Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014131.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14164, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Found at i:808 original size:322 final size:323
Alignment explanation
Indices: 214--5257 Score: 3616
Period size: 322 Copynumber: 15.3 Consensus size: 323
204 GGCTCAATCA
* *
214 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGGAAGACACCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
* * * * *
279 TAGCAAATTTGTATTTAAGGATTTCTATTTATGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
66 CAGCAAATTTGGATTTAATGATTTCTTTTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
*
344 ATAAATTCGGAAAAAAAT-TGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTTG
131 ATAAATTC-GAAAAAAATATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTG
* *
408 GCTTTGAATTATATATTTTTACAGAGTAGTGTGGTTAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGGGTCAAT
195 GCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAGTGTGGTTAAAAATGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAAT
* *
473 TTTTAGCAGAAATCGTGTACTGACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCTG
260 TTTTAGCAGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGG
* * *
537 CTTACTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
* * * * * *
602 CAG-ACAATTTGGATTTATTGATCTCTTTTTACGAGCATTTGAATCTT-TTTCGATTTAATTAAA
66 CAGCA-AATTTGGATTTAATGATTTCTTTTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGA
* * *
665 AATAAATTCGAAAAAAATATCGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTGAATTTTTATTG
130 AATAAATTCGAAAAAAATATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTG
* * * *
730 GCTTTGAATTATATATTCTTTCAGAGTGGTGTGG-CAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGTAAA
195 GCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAGTGTGGTTAAAAA-TGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAA
* * * * **
794 TTTTTAGAAGAAATCGTGTACAAACCATCACTGTTTTTTGCTAAAAACGCATTTCGGGGCCCCAT
259 TTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGG
*
859 CTAAGTTTTGCAT-ATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
* * * *
923 CAGCAAATTTGGATTTAATGATTTCGTTTTACAAGCATCTAAATTTTGTTTCTATTTATTTAGAA
66 CAGCAAATTTGGATTTAATGATTTCTTTTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* * *
988 ATAAATTCGGAAAAATAAAATTGGAACAACGATATTGGAAGCATGAAAAACCCTTCAA-TTTTTT
131 ATAAATTC-GAAAAA-AATA-TGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTT
* * * *
1052 TGGCTTTCAATTATATATTTTTTCAGAGAAGTGTGGTTAAAAATAAGAAAAAAGTTTTCGGGTCA
193 TGGCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAGTGTGGTTAAAAATGAGAAAAAAATTTTCGGGTCA
* * * * *
1117 ATTTTTAGCAGAAATCGTGCACTAACCATCAC-GATTTTTTGCTAAAATCGCATTTCGTGGCCCC
258 ATTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAACCATCACTG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCC
1181 GG
322 GG
*
1183 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
* * * * *
1248 CAGCCAATTTGGATTTAAAGATTTCTATTTATGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTAAATTAGAA
66 CAGCAAATTTGGATTTAATGATTTCTTTTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* * * * *
1313 ATAAATTCGGAAAAAATTTGGAAAAACGATATTGGAATCGTGAGAAATCCTTCAATTTTTTTTGG
131 ATAAATTCGAAAAAAATATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTGG
* * *
1378 CTTTGAATTATATATTTTTCCAGTGTAGTGTGGTTAAAAATGA-AAAAAAAATTT-GGGTCAATT
196 CTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAGTGTGGTTAAAAATGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAATT
*
1441 TTTAGCAGAAAATCGTGTA-T---CA-CA--GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCTG
261 TTTAGCAG-AAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGG
*
1498 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGGCTCCTTGAAATATCTAT-TATCATATAA-CAAAGT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATAT-TCATATAACCAAA-T
