Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01013727.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig13760, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6675
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.16, T:0.33
Found at i:984 original size:330 final size:331
Alignment explanation
Indices: 104--1780 Score: 2350
Period size: 330 Copynumber: 5.1 Consensus size: 331
94 AAATTTTTGC
* * * * *
104 TTGATCTGGAAAAATTTACCTTAATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATATTTAATTCAAAGC
1 TTGATCCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGC
* * * * *
169 AAAAAATATTGAAGGG-TTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTCCCA-TTTTTTTCTAAATCAATTT
66 CAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTCCAATTTTTTTTC-GAATCAATTT
* * * * * *
232 CGAATTAAATAGAAAGACGATTCAGATGATCGTAAAAACATATTCTTAAATCCAAAGTGACTGAA
130 CGAATTAAATAGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGCCTGAA
* * * *
297 ATTTGGTCAGATGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTTCATGCAAAATATCATGTAAAACTGAGTC
195 ATTTGGTCAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCATCATGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTC
** *
362 GGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAAATAGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTGAAATTT
260 GGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAAACCGTGAT-GATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTT
427 TGCAAAAA
324 TGCAAAAA
* * *
435 TTAATCCGGAAAA-TTTTGCTCAATTTTTGGCCAAAACTCTCATAAAAAATATATAAATTCAAAG
1 TTGATCCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATATAT-AATTCAAAG
499 CCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTTTTCGAATCAAG
65 CCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTT-CCAA-TTTTTTTTCGAATCAA-
*
564 TTT-GAATTAAATAGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCTAAGTGCCT
127 TTTCGAATTAAATAGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGCCT
*
628 GAAATTTGGTCAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCATCGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGA
192 GAAATTTGGTCAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCATCATGCAAAAAATCATGCAAAACTGA
* *
693 GTCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTGAAACCGTGAT-TTAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
257 GTCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAAACCGTGATGATAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
757 TTTGCAAAAA
322 TTTGCAAAAA
* * *
767 TTGATCCGTAAAATTTTTCCTTAATTTTTGGCGACAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGC
1 TTGATCCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGC
* *
832 CAAAAAGATTGAAGGGTTTTTAAGGCTTCTAATATCG-TTTCCAAATTTTTTTTCGAATCAAGTT
66 CAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTCC-AATTTTTTTTCGAATCAATTT
* *
896 CGAATTAAATAGAAACATGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAA
130 CGAATTAAATAGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGCCTGAA
* * * * *
961 ATTTGGTCAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCGTGAAAAAAATCATGCAAAACAGAGTC
195 ATTTGGTCAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCATCATGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTC
* * * *
1026 GGGGCCTCGAAACGTGTTTTCAACTTAAAGA-CGTGATGGATAGTACACGATTTCGGTTAAAATT
260 GGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAA-ACCGTGAT-GATAGTACACGATTTCGGCTAAAATT
*
1090 TCGCAAAAA
323 TTGCAAAAA
*
1099 TTGATCCCGAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGC
1 TTGATCCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGC
* *
1164 CAAAAAGATTGAA-GGTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTCCAATTTTTTCT-GAATTAATTTC
66 CAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTCCAATTTTTTTTCGAATCAATTTC
* * * *
1227 GAATTAAATAGAAACACGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTTAAA
131 GAATTAAATAGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGCCTGAAA
* * *
1292 TTTCGTCAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC-TACATGCAAATAATCATTCAAAACTGAGTC
