Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014125.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14158, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:717 original size:331 final size:329
Alignment explanation
Indices: 6--1715 Score: 1971
Period size: 331 Copynumber: 5.2 Consensus size: 329
1 CTATC
* *
6 TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTTTTTTTACGTGCATCAGAAT
1 TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAT
*
71 CATGTTTCATTTAATTCGAAATTAATTCAAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAA
66 CATGTTTCATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAA
136 ACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATAT-TTTTTATGAGAATTGTGG-CAAAAAATTGAGGA
131 ACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAAATTGAGGA
* * * * * *
199 AAAATCTTT-CGGATCAATTTCGCAAAATTGTAGCCGAAATCG-TGTATTTTCTATCATAGTGTT
196 AAAAT-TTTCCGGATCAATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTTGCA--TTCCATCACAGTTTT
* * *
262 AAGCTAAAAACGCGTTT-GAGGGCCCCGACACATTTTTGCATAATTTTTGGCA-AGAAGACTACT
258 AAGCTAAAAACGCGTTTCGA-GGCCCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCACA-AAGACTCCT
325 TGAAATATT
321 TGAAATATT
* * * * *
334 TATATTTATTTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGACCATC-GAAT
1 TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAT
* *
398 CATGTTTCGATATT-ATTTGAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAA
66 CATGTTTC-AT-TTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAA
* * * * *
462 AAAGCCTTCGATCTTTTTGCCTTTAAATTATATATATTTTATGAGAGTTGTGGCCAAAAAATTGA
129 AAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATAT-TTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAAATTGA
* * *
527 GGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAACAGAAATCGTATGCATTCCATCACGGTT
193 GGAAAAATTTTCCGGATCAA-TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT-TGCATTCCATCACAGTT
* *** * *
592 TTAAGC-AAAAACACGTTTCG-GGACAAAGACTTAGTTTTGCATAATTTTTTGCACAAAGACTCC
256 TTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGG-CCCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCACAAAGACTCC
655 TTGAAATATT
320 TTGAAATATT
* * * * ****
665 TATATTCATCTGACCAAATCTCAACCACTTTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGTATTTCTAT
1 TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAT
* * *
730 CATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAAATTGG-AAAACGATATTAAAAGCCTGAA
66 CATGTTTC-ATTTAATTCGAAATTAATTCAG-AAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAA
* * * *
794 AAACCTTTCAAGCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTCTATGAGAATTGT-GCCAAAAAA-TGAG
129 AAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAAATTGAG
* *
857 GAAAAATTTTCCTGATCAATTTTGCAAAATTTTAAGTCCGAATTCG-TGCACTATCCATCAC-GA
194 GAAAAATTTTCCGGATCAATTTTGCAAAATTTT-AG-CCGAAATCGTTGCA-T-TCCATCACAG-
* * *
920 TTTTAAGCTAGAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTCAATTTTGCATAATTTTTAGCACAAAGACT-
254 TTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCACAAAGACTC
984 C------T-TT
319 CTTGAAATATT
* * * * * *
988 GA-ACT-ATCT----ATAT-T-------TTTGGATTTTAGGATTTGTTTTTACGAGCAACTGAAT
1 TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAT
* * *
1039 CATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCTTAAA
66 CATGTTTC-ATTTAATTCGAAATTAATTCAG-AAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAA
* * * *
1104 AAACCGTTCAAACTTTTTTTCTTTGAATTATATATTGTCTATGAGAATTGTGGCCAAAAAATGAA
129 AAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATT-TTTATGAGAATTGTGGCCAAAAAAT---
*
1169 AAAATGAGAAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG-TGCACTATCCA
190 ----TGAGGAAAAATTTTCCGGATCAA-TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTTGCA-T-TCCA
* * * * *
1233 TCACAGTTTTAAGCTAAAAACGTGTTTCGAGGCACCGCCTCAGTTTGGCATGATTTTTGGCACAA
248 TCACAGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCACAA
* *
1298 AGACTCCTTGAACTATC
313 AGACTCCTTGAAATATT
*
1315 TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTTTTTTTTACGAGCATCAGAA
1 TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGA-TTTGTTTTTACGAGCATCAGAA
*
1380 TCTTGTTTCATTTAATTCGAAATTAATTCA-AAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAA
65 TCATGTTTCATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAA
* * *
1444 AACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATAATATTTTTTTATGAGAATTGTGG-CAAAAAATTGACG
130 AACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAAATTGAGG
* * * *
1508 AAAAATCTTT-CGGATCAATTTCGCAAAATTGTAGCCGAAATCG-TGTATTTTCTATCACAGTTT
195 AAAAAT-TTTCCGGATCAATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTTGCA--TTCCATCACAGTTT
* * *
1571 TAAGCTAAAAACGCGTTTC-AGGGCCCCGACACATTTTTGCATAATTTTTGGCA-AGAAGACTTC
257 TAAGCTAAAAACGCGTTTCGA-GGCCCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCACA-AAGACTCC
1634 TTGAAATATT
320 TTGAAATATT
* * *
1644 TATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATC-GAAT
1 TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAT
1708 CATGTTTC
66 CATGTTTC
1716 GATATTAGAA
Statistics
Matches: 1179, Mismatches: 141, Indels: 125
0.82 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
309 69 0.06
310 51 0.04
311 14 0.01
312 9 0.01
316 1 0.00
317 3 0.00
319 79 0.07
320 25 0.02
321 18 0.02
322 2 0.00
323 3 0.00
324 1 0.00
326 1 0.00
327 25 0.02
328 170 0.14
329 169 0.14
330 72 0.06
331 190 0.16
332 115 0.10
333 13 0.01
334 4 0.00
337 8 0.01
338 15 0.01
339 62 0.05
341 33 0.03
342 27 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (329 bp):
TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAT
CATGTTTCATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAA
ACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAAATTGAGGA
AAAATTTTCCGGATCAATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTTGCATTCCATCACAGTTTTAAG
CTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAAA
TATT
Found at i:1443 original size:649 final size:637
Alignment explanation
Indices: 1--1650 Score: 2099
Period size: 650 Copynumber: 2.5 Consensus size: 637
*
1 CTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTTTTTTTACGTGCATC
1 CTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTTTTTTTACGAGCATC
66 AGAATCATGTTTCATTTAATTCGAAATTAATTCAAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCT
66 AGAATCATGTTTCATTTAATTCGAAATTAATTC-AAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCT
131 GAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTGA
130 GAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTGA
* *
196 GGAAAAATCTTTCGGATCAATTTCGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTATTTTCTATCATAGTGT
195 GGAAAAATCTTTCGGATCAATTTCGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTATTTTCTATCACAGTTT
261 TAAGCTAAAAACGCGTTT-GAGGGCCCCGACACATTTTTGCATAATTTTTGGCAAGAAGACTAC-
260 TAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGGCCCCGACACATTTTTGCATAATTTTTGGCAAGAAGACT-CT
324 TTGAAATATTTATATTTATTTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGA
324 TTGAAATA--TATA--TA--T-------T-T------C-TTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGA
* *
389 CCATCGAATCATGTTTCGATATTATTTGAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGA
368 CCAACGAATCATGTTTCGATATTATTCGAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGA
* * * * *
454 AGCGTGAAAAAGCCTTCGATCTTTTTGCCTTTAAATTATATATATTTTATGAGAGTTGTGGCCAA
433 AGCGTGAAAAAACCTTCAAACTTTTTGCCTTTAAATTATATATATTCTATGAGAATTGTGGCCAA
*
519 AAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAACAGAAATCGTATGCATTCCA
498 AAAATTGAGAAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAACAGAAATCG-ATGCATTCCA
* * * *
584 TCACGGTTTTAAGCAAAAACACGTTTCGGGACAAAGACTTAGTTTTGCATAATTTTTTGCACAAA
562 TCACAGTTTTAAGCAAAAACACGTTTCGGGACAAAGACTCAGTTTGGCATAATTTTTGGCACAAA
649 GACTCCTTGAA
627 GACTCCTTGAA
* * * * * * * *
660 ATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAACCACTTTGGATTTAAGAATTTGTTTTTACGAGTATT
1 CTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTTTTTTTACGAGCATC
*** * * *
725 TCTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAAATTGG-AAAACGATATTAAAAGC
66 AGAATCATGTTTC-ATTTAATTCGAAATTAATT--CAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGC
* * * * *
789 CTGAAAAACCTTTCAAGCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTCTATGAGAATTGTGCCAAAAAA-
128 CTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATAT-TTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAAT
* * * * * * * *
853 TGAGGAAAAAT-TTTCCTGATCAATTTTGCAAAATTTTAAGTCCGAATTCGTGCACTATCCATCA
192 TGAGGAAAAATCTTT-CGGATCAATTTCGCAAAATTGT-AG-CCGAAATCGTGTATTTTCTATCA
* * * *
917 C-GATTTTAAGCTAGAAACGCGTTTCGA-GGCCCCGACTCAATTTTGCATAATTTTTAGCACA-A
254 CAG-TTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGGCCCCGACACATTTTTGCATAATTTTTGGCA-AGA
* * * * *
979 AGACTCTTTGAACTATCTATATTT-TTGGATTTTAGGATTTGTTTTTACGAGCAACTGAATCATG
317 AGACTCTTTGAAATATATATATTTCTTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGACCAAC-GAATCATG
* * *
1043 TTTCTAT-TTAATTCGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGC-TTAAAAA
381 TTTCGATATT-ATTCGAAATTAATTCAG-AAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAA
** *
1106 ACCGTTCAAACTTTTTTTCTTTGAATTATATAT-TGTCTATGAGAATTGTGGCCAAAAAATGAAA
444 ACC-TTCAAACTTTTTGCCTTTAAATTATATATAT-TCTATGAGAATTGTGGCCAAAAAAT----
* *
1170 AAATGAGAAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG-TGCACTATCCAT
503 ---TGAGAAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAACAGAAATCGATGCA-T-TCCAT
** ** * *
1234 CACAGTTTTAAGCTAAAAACGTGTTTCGAGG-CACCGCCTCAGTTTGGCATGATTTTTGGCACAA
563 CACAGTTTTAAGC-AAAAACACGTTTCG-GGACAAAGACTCAGTTTGGCATAATTTTTGGCACAA
1298 AGACTCCTTGAA
626 AGACTCCTTGAA
1310 CTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTTTTTTTTACGAGCAT
1 CTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGA-TTTTTTTTTACGAGCAT
*
1375 CAGAATCTTGTTTCATTTAATTCGAAATTAATTCAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCT
65 CAGAATCATGTTTCATTTAATTCGAAATTAATTCAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCT
*
1440 GAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATAATATTTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTG
130 GAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATA-TTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTG
*
1505 ACGAAAAATCTTTCGGATCAATTTCGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTATTTTCTATCACAGTT
194 AGGAAAAATCTTTCGGATCAATTTCGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTATTTTCTATCACAGTT
1570 TTAAGCTAAAAACGCGTTTC-AGGGCCCCGACACATTTTTGCATAATTTTTGGCAAGAAGACT-T
