Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014124.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14157, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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*
1 CTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATT
1 CTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATT
* * * *
66 AGAGGAAAAATACTTT-CGGATCAA-TTTCGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTACTTTCTAACA
66 -GAGGAAAAAT--TTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TTCCATCA
** * * * * * * *
129 AAGTTTTAAGCTAAAAACGTGTTTCAGTGCTCCGACACATTTTTGCATAATTTTTGGCA-AGAAG
127 CGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACA-AAG
* * * *
193 ACTTCTTGAAATATTTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
190 ACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTT
* * * * *
258 TACGACCA-TCGAATCATATTTCGGTA-TT-ATTTGAAATTAATTCA-AAAAAAATTGGAAAAAT
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318 GATATTAGAAGC
* ** * * *
331 GTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGATTTGAGTTATACATATTTTATGAGAGTAGTGGCAAAAAA
1 CTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTAT--ATATTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAA
* * * * *
396 TTGAGGAAAAATTTTCCAGATTAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTATACATTCCTTCAC
64 TTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TTCCATCAC
* * * * *
461 GGCTTTAAGCTAAAAACACTTTTCGGGACACCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCACAAAGAC
128 GGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGG-CCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACAAAGAC
*
526 TCCTTGAAATATTTCTATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
192 TCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
* * * *
591 CGAGCATTTGTATAATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAAATTGGAAAAACGATA
257 CGAGCATTTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATA
*
656 TTAAAAGC
322 TTAGAAGC
**** * * *
664 CTGAAAATTTTTTCAAGCTTTTTGCCTTTGAATTATATATTTTGAATGAGAATTGTGACCAAAAA
1 CTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTT--ATGAGAATTGTG-GCAAAAA
* * *
729 A-TGAGGAAAAATTTTCCTGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAATTCGTGCACTATCCATCA
63 ATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT-TCCATCA
* * * * * * *
793 CGATTTTAAGCTAAAAACGCGTCTCTTGGCCCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTAGGACGAAGA
127 CGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACAAAGA
* * * * * *
858 CTCCTTTAACTATCTATATTCATTTGACCAAATCTCAGCCACTTCGGATTTAAAGATTTGTTTTT
191 CTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
* ** * *
923 ATGAGCATCAGAATCATGTGTC-ATTTAATTCGAAATT-ATTTA-AAAAAAATTGGAAAAACGAT
256 ACGAGCATTTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGAT
*
985 ATTAGAAGT
321 ATTAGAAGC
* * * * * *
994 CTGTATAACCCTTCAATCTTTTTATCTTTGAATAATATTTTTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAA
1 CTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAAT--TATATATTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAA
* * * *
1059 TTGAGGAAAAATATTT-TGGATTAA-TTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTTTCCATCA
64 TTGAGGAAAAAT-TTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TTCCATCA
** * *
1122 TAGTTTTAAGCTTAAAAA-GCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGATTTGCATGATTTTTGGCA-AGAA
127 CGGTTTTAAGC-TAAAAACGCGTTTC-GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACA-AA
* * * * *
1185 GACTTCTTGAAATATTTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTATTT
189 GACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTT
* * * *
1250 TTACGACCA-TTGAATCATGTTTCGATTTTATTTGAAATTAATTCAG-AAAAAATTGGAAAAACG
254 TTACGAGCATTTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACG
1313 ATATTAGAAGC
319 ATATTAGAAGC
* * * ** * *
1324 GTGAAAAACCCTCCGATCTTTTTGGATTTGAGTTATATATATTTTATGAGAGTTGTGGCCAAAAA
1 CTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGA-AT-TATATATTTTATGAGAATTGTGG-CAAAAA
* * *
1389 A-TGAAGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTATACATTCCATCA
63 ATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TTCCATCA
** * * * *
1453 CGACTTTAAGCTAAAAACACATTTCGGGACACCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCACAAAGA
127 CGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGG-CCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACAAAGA
*
1518 CTCCTTGAAATATTAATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
191 CTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
* * * *
1583 ACGAGCATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATT--GAAAAAAAATGGAAAAACAAT
256 ACGAGCATTTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGAT
* *
1646 ATTAAAAGG
321 ATTAGAAGC
* * *
1655 CTG-AAAACCTTTCAAGCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTCTATGAGAATTGTGGCCAAAAA
1 CTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATA-TTT-TATGAGAATTGTGGCAAAAAA
* *
1719 TTGAGGAAAAATTTTCCGG----A----T-C--AATTTTAGCCAAAATCGTGCACTATCCATCAC
64 TTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT-TCCATCAC
** * * * *
1773 AATTTTATGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTCAGTTCTGCATCATTTTTGGCACGAAA-A
