Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01013720.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig13753, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Found at i:626 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 1--4532 Score: 6832
Period size: 332 Copynumber: 13.7 Consensus size: 332
* * * * * *
1 ATTTGATTATATGAAA-ATGGATATTTCAAGGAGTCTCGGCT-TCTAAAATCATTCAAAACTGAG
1 ATTTGATTAGAT-AAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGG-TGCCAAAAATCATGCAAAATTGAG
* ** * **
64 CCGGGTCCCAGAACGCGTATTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAATT
64 TCGGACCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATT
* * *
129 TTACAAAATTTGACCCAAAATATTTTTCTTTGATTTTTGGC-AAAATACTCATAAAAATTATATA
129 TTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTTTGATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAATTATATA
* * *
193 ATTTAGTACCTAAAAAATTGGAGGGCTTTTCACGGTTCAAATATCATTTTCCCTATTTTTTTTCA
194 ATTCAGTACCTAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGGTTCTAATATCATTTTCCCTA-TTTTTTTCA
* * *
258 GAACTAATTTCTAATTTAATCGAAACCAGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCACTTAGTCCAA
258 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCCTTAGTCCAA
*
323 CAG-GGCTGTG
323 C-GTGGCTGGG
* * *
333 ATTTAATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATTCAAAATTGAGTT
1 ATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTC
*
398 GGACCCCAGAACGCGTGTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTT
66 GGACCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTT
* *
463 GCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTTTGATTTTTGGCAAAAATACTCATAGATATTATATAAT
131 GCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTTTGATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAATTATATAAT
* * * *
528 TCAGTACCTAAAACATTGGAGGGCTATTCACAGTTCTAATATAATTTTCCCTATTTTTTTCAGAA
196 TCAGTACCTAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGGTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTTCAGAA
*
593 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGTTTCAGATGCACGT-AAAACATATCCCTTAGTCCAACGT
261 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCCTTAGTCCAACGT
657 GGCTGGG
326 GGCTGGG
* *
664 ATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGAGTCAAAAATCATGCAAAATTGAGTC
1 ATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTC
* *
729 GGACACCATAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTT
66 GGACCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTT
* *
794 GCAAAAATTGGCCCGAAATATTTTTCTTTCATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAATTATATAAT
131 GCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTTTGATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAATTATATAAT
*
859 TCAGTACCTAAAAGATTGGAGGGCTTTTAACGGTTCTAATATCATTTTCCCTA-TTTTTTCAGAA
196 TCAGTACCTAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGGTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTTCAGAA
*
923 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCCATAGTCCAACGT
261 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCCTTAGTCCAACGT
988 GGCTGGG
326 GGCTGGG
* * *
995 ATTTAATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGAGCCAAAAATCATGTAAAATTGAGTC
1 ATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTC
* * * *
1060 GGATCCCGGAACGCGTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCAGCTAAAATTTT
66 GGACCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTT
*
1125 GCAAAAATTGACCCGAATTATTTTTCTTTGATTTTTGGCAAAAAATACTCATAAAAATTATATAA
131 GCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTTTGATTTTTGGC-AAAAATACTCATAAAAATTATATAA
* * *
1190 TTCAGTACCTGAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGGTTCAAATATCATTTTCCCTATTTTTTTTAGA
195 TTCAGTACCTAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGGTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTTCAGA
* * * *
1255 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACGAATTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCCTTAATCCAACA
260 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCCTTAGTCCAACG
*
1320 TGGCTGAG
325 TGGCTGGG
* * *
1328 ATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTGTC-ATCGCCAAAAATCATGCAAAATAGAGT
1 ATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGT-GCCAAAAATCATGCAAAATTGAGT
** * * **
1392 CGGACCCTGGAACGCGGTTTTAGCCAAAAACCGTGATGCTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATAA
65 CGGACCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTT
1457 TGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTTTGATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAATTATATAA
130 TGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTTTGATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAATTATATAA
*
1522 TTCAGTACCTAAAAGATTGGAGGGCTTTTAACGGTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTTCAGA
195 TTCAGTACCTAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGGTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTTCAGA
* *
1587 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGTTTCAGATGCTCCTAAAAACATATCCCTAAGTCC-ACT
260 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCCTTAGTCCAAC-
*
1651 GTGGTTGGG
324 GTGGCTGGG
*
1660 ACTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTC
1 ATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTC
**
1725 GGATACCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTT
66 GGACCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTT
1790 GCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTTTGATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAATTATATAAT
131 GCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTTTGATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAATTATATAAT
1855 TCAGTACCTAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGGTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTTCAGAA
196 TCAGTACCTAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGGTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTTCAGAA
* * *
1920 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGTTTCAGATGCTCGTATAAACATATCACTTAGTCCAATGT
261 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCCTTAGTCCAACGT
**
1985 GGCTTTG
326 GGCTGGG
*
1992 ATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGATGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTC
1 ATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTC
* *
2057 GGACCCCAGAACGCGCTTTTAGCCAATAACCGTGATGGTCT-GTACACGATTTCAGCTAAAATTT
66 GGACCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGT-TAGTACACGATTTCAGCTAAAATTT
* * *
2121 TGCAAAAATTGACCCGAATTATTTTTCTTTAATTTTTGGAAAAAATACTCATAAAAATTATATAA
130 TGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTTTGATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAATTATATAA
* *** * * *
2186 TTCAGTACC-AAATAGGTTGGAGCATTTTTCACGATTTTTAATATCATTTTTCCTA-TTTTTTCA
195 TTCAGTACCTAAA-AGATTGGAGGGCTTTTCACG-GTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTTCA
* * * * *
2249 GAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACTATTTTCAGATGCTCGTAAAAAAATATCCCTTAATCCAA
258 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCCTTAGTCCAA
* *
2314 CATGGCTGAG
323 CGTGGCTGGG
* * *
2324 ATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTGTC-ATCGCCAAAAATCATGCAAAATAGAGT
1 ATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGT-GCCAAAAATCATGCAAAATTGAGT
** * *
2388 CGGACCCTGGAACGCGGTTTTAGCCAAAAACCGTGATGCTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTT
65 CGGACCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTT
* *
2453 TGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTTTGATTTTTGGCAAAAATACTCATAGAGATTATATAA
130 TGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTTTGATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAATTATATAA
* * * *
2518 TTTAGTACCTAAAACATTGGACGGCTATTCACGGTTCTAATATCATTTTCCCT-TATTTTTTCAG
195 TTCAGTACCTAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGGTTCTAATATCATTTTCCCTAT-TTTTTTCAG
*
2582 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAAACAGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCCTTAGTCCAAC
259 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCCTTAGTCCAAC
2647 GTGGCTGGG
324 GTGGCTGGG
* *
2656 ATTTAATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTC-ATCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGT
1 ATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGT-GCCAAAAATCATGCAAAATTGAGT
** * * *
2720 CGGACCCTGGAACGCGGTTTTAACCAAAATCCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTT
65 CGGACCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTT
*
2785 TGCAAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTTTGATTTTTTGGCAAAATTACTCATAAAAATTATAT
130 TGC-AAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTTTGA-TTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAATTATAT
*
2850 AATTCAGTACCTAAAAGATTGGAGGGCTTTTAACGGTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTTCA
193 AATTCAGTACCTAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGGTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTTCA
* *
2915 GAATTAATTTCAAATTAAATCGAAACCAGTTTCAGATGCACGTAAAAACATATCCCTTAGTCCAA
258 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCCTTAGTCCAA
2980 CGTGGCTGGG
323 CGTGGCTGGG
* *
2990 ATTTAATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTC
1 ATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTC
* * *
3055 GGACCCCAGAACGCG-TTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTATACGATTTCAGTTAAAATTTT
66 GGACCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTT
* * *
3119 GCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCGTTGATTTTTGGCAAAAATACTCATAGAGATTATATAAT
131 GCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTTTGATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAATTATATAAT
* * *
3184 TCAGTACCTAAAACATTGGAGAGCTATTCACGGTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTTCAGAA
196 TCAGTACCTAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGGTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTTCAGAA
* *
3249 TTAATTTCTATTTAAATCGAAACCAATTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCCTTAGTCCAACGT
261 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCCTTAGTCCAACGT
* *
3314 GCCTAGG
326 GGCTGGG
* *
3321 ATTTTATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATCCAAAATTGAGTC
1 ATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTC
* * *
3386 GGTCACCAGAACGCATTTTTAGCCAAAAACC----------G----CGATTTCAGCTAAAATTTT
66 GGACCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTT
* *
3437 GCAAAAATTAACCCGAAATATTTTTCTTTGATTTGTGGCAAAAATACTCATAAAAATTATATAAT
131 GCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTTTGATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAATTATATAAT
** *
3502 TCAGTACCTAAAAGATTGGAGGGCTTTGAACGGTTCTAATATCATTTTCCTTA-TTTTTTCAGAA
196 TCAGTACCTAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGGTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTTCAGAA
*
3566 ATAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGTTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCCTTAGTCCAACG
261 TTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAG-TTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCCTTAGTCCAACG
* *
3631 TAGCTGAG
325 TGGCTGGG
* * *
3639 ACTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGAGCCAAAAATCATGTAAAATTGAGTC
1 ATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTC
* *
3704 GGATCCC-GTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGGTAAAATTT
66 GGACCCCAG-AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTT
* *
3768 TGCAAAAGTTGACCCGAAATATTTTTCTTTGATTTTTGGCAAAAATACTCGTAAAAATTATATAA
130 TGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTTTGATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAATTATATAA
* * *
3833 TTCAGTACCTAAAAGATTGAACGGTTTTTCACGGTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTTCAGA
195 TTCAGTACCTAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGGTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTTCAGA
3898 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCCTTAGTCCAACG
260 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCCTTAGTCCAACG
3963 TGGCTGGG
325 TGGCTGGG
* * * * *
3971 ATTTAATTAGATAAATATAGATATTTTAAGGAGTGTC-ATCGCCAAAAATCATGTAAAATTGAGT
1 ATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGT-GCCAAAAATCATGCAAAATTGAGT
* * *
4035 CGGATCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCAGCTAAAATTT
65 CGGACCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTT
* * * *
4100 TGTAAAAATTGACCCGAATTATTTTTCTTTAATTTTTGGAAAAAATACTCATAAAAATTATATAA
130 TGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTTTGATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAATTATATAA
* * * * * * *
4165 TTCAGTACCAAAAAGGTTGGAGGGGTTTTCACGATTTTTAATATCATTTTTCCTA-CTTTTTCAG
195 TTCAGTACCTAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACG-GTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTTCAG
* * * * *
4229 AATTAATTTCTTATTAAATCGAAACCAATTTTAGATTCTCGTAAAAACATATCCCTTAATCCAAC
259 AATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCCTTAGTCCAAC
**
4294 GTGGCTGAC
324 GTGGCTGGG
*
4303 ATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTC-ATCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGT
1 ATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGT-GCCAAAAATCATGCAAAATTGAGT
* * * *
4367 CAGACCCCGGAACGCGGTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCAGCTAAAATTT
65 CGGACCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTT
* * *
4432 TGCGAAAATTGACCCGAAATAGTTTTT-TATGGTTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAAATTATAT
130 TGCAAAAATTGACCCGAAATA-TTTTTCTTTGATTTTTGGCAAAAATACTCAT-AAAAATTATAT
* * *
4496 GATTCAGTACCTAAAAGAATAGAGGG-TTTTCACGGTT
193 AATTCAGTACCTAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGGTT
4533 TT
Statistics
Matches: 3838, Mismatches: 316, Indels: 93
0.90 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
317 35 0.01
318 252 0.07
322 1 0.00
328 1 0.00
330 51 0.01
331 708 0.18
332 2066 0.54
333 490 0.13
334 233 0.06
335 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (332 bp):
ATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTC
GGACCCCAGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTT
GCAAAAATTGACCCGAAATATTTTTCTTTGATTTTTGGCAAAAATACTCATAAAAATTATATAAT
TCAGTACCTAAAAGATTGGAGGGCTTTTCACGGTTCTAATATCATTTTCCCTATTTTTTTCAGAA
TTAATTTCTAATTAAATCGAAACCAGTTTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCCTTAGTCCAACGT
GGCTGGG
Done.