Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014118.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14151, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3250
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Found at i:908 original size:299 final size:300
Alignment explanation
Indices: 320--921 Score: 797
Period size: 306 Copynumber: 2.0 Consensus size: 300
310 TTTTTTTTCT
*
320 GAATTTATCTCTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATACTCATAAAAACGAATCCTTAAATCTTC
1 GAATTTATCTCTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATACTCATAAAAACGAATCCTTAAATCTAC
* * * *
385 TATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTCTTAAGTAGTATTTATGTCAAAAACTATGCT
66 TATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTCTTAAGTAGTATATATCTCAAAAACCATGCA
* * * *
450 AAACTGAGTCGAGACCTCGAAACGCGAATTTAGCAAAAAACATGATGGTTAATACATGATTTTAG
131 AAACTGAGTCGAGACCCCGAAACGCGAATTTAGCAAAAAACACGATGG-T-AGACACGATTTTAG
* * *
515 CAAAAATTTTGCAAAAAACTGACCGAAAATATATTTCTTCAAATTTTAGCCACAATTCTCAGAAG
194 CAAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTTCAAATTTTAGCCACAATACTCAGAAG
* *
580 AAATATATAATTCAAAGACAAACAAATTGAAGGATTTTTCAC
259 AAATATATAATTCAAAGACAAAAAAATTGAAGGATTTATCAC
* *
622 GAATTTATCTCTAATTAAATCTAAACGTACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACGAATCCTTAAAT
1 GAATTTATCTCTAATTAAATCTAAAC--A-A-GATTCAGATACTCATAAAAACGAATCCTTAAAT
* ** * *
687 CTACTGTTTCTGAGATTTAGG-TAGATGAATTTTGATTT-TTCAACG-AGTCTATATCTCAAAAA
62 CTACTATGGCTGAGATTT-GGTTAGATGAATATTGATTTCTT-AA-GTAGTATATATCTCAAAAA
* * * *
749 CCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAAGGCGATTTTAGC-CAAAAC-CG-T-G-AGACACGAT
124 CCATGCAAAACTGAGTCGAGACCCCGAAACGCGAATTTAGCAAAAAACACGATGGTAGACACGAT
* * * *
809 TTTAGCTAAAATTTTGTAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTTCAATTTTTTGCCACAATACTC
189 TTTAGCAAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTTCAAATTTTAGCCACAATACTC
*
874 AGAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGATTTATCAC
254 AGAAGAAATATATAATTCAAAGACAAAAAAATTGAAGGATTTATCAC
921 G
1 G
922 CTTCTAATAT
Statistics
Matches: 263, Mismatches: 30, Indels: 17
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
299 110 0.42
302 27 0.10
303 1 0.00
304 2 0.01
305 8 0.03
306 112 0.43
307 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.16, G:0.14, T:0.31
Consensus pattern (300 bp):
GAATTTATCTCTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATACTCATAAAAACGAATCCTTAAATCTAC
TATGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTCTTAAGTAGTATATATCTCAAAAACCATGCA
AAACTGAGTCGAGACCCCGAAACGCGAATTTAGCAAAAAACACGATGGTAGACACGATTTTAGCA
AAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTTCAAATTTTAGCCACAATACTCAGAAGAA
ATATATAATTCAAAGACAAAAAAATTGAAGGATTTATCAC
Found at i:1272 original size:325 final size:326
Alignment explanation
Indices: 614--3250 Score: 2680
Period size: 325 Copynumber: 8.1 Consensus size: 326
604 AATTGAAGGA
*
614 TTTTTCACGAATTTAT-CTCTAATTAAATCTAAACGTACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACGAA
1 TTTTTC-CGAATTTATCCT-TAATTAAATCTAAAC--A-A-GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAA
* * ** * * * *
678 TCCTTAAATCTACTGTTTCTGAGATTTAGG-TAGATGAATTTTGATTTTTCAACGAGTCTATATC
60 TCCTTAAATCAAATGTGGCTGAGATTT-GGTTAGATGAATATTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATG
* * *
742 TCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAAGGCGATTTTAGCC-AAAAC-CG-T-G--A
124 TCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTA
* *
801 G-ACACGATTTTAGCTAAAATTTTGTAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTTCAATTTTTTGCC
189 GTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTTCATTTTTTTGCC
*
865 ACAATACTCAGAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGATTTATCACGCTTCTAAT
254 ACAATACTCAGAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAAT
930 ATCGTTTTTCATTT
319 ATC----TT--TTT
* * *
944 TTTTTCCGAATTTGTCCTTATTTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACGAATCCTTA
1 TTTTTCCGAATTTATCCTTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * * *
1009 AATCTACTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAATTTTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAA
66 AATCAAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAA
* * * * *
1074 CCATGCAAAAATGAGTCGAGACCCCGAAAGGCGATTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTCGTACACG
131 CCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACG
*
1139 ATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTTCATTTTTTTTCCACAATAC
196 ATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTTCATTTTTTTGCCACAATAC
* * *
1204 TCAGATGAAATATATAATTCAACGACATAAATATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCTTTT
261 TCAGAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCTTTT
1269 T
326 T
* * * **
1270 TTTTT-CGAATTTATCTTTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGACGCTCGCAAAAACAAATTTTTA
1 TTTTTCCGAATTTATCCTTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * *
1334 AATCAATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCAAGGTGTCTTTATCTCAAAAA
66 AATCAAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAA
*
1399 CCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGCTAGTACAC
131 CCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-CGTGATGGTTAGTACAC
* * * * * * *
1464 GA-TTT--C--------GGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTGTTC-TCA-ATTTTTGCCACAGT
195 GATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATAT-TTCTTCATTTTTTTGCCACAAT
* * * * *
1516 ACTCATAA-AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCAAAG-TTTTTAACGCTTCTAATATCG
259 ACTCAGAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTG-AAGGATTTTTCACGCTTCTAATATC-
**
1579 TTTCCCA
322 TTT--TT
* * * ** * * * * *
1586 TTTTTCCTGAACTAAT-TTCTAATTAAATAGACACAAGATTAAGATGCACATAAAAATAAATCCT
1 TTTTTCC-GAATTTATCCT-TAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCT
* * * * * ** *
1650 TATATCCAATGTGGCTGGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAA
64 TAAATCAAATGTGGCT-GAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATGTCAA
* * * * * * *
1715 AAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCTAAAAACGTGATGGTTAGTAC
128 AAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTAC
* * * * * *
1780 ACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCGAAAAGT-TTATCCTCAATTTTTTACCACA
193 ACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATT-TCTTCATTTTTTTGCCACA
* * * * **
1844 ATACTCAGAACAAATATAAAAATT-AACGCCAGAAAAATTGAAGGGGTTTTCACGCTTCTAATAT
257 ATACTCAGAAGAAATAT-ATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCT-A-AT
*
1908 AGTTATTCTTT
319 A--TCTT-TTT
* * * * *
1919 TTTTTCCCGATTTTATCTTTAATTAAATTTAAACAAGATTCAGCTGCTCGTAAAAACAAATCCTC
1 TTTTT-CCGAATTTATCCTTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
* * * *
1984 AAATCAATTGTGGTTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCTAGGAGACTTTATGTCAAAA
65 AAATCAAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAA
*
2049 ACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATCGTTAGTACA
130 ACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-CGTGATGGTTAGTACA
* * * *
2114 CGA-TTTAGC----A-GTTGC-AAAAACTGACCC-GAAAAT-TTTGTTCCATTTTTTTAGTCACA
194 CGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTT-CATTTTTTT-GCCACA
* * * * * * *
2170 ATACTCATAAAAAATATTTAATTCAATGCCAAAAAGAA-AGCAAAG-TTTTTCACGCTTCTAATA
257 ATACTCAGAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAA-AATTG-AAGGATTTTTCACGCTTCTAATA
*
2233 TCGTTTTCCA
320 TC-TTTT--T
* * * *
2243 TTTTTCCTGAATTTAT-TTCTAATTAAATATAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCT
1 TTTTTCC-GAATTTATCCT-TAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCT
** * * * * ** *
2307 TATGTCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTC-AGGAGTCTTTGCGCCAAA
64 TAAATCAAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAA
* * * * ** * *
2371 AATCATGCAAAATTGAGCCGGGGGTCCGGAACGCGTTTTTAGCCATAAACGTGATGGTTAGTACA