128 GGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG-GGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCAC-AAAGA
* * *
1837 CTCCTTGAACTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
191 CTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
* * * * * * *
1902 ATGAGCATCTGAATCATGTTTCCATTTAATTCGAAATCAATTCTGAAAAAAATTGAAAAAATGAT
256 ACGAGCATTTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGAT
1967 ATTAGAAGC
321 ATTAGAAGC
* * *
1976 CTGAAAAACCCTTCTATCTTTTTGTCTTTGAATTATATTTTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAAT
1 CTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATA-TATTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAAT
* * * * * * *
2041 AGATGAAAAATCTTT-CGGAACAA-TTTAGCAAAATTTTAGCTGAAATTGTGCACTATCCATCAC
65 TGAGGAAAAAT-TTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT-TCCATCAC
* ** * * * *
2104 AGTTTTAAGCTAAAAACTTGTTTCGAGGCACCGCCTCAGTTTGGCATGATTTTTGGCACAAAGAC
128 GGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG-GGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACAAAGAC
* * *
2169 TCCTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTT-TCTTTT
192 TCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGT-TTTT
** *
2233 ACGAGCATCAGAATCATGTTTC-ATTTAATTCGAAATTAATTTA-AAAAAAATTGGAAAAACGAT
256 ACGAGCATTTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGAT
2296 ATTAGAAGC
321 ATTAGAAGC
*
2305 CTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATTTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAAT
1 CTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATA-TATTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAAT
* * * * *
2370 TGAGGAAAAATCTTT-CGGATCAA-TTTCGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTACTTTCTAACAA
65 TGAGGAAAAAT-TTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TTCCATCAC
* * * * *
2433 AGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCTCCGACACATTTTTGCAT-AATTTTTG-ACAAGAAG
128 GGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCAC-A-AAG
* * * * * *
2496 AGTTCTTGAAATATTTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTT
190 ACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTT
* * * *
2561 TACGACCA-TCGAATCATGTTTCGATATT-ATTTGAAATTAATTCAG-AAAAAATTGGAAAAACG
255 TACGAGCATTTGAATCATGTTTCTAT-TTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACG
2623 ATATTAGAAGC
319 ATATTAGAAGC
* * * ** * ** *
2634 GTGAAAAACCCTTCGATCATTTTGGATTTGAGTTATATATATTTGATGAGTGTTGTGGCCAAAAA
1 CTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATAT-TTT-ATGAGAATTGTGGCAAAAAA
* * * *
2699 TTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAAATTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTATACATTCCATCAT
64 TTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TTCCATCAC
* * * * *
2764 GGCTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGCACCGACTTAGTTTCGCATGATTTTTTGCACAAAGACT
128 GGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACAAAGACT
* **
2829 CCTTGAAATATTTATATTCATTTGACCAAATCTCAGTTACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
193 CCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
* * ** *
2894 GAGCATTTGTATCATGTTTCTATTTCAA-TCAAAATTAATAAAGAAAAAAATTGGAAAAATGATA
258 GAGCATTTGAATCATGTTTCTATTT-AATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATA
*
2958 TTAAAAGC
322 TTAGAAGC
* * * *
2966 CTGAAAAACCTTTCAAGCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTCTATGAGAATTGTGACCAAAAA
1 CTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATA-TTT-TATGAGAATTGTG-GCAAAAA
* * * *
3031 A-TGAGGAAAAATTTTCCTGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAATTCGTGCATTATCCATCA
63 ATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT-TCCATCA
* * * *
3095 CGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTAGCACGAAGA
127 CGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG-GGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACAAAGA
* * * * * *
3160 CTCTTTGAACTATCTATATTTATCTGACTAAATCTCAGCCACTTTGGATTTTAGGATTTGTTTTT
191 CTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
* ** *
3225 ACAAGCAACTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGGAAAAACGAT
256 ACGAGCATTTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGAT
*
3290 ATTAGACG-
321 ATTAGAAGC
* * * * * *
3298 CTTAAGAAACCGTTCAAACTTTTTGTGTTTGAATTATATAGTCTATGAGAATTGTGGCAAAAAAT
1 CTGAA-AAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAAT
* * *
3363 TGAGGAAAAATTTTCCTGATCAATTTTTGCAAATTTTTAGCCGAAATCGTGCACTATCCATCACG
65 TGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT-TCCATCACG
* * * * *
3428 ATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGTATAATTTTTAGCACGAAGACT
129 GTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG-GGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACAAAGACT
* * * * * *
3493 CTTTGAATTATCTATATTTATCAGACCAAATCTCAGCCACTTTAGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
193 CCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
* *
3558 GAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATACGAAATTAATTCAG-AAAAAATTGGAAAAACGATAT
258 GAGCATTTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATAT
3622 TAGAAGC
323 TAGAAGC
* * * *