259 TTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGGCCCCGACACATTTTTGCATAATTTTTGGCAAGAAGACTCT
*
1633 CTTGAAATATTTATATTT
324 -TTGAAATATATATATTT
1651 ATCTAACCAA
Statistics
Matches: 854, Mismatches: 101, Indels: 83
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
640 29 0.03
641 38 0.04
642 75 0.09
647 7 0.01
648 103 0.12
649 139 0.16
650 140 0.16
651 29 0.03
656 1 0.00
658 2 0.00
659 69 0.08
660 102 0.12
661 38 0.04
662 79 0.09
663 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (637 bp):
CTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTTTTTTTACGAGCATC
AGAATCATGTTTCATTTAATTCGAAATTAATTCAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCCTG
AAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATTTTTTATGAGAATTGTGGCAAAAAATTGAG
GAAAAATCTTTCGGATCAATTTCGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTATTTTCTATCACAGTTTT
AAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGGCCCCGACACATTTTTGCATAATTTTTGGCAAGAAGACTCTTT
GAAATATATATATTTCTTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGACCAACGAATCATGTTTCGATATT
ATTCGAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAACCTTCAAACTT
TTTGCCTTTAAATTATATATATTCTATGAGAATTGTGGCCAAAAAATTGAGAAAAAATTTTCCGG
ATCAATTTTTGCAAAATTTTAACAGAAATCGATGCATTCCATCACAGTTTTAAGCAAAAACACGT
TTCGGGACAAAGACTCAGTTTGGCATAATTTTTGGCACAAAGACTCCTTGAA
Found at i:1955 original size:293 final size:291
Alignment explanation
Indices: 1425--2009 Score: 800
Period size: 293 Copynumber: 2.0 Consensus size: 291
1415 ATTGGAAAAA
* * *
1425 CGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATAATATTTTTTTATGAGAAT
1 CGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGCCTTTAAATAATATTATTTTATGAGAAT
* *
1490 TGTGGCAAAAAATTGACGAAAAATCTTTCGGATCAATTTCGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTA
66 TGTGGCAAAAAATTGACGAAAAATCTTTCGGATCAATTTCGCAAAATTGTAGCAGAAATCGTATA
** * * * *
1555 TTTTCTATCACAGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCCCCGACACATTTTTGCATAATTTTT
131 CATTCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCAGGGCACCGACACAGTTTTGCATAATTTTT
* * *
1620 GGCAAGAAGACTTCTTGAAATATTTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGG
196 GGCAAGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGG
1685 ATTTGTTTATACGAGCA-TCGAATCATGTTT
261 ATTTGTTTATACGAGCATTCGAATCATGTTT
* * * *
1715 CGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCGATCTTTTTGCCTTTAAATTATATATATTTTATGAGAG
1 CGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGCCTTTAAATAATAT-TATTTTATGAGAA
* * *
1780 TTGTGGCCAAAAAATTGAGGAAAAAT-TTTCTGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCG
65 TTGTGG-CAAAAAATTGACGAAAAATCTTTC-GGATCAA-TTTCGCAAAATTGTAGCAGAAATCG
* * * **
1844 TATACATTCCGTCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTC-GGGACATCGACTTAGTTTTGCATAA
127 TATACATTCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCAGGG-CACCGACACAGTTTTGCATAA
* * *
1908 TTTTTTGCACA-AAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAACCACTTTGGAT
191 TTTTTGGCA-AGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGAT
* * *
1972 TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGTATCATGTTT
255 TTAAGGATTTGTTTATACGAGCATTCGAATCATGTTT
2009 C
1 C
2010 TATTTAATTC
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 32, Indels: 10
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
290 46 0.18
291 21 0.08
292 28 0.11
293 148 0.58
294 13 0.05
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (291 bp):
CGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGCCTTTAAATAATATTATTTTATGAGAAT
TGTGGCAAAAAATTGACGAAAAATCTTTCGGATCAATTTCGCAAAATTGTAGCAGAAATCGTATA
CATTCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCAGGGCACCGACACAGTTTTGCATAATTTTT
GGCAAGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAGG
ATTTGTTTATACGAGCATTCGAATCATGTTT
Found at i:2988 original size:331 final size:330
Alignment explanation
Indices: 1715--4137 Score: 3056
Period size: 331 Copynumber: 7.3 Consensus size: 330
1705 AATCATGTTT
* * * * * *
1715 CGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCGATCTTTTTGCCTTTAAATTATATATATTTTATGAGAG
1 CGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAA
*
1780 TTGTGGCCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTCTGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGT
66 TTGTGGCC-AAAAATTGAGGAAAAATTTTC-GGATCAATTTTTGC-AAATTTTAGCCGAAATCGT
* * * * ** * *
1845 ATACATTCCGTCACGGTTTTAAGCTAAAAACA-CGTTTCGGGACATCGACTTAGTTTTGCATAAT
128 GTACTTTCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAA-AGCGTTTCGGG-CCCCGACTCAGTTTTGCATGAT
* * *
1909 TTTTTGCACA-AAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAACCACTTTGGATT
191 TTTTGGCA-AGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATT
* * * **
1973 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAG-AAAA
255 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCTGAAAAA
2037 AATTGGAAAAA
320 AATTGGAAAAA
* * * * * *
2048 CGATATTAAAAGCCTGAAAAAGCCTTTGAAGCTTTTTGACTTTGAATTATATATTTTCTATGAGA
1 CGATATTAGAAGCCTGAAAAA-CCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGA
* * * *
2113 ATTGTGACCAAAAATTGACGAAAAATTTTCCTGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAATTCGT
65 ATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTT-CGGATCAATTTTTGC-AAATTTTAGCCGAAATCGT