129 AACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACA
* * *
2436 CGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTTCATATTTCTGCCATAAT
194 CGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTTCATTTTTTTGCCACAAT
2501 ACTCAGAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCTT
259 ACTCAGAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCTT
*
2566 TTA
324 TTT
* * * **
2569 CTTTT-CGAATTTCA-CTTTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATTTTT
1 TTTTTCCGAATTT-ATCCTTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAA-TCCT
* *
2632 TAAATCAATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT-AATATTGATTTTTCAAGGATTCTTTATGTCAAA
64 TAAATCAAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAA
2696 AACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-GTTAAGTA
129 AACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-CGTGATGGTT-AGTA
** * * * *
2760 CACGATTTCGGCTAAAA----G-------CTGACCCGAAAATTTTGTTC-TCAATTTTTTGCCAC
192 CACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATAT-TTCTTCATTTTTTTGCCAC
* * * * * * * *
2813 AGTACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCAAAG-TTTTTAACGATTCTAATA
256 AATACTCAGAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTG-AAGGATTTTTCACGCTTCTAATA
2877 TCGTTTTTCCAT
320 TC--TTTT---T
* * * * *
2889 TTGTTTCCGAATTAAT-TTCTAATTAAATCAAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCGT
1 TT-TTTCCGAATTTATCCT-TAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCT
* * * * *
2953 CAAATCGAATGTGGCTGGGATTTGGTTCGATGAATATTGATTTTTCAAGTAGTCTTTATGTC-AA
64 TAAATCAAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAA
* * * * * *
3017 AACCATGAAAAACTGAATCGAGGCCCCAAAAGGCGATTTTAGCCAAAAACGTGATGATTAGTACA
129 AACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACA
* *
3082 CGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTTCAATTTTTTGTCACAAT
194 CGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTTCATTTTTTTGCCACAAT
*
3147 ACTCAGAAGAAATATATAATTCAACGAC-AAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTATAATATCGT
259 ACTCAGAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATC--
3211 TATTCTT
322 T-TT-TT
* * *
3218 TTTTTCTGATTTTAT-CTCTAATTAACTCTAAAC
1 TTTTTCCGAATTTATCCT-TAATTAAATCTAAAC
Statistics
Matches: 1927, Mismatches: 281, Indels: 200
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
313 45 0.02
314 23 0.01
315 101 0.05
316 14 0.01
317 7 0.00
318 71 0.04
319 85 0.04
320 26 0.01
321 83 0.04
322 94 0.05
323 68 0.04
324 153 0.08
325 393 0.20
326 115 0.06
327 13 0.01
328 45 0.02
329 119 0.06
330 72 0.04
331 94 0.05
332 219 0.11
333 79 0.04
334 6 0.00
335 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (326 bp):
TTTTTCCGAATTTATCCTTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
AATCAAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAA
CCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACG
ATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTTCATTTTTTTGCCACAATAC
TCAGAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCTTTT
T
Found at i:1802 original size:644 final size:644
Alignment explanation
Indices: 621--3250 Score: 3269
Period size: 644 Copynumber: 4.0 Consensus size: 644
611 GGATTTTTCA
* * * *
621 CGAATTTATCTCTAATTAAATCTAAACGTACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACGAATCCTTAAA
1 CGAATTTATCTTTAATTAAATCTAAAC--A-A-GATTCAGACGCTCGCAAAAACAAATCCTTAAA
* * ** * * *
686 TCTACTGTTTCTGAGATTTAGG-TAGATGAATTTTGATTTTTCAACGAGTCTATATCTCAAAAAC
62 TCAATTGTGGCTGAGATTT-GGTTAGATGAATATTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATCTCAAAAAC
* * *
750 CATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAAGGCGATTTTAGCC-AAAACCGTGA-GAC-ACGATTTT
126 CATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGCTA-G----T
** * * * *
812 AGCTAAAATTT-TG-TAAAAAACTGACCCAAAAAATAT-TTCTTCAATTTTTTGCCACAATACTC
186 A-C-ACGATTTCGGCT-AAAAACTGACCCGAAAATTTTGTTC-TCAATTTTTTGCCACAATACTC
* * * * * * *
874 AGAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTG-AAGGATTTATCACGCTTCTAATATCGTTTT