196 TTTGGTCAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCAT-CATGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTC
* * * *
1356 GGGGCCTCGAAACGCATTTTTAGCTTAAAACCGTGAAGCATAGTACACGGTTTCGGCTACAATTT
260 GGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAAACCGTGATG-ATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTT
1421 TGCAAAAA
324 TGCAAAAA
* * * *
1429 TTTATCCGGAAAATTTTTCCCCAATTTTTGGCCACAACTCTCATAGAAAATATATAATTCAAAGG
1 TTGATCCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGC
* ** * * * *
1494 CAAAAAGATTGGAGAATTTTTCATGCTTCAAATATCGTTTTCCCAATTTTTTTCTAGAATTAATT
66 CAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTT-CCAATTTTTTT-TCGAATCAATT
*
1559 TCGAATTAAATAGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAAAGTGCCTGA
129 TCGAATTAAATAGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGCCTGA
* * * *
1624 AATTTGGTCAGATGAATATTGATATTTTAAGGAGT-ATTCCTGCAAAAAATCATGCCAAACTGAG
194 AATTTGGTCAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCA-TCATGCAAAAAATCATGCAAAACTGAG
* * * * *** *
1688 TTGTGGCCTCGAAACGCGTTTTTCGATTAAAACAAAGATGGATAGCACACGATTTCGGCTAAAAT
258 TCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAAACCGTGAT-GATAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
*
1753 TTTACAAAAA
322 TTTGCAAAAA
* *
1763 TTCATCCGGAAAAATTTT
1 TTGATCCGGAAAATTTTT
1781 ATTTTAGAAC
Statistics
Matches: 1206, Mismatches: 117, Indels: 43
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
329 5 0.00
330 464 0.38
331 95 0.08
332 232 0.19
333 41 0.03
334 356 0.30
335 13 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (331 bp):
TTGATCCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGC
CAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTCCAATTTTTTTTCGAATCAATTTC
GAATTAAATAGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGCCTGAAA
TTTGGTCAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCATCATGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCG
GGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAAACCGTGATGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
CAAAAA
Found at i:1564 original size:664 final size:664
Alignment explanation
Indices: 126--1780 Score: 2418
Period size: 664 Copynumber: 2.5 Consensus size: 664
116 AATTTACCTT
* * *
126 AATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATATTTAATTCAAA-GCAAAAAATATTGAAGGGTTTTC
1 AATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGGC-AAAAAGATTGAAGGTTTTTC
* * *
190 AGGCTTCTAATATCATTTTCCC-ATTTTTTTCTA-AATCAATTTCGAATTAAATAGAAAGACGAT
65 AGGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTTCTAGAATCAATTTCGAATTAAATAGAAACATGAT
* *
253 TCAGATGATCGTAAAAACATATTCTTAAATCCAAAGTGACTGAAATTTGGTCAGATGAATATAGA
130 TCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAAAGTGACTGAAATTTGGTCAGATGAATATAGA
* * * *
318 TATTTCAAGAAGTCTTCATGCAAAATATCATGTAAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTT
195 TATTTCAAGGAGTCTTCATGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTC
* * *
383 AGCTTAAAATAGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTGAAATTTTGCAAAAATTAATCCGGAAAA
260 AACTTAAAA-CGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTAATCCGGAAAA
*
448 TTTTGCTCAATTTTTGGCCAAAACTCTCATAAAAAATATATAAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAA
324 TTTTCCTCAATTTTTGGCCAAAACTCTCATAAAAAATATATAAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAA
*
513 GGGTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTTTTCGAATCAAGTTTGAATTAAATAG
389 GGGTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTTCTCGAATCAAGTTTGAATTAAATAG
* * *
578 AAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCTAAGTGCCTGAAATTTGGTCAGAT
454 AAACACGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGCCTGAAATTTCGTCAGAT
*
643 GAATATAGATATTTCAAGGAGTCATCGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAA
519 GAATATAGATATTTCAAGGAGTCATCATGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAA
* * **
708 CGCGTTTTTAGCTTGAAACCGTGATTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATC
584 CGCATTTTTAGCTTAAAACCGTGACATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATC
* **
773 CGTAAAATTTTTCCTT
649 CGGAAAATTTTTCCCC
* * *
