Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014052.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14085, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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ACGTcount: A:0.41, C:0.19, G:0.17, T:0.23
Found at i:509 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 1--3228 Score: 4351
Period size: 154 Copynumber: 21.2 Consensus size: 154
* * * * *
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGCGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGTCCGTTAACA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
* * * * **
66 ATGGAAATAAAAGCATTGAGGTTTGCCACATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTTATAGGTTTCG
66 ATGGAAAGAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTAATGGGCCTCG
131 ATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
131 ATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
* *
155 AAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCGATAAAAA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
* * * * *
220 ACT-TAAAGAAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTTACTACTGGG---C
66 A-TGGAAAGAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTAATGGGCCTC
*
281 -ATATGCCCAAAATAACAAGTGTTC
130 GATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
* * * * *
305 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGAGGACGAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGTCCATTAACA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
* *
370 ATGGAAATG-AAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTTATGGGCTTC
66 ATGGAAA-GAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTAATGGGCCTC
434 GATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
130 GATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
* * * * *
459 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGGTTATAGTAAGTCCATTAATA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
* *
524 ATGGAAAGAAAAGAATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTAATGGGCCCCG
66 ATGGAAAGAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTAATGGGCCTCG
*
589 ATAGTCCCAAAATAACAAGTGTTC
131 ATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
*
613 CAAATGAGCTAAAAACTTGACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
* * * * * *
678 CT-TAAAGAAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAATGTTACTAATGGG---C-
66 ATGGAAAGAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTAATGGGCCTCG
* *
738 ATATGCCCAAAATTACAAGTGTTC
131 ATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
* * * * *
762 CAAATGAGATAAAAACTTCACAGCGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGTCCATTAACA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
* * * * *
827 ATGGAAATAAAAGCATTGAGGATTGCCAAATCGAAGACGATACAAAACGTCACTTATGGGCTTCG
66 ATGGAAAGAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTAATGGGCCTCG
*
892 ATAGGCCGAAAATAACAA--GTTC
131 ATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
* *
914 AAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACAAAAATGATTATAGTTAGGCCATTAAAA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCA-TAAAA
* * * * * *
979 ACT-TAAAGAAATGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTTACTAATGGG---C
65 AATGGAAAGAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTAATGGGCCTC
*
1040 -ATATGCCCAAAATAACAAGTGTTC
130 GATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
* * *
1064 CAAATGGGCTAAAAACTTCACAGCGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAACA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
* *
1129 ATGGAAAGAAAAGAATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACG-GAGCTAATGGGCC-C
66 ATGGAAAGAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCA-CTAATGGGCCTC
*
1192 TGATAGGCCCAAAATAACAAGTATTC
130 -GATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
* * *
1218 CAAATGAGATAAAAACTTCACAGTGGACTAATCACACCAAAATGATTATAGTTAAGCCATAAAAA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
* * * *
1283 ACT-TAAAGAAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTTACTAATGGG---C
66 A-TGGAAAGAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTAATGGGCCTC
*
1344 -A-ATGCCCAAAATAACAAGTGTTC
130 GATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
* * * *
1367 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGCGGACTAATCCTCACCAAAATGATTATAGTTAGTCCATCAAC
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAAT-CTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAA
* * *
1432 AATGGAAATG-AAAGCATTGAGGTTTGCCAAATTGAAGACGATTCAGAACGTCACTAATGGGCCC
65 AATGGAAA-GAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTAATGGGCCT
*
1496 CGATAGGCCCAAAATAACAAGTATTC
129 CGATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
* *
1522 CAAATGAGATAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAAGCCATAAAAA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
* * * *
1587 ACT-TAAAGAAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTTACTAATGGGCCCT
66 A-TGGAAAGAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTAATGGG-CCT
*
1651 C-ATATGCCC-AAATAACAAGTGTTC
129 CGATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
* * * * *
1675 CAAATGAGCTAAAAACATCACAGTTGACTAATCTCTCCAAAATGATTATATTTAGCCCATAAAAA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
* * * * *
1740 ACT-TAATA-AAAAGCTTTGAGGTTTGCGAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCAGTAATGGGCTT
66 A-TGGAA-AGAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTAATGGGCCT
1803 CGATAGGCCCAAAATAACAA--GTTC
129 CGATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
* * *
1827 AAAATGAGCTAAAAACTTCACTGTGGACTAATCTCACAAAAATGATTATAGTTAGGCCATTAAAA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCA-TAAAA
* * * * *
1892 ACT-TAAA-AAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTTACTAATGGG---C
65 AATGGAAAGAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTAATGGGCCTC
**
1952 -ATTTGCCC-AAATAACAAGTGTTC
130 GATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
* * * *
1975 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAATAGACTAATCTCACCAAAATGATCATAGTTAGGCCAT-AACA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
* *
2039 ATGGAGAG-AAAGCAGTTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTTATGGGCCTC
66 ATGGAAAGAAAAGCA-TTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTAATGGGCCTC
2103 GATAGGCCC-AAATAACAAGTGTTC
130 GATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
*
2127 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAA-GATTATAGTTAGGCCATAAACA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
** *
2191 ATGGAAAGAAAAGCATTGAAGGTTT-CCAAATCGAAGACGATTCAAAACGGAACTAATGGGCCCC
66 ATGGAAAGAAAAGCATTG-AGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTAATGGGCCTC
* *
2255 GATAGGGCC-AAATAAAAAGTGTTC
130 GATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
*
2279 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAACA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
* * *
2344 ATGGAAAGAAATAGCATCGAAGG-TTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTAATGGTCCC
66 ATGGAAAGAAA-AGCATTG-AGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTAATGGGCCT
2408 CGATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
129 CGATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
* * * * ** *
2434 CGAACGAGCTAAAAACTTCACGGTGGACTTATCTCATTAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAACA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
* * *
2499 ATGGAAAGAAAATCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAGAACGTCACTAATGGGCCCCG
66 ATGGAAAGAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTAATGGGCCTCG
*
2564 ATAGGCCCAAAATAACAAGTATTC
131 ATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
* * *
2588 CAAATGAGATAAAAACTTCACAGTGGACTAATCACACCAAAATGATTATAGTTAAGCCATAAAAA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
* * * * * * *
2653 ACT-TAAAGAAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCAAAGACAATTCAAAACGTTACTAATGGGCCCC
66 A-TGGAAAGAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTAATGGGCCTC
* *
2717 TATATGCCC-AAATAACAAGTGTTC
130 GATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
2741 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
* * * *
2806 ACT-TAAAGAAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTTACTAATGGG---C
66 A-TGGAAAGAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTAATGGGCCTC
*
2867 -ATATGCCCAAAATAACAAGTGTTC
130 GATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
* * *
2891 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTAGACTAATCTCACCAAAATGATCATAGTTAGGCCATAAACA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
* *
2956 ATGGAATGAAAAGCATTGAGGTTTGCCTAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTAATGGGACCT-
66 ATGGAAAGAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTAATGGG-CCTC
*
3020 -ATAGGCCCAAAAAAACAAGTGTTC
130 GATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
3044 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
* * * *
3109 ACT-TAAAGAAAAGC-TTCGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTTATGGGCTT
66 A-TGGAAAGAAAAGCATT-GAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTAATGGGCCT
3172 CGATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
129 CGATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
3198 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAA
Statistics
Matches: 2737, Mismatches: 270, Indels: 134
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
146 13 0.00
147 14 0.01
148 116 0.04
149 150 0.05
150 497 0.18
151 69 0.03
152 348 0.13
153 518 0.19
154 870 0.32
155 142 0.05
ACGTcount: A:0.41, C:0.19, G:0.17, T:0.23
Consensus pattern (154 bp):
CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
ATGGAAAGAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTAATGGGCCTCG
ATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
Found at i:551 original size:304 final size:304
Alignment explanation
Indices: 1--3228 Score: 4466
Period size: 304 Copynumber: 10.6 Consensus size: 304
* * * * *
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGCGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGTCCGTTAACA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
* * * * * * * **
66 A-TGGAAATAAAAGCATTGAGGTTTGCCACATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTTATAGGTTTC
66 ACT-TAAAGAAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTTACTAAT-GGGCTC
*
130 GATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTCAAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAA
129 -ATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAA
* * * * *
195 AATGATTATAGTTAGGCGATAAAAAACT-TAAAGAAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACG
193 AATGATTATAGTTAGGCCATAAACAA-TGGAAAGAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACG
* * *
259 ATTCAAAACGTTACTACTGGG-C-ATATGCCCAAAATAACAAGTGTTC
257 ATTCAAAACGTCACTAATGGGCCGATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
* * * * *
305 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGAGGACGAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGTCCATTAACA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
* * * * *
370 A-TGGAAATG-AAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTTATGGGCTT
66 ACT-TAAA-GAAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTTACTAATGGGC-T
433 CGATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCA
128 C-ATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCA
* * * * * *
498 AAATGGTTATAGTAAGTCCATTAATAATGGAAAGAAAAGAATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACG
192 AAATGATTATAGTTAGGCCATAAACAATGGAAAGAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACG
*
563 ATTCAAAACGTCACTAATGGGCCCCGATAGTCCCAAAATAACAAGTGTTC
257 ATTCAAAACGTCACTAATGGG--CCGATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
*
613 CAAATGAGCTAAAAACTTGACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCAT-AAAA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
*
677 ACTTAAAGAAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAATGTTACTAATGGG--CAT
66 ACTTAAAGAAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTTACTAATGGGCTCAT
* * * *
740 ATGCCCAAAATTACAAGTGTTCCAAATGAGATAAAAACTTCACAGCGGACTAATCTCACCAAAAT
131 AGGCCCAAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAAT
* * * * *
805 GATTATAGTTAGTCCATTAACAATGGAAATAAAAGCATTGAGGATTGCCAAATCGAAGACGATAC
196 GATTATAGTTAGGCCATAAACAATGGAAAGAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTC
* *
870 AAAACGTCACTTATGGGCTTCGATAGGCCGAAAATAACAA--GTTC
261 AAAACGTCACTAATGGGC--CGATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
* * *
914 AAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACAAAAATGATTATAGTTAGGCCATTAAAA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
*
979 ACTTAAAGAAATGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTTACTAATGGG--CAT
66 ACTTAAAGAAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTTACTAATGGGCTCAT
* * *
1042 ATGCCCAAAATAACAAGTGTTCCAAATGGGCTAAAAACTTCACAGCGGACTAATCTCACCAAAAT
131 AGGCCCAAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAAT
*
1107 GATTATAGTTAGGCCATAAACAATGGAAAGAAAAGAATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTC
196 GATTATAGTTAGGCCATAAACAATGGAAAGAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTC
* *
1172 AAAACG-GAGCTAATGGGCCCTGATAGGCCCAAAATAACAAGTATTC
261 AAAACGTCA-CTAATGGG-CC-GATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
* * *
1218 CAAATGAGATAAAAACTTCACAGTGGACTAATCACACCAAAATGATTATAGTTAAGCCATAAAAA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
1283 ACTTAAAGAAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTTACTAATGGG--CA-
66 ACTTAAAGAAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTTACTAATGGGCTCAT
* *
1345 ATGCCCAAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGCGGACTAATCCTCACCAAAA
131 AGGCCCAAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAAT-CTCACCAAAA
* * *
1410 TGATTATAGTTAGTCCATCAACAATGGAAATG-AAAGCATTGAGGTTTGCCAAATTGAAGACGAT
195 TGATTATAGTTAGGCCATAAACAATGGAAA-GAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGAT
* *
1474 TCAGAACGTCACTAATGGGCCCCGATAGGCCCAAAATAACAAGTATTC
259 TCAAAACGTCACTAATGGG--CCGATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
* *
1522 CAAATGAGATAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAAGCCATAAAAA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
1587 ACTTAAAGAAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTTACTAATGGGCCCTC
66 ACTTAAAGAAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTTACTAATGGG--CTC
* * * *
1652 ATATGCCC-AAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACATCACAGTTGACTAATCTCTCCAAA
129 ATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAA
* * * * * *
1716 ATGATTATATTTAGCCCATAAAAAACT-TAATA-AAAAGCTTTGAGGTTTGCGAAATCGAAGACG
194 ATGATTATAGTTAGGCCATAAACAA-TGGAA-AGAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACG
*
1779 ATTCAAAACGTCAGTAATGGGCTTCGATAGGCCCAAAATAACAA--GTTC
257 ATTCAAAACGTCACTAATGGGC--CGATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
* * * *
1827 AAAATGAGCTAAAAACTTCACTGTGGACTAATCTCACAAAAATGATTATAGTTAGGCCATTAAAA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
1892 ACTTAAA-AAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTTACTAATGGG--CAT
66 ACTTAAAGAAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTTACTAATGGGCTCAT
** * *
1954 TTGCCC-AAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAATAGACTAATCTCACCAAAAT
131 AGGCCCAAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAAT
* *
2018 GATCATAGTTAGGCCAT-AACAATGGAGAG-AAAGCAGTTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATT
196 GATTATAGTTAGGCCATAAACAATGGAAAGAAAAGCA-TTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATT
*
2081 CAAAACGTCACTTATGGGCCTCGATAGGCCC-AAATAACAAGTGTTC
260 CAAAACGTCACTAATGGG-C-CGATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
*
2127 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAA-GATTATAGTTAGGCCATAAACA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
* * * ** *
2191 A-TGGAAAGAAAAGCATTGAAGGTTT-CCAAATCGAAGACGATTCAAAACGGAACTAATGGGCCC
66 ACT-TAAAGAAAAGCTTTG-AGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTTACTAATGGG-CT
* *
2254 CGATAGGGCC-AAATAAAAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCA
128 C-ATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCA
*
2318 AAATGATTATAGTTAGGCCATAAACAATGGAAAGAAATAGCATCGAAGG-TTGCCAAATCGAAGA
192 AAATGATTATAGTTAGGCCATAAACAATGGAAAGAAA-AGCATTG-AGGTTTGCCAAATCGAAGA
*
2382 CGATTCAAAACGTCACTAATGGTCCCCGATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
255 CGATTCAAAACGTCACTAATGG--GCCGATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
* * * * ** *
2434 CGAACGAGCTAAAAACTTCACGGTGGACTTATCTCATTAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAACA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
* * * * * * *
2499 A-TGGAAAGAAAATCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAGAACGTCACTAATGGGCCCC
66 ACT-TAAAGAAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTTACTAATGGG-CTC
* * *
2563 GATAGGCCCAAAATAACAAGTATTCCAAATGAGATAAAAACTTCACAGTGGACTAATCACACCAA
129 -ATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAA
* * * * * * *
2628 AATGATTATAGTTAAGCCATAAAAAACT-TAAAGAAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCAAAGACA
193 AATGATTATAGTTAGGCCATAAACAA-TGGAAAGAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACG
* * *
2692 ATTCAAAACGTTACTAATGGGCCCCTATATGCCC-AAATAACAAGTGTTC
257 ATTCAAAACGTCACTAATGGG--CCGATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
2741 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
2806 ACTTAAAGAAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTTACTAATGGG--CAT
66 ACTTAAAGAAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTTACTAATGGGCTCAT
* *
2869 ATGCCCAAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTAGACTAATCTCACCAAAAT
131 AGGCCCAAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAAT
* * *
2934 GATCATAGTTAGGCCATAAACAATGGAATGAAAAGCATTGAGGTTTGCCTAATCGAAGACGATTC
196 GATTATAGTTAGGCCATAAACAATGGAAAGAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTC
* *
2999 AAAACGTCACTAATGGGACCTATAGGCCCAAAAAAACAAGTGTTC
261 AAAACGTCACTAATGGG-CCGATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
3044 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
1 CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
* * *
3109 ACTTAAAGAAAAGCTTCGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTCACTTATGGGCTTCG
66 ACTTAAAGAAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTTACTAATGGGC-TC-
3174 ATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAA
129 ATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAA
Statistics
Matches: 2658, Mismatches: 201, Indels: 127
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
298 17 0.01
299 82 0.03
300 162 0.06
301 69 0.03
302 228 0.09
303 480 0.18
304 738 0.28
305 86 0.03
306 52 0.02
307 396 0.15
308 259 0.10
309 88 0.03
310 1 0.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.19, G:0.17, T:0.23
Consensus pattern (304 bp):
CAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAATGATTATAGTTAGGCCATAAAAA
ACTTAAAGAAAAGCTTTGAGCTTTGCCAAATCGAAGACGATTCAAAACGTTACTAATGGGCTCAT
AGGCCCAAAATAACAAGTGTTCCAAATGAGCTAAAAACTTCACAGTGGACTAATCTCACCAAAAT
GATTATAGTTAGGCCATAAACAATGGAAAGAAAAGCATTGAGGTTTGCCAAATCGAAGACGATTC
AAAACGTCACTAATGGGCCGATAGGCCCAAAATAACAAGTGTTC
Done.