Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01013599.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig13632, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 20800
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.20, T:0.31
Found at i:1341 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 1315--1343 Score: 58
Period size: 15 Copynumber: 1.9 Consensus size: 15
1305 AATTTGAAAA
1315 AAATCGTTTTTTTTT
1 AAATCGTTTTTTTTT
1330 AAATCGTTTTTTTT
1 AAATCGTTTTTTTT
1344 CTTGAAAAAA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 14 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.07, G:0.07, T:0.66
Consensus pattern (15 bp):
AAATCGTTTTTTTTT
Found at i:2073 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 2038--2075 Score: 58
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
2028 AAATTCGTTT
*
2038 AAAGTTTAGCTCTTTATTTC
1 AAAGTTTAGATCTTTATTTC
*
2058 AAAGTTTAGATTTTTATT
1 AAAGTTTAGATCTTTATT
2076 AGTAAAAATG
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 16 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.08, G:0.11, T:0.53
Consensus pattern (20 bp):
AAAGTTTAGATCTTTATTTC
Found at i:2436 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 2374--3959 Score: 1364
Period size: 36 Copynumber: 44.2 Consensus size: 35
2364 TGCATCCATG
2374 AATTAAGTAAAAGCAAGCAAAGACTTAATTCAGGGT
1 AATTAAGTAAAA-CAAGCAAAGACTTAATTCAGGGT
** * *
2410 AATTAAGTAAACACAATAAAAAACTTAATTAAGGGT
1 AATTAAGTAAA-ACAAGCAAAGACTTAATTCAGGGT
* *
2446 AATTAAGTAAACACAATCAAAGACTTAATT-TGAGGT
1 AATTAAGTAAA-ACAAGCAAAGACTTAATTCAG-GGT
* *
2482 GATTAAGTAAGTACAAGCAAAGACTTAATTCAGGGT
1 AATTAAGTAA-AACAAGCAAAGACTTAATTCAGGGT
2518 AATTAAGTAAATACAAGCACAA-ACTTAATTCAGGGT
1 AATTAAGTAAA-ACAAGCA-AAGACTTAATTCAGGGT
* * * *
2554 AATTAAGTAAATCAAGCAATGACTTAATTTCAAGGA
1 AATTAAGTAAAACAAGCAAAGACTTAA-TTCAGGGT
*
2590 AATTAGGTAAAATCAAGCACAA-ACTTAATTCAGGGT
1 AATTAAGTAAAA-CAAGCA-AAGACTTAATTCAGGGT
* *
2626 AATTAAGTAAATACAAACACAGACTTAATTCAGGGT
1 AATTAAGTAAA-ACAAGCAAAGACTTAATTCAGGGT
* * * *
2662 AATTAAGTAAATCAATCAAAGACTTAATTTCAAGGA
1 AATTAAGTAAAACAAGCAAAGACTTAA-TTCAGGGT
*
2698 AATTAGGTAAAATCAAGCACAA-ACTTAATTCAGGGT
1 AATTAAGTAAAA-CAAGCA-AAGACTTAATTCAGGGT
* *
2734 AATTAAGTAAATACAAGCACATACTTAATTCAGGGT
1 AATTAAGTAAA-ACAAGCAAAGACTTAATTCAGGGT
* * *
2770 AATTAAGTAAATC-AGTCAAAGACTTAATTTCAAGGA
1 AATTAAGTAAAACAAG-CAAAGACTTAA-TTCAGGGT
*
2806 AATTAGGTAAAATCAAGCACAA-ACTTAATTCAGGGT
1 AATTAAGTAAAA-CAAGCA-AAGACTTAATTCAGGGT
* * * * *
2842 AATTAAGTGAATCAAGCAGAGACTTAATTTCAAGGA
1 AATTAAGTAAAACAAGCAAAGACTTAA-TTCAGGGT
** * *
2878 AATTGGGTAAGAACAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGA
1 AATTAAGTAA-AACAAGCAAAGACTTAA-TTCAGGGT
*
2915 AATTAGGTAAAATCAAGCACAA-ACTTAATTCAGGGT
1 AATTAAGTAAAA-CAAGCA-AAGACTTAATTCAGGGT
* * * * *
2951 AATTAATTAAATCAAGCAAAGACTTAATTTTAAGGA
1 AATTAAGTAAAACAAGCAAAGACTTAA-TTCAGGGT
* * *
2987 AATTAGGTAAAATCAAGCACATACTTAATT-AGGGT
1 AATTAAGTAAAA-CAAGCAAAGACTTAATTCAGGGT
* * *
3022 AATTAAGTAAATCAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGA
1 AATTAAGTAAAACAAGCAAAGACTTAA-TTCAGGGT
* * *
3058 AATTAAGTAAATC-AGCAAAGAGTTGATTCAGGGT
1 AATTAAGTAAAACAAGCAAAGACTTAATTCAGGGT
*
3092 AATTAAGTAAATACAAGCACAGACTTAATTCAGGGT
1 AATTAAGTAAA-ACAAGCAAAGACTTAATTCAGGGT
* * *
3128 AATTAAGTAAATC-AGTCAAAGACTTAATTTCAAGGA
1 AATTAAGTAAAACAAG-CAAAGACTTAA-TTCAGGGT
* * *
3164 AATTAGGTAAAATCAAGCACAA-ACTTAATTCAAGAT
1 AATTAAGTAAAA-CAAGCA-AAGACTTAATTCAGGGT
* * ** * *
3200 GATTAAGTGACTCAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGA
1 AATTAAGTAAAACAAGCAAAGACTTAA-TTCAGGGT
** * *
3236 AATTGGGTAAGAACAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGA
1 AATTAAGTAA-AACAAGCAAAGACTTAA-TTCAGGGT
* * *
3273 AATTAGGTAAAATCAAGCACAGACTTAATTCAGTGT
1 AATTAAGTAAAA-CAAGCAAAGACTTAATTCAGGGT
* * * *
3309 AATTAATTAAATCAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGA
1 AATTAAGTAAAACAAGCAAAGACTTAA-TTCAGGGT
* * *
3345 AATTAGGTAAAATCAAGCACATACTTAATTCAGGGT
1 AATTAAGTAAAA-CAAGCAAAGACTTAATTCAGGGT
* * *
3381 AATTATA-TAAATCAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGA
1 AATTA-AGTAAAACAAGCAAAGACTTAA-TTCAGGGT
* *
3417 AATTAGGTAAAATCAAGCACAGACTTAATAT-AGGGT
1 AATTAAGTAAAA-CAAGCAAAGACTTAAT-TCAGGGT
* * *
3453 AATTAAGTAAATCAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGA
1 AATTAAGTAAAACAAGCAAAGACTTAA-TTCAGGGT
** * *
3489 AATTGGGTAAGAACAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGA
1 AATTAAGTAA-AACAAGCAAAGACTTAA-TTCAGGGT
* * * *
3526 AATTAGGTAAAATCAAACACAGTCTTAATTCAGGGT
1 AATTAAGTAAAA-CAAGCAAAGACTTAATTCAGGGT
* * * *
3562 AATTAAGTAAATCAAGCAAAGACTTAATTTTAAGGA
1 AATTAAGTAAAACAAGCAAAGACTTAA-TTCAGGGT
* *
3598 AATTAGGTAAAATCAAGCACAGACTTAATTCAGGGT
1 AATTAAGTAAAA-CAAGCAAAGACTTAATTCAGGGT
* * * *
3634 AATTAAGTAAATCAAGCAAAGACATAATTTCAAGGA
1 AATTAAGTAAAACAAGCAAAGACTTAA-TTCAGGGT
* *
3670 AATTAAGTAAATC-AGCAAAGACTTGATTCAGGGT
1 AATTAAGTAAAACAAGCAAAGACTTAATTCAGGGT
* *
3704 AATTAAGTAAAAGCAAACAAAAACTTAATTCAGGGT
1 AATTAAGTAAAA-CAAGCAAAGACTTAATTCAGGGT
* *
3740 AATTAAGTAAAAGC-AGTCAAGGACTTAATTCAGTGT
1 AATTAAGTAAAA-CAAG-CAAAGACTTAATTCAGGGT
* *
3776 AATTAAGTAAAAGCAAACAAAAACTTAATTCAGGGT
1 AATTAAGTAAAA-CAAGCAAAGACTTAATTCAGGGT
* *
3812 AATTAAGTAAAAGAAGTC-AAGTACTTAATTCATGGT
1 AATTAAGTAAAACAAG-CAAAG-ACTTAATTCAGGGT
* * * *
3848 AATTATGT-AAA-TAGTCAATAAACTTAATTCTGGGT
1 AATTAAGTAAAACAAG-CAA-AGACTTAATTCAGGGT
** *
3883 AATTAAGTAGAGTCAA--TAA-ACTTAATTC-GAGGT
1 AATTAAGTA-AAACAAGCAAAGACTTAATTCAG-GGT
* *
3916 AATTAAGTAAAGTCAA-TAAAGAACTTAATTCAGGGT
1 AATTAAGTAAA-ACAAGCAAAG-ACTTAATTCAGGGT
3952 AATTAAGT
1 AATTAAGT
3960 GGGGGCATTA
Statistics
Matches: 1272, Mismatches: 204, Indels: 148
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
32 2 0.00
33 25 0.02
34 64 0.05
35 220 0.17
36 704 0.55
37 243 0.19
38 14 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.11, G:0.16, T:0.26
Consensus pattern (35 bp):
AATTAAGTAAAACAAGCAAAGACTTAATTCAGGGT
Found at i:2988 original size:181 final size:177
Alignment explanation
Indices: 2374--3859 Score: 1648
Period size: 181 Copynumber: 8.3 Consensus size: 177
2364 TGCATCCATG
* * ** *
2374 AATTAAGTAAAAGCAAGCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAACACAATAAAAAACTTAA-
1 AATTAAGT-AAATCAAGCAAA-ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA-TCAAGCAAAGACTTAAT
* * * * * *
2438 TT-AAGGGTAATTAAGTAAACA-CAATCA-AAGACTTAATT-TGAGGTGATTAAGTAAGTACAAG
63 TTCAA-GGAAATTAGGTAAA-ATCAAGCACAA-ACTTAATTCAG-GGTAATTAAGTAAAT-CAAG
* * *
2499 CAAAGACTTAA-TTCAGGGTAATTAAGTAAATACAAGCACAA-ACTTAATTCAGGGT
123 CAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAA-ACAAGCA-AAGACTTAATTCAGGGT
* * * *
2554 AATTAAGTAAATCAAGCAATGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAA-ACTTAA
1 AATTAAGTAAATCAAGCAA-AACTTAA-TTCAGGGTAATTAAGT-AAATCAAGCA-AAGACTTAA
* * * * * *
2618 -TTCAGGGTAATTAAGT-AAATACAAACACAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAATCAA
62 TTTCAAGGAAATTAGGTAAAAT-CAAGCACAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAAGCAA
2681 AGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAA-ACTTAATTCAGGGT
