Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01013584.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig13617, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 867

Length: 1446
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34


Found at i:870 original size:331 final size:330

Alignment explanation


    Indices: 2--1446  Score: 2227
    Period size: 331  Copynumber: 4.4  Consensus size: 330

          1 G

                                     *                                       
          2 TTTCCACAATTTTTTGCCAGAACTACCAT-AAAAATATATAATTCAAAGTCAAAAAGATTGAAGG
          1 TTTCCACAATTTTTTGCCA-AACTATCATAAAAAATATATAATTCAAAGTCAAAAAGATTGAAGG

                      **                            *  *           *  *     *
         66 GTTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTTCAATTTTTTTTCAGAGTTAATTTCAAACTATATCGAT
         65 GTTTTTCACGCATCTAATATCG-TTTTTCAA-TTTTTTTCTGAATTAATTTCAAATTAAATCGAA

                         *                             *        *            
        131 ACATGATTCCGATGCTCGTAAATAAAAATCCTTAAATCTAATTTGGATGAGATTTGGTTAAATGA
        128 ACATGATTCCGATTCTCGTAAATAAAAATCCTTAAATCTAATTAGGATGAGACTTGGTTAAATGA

                           *                                     *           
        196 ATATAGATATTTCAAAGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAACGC
        193 ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAACGC

                                       *                                     
        261 GTTCTTAGCTTAAAACCGTGATGGATAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGATCC
        258 GTTCTTAGCTTAAAACCGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGATCC

            *       
        326 GAAAAATT
        323 CAAAAATT

                 *   *           * *                         *         *     
        334 TTTCCTCAAATTTTTGCCAAATTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGTAAAAAAGATTAAAGGG
          1 TTTCCACAATTTTTTGCCAAACTATCATAAAAAATATATAATTCAAAGTCAAAAAGATTGAAGGG

                     **                          *  *           *  *     *   
        399 TTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTCAGAGTTAATTTCAAACTATATCGATACA
         66 TTTTTCACGCATCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTCTGAATTAATTTCAAATTAAATCGAAACA

                                                    *  *     *               
        464 TGATTCCGATTCTCGTAAATAAAAATCCTTAAATCTAATTTGGCTGAGATTTGGTTAAATGAATA
        131 TGATTCCGATTCTCGTAAATAAAAATCCTTAAATCTAATTAGGATGAGACTTGGTTAAATGAATA

                                 *                     *   *                 
        529 TAGATATTTCAAGGAGTCTTCATGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTTGGGGCCCCGAACGCGTT
        196 TAGATATTTCAAGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAACGCGTT

            *                                                  *    *        
        594 TTTAGCTTAAAACCGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCACAAATTGATCCCAA
        261 CTTAGCTTAAAACCGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGATCCCAA

                 
        659 AAATT
        326 AAATT

                                                                          *  
        664 TTTCCACAATTTTTTGCCACAACTATCATAAAAAATATATAATTCAAAGTCAAAAAGATTGACGG
          1 TTTCCACAATTTTTTGCCA-AACTATCATAAAAAATATATAATTCAAAGTCAAAAAGATTGAAGG

                    *                                                        
        729 GTTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTCTGAATTAATTTCAAATTAAATCGAAAC
         65 GTTTTTCACGCATCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTCTGAATTAATTTCAAATTAAATCGAAAC

                                                                        *    
        794 ATGATTCCGATTCTCGTAAA-AACAAATCCTTAAATCT-ATATAGGATGAGACTTGGTTAGATGA
        130 ATGATTCCGATTCTCGTAAATAA-AAATCCTTAAATCTAAT-TAGGATGAGACTTGGTTAAATGA

                            *                     *                          
        857 ATATAGATATTTCAAGAAGTCTTCGTGCCAAAAATCATACAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAACGC
        193 ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAACGC

                                              *                        *     
        922 GTTCTTAGCTTAAAACCGTGATGGATAGTACACGGTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCC
        258 GTTCTTAGCTTAAAACCGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGATCC

                    
        987 CAAAAATT
        323 CAAAAATT

                                                                          *  
        995 TTTCCACAATTTTTTGCCACAACTATCATAAAAAATATATAATTCAAAGTCAAAAAGATTGACGG
          1 TTTCCACAATTTTTTGCCA-AACTATCATAAAAAATATATAATTCAAAGTCAAAAAGATTGAAGG

