Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01013788.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig13821, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7049
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.14, T:0.38
Found at i:1358 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1311--1343 Score: 66
Period size: 2 Copynumber: 16.5 Consensus size: 2
1301 AATTGTTCTA
1311 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1344 ACATATAACA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 31 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:3509 original size:178 final size:178
Alignment explanation
Indices: 3197--3583 Score: 505
Period size: 178 Copynumber: 2.2 Consensus size: 178
3187 TTCCAGCATA
* * *
3197 AGCACAAATTATGTAATATTAAGTAGACCGTCTATTTCCATTAACCGAAACAACTAATTCTTTGG
1 AGCACAAATTATATAATATTAAGTAGACCGTCTATTCCCATTAACCGAAACAACAAATTCTTTGG
* *
3262 AATAATTTTTTATACCTTGAACATTAAATTTAGTTTTCGAGCCCTTCATGAAAGTTGTAGATCAT
66 AATAATTTTTGATACCTTGAACATTAAATTCAGTTTTCGAGCCCTTCATGAAAGTTGTAGATCAT
* *
3327 GGAACAACCTTTTAAGAGACACTTAAATCATCTCAATCAGAGATCTGG
131 GGAACAACATTTTAAGAAACACTTAAATCATCTCAATCAGAGATCTGG
* * *
3375 AGCA-AAACTTATATAATATTAAGTGGACCGTCTATTCCCGTTAACGGAAACAACAAA-TCTTTT
1 AGCACAAA-TTATATAATATTAAGTAGACCGTCTATTCCCATTAACCGAAACAACAAATTC-TTT
* *
3438 GGAATCATTTTTGATA-CTTGAAACATTAAATTCAGTTTTCGAGTCCTTCATGAAAGTTGTAGAT
64 GGAATAATTTTTGATACCTTG-AACATTAAATTCAGTTTTCGAGCCCTTCATGAAAGTTGTAGAT
* * * * * *
3502 CATGGAACAATATTTTAATAAACACTTAAATCA-CCCTAATCAGATAACCGG
128 CATGGAACAACATTTTAAGAAACACTTAAATCATCTC-AATCAGAGATCTGG
* * *
3553 AG-AGAAAATTATATAATGTTAAATAGACCGT
1 AGCA-CAAATTATATAATATTAAGTAGACCGT
3584 TTAGACAAAC
Statistics
Matches: 182, Mismatches: 21, Indels: 12
0.85 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
177 12 0.07
178 167 0.92
179 3 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (178 bp):
AGCACAAATTATATAATATTAAGTAGACCGTCTATTCCCATTAACCGAAACAACAAATTCTTTGG
AATAATTTTTGATACCTTGAACATTAAATTCAGTTTTCGAGCCCTTCATGAAAGTTGTAGATCAT
GGAACAACATTTTAAGAAACACTTAAATCATCTCAATCAGAGATCTGG
Found at i:5647 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 5626--5656 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
5616 TCAAGTTGTA
*
5626 TAGTAATCTTATTAAT
1 TAGTAACCTTATTAAT
5642 TAGTAACCTTATTAA
1 TAGTAACCTTATTAA
5657 CTGAGCTTTT
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 14 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.10, G:0.06, T:0.45
Consensus pattern (16 bp):
TAGTAACCTTATTAAT
Found at i:6198 original size:202 final size:200
Alignment explanation
Indices: 5665--7020 Score: 1907
Period size: 202 Copynumber: 6.8 Consensus size: 200
5655 AACTGAGCTT
* * * *
5665 TTTCATAATTAATTAAATATTAAATATTAACACATATTCCCTAATGCGACACATGTCAACCCTTA
1 TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTA
* ** * * * * * *
5730 CACATCGCCCGTGCAGTCTGCTAAACTCTACTGACGGTGTATTCTATAATTTTTCTTATA-TGAT
66 AACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACTGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGAT
* * *
5794 TATTATACAATACATTGTAAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAACGGGTTAA-AAGGTTGACACAT
131 TATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAA-GTTGACACAT
5858 A-CCCA
195 ACCCCA
* * *
5863 TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGAGACATATGCCAACCCTTA
1 TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTA
* *
5928 AACCCCCACACGTGCATTCTGCTAAACTCCACTAA-TGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGG
66 AA-CCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACT-GTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGG
* **
5992 ATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAAATTTGGACTCCATAAGTTGGTTAAGAAGTTGACACA
129 ATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACA
6057 TACCCCA
194 TACCCCA
* * *
6064 TTTCATAATAAATTAGATATATTTAATATTGATACATATTCCCTAATGGGACACATGTCAACCCT
1 TTTCATAATTAATTA-A-ATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCT
* * *
6129 TAAACCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACTGTGTATTGTGTAATTTTTCTTATATGG
