Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01013595.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig13628, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 37666
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.16, T:0.32
Found at i:5545 original size:440 final size:439
Alignment explanation
Indices: 4597--6027 Score: 2151
Period size: 440 Copynumber: 3.3 Consensus size: 439
4587 CCCGCTGTCA
* * * * * * **
4597 ATAAATAAATCATTTTTTTGTTGGTTTATTTATCAAATGGTTCAT-ATACTTTTATATTTTATGC
1 ATAAACAAAT-ATTTTTTTGCTGGATTATTTATCAAAT-GATCCTCAGACTTTTATGCTTTATGC
* * * * *
4661 TATTTAGTCCCTTACAATTTCTGGGTTGGACGACTGAACGTTTCGGTTTTAATTCTTTTATTTTT
64 TATTTAGTCCCTCACAATTTCTGGGTTGGACAATTGAATGTTTCGGCTTTAATTCTTTTATTTTT
* * ** * *
4726 AT-TTTTG-TTTTCCGATCAAGGTGATTCAAGCATCTATTAAAACGTAATTTCGTGATCTACAAC
129 -TGTTTTGCTTGTACGATCAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAAGTAATTTCATGATCTACAAC
* * * *
4789 TTCCATGAAGGACTCAAAAGTCGATTTTAATATTTTGATTTTAAAAAATGCTTTTGAAATTTTGT
193 TTCCATGAAGGACTCAAAAGCCAAATTTAATATTTTGATTTTAAAAAATACTTTTGAAATTTTGT
* *
4854 GGTCTTGATTGCCGGTCTATTTGATATCGTATAA-TTTTTGTTCCACTTGTCCGATTGAGGTTAC
258 GGTCTGGATTGCCGGTCTATTTGATATCGTATAATTTTTTG-TCCACTTGTCCGATTGAGGTTAT
* *
4918 TCAGGTGTCGGTTAAAAGGTTATTGTGTGATCTATGGCTTTTGTTAAGGG-CTTCAAAGCTGAAT
322 TCAAGTGTCGGTTAAAAGGTTATTGTGTGATCTACGGCTTTTGTTAAGGGCCTT-AAAGCTGAAT
* * *
4982 TTGATTAATGAGTTTCGTGGAGGCTTCAAGAGGGAATTTTTATGTTTGGTTTCC
386 TTGATTAATGAGTTTCGTGGAGGTTTCAAGAGGAAATTTTTATGTTTGGTCTCC
* *
5036 ATAAACAAATATTTTTTTGCTGAATTATTTATCAAATGATCCTCAGGCTTTTATGCTTTATGCTA
1 ATAAACAAATATTTTTTTGCTGGATTATTTATCAAATGATCCTCAGACTTTTATGCTTTATGCTA
* *
5101 TTTAGTCCCTCACAATTTCTGGGTTGGATAATTGAATGTTTCGGCTTTAAATCTTTTATTTTTTG
66 TTTAGTCCCTCACAATTTCTGGGTTGGACAATTGAATGTTTCGGCTTTAATTCTTTTATTTTTTG
* *
5166 TTTTGCTTGTACGATAAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAAGTAATTTTATGATCTACAACTTC
131 TTTTGCTTGTACGATCAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAAGTAATTTCATGATCTACAACTTC
**
5231 CATGAAGGACTCAAAAGCCAAATTTAATATTTTGATTTTAAAAAATACTTTTGAAATTTTAAGGT
196 CATGAAGGACTCAAAAGCCAAATTTAATATTTTGATTTTAAAAAATACTTTTGAAATTTTGTGGT
5296 CTGGATTGCCGGTCTATTTGATATCGTATAATTTTTTGTCCACTTGTCCGATTGAGGTTATTCAA
261 CTGGATTGCCGGTCTATTTGATATCGTATAATTTTTTGTCCACTTGTCCGATTGAGGTTATTCAA
5361 GTGTCGGGTTAAAAGGTTAGTT-TGTGATCTACGGCTTTTGTTAAGGGCCTTAAAGCTGAATTTG
326 GTGTC-GGTTAAAAGGTTA-TTGTGTGATCTACGGCTTTTGTTAAGGGCCTTAAAGCTGAATTTG
*
5425 ATTAATGAGTTTCGTGGAGGTTTCAAGAGGAAATTTTTATATTTGGTCTCC
389 ATTAATGAGTTTCGTGGAGGTTTCAAGAGGAAATTTTTATGTTTGGTCTCC
* *
5476 ATAAACAAATATTTTTTTGCTGGATTATTTATCAAATGATCCTCAGACTTTTATGCTCTATGTTA
1 ATAAACAAATATTTTTTTGCTGGATTATTTATCAAATGATCCTCAGACTTTTATGCTTTATGCTA
*
5541 TTTAGTCCCTCACAATTTTTGGGTTGGACAATTGAATGTTTCGGCTTTAATTCTTTTATTTTTTG
66 TTTAGTCCCTCACAATTTCTGGGTTGGACAATTGAATGTTTCGGCTTTAATTCTTTTATTTTTTG
*
5606 TTTTGCTTGTACGATCAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAGGTAATTTCATGATCTACAACTTC
131 TTTTGCTTGTACGATCAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAAGTAATTTCATGATCTACAACTTC
* *
5671 CATGAAGGACTCAAACGCCAAATTTAATGTTTTGATTTTAAAAAATACTTTTGAAATTTTGTGGT
196 CATGAAGGACTCAAAAGCCAAATTTAATATTTTGATTTTAAAAAATACTTTTGAAATTTTGTGGT
* *
5736 CTGGATTGCCAGTCTATTTGATATCGTATAATTTTTTGTCCACTTGTCCGATTAAGGTTATTCAA
261 CTGGATTGCCGGTCTATTTGATATCGTATAATTTTTTGTCCACTTGTCCGATTGAGGTTATTCAA
* * *
5801 GTCTCGGTTAAAAGGTTATTGTGTGATCT-CGGGCTTTCGTTAAGGGCCTCAAAGCTGAATTTGA
326 GTGTCGGTTAAAAGGTTATTGTGTGATCTAC-GGCTTTTGTTAAGGGCCTTAAAGCTGAATTTGA
* *
5865 TTAATGAGTTTCGTGGAGGTTTCAAAAGGAAATTTTTATGTTTGGTCTTC
390 TTAATGAGTTTCGTGGAGGTTTCAAGAGGAAATTTTTATGTTTGGTCTCC
* * * *
5915 TTAAACAAATATATTTTTTTACTGGATTATGTATCAAATGATCCTCAGATTTTTATGCTTTATGC
1 ATAAAC-AA-ATATTTTTTTGCTGGATTATTTATCAAATGATCCTCAGACTTTTATGCTTTATGC
* * * * *
5980 TATTTAATCCCTCATAA-TTATGGGTTGGACCATTTAATGCTTT-GGCTT
64 TATTTAGTCCCTCACAATTTCTGGGTTGGACAATTGAATG-TTTCGGCTT
6028 ATTCGATTGA
Statistics
Matches: 908, Mismatches: 72, Indels: 23
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
437 5 0.01
438 105 0.12
439 283 0.31
440 442 0.49
441 73 0.08
ACGTcount: A:0.26, C:0.13, G:0.18, T:0.43
Consensus pattern (439 bp):
ATAAACAAATATTTTTTTGCTGGATTATTTATCAAATGATCCTCAGACTTTTATGCTTTATGCTA
TTTAGTCCCTCACAATTTCTGGGTTGGACAATTGAATGTTTCGGCTTTAATTCTTTTATTTTTTG
TTTTGCTTGTACGATCAAGGTGATTCAAGTGTCTATTAAAAAGTAATTTCATGATCTACAACTTC
CATGAAGGACTCAAAAGCCAAATTTAATATTTTGATTTTAAAAAATACTTTTGAAATTTTGTGGT
CTGGATTGCCGGTCTATTTGATATCGTATAATTTTTTGTCCACTTGTCCGATTGAGGTTATTCAA
GTGTCGGTTAAAAGGTTATTGTGTGATCTACGGCTTTTGTTAAGGGCCTTAAAGCTGAATTTGAT
TAATGAGTTTCGTGGAGGTTTCAAGAGGAAATTTTTATGTTTGGTCTCC
Found at i:6537 original size:5 final size:5
Alignment explanation
Indices: 6527--6555 Score: 58
Period size: 5 Copynumber: 5.8 Consensus size: 5
6517 CATTTTAAAT
6527 TATAA TATAA TATAA TATAA TATAA TATA
1 TATAA TATAA TATAA TATAA TATAA TATA
6556 TTTATAAATG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
5 24 1.00
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.00, T:0.41
Consensus pattern (5 bp):
TATAA
Found at i:16137 original size:54 final size:53
Alignment explanation
Indices: 16075--16391 Score: 232
Period size: 54 Copynumber: 5.9 Consensus size: 53
16065 TTGCTTGGAG
* * *
16075 CAACTCCATCAGTTGATTGAGACCTTCCTCCTTGAATTTCAGCATTTACAACAC
1 CAACTCCATTAGTTGATTCAGACCTTCCT-CTTGAATTTCAGCATTTCCAACAC
* * * *
16129 CATCTCCATTAGTTGATTCA-ACCCTT-CT-TTGAATTTCAGAATTTCCACCAG
1 CAACTCCATTAGTTGATTCAGA-CCTTCCTCTTGAATTTCAGCATTTCCAACAC
* * * *
16180 GAACTCCATTAGTTGATTCAGCCCTTCCTCTTTGAATTTCAACATTTCCAGCAC
1 CAACTCCATTAGTTGATTCAGACCTTCCTC-TTGAATTTCAGCATTTCCAACAC
* * * * * * * * *
16234 CAACTCCATTAATAGTTTCA-ACCCTTCTTCTTTGAATTTTAGAATTTCTAGCAT
1 CAACTCCATTAGTTGATTCAGA-CCTTCCTC-TTGAATTTCAGCATTTCCAACAC