* * * * * * * *
1561 CTCAGCCAATTTGGATTTATTGATCTCTTTTCACGAGCATTTGAATCTT-TTTCGATTTAATTAA
64 CTCAGCAAATTTGGATTTAATGATTTCTTTTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAG
* * * * *
1625 AAATAAATTCG-GAAAAATATCGAAAAACTAT-TTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAA-TTTTTTT
129 AAATAAATTCGAAAAAAATATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTT
* * * * * *
1687 GGCTTTGACTTATATATTTTTTCAGAATGGTGTGG-CAAAAATAGAGAAAAAAAATTTCGGGTAA
194 GGCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAGTGTGGTTAAAAAT-GAGAAAAAAATTTTCGGGTCA
*
1751 ATTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAACAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAAGGCGTTTCGGGGCC
258 ATTTTTAGCAGAAATCGTGTACT---AACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCC
1816 CCGG
320 CCGG
* * *
1820 CTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCA-ACAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACCAAATA
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGA-AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATC
* * * * * * * * *
1884 TCAGCCAATTTGGATTTATTGATCTCTTTTCACGAGCATTTGAATCTT-TTTCGATTTATTTAAA
65 TCAGCAAATTTGGATTTAATGATTTCTTTTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGA
* *
1948 AATAAATTCGAAAAAAATATCGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCATCAATTTTTTTTT
130 AATAAATTCGAAAAAAATATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA-TTTTTTTT
* * * * * *
2013 GGCTTTGAATTATATATTCTTTCAGAGTCGTGTGG-CAAAATTTGAGAAAAAAA-TTTCAGGTAA
194 GGCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAGTGTGGTTAAAA-ATGAGAAAAAAATTTTCGGGTCA
* * *
2076 ATTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAGCGCATTTCGGGGCCCCA
258 ATTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCG
2141 G
323 G
*
2142 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
* * *
2207 CAGCAAATTTAGATTTAAGGATTTCGTTTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
66 CAGCAAATTTGGATTTAATGATTTCTTTTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
2272 ATAAATTCGGAAAAAAA-ATTGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTT
131 ATAAATTC-GAAAAAAATA-TGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTT
* *
2336 GGCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAATGTGGTTAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGGGTCAA
194 GGCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAGTGTGGTTAAAAATGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAA
* *
2401 TTTTTAGCAGAAATCGTGCACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGG
259 TTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGG
* *
2466 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
* * * *
2531 CAGCTAATTTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTTGATTTAATTACAA
66 CAGCAAATTTGGATTTAATGATTTCTTTTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* * * *
2596 AGAAATTCG-AAAAAA-ATGGGAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAACCCCTTCACTTTTTTTTTG
131 ATAAATTCGAAAAAAATATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCA-ATTTTTTTTG
*** * * * * ** * * *
2659 AAATTGAACTT-TGTGTTTTGT-AGAGTTGTGTGGCAAAAAAAATGAGAAGAAAGTTTTCGGGCC
195 GCTTTGAA-TTATATATTTTTTCAGAGTAGTGTGG--TTAAAAATGAGAAAAAAATTTTCGGGTC
*** * * * * * * *
2722 AACTTTTACATAGGGTGGCTATTTATAGTGGAAATAAACCTAGGAATTCCAAT-TCTAAGTAGGA
257 AA-TTTT---TA-----GC-AGAAATCGT-GTACT-AACC-----A-T-CACTGT-T--TTTGGC
* * * *
2786 TAGGAGTTTAAAACG-GTTTAGAGG--CTGA
300 TA--A-----AAACGCGTTTCGGGGCCCCGG
* * * * ** * * * *
2814 CTC-GGTATCCA--A--ATTGGCTTAATAGTCTTCCTAGAACCAAAATCCTA-A-TCA-A-AA-T
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAA-AGAC-TCCTTG-A--AATAT-CTATATTCATATAACC
** * * * * * *
2869 AGGGTCCTGAG-AAATTCTGGATTCGTGCAGTGACTTCGACGGTGATTTTGGGCTTGA-AAACGG
60 A-AAT-CTCAGCAAATT-TGGATT--T--AATGA-TT--TC--T--TTTT--AC--GAGCATC--
* * ** * * *** * ****
2932 CAGAACTGGGTCTT-GATCTTCAA--AGGAAAGTTCTAGATCTCG-GAGTCATCT-TTCCAACGA
105 TA-AATTTTGT-TTCGAT-TT-AATTA-GAAA----TAAAT-TCGAAAAAAATATGGAAAAACGA
* * *
2992 CTACTCATGG--GCCT-AAAACGGACATCTAAGCAGAAAGTTATGATTTTTCTACCGAGACTGCG
160 -TA-T--TGGAAGCGTGAAAA---AC-CCT--TC---AA--T-T--TTTTT-T---G-G-CT---
* ** * * * * * * * * * * *
3054 CTGAATCCTA-ATCCTGTT-AGGACTAGAAGCGG-GAATAA-GCGGAAATTGGATATTTTCTTGG
198 TTGAATTATATAT-TTTTTCA-GAGTAG-TGTGGTTAAAAATG-AGAAA---AAAATTTTC-GGG
***** * * * * ** ** * **
3115 --ATATAGGCGGCATTAATTGGGTTTTTAATTCTAATTATGGGCTGAGTATTATCCCATATAAAA
255 TCA-ATTTTTAGCA-GAAAT-CG--TGT-A--CTAACCAT-CACT--GT-TTTTGGC---TAAAA
* * *** *
3178 TATC-CAAAATTCCTTAGCTTCCAGG
305 -A-CGC---GTTTCGGGGC--CCCGG
* * * ** ** ** *
3203 CTTATTCATGGTTTGTCTTCAATCATTCTCA-ATTTAAG-CTCCAATCTTCAAT-TCT-TGTCTC
1 C----TCA-GTTTTG-CAT-GATTTTTGGCAGA---AAGACTCC--T-TGAAATATCTATAT-TC
* * ** ** * * * *
3264 -T-TGA-GATAAT-TCTTCAATAGTCTTCAAATCTTCAAATTATCTTCAATAAGTCTT-CAAACA
52 ATATAACCA-AATCTCAGCAA-A-T-TT-GGAT-TT--AATGAT-TTC--T---TTTTACGAGCA
* * * * * * **
3324 -C-GAATTTTGAATCTCCAAATCCATACTCAA-AACTGCTAAGTCCATATTCGAGCAAAATGTCA
103 TCTAAATTTTG--T-T-----TCGAT--TTAATTA--G--AAAT--AAATTCGA--AAAAAAT-A
* * ***** * * * * * * * * **
3386 T-CAAAATA-GCTCCAAAAAGAGTGAAAAACAACAAGTTTCCACTTTTCTTGTC-TTCAA-GACC
149 TGGAAAA-ACGATATTGGAAGCGTGAAAAAC--C---CTTCAATTTTTTTTGGCTTTGAATTATA
****** * * * ** * * **** * *
3447 TAAAAACACA-AATACT-T--AT-AAAAT-AGAGTTAAAA--TAC---ACATATAAACACCAAAA
208 TATTTTTTCAGAGTAGTGTGGTTAAAAATGAGA-AAAAAATTTTCGGGTCA-ATTTTTAGCAGAA
* * * * *** * *
3501 ATC--ATA-TGAA--A--A-TG---AT--CATAAAAATAGGGTTATTTTTGGCTCAATC-A
271 ATCGTGTACT-AACCATCACTGTTTTTGGC-TAAAAA-CGCG-T-TTCGGGGC-C--CCGG
* *
3548 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGGAAGACACCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
* *
3613 CAGCAAATTTGGATTTAAGGATTTCTTTTTATGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
66 CAGCAAATTTGGATTTAATGATTTCTTTTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* *
3678 ATAAATTCGGAAAAAAAT-TGGAAAAACGATATTGGAAGCATGAAAAATCCTTCAA-TTTTTTTG
131 ATAAATTC-GAAAAAAATATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTG
* * * *
3741 GCTTCGAATAATATATTTTTTCAGAATAGTGTGGTTAAAAATGAGAAAACAAGTTTTCGGGTCAA
195 GCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAGTGTGGTTAAAAATGAGAAAA-AAATTTTCGGGTCAA
* * * * * * * *
3806 GTTTTAGCAGAAATCGTGTAC---GCATCACGGTTTTTGACTAAAAATGCATTTCGAGGTCCCGG
259 TTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGG
* ** * *
3868 CTCAATTTTGCATGATTTTTCTCAGAAAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATATAATCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
* * * *
3933 CAGCTAATTTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTACAA
66 CAGCAAATTTGGATTTAATGATTTCTTTTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
*
3998 ATAAATTCGAAAAAAA-ATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAACCCCTTCAATATTTTTTTG
131 ATAAATTCGAAAAAAATATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAAT-TTTTTTTG
*** * * * * ** * * * * *
4062 AAGTTGAACTATATGTTTTGT-AGAGTTGTGTGGCAAAAAAAATAAGTAGAAAGTTTTCGAGTCA
195 GCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAGTGTGG--TTAAAAATGAGAAAAAAATTTTCGGGTCA
* * * * * * *
4126 ACTTTTATCCGAAATCATGTACGT--TCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCCCC
258 ATTTTTAGCAGAAATCGTGTAC-TAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCC
4189 GG
322 GG
*
4191 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
* * * * * *
4256 CAGCCAATTTGGATTTATTGATCTCTTTTTACGAGCATTTGAATCTTT-TTTCGATTTAATTAAA
66 CAGCAAATTTGGATTTAATGATTTCTTTTTACGAGCATCTAAAT-TTTGTTTCGATTTAATTAGA
* * * *
4320 AACAAATTCGGAAAAAATATCGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTCTTTTTG
130 AATAAATTCGAAAAAAATATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTG
* * * *
4385 GCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTGGTGTGG-CAAAAATTGAGAAAAAAATTTTTGGGTAAA
195 GCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAGTGTGGTTAAAAA-TGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAA
* * * *
4449 TTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGTGCCCCG
259 TTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAACCATCACTG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCG
4514 G
323 G
* * * * * *
4515 CTTACTTTTGCATGATTTTTGGCTGGAAGGCTCATTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
* * * *
4580 CAGAAAATTTGGATTTAAGGATTTCTTTTTATGAGAATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
66 CAGCAAATTTGGATTTAATGATTTCTTTTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
*
4645 ATAAATTCGGAAAAAAAT-TGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTCTTTTT
131 ATAAATTC-GAAAAAAATATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTT-TTTTT
*
4709 GGCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAATGTGGTTAAAAATGAGAAAAAAAGTTTTCGGGTCA
194 GGCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAGTGTGGTTAAAAATGAGAAAAAAA-TTTTCGGGTCA
* * *
4774 ATTTTTAGCAGAAATCGTGCACTAACCATCACGGTGTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCG
258 ATTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCG
4839 G
323 G
* * *
4840 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTAAATTCATTTATCCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
* * * *
4905 CAGCTAATTTGGATTAAAGGATTTCTTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTAGA
66 CAGCAAATTTGGATTTAATGATTTC-TTTTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGA
4970 AATAAATTCG-AAAAAA-ATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA-TTTTTTTG
130 AATAAATTCGAAAAAAATATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTG
* * * *
5032 GCTTTCAATTATATATTTTTTCAGAGTGGTGTGG-CAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGG-GAT
195 GCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAGTGTGGTTAAAAA-TGAGAAAAAAATTTTCGGGTCA-
* * * *
5095 ACTTTTAGCAAAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTGGGGCACC
258 ATTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAACCATCACTG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCC
*
5160 AG
322 GG
* *
5162 TTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
* *
5227 CAGCAAATTTGGATTTAAGGATTTCTATTTA
66 CAGCAAATTTGGATTTAATGATTTCTTTTTA
5258 TGAGAAACGA
Statistics
Matches: 3753, Mismatches: 657, Indels: 624
0.75 0.13 0.12
Matches are distributed among these distances:
305 8 0.00
306 7 0.00
307 5 0.00
308 5 0.00
309 2 0.00
310 8 0.00
311 56 0.01
312 51 0.01
313 43 0.01
314 31 0.01
315 126 0.03
316 1 0.00
317 12 0.00
318 8 0.00
319 48 0.01
320 145 0.04
321 273 0.07
322 786 0.21
323 476 0.13
324 681 0.18
325 360 0.10
326 148 0.04
327 4 0.00
328 8 0.00
330 3 0.00
331 4 0.00
332 2 0.00
333 7 0.00
334 9 0.00
335 12 0.00
336 7 0.00
337 9 0.00
338 12 0.00
339 2 0.00
340 6 0.00
341 5 0.00
342 3 0.00
343 7 0.00
344 12 0.00
345 20 0.01
346 19 0.01
347 8 0.00
348 12 0.00
349 3 0.00
350 12 0.00
351 7 0.00
353 1 0.00
354 1 0.00
355 1 0.00
356 1 0.00
357 4 0.00
359 1 0.00
360 3 0.00
361 3 0.00
362 3 0.00
363 9 0.00
364 8 0.00
365 3 0.00
368 3 0.00
369 10 0.00
370 10 0.00
371 12 0.00
373 6 0.00
374 2 0.00
375 2 0.00
376 1 0.00
377 2 0.00
378 3 0.00
379 1 0.00
380 3 0.00
381 2 0.00
382 4 0.00
383 7 0.00
384 8 0.00
385 8 0.00
386 3 0.00
387 3 0.00
388 3 0.00
389 5 0.00
390 3 0.00
391 13 0.00
392 8 0.00
393 12 0.00
394 14 0.00
395 8 0.00
396 3 0.00
397 1 0.00
398 4 0.00
399 12 0.00
400 24 0.01
401 17 0.00
402 9 0.00
403 11 0.00
404 4 0.00
405 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (323 bp):
CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
CAGCAAATTTGGATTTAATGATTTCTTTTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
ATAAATTCGAAAAAAATATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTGG
CTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAGTGTGGTTAAAAATGAGAAAAAAATTTTCGGGTCAATT
TTTAGCAGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGG
Found at i:2657 original size:646 final size:641
Alignment explanation
Indices: 214--2656 Score: 3484
Period size: 646 Copynumber: 3.8 Consensus size: 641
204 GGCTCAATCA
* *
214 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGGAAGACACCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
* * *
279 TAGCAAATTTGTATTTAAGGATTTCTATTTATGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
66 CAGCAAATTTGGATTTAAGGATTTCT-TTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
*
344 ATAAATTCGGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTTGG
130 ATAAATTCGGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA-TTTTTTTGG
* *
409 CTTTGAATTATATATTTTTACAGAGTAGTGTGGTTAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGGGTCAATT
194 CTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAATGTGGTTAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGGGTCAATT
* * * *
474 TTTAGCAGAAATCGTGTACTGACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCTGCT
259 TTTAGCAGAAATCGTGCACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCT
* * * *
539 TACTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACCAAATCTCA
324 CAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCA
* * * *
604 GACAATTTGGATTTATTGATCTCTTTTTACGAGCATTTGAATCTTTTTCGATTTAATTAAAAATA
389 GCCAATTTGGATTTAATGATCTCTTTTTACGAGCATCTAAATCTTTTTCGATTTAATTAAAAATA
* *
669 AATTCGAAAAAAATATCGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTGAATTTTTATTGGCTT
454 AATTCGAAAAAAATATCGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTGGCTT
*
734 TGAATTATATATTCTTTCAGAGTGGTGTGGCAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGTAAATTTTT
519 TGAATTATATATTCTTTCAGAGTAGTGTGGC-AAAATTGAGAAAAAAA-TTTCGGGTAAATTTTT
* * * *
799 AGAAGAAATCGTGTACAAACCATCACTGTTTTTTGCTAAAAACGCATTTCGGGGCCCCAT
582 AGCAGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACGCATTTCGGGGCCCCAG
*
859 CTAAGTTTTGCAT-ATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
* * * *
923 CAGCAAATTTGGATTTAATGATTTCGTTTTACAAGCATCTAAATTTTGTTTCTATTTATTTAGAA
66 CAGCAAATTTGGATTTAAGGATTTC-TTTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* *
988 ATAAATTCGGAAAAATAAAATTGGAACAACGATATTGGAAGCATGAAAAACCCTTCAATTTTTTT
130 ATAAATTCGG--AAA-AAAATTGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTT
* *
1053 GGCTTTCAATTATATATTTTTTCAGAG-AAGTGTGGTTAAAAATAAGAAAAAAGTTTTCGGGTCA
192 GGCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAA-TGTGGTTAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGGGTCA
* * * * *
1117 ATTTTTAGCAGAAATCGTGCACTAACCATCACGATTTTTTGCTAAAATCGCATTTCGTGGCCCCG
256 ATTTTTAGCAGAAATCGTGCACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCG
**
1182 GCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGGAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATC
321 GCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATC
* * * * * * *
1247 TCAGCCAATTTGGATTTAAAGATTTCTATTTATGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTAAATTAGA
386 TCAGCCAATTTGGATTTAATGATCTCTTTTTACGAGCATCTAAATCTT-TTTCGATTTAATTAAA
* * * * * *
1312 AATAAATTCGGAAAAAATTTGGAAAAACGATATTGGAATCGTGAGAAATCCTTCAATTTTTTTTG
450 AATAAATTCGAAAAAAATATCGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTG
* * * * *
1377 GCTTTGAATTATATATT-TTTCCAGTGTAGTGTGGTTAAAAATGAAAAAAAAATTT-GGGTCAAT
515 GCTTTGAATTATATATTCTTT-CAGAGTAGTGTGG-CAAAATTGAGAