Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014115.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14148, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2545
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Found at i:2519 original size:657 final size:653
Alignment explanation
Indices: 31--2545 Score: 3156
Period size: 657 Copynumber: 3.9 Consensus size: 653
21 AAAGTCTTTA
* * * *
31 ACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTGTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTT
1 ACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
* * * * * * * **
96 AGATGCTCGTAAAAACAAATCATCAAATCGAATGTGGCTGGGATTTGGTTCGATGAATATTTATA
66 AGATGCCCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGCTAGATGAATATAGATA
* * * * * * * *
161 TTTTAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCAAGCAAAATTGAG-CTGGGGCACCGGAACGCGTTTTTA
131 TTTCAAGGAGTCTTTACGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTC-GAGGCACCGAAACGCGTTTTTA
* * *
225 GCCAAAAA-CGTGATGGTTACTACACGATTTCAGTTAAAAACTGACCCGAAAATTTTGTTCTCAA
195 GCCAAAAACCGTGAT-GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTGTTCTCAA
* * * * *
289 TTTTATGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAGAGATTGCAAAGTTTTTAAC
259 TTTTTTGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATAGCAAAGTTTTTAAC
* * *
354 GCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCTAATTAATTTCTAATTAAATCGAACCAAGATTTAG
324 GCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAG
* * * * * *
419 ATGCTCGTAAAAACAAATCATCAAATCGAATGTGGCTGGGTTTTGGTTCGCTAAATATTTATATT
389 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATCGAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATT
* **
484 TTAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGTTCCGGAAA-GCGTTTTTAGC
454 TTAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGCCTCC-GAAACGCGTTTTTAGC
* * *
548 CAAAAACGTGATGGTGAGTATATGAGTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCGAAAAGTTT
518 CAAAAACGTGATGGTTAGTATACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCGAAAAGTTT
*
613 ATCCTCAAATTTTTTACCACAATACTCAGAAAAAATATAAAAATTAACGCCAGAAAAATTGAAGG
583 AT-CTTAAATTTTTTACCACAATACTCAGAAAAAATATAAAAATTAACGCCAGAAAAATTGAAGG
678 GTTTTTC
647 GTTTTTC
* *
685 ACGCTTGTAATATCGTTTTTCATATTTTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAAGAAGA
1 ACGCTTCTAATATCGTTTTTC-TA--TTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA
* *
750 TTCATATGCCCGTAAAAATAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGCTAGATGAATATAG
63 TTCAGATGCCCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGCTAGATGAATATAG
* * *
815 ATATTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAATGCGTTTT
128 ATATTTCAAGGAGTCTTTACGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCACCGAAACGCGTTTT
* *
880 TAGCCAAAATCCGTGATGGTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTGTTCTCA
193 TAGCCAAAAACCGTGATGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTGTTCTCA
945 ATTTTTTGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGAATATTGCAAAGTTTT
258 ATTTTTTGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA-AATA--GCAAAGTTTT
* * * *
1010 TAACGCTTCTAATATCG-TTTCCCA--TTTTCCCTGAATTAATTTCTAATTAAATAGACACAAGA
320 TAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCC-GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA
* * * * * *
1072 TTCAGATGCAT-GTAAAAATAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATTAATATA
384 TTCAGATGC-TCGTAAAAACAAATCCTCAAATCGAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATT
* * * *
1136 GATATTTCAAGGAGTCTTTGCACCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCCGGAACGCGTTT
448 GATATTTTAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGCCTCCGAAACGCGTTT
* * * *
1201 TTAGCCAAAAACGTGATGGTTTGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAA
513 TTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTATACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCGAAA
* * * ** * * * * *
1266 AATATT-TCTT-CATTTTTTTCCACAATACTCAGATGAAATAT-ATAATTCAATGACATAAATAT
578 AGT-TTATCTTAAATTTTTTACCACAATACTCAGAAAAAATATAAAAATT-AACGCCAGAAAAAT
*
1328 TGAAGGATTTTTC
641 TGAAGGGTTTTTC
* *
1341 ACGCTTCTAATATCG----T-T-TTTTTTTCCGAATTTATTTTTAATTAAATCTAAACAAGATTC
1 ACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
* * * * * * *
1400 AGATGCTCGCAAAAACAAATTTTTTAAAT-CAATTGTTGTTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGA
66 AGATGCCCGTAAAAACAAA-TCTTTAAATCCAA-TGTGGCTGAGATTTGGCTAGATGAATATAGA
* *
1464 TTTTTCAAGGAGTCTTTATC-TCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGC-CCTGAAACGCGTTC
129 TATTTCAAGGAGTCTTTA-CGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCACC-GAAACGCGTTT
* *
1527 TTAACCAAAAACC--G-TG--CGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTGTTCTC
192 TTAGCCAAAAACCGTGATGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTGTTCTC
* * *
1587 AATTTTTTGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCAATGTTTTTA
257 AATTTTTTGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATAGCAAAGTTTTTA
* * *
1652 ACGCTTTTAATATCGTTTTTCCATTTGTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTT
322 ACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
* * * *
1717 AGATGCTCGTAAAAACAAATCGTCAAATCGAATGTGCCTGAGATTTGGTTTGATGAATATTTATA
387 AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATCGAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATA
* * * *
1782 TTTTAAGGAGTCTTTGCGTCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCCGGAATGCGTTTTTAG
452 TTTTAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGCCTCCGAAACGCGTTTTTAG
*
1847 CCAAAAATGTGATGGTTAGTATACGATTTCAGCTAAAATTTTGC-AAAAACTTGACCCGAAAAGT
517 CCAAAAACGTGATGGTTAGTATACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAAAC-TGACCCGAAAAGT
1911 TTATCTTAAATTTTTTACCACAATACTCAGAAAAAATATAAAAATTAACGCCAGAAAAATTGAAG
581 TTATCTTAAATTTTTTACCACAATACTCAGAAAAAATATAAAAATTAACGCCAGAAAAATTGAAG
1976 GGTTTTTC
646 GGTTTTTC
* * *
1984 ACGCTTGTAATAAT-GTTTTTCATATTTTTTTCCAAATTTATTTCTAATTAAATCGAAAGAAGAT
1 ACGCTTCTAAT-ATCGTTTTTC-TATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGAT
* * *
2048 TCATATGCCCGTAAAAATAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGCTAGATGAATATAGA
64 TCAGATGCCCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGCTAGATGAATATAGA
* * * *
2113 TATTTCTAGGAGTCTTTACATCAAAAACCATGCAAAACTGGGTCGAGGCACAGAAACGCGTTTTT
129 TATTTCAAGGAGTCTTTACGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCACCGAAACGCGTTTTT
*
2178 AGCCAAAAACCGTGATGTTAAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTGATCTCA
194 AGCCAAAAACCGTGATGTT-AGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTGTTCTCA
* * * * * *
2243 ATATTTTGCCACAGTACTCATAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAACAG-AAGGATTTTTC
258 ATTTTTTGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATAGCAAAG-TTTTTA
* * *
2307 ACGCTTCTAATATCGTTTTT-CATTTTTTTTTTCCGAATTTATCTCTAATTAAATCTAAACAAGA
322 ACGCTTCTAATATCGTTTTTCCA---TTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGA
* * * ** *
2371 TTCAGATGCTCATAAAAACGAATCCTTAAATC-TTTAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATT
384 TTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATCGAAT-GTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATT
* ** * * * *
2435 GAT-TTCTTAAGTAGTCTTTATGTCAAAAA-CTATGCAAAACTGAGTCGAGACCT-CGAAACGCG
448 GATATT-TTAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATC-ATGCAAAATTGAGCCG-GGCCTCCGAAACGCG
** * * *
2497 AATTTAG-CAACAAACATGATGG-TAGT-TCATGATTTTAGCTAAAATTTTG
510 TTTTTAGCCAA-AAACGTGATGGTTAGTAT-ACGATTTCAGCTAAAATTTTG
Statistics
Matches: 1608, Mismatches: 201, Indels: 102
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
640 25 0.02
641 15 0.01
642 201 0.12
643 157 0.10
644 7 0.00
645 2 0.00
646 1 0.00
647 60 0.04
648 102 0.06
649 101 0.06
650 58 0.04
651 1 0.00
652 3 0.00
654 25 0.02
655 121 0.08
656 93 0.06
657 395 0.25
658 205 0.13
659 9 0.01
660 27 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (653 bp):
ACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTC
AGATGCCCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGCTAGATGAATATAGATA
TTTCAAGGAGTCTTTACGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCACCGAAACGCGTTTTTAG
CCAAAAACCGTGATGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTGTTCTCAATT
TTTTGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATAGCAAAGTTTTTAACGC
TTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAT
GCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATCGAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTT
AAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGCCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAA
AAACGTGATGGTTAGTATACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCGAAAAGTTTATC
TTAAATTTTTTACCACAATACTCAGAAAAAATATAAAAATTAACGCCAGAAAAATTGAAGGGTTT
TTC
Done.