64 TAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACTGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGG
*
6194 ATTATTATACAATACACTGTCACTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACA
129 ATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACA
6259 TACCCCA
194 TACCCCA
6266 TTTCATAATTAATTAAATACATTTAATATTAATA-AGTATTCCCTAAGGGGGACACATGTCAACC
1 TTTCATAATTAATTAAAT--ATTTAATATTAATACA-TATTCCCTAA-GGGGACACATGTCAACC
* * *
6330 CTTAAACCCCGCACATGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATCGTATAATTTTTCTTATA-
62 CTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACTGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAG
* *
6394 GTAATATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACA
127 GGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACA
6459 CATACCCCA
192 CATACCCCA
* * *
6468 TTTCATAATTAATTCAATATTTAATATTAATACATATTCCTTAATGGG----ATGTCAACCCTTA
1 TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTA
* *
6529 AACCCCACACGTGCATTCTGCTAAACTCCACTAA-TGATGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGA
66 AACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACTG-TGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGA
* *
6593 TTATTATGCAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAGGTTGACACAT
130 TTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACAT
6658 A-CCCA
195 ACCCCA
6663 TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATTAAGACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACC
1 TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAA-T---ACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACC
* * * **
6728 CATAAACCCCACACGTGCAGTATGCTAAGA-TCCACTAAGGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATA
62 CTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAA-ACTCCACTAACTGTGTATTGTATAATTTTTCTTATA
* * *
6792 GGGATTATTATACAATACACTGTCGGTGTAAATTTTGGACTCTATAAGCGGGTT-AGAAAGTTGC
126 GGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAG-AAGTTGA
6856 CACATACCCCA
190 CACATACCCCA
*
6867 TTTCATAATTAATTAAATATATTTAATATCAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGT-AACCCT
1 TTTCATAATTAATT-AA-ATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCT
* * * * *
6931 TAAACCCCGCACATGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTATATTCTATAATTTTTCTTATA-GT
64 TAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACTGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGG
* *
6995 AATATTATATAATACACTGTCAGTGT
129 ATTATTATACAATACACTGTCAGTGT
7021 CACGCCCCGA
Statistics
Matches: 1041, Mismatches: 87, Indels: 58
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
194 2 0.00
195 98 0.09
196 66 0.06
198 60 0.06
199 66 0.06
200 109 0.10
201 80 0.08
202 275 0.26
203 249 0.24
204 20 0.02
205 3 0.00
206 13 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (200 bp):
TTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTA
AACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACTGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGAT
TATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATA
CCCCA
Found at i:6807 original size:601 final size:599
Alignment explanation
Indices: 5665--7020 Score: 2074
Period size: 601 Copynumber: 2.3 Consensus size: 599
5655 AACTGAGCTT
* * * *
5665 TTTCATAATTAATTAAAT-ATTAAATATTAACACATATTCCCTAATGCGACACATGTCAACCCTT
1 TTTCATAATTAATTAAATAATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTT
* ** * * * *
5729 ACACATCGCCCGTGCAGTCTGCTAAACTCTACTGACGGTGTATTCTATAATTTTTCTTATA-TGA
66 AAACCCCGCACATGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTCTATAATTTTTCTTATAGT-A
* * *
5793 TTATTATACAATACATTGTAAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAACGGGTTAAAAGGTTGACACAT
130 ATATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAACGGGTTAAAAGGTTGACACAT
5858 ACCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGAGACATATGCCAAC
195 ACCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGAG--A-ATGCCAAC
*
5923 CCTTAAACCCCCACACGTGCATTCTGCTAAACTCCACTAATGGTGTATTGTATAATTTTTCTTAT