789 AATTTTTGGCGACAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTA
1 AATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGGCAAAAAGATTGAA-GGTTTTTC
* * *
854 AGGCTTCTAATATCG-TTTCCAAATTTTTTT-TCGAATCAAGTTCGAATTAAATAGAAACATGAT
65 AGGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTTCTAGAATCAATTTCGAATTAAATAGAAACATGAT
* * * *
917 TCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATAAATATAGA
130 TCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAAAGTGACTGAAATTTGGTCAGATGAATATAGA
* * * *
982 TATTTCAAGGAGTCTTCGTGAAAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGGGCCTCGAAACGTGTTTTC
195 TATTTCAAGGAGTCTTCATGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTC
* * * *
1047 AACTTAAAGACGTGATGGATAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTCGCAAAAATTGATCCCGAAAA
260 AACTTAAA-ACGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTAATCCGGAAAA
*
1112 TTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATATAT-AATTCAAAGCCAAAAAGATTGA
324 -TTTTCCTCAATTTTTGGCCAAAACTCTCATAAAAAATATATAAATTCAAAGCCAAAAAGATTGA
*
1176 A-GGTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTT-CCAA-TTTTTTCT-GAATTAA-TTTCGAATTAAAT
388 AGGGTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTTCTCGAATCAAGTTT-GAATTAAAT
* * *
1236 AGAAACACGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTTAAATTTCGTCAG
452 AGAAACACGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGCCTGAAATTTCGTCAG
* *
1301 ATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC-TACATGCAAATAATCATTCAAAACTGAGTCGGGGCCTCG
517 ATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCAT-CATGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCTCG
* *
1365 AAACGCATTTTTAGCTTAAAACCGTGAAGCATAGTACACGGTTTCGGCTACAATTTTGCAAAAAT
581 AAACGCATTTTTAGCTTAAAACCGTG-A-CATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAT
*
1430 TTATCCGGAAAATTTTTCCCC
644 TGATCCGGAAAATTTTTCCCC
* * *
1451 AATTTTTGGCCACAACTCTCATAGAAAATATATAATTCAAAGGCAAAAAGATTGGAGAATTTTTC
1 AATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGGCAAAAAGATTGAAG-GTTTTTC
* * *
1516 ATGCTTCAAATATCGTTTTCCCAATTTTTTTCTAGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACATGAT
65 AGGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTTCTAGAATCAATTTCGAATTAAATAGAAACATGAT
* *
1581 TCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAAAGTGCCTGAAATTTGGTCAGATGAATATTGA
130 TCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAAAGTGACTGAAATTTGGTCAGATGAATATAGA
* * * * * *
1646 TATTTTAAGGAGTATTCCTGCAAAAAATCATGCCAAACTGAGTTGTGGCCTCGAAACGCGTTTTT
195 TATTTCAAGGAGTCTTCATGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGCG-TTTT
* ** * * *
1711 CGA-TTAAAACAAAGATGGATAGCACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAATTCATCCGGAAA
259 CAACTTAAAAC-GTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTAATCCGG-AA
1775 AATTTT
322 AATTTT
1781 ATTTTAGAAC
Statistics
Matches: 885, Mismatches: 91, Indels: 31
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
659 4 0.00
660 157 0.18
661 9 0.01
662 123 0.14
663 99 0.11
664 443 0.50
665 50 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (664 bp):
AATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAATATATAATTCAAAGGCAAAAAGATTGAAGGTTTTTCA
GGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTTCTAGAATCAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATT
CAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAAAGTGACTGAAATTTGGTCAGATGAATATAGAT
ATTTCAAGGAGTCTTCATGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTCA
ACTTAAAACGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTAATCCGGAAAATT
TTCCTCAATTTTTGGCCAAAACTCTCATAAAAAATATATAAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGG
GTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTTCTCGAATCAAGTTTGAATTAAATAGAA
ACACGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGCCTGAAATTTCGTCAGATGA
ATATAGATATTTCAAGGAGTCATCATGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACG
CATTTTTAGCTTAAAACCGTGACATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCG
GAAAATTTTTCCCC
Found at i:3274 original size:331 final size:332
Alignment explanation