126 AGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAA-CAAGCA-AAGACTTAATTCAGGGT
*
2734 AATTAAGTAAATACAAGCACATACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATC-AGTCAAAGACTTAAT
1 AATTAAGTAAAT-CAAGCA-AAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAAG-CAAAGACTTAAT
* *
2798 TTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTGAATCAAGCAGAG
63 TTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAAGCAAAG
* * *
2863 ACTTAATTTCAAGGAAATTGGGTAAGAACAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGA
128 ACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAA-AACAAGCAAAGACTTAA-TTCAGGGT
* *
2915 AATTAGGTAAAATCAAGCACAAACTTAATTCAGGGTAATTAATTAAATCAAGCAAAGACTTAATT
1 AATTAAGT-AAATCAAGCA-AAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAAGCAAAGACTTAATT
* *
2980 TTAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACATACTTAATT-AGGGTAATTAAGTAAATCAAGCAAAGA
64 TCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAAGCAAAGA
* * * *
3044 CTTAATTTCAAGGAAATTAAGTAAATC-AGCAAAGAGTTGATTCAGGGT
129 CTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAACAAGCAAAGACTTAATTCAGGGT
*
3092 AATTAAGTAAATACAAGCACAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATC-AGTCAAAGACTTAAT
1 AATTAAGTAAAT-CAAGCA-AAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAAG-CAAAGACTTAAT
* * * * *
3156 TTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAAACTTAATTCAAGATGATTAAGTGACTCAAGCAAAG
63 TTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAAGCAAAG
* * *
3221 ACTTAATTTCAAGGAAATTGGGTAAGAACAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGA
128 ACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAA-AACAAGCAAAGACTTAA-TTCAGGGT
* * * *
3273 AATTAGGTAAAATCAAGCACAGACTTAATTCAGTGTAATTAATTAAATCAAGCAAAGACTTAATT
1 AATTAAGT-AAATCAAGCA-AAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAAGCAAAGACTTAATT
*
3338 TCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACATACTTAATTCAGGGTAATTATA-TAAATCAAGCAAAG
64 TCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAAACTTAATTCAGGGTAATTA-AGTAAATCAAGCAAAG
*
3402 ACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAGACTTAATAT-AGGGT
128 ACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAA-CAAGCAAAGACTTAAT-TCAGGGT
* * ** *
3453 AATTAAGTAAATCAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTGGGTAAGAACAAGCAAAGACTTAAT
1 AATTAAGTAAATCAAGCAAA-ACTTAA-TTCAGGGTAATTAAGTAA-ATCAAGCAAAGACTTAAT
* **
3518 TTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAACACAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAAGCAAAG
63 TTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAAGCAAAG
* *
3583 ACTTAATTTTAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAGACTTAATTCAGGGT
128 ACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAA-CAAGCAAAGACTTAATTCAGGGT
* * * *
3634 AATTAAGTAAATCAAGCAAAGACATAATTTCAAGGAAATTAAGTAAATC-AGCAAAGACTTGA-T
1 AATTAAGTAAATCAAGCAAA-ACTTAA-TTCAGGGTAATTAAGTAAATCAAGCAAAGACTTAATT
* * * * * * * *
3697 TCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAAACAAAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAAGC-AGTCAAG
64 TCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAATCAAG-CAAA
* * * *
3761 GACTTAA-TTC-AGTGTAATTAAGTAAAAGCAAACAAAAACTTAATTCAGGGT
127 GACTTAATTTCAAG-GAAATTAGGTAAAA-CAAGCAAAGACTTAATTCAGGGT
** * * *
3812 AATTAAGTAAAAGAAGTCAAGTACTTAATTCATGGTAATTATGTAAAT
1 AATTAAGTAAATCAAG-CAA-AACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAT
3860 AGTCAATAAA
Statistics
Matches: 1145, Mismatches: 118, Indels: 88
0.85 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
176 6 0.01
177 97 0.08
178 173 0.15
179 102 0.09
180 309 0.27
181 444 0.39
182 14 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.12, G:0.16, T:0.26
Consensus pattern (177 bp):
AATTAAGTAAATCAAGCAAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAAGCAAAGACTTAATTTC
AAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAAGCAAAGACT
TAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAACAAGCAAAGACTTAATTCAGGGT
Found at i:3445 original size:253 final size:250
Alignment explanation
Indices: 2374--3891 Score: 1516
Period size: 253 Copynumber: 6.0 Consensus size: 250
2364 TGCATCCATG
* * * * ** * *
2374 AATTAAGTAAAAGCAAGCAAAGACTTAA-TTCAGGGTAATTAAGTAAACA-CAATAAAAAACTTA
1 AATTAAGT-AAATCAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAA-ATCAAGCACAGACTTA
* * * * ** * *
2437 ATT-AAGGGTAATTAAGTAAACACAATCAAAGACTTAATTT-GAGGTGATTAAGTAAGTACAAGC
64 ATTCAA-GATAATTAAGTAAA-TCAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAGAACAAGC
*
2500 AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATACAAGCACAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAA
127 AAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAT-CAAGCACAGACTTAATTCA-GGTAATTAAGTAAA
* *
2565 TCAAGCAATGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAAACTTAATTCAGGGT
190 TCAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAGACTTAATTCAGGGT
* * * * * * *
2626 AATTAAGTAAATACAAACACAGACTTAA-TTCAGGGTAATTAAGT-AAATCAATCAAAGACTTAA
1 AATTAAGTAAAT-CAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAGACTTAA
* * * *
2689 TTTCAAGGA-AATTAGGTAAAATCAAGCACAA-ACTTAA-TTCAGGGTAATTAAGTAA-ATACAA
65 -TTCAA-GATAATTAAGT-AAATCAAGCA-AAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAGA-ACAA
* * * * *
2750 GCACATACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATC-AGTCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGT
125 GCAAAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAAG-CACAGACTTAA-TTC-AGGTAATTAAGT
* * * * * *
2814 AAAATCAAGCACAA-ACTTAA-TTCAGGGTAATTAAGT-GAATCAAGCAGAGACTTAATTTCAAG
187 -AAATCAAGCA-AAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAGACTTAA-TTCAGG
*
2876 GA
249 GT
** * *
2878 AATTGGGTAAGAACAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAAACTTAA
1 AATTAAGTAA-ATCAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAGACTTAA
* * * * *
2943 TTCAGGGTAATTAATTAAATCAAGCAAAGACTTAATTTTAAGGAAATTAGGTAA-AATCAAGCAC
65 TTCAAGATAATTAAGTAAATCAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAGAA-CAAGCAA
* * *
3007 ATACTTAATT-AGGGTAATTAAGTAAATCAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAAGTAAATC
129 AGACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAAGCACAGACTTAA-TTC-AGGTAATTAAGTAAATC
* * * * *
3071 -AGCAAAGAGTTGA-TTCAGGGTAATTAAGT-AAATACAAGCACAGACTTAATTCAGGGT
192 AAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAAT-CAAGCACAGACTTAATTCAGGGT
*
3128 AATTAAGTAAATC-AGTCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAAACTTAA
1 AATTAAGTAAATCAAG-CAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAGACTTAA
* * * *
3192 TTCAAGATGATTAAGTGACTCAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTGGGTAAGAACAAGCAAA
65 TTCAAGATAATTAAGTAAATCAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAGAACAAGCAAA
* * * *
3257 GACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAGACTTAATTCAGTGTAATTAATTAAATC
130 GACTTAA-TTCAGGGTAATTAAGT-AAATCAAGCACAGACTTAATTCAG-GTAATTAAGTAAATC
*
3322 AAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACATACTTAATTCAGGGT
192 AAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAGACTTAATTCAGGGT
3381 AATTATA-TAAATCAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAGACTTAA
1 AATTA-AGTAAATCAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAGACTTAA
* * *
3445 TAT-AGGGTAATTAAGTAAATCAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTGGGTAAGAACAAGCAA
65 T-TCAAGATAATTAAGTAAATCAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAGAACAAGCAA
* * * * *
3509 AGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAACACAGTCTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAT
129 AGACTTAA-TTCAGGGTAATTAAGT-AAATCAAGCACAGACTTAATTCA-GGTAATTAAGTAAAT
*
3574 CAAGCAAAGACTTAATTTTAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAGACTTAATTCAGGGT
191 CAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAGACTTAATTCAGGGT
* * * *
3634 AATTAAGTAAATCAAGCAAAGACATAATTTCAAGGAAATTAAGT-AAATC-AGCAAAGACTTGAT
1 AATTAAGTAAATCAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAGACTTAAT
* * * * * * * *
3697 TCAGGGTAATTAAGTAAAAGCAAACAAAAACTTAA-TTCAGGGTAATTAAGTAA-AAGC-AGTCA
66 TCAAGATAATTAAGT-AAATCAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAGAA-CAAG-CA
* * * * * * *
3759 AGGACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAAAGCAAACAAAAACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAAA
128 AAGACTTAATTCAGGGTAATTAAGT-AAATCAAGCACAGACTTAATTCA-GGTAATTAAGTAAAT
* * * * * *
3824 GAAGTC-AAGTACTTAA-TTCATGGTAATTATGTAAATAGTCAA-TA-A-ACTTAATTCTGGGT
191 CAAG-CAAAG-ACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAA-A-TCAAGCACAGACTTAATTCAGGGT
3883 AATTAAGTA
1 AATTAAGTA
3892 GAGTCAATAA
Statistics
Matches: 1102, Mismatches: 118, Indels: 95
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
248 2 0.00
249 133 0.12
250 124 0.11
251 152 0.14
252 273 0.25
253 392 0.36
254 26 0.02
ACGTcount: A:0.46, C:0.12, G:0.16, T:0.26
Consensus pattern (250 bp):
AATTAAGTAAATCAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAGACTTAAT
TCAAGATAATTAAGTAAATCAAGCAAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAGAACAAGCAAAG
ACTTAATTCAGGGTAATTAAGTAAATCAAGCACAGACTTAATTCAGGTAATTAAGTAAATCAAGC
AAAGACTTAATTTCAAGGAAATTAGGTAAAATCAAGCACAGACTTAATTCAGGGT
Found at i:11009 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 10991--11037 Score: 69
Period size: 2 Copynumber: 24.0 Consensus size: 2
10981 CTTTTGTCAC
* *
10991 AT AT AT GT AT AT GT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
11033 A- AT AT
1 AT AT AT
11038 TGGAATTTGG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 4, Indels: 2
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.03
2 39 0.98
ACGTcount: A:0.47, C:0.00, G:0.04, T:0.49
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:11366 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 11147--11472 Score: 407
Period size: 41 Copynumber: 7.8 Consensus size: 42
11137 ATAAGGGGAA
*
11147 ATGCCTCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTTGTAATAGAG
1 ATGCCCCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGAC-TTTGT-ATAGAG
11191 ATGCCCCTGTGTTATATATGTGTTTG-GAGACTTTGATATA-A-
1 ATGCCCCTGTGTTATATATGTGTTTGAG-GACTTTG-TATAGAG
* *
11232 ATGCCTCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTA-ATAG
1 ATGCCCCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTATAGAG
* * *
11273 A-G-CCCTTTGTTATATATGTGTTTGGGGACTTTG-ATATAG
1 ATGCCCCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTATAGAG
*
11312 ATGCCTCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTAGTAGAG
1 ATGCCCCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTA-TAGAG
* * * *
11355 TTGCCCCTGTGTTATATAAGTGTTTGGGGACTTTG-ATAAAG
1 ATGCCCCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTATAGAG
* *
11396 ATGCCTCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTAATAAAG
1 ATGCCCCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGT-ATAGAG
* *
11439 GTGCCCCTGTGTTATATATGTGTTTGGGGACTTT
1 ATGCCCCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTT
11473 TTGGCTATTG
Statistics
Matches: 249, Mismatches: 21, Indels: 25
0.84 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
38 1 0.00
39 34 0.14
40 5 0.02
41 96 0.39
42 4 0.02
43 80 0.32
44 29 0.12
ACGTcount: A:0.21, C:0.11, G:0.25, T:0.42
Consensus pattern (42 bp):
ATGCCCCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTATAGAG
Found at i:11407 original size:84 final size:83
Alignment explanation
Indices: 11147--11472 Score: 525
Period size: 84 Copynumber: 3.9 Consensus size: 83
11137 ATAAGGGGAA
11147 ATGCCTCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTTGTAATAGAGATGCCCCTGTGTTATATATGT
1 ATGCCTCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGAC-TTTGTAATAGAG-TGCCCCTGTGTTATATATGT
*
11212 GTTTGGAGACTTTGATATAA-
64 GTTTGGGGACTTTGATA-AAG
*
11232 ATGCCTCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTAATAGA--G-CCCTTTGTTATATATGTGT
1 ATGCCTCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTAATAGAGTGCCCCTGTGTTATATATGTGT
*
11294 TTGGGGACTTTGATATAG
66 TTGGGGACTTTGATAAAG
* *
11312 ATGCCTCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTAGTAGAGTTGCCCCTGTGTTATATAAGTG
1 ATGCCTCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTAATAGAG-TGCCCCTGTGTTATATATGTG
11377 TTTGGGGACTTTGATAAAG
65 TTTGGGGACTTTGATAAAG
*
11396 ATGCCTCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTAATAAAGGTGCCCCTGTGTTATATATGTG
1 ATGCCTCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTAATAGA-GTGCCCCTGTGTTATATATGTG
11461 TTTGGGGACTTT
65 TTTGGGGACTTT
11473 TTGGCTATTG
Statistics
Matches: 225, Mismatches: 10, Indels: 13
0.91 0.04 0.05
Matches are distributed among these distances:
79 1 0.00
80 73 0.32
81 1 0.00
83 1 0.00
84 117 0.52
85 32 0.14
ACGTcount: A:0.21, C:0.11, G:0.25, T:0.42
Consensus pattern (83 bp):
ATGCCTCTGTGTTATATATGTGTTTGAGGACTTTGTAATAGAGTGCCCCTGTGTTATATATGTGT
TTGGGGACTTTGATAAAG
Found at i:13852 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 13838--13874 Score: 51
Period size: 8 Copynumber: 4.3 Consensus size: 9
13828 ATAACCCCTT
13838 TTTTTTCTC
1 TTTTTTCTC
*
13847 TTTTTTTTC
1 TTTTTTCTC
13856 -TTTTTCT-
1 TTTTTTCTC
13863 TTTTTTCTC
1 TTTTTTCTC
13872 TTT
1 TTT
13875 ATGTGGATCA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 4
0.80 0.07 0.13
Matches are distributed among these distances:
8 13 0.54
9 11 0.46
ACGTcount: A:0.00, C:0.16, G:0.00, T:0.84
Consensus pattern (9 bp):
TTTTTTCTC
Found at i:13863 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 13836--13874 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 2.6 Consensus size: 15
13826 GGATAACCCC
13836 TTTTT-TTTCTCTTT
1 TTTTTCTTTCTCTTT
*
13850 TTTTTCTTTTTCTTT
1 TTTTTCTTTCTCTTT
13865 TTTTCTCTTT
1 TTTT-TCTTT
13875 ATGTGGATCA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
14 5 0.23
15 12 0.55
16 5 0.23
ACGTcount: A:0.00, C:0.15, G:0.00, T:0.85
Consensus pattern (15 bp):
TTTTTCTTTCTCTTT
Done.