Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01013789.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig13822, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 21408
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.17, T:0.32
Found at i:425 original size:199 final size:200
Alignment explanation
Indices: 1--837 Score: 1302
Period size: 199 Copynumber: 4.2 Consensus size: 200
* * * *
1 TCCACTAAGGGTGTATTGTATAGTTTTTCTTATAGGGATTATTATACAATACACTGTCGGTGTAA
1 TCCACTGACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAA
* * *
66 ATTTTGGACTCTATAAGCGGGTT-AGAAAGTTGCCACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATAT
66 ATTTTGGACTCCATAAGCAGGTTAAG-AAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATT-AA-AT
* * * *
130 ATTTAATATCAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTTAACCCTTAAACCCCGCACATACAGTC
128 ATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTC
195 TGCTAAAC
193 TGCTAAAC
* * * *
203 TCCACTGACTGTGTATCGTATAATTTTTCTTATA-GTAATATTATACAATACACTGTCAGTGTAA
1 TCCACTGACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAA
* *
267 ATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATTCAATATT
66 ATTTTGGACTCCATAAGCAGGTTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATT
* *
332 TAATATTAATACATATTCCCTAATGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCACACGTGCAGTCTGC
131 TAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGC
397 TAAAC
196 TAAAC
*
402 TCCACTAACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAA
1 TCCACTGACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAA
* * *
467 AATTTGGACTCCATAAGCAGGTTAAGAAATTGACACATACCCCATTTCATAATAAATTAAATATT
66 ATTTTGGACTCCATAAGCAGGTTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATT
*
532 TAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCTCGCACGTGCAGTCTGC
131 TAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGC
597 TAAAC
196 TAAAC
* *
602 TCCACTGACAGTGTATTGTATAATTTTTCTTATA-GGACTATTATACAATACACTGTCAGTGTAA
1 TCCACTGACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAA
* * *
666 ATTTTGAACTCCATAAGCAGATTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAACTAATTAAATATT
66 ATTTTGGACTCCATAAGCAGGTTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATT
* * *
731 TAATATTAATACATATTTCCTAAGGGGACATATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGAAGTCTGC
131 TAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGC
796 TAAAC
196 TAAAC
*
801 TCCACTGACGATGTATTGTAGTGTAATTTTTCTTATA
1 TCCACTGACGGTGTATTGTA---TAATTTTTCTTATA
838 ATAAACTTAT
Statistics
Matches: 585, Mismatches: 45, Indels: 10
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
199 272 0.46
200 188 0.32
201 80 0.14
202 45 0.08
ACGTcount: A:0.34, C:0.20, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (200 bp):
TCCACTGACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAA
ATTTTGGACTCCATAAGCAGGTTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATT
TAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGC
TAAAC
Found at i:741 original size:399 final size:401
Alignment explanation
Indices: 1--837 Score: 1356
Period size: 399 Copynumber: 2.1 Consensus size: 401
* * *
1 TCCACTAAGGGTGTATTGTATAGTTTTTCTTATAGGGATTATTATACAATACACTGTCGGTGTAA
1 TCCACTAACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAA
* * * * *
66 ATTTTGGACTCTATAAGCGGGTTAGAAAGTTGCCACATACCCCATTTCATAATTAATTAAATATA
66 AATTTGGACTCCATAAGCAGGTTAGAAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATAAATTAAATATA
*
131 TTTAATATCAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTTAACCCTTAAACCCCGCACATACAGTCT
131 TTTAATATCAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACATACAGTCT
* *
196 GCTAAACTCCACTGACTGTGTATCGTATAATTTTTCTTATAGTAATATTATACAATACACTGTCA
196 GCTAAACTCCACTGACAGTGTATCGTATAATTTTTCTTATAGGAATATTATACAATACACTGTCA
* * * * *
261 GTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATTAATTC
261 GTGTAAATTTTGAACTCCATAAGCAGATTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAACTAATTA
* *
326 AATATTTAATATTAATACATATTCCCTAATGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCACACGTGCA
326 AATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCACACGTGAA
391 GTCTGCTAAAC
391 GTCTGCTAAAC
402 TCCACTAACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAA
1 TCCACTAACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAA
467 AATTTGGACTCCATAAGCAGGTTAAGAAA-TTGACACATACCCCATTTCATAATAAATT-AA-AT
66 AATTTGGACTCCATAAGCAGGTT-AGAAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATAAATTAAATAT
* * * *
529 ATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCTCGCACGTGCAGTC
130 ATTTAATATCAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACATACAGTC
* *
594 TGCTAAACTCCACTGACAGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGACTATTATACAATACACTGTC
195 TGCTAAACTCCACTGACAGTGTATCGTATAATTTTTCTTATAGGAATATTATACAATACACTGTC
659 AGTGTAAATTTTGAACTCCATAAGCAGATTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAACTAATT
260 AGTGTAAATTTTGAACTCCATAAGCAGATTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAACTAATT
* * *
724 AAATATTTAATATTAATACATATTTCCTAAGGGGACATATGTCAACCCTTAAACCCCGCACGTGA
325 AAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCACACGTGA
789 AGTCTGCTAAAC
390 AGTCTGCTAAAC
* *
801 TCCACTGACGATGTATTGTAGTGTAATTTTTCTTATA
1 TCCACTAACGGTGTATTGTA---TAATTTTTCTTATA
838 ATAAACTTAT
Statistics
Matches: 403, Mismatches: 29, Indels: 7
0.92 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
399 273 0.68
400 2 0.00
401 109 0.27
402 19 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.20, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (401 bp):
TCCACTAACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGGGATTATTATACAATACACTGTCAGTGTAA
AATTTGGACTCCATAAGCAGGTTAGAAAGTTGACACATACCCCATTTCATAATAAATTAAATATA
TTTAATATCAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCGCACATACAGTCT
GCTAAACTCCACTGACAGTGTATCGTATAATTTTTCTTATAGGAATATTATACAATACACTGTCA
GTGTAAATTTTGAACTCCATAAGCAGATTAAGAAGTTGACACATACCCCATTTCATAACTAATTA
AATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAACCCCACACGTGAA
GTCTGCTAAAC
Found at i:2277 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 2269--2297 Score: 58
Period size: 3 Copynumber: 9.7 Consensus size: 3
2259 TTAAAATTCA
2269 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT AT
1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT AT
2298 AATTTAATTG
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 26 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.00, T:0.66
Consensus pattern (3 bp):
ATT
Found at i:3327 original size:12 final size:13
Alignment explanation
Indices: 3312--3340 Score: 51
Period size: 12 Copynumber: 2.3 Consensus size: 13
3302 TGAAAACGAA
3312 AGAAGAAGAAG-G
1 AGAAGAAGAAGAG
3324 AGAAGAAGAAGAG
1 AGAAGAAGAAGAG
3337 AGAA
1 AGAA
3341 ACCAAACTTA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
12 11 0.69
13 5 0.31
ACGTcount: A:0.62, C:0.00, G:0.38, T:0.00
Consensus pattern (13 bp):
AGAAGAAGAAGAG
Done.