Indices: 1788--5774 Score: 4612
Period size: 331 Copynumber: 12.0 Consensus size: 332
1778 TTTATTTTAG
* * * * * *
1788 AACCGTGATGGAAAGTATATGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGGAAACTTTTTTC
1 AACCGTGATGGAAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAAATTTTTCC
* * * * * * **
1853 ACAATTTTTGGCCACAGTTCTCATAAAAAAAATATAATTCAAAGGCAATAATTTTGAAGGGTTTT
66 TCAATTTTTGGCCACAATTCACATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTT
* * * ** *
1918 TTA-GACTTCTAAAATCGTTTTCCCAACTTTTTTTC-GAACCAATTTCAAATTAAATAGAAACAT
131 TCACG-CTTCTAATATCGTTTTTCCAA-TTTTTTTCTGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACAT
* * *
1981 GATTCAGATGCTCGT-AACA-AAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAAATATGGTTAGATGAATAT
194 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * * ** * *
2044 AGATAATTCAAGGAGTTTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGAACCTCGAAATGCGTT
259 AGATATTTCAAGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACGCGTT
2109 TTTAGCTTAA
324 TTTAGCTT-A
* * * *
2119 AACAGTGATGGATAGTACACGATTTCGGATAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGGAAAATTTTTCC
1 AACCGTGATGGAAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAAATTTTTCC
* ** * *
2184 TCAATTTTGGGCCACAACACTCATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGTTTTT
66 TCAATTTTTGGCCACAATTCACATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTT
* * *
2249 TCAGGCTTCTAATATCGTTTTCCCAA-TTTTCTCTGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACATGA
131 TCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTCTGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACATGA
*
2313 TTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGATTATAG
196 TTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAG
* * * * * *
2378 ATATTTCAAGTATTCTTCGTG-CAAAGAATAATGCAAAACTGAGTCGTGGCCTCGAAACGCGTGT
261 ATATTTCAAGGAGTCTTCGTGCCAAA-AATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACGCGTTT
2442 TTAGCTTAA
325 TTAGCTT-A
* * * * *
2451 AACCGTGATGGAAAGTATACGATTTCAGCTAAAATTTTACAAAAATTGATCTG---GA-TTTTCC
1 AACCGTGATGGAAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAAATTTTTCC
* * * **
2512 TCGATTTTTGGCCACAATTCTCATAAAAAAAATATAATTGTAA-CACAAAAAGATTGAAGGGTTT
66 TCAATTTTTGGCCACAATTCACATAAAAAATATATAATTCAAAGC-CAAAAAGATTGAAGGGTTT
* * * * *
2576 TTCA-GACTTCTAATATCGTTTTCCCAATTTTTTTTTCGAATCAATTTCGAATTAAATAGTAAGA
130 TTCACG-CTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTCT-GAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACA
* * *
2640 TGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGCCTGAAATTTGGTCAGATGAATA
193 TGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
* * *** *
2705 TAGTTATTTCAAGGAGTCTTCGTGCAAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGTTTCCCGAAACGTG
258 TAGATATTTCAAGGAGTCTTCGTGC-CAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACGCG
*
2770 ATTTTAGCTTA
322 TTTTTAGCTTA
** * * * *
2781 AAGCCACGATGGAAACTATACGATTTCGGTTAAAAATTTT-CACAAATTGATCCGGAAAAA-TTT
1 AA-CCGTGATGGAAAGTACACGATTTCGGCT-AAAATTTTGCAAAAATTGATCC-GAAAAATTTT
* * *
2844 TCCTCAATTTTTGGCCACAACTCTCATAAAAAAT-TATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGAT
63 TCCTCAATTTTTGGCCACAATTCACATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGT
* * * *
2908 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTCTAAACTAATTTCAAATAAAATCA-AAAC
128 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTCTGAATTAATTTCGAATTAAAT-AGAAAC
* * * * *
2972 ATGATTCAGATGGTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGGCTGAAATTCGGTTAGATGAAT
192 ATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAAT
* * * * * * *
3037 ATAAATATTTCAAGAAGTGTTCTTGCCAAAAA-CATGTAAAATTGAATCGGGGCCCCGAAACGCG
257 ATAGATATTTCAAGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACGCG
*
3101 TTTTCAGCTTA
322 TTTTTAGCTTA
** * * * * * * *
3112 AACTTTGATGGAAAGTACACCATTTTGACTAAAATTTTCCAAACATTTATCCGAAAAATATTTCC
1 AACCGTGATGGAAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAAATTTTTCC
* * * * * *
3177 TCAATTTTTTGCCATAATTCACATAGAAAACATATAATTCAAGGCCTAAAAGATTGAAGGGTTTT
66 TCAATTTTTGGCCACAATTCACATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTT
* * * * *
3242 TTACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTTCTGAATTAATTTCAAATTAAATCGAAACTTGA
131 TCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTCTGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACATGA
* * * *
3307 TTTAGATGGTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGATTAGATGATTATAG
196 TTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAG
* * ** *
3372 ATATTTCAAGAAATCTTTTTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCTGGGCCCCGAAACGCGTTTT
261 ATATTTCAAGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACGCGTTTT
3437 TAGCTTAA
326 TAGCTT-A
* * * * * * **
3445 AACCGTGATGGAAAGTACAGGATTTCAGCTAAACTTTTGCTAGAATTGATTCGAATGATTTTTCC
1 AACCGTGATGGAAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAAATTTTTCC
* ** * *
3510 TCAATTTTTGGCCACAATTCTCATAAAAAA-ATATAAAAACAAATACAAAAAAGATTGAAGGGTT
66 TCAATTTTTGGCCACAATTCACATAAAAAATATAT-AATTCAAA-GCCAAAAAGATTGAAGGGTT
* * * * *
3574 TTTCAGGCTTCTAATATCCTTTTTCCTA-TTTTTTCGGAATTAATTTTGAATTAAATAGAAACAT
129 TTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTCTGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACAT
* * *
3638 GATTCAGATGCTCATAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGTTGAGATTTGGTCAGATGAATAT
194 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * * * * * *
3703 AAATAGTTCATGGAGTCTTCGTGGCAAAAATCATGCCAAACTGAGTCGGTGTCCCGAAACGCGTT
259 AGATATTTCAAGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACGCGTT
*
3768 TTTAGTTTAA
324 TTTAGCTT-A
* * *
3778 AATCGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGGAAAATTTTTCC
1 AACCGTGATGGAAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAAATTTTTCC
* * *
3843 TCAATTTTTTGCCACAATT-ATCATAGAAAATATATAATTCAAAGACAAAAAGATTGAAGGG-TT
66 TCAATTTTTGGCCACAATTCA-CATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTTT
* *
3906 TTCAGGCTAT-TAATATCGTTTTTCCAAATTTTTTCTGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACAT
130 TTCACGCT-TCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTCTGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACAT
* * * *
3970 AATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGCTCAGATGAATAT
194 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * * * *
4035 AAATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGTGTCCCGAATCGCGTT
259 AGATATTTCAAGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACGCGTT
*
4100 ATTAGCTTA
324 TTTAGCTTA
* * *
4109 AAGCCGTGATGGAAAGT----GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAGATTGATCTGGAAAATTTTTC
1 AA-CCGTGATGGAAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAAATTTTTC
* *
4170 CTCAATTTTTGGCCACAACT-ATTATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTT
65 CTCAATTTTTGGCCACAATTCA-CATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTT
* * *
4234 TTTTAGGCTTCTAATATCGTTTTTTCAATTTTTTTCTGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACAT
129 TTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTCTGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACAT
* *
4299 GATTCAGATGCTCATAAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAGTA
194 GATTCAGATGCTCGT-AAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
* * * * ** * * * **
4364 TAAATAGTTCAA-G-GT-GTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACTCAGTTAGAGCTCCGGAACGTAT
258 TAGATATTTCAAGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACGCGT
**
4426 TTTTAGCCAA
323 TTTTAGCTTA
* * * * * * **
4436 AAGCCGTGAAT-GATAGAATATGATTTCGACTTAAATTTTGGGAAAATTGATCCGAAAAATTTTT
1 AA-CCGTG-ATGGAAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAAATTTTT
* * *
4500 CCTCAATTTTAGGCCATAATTCACATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGTTT
64 CCTCAATTTTTGGCCACAATTCACATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTT
* * * *
4565 TTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAATTTTCTTCTGAATTAATTTCAAATTAAATCGAAACAT
129 TTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTCTGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACAT
* * *
4630 GATTTAGATGGTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAACGTGGCTGAGATTTGGTT-GAATGAATA
