Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01013701.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig13734, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1733
ACGTcount: A:0.18, C:0.17, G:0.23, T:0.42
Found at i:51 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 1--1733 Score: 1582
Period size: 35 Copynumber: 49.2 Consensus size: 35
*
1 GGGTGGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
*
36 -GGTCGGTCTTACTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
1 GGGT-GGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* *
71 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTAACCTA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * *
106 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATGTT-AGAATGATCGA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTAT-TTCAG-TTGACCCA
* *
142 GGGTGGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGATCCA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * * *
177 GGGCGGTCTTTCTTTAATTTATTTTAGTTGACCCA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* *
212 GGGCGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAATTGACCCA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * ** ** * *
247 TGGTAGTCTTTCTTCAGTTTAAGTCAGAAAGATCGA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAG-TTGACCCA
* ** * *
283 GGGTGGCCACTCTTCAGTTTATTTCAATTGATCCA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* *
318 GGGTGGAT-TTTCTTAAGTTTATTTTAGTTGACCCA
1 GGGTGG-TCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* ** * *
353 GGGCGGTCTTTCTAAAGTTTATTTCAATTGAACCA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* *
388 GGGCGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAATTGACCCA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * *
423 GGGCGGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAGTGGACCCA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* ** * *
458 AGACGGACTTTCTTCAGGTTATTTCAGTTGACCCA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * * * * *
493 GGGTTGTCTTTTTTCAGTTTATGTCAGAATGATCGA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAG-TTGACCCA
* *
529 GGGTGGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCTA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * *
564 GGGCGGTTTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACTCA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * * * *
599 TGGTGGTCTTTCTTCAGTTTACGTT-AGAATGATCGA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTA-TTTCAG-TTGACCCA
* *
635 GGGTGGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGATCCA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
** * * *
670 GGACGGTCTTTCTTTAGTTTATTTTAGTTGACCTA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * *
705 GGGCGGTCTTTCTTCAATTTATTTCAGTTGACCTA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * * * * *
740 GGGTAGTTTTTCTTCAGTTTCTCTCA-TAATGATCAA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGT--TGACCCA
** * * * *
776 GGGTAATCGTTCTTCAATTTATTTCAGTTGATCTA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * *
811 GGGCGGTTTTTCTTCAGTTTATATT-AGTTGACCCT
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTAT-TTCAGTTGACCCA
* *
846 GGGCGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAATTGACCCA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * * * *
881 GGGCGGTCATTCTTCAATTTATTTTAGTTGACCCT
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * * *
916 GGGCGGTTTTTCTTCAGTTTGTTTTAGTTGACCCA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * * **
951 GGGTTGTCTTTCTTCAGTTTATGTT-AGAATGATCGT
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTAT-TTCAG-TTGACCCA
* * *
987 GGGTGGTCATTCTTTAGTTTATTTCAATTGACCCA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * *
1022 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATGTT-AGAATGATCGA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTAT-TTCAG-TTGACCCA
* *
1058 GGGTGGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGATCCA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * *
1093 GGGTGATCTTTCTTTAGTTTATTTTAGTTGACCCA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
*
1128 GGGCGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
** * ** * * *
1163 TTGTAGTCTTTCTTCAGTTTAAGTCAGAATGATCGA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAG-TTGACCCA
** * *
1199 GGGTGGTCACTCTTCAGTTAATTTCAGTTGATCCA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * * *
1234 GGGTAGAT-TTTCTTAAGTTTATTTTAGTTGACCTA
1 GGGT-GGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * * * *
1269 GGGCGGTCATTCTACAGTTTATTTCAATTGATCCA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* *
1304 GGGAGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAATTGACCCA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* *
1339 GGGGCGGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTAGACCCA
1 -GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTT-GACCCA
1376 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* *** * *
1411 AGACAGTCTTTCTTCAGGTTATTTAAGTTGACCCA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * * * *
1446 GGGTGGCCTTTCTTCAGTTTATGTCAGAATGATCGA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAG-TTGACCCA
*
1482 GGGTGGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * * * * *
1517 AGGCGGTCTTACTTTAGTTTATTTCAGTTGATCTA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * *
1552 GCGTGATCTTTCTTTAGTTTATTTCAGTTGA-CCA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * * *
1586 GGGCGGTCTTACTTCAGTTTATTTCAGTTGATCTA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * * * *
1621 GGGTGCTCTTTCTTCAGTTTAAGTT-AGAATGATCGA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTT-ATTTCAG-TTGACCCA
* * **
1657 GGGTGGTCGTTATTCAGTTTATTTTTGTTGACCC-
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* ** *
1691 GGGACGGTCTTAGTTCAGTTTATTTCAGTTGACCTA
1 GGG-TGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
1727 GGGTGGT
1 GGGTGGT
Statistics
Matches: 1369, Mismatches: 294, Indels: 70
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
34 40 0.03
35 991 0.72
36 331 0.24
37 7 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.17, G:0.23, T:0.42
Consensus pattern (35 bp):
GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
Found at i:185 original size:106 final size:105
Alignment explanation
Indices: 1--1733 Score: 1564
Period size: 106 Copynumber: 16.4 Consensus size: 105
* *
1 GGGTGGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA-GGTCGGTCTTACTTCAGTTTATTTCAGTT
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGT-GGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTT
* * *
65 GACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTAACCTA
65 GACCCAGGGCGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * * *
106 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATGTT-AGAATGATCGAGGGTGGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAGT
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTAT-TTCAG-TTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGT
* * * *
170 TGATCCAGGGCGGTCTTTCTTTAATTTATTTTAGTTGACCCA
64 TGACCCAGGGCGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * * * ** **
212 GGGCGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAATTGACCCATGGTAGTCTTTCTTCAGTTTAAGTCAGAAA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAG-TT
* * * * ** * *
277 GATCGAGGGTGGCCACTCTTCAGTTTATTTCAATTGATCCA
65 GACCCAGGGCGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * * ** *
318 GGGTGGAT-TTTCTTAAGTTTATTTTAGTTGACCCAGGGCGGTCTTTCTAAAGTTTATTTCAATT
1 GGGTGG-TCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTT
* *
382 GAACCAGGGCGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAATTGACCCA
65 GACCCAGGGCGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * * * ** * *
423 GGGCGGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAGTGGACCCAAGACGGACTTTCTTCAGGTTATTTCAGTTG
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTG
** * * * * *
488 ACCCAGGGTTGTCTTTTTTCAGTTTATGTCAGAATGATCGA
66 ACCCAGGGCGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAG-TTGACCCA
* * * *
529 GGGTGGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCTAGGGCGGTTTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTG
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTG
* * * * * * *
594 ACTCATGGTGGTCTTTCTTCAGTTTACGTT-AGAATGATCGA
66 ACCCAGGGCGGTCTTTCTTCAGTTTA-TTTCAG-TTGACCCA
* * ** * *
635 GGGTGGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGATCCAGGACGGTCTTTCTTTAGTTTATTTTAGTTG
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTG
* * *
700 ACCTAGGGCGGTCTTTCTTCAATTTATTTCAGTTGACCTA
66 ACCCAGGGCGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * * * * * ** * *
740 GGGTAGTTTTTCTTCAGTTTCTCTCA-TAATGATCAAGGGTAATCGTTCTTCAATTTATTTCAGT
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGT--TGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGT
* * * *
804 TGATCTAGGGCGGTTTTTCTTCAGTTTATATT-AGTTGACCCT
64 TGACCCAGGGCGGTCTTTCTTCAGTTTAT-TTCAGTTGACCCA
* * * * * *
846 GGGCGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAATTGACCCAGGGCGGTCATTCTTCAATTTATTTTAGTTG
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTG
* * * *
911 ACCCTGGGCGGTTTTTCTTCAGTTTGTTTTAGTTGACCCA
66 ACCCAGGGCGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * * ** * * *
951 GGGTTGTCTTTCTTCAGTTTATGTT-AGAATGATCGTGGGTGGTCATTCTTTAGTTTATTTCAAT
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTAT-TTCAG-TTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGT
* * * *
1015 TGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATGTT-AGAATGATCGA
64 TGACCCAGGGCGGTCTTTCTTCAGTTTAT-TTCAG-TTGACCCA
* * * * *
1058 GGGTGGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGATCCAGGGTGATCTTTCTTTAGTTTATTTTAGTTG
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTG
1123 ACCCAGGGCGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
66 ACCCAGGGCGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
** * ** * * * ** *
1163 TTGTAGTCTTTCTTCAGTTTAAGTCAGAATGATCGAGGGTGGTCACTCTTCAGTTAATTTCAGTT
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAG-TTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTT
* * * * * *
1228 GATCCAGGGTAGAT-TTTCTTAAGTTTATTTTAGTTGACCTA
65 GACCCAGGG-CGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * * * * * *
1269 GGGCGGTCATTCTACAGTTTATTTCAATTGATCCAGGGAGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAATTG
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTG
*
1334 ACCCAGGGGCGGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTAGACCCA
66 ACCCA-GGGCGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTT-GACCCA
* *** * *
1376 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAAGACAGTCTTTCTTCAGGTTATTTAAGTTG
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTG
* * * * * *
1441 ACCCAGGGTGGCCTTTCTTCAGTTTATGTCAGAATGATCGA
66 ACCCAGGGCGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAG-TTGACCCA
* * * * *
1482 GGGTGGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAAGGCGGTCTTACTTTAGTTTATTTCAGTTG
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTG
* * * * * *
1547 ATCTAGCGTGATCTTTCTTTAGTTTATTTCAGTTGA-CCA
66 ACCCAGGGCGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* * * * * * *
1586 GGGCGGTCTTACTTCAGTTTATTTCAGTTGATCTAGGGTGCTCTTTCTTCAGTTTAAGTT-AGAA
1 GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTT-ATTTCAG-T
* * * * * **
1650 TGATCGAGGGTGGTCGTTATTCAGTTTATTTTTGTTGACCC-
64 TGACCCAGGGCGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
* ** *
1691 GGGACGGTCTTAGTTCAGTTTATTTCAGTTGACCTAGGGTGGT
1 GGG-TGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGT
Statistics
Matches: 1322, Mismatches: 275, Indels: 61
0.80 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
104 53 0.04
105 378 0.29
106 788 0.60
107 103 0.08
ACGTcount: A:0.18, C:0.17, G:0.23, T:0.42
Consensus pattern (105 bp):
GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTG
ACCCAGGGCGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA
Found at i:256 original size:141 final size:139
Alignment explanation
Indices: 5--1733 Score: 1586
Period size: 141 Copynumber: 12.3 Consensus size: 139
1 GGGT
* *
5 GGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCA-GGTCGGTCTTACTTCAGTTTATTTCAGTTGACC
1 GGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGT-GGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACC
* *
69 CAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTAACCTAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATGTTAGA
65 CAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTAT-TTAG-
* * * *
134 ATGATCGAGGGT
128 TTGACCCAGGGC
* * * * * *
146 GGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGATCCAGGGCGGTCTTTCTTTAATTTATTTTAGTTGACCC
1 GGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCC
* * * * * * *
211 AGGGCGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAATTGACCCATGGTAGTCTTTCTTCAGTTTAAGTCAGAA
66 AGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTT-ATTTAG-T
* * * *
276 AGATCGAGGGT
129 TGACCCAGGGC
* ** * * * *
287 GGCCACTCTTCAGTTTATTTCAATTGATCCAGGGTGGAT-TTTCTTAAGTTTATTTTAGTTGACC
1 GGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGG-TCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACC
* ** * * * *
351 CAGGGCGGTCTTTCTAAAGTTTATTTCAATTGAACCAGGGCGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAAT
65 CAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTT-AGT
416 TGACCCAGGGC
129 TGACCCAGGGC
* * * ** * *
427 GGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAGTGGACCCAAGACGGACTTTCTTCAGGTTATTTCAGTTGACCC
1 GGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCC
* * * * * * *
492 AGGGTTGTCTTTTTTCAGTTTATGTCAGAATGATCGAGGGTGGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAGT
66 AGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAG-TTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTT-AGT
*
557 TGACCTAGGGC
129 TGACCCAGGGC
* * * * * *
568 GGTTTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACTCATGGTGGTCTTTCTTCAGTTTACGTT-AGAATGAT
1 GGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTA-TTTCAG-TTGAC
* * * ** *
632 CGAGGGTGGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGATCCAGGACGGTCTTTCTTTAGTTTATTTTAG
64 CCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTA-TTTAG
*
697 TTGACCTAGGGC
128 TTGACCCAGGGC
* * * * * * *
709 GGTCTTTCTTCAATTTATTTCAGTTGACCTAGGGTAGTTTTTCTTCAGTTTCTCTCA-TAATGAT
1 GGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGT--TGAC
* ** * * * * * *
773 CAAGGGTAATCGTTCTTCAATTTATTTCAGTTGATCTAGGGCGGTTTTTCTTCAGTTTATATTAG
64 CCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTAT-TTAG
*
838 TTGACCCTGGGC
128 TTGACCCAGGGC
* * * * *
850 GGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAATTGACCCAGGGCGGTCATTCTTCAATTTATTTTAGTTGACCC
1 GGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCC
* * * * * * *
915 TGGGCGGTTTTTCTTCAGTTTGTTTTAGTTGACCCAGGGTTGTCTTTCTTCAGTTTATGTTAGAA
66 AGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTAT-TTAG-T
* ** *
980 TGATCGTGGGT
129 TGACCCAGGGC
* * * * *
991 GGTCATTCTTTAGTTTATTTCAATTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATGTT-AGAATGAT
1 GGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTAT-TTCAG-TTGAC
* * * * *
1055 CGAGGGTGGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGATCCAGGGTGATCTTTCTTTAGTTTATTTTAG
64 CCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTA-TTTAG
1120 TTGACCCAGGGC
128 TTGACCCAGGGC
** * ** * *
1132 GGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCATTGTAGTCTTTCTTCAGTTTAAGTCAGAATGATC
1 GGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAG-TTGACC
* ** * * * *
1197 GAGGGTGGTCACTCTTCAGTTAATTTCAGTTGATCCAGGGTAGAT-TTTCTTAAGTTTATTTTAG
65 CAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGT-GGTCTTTCTTCAGTTTA-TTTAG
*
1261 TTGACCTAGGGC
128 TTGACCCAGGGC
* * * * * *
1273 GGTCATTCTACAGTTTATTTCAATTGATCCAGGGAGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAATTGACCC
1 GGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCC
* *
1338 AGGGGCGGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTAGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAG
66 A-GGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTT-GACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTT-AG
* *
1403 TTGACCCAAGAC
128 TTGACCCAGGGC
* * * * * * *
1415 AGTCTTTCTTCAGGTTATTTAAGTTGACCCAGGGTGGCCTTTCTTCAGTTTATGTCAGAATGATC
1 GGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAG-TTGACC
* * * * * *
1480 GAGGGTGGTCGTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAAGGCGGTCTTACTTTAGTTTATTTCAGT
65 CAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTT-AGT
* * * *
1545 TGATCTAGCGT
129 TGACCCAGGGC
* * * * * *
1556 GATCTTTCTTTAGTTTATTTCAGTTGA-CCAGGGCGGTCTTACTTCAGTTTATTTCAGTTGATCT
1 GGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCC
* * * * * * * *
1620 AGGGTGCTCTTTCTTCAGTTTAAGTT-AGAATGATCGAGGGTGGTCGTTATTCAGTTTATTTTTG
66 AGGGTGGTCTTTCTTCAGTTT-ATTTCAG-TTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTA-TTTAG
1684 TTGACCC-GGGAC
128 TTGACCCAGGG-C
** *
1696 GGTCTTAGTTCAGTTTATTTCAGTTGACCTAGGGTGGT
1 GGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGT
Statistics
Matches: 1300, Mismatches: 258, Indels: 60
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
139 28 0.02
140 219 0.17
141 842 0.65
142 205 0.16
143 6 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.17, G:0.23, T:0.42
Consensus pattern (139 bp):
GGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCC
AGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTCAGTTGACCCAGGGTGGTCTTTCTTCAGTTTATTTAGTTG
ACCCAGGGC
Done.