* * * * *
2178 GCACTATCCATCAC-GATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTCAATTTTGCATAAT
128 GTACTTTCCATCACAG-TTTTAAGCTAAAAAAGCGTTTCG-GGCCCCGACTCAGTTTTGCATGAT
* * * * * * *
2242 TTTTAGCACGAAGACTCTTTGAACTATCTATATTTATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTT
191 TTTTGGCAAGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTT
* * *
2307 TAGGATTTGTTTTTACGAGCAACTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCGGAAAAAA
256 AAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCTGAAAAAA
2372 ATTGGAAAAA
321 ATTGGAAAAA
* * * * * * *
2382 CGATATTAGAAGCTTAAAAAACCGTTCAAACTTTTTTTCTTTGAATTATATATTGTCTATGAGAA
1 CGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAA
*
2447 TTGTGGCCAAAAAATGAAAAAATGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCG
66 TTGTGGCC-AAAAAT-------TGAGGAAAAATTTT-CGGATCAATTTTTGC-AAATTTTAGCCG
* * * *
2512 AAATCGTGCACTATCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTCAGTTTGG
121 AAATCGTGTACTTTCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAAAGCGTTTCG-GGCCCCGACTCAGTTTTG
* * *
2577 CATGATTTTTGGCATGAAGACTCCTTGAACTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTT
185 CATGATTTTTGGCAAGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTT
* * *
2642 GGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTAAATCATGTTTCCATTTAATTCGAAATTAATTCTG
250 GGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCTG
2707 AAAAAAAAATTGGAAAAA
315 --AAAAAAATTGGAAAAA
* *
2725 CGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCTATCTTTTTGTGTTTGAATTATAT-TTTTTTATGAGAA
1 CGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAA
*
2789 TTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGATCAA-TTTAGC-AATTTTAGCCGAAATCGTGT
66 TTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAT-TTTCGGATCAATTTTTGCAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
2852 ACTTTCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAAAGCGTTTCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT
130 ACTTTCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAAAGCGTTTCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT
* * * * *
2917 GGCAAGAAGACTTCTTGAAAATATTTATATTTATCTAAGCAAATTTCAGCCACATTGGATTTAAG
195 GGCAAGAAGACTCCTTG-AAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAG
* * * *
2982 GATTTGTTTTAACGACCATC-GAATCATGTTTCGATATT-ATTTGAAATTAATTCTG-AAAAAAT
259 GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTAT-TTAATTCGAAATTAATTCTGAAAAAAAT
3044 TGGAAAAA
323 TGGAAAAA
* * * * * * * *
3052 CGATATTAGAAGCGTGAAAAACCTTTCGATCTTTTTGGCTTTGAGTTATACATATTTTATGAGAG
1 CGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAA
* * * *
3117 TAGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCCGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTA
66 TTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTT-CGGATCAATTTTTGC-AAATTTTAGCCGAAATCGTG
* * * * *
3182 TACATTCCATCACGGCTTTAAGCT-AAAAAGACGTTTCGGGACACCGACTTAGTTTTGCATGATT
129 TACTTTCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAAAG-CGTTTCGGG-CCCCGACTCAGTTTTGCATGATT
* *
3246 TTTTGCACA-AAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTT
192 TTTGGCA-AGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTT
* * *
3310 AAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAA-T-TGAAAAAA
256 AAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCTGAAAAAA
3373 ATTGGAAAAA
321 ATTGGAAAAA
* * * * * *
3383 CGATATTAAAAGCCTG-AAAACCTTTCAAGCTTTTTGTCTTTGAATTATATATCTTCTATGATAA
1 CGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAA
*
3447 TTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTG
66 TTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAA-TTTTCGGATCAATTTTTGC-AAATTTTAGCCGAAATCGTG
* * * *
3512 CACTATCCATCAC-GATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTCTGTTTTGCATGATT
129 TACTTTCCATCACAG-TTTTAAGCTAAAAAAGCGTTTCG-GGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATT
* * * * *
3576 TTCGGCACGAAAACTCCTTGAACTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTA
192 TTTGGCAAGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTA
* *
3641 AGGATTTGTTTTTACTAGCATCTGAATCATGTTTCCATTTAATTCGAAATTAATT-T-AGAAAAA
257 AGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCTGA-AAAAA
3704 ATTGGAAAAA
321 ATTGGAAAAA
* *
3714 CGATATTAGAAGCCTTCAAAAACCCTTAAATCTTTTTGTCTTTGAATTATAT-TTTTTTATGAGA
1 CGATATTAGAAGCC-TGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGA
* *
3778 ATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGATCAA-TTTAGCAAAATTTTAGCCGGAATCG-
65 ATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAT-TTTCGGATCAATTTTTGC-AAATTTTAGCCGAAATCGT
* * *
3841 GATACTTTCCATCACAGTTTAAAGCTAAAAAAGCATTTCGGGGCCCCGACTCATTTTTGCATGAT
128 G-TACTTTCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAAAGCGTTTC-GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGAT
* * *
3906 TTTTGGCAAGAAGACTTCTTGAAATATTTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTT
191 TTTTGGCAAGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTT
* * * * * * *
3971 AAGGATTTGTTTTTACGACCATATGAATCTTGCTTCGATTTTATTTGAAATTAATTCTG-AAAAA
256 AAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCTGAAAAAA
4035 ATTGGAAAAA
321 ATTGGAAAAA
* *
4045 CGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTAG-CTTTGAATTATATATATTTTATGAGA