257 CCTTAAACCCCCACACGTGCATTCTGCTAAACTCCACTAATGATGTATTGTATAATTTTTCTTAT
**
5988 AGGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAAATTTGGACTCCATAAGTTGGTTAAGAAGTTGA
322 AGGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAAATTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGA
* *
6053 CACATACCCCATTTCATAATAAATTAGATATATTTAATATTGATACATATTCCCTAATGGGACAC
387 CACATACCCCATTTCATAATAAATTAGATATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACAC
* * * * * *
6118 ATGTCAACCCTTAAACCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTAACTGTGTATTGTGTAATTT
452 ATGTCAACCCATAAACCCCACACGTGCAGTATGCTAAACTCCACTAACGGTGTATTGTATAATTT
*
6183 TTCTTATATGGATTATTATACAATACACTGTCACTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTA-A
517 TTCTTATAGGGATTATTATACAATACACTGTCACTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAGA
6247 GAAGTTGACACATACCCCA
582 -AAGTTGACACATACCCCA
6266 TTTCATAATTAATTAAATACATTTAATATTAATA-AGTATTCCCTAAGGGGGACACATGTCAACC
1 TTTCATAATTAATTAAATA-ATTTAATATTAATACA-TATTCCCTAA-GGGGACACATGTCAACC
6330 CTTAAACCCCGCACATGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTA-TCGTATAATTTTTCTTATA
63 CTTAAACCCCGCACATGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTC-TATAATTTTTCTTATA
*
6394 GTAATATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAA-GTTGAC
127 GTAATATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAACGGGTTAA-AAGGTTGAC
* * *
6458 ACATACCCCATTTCATAATTAATTCAATATTTAATATTAATACATATTCCTTAATGG-G-ATGTC
191 ACATA-CCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAA-GGAGAATGCC
6521 AACCCTTAAA-CCCCACACGTGCATTCTGCTAAACTCCACTAATGATGTATTGTATAATTTTTCT
254 AACCCTTAAACCCCCACACGTGCATTCTGCTAAACTCCACTAATGATGTATTGTATAATTTTTCT
* * *
6585 TATAGGGATTATTATGCAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAGGT
319 TATAGGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAAATTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGT
*
6650 TGACACATA-CCCATTTCATAATTAATTA-A-ATATTTAATATTAATTAAGACATATTCCCTAAG
384 TGACACATACCCCATTTCATAATAAATTAGATATATTTAATATTAA-T---ACATATTCCCTAAG
*
6712 GGGACACATGTCAACCCATAAACCCCACACGTGCAGTATGCTAAGA-TCCACTAAGGGTGTATTG
445 GGGACACATGTCAACCCATAAACCCCACACGTGCAGTATGCTAA-ACTCCACTAACGGTGTATTG
** *
6776 TATAATTTTTCTTATAGGGATTATTATACAATACACTGTCGGTGTAAATTTTGGACTCTATAAGC
509 TATAATTTTTCTTATAGGGATTATTATACAATACACTGTCACTGTAAATTTTGGACTCCATAAGC
*
6841 GGGTTAGAAAGTTGCCACATACCCCA
574 GGGTTAGAAAGTTGACACATACCCCA
*
6867 TTTCATAATTAATTAAATATATTTAATATCAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGT-AACCCT
1 TTTCATAATTAATTAAATA-ATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCT
*
6931 TAAACCCCGCACATGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTATATTCTATAATTTTTCTTATAGTA
65 TAAACCCCGCACATGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTCTATAATTTTTCTTATAGTA
*
6996 ATATTATATAATACACTGTCAGTGT
130 ATATTATACAATACACTGTCAGTGT
7021 CACGCCCCGA
Statistics
Matches: 695, Mismatches: 43, Indels: 36
0.90 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
597 13 0.02
598 2 0.00
599 109 0.16
600 136 0.20
601 226 0.33
602 4 0.01
603 24 0.03
604 129 0.19
605 50 0.07
606 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (599 bp):
TTTCATAATTAATTAAATAATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTT
AAACCCCGCACATGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACTGTGTATTCTATAATTTTTCTTATAGTAA
TATTATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAACGGGTTAAAAGGTTGACACATA
CCCATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGAGAATGCCAACCCTT
AAACCCCCACACGTGCATTCTGCTAAACTCCACTAATGATGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGG
ATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAAAATTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACA
TACCCCATTTCATAATAAATTAGATATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGT
CAACCCATAAACCCCACACGTGCAGTATGCTAAACTCCACTAACGGTGTATTGTATAATTTTTCT
TATAGGGATTATTATACAATACACTGTCACTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAGAAAGT
TGACACATACCCCA
Done.