* * * * * *
16288 CAACTCTAATAGTTGATTCA-ACCCTTCTTCTTTGAATTTCAGAATTTCGAGCAC
1 CAACTCCATTAGTTGATTCAGA-CCTTCCTC-TTGAATTTCAGCATTTCCAACAC
* * * * *
16342 CAATTCCATTAGTTGATTCCA-CCCTTCCTCCATGATTTTCAGAATTTCCA
1 CAACTCCATTAGTTGATT-CAGACCTTCCT-CTTGAATTTCAGCATTTCCA
16392 GTAGCTGATG
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 41, Indels: 16
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
51 41 0.19
52 2 0.01
53 3 0.01
54 165 0.77
55 3 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.27, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (53 bp):
CAACTCCATTAGTTGATTCAGACCTTCCTCTTGAATTTCAGCATTTCCAACAC
Found at i:16219 original size:105 final size:104
Alignment explanation
Indices: 16073--16391 Score: 334
Period size: 108 Copynumber: 3.0 Consensus size: 104
16063 AATTGCTTGG
* * * * *
16073 AGCAACTCCATCAGTTGATTGAGACCTTCCTCCTTGAATTTCAGCATTTACAACACCATCTCCAT
1 AGCAACTCCATTAGTTGATTCAGCCCTTCCTCTTTGAATTTCAGCATTT-CAGCACCATCTCCAT
16138 TAGTTGATTCAACCCTTCTTTGAATTTCAGAATTTCCACC
65 TAGTTGATTCAACCCTTCTTTGAATTTCAGAATTTCCACC
* * *
16178 AGGAACTCCATTAGTTGATTCAGCCCTTCCTCTTTGAATTTCAACATTTCCAGCACCAACTCCAT
1 AGCAACTCCATTAGTTGATTCAGCCCTTCCTCTTTGAATTTCAGCATTT-CAGCACCATCTCCAT
* * * * * *
16243 TAATAGTTTCAACCCTTCTTCTTTGAATTTTAGAATTTCTAGC
65 TAGTTGATTCAA-CC--CTTCTTTGAATTTCAGAATTTCCACC
* * * * * *
16286 ATCAACTCTAATAGTTGATTCAACCCTTCTTCTTTGAATTTCAGAATTTCGAGCACCAAT-TCCA
1 AGCAACTCCATTAGTTGATTCAGCCCTTCCTCTTTGAATTTCAGCATTTC-AGCACC-ATCTCCA
* * *
16350 TTAGTTGATTCCACCCTTCCTCCATGATTTTCAGAATTTCCA
64 TTAGTTGATTCAACCCTT-CT--TTGAATTTCAGAATTTCCA
16392 GTAGCTGATG
Statistics
Matches: 174, Mismatches: 32, Indels: 13
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
105 68 0.39
106 4 0.02
107 3 0.02
108 98 0.56
109 1 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.27, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (104 bp):
AGCAACTCCATTAGTTGATTCAGCCCTTCCTCTTTGAATTTCAGCATTTCAGCACCATCTCCATT
AGTTGATTCAACCCTTCTTTGAATTTCAGAATTTCCACC
Found at i:20368 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 20360--20408 Score: 98
Period size: 3 Copynumber: 16.3 Consensus size: 3
20350 GTTACTAACC
20360 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
20408 T
1 T
20409 ATATATATAT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 46 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.00, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (3 bp):
TTA
Found at i:35939 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 35915--35956 Score: 57
Period size: 21 Copynumber: 2.0 Consensus size: 21
35905 CCTCAACAGC
* * *
35915 CCAAGTTCTGGGCAGGACTTG
1 CCAAGATCTGGACAAGACTTG
35936 CCAAGATCTGGACAAGACTTG
1 CCAAGATCTGGACAAGACTTG
35957 TTCTGATTTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.24, G:0.29, T:0.21
Consensus pattern (21 bp):
CCAAGATCTGGACAAGACTTG
Done.