1 CGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTT-GTCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGA
*
4109 GTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTT
65 ATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTT
4138 ACCAACACGG
Statistics
Matches: 1836, Mismatches: 205, Indels: 101
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
327 62 0.03
328 42 0.02
329 6 0.00
330 361 0.20
331 537 0.29
332 110 0.06
333 308 0.17
334 103 0.06
335 3 0.00
341 224 0.12
342 20 0.01
343 60 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (330 bp):
CGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTTTATGAGAA
TTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCGGATCAATTTTTGCAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
CTTTCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAAAGCGTTTCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTG
GCAAGAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGA
TTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCTGAAAAAAATTGG
AAAAA
Found at i:3834 original size:992 final size:995
Alignment explanation
Indices: 1715--5087 Score: 3581
Period size: 992 Copynumber: 3.4 Consensus size: 995
1705 AATCATGTTT
* * * * * *
1715 CGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCGATCTTTTTGCCTTTAAATTATATATATTTTATGAGAG
1 CGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATAT-TTTTTTATGAGAA
* *
1780 TTGTGGCCAAAAAATTGAGGAAAAAT-TTTCTGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCG
65 TTGTGGCC-AAAAATTGAGGAAAAATCTTTC-GGATCAA-TTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
* * * * ** * *
1844 TATACATTCCGTCACGGTTTTAAGCTAAAAACA-CGTTTCGGGACATCGACTTAGTTTTGCATAA
127 TGTACTTTCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAA-AGCGTTTCGGG-CCCCGACTCAGTTTTGCATGA
* * * * * *
1908 TTTTTTGCACA-AAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAACCACTTTGGAT
190 TTTTTGGCA-AGAAGACTTCTTGAAATATTTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGAT
* * * ** **
1972 TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAA
254 TTAAGGATTTGTTTTTACGACCA-TTGAATCATGTTTCGATTT-ATTTGAAATTAATTCTGAAAA
* * * *
2037 AATTGGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAAGCCTTT-GAAGCTTTTTGACTTTGAATTATATA
317 AATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAA-CCTTTCG-ATCTTTTTGGCTTTGAATTATATA
* * * *
2101 T-TTTCTATGAGAATTGTGACCAAAAATTGACGAAAAATTTTCCTGATCAATTTTTGCAAAATTT
380 TATTT-TATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCCGATCAATTTTTGCAAAATTT
* * * * *
2165 TAGCCGAATTCGTGCACTATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTCA
444 TAGCAGAAATCGTACACTATCCATCACGACTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCACCGACTCA
* * * *
2230 ATTTTGCATAATTTTTAGCACGAAGACTCTTTGAACTATCTATATTTATCTGACCAAATCTCAGC
509 ATTTTGCATAATTTTTAGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGC
* *
2295 CACTTTGGATTTTAGGATTTGTTTTTACGAGCAACTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTA
574 CACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAACTGAATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTA
* * *
2360 ATTCGGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCTTAAAAAACCGTTCAAACTTTTTTTCTTTG
639 ATTC-GAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCCTAAAAAACCGTTCAAACTTTTTGTCTTTG
2425 AATTATATATTGTCTATGAGAATTGTGGCCAAAAAATGAAAAAATGAGGAAAAATTTTCCGGATC
703 AATTATATATTGTCTATGAGAATTGTGGCCAAAAAAT------ATGAGGAAAAATTTTCCGGATC
*
2490 AATTTTTGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGCACTATCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAACGCGTT
762 AATTTTTGCAAAATTGTAACCGAAATCGTGCACTATCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAACGCGTT
* * *
2555 TCGAGGCCCCGACTCAGTTTGGCATGATTTTTGGCATGAAGACTCCTTGAACTATCTATATTCAT
827 TCGAGGCCCCGACTCAGTTTGGCATGATTTTCGGCACGAAAACTCCTTGAACTATCTATATTCAT
2620 CTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTAAATCATGTTTCC
892 CTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTAAATCATGTTTCC
2685 ATTTAATTCGAAATTAATTCTGAAAAAAAAATTGGAAAAA
957 ATTTAATTCGAAATTAATTCT-AAAAAAAAATTGGAAAAA
* *
2725 CGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCTATCTTTTTGTGTTTGAATTATATTTTTTTATGAGAAT
1 CGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATTTTTTTATGAGAAT
2790 TGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGATCAATTTAGC--AATTTTAGCCGAAATCGTGTA
66 TGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGATCAATTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
2853 CTTTCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAAAGCGTTTCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTG
131 CTTTCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAAAGCGTTTCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTG
* *
2918 GCAAGAAGACTTCTTGAAAATATTTATATTTATCTAAGCAAATTTCAGCCACATTGGATTTAAGG
196 GCAAGAAGACTTCTTG-AAATATTTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGG
* *
2983 ATTTGTTTTAACGACCATCGAATCATGTTTCGATATTATTTGAAATTAATTCTGAAAAAATTGGA
260 ATTTGTTTTTACGACCATTGAATCATGTTTCGAT-TTATTTGAAATTAATTCTGAAAAAATTGGA
* *
3048 AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCTTTCGATCTTTTTGGCTTTGAGTTATACATATTTTATG
324 AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCTTTCGATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATATTTTATG
*
3113 AGAGTAGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCCGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAAT
389 AGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCCGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAAT
* * * *
3178 CGTATAC-ATTCCATCACGGCTTTAAGCTAAAAA-GACGTTTCG-GGACACCGACTTAGTTTTGC
454 CGTACACTA-TCCATCACGACTTTAAGCTAAAAACG-CGTTTCGAGG-CACCGACTCAATTTTGC
* * *
3240 ATGATTTTTTGCACAAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTG
516 ATAATTTTTAGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTG
** *
3305 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATT-GAA
581 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAACTGAATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTCGAA
* * *
3369 AAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCCT-GAAAACCTTTCAAGCTTTTTGTCTTTGAATTATAT
646 AAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCCTAAAAAACCGTTCAAACTTTTTGTCTTTGAATTATAT
* *
3433 ATCT-TCTATGATAATTGTGGCC-AAAAAT-TGAGGAAAAATTTTTCGGATCAATTTTTGCAAAA
711 AT-TGTCTATGAGAATTGTGGCCAAAAAATATGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAA
*
3495 TTTTAACCGAAATCGTGCACTATCCATCAC-GATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGA
775 TTGTAACCGAAATCGTGCACTATCCATCACAG-TTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGA
* *
3559 CTCTGTTTTGCATGATTTTCGGCACGAAAACTCCTTGAACTATCTATATTCATCTAACCAAATCT
839 CTCAGTTTGGCATGATTTTCGGCACGAAAACTCCTTGAACTATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* *
3624 CAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACTAGCATCTGAATCATGTTTCCATTTAATTCGAA
904 CAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTAAATCATGTTTCCATTTAATTCGAA
*
3689 ATTAATT-T-AGAAAAAATTGGAAAAA
969 ATTAATTCTAAAAAAAAATTGGAAAAA
* *
3714 CGATATTAGAAGCCTTCAAAAACCCTTAAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATTTTTTTATGAGAA
1 CGATATTAGAAGCC-TGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATTTTTTTATGAGAA
*
3779 TTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGATCAATTTAGCAAAATTTTAGCCGGAATCG-GA
65 TTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGATCAATTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG-
* * *
3843 TACTTTCCATCACAGTTTAAAGCTAAAAAAGCATTTCGGGGCCCCGACTCATTTTTGCATGATTT
129 TACTTTCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAAAGCGTTTC-GGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTT
3908 TTGGCAAGAAGACTTCTTGAAATATTTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAA
193 TTGGCAAGAAGACTTCTTGAAATATTTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAA
* *
3973 GGATTTGTTTTTACGACCATATGAATCTTGCTTCGATTTTATTTGAAATTAATTCTGAAAAAATT
258 GGATTTGTTTTTACGACCAT-TGAATCATGTTTCGA-TTTATTTGAAATTAATTCTGAAAAAATT
* * *
4038 GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTAGCTTTGAATTATATATATTTT
321 GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCTTTCGATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATATTTT
* * ***
4103 ATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTACC-AACACGGTTT------TTTT-G--G-
386 ATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCCGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGA
* * *
4157 ---C-T--A--A---A-CACG-CGTT---C------CG-G----G-GGC-CCGAGTCAGTTTTGC
451 AATCGTACACTATCCATCACGACTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCACCGACTCAATTTTGC
* * * * * * *
4193 ATGATTTTTGGCACCAAGTCTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACATTG
516 ATAATTTTTAGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTG
* * * *
4258 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATA-TAAATCTTGTTTCGATTTGATT-ACAAATTAATTCG
581 GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA-ACTGAATCATGTTTCTATTTAATTCA-AAATTAATTCG
* * ** * * * *
4321 -GAAAAA--GTAAAAAAAATACTAGAAGCGTAAAAAACCGTTCAATA-TTTTTGGT-GTTGAATT
644 AAAAAAATTGGAAAAACGATATTAAAAGCCTAAAAAACCGTTCAA-ACTTTTT-GTCTTTGAATT
* * * ** * * * * * * *
4381 ATATATTTTTTATGAGTATT-TTACCCAAAAAT-TCAGGTAATATCTTT-TGGGTCAATTTTTGA
707 ATATATTGTCTATGAGAATTGTGGCCAAAAAATATGAGGAAAAAT-TTTCCGGATCAATTTTTGC
* *** * * * ** ** * *
4443 AAAATTTTAGTTGAAATCGTGTAATAAT-CATGAC-GATTTTTGGCTAAAAATACG-TTCCAGAT
771 AAAATTGTAACCGAAATCGTGCACT-ATCCATCACAG-TTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAG-G
* * * ** * *
4505 CCCCGAGTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAGA-TAT-TCATATTCATCTAA
833 CCCCGACTCAGTTTGGCATGATTTTCGGCACGAAAACTCCTTGA-ACTATCT-ATATTCATCTAA
* ** * * * * * * ** * *
4568 TCAAATCAAAGGCACATTGCATTTAAGGATTTGATTTTGCGAA-AATCCGAATCTTGTTTCGATT
896 CCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC-AAGCATCTAAATCATGTTTCCATT
* * * * * *
4632 TAATTAGACATTAA-TCCAGAAAAATA-TGAAAAAAA
960 TAATTCGAAATTAATTCTAAAAAAAAATTG-GAAAAA
* * * * ** * * * * * * *
4667 CAATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCATTAAATTATATATATTTCATGAGTA
1 CGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATAT-TTTTTTATGAGAA
* ** * * * * * * **
4732 TTTTTTCTAAAAATTAAGAAAAAAAT-TTTCAGG-TCATTTTTTGTAAAATTTTAGCAAAAATCG
65 TTGTGGCCAAAAATTGAG-GAAAAATCTTTC-GGATCA-ATTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
** *** *
4795 TGTACTAACCATCACAGTTTTTTTCCTAATAAAGCGTTTCGGGGCCCTC-ACTCAGTTTTGCATG
127 TGTACTTTCCATCACAG-TTTTAAGCTAAAAAAGCGTTTC-GGGCCC-CGACTCAGTTTTGCATG
* * ** * *
4859 ATTTTTGGCATCG-AGACTCCTTGAAATACCTATATTTATCTAATCAAAATCTCAGCCACATTGC
189 ATTTTTGGCA-AGAAGACTTCTTGAAATATTTATATTTATCTAA-CCAAATCTCAGCCACATTGG
* * * * * *
4923 ATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTTTG-A
252 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGACCAT-TGAATCATGTTTCGATTT-ATTTGAAATTAATTCTGAA
* * * * *
4987 AAAATAT-GAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC--TCCAGTCTTTTT-TCAGTTGAATTA
315 AAAAT-TGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-ACCTTTCGA-TCTTTTTGGC-TTTGAATTA
* * *
5048 TATATATTCTGTGAGTA-TTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAA
376 TATATATTTTATGAG-AGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAA
5088 TCGGGTCAAT
Statistics
Matches: 2068, Mismatches: 243, Indels: 159
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
951 27 0.01
952 250 0.12
953 187 0.09
954 47 0.02
955 162 0.08
956 76 0.04
959 1 0.00
961 1 0.00
966 1 0.00
969 3 0.00
970 4 0.00
971 1 0.00
975 1 0.00
976 1 0.00
978 1 0.00
979 1 0.00
983 1 0.00
985 1 0.00
986 4 0.00
989 30 0.01
990 89 0.04
991 3 0.00
992 343 0.17
993 180 0.09
994 1 0.00
999 6 0.00
1000 50 0.02
1001 31 0.01
1002 4 0.00
1003 251 0.12
1004 101 0.05
1005 111 0.05
1007 5 0.00
1008 24 0.01
1009 23 0.01
1010 46 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (995 bp):
CGATATTAGAAGCCTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATTTTTTTATGAGAAT
TGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGATCAATTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTA
CTTTCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAAAGCGTTTCGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTG
GCAAGAAGACTTCTTGAAATATTTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGA
TTTGTTTTTACGACCATTGAATCATGTTTCGATTTATTTGAAATTAATTCTGAAAAAATTGGAAA
AACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCTTTCGATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATATTTTATGAG
AGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCCGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCG
TACACTATCCATCACGACTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCACCGACTCAATTTTGCATAAT
TTTTAGCACAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTT
AAGGATTTGTTTTTACGAGCAACTGAATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTCGAAAAAAA
TTGGAAAAACGATATTAAAAGCCTAAAAAACCGTTCAAACTTTTTGTCTTTGAATTATATATTGT
CTATGAGAATTGTGGCCAAAAAATATGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTGTAA
CCGAAATCGTGCACTATCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTCAGTT
TGGCATGATTTTCGGCACGAAAACTCCTTGAACTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAC
TTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTAAATCATGTTTCCATTTAATTCGAAATTAATT
CTAAAAAAAAATTGGAAAAA
Found at i:4758 original size:623 final size:622
Alignment explanation
Indices: 3533--4760 Score: 1362
Period size: 621 Copynumber: 2.0 Consensus size: 622
3523 ACGATTTTAA
* * *
3533 GCTAAAAACGCGTTTCGAGGCCCCGACTCTGTTTTGCATGATTTTCGGCACGAAAACTCCTTGAA
1 GCTAAAAACGCGTTCCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCACCAAAACTCCTTGAA
* * * * *
3598 CTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACTAGCATC
66 ATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATA
* ** *
3663 TGAATCATGTTTCCATTTAATTCGAAATTAATTTAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCC
131 TAAATCATGTTTCCATTTAATTCGAAATTAATTTAGAAAAAA-TGGAAAAAAAATACTAGAAGCC
* * * * **
3728 TTCAAAAACCCTTAAATCTTTTTGTCTTTGAATTATATTTTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAAT
195 GTAAAAAACCCTTAAATATTTTTGTCGTTGAATTATATTTTTTTATGAGAATTGTACCCAAAAAT
* * * * *
3793 TGAGGAAAAATCTTTCGGATCAATTTAGCAAAATTTTAGCCGGAATCGGATACTTTCCATCACAG
260 TCAGGAAAAATCTTTCGGATCAATTTAGAAAAATTTTAGCCGAAATCGGATAATATCCATCACAG
* * * * * *
3858 TTTAAAGCTAAAAAAGCATTTCGGGGCCCCGACTCATTTTTGCATGATTTTTGGCAAGAAGACTT
325 TTTAAAGCTAAAAAAGCATTCCAGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAACAAGACTC
* * ** * *
3923 CTTGAAATATTTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACG
390 CTTGAAATATTCATATTCATCTAACCAAATCAAAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGATTTTACG
** * * * * * * * *
3988 ACCATATGAATCTTGCTTCGATTTTATTTGAAATTAATTCTGAAAAAATTGGAAAAACGATATTA
455 AAAATACGAATCTTGCTTCGATTTAATTAGAAATTAATCCAGAAAAAATTGAAAAAACAATATGA
* * * * *
4053 GAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTAGCTTTGAATTATATATATTTTATGAGAGTTGTGGCC
520 AAAGCGTGAAAAACCCTCCAATCTTTTTAGCATTAAATTATATATATTTCATGAGAGTTGTGGCC
* *
4118 AAAAATTGAGGAAAAATTTTACCAACACGGTTTTTTTG
585 AAAAATTAAGAAAAAATTTTACCAACACGGTTTTTTTG
* * * * * **
4156 GCTAAACACGCGTTCCGGGGGCCCGAGTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGTCTCCTTGAA
1 GCTAAAAACGCGTTCCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCACCAAAACTCCTTGAA
4221 ATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATA
66 ATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATA
* * * * * *
4286 TAAATCTTGTTTCGATTTGATTAC-AAATTAA-TTCGGAAAAA-GTAAAAAAAATACTAGAAG-C
131 TAAATCATGTTTCCATTTAATT-CGAAATTAATTTAGAAAAAATGGAAAAAAAATACTAGAAGCC
* * * *
4347 GTAAAAAACCGTTCAATATTTTTGGT-GTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTACCCAAAA
195 GTAAAAAACCCTTAAATATTTTT-GTCGTTGAATTATAT-TTTTTTATGAGAATTGTACCCAAAA
* * * * * **
4411 ATTCAGGTAATATCTTTTGGGTCAATTTTTGAAAAATTTTAGTTGAAATCGTG-TAATAAT-CAT
258 ATTCAGGAAAAATCTTTCGGATCAA-TTTAGAAAAATTTTAGCCGAAATCG-GATAAT-ATCCAT
* *** * * * * * *
4474 GAC-GATTTTTGGCTAAAAATA-CGTTCCAGATCCCCGAGTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCACC
320 CACAG-TTTAAAGCTAAAAA-AGCATTCCAGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAC
* * *
4537 AAGACTCCTTGAGATATTCATATTCATCTAATCAAATCAAAGGCACATTGCATTTAAGGATTTGA
383 AAGACTCCTTGAAATATTCATATTCATCTAACCAAATCAAAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGA
* * * *
4602 TTTTGCGAAAATCCGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGACATTAATCCAG-AAAAATATGAAAAAA
448 TTTTACGAAAATACGAATCTTGCTTCGATTTAATTAGAAATTAATCCAGAAAAAAT-TG-AAAAA
** *
4666 ACAATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGCATTAAATTATATATATTTCATGAGT
511 ACAATATGAAAAGCGTGAAAAACCCTCCAATCTTTTTAGCATTAAATTATATATATTTCATGAG-
* ** *
4731 A-TTTTTTCTAAAAATTAAGAAAAAAATTTT
575 AGTTGTGGCCAAAAATTAAG-AAAAAATTTT
4761 CAGGTCATTT
Statistics
Matches: 493, Mismatches: 100, Indels: 24
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
619 30 0.06
620 65 0.13
621 165 0.33
622 82 0.17
623 150 0.30
624 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (622 bp):
GCTAAAAACGCGTTCCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCACCAAAACTCCTTGAA
ATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATA
TAAATCATGTTTCCATTTAATTCGAAATTAATTTAGAAAAAATGGAAAAAAAATACTAGAAGCCG
TAAAAAACCCTTAAATATTTTTGTCGTTGAATTATATTTTTTTATGAGAATTGTACCCAAAAATT
CAGGAAAAATCTTTCGGATCAATTTAGAAAAATTTTAGCCGAAATCGGATAATATCCATCACAGT
TTAAAGCTAAAAAAGCATTCCAGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAACAAGACTCC
TTGAAATATTCATATTCATCTAACCAAATCAAAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGATTTTACGA
AAATACGAATCTTGCTTCGATTTAATTAGAAATTAATCCAGAAAAAATTGAAAAAACAATATGAA
AAGCGTGAAAAACCCTCCAATCTTTTTAGCATTAAATTATATATATTTCATGAGAGTTGTGGCCA
AAAATTAAGAAAAAATTTTACCAACACGGTTTTTTTG
Found at i:5019 original size:333 final size:330
Alignment explanation
Indices: 4177--5055 Score: 934
Period size: 333 Copynumber: 2.6 Consensus size: 330
4167 GTTCCGGGGG
* *
4177 CCCGAGTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGTCTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA-CA
1 CCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTGAAATA-CTATATTCATCTAATCA
* * * * *
4241 AAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATAAATCTTGTTTCGATTTGA
65 AAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA
* * * * ** * *
4306 TTACAAATTAATTCGGAAAAAGTA--AAAAA-AATACTAGAAGCGT-AAAAAACCGTTCAATATT
130 TTA-GAATTAATTCAGAAAAA-TATGAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC-TCCAATCTT
** * * * ** * **
4367 TTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTACCCAAAAATTCAGGTAATATCTTTTGGG
192 TTTGGCATTGAATTATATATATTTCATGAGTATTTTACCCAAAAATTAAGAAAAAATCTTTCAGG
*** * * *
4432 TCAATTTTTGAAAAATTTTAGTTGAAATCGTGTAATAATCATGACGATTTTTGGCTAAAAATACG
257 TCAATTTTTGAAAAATTTTAGCAAAAATCGTGTAATAACCATCACGATTTTTGCCTAAAAATACG
*
4497 TTCCAGATC
322 TTCCAGAGC
* * * * *
4506 CCCGAGTTAGTTTTGCATGATTTTTTGCACCAAGACTCCTTGAGATATTCATATTCATCTAATC-
1 CCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTGAAATACT-ATATTCATCTAATCA
** * * ** *
4570 AAATCAAAGGCACATTGCATTTAAGGATTTGA-TTTTGCGAAAATCCGAATCTTGTTTCGATTTA
65 AAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTT-ATTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
* *
4634 ATTAGACATTAATCCAGAAAAATATGAAAAAAACAATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCT
129 ATTAGA-ATTAATTCAGAAAAATATG--AAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCT
* ** *
4699 TTTTGGCATTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTTTCTAAAAATTAAGAAAAAAAT-TTTCA
191 TTTTGGCATTGAATTATATATATTTCATGAGTATTTTACCCAAAAATTAAG-AAAAAATCTTTCA
* * * * *
4763 GGTCATTTTTTGTAAAATTTTAGCAAAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTTTCCTAATAAA
255 GGTCAATTTTTGAAAAATTTTAGCAAAAATCGTGTAATAACCATCAC-GATTTTTGCCTAA-AAA
* * * *
4828 -GCGTTTCGGGGC
318 TACGTTCCAGAGC
* * *
4840 CCTC-ACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCATCGAGACTCCTTGAAATACCTATATTTATCTAATC
1 CC-CGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTGAAATA-CTATATTCATCTAATC
4904 AAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
64 AAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
** * *
4969 ATTAGAATTTAATTTTGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAGTCTTT
129 ATTAGAA-TTAATTCAGAAAAATATGAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTT
*
5034 TT-TCAGTTGAATTATATATATT
193 TTGGCA-TTGAATTATATATATT
5056 CTGTGAGTAT
Statistics
Matches: 451, Mismatches: 80, Indels: 34
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
328 4 0.01
329 123 0.27
330 1 0.00
332 7 0.02
333 154 0.34
334 81 0.18
335 81 0.18
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (330 bp):
CCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTGAAATACTATATTCATCTAATCAA
AATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
TAGAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTG
GCATTGAATTATATATATTTCATGAGTATTTTACCCAAAAATTAAGAAAAAATCTTTCAGGTCAA
TTTTTGAAAAATTTTAGCAAAAATCGTGTAATAACCATCACGATTTTTGCCTAAAAATACGTTCC
AGAGC
Done.