Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01013725.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig13758, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 895
Length: 1492
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.16, T:0.33
Found at i:614 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 4--1462 Score: 2327
Period size: 332 Copynumber: 4.4 Consensus size: 332
1 AGA
* * *
4 AGTCTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAATGCGTTTTTAGCTTAAAAC
1 AGTCTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAAAA
* * *
69 AGTGATGGATAGTACAAGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCTGAAAATTTTTGCTCA
66 AGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGATCCGGAAAATTTTTGCTCA
134 ATTTTTGGCCAAAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCA
131 ATTTTTGGCCAAAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCA
* *
199 GGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTTAGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATTCA
196 GGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTTTGAATCAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATTCA
*
264 GATGCTCGTAACAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATGAATATAGATAT
261 GATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATGAATATAGATAT
329 TTCAAGG
326 TTCAAGG
* *
336 AGTCTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGTCTCGAAACGCGTTTTTAACTTAAAAA
1 AGTCTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAAAA
* * *
401 AGAGATGGATAGTACACGATTTCGGCTATAATTTTGAAAAAATAT-ATCCGGAAAATTTTTGCTT
66 AGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAAT-TGATCCGGAAAATTTTTGCTC
* *
465 AATTTTTGGCCAAAACTCTCAAAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGAGTTTTTC
130 AATTTTTGGCCAAAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTC
* * *
530 AGGCTTCTAATATCGTTTTCCC-ATTTTTTTCTGAATTAATTTCGGATTAAATAGAAACACGATT
195 AGGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTT-TGAATCAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATT
594 CAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATGAATATAGAT
259 CAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATGAATATAGAT
659 ATTTCAAGG
324 ATTTCAAGG
* * *
668 AGTCTTCGTGCAATAAATCATGTAAAACTAAGTCGGGGTCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTTAAAA
1 AGTCTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCTCGAAACGCGTTTTTAGC-TTAAAA
* *
733 TAGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAAATTGATCCGTAAAATTTTTGCT
65 AAGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG-AAAAAATTGATCCGGAAAATTTTTGCT
*
798 CAATTTTTGGCCAAAACTATCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTT
129 CAATTTTTGGCCAAAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTT
863 CAGGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTTTCGAATCAAGTTT-GAATTAAATAGAAACATGA
194 CAGGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTTT-GAATCAA-TTTCGAATTAAATAGAAACATGA
* *
927 TTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGTCTGAAATTTGGTCAGATGAATATTG
257 TTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATGAATATAG
*
992 ATATTTGAAGG
322 ATATTTCAAGG
*
1003 AGTCTTCGTGCAAAAAATCAAGCAAAACTGAGTTC-GGGTCTTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAA
1 AGTCTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAG-TCGGGGTC-TCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAA
* * * *
1067 ACAGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG-CAAAATTGATCCGGAAAATTTTTCCA
64 AAAGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGATCCGGAAAATTTTTGCT
* *
1131 CAATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAATAAGATTGAAGGGTTTTT
129 CAATTTTTGGCCAAAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTT
* * * ** *
1196 CAGGCTTCTAATATCCTTTTCCCAATTTTTTCTAAATCAATTTTAAATTAAATAGAAAGATGATT
194 CAGGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTTTGAATCAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATT
*
1261 CAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATGAATATAGAT
259 CAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATGAATATAGAT
1326 ATTTCAAGG
324 ATTTCAAGG
* * * *
1335 AGACTTCGTGCAAAAAATCATACAAAATTGAGTCGGGGTCTCGAAACGCGTTTTTCGCTTAAAAA
1 AGTCTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAAAA
* * * * * *
1400 ATTGATGGATAATACACGATTACGGCTATAATTTTGAAAAAATAT-ATTCGGAAAGTTTTTGCT
66 AGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAAT-TGATCCGGAAAATTTTTGCT
1463 TGATCTGGAA
Statistics
Matches: 1041, Mismatches: 72, Indels: 28
0.91 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
331 68 0.07
332 504 0.48
333 158 0.15
334 109 0.10
335 179 0.17
336 23 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (332 bp):
AGTCTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAAAA
AGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGATCCGGAAAATTTTTGCTCA
ATTTTTGGCCAAAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCA
GGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTTTGAATCAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATTCA
GATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATGAATATAGATAT
TTCAAGG
Found at i:1378 original size:667 final size:664
Alignment explanation
Indices: 7--1442 Score: 2333
Period size: 667 Copynumber: 2.2 Consensus size: 664
1 AGAAGT
* * *
7 CTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAATGCGTTTTTAGCTTAAAACAGT
1 CTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAAAAAGT
* *
72 GATGGATAGTACAAGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCTGAAAATTTTTGCTCAATT
66 GATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGATCCTGAAAATTTTTGCTCAATT
*
137 TTTGGCCAAAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGGC
131 TTTGGCCAAAACTATCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGGC
*
202 TTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTTAGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATTCAGAT
196 TTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTTAGAATCAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATTCAGAT
*
267 GCTCGTAACAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATGAATATAGATATTTC
261 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATGAATATAGATATTTC
* *
332 AAGGAGTCTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGTCTCGAAACGCGTTTTTAACTTA
326 AAGGAGTCTTCGTGCAAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCGGGGTCTCGAAACGCGTTTTTAACTTA
* *
397 AAAAAGAGATGGATAGTACACGATTTCGGCTATAATTTTGAAAAAATATATCCGGAAAATTTTTG
391 AAAAAGAGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATATATCCGGAAAATTTTTC
**
462 CTTAATTTTTGGCCAAAACTCTCAAAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGAGTTT
456 CACAATTTTTGGCCAAAACTCTCAAAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGAGTTT
* * * * **
527 TTCAGGCTTCTAATATCGTTTTCCCATTTTTTTCTGAATTAATTTCGGATTAAATAGAAACACGA
521 TTCAGGCTTCTAATATCCTTTTCCCAATTTTTTCTAAATCAATTTCAAATTAAATAGAAACACGA
*
592 TTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATGAATATAG
586 TTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATGAATATAG
*
657 ATATTTCAAGGAGT
651 ATATTTCAAGGAGA
* * * *
671 CTTCGTGCAATAAATCATGTAAAACTAAGTCGGGGTCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTTAAAATAG
1 CTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCTCGAAACGCGTTTTTAGC-TTAAAAAAG
736 TGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAAATTGATCC-GTAAAATTTTTGCTCA
65 TGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG-AAAAAATTGATCCTG-AAAATTTTTGCTCA
800 ATTTTTGGCCAAAACTATCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCA
128 ATTTTTGGCCAAAACTATCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCA
*
865 GGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTTTCGAATCAAGTTT-GAATTAAATAGAAACATGATT
193 GGCTTCTAATATCGTTTTCCCAA-TTTTTTTAGAATCAA-TTTCGAATTAAATAGAAACATGATT
* *
929 CAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGTCTGAAATTTGGTCAGATGAATATTGAT
256 CAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATGAATATAGAT
*
994 ATTTGAAGGAGTCTTCGTGCAAAAAATCAAGCAAAACTGAGTTC-GGGTCTTCGAAACGCGTTTT
321 ATTTCAAGGAGTCTTCGTGCAAAAAATCAAGCAAAACTGAG-TCGGGGTC-TCGAAACGCGTTTT
* * * *
1058 TAGCTTAAAACAGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG-CAAAAT-TGATCCGGAA
384 TAACTTAAAAAAGAGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATAT-ATCCGGAA
* * *
1121 AATTTTTCCACAATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAATAAGATTG
448 AATTTTTCCACAATTTTTGGCCAAAACTCTCAAAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTG
* *
1186 AAGGGTTTTTCAGGCTTCTAATATCCTTTTCCCAATTTTTTCTAAATCAATTTTAAATTAAATAG
513 AAGAGTTTTTCAGGCTTCTAATATCCTTTTCCCAATTTTTTCTAAATCAATTTCAAATTAAATAG
* *
1251 AAAGATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGAT
578 AAACACGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGAT
1316 GAATATAGATATTTCAAGGAGA
643 GAATATAGATATTTCAAGGAGA
* * * *
1338 CTTCGTGCAAAAAATCATACAAAATTGAGTCGGGGTCTCGAAACGCGTTTTTCGCTTAAAAAATT
1 CTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAAAAAGT
* * *
1403 GATGGATAATACACGATTACGGCTATAATTTTGAAAAAAT
66 GATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAAT
1443 ATATTCGGAA
Statistics
Matches: 713, Mismatches: 51, Indels: 15
0.92 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
664 50 0.07
665 49 0.07
666 152 0.21
667 400 0.56
668 62 0.09
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (664 bp):
CTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAAAAAGT
GATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATTGATCCTGAAAATTTTTGCTCAATT
TTTGGCCAAAACTATCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGGC
TTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTTAGAATCAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATTCAGAT
GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATGAATATAGATATTTC
AAGGAGTCTTCGTGCAAAAAATCAAGCAAAACTGAGTCGGGGTCTCGAAACGCGTTTTTAACTTA
AAAAAGAGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGAAAAAATATATCCGGAAAATTTTTC
CACAATTTTTGGCCAAAACTCTCAAAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGAGTTT
TTCAGGCTTCTAATATCCTTTTCCCAATTTTTTCTAAATCAATTTCAAATTAAATAGAAACACGA
TTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATGAATATAG
ATATTTCAAGGAGA
Done.