Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01013606.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig13639, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7745
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.18, T:0.34
Found at i:3509 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 3479--3535 Score: 114
Period size: 27 Copynumber: 2.1 Consensus size: 27
3469 AAATCACTAC
3479 TATAAACTATGGAATATGCAGGTCTAA
1 TATAAACTATGGAATATGCAGGTCTAA
3506 TATAAACTATGGAATATGCAGGTCTAA
1 TATAAACTATGGAATATGCAGGTCTAA
3533 TAT
1 TAT
3536 GGAAAATATT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 30 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.18, T:0.32
Consensus pattern (27 bp):
TATAAACTATGGAATATGCAGGTCTAA
Found at i:5759 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 5719--6210 Score: 389
Period size: 36 Copynumber: 13.8 Consensus size: 36
5709 TAATGTCCCC
5719 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTCTTT-ATTGACTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAG-TCTTTGATTGACTTT
* *
5755 ACTTAATTACCTTGAATTAAG--TTT-ATTGACTCT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGATTGACTTT
*
5788 ACTTAATTACCCAGAATTAAG-C-TT-ATTGACTCTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGATTGA--CTTT
* * *
5823 ACTTAATTACCCTGAACTAAGTCCTTGACTG-CTTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGATTGAC-TTT
* *
5859 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTGCTTGACTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGATTGACTTT
* * * * *
5895 ACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTG-TTCTT
1 ACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTTGATTGACT-TT
* * ** *
5932 ACCTAATTTCGTTGAAATTAAGTCTTTGTTTGA-TTT
1 ACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTTGATTGACTTT
* *
5968 GCTT-ATTACCCTGAATTAAGTCTTTGCTTGA-TTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGATTGACTTT
* * * * *
6002 ACTTAATCACCCTGAATTAAGTATGTGCTTGATTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGATTGACTTT
* * * * * *
6038 ACCTAATTTCCTTGAAAATAAGTCTTTGCTTG-TTTT
1 ACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTTTGATTGACTTT
* * * * * * *
6074 ACCTAGTTTCCTTGAAACTAAGTCTTTTGCTTGATTTT
1 ACTTAATTACCCTG-AATTAAGTC-TTTGATTGACTTT
* * **
6112 ACTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTGACTGTGTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGATTGACTTT
* **
6148 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGACTGTGTTT
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGATTGACTTT
*
6184 ACTTAATTACCCTAAATTAAGTCTTTG
1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTG
6211 CTGACCGTGT
Statistics
Matches: 389, Mismatches: 51, Indels: 32
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
33 37 0.10
34 23 0.06
35 53 0.14
36 178 0.46
37 81 0.21
38 17 0.04
ACGTcount: A:0.26, C:0.18, G:0.12, T:0.45
Consensus pattern (36 bp):
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGATTGACTTT
Found at i:5987 original size:179 final size:181
Alignment explanation
Indices: 5787--6206 Score: 466
Period size: 179 Copynumber: 2.3 Consensus size: 181
5777 TTATTGACTC
* * * *
5787 TACTTAATTACCCAGAATTAAG-CTTATTGAC-TCTTTACTTAATTACCCTGAACTAAGTCCT-T
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTC-T-TTGACTTATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCATGT
* * *
5849 GAC-TGCTTTTACTTAATTACCCTG-AATTAAGTCTGTGCTTGACTTTACCTAATTTCCTTGAAA
64 G-CTTGATTTTACCTAATTACCCTGAAAATAAGTCTGTGCTTG-CTTTACCTAATTTCCTTGAAA
* * ** * *
5912 TTAAGTC-TTTGCTTG-TTCTTACCTAATTTCGTTGAAATTAAGTCTTTG-TTTGATT
127 CTAAGTCTTTTGCTTGATT-TTACCTAATTACCCTG-AATTAAGACTTTGATGTG-TT
* *
5967 TGCTT-ATTACCCTGAATTAAGTCTTTG-CTTGATTTACTTAATCACCCTGAATTAAGT-ATGTG
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGACTT-ATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCATGTG
* * * * *
6029 CTTGATTTTACCTAATTTCCTTGAAAATAAGTCTTTGCTTGTTTTACCTAGTTTCCTTGAAACTA
65 CTTGATTTTACCTAATTACCCTGAAAATAAGTCTGTGCTTGCTTTACCTAATTTCCTTGAAACTA
*
6094 AGTCTTTTGCTTGATTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTGACTGTGTT
130 AGTCTTTTGCTTGATTTTACCTAATTACCCTGAATTAAGACTTTGA-TGTGTT
* *
6147 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGACTGTGTTTACTTAATTACCCTAAATTAAGTC
1 TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGACT-TATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTC
6207 TTTGCTGACC
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 25, Indels: 25
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
177 1 0.00
178 6 0.03
179 95 0.47
180 46 0.23
181 27 0.13
182 25 0.12
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.18, G:0.12, T:0.44
Consensus pattern (181 bp):
TACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGACTTATTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCATGTGC
TTGATTTTACCTAATTACCCTGAAAATAAGTCTGTGCTTGCTTTACCTAATTTCCTTGAAACTAA
GTCTTTTGCTTGATTTTACCTAATTACCCTGAATTAAGACTTTGATGTGTT
Found at i:6029 original size:143 final size:144
Alignment explanation
Indices: 5820--6212 Score: 521
Period size: 143 Copynumber: 2.7 Consensus size: 144
5810 TTATTGACTC
* *
5820 TTTACTTAATTACCCTGAACTAAGTCCTTGAC-TGCTTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTG
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGACTTG--TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTG
*
5884 TGCTTGACTTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGTTCTTACCTAATTTCGTTGAAA
64 TGCTTGA-TTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGTT-TTACCTAATTTCCTTGAAA
* *
5949 TTAAGTC-TTTGTTTGA-
127 CTAAGTCTTTTGCTTGAT
* * *
5965 TTTGCTT-ATTACCCTGAATTAAGTCTTTG-CTTGATTTACTTAATCACCCTGAATTAAGTATGT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGACTTG-TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGT
* *
6028 GCTTGATTTTACCTAATTTCCTTGAAAATAAGTCTTTGCTTGTTTTACCTAGTTTCCTTGAAACT
65 GCTTGA-TTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGTTTTACCTAATTTCCTTGAAACT
6093 AAGTCTTTTGCTTGAT
129 AAGTCTTTTGCTTGAT
* *
6109 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTGACTGTGTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTT
1 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGACT-TGTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGT
* * *
6174 GACTGTG-TTTACTTAATTACCCT-AAATTAAGTCTTTGCT
65 G-CT-TGATTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCT
6213 GACCGTGTTT
Statistics
Matches: 219, Mismatches: 21, Indels: 16
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
142 23 0.11
143 78 0.36
144 28 0.13
145 42 0.19
146 42 0.19
147 4 0.02
148 2 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.18, G:0.12, T:0.45
Consensus pattern (144 bp):
TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTTTGACTTGTTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCTGTG
CTTGATTTACCTAATTTCCTTGAAATTAAGTCTTTGCTTGTTTTACCTAATTTCCTTGAAACTAA
GTCTTTTGCTTGAT
Done.