194 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAG-ATGAATA
* * * *
4694 TAGATATTTAAAGGAGTCTTCGTGTCAAAAATCATGCAAACCTGAGTTGGGGCCCCGAAACGCGT
258 TAGATATTTCAAGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACGCGT
*
4759 TTTTAGTTTA
323 TTTTAGCTTA
4769 ACACCGTGATGGATAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAAATTTTT
1 A-ACCGTGATGGA-AAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAAATTTTT
* * * * *
4834 CTTCAATTTTTTGCCACAATTCTCATAAAAAGTATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTAAAGGGTT
64 CCTCAATTTTTGGCCACAATTCACATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTT
* *
4899 TTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAA-TTTTTTCTTAATTAATTTTGAATTAAATAGAAACAT
129 TTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTCTGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACAT
* * * * * *
4963 GATTTAAATGTTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT-GCTGATA-TTGGTTAGAAGAATAT
194 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* *
5026 AGATATTTCAAGGATTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGATACGCGTT
259 AGATATTTCAAGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACGCGTT
5091 TTTAGCTTAA
324 TTTAGCTT-A
* * * * *
5101 AACCGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACGAAATTTGA-CTCGAAATATTTTTC
1 AACCGTGATGGAAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATC-CGAAAAATTTTTC
* * * * * * ** * *
5165 CTCAATTGTTGG-AAAAAAT-AC-T-CAAAA-A-A-AATTCAACGCCAAAATTATTGAAAGGCTT
65 CTCAATTTTTGGCCACAATTCACATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTTT
* * * * * * * * *
5223 TTCACGCTTCTAATATTGTTTATCCAA-ATTTTTCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAATCAAG
130 TTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTCTGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACATG
* * * * * * **
5287 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAATTCCTTGATTCCAATGTGGTTGGGATTCAGTTAGATGAATATA
195 ATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATA
* * * * * *
5352 AATATTTCAAAGTGTCTTGGTGTCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CTGGGGCTCCGGAAA-GCGT
260 GATATTTCAAGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-GGGGC-CCCGAAACGCGT
**
5415 TTTTAGCCAA
323 TTTTAGCTTA
* * * * * **
5425 AAGTCATGTTGGATAA-TATACGATTTCGGCTTAAATTTTAAAAAAATTGATCCGAAAAATTTTT
1 AA-CCGTGATGGA-AAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAAATTTTT
* *
5489 CCTCAATTTTAGGACACAATTCACATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTT
64 CCTCAATTTTTGGCCACAATTCACATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTT
* * * * *
5554 TTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCAAATTTTTTTATGAATTAATTTCAAATTAAATCGAAACAT
129 TTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTCTGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACAT
* * * * *
5619 GATTTAGATGATCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTAGTTAGATGAATAT
194 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* ** * *
5684 AGATATTTCAAGGAGTCTTCATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCAAGGCCTCGAAACGTGTT
259 AGATATTTCAAGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACGCGTT
5749 TTTAGCTTAA
324 TTTAGCTT-A
**
5759 AATTGTGATGGAAAGT
1 AACCGTGATGGAAAGT
5775 GATGTTTTAC
Statistics
Matches: 3105, Mismatches: 480, Indels: 140
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
323 109 0.04
324 9 0.00
325 127 0.04
326 14 0.00
327 59 0.02
328 191 0.06
329 111 0.04
330 374 0.12
331 698 0.22
332 461 0.15
333 679 0.22
334 236 0.08
335 37 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (332 bp):
AACCGTGATGGAAAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGAAAAATTTTTCC
TCAATTTTTGGCCACAATTCACATAAAAAATATATAATTCAAAGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTT
TCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTCTGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACATGA
TTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAG
ATATTTCAAGGAGTCTTCGTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACGCGTTTT
TAGCTTA
Done.