Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01013931.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig13964, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1952
ACGTcount: A:0.42, C:0.10, G:0.10, T:0.38
Found at i:810 original size:203 final size:201
Alignment explanation
Indices: 411--819 Score: 732
Period size: 203 Copynumber: 2.0 Consensus size: 201
401 GCTTAATAAC
411 TTTATCAATGGTGAACTGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATA
1 TTTATCAATGGTGAACTGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATA
*
476 AGATACAACACATTATTATTATATATAAACTATACCAAAAAAAAGTAGTTGAACATTAGTGGTTG
66 AGATACAACACATTACTATTATATATAAACTATACCAAAAAAAAGTAGTTGAACATTAGTGGTTG
*
541 ATTTATTAAATTAAATTTGATCAATGTCAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGATCC
131 ATTTATTAAATTAAATTGGATCAATGTCAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGATCC
606 GATTTA
196 GATTTA
612 TTTATCAATGGTGAA-TGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATA
1 TTTATCAATGGTGAACTGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATA
*
676 AGATACAACACATTACTATTATATATATAGAACTATACCAAAAAAAATTAGTTGAACATTAGTGG
66 AGATACAACACATTACTA-T-TATATATA-AACTATACCAAAAAAAAGTAGTTGAACATTAGTGG
*
741 TTGATTTATTAAATTAAATTGGATCAATGTCAAATAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATT-AAG
128 TTGATTTATTAAATTAAATTGGATCAATGTC-AACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAG
805 ATCCGATTTA
192 ATCCGATTTA
815 TTTAT
1 TTTAT
820 TATTAAGGAA
Statistics
Matches: 200, Mismatches: 4, Indels: 6
0.95 0.02 0.03
Matches are distributed among these distances:
200 66 0.33
201 16 0.08
202 8 0.04
203 82 0.41
204 28 0.14
ACGTcount: A:0.43, C:0.09, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (201 bp):
TTTATCAATGGTGAACTGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATA
AGATACAACACATTACTATTATATATAAACTATACCAAAAAAAAGTAGTTGAACATTAGTGGTTG
ATTTATTAAATTAAATTGGATCAATGTCAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGATCC
GATTTA
Done.