3629 CTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTTTCTTTGAATTATATTTTTTTTATGAGAACTGTGGCCAAAAA
1 CTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATA--TATTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAA
* *
3694 TTGAGGAAAAA-TCTCTCGGATCAA-TTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTTTCCATCA
64 TTGAGGAAAAATTTTC-CGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TTCCATCA
* * * *
3757 CAGTTTTTAGCTAAAAAAGCGCTTCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGA-TTTTT---------
127 CGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG-GGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACAAAGA
* * *
3812 CTTCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAACCAATTTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
191 CTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
* * *
3877 ACGAGCATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAAAATTGGAAAAACGA
256 ACGAGCATTTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAG-AAAAAAATTGGAAAAACGA
*
3942 TATTAAAAGC
320 TATTAGAAGC
* * * * * * *
3952 CTGAAAAACCTTTCAAGCTTTTTGTCTTTGAAGTATATAAGTTTATGAGAATTTTGGCCAAAAAG
1 CTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATAT-ATTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAAT
* * *
4017 TGAGGAAAATTTTTCCGAATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTTTCCATCACA
65 TGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TTCCATCACG
* * * *
4082 GATTTAAGCTAAAAAAGCGTTTCGAGCCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA-AGAAGAC
129 GTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG-GGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACA-AAGAC
* * * **
4146 TTCTTGAAATATTTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
192 TCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
* * *
4211 CGA-C-TATCGAATCATGTTTCGATATT-ATT-TAAATTAATTCAG-AAAAAATTGGAAAAACGA
257 CGAGCAT-TTGAATCATGTTTCTAT-TTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGA
4271 TATTAGAAGC
320 TATTAGAAGC
* * * ** ** *
4281 GTGAAAAACCCTTCGATCATTTTGGATTTGAATTATATATATTTGATGAGTGTTGTGGCCAAAAA
1 CTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATAT-TTT-ATGAGAATTGTGGCAAAAAA
* * * *
4346 TTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATGTTTGCAAAATTTTAGCAGAAACCGTATACATTCCATCAC
64 TTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TTCCATCAC
* * * * *
4411 GGCTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGCACCGACTTAGTTTTGCATGATGTTTTGCACAAAGACT
128 GGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACAAAGACT
*
4476 CCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATATCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
193 CCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
* * * * * *
4541 AAGTATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAATTTGGAAAAACGATAT
258 GAGCATTTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATAT
*
4606 TAAAAGC
323 TAGAAGC
* * ** * *
4613 CTAAAAAACCTTTCAAGATTTTTGCCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTGACCAAAAA
1 CTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATA--TTTTATGAGAATTGTG-GCAAAAA
*
4678 A-TGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGCACTATCCATCA
63 ATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT-TCCATCA
* * ** * * ** *
4742 CGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTTAACTTAGCATAATTTTAAGCACGAAGA
127 CGGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCG-GGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACAAAGA
* * * *
4807 CTCCTTGAACTATCTATATTTATCTGACCAAATCTAAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
191 CTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTT
* **
4872 ATGAGCAACTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAAT
256 ACGAGCATTTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAAT
4909 CATGTACTTT
Statistics
Matches: 3897, Mismatches: 563, Indels: 233
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
318 1 0.00
319 170 0.04
320 5 0.00
321 159 0.04
322 74 0.02
323 148 0.04
324 4 0.00
325 1 0.00
326 1 0.00
327 2 0.00
328 39 0.01
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332 461 0.12
333 620 0.16
334 10 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (329 bp):
CTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATT
GAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTTCCATCACGGT
TTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTGCACAAAGACTCCT
TGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG
CATTTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAG
AAGC
Found at i:5039 original size:183 final size:182
Alignment explanation
Indices: 4745--5075 Score: 473
Period size: 183 Copynumber: 1.8 Consensus size: 182
4735 TCCATCACGA
* * *
4745 TTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTTAACTTAGCATAATTTTAAGCACGAAGACTC
1 TTTTAAGCTAAAAAAGCGTTTCGAGGCCCCGACTCAACTTAGCATAATTTTAAGCAAGAAGACTC
* * * * *
4810 CTTGAACTATCTATATTTATCTGACCAAATCTAAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATG
66 CTTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTAAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTAACG
*