247 ATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCAAAG-TTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTT
* * * * * *
938 TCATTTTTTTTCCGAATT--TGTCCTTATTTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACG
311 CCA--TTTTTTCCGAATTAAT-TTC-TAATTAAATATAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAACA
* * * * * * * *
1001 AATCCTTAAATCTACTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAATTTTGATTTTTCAAGGAGTCTTTAT
372 AATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTAC
* * * * *
1066 GTCAAAAACCATGCAAAAATGAGTCGAGACCCCGAAAGGCGATTTTAGCCAAAAACGTGATGGTT
437 GCCAAAAACCATGCAAAATTGAGCCGAGGCCCCGAAACGCGATTTTAGCCAAAAACGTGATGGTT
*
1131 CGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTTCATTTTTTTTC
502 AGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTTCATTTTTTTTC
* *
1196 CACAATACTCAGATGAAATATATAATTCAACGACATAAATATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAA
567 CACAATACTCAGAAGAAATATATAATTCAACGACA-AAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAA
1261 TATCTTTTTTTTTT
631 TATCTTTTTTTTTT
**
1275 CGAATTTATCTTTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGACGCTCGCAAAAACAAATTTTTAAATCAA
1 CGAATTTATCTTTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGACGCTCGCAAAAACAAATCCTTAAATCAA
*
1340 TTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCAAGGTGTCTTTATCTCAAAAACCATGC
66 TTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATCTCAAAAACCATGC
1405 AAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGCTAGTACACGATTTC
131 AAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGCTAGTACACGATTTC
*
1470 GGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTGTTCTCAA-TTTTTGCCACAGTACTCAT-AAAAATATATA
196 GGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTGTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATA
*
1533 ATTCAACGCCAAAAAGATTGCAAAGTTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTCCCA-TTTTTCCTGAA
261 ATTCAACGCCAAAAAGATTGCAAAGTTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTTCC-GAA
* * * * * * *
1597 CTAATTTCTAATTAAATAGACACAAGATTAAGATGCACATAAAAATAAATCCTTATATCCAATGT
325 TTAATTTCTAATTAAATATAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGT
* *
1662 GGCTGGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAA
390 GGCT-GAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAACCATGCAAA
* * * * * *
1727 ATTGAGCCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCTAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCT
454 ATTGAGCCGAGGCCCCGAAACGCGATTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCT
* * * * * *
1792 AAAATTTTGCAAAAAACTGACCCGAAAAGT-TTATCCTCAATTTTTTACCACAATACTCAGAACA
519 AAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATT-TCTTCATTTTTTTTCCACAATACTCAGAAGA
* * ** *
1856 AATATAAAAATT-AACGCCAGAAAAATTGAAGGGGTTTTCACGCTTCTAATATAGTTATTCTTTT
583 AATAT-ATAATTCAACGACA-AAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCT-A-ATA--TCTT-TTTT
1920 TTTT
641 TTTT
* * * *
1924 CCCGATTTTATCTTTAATTAAATTTAAACAAGATTCAG-CTGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAAT
1 --CGAATTTATCTTTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGAC-GCTCGCAAAAACAAATCCTTAAAT
* * * *
1988 CAATTGTGGTTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCTAGGAGACTTTATGTCAAAAACCA
63 CAATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATCTCAAAAACCA
* * *
2053 TGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATCGTTAGTACACGAT
128 TGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGCTAGTACACGAT
* *
2118 TTAGCAGTTGC-AAAAACTGACCCGAAAATTTTGTTC-CATTTTTTTAGTCACAATACTCATAAA
193 TT--C-G--GCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTGTTCTCAATTTTTT-GCCACAATACTCATAAA
* * ** *
2181 AAATATTTAATTCAATGCCAAAAAGAAAGCAAAGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCA-TT
252 AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCAAAGTTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTT
* * *
