Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01013824.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig13857, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 4811
ACGTcount: A:0.32, C:0.17, G:0.16, T:0.36


Found at i:2544 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 2536--2573  Score: 76
    Period size: 3  Copynumber: 12.7  Consensus size: 3

       2526 ATATCAATAA

                                                              
       2536 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT AT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT AT

       2574 ATAATAATAC


Statistics
Matches: 35,  Mismatches: 0, Indels: 0
        1.00            0.00        0.00

Matches are distributed among these distances:
   3   35  1.00

ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.00, T:0.66


Consensus pattern (3 bp):   
ATT

Done.