4875 AGCAACTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATCATGTACTTTCCATCATAG
131 ACCAAC-GAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATCATGTACTTTCCATCATAG
* * * * ** *
4928 TTTTAAGCTAAAAAAGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAAGAAGACTT
1 TTTTAAGCTAAAAAAGCGTTTCGAGGCCCCGACTCAACTTAGCATAATTTTAAGCAAGAAGACTC
* * *
4993 CTTGAAATATTTATATTTATCTAAGCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTAACG
66 CTTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTAAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTAACG
*
5058 ACCATCGAATCATGTTTC
131 ACCAACGAATCATGTTTC
5076 GATATTATTT
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 20, Indels: 1
0.86 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
182 12 0.09
183 116 0.91
ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (182 bp):
TTTTAAGCTAAAAAAGCGTTTCGAGGCCCCGACTCAACTTAGCATAATTTTAAGCAAGAAGACTC
CTTGAAATATCTATATTTATCTAACCAAATCTAAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTAACG
ACCAACGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATCATGTACTTTCCATCATAG
Found at i:5373 original size:515 final size:515
Alignment explanation
Indices: 4414--5423 Score: 1345
Period size: 515 Copynumber: 2.0 Consensus size: 515
4404 CCATCACGGC
* *
4414 TTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGCACCGACTTAGTTTTGCATGATGTTTTGCACAAAGACTCCT
1 TTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGCACCGACTCAATTTTGCATGATGTTTTGCACAAAGACTCCT
* * * *
4479 TGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATATCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAG
66 TGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATATCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTAACAAC
* * * *
4544 TATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAATTTGGAAAAACGATATTAA
131 CATTCGAATCATGTTTCGATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAATTTGGAAAAACGATATTAA
**
4609 AAGCCTAAAAAACCTTTCAAGATTTTTGCCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTGACCA
196 AAGCCTAAAAAACCTTTCAAGATTTTTGCCTTTGAATTATATACATTTTATGAGAATTGTGACCA
* *
4674 AAAAATGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGCACTATCCA
261 AAAAATGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTACACTATCCA
* * *
4739 TCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTTAACTTAGCATAATTTTAAGCACGA
326 TCACGACTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCACCGACTTAACTTAGCATAATTTTAAGCACAA
* *
4804 AGACTCCTTGAACTATCTATATTTATCTGACCAAATCTAAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTT
391 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCAAATCTAAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTT
* * *
4869 TTTATGAGCAACTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATCATGTACTTTCCATCATAGT
456 TTTACGAGCAACTGAATCATGTTTCTATCTAATTCAAAATCATGTACTTTCCATCATAGT
*
4929 TTTAAGCTAAAAA-AGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATGAT-TTTTGGCA-AGAAGAC
1 TTTAAGCTAAAAACA-CGTTTC-GGGCACCGACTCAATTTTGCATGATGTTTT-GCACA-AAGAC
* * * *
4991 TTCTTGAAATATTTATATTTATCTAAGCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTAA
62 TCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATATCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTAA
* ** **
5056 CGACCA-TCGAATCATGTTTCGATATT-ATTTGAAATTAATTCTGAAAAAA-TTGGAAAAACGAT
127 CAACCATTCGAATCATGTTTCGAT-TTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAATTTGGAAAAACGAT
* * * * ** * * *
5118 ATTAGAAGCGTGAAAAACCTTTCGATCTTTTTGGCTTTGAATTATATACATTTTATGATAGTTGT
191 ATTAAAAGCCTAAAAAACCTTTCAAGATTTTTGCCTTTGAATTATATACATTTTATGAGAATTGT
* * *
5183 GGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTATAC
256 GACCAAAAAATGAGGAAAAATTTTCCGGATCAA-TTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTACAC
* * ** * * *
5248 ATTTCCATCACGGCTTT-AGCTAAAAA-GACGTTTCG-GGACACCGACTTAGTTTTGTATGATTT
320 -TATCCATCACGACTTTAAGCTAAAAACG-CGTTTCGAGG-CACCGACTTAACTTAGCATAATTT
** * * *
5310 TTTGCACAAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATTTGACCAAATCTAAGTCACTTTGGATTTAA
382 TAAGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCAAATCTAAGCCACTTTGGATTTAA
** *
5375 GGATTTGTTTTTACGAGCATTTGTATCATGTTTCTATCTAATTCAAAAT
447 GGATTTGTTTTTACGAGCAACTGAATCATGTTTCTATCTAATTCAAAAT
5424 TATTAAGAAA
Statistics
Matches: 427, Mismatches: 59, Indels: 18
0.85 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
514 102 0.24
515 219 0.51
516 106 0.25
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (515 bp):
TTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGCACCGACTCAATTTTGCATGATGTTTTGCACAAAGACTCCT
TGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATATCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTAACAAC
CATTCGAATCATGTTTCGATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAATTTGGAAAAACGATATTAA
AAGCCTAAAAAACCTTTCAAGATTTTTGCCTTTGAATTATATACATTTTATGAGAATTGTGACCA
AAAAATGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTACACTATCCA
TCACGACTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCACCGACTTAACTTAGCATAATTTTAAGCACAA
AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCAAATCTAAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTT
TTTACGAGCAACTGAATCATGTTTCTATCTAATTCAAAATCATGTACTTTCCATCATAGT
Done.