2245 TTTCCTGAATTTATTTCTAATTAAATATAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAT
317 TTTCC-GAATTAATTTCTAATTAAATATAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAA
* * *
2310 GTCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTC-AGGAGTCTTTGCGCCAAAAAT
381 ATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAAC
* ** * * *
2374 CATGCAAAATTGAGCCGGGGGTCCGGAACGCGTTTTTAGCCATAAACGTGATGGTTAGTACACGA
446 CATGCAAAATTGAGCCGAGGCCCCGAAACGCGATTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGA
* * * *
2439 TTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTTCATATTTCTGCCATAATACT
511 TTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTTCATTTTTTTTCCACAATACT
*
2504 CAGAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCTTTTA
576 CAGAAGAAATATATAATTCAACGAC-AAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCTTTTT
*
2569 CTTTT
640 TTTTT
* **
2574 CGAATTTCA-CTTTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTCGCAAAAACAAATTTTTTAAATC
1 CGAATTT-ATCTTTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGACGCTCGCAAAAACAAA-TCCTTAAATC
* *
2638 AATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT-AATATTGATTTTTCAAGGATTCTTTATGTCAAAAACCAT
64 AATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATCTCAAAAACCAT
*
2702 GCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGAT-GTTAAGTACACGAT
129 GCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGCT-AGTACACGAT
* *
2766 TTCGGCTAAAAGCTGACCCGAAAATTTTGTTCTCAATTTTTTGCCACAGTACTCATAAAAAATAT
193 TTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTGTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATAT
*
2831 ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCAAAGTTTTTAACGATTCTAATATCGTTTTTCCATTTGTTTC
258 ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGCAAAGTTTTTAACGCTTCTAATATCG-TTTTCCATTT-TTTC
* * * * *
2896 CGAATTAATTTCTAATTAAATCA-AAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCGTCAAATCG
321 CGAATTAATTTCTAATTAAAT-ATAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
* * * * * *
2960 AATGTGGCTGGGATTTGGTTCGATGAATATTGATTTTTCAAGTAGTCTTTATGTC-AAAACCATG
385 AATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAACCATG
* * ** * * *
3024 AAAAACTGAATCGAGGCCCCAAAAGGCGATTTTAGCCAAAAACGTGATGATTAGTACACGATTTT
450 CAAAATTGAGCCGAGGCCCCGAAACGCGATTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTT
*
3089 AGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTTCAATTTTTTGT-CACAATACTCAG
515 AGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTTC-ATTTTTTTTCCACAATACTCAG
*
3153 AAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTATAATATCGTTATTCTT
579 AAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATC--T-TT-TT
3218 TTTTT
640 TTTTT
* * *
3223 CTGATTTTATCTCTAATTAACTCTAAAC
1 C-GAATTTATCTTTAATTAAATCTAAAC
Statistics
Matches: 1731, Mismatches: 194, Indels: 106
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
642 7 0.00
643 56 0.03
644 285 0.16
645 108 0.06
646 254 0.15
647 50 0.03
648 154 0.09
649 49 0.03
650 147 0.08
651 192 0.11
652 4 0.00
653 5 0.00
654 35 0.02
655 207 0.12
656 47 0.03
657 131 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (644 bp):
CGAATTTATCTTTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGACGCTCGCAAAAACAAATCCTTAAATCAA
TTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATCTCAAAAACCATGC
AAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGCTAGTACACGATTTC
GGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTTGTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATA
ATTCAACGCCAAAAAGATTGCAAAGTTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTTCCGAAT
TAATTTCTAATTAAATATAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTG
GCTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAACCATGCAAAAT
TGAGCCGAGGCCCCGAAACGCGATTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAA
AATTTTGCAAAAAACTGACCCAAAAAATATTTCTTCATTTTTTTTCCACAATACTCAGAAGAAAT
ATATAATTCAACGACAAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATATCTTTTTTTTTT
Done.