                                                  *                          
       1060 GTTTTTCACGCATCTAATATCGTTTTT-AACTTTTTTTATGAATTAATTTCAAATTAAATCGAAA
         65 GTTTTTCACGCATCTAATATCGTTTTTCAA-TTTTTTTCTGAATTAATTTCAAATTAAATCGAAA

                         *                                               *   
       1124 CATGATTCCGATTGTCGTAAA-AACAAATCCTTAAATCT-ATATAGGATGAGACTTGGTTAGATG
        129 CATGATTCCGATTCTCGTAAATAA-AAATCCTTAAATCTAAT-TAGGATGAGACTTGGTTAAATG

            *                                                                
       1187 GATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAACG
        192 AATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAACG

                   *         *                                               
       1252 CGTTCTTTGCTTAAAACTGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGATC
        257 CGTTCTTAGCTTAAAACCGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGATC

             *       
       1317 CGAAAAATT
        322 CCAAAAATT

                 *   *           * *   *                *              *     
       1326 TTTCCTCAAATTTTTGCCAAATTCTCAAAAAAAATATATAATTCTAAGTCAAAAAGATTAAAGGG
          1 TTTCCACAATTTTTTGCCAAACTATCATAAAAAATATATAATTCAAAGTCAAAAAGATTGAAGGG

                                                                    
       1391 TTTTTCACGCATCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTCTGAATTAATTTCAAATTAA
         66 TTTTTCACGCATCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTCTGAATTAATTTCAAATTAA


Statistics
Matches: 1041,  Mismatches: 66, Indels: 14
        0.93            0.06        0.01

Matches are distributed among these distances:
 330  339  0.33
 331  630  0.61
 332   72  0.07

ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34


Consensus pattern (330 bp):   
TTTCCACAATTTTTTGCCAAACTATCATAAAAAATATATAATTCAAAGTCAAAAAGATTGAAGGG
TTTTTCACGCATCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTCTGAATTAATTTCAAATTAAATCGAAACA
TGATTCCGATTCTCGTAAATAAAAATCCTTAAATCTAATTAGGATGAGACTTGGTTAAATGAATA
TAGATATTTCAAGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAACGCGTT
CTTAGCTTAAAACCGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGATCCCAA
AAATT

Found at i:1394 original size:661 final size:661

Alignment explanation


    Indices: 2--1446  Score: 2217
    Period size: 661  Copynumber: 2.2  Consensus size: 661

          1 G

                     *         *       * *                                   
          2 TTTCCACAATTTTTTGCCAGAACTA-CCATAAAAATATATAATTCAAAGTCAAAAAGATTGAAGG
          1 TTTCCACAAATTTTTGCCACAACTATCAAAAAAAATATATAATTCAAAGTCAAAAAGATTGAAGG

                      **                            *  *           *  *     *
         66 GTTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTTCAATTTTTTTTCAGAGTTAATTTCAAACTATATCGAT
         66 GTTTTTCACGCATCTAATATCG-TTTTTCAA-TTTTTTTCTGAATTAATTTCAAATTAAATCGAA

                                                       *        *            
        131 ACATGATTCCGATGCTCGTAAATAAAAATCCTTAAATCTAATTTGGATGAGATTTGGTTAAATGA
        129 ACATGATTCCGATGCTCGTAAATAAAAATCCTTAAATCTAATTAGGATGAGACTTGGTTAAATGA

                                                  *                          
        196 ATATAGATATTTCAAAGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAACGC
        194 ATATAGATATTTCAAAGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATACAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAACGC

                                                                             
        261 GTTCTTAGCTTAAAACCGTGATGGATAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGATCC
        259 GTTCTTAGCTTAAAACCGTGATGGATAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGATCC

            *            *               * *                                 
        326 GAAAAATTTTTCCTCAAATTTTTGCCAAATTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGTAAAAAAGA
        324 CAAAAATTTTTCCACAAATTTTTGCCAAACTATCATAAAAAATATATAATTCAAAGTAAAAAAGA

                             **                             *              * 
        391 TTAAAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTCAGAGTTAATTTCAAACTATA
        389 TTAAAGGGTTTTTCACGCATCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTCAGAATTAATTTCAAACTAAA

                *                                           *  *     *       
        456 TCGATACATGATTCCGATTCTCGTAAATAAAAATCCTTAAATCTAATTTGGCTGAGATTTGGTTA
        454 TCGAAACATGATTCCGATTCTCGTAAATAAAAATCCTTAAATCTAATTAGGATGAGACTTGGTTA

                                                                   *         
        521 AATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCATGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTTGGGGCCCCG
        519 AATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCATGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGGCCCCG

                                                                       *    *
        586 AACGCGTTTTTAGCTTAAAACCGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCACAAATT
        584 AACGCGTTTTTAGCTTAAAACCGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATA

                         
        651 GATCCCAAAAATT
        649 GATCCCAAAAATT

                     *                  *                                 *  
        664 TTTCCACAATTTTTTGCCACAACTATCATAAAAAATATATAATTCAAAGTCAAAAAGATTGACGG
          1 TTTCCACAAATTTTTGCCACAACTATCAAAAAAAATATATAATTCAAAGTCAAAAAGATTGAAGG

                    *                                                        
        729 GTTTTTCAAGCATCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTCTGAATTAATTTCAAATTAAATCGAAAC
         66 GTTTTTCACGCATCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTCTGAATTAATTTCAAATTAAATCGAAAC

                       *                                                *    
        794 ATGATTCCGATTCTCGTAAA-AACAAATCCTTAAATCT-ATATAGGATGAGACTTGGTTAGATGA
        131 ATGATTCCGATGCTCGTAAATAA-AAATCCTTAAATCTAAT-TAGGATGAGACTTGGTTAAATGA

                                                                  *          
        857 ATATAGATATTTC-AAGAAGTCTTCGTGCCAAAAATCATACAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAACG
        194 ATATAGATATTTCAAAG-AGTCTTCGTGCCAAAAATCATACAAAACTGAGTCGGAGCCCCGAACG

                                        *      *                        *    
        921 CGTTCTTAGCTTAAAACCGTGATGGATAGTACACGGTTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATC
        258 CGTTCTTAGCTTAAAACCGTGATGGATAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGATC

                              *                                        *     
        986 CCAAAAATTTTTCCACAATTTTTTGCCACAACTATCATAAAAAATATATAATTCAAAGTCAAAAA
        323 CCAAAAATTTTTCCACAAATTTTTGCCA-AACTATCATAAAAAATATATAATTCAAAGTAAAAAA

                * *                                                         *
       1051 GATTGACGGGTTTTTCACGCATCTAATATCGTTTTT-AACTTTTTTT-ATGAATTAATTTCAAAT
        387 GATTAAAGGGTTTTTCACGCATCTAATATCGTTTTTCAA-TTTTTTTCA-GAATTAATTTCAAAC

                                   *                                         
       1114 TAAATCGAAACATGATTCCGATTGTCGTAAA-AACAAATCCTTAAATCT-ATATAGGATGAGACT
        450 TAAATCGAAACATGATTCCGATTCTCGTAAATAA-AAATCCTTAAATCTAAT-TAGGATGAGACT

                  *   *                        *                     *       
       1177 TGGTTAGATGGATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGG
        513 TGGTTAAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCATGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGG

                                        *                                    
       1242 GCCCCGAACGCGTTCTTT-GCTTAAAACTGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
        578 GCCCCGAACGCGTT-TTTAGCTTAAAACCGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC

                        *       
       1306 AAAAATAGATCCGAAAAATT
        642 AAAAATAGATCCCAAAAATT

                 *                * *                    *              *    
       1326 TTTCCTCAAATTTTTGCCA-AATTCTCAAAAAAAATATATAATTCTAAGTCAAAAAGATTAAAGG
          1 TTTCCACAAATTTTTGCCACAACTATCAAAAAAAATATATAATTCAAAGTCAAAAAGATTGAAGG

                                                                     
       1390 GTTTTTCACGCATCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTCTGAATTAATTTCAAATTAA
         66 GTTTTTCACGCATCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTCTGAATTAATTTCAAATTAA


Statistics
Matches: 715,  Mismatches: 58, Indels: 21
        0.90            0.07        0.03

Matches are distributed among these distances:
 660    7  0.01
 661  330  0.46
 662  321  0.45
 663   57  0.08

ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34


Consensus pattern (661 bp):   
TTTCCACAAATTTTTGCCACAACTATCAAAAAAAATATATAATTCAAAGTCAAAAAGATTGAAGG
GTTTTTCACGCATCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTCTGAATTAATTTCAAATTAAATCGAAAC
ATGATTCCGATGCTCGTAAATAAAAATCCTTAAATCTAATTAGGATGAGACTTGGTTAAATGAAT
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Done.