Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01013726.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig13759, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1673
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.16, T:0.31
Found at i:1406 original size:331 final size:332
Alignment explanation
Indices: 11--1662 Score: 2023
Period size: 331 Copynumber: 5.0 Consensus size: 332
1 ATATGGATAG
* *
11 TTCAAGGAGTCTCCGTGCT-AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGTGGG-CTCGAAACGCGATTTTA
1 TTCAAGGAGTCTTCGT-CTAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCG-GGGCCTCGAAACGCGTTTTTA
* * * * * *
74 ACATAAAATCGTGATGGATAGTGCATGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTTATCCTGAAAAT
64 GCTTAAAATCGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCTGAAAAT
* * * * * * ** *
139 TTTTACTCAATTTTTCGACACAATTCTCATAGACAATATATAATTCAAAGAAAAAAAGCTTGAAG
129 TTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAG
** *
204 GGTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTGC-A----TT-T--A-T--TTCTGAATTAAATAGAAA
194 GGTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTCTGAATTAATTTTGAATTAAATAGAAA
* * * * * * *
258 CATGATACAAATGCTCGTAAAAAAAAAACCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTCAAATGAA
259 CACGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATGAA
323 TATA-AATAT
324 TATAGAA-AT
* * * * *
332 TTCAAGGAGTCTTTGTGC-AAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGTGTCTCGAAACGTGTTTTTAG
1 TTCAAGGAGTCTTCGT-CTAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAG
* * * * * *
396 CCTAAAATCGTGATGGAAAGTATACGATTTCTGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAGCCGGAAAATT
65 CTTAAAATCGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCTGAAAATT
* * * * * *
461 TTTCCTCAATTTTTGGCTACAACTCTCATAAAATATAAATAACTCAAATCCAAAAAGATCGAAGG
130 TTTCCTCAATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGG
* * * * * *
526 GTTTTTCACGCTTTTAATATTGTTTGT-CCAATTTTTTCTGAATTAA-TTTCAAATAATATCGAA
195 GTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTT-TCCCAATTTTTTCTGAATTAATTTTGAATTAA-ATAGAA
* * * *
589 ACATGATTC-GTTGGTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTCAGATGA
258 ACACGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATGA
** * *
653 GGATACG-TAG
323 ATATA-GAAAT
* * *
663 TTCAAGGAGTCTTCGTGCT-AAAAATCATGCAAAACTGACTCGGGGCCCCGAAAAAGCGTTTTTA
1 TTCAAGGAGTCTTCGT-CTAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCTCG-AAACGCGTTTTTA
* * *
727 GCTTAAAATCGTGATGG-T-G--CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAAATGATCCAGAAAAT
64 GCTTAAAATCGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCTGAAAAT
* * * * * * ** *
788 TTTTCCACAATTTTTGGCCAAAATTCTCATAGACAATATATAATTTAAAGAAAAAAAGCTTGAAG
129 TTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAG
* * * *
853 GGTTTTTCAGGCTTCTAGTATCGTTTTCCCAATTTTTTTCTAAATTAATTTCGAATTAAACAGAA
194 GGTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTCCCAA-TTTTTTCTGAATTAATTTTGAATTAAATAGAA
* *
918 ACACGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATTA
258 ACACGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATGA
*
983 ATATAGACAT
323 ATATAGAAAT
* *
993 TTCAAGGAGTCTTCG-CGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCTTGAAA-GCGTTTTTAG
1 TTCAAGGAGTCTTCGTC-TAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAG
* * *
1056 CTTAAAATAGTGATGGATAGAACACGATTCCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCTG-AAATT
65 CTTAAAATCGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCTGAAAATT
*
1120 TTTGCTCAATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGG
130 TTTCCTCAATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGG
*
1185 GTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTCGGAATTAATTTTGAATTAAATAGAAAC
195 GTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTCTGAATTAATTTTGAATTAAATAGAAAC
*
1250 ACGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTAGTCAGATGAAT
260 ACGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATGAAT
1315 ATAGAAAT
325 ATAGAAAT
* **
1323 TTCAAGGAGTCTTCGTTTAAAAAATCATGCAAAACTGAGAAGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGC
1 TTCAAGGAGTCTTCGTCTAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGC
*** *
1388 TTAAAAAAATGATGGATAGTACACGATTTCGGCTATAATTTTGCAAAAATTGATCC-GAAAAATT
66 TTAAAATCGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCTG-AAAATT
* * *
1452 TTTGCTCAATTTTTGGCCAAAAC-CGTCAT-AAAAATATACAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAG
130 TTTCCTCAATTTTTGGCCACAACTC-TCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAG
* * ** *
1515 GGTTTTTCAGGCTTCTAAAATCGTTTTCCCAATTTCTTCTGAATTAATTTCAAATTAAACAGAAA
194 GGTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTCTGAATTAATTTTGAATTAAATAGAAA
* *
1580 CACGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAAAGTGCCTGAAATTTGGTCAGATGAA
259 CACGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATGAA
*
1645 TATAGATAT
324 TATAGAAAT
1654 TTCAAGGAG
1 TTCAAGGAG
1663 ACTTGGTGGT
Statistics
Matches: 1144, Mismatches: 152, Indels: 60
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
320 2 0.00
321 181 0.16
322 2 0.00
326 2 0.00
327 2 0.00
328 138 0.12
329 32 0.03
330 254 0.22
331 427 0.37
332 104 0.09
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (332 bp):
TTCAAGGAGTCTTCGTCTAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGC
TTAAAATCGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCTGAAAATTT
TTCCTCAATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGG
TTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTCTGAATTAATTTTGAATTAAATAGAAACA
CGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATGAATA
TAGAAAT
Found at i:1588 original size:661 final size:661
Alignment explanation
Indices: 9--1662 Score: 2170
Period size: 661 Copynumber: 2.5 Consensus size: 661
1 ATATGGAT
* *
9 AGTTCAAGGAGTCTCCGTGCTAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGTGGG-CTCGAAACGCGATTTT
1 AGTTCAAGGAGTCTTCGTGCTAAAAATCATGCAAAACTGAGTCG-GGGCCTCGAAACGCGTTTTT
* * * * *
73 AACATAAAATCGTGATGGATAGTGCATGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTTATCCTG-AAA
65 AGCTTAAAATCGTGATGGATAGT-CACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCC-GAAAA
* * *
137 ATTTTTACTCAATTTTTCGACACAATTCTCATAGACAATATATAATTCAAAGAAAAAAAGCTTGA
128 ATTTTTACTCAATTTTTGGCCA-AAATCTCATAGACAATATATAATTCAAAGAAAAAAAGCTTGA
**
202 AGGGTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTGC-ATTTATTTCTG----AA-TT-AAA-T----AG
192 AGGGTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTT-TTTCTGAATTAATTTCAAATTAAACAG
* * * * * *
255 AAACATGATACAAATGCTCGTAAAAAAAAAACCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTCAAAT
256 AAACACGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGAT
* * * * *
320 GAATATAAATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCAAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGTGTCTCGAAA
321 GAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCGCGCAAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGGCCTCGAAA
* * * * * *
385 CGTGTTTTTAGCCTAAAATCGTGATGGAAAGTATACGATTTCTGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA
386 CGCGTTTTTAGCCTAAAATAGTGATGGAAAGAACACGATTCCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA
* * *
450 GCCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCTACAACTCTCATAAAATATAAATAACTCAAATCCAAA
451 GCCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATAAATAACTCAAAGCCAAA
* * *
515 AAGATCGAAGGGTTTTTCACGCTTTTAATATTGTTTGTCCAATTTTTTCTGAATTAATTTCAAAT
516 AAGATCGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTGTCCAATTTTTTCGGAATTAATTTCAAAT
* * * * * *
580 AATATCGAAACATGATTCGTTGGTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGG
581 AATATAGAAACACGATTCGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTAG
* *
645 TCAGATGAGGATACGT
646 TCAGATGAAGATACGA
* * *
661 AGTTCAAGGAGTCTTCGTGCTAAAAATCATGCAAAACTGACTCGGGGCCCCGAAAAAGCGTTTTT
