Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01013670.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig13703, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15850
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.19, T:0.31
Found at i:1636 original size:130 final size:128
Alignment explanation
Indices: 1495--1833 Score: 474
Period size: 130 Copynumber: 2.7 Consensus size: 128
1485 CAATAACCTT
* *
1495 TTAAATTAAAATGGTAAAAATAAAATAATTATAAAAATATTGAATTTAATTAAATGAAAATAGAG
1 TTAAATTAAAATGATAAAAATAAAATAATTATAAAAATATTGAATTTAATTAAATAAAAATAGAG
* *
1560 TTTTTAGTAGAATAAAATTGTGTATT-AAAAATTTTAATATATCCAAGTTTTTAATGAAAAAAAA
66 TTTTTAGTAGAATAAAACTGTATATTAAAAAATTTTAATATATCCAAGTTTTTAATG---AAAAA
1624 A
128 A
* * *
1625 TTAAATTAAAATGTTAAAAAAATAAATAATTATAAAAA-ATTAAATTTAATTAAATAAAAATAGA
1 TTAAATTAAAATGATAAAAATA-AAATAATTATAAAAATATTGAATTTAATTAAATAAAAATAGA
* *
1689 GTTTTTAGTAGAATAAAACTGTATATTAAAAAATTTTAATGTATCCTAGTTTTTAATGAAAAAA
65 GTTTTTAGTAGAATAAAACTGTATATTAAAAAATTTTAATATATCCAAGTTTTTAATGAAAAAA
* * * *
1753 -T--AGTAAAATGATTATAATAAAGA-AATTATAAAAATATTGTATTTAATTAAATAAAAATAGA
1 TTAAATTAAAATGATAAAAATAAA-ATAATTATAAAAATATTGAATTTAATTAAATAAAAATAGA
1814 GTTTTTAGTAGAATAAAACT
65 GTTTTTAGTAGAATAAAACT
1834 ATAATAGTTT
Statistics
Matches: 190, Mismatches: 15, Indels: 13
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
124 13 0.07
125 58 0.31
127 1 0.01
128 6 0.03
130 69 0.36
131 43 0.23
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.09, T:0.36
Consensus pattern (128 bp):
TTAAATTAAAATGATAAAAATAAAATAATTATAAAAATATTGAATTTAATTAAATAAAAATAGAG
TTTTTAGTAGAATAAAACTGTATATTAAAAAATTTTAATATATCCAAGTTTTTAATGAAAAAA
Done.