 TTAGTTTAATTACCTA-AGATTAAACTAATCTT-TCCTTCTTCTACTACTTAGTTTAATTACCTA
1 TTAGTTTAATTACCTAGA-ATTAAACTAAT-TTCTCCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTA
* * * *
30601 -AGATTAAACTAGTTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACTTAGAATTAAA-CTAATCTC
64 GA-ATTAAACTA-ATTCTCCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAAAT-TC
*
30664 TTC-TCCTTT--TAC
126 TTCTTCTTTTACTAC
* *
30676 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAGAA-GAATTTCTCCCT-TTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAG
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTA-AACTAATTTCTCCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAG
30739 AATTAAACTAATTTCTCCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAAATTCTTC
65 AATTAAACTAA-TTCTCCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAAATTCTTC
*
30804 TTCTTTTACCAC
129 TTCTTTTACTAC
*
30816 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTCATTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTCCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
30881 ATTAAACTAATTCTCCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAAATTCTTCTT
66 ATTAAACTAATTCTCCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAAATTCTTCTT
30946 CTTTTACTAC
131 CTTTTACTAC
30956 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTCCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTCCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
*
31021 ATTAAACTAATTCTCCTTCTTTTACTACTTAGTGTAATTACCTAGAATTAAACCAAATTCTTCTT
66 ATTAAACTAATTCTCCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAAATTCTTCTT
31086 CTTTTACTAC
131 CTTTTACTAC
*
31096 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAA-TTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTCCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
*
31160 ATTAAACCAATT
66 ATTAAACTAATT
31172 TCTTTTTCTT
Statistics
Matches: 468, Mismatches: 17, Indels: 21
0.92 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
137 80 0.17
138 37 0.08
139 51 0.11
140 263 0.56
141 37 0.08
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.05, T:0.45
Consensus pattern (140 bp):
TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTCCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
ATTAAACTAATTCTCCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAAATTCTTCTT
CTTTTACTAC
Found at i:31175 original size:93 final size:93
Alignment explanation
Indices: 30538--31181 Score: 948
Period size: 93 Copynumber: 6.9 Consensus size: 93
30528 ACTTCTTCTT
*
30538 TTAGTTTAATTACCTA-AGATTAAACTAA-TCTTTCCTTCTTCTACTACTTAGTTTAATTACCTA
1 TTAGTTTAATTACCTAGA-ATTAAACTAATTC-TT-CTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTA
* *
30601 -AGATTAAACTAGTTTCTTCTTCTTTTACTAC
63 GA-ATTAAACCAATTTCTTCTTCTTTTACTAC
* *
30632 TTAGTTTAATTACTTAGAATTAAACTAATCTCTTC-TCCTTT--TACTTAGTTTAATTACCTAGA
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAAT-TCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
* * *
30694 ATTAGAA-GAATTTCTCCCT-TTTTACTAC
65 ATTA-AACCAATTTCTTCTTCTTTTACTAC
*
30722 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTCCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAA-TTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
* *
30787 ATTAAACCAAATTCTTCTTCTTTTACCAC
65 ATTAAACCAATTTCTTCTTCTTTTACTAC
30816 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATT-TCTCATTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAG
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTCT-TC-TTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAG
* *
30880 AATTAAACTAA-TTCTCCTTCTTTTACTAC
64 AATTAAACCAATTTCTTCTTCTTTTACTAC
*
30909 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAAATTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAA-CTAATTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
* *
30974 ATTAAACTAATTTCTCCTTCTTTTACTAC
65 ATTAAACCAATTTCTTCTTCTTTTACTAC
* *
31003 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTCTCCTTCTTTTACTACTTAGTGTAATTACCTAGAA
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAA
*
31068 TTAAACCAAATTCTTCTTCTTTTACTAC
66 TTAAACCAATTTCTTCTTCTTTTACTAC
31096 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAA
1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAA
*
31161 TTAAACCAATTTCTTTTTCTT
66 TTAAACCAATTTCTTCTTCTT
31182 CCTTAGAATT
Statistics
Matches: 504, Mismatches: 30, Indels: 33
0.89 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
90 40 0.08
91 37 0.07
92 6 0.01
93 265 0.53
94 150 0.30
95 4 0.01
96 2 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.05, T:0.46
Consensus pattern (93 bp):
TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAA
TTAAACCAATTTCTTCTTCTTTTACTAC
Done.