1 AGTTCAAGGAGTCTTCGTGCTAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCTCG-AAACGCGTTTTT
* *
726 AGCTTAAAATCGTGATGG-T-G-CACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAAATGATCC-AGAAAA
65 AGCTTAAAATCGTGATGGATAGTCACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGA-AAAA
* * *
787 TTTTTCCACAATTTTTGGCCAAAATTCTCATAGACAATATATAATTTAAAGAAAAAAAGCTTGAA
129 TTTTTACTCAATTTTTGGCCAAAA-TCTCATAGACAATATATAATTCAAAGAAAAAAAGCTTGAA
* * *
852 GGGTTTTTCAGGCTTCTAGTATCGTTTTCCCAATTTTTTTCTAAATTAATTTCGAATTAAACAGA
193 GGGTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTCCCAA-TTTTTTCTGAATTAATTTCAAATTAAACAGA
* * *
917 AACACGATTCAGATGCTCGTAAAAACATATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATT
257 AACACGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATG
* * *
982 AATATAGACATTTCAAGGAGTCTTCGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCTTGAAA-
322 AATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCGCGCAAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGGCCTCGAAAC
* * *
1046 GCGTTTTTAGCTTAAAATAGTGATGGATAGAACACGATTCCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAT
387 GCGTTTTTAGCCTAAAATAGTGATGGAAAGAACACGATTCCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAG
* * * *
1111 CCTG-AAATTTTTGCTCAATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAA
452 CCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATAAATAACTCAAAGCCAAAA
* * * *
1175 AGATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTT-TCCCAATTTTTTCGGAATTAATTTTGAAT
517 AGATCGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTGT-CCAATTTTTTCGGAATTAA-TTTCAAA
1239 TAA-ATAGAAACACGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTT
580 TAATATAGAAACACGATTC-GATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTT
*
1303 AGTCAGATGAATATA-GAA
644 AGTCAGATGAAGATACG-A
* * **
1321 ATTTCAAGGAGTCTTCGT-TTAAAAAATCATGCAAAACTGAGAAGGGGCCTCGAAACGCGTTTTT
1 AGTTCAAGGAGTCTTCGTGCT-AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTT
*** *
1385 AGCTTAAAAAAATGATGGATAGTACACGATTTCGGCTATAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAAA
65 AGCTTAAAATCGTGATGGATAGT-CACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAAA
* * * * ** *
1450 TTTTTGCTCAATTTTTGGCCAAAACCGTCATA-AAAATATACAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAA
129 TTTTTACTCAATTTTTGGCCAAAATC-TCATAGACAATATATAATTCAAAGAAAAAAAGCTTGAA
* *
1514 GGGTTTTTCAGGCTTCTAAAATCGTTTTCCCAATTTCTTCTGAATTAATTTCAAATTAAACAGAA
193 GGGTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTCTGAATTAATTTCAAATTAAACAGAA
* *
1579 ACACGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAAAGTGCCTGAAATTTGGTCAGATGA
258 ACACGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATGA
1644 ATATAGATATTTCAAGGAG
323 ATATAGATATTTCAAGGAG
1663 ACTTGGTGGT
Statistics
Matches: 869, Mismatches: 104, Indels: 49
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
648 2 0.00
649 118 0.14
650 6 0.01
651 7 0.01
652 46 0.05
653 26 0.03
654 2 0.00
655 2 0.00
656 2 0.00
657 1 0.00
658 1 0.00
659 144 0.17
660 166 0.19
661 224 0.26
662 58 0.07
663 63 0.07
664 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (661 bp):
AGTTCAAGGAGTCTTCGTGCTAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTA
GCTTAAAATCGTGATGGATAGTCACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAAATT
TTTACTCAATTTTTGGCCAAAATCTCATAGACAATATATAATTCAAAGAAAAAAAGCTTGAAGGG
TTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTCTGAATTAATTTCAAATTAAACAGAAACA
CGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATGAATA
TAGATATTTCAAGGAGTCTTCGCGCAAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGGGCCTCGAAACGCGT
TTTTAGCCTAAAATAGTGATGGAAAGAACACGATTCCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAGCCGG
AAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATAAATAACTCAAAGCCAAAAAGAT
CGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTGTCCAATTTTTTCGGAATTAATTTCAAATAATAT
AGAAACACGATTCGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTAGTCAGA
TGAAGATACGA
Done.