Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014116.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14149, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.13, T:0.32
Found at i:1653 original size:329 final size:328
Alignment explanation
Indices: 653--3326 Score: 2512
Period size: 329 Copynumber: 8.2 Consensus size: 328
643 TATTGCAAAG
* ** * **
653 TTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTCCCA-TT-TTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACA
1 TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCATTTGTTTCC-GAATTTATTTCTAATTAAATCTAAACA
* * * * * * *
716 AGAATCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTTGATGAATA
65 AGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAAT-CAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
** * ** * * * * * *
781 CAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCATCCAAAATTGAACCGGGGCTCCGGAACGCGT
129 TTGATTTTTCAA-GAGTCTTTACGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGCCGAGGCTCCGAAACGCGT
* *
846 TTTTAGCAAAAAATGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAA
193 TTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAA
* * *
911 AAAATATTTCATCAATTTTATGCCACAAATA-CTCAGAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAA
258 AAAATATTTCTTC-ATTTTTTGCCAC-AATACCT-AGATGAAATATATAATTCAACGACAAAAAA
975 ATTGAAGGA
320 ATTGAAGGA
* * *
984 TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTTTTTCCGAATTTATCTCTAATTAAATCGAAA
1 TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC--A-TTTGTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCTAAA
* * * * * * * *
1049 GAAGATTCATATGCCCGTAAAAATAAATCTTTAAATCCAATGTGGCAGAGATTTGGCTAGATGAA
63 CAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAAT-CAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAA
** * * * * *
1114 TATAAATATTTCAAGGAGTCTTTTTC-TCAAAAACCATGTAAAACTGAGTCGAGGCTCCGAAACG
127 TATTGATTTTTCAA-GAGTC-TTTACGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGCCGAGGCTCCGAAACG
* * * * *
1178 CGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGCTAATACACGA-TTT--C--------GGCTAAAAACTGAC
190 CGTTTTTAGCCAAAAA-CGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGAC
* * * * *
1232 CCGAAAATTTTGTTC-TCAATTTTTTGCCACAGTACTCATA-A-AAAATATATAATTCAAC-ACC
254 CCAAAAAATAT-TTCTTC-ATTTTTTGCCACAATAC-C-TAGATGAAATATATAATTCAACGA-C
*
1293 AAAAAAATTGCAAAG-
314 AAAAAAATTG-AAGGA
** * *
1308 TTTTAAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTGTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
1 TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTT-CATTTGTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCTAAACA
* * * * * *
1373 AGATTTAAATGCTCGTAAAAACAAATCGTCAAATCGAATGTGGCTGGGATTTGTTTCGATGAATA
65 AGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATC-AATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
* * * * *
1438 TTTATATTTT-AAG-GTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCCGGAACGCGT
129 TTGAT-TTTTCAAGAGTCTTTACGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGCCGAGGCTCCGAAACGCGT
* * * * * *
1501 TTTTAGCCAAAAACTTGATGGTTTGAAAACGATTTTAGCTAAAATTTGGCAAAAAATTGACCCAA
193 TTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAA
1566 AAAATATTTCTTCATTTTTTGCCACAATACCTAGATGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATT
258 AAAATATTTCTTCATTTTTTGCCACAATACCTAGATGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATT
1631 GAAGGA
323 GAAGGA
* * *
1637 TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTAATTTCTTTTCCGAATTTATCTCTAATTAAATCTAAACA
1 TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCATTT-GTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCTAAACA
* * * * * *
1702 AGATTCAGATGCT-ATAAAAACGAATCCTTAAATCTACTGTGGCTGAGATTTCGTTAGCTGAATA
65 AGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATC-AATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
* * * ** * * * *
1766 TTGATTTTTCAAGTAGTCTTTATGTC-AAAACCATGAAAAACTGAATCGAGGCCCCAAAAGGCGA
129 TTGATTTTTCAAG-AGTCTTTACGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGCCGAGGCTCCGAAACGCGT
* * *
1830 TTTTAGCCAAAAACGTAATGATTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTTACCCAA
193 TTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAA
* *
1895 AAAATATTTCTTCAATTTTTTGTCACAATA-CTCAGAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAA
258 AAAATATTTCTTC-ATTTTTTGCCACAATACCT-AGATGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAA
1959 TTGAAGGA
321 TTGAAGGA
* * * * * * * *
1967 TTTTTCACGCTTATAATATCGTTATTC-TTCTTTTTCTGATTTTATCTCTAATTAACTTTAAACA
1 TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCATT-TGTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCTAAACA
* * *
2031 AGATTCAGCTGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATCAATTATGGTTGAGATTTGGTTAGATGAATA
65 AGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATCAA-TGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
* * * *
2096 TTGATTTTTCAAGGAGACTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGG-TCCCGAAACGCG
129 TTGATTTTTCAA-GAGTCTTTACGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGCCGAGGCT-CCGAAACGCG
* *
2160 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAGACGA-TTT--C----A-GTT---AAAAACTGACCC
192 TTTTTAGCCAAAAA-CGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCC
* * * * * * *
2214 -GAAAAT-TTTGTTATCATTTTTTTAGTCACAATACTCATA-A-AAAATATTTAATTCAATGCCA
256 AAAAAATATTT-CT-TCA-TTTTTT-GCCACAATAC-C-TAGATGAAATATATAATTCAACGACA
*
2275 AAAAGAA-TGCAAAG-
315 AAAA-AATTG-AAGGA
* * * *
2289 TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCA-TT-TTTCCTGAACTAATTTCTAATT-AATATAAACA
1 TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCATTTGTTTCC-GAATTTATTTCTAATTAAATCTAAACA
* * ** * *
2351 AGATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCC-CTATGTCCAATGTGGCTGAAATTTGGTTCGATGAAT
65 AGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTC-AAAT-CAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAAT
* * ** * * * * * * * *
2415 ATAGATATTTCAAGGAAACTTTGCGCCAAAAATCATGAAAAATTGAGCCGGGGCACCGGAATGCG
128 ATTGATTTTTCAA-GAGTCTTTACGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGCCGAGGCTCCGAAACGCG
2480 TTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCA
192 TTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCA
* * *
2545 AAAAATATTTCTTCATTTTTTTCCACAATA-CTCAGATGAAATATATAATTCAACGACATAAATA
257 AAAAATATTTCTTCATTTTTTGCCACAATACCT-AGATGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAA
2609 TTGAAGGA
321 TTGAAGGA
*
2617 TTTTTCACGCTTCTAATATC--TTTT-A-TT-TTT-CAAATTTATCTT-TAATTAAATCTAAACA
1 TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCATTTGTTTCCGAATTTAT-TTCTAATTAAATCTAAACA
* * ** *
2675 AGATTCAGATGCTTGCAAAAACAAATTTTTTAAATCAATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAAT
65 AGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAA-TCCTCAAATCAA-TGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAAT
* *
2740 ATTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATC-TCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCTCCGAAACGC
128 ATTGATTTTTCAA-GAGTCTTTA-CGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGCCGAGGCTCCGAAACGC
* **
2804 GTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGC-------TT----AAAACTGACC
191 GTTTTTAGCCAAAAA-CGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACC
* * * * * *
2858 CGAAAATTTTGTTC-TCAATTTTTTGCCACAGTACTCATA-A-AAAATATATAATTCAACGCCAA
255 CAAAAAATAT-TTCTTC-ATTTTTTGCCACAATAC-C-TAGATGAAATATATAATTCAACGACAA
* *
2920 AAAGATTGCAAAG-
316 AAAAATTG-AAGGA
* * *
2933 TTTTTAACGATTCTAATATCGTTTTTCCATTTGTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT-TGAAAC
1 TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTT-CATTTGTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCT-AAAC
* * * * *
2997 AAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCGTCAAATCGAATGTGGCTGGGA-TTGTTTCGATGAAT
64 AAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATC-AATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAAT
* * * * *
3061 ATTTATATTTT-AAG-GTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCCGGAACGCG
128 ATTGAT-TTTTCAAGAGTCTTTACGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGCCGAGGCTCCGAAACGCG
* * * *
3124 TTTTTAGCCAAAAACTTGATGGTTTGAACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCA
192 TTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCA
* *
3189 AAAGATATTTCTTCATTTTTTGCCACAATACCCAGATGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAAT
257 AAAAATATTTCTTCATTTTTTGCCACAATACCTAGATGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAAT
*
3254 TGAAGTA
322 TGAAGGA
* *
3261 TTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATTTTTTGTTTCCGAATTTATCTCTAATTAAATCTAAA
1 TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCA---TTTGTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCTAAA
3326 C
63 C
3327 CCTAAACCCT
Statistics
Matches: 1925, Mismatches: 296, Indels: 245
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
315 19 0.01
316 61 0.03
317 4 0.00
318 28 0.01
319 97 0.05
320 190 0.10
321 58 0.03
322 175 0.09
323 66 0.03
324 94 0.05
325 140 0.07
326 36 0.02
327 20 0.01
328 174 0.09
329 276 0.14
330 220 0.11
331 79 0.04
332 19 0.01
333 2 0.00
335 144 0.07
336 23 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (328 bp):
TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCATTTGTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCTAAACAA
GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATT
GATTTTTCAAGAGTCTTTACGCCAAAAACCATGCAAAACTGAGCCGAGGCTCCGAAACGCGTTTT
TAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAA
ATATTTCTTCATTTTTTGCCACAATACCTAGATGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAA
GGA
Found at i:3146 original size:644 final size:647
Alignment explanation
Indices: 653--3326 Score: 2577
Period size: 644 Copynumber: 4.1 Consensus size: 647
643 TATTGCAAAG
* * * **
653 TTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTCCCATTTTTCCTGAATTAAT-TTCTAATTAAATAGAAACAA
1 TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTT--TATTTTT-C-GAATTTATCTT-TAATTAAATCTAAACAA
* * * * * * *
717 GAATCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTATATCCAA-TGTGGCTGAGATTTGATTTGATGAATA
61 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAAT-CAATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
** * * * * * * * *
781 CAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGC-CAAAAATCATCCAAAATTGAACCGGGGCTCCGGAACGCG
125 TTGATTTTTCAAGGAGTCTTTAT-CTCAAAAACCATGCAAAACTGAGCCGAGGCTCCGAAACGCG
** *
845 TTTTTAG-CAAAAAATGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCC
189 TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGC-------TT---AAAAACTGACCC
* * *
909 AAAAAATATTTCATCAATTTTATGCCACAAATACTCAGAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAA
244 AAAAAATATTTCATCAATTTTTTGCCAC-AATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAA
* * *
974 AATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTTTTTCCGAATTTATCTCTAAT
308 AATTGAAAGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-CA-TTTTTTTCCGAATTAATCTCTAAT
** * * * * * *
1039 TAAATCGAAAGAAGATTCATATGCCCGTAAAAATAAATCTTTAAATCCAATGTGGCAGAGATTTG
371 TAAATATAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATC-TCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTG
* * * * * *
1104 GCTAGATGAATATAAATATTTCAAGGAGTCTTTTTC-TCAAAAACCATGTAAAACTGAGTCGAGG
435 GTTAGATGAATATAGATATTTCAA-GAGTC-TTTACGCCAAAAACCATGAAAAACTGAGCCGAGG
* * * * *
1168 CTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCATGATGGCTAATACACGA-TTT--C--------GGCT
498 CTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-CGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCA
* * * * * *
1222 AAAAACTGACCCGAAAATTTTGTTC-TCAATTTTTTGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAATT
562 AAAAACTGACCCAAAAAATAT-TTCTTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAGAAATATATAATT
*
1286 CAAC-ACCAAAAAAATTGCAAAG-
626 CAACGA-CAAAAAAATTG-AAGGA
** * *
1308 TTTTAAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTGTTTCCGAATTAAT-TTCTAATTAAATCGAAAC
1 TTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTT--A-TT-TTT-CGAATTTATCTT-TAATTAAATCTAAAC
* * * * * *
1372 AAGATTTAAATGCTCGTAAAAACAAATCGTCAAATCGAA-TGTGGCTGGGATTTGTTTCGATGAA
59 AAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATC-AATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAA
* * * * * *
1436 TATTTATATTTT-AA-G-GTCTTTA-CGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCCGGAAC
123 TATTGAT-TTTTCAAGGAGTCTTTATC-TCAAAAACCATGCAAAACTGAGCCGAGGCTCCGAAAC
* * * * * *
1497 GCGTTTTTAGCCAAAAA-CTTGATGGTTTGAAAACGATTTTAGCTAAAATTTGGCAAAAAATTGA
186 GCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGC------TT----AAAAACTGA
* *
1561 CCCAAAAAATATTTCTTC-ATTTTTTGCCACAATAC-C-TAGATGAAATATATAATTCAACGACA
241 CCCAAAAAATATTTCATCAATTTTTTGCCACAATACTCATA-A-AAAATATATAATTCAACGACA
* * *
1623 AAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTT-AATTTCTTTTCCGAATTTATCTCT
304 AAAAAATTGAAAGATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTT-TTTTCCGAATTAATCTCT
* * * * * *
1687 AATTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCT-ATAAAAACGAATCCTTAAATCTACTGTGGCTGAGAT
368 AATTAAATATAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAAT-CTCAAATCCAATGTGGCTGAGAT
* * * * * * **
1751 TTCGTTAGCTGAATATTGATTTTTCAAGTAGTCTTTATGTC-AAAACCATGAAAAACTGAATCGA
432 TTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAG-AGTCTTTACGCCAAAAACCATGAAAAACTGAGCCGA
* * * * * *
1815 GGCCCCAAAAGGCGATTTTAGCCAAAAACGTAATGATTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGC
496 GGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGC
* *
1880 AAAAAACTTACCCAAAAAATATTTCTTCAATTTTTTGTCACAATACTCAGAAGAAATATATAATT
561 AAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAGAAATATATAATT
1945 CAACGACAAAAAAATTGAAGGA
626 CAACGACAAAAAAATTGAAGGA
* * * * * *
1967 TTTTTCACGCTTATAATATCGTTATTCTTCTTTTTCTGATTTTATCTCTAATTAACTTTAAACAA
1 TTTTTCACGCTTCTAATATCG---TT-TTATTTTTC-GAATTTATCTTTAATTAAATCTAAACAA
* * *
2032 GATTCAGCTGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATCAATTATGGTTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
61 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATCAATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * *
2097 TGATTTTTCAAGGAGACTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGG-TCCCGAAACGCGT
126 TGATTTTTCAAGGAGTCTTTATCTCAAAAACCATGCAAAACTGAGCCGAGGCT-CCGAAACGCGT
* * *
2161 TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAGACGATTTCAG-TTAAAAACTGACCC-GAAAATTTTG
190 TTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTTAAAAACTGACCCAAAAAATATT-
* * * * * *
2224 TTATCATTTTTTTAGTCACAATACTCATAAAAAATATTTAATTCAATGCCAAAAAGAA-TGCAAA
254 TCATCAATTTTTT-GCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAA-AATTG-AAA
* *
2288 G-TTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTCCA--TTTTTCCTGAACTAATTTCTAATT-AATATAA
316 GATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCC-GAATTAATCTCTAATTAAATATAA
* * * ** * *
2348 ACAAGATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCCTATGTCCAATGTGGCTGAAATTTGGTTCGATGA
380 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCTC-AAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGA
** * * * * * * *
2413 ATATAGATATTTCAAGGAAACTTTGCGCCAAAAATCATGAAAAATTGAGCCGGGGCACCGGAATG
444 ATATAGATATTTCAA-GAGTCTTTACGCCAAAAACCATGAAAAACTGAGCCGAGGCTCCGAAACG
2478 CGTTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACC
508 CGTTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACC
* * *
2543 CAAAAAATATTTCTTC-ATTTTTTTCCACAATACTCAGATGAAATATATAATTCAACGACATAAA
573 CAAAAAATATTTCTTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAA
*
2607 TATTGAAGGA
638 AATTGAAGGA
*
2617 TTTTTCACGCTTCTAATATC-TTTTATTTTTCAAATTTATCTTTAATTAAATCTAAACAAGATTC
1 TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTATTTTTCGAATTTATCTTTAATTAAATCTAAACAAGATTC
* * ** *
2681 AGATGCTTGCAAAAACAAATTTTTTAAATCAATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGAT
66 AGATGCTCGTAAAAACAAA-TCCTCAAATCAATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGAT
*
2746 TTTTCAAGGAGTCTTTATCTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCTCCGAAACGCGTTTTTA
130 TTTTCAAGGAGTCTTTATCTCAAAAACCATGCAAAACTGAGCCGAGGCTCCGAAACGCGTTTTTA
* * * * *
2811 GCCAAAAACCATGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTT-AAAACTGACCCGAAAATTTTGTTC-TC
195 GCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTTAAAAACTGACCCAAAAAATAT-TTCATC
* * *
2874 AATTTTTTGCCACAGTACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCAAAG-TTTTT
259 AATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTG-AAAGATTTTT
* * * *
2938 AACGATTCTAATATCGTTTTTCCATTTGTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT-TGAAACAAGAT
323 CACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATCTCTAATTAAATAT-AAACAAGAT
* * * * * **
3002 TTAGATGCTCGTAAAAACAAATCGTCAAATCGAATGTGGCTGGGA-TTGTTTCGATGAATATTTA
387 TCAGATGCTCGTAAAAACAAATC-TCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGA
* * * * * *
3066 TATTTTAAG-GTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTA
451 TATTTCAAGAGTCTTTACGCCAAAAACCATGAAAAACTGAGCCGAGGCTCCGAAACGCGTTTTTA
* * * * *
3130 GCCAAAAACTTGATGGTTTGAACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCAAAAGAT
516 GCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAAT
* *
3195 ATTTCTTC-ATTTTTTGCCACAATACCCAGATGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAG
581 ATTTCTTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAG
*
3259 TA
646 GA
* *
3261 TTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATTTTTTGTTTCCGAATTTATCTCTAATTAAATCTAAA
1 TTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTT-A----TT-TTT-CGAATTTATCTTTAATTAAATCTAAA
3326 C
58 C
3327 CCTAAACCCT
Statistics
Matches: 1714, Mismatches: 228, Indels: 156
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
643 1 0.00
644 296 0.17
645 168 0.10
646 55 0.03
647 54 0.03
648 15 0.01
649 87 0.05
650 211 0.12
651 162 0.09
652 59 0.03
653 99 0.06
654 21 0.01
655 119 0.07
656 12 0.01
657 91 0.05
658 95 0.06
659 92 0.05
660 53 0.03
661 22 0.01
662 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (647 bp):
TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTATTTTTCGAATTTATCTTTAATTAAATCTAAACAAGATTC
AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATCAATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATT
TTTCAAGGAGTCTTTATCTCAAAAACCATGCAAAACTGAGCCGAGGCTCCGAAACGCGTTTTTAG
CCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTTAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCATCAA
TTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAAGATTTTTCAC
GCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATCTCTAATTAAATATAAACAAGATTCAG
ATGCTCGTAAAAACAAATCTCAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTT
CAAGAGTCTTTACGCCAAAAACCATGAAAAACTGAGCCGAGGCTCCGAAACGCGTTTTTAGCCAA
AAACGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTC
TTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGA
Found at i:3333 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 3321--3660 Score: 411
Period size: 7 Copynumber: 49.7 Consensus size: 7
3311 CTAATTAAAT
3321 CTAAACC
1 CTAAACC
3328 CTAAACC
1 CTAAACC
3335 CTAAACC
1 CTAAACC
3342 CT-AACC
1 CTAAACC
*
3348 CTAAACT
1 CTAAACC
3355 CT-AACC
1 CTAAACC
*
3361 CTAAACA
1 CTAAACC
*
3368 CT-AACA
1 CTAAACC
3374 CTAAACC
1 CTAAACC
3381 CT-AACC
1 CTAAACC
*
3387 ATAAACC
1 CTAAACC
3394 CTAAACC
1 CTAAACC
3401 CT-AACC
1 CTAAACC
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1 CTAAACC
3414 CT-AACC
1 CTAAACC
*
3420 ATAAACC
1 CTAAACC
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1 CTAAACC
3434 CT-AACC
1 CTAAACC
*
3440 CTAAAAC
1 CTAAACC
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1 CTAAACC
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1 CTAAACC
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1 CTAAACC
*
3467 TTAAACC
1 CTAAACC
*
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1 CTAAACC
3481 CT-AACC
1 CTAAACC
3487 CATAAACC
1 C-TAAACC
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1 CTAAACC
*
3502 ATAAACC
1 CTAAACC
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*
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1 CTAAACC
*
3525 CAAAACC
1 CTAAACC
*
3532 C-AAAAC
1 CTAAACC
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1 CTAAACC
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1 CTAAACC
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1 CTAAACC
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1 CTAAACC
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1 CTAAACC
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1 CTAAACC
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1 CTAAACC
*
3627 ATAAAACC
1 CT-AAACC
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1 CTAAA
3661 AATTAACGCC
Statistics
Matches: 293, Mismatches: 20, Indels: 40
0.83 0.06 0.11
Matches are distributed among these distances:
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7 186 0.63
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9 6 0.02
ACGTcount: A:0.45, C:0.40, G:0.00, T:0.14
Consensus pattern (7 bp):
CTAAACC
Found at i:3340 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 3321--3660 Score: 411
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3311 CTAATTAAAT
3321 CTAAACCCTAAACC
1 CTAAACCCTAAACC
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1 CTAAACCCTAAACC
*
3348 CTAAACTCT-AACC
1 CTAAACCCTAAACC
* *
3361 CTAAACACT-AACA
1 CTAAACCCTAAACC
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1 CTAAACCCTAAACC
*
3387 ATAAACCCTAAACC
1 CTAAACCCTAAACC
3401 CT-AACCCTAAACC
1 CTAAACCCTAAACC
*
3414 CT-AACCATAAACC
1 CTAAACCCTAAACC
3427 CTAAACCCT-AACC
1 CTAAACCCTAAACC
*
3440 CTAAAACCTAAACC
1 CTAAACCCTAAACC
3454 CTAAACCCT-AACC
1 CTAAACCCTAAACC
* *
3467 TTAAACCATAAACC
1 CTAAACCCTAAACC
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*
3495 CTAAACCATAAACC
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*
3509 CTAAACCCCCAAAACC
1 CTAAA--CCCTAAACC
* *
3525 CAAAACCC-AAAAC
1 CTAAACCCTAAACC
3538 CTAAAACCCT-AACC
1 CT-AAACCCTAAACC
3552 CTAAACCCTAAA-C
1 CTAAACCCTAAACC
3565 CTAAACCCTAAACC
1 CTAAACCCTAAACC
3579 CTAAACCCT-AACC
1 CTAAACCCTAAACC
3592 CTAAAACCCTAAACC
1 CT-AAACCCTAAACC
3607 CTAAACCCTAAA-C
1 CTAAACCCTAAACC
*
3620 CTAAACCATAAAACC
1 CTAAACCCT-AAACC
3635 CTAAACCCTAAACC
1 CTAAACCCTAAACC
3649 CTAAACCCTAAA
1 CTAAACCCTAAA
3661 AATTAACGCC
Statistics
Matches: 286, Mismatches: 24, Indels: 32
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
13 138 0.48
14 118 0.41
15 19 0.07
16 11 0.04
ACGTcount: A:0.45, C:0.40, G:0.00, T:0.14
Consensus pattern (14 bp):
CTAAACCCTAAACC
Found at i:3347 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 3321--3660 Score: 411
Period size: 20 Copynumber: 16.6 Consensus size: 21
3311 CTAATTAAAT
3321 CTAAACCCTAAACCCTAAACC
1 CTAAACCCTAAACCCTAAACC
*
3342 CT-AACCCTAAACTCT-AACC
1 CTAAACCCTAAACCCTAAACC
* *
3361 CTAAACACT-AACACTAAACC
1 CTAAACCCTAAACCCTAAACC
*
3381 CT-AACCATAAACCCTAAACC
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*
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*
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1 CTAAACCCTAAACCCTAAACC
* *
3461 CT-AACCTTAAACCATAAACC
1 CTAAACCCTAAACCCTAAACC
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* *
3502 ATAAACCCTAAACCCCCAAAACC
1 CTAAACCCTAAA--CCCTAAACC
* *
3525 CAAAACCC-AAAACCTAAAACC
1 CTAAACCCTAAACCCT-AAACC
3546 CT-AACCCTAAACCCTAAA-C
1 CTAAACCCTAAACCCTAAACC
3565 CTAAACCCTAAACCCTAAACC
1 CTAAACCCTAAACCCTAAACC
3586 CT-AACCCTAAAACCCTAAACC
1 CTAAACCCT-AAACCCTAAACC
3607 CTAAACCCTAAA-CCTAAACC
1 CTAAACCCTAAACCCTAAACC
*
3627 ATAAAACCCTAAACCCTAAACC
1 CT-AAACCCTAAACCCTAAACC
3649 CTAAACCCTAAA
1 CTAAACCCTAAA
3661 AATTAACGCC
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 25, Indels: 34
0.82 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 23 0.08
20 140 0.51
21 77 0.28
22 23 0.08
23 14 0.05
ACGTcount: A:0.45, C:0.40, G:0.00, T:0.14
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CTAAACCCTAAACCCTAAACC
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Alignment explanation
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Period size: 333 Copynumber: 4.4 Consensus size: 322
3709 TTTCATATTT
* * * * * *
3719 TTTTTTCCGACTTTATTTCTAATTAAATCGAAAGAAGATTCATATGCCCGTAAAAACGAATCCAT
1 TTTTTT-CGAATTTA-TT-TAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACGAATCCTT
* * * * * * *
3784 AAATCTAT-TGTGACTGAGATTTTGCTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCGTTATGTCAAA
63 AAATCT-TCTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCAA-GAGTCTTTATCTCAAA
** ** * * * *
3848 AACCATGCAAAACTGAGTCGATG-CCCCGAAATACGTTTTTAGCCAAAAACCG-T-GATGGTACA
126 AACCATGCAAAACTGAGTCGA-GACCCCGAAACGCGAATTTAGCAAAAAACTGATGGTTAGTACA
* * * * * * *
3910 CGA-TTT--C---GA-----CTAAAAACTGATCC-AAAATTTTGTTC-TCAATTTTTTAGCTACA
190 CGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATAT-TTCTTCAATTTTAT-GCCACA
* * *
3962 ATACTCATTAA-AAATATATAATTCAAC-ACCAAAAAGAA-TGCAAAG-TTTTTCACGCTTCCAA
253 ATACTCA-GAAGAAATATATAATTCAACGA-CAAAAA-AATTG-AAGGATTTTTCACGCTTCTAA
*
4023 TGTCATTTTCCA
314 TATC-TTTT--A
* * * ** * * **
4035 TTTTTCCTGAATTAATTTTTAATTAACTAGAAACAAGAATCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTT
1 TTTTTTC-GAATT--TATTTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACGAATCCTT
* *** * * ** * *
4100 ATATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTTGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGC-CAAA
63 AAATCTTCTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCAA-GAGTCTTTAT-CTCAAA
* * * ** * * * * ** *
4164 AATCATCCAAAATTGAACCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAATGTGATGGTTAGTACA
126 AACCATGCAAAACTGAGTCGAGACCCCGAAACGCGAATTTAGCAAAAAA-CTGATGGTTAGTACA
*
4229 CGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCATCAATTTTATGCCACAAA
190 CGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTTCAATTTTATGCCAC-AA
4294 TACTCAGAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCG
254 TACTCAGAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATC-
4359 TTTTTCA
318 -TTTT-A
* *
4366 TTTTTTTTCCGAATTTATCTCTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATACTCATAAAAACGAATCC
1 --TTTTTT-CGAATTTAT-T-TAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACGAATCC
*
4431 TTAAATCTTCTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTCTT-AAGTAGTCTTTATGTCA
61 TTAAATCTTCTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTT-TTCAAG-AGTCTTTATCTCA
* * *
4495 AAAACTATGCTAAACTGAGTCGAGACCTCGAAACGCGAATTTAGCAAAAAACATGATGGTTAGTA
124 AAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGACCCCGAAACGCGAATTTAGCAAAAAAC-TGATGGTTAGTA
* *
4560 CATGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACCTGACCCAAAATATATTTCTTCAAATTTTA-GCCA
188 CACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAA-CTGACCCAAAAAATATTTCTTC-AATTTTATGCCA
* * *
4624 CAATTCTCAGAAGAAATATATAATTCAAAGACAAACAAATTGAAGGATTTTTCACG------A-A
251 CAATACTCAGAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATA
4682 ---TTTA
316 TCTTTTA
* * *
4686 ---TCTCTAA-TTA---AATCTAAA-CGT--ACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACGAATCCTTA
1 TTTTTTCGAATTTATTTAAT-TAAATC-TAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACGAATCCTTA
* ** * *
4741 AATCTACTGTTTCTGAGATTTAGG-TAGATGAATTTTGATTTTTCAACGAGTCTATATCTCAAAA
64 AATCTTCTGTGGCTGAGATTT-GGTTAGATGAATATTGATTTTTCAA-GAGTCTTTATCTCAAAA
* * * * *
4805 ACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAAGGCGATTTTAGC-CAAAACCG-T-G--AG-ACACG
127 ACCATGCAAAACTGAGTCGAGACCCCGAAACGCGAATTTAGCAAAAAACTGATGGTTAGTACACG
*
4864 ATTTTAGCTAAAATTTTG-TAAAAACTGACCC-AAAAATA-TTCTTCAATTTT-TGCCACAATAC
192 ATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTTCAATTTTATGCCACAATAC
* *
4925 TCAGAAGAAATATATAATTCAACGACATAAATATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCTTTT
257 TCAGAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCTTTT
4990 A
322 A
* * * **
4991 TTTTTT-GAATTTATTTTTAATTAAATCTAAACAAGATTTAGATGCTCGCAAAAACAAATTTTTT
1 TTTTTTCGAATTTA--TTTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACGAA-TCCTT
* *
5055 AAATCAAT-TGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT-AATATTGATTTTTCAAGGAATCTTTATCTCAAA
63 AAATC-TTCTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCAA-GAGTCTTTATCTCAAA
5118 AACC
126 AACC
Statistics
Matches: 880, Mismatches: 137, Indels: 142
0.76 0.12 0.12
Matches are distributed among these distances:
295 61 0.07
296 6 0.01
297 6 0.01
298 7 0.01
299 5 0.01
300 22 0.03
301 3 0.00
302 1 0.00
303 1 0.00
304 1 0.00
305 5 0.01
306 7 0.01
307 119 0.14
308 12 0.01
309 5 0.01
312 5 0.01
313 7 0.01
314 62 0.07
315 29 0.03
316 132 0.15
317 3 0.00
318 2 0.00
319 10 0.01
320 4 0.00
321 3 0.00
322 1 0.00
325 1 0.00
326 1 0.00
327 1 0.00
330 26 0.03
331 69 0.08
332 7 0.01
333 221 0.25
334 28 0.03
335 7 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (322 bp):
TTTTTTCGAATTTATTTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACGAATCCTTAAA
TCTTCTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCAAGAGTCTTTATCTCAAAAACCA
TGCAAAACTGAGTCGAGACCCCGAAACGCGAATTTAGCAAAAAACTGATGGTTAGTACACGATTT
TAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTTCAATTTTATGCCACAATACTCAG
AAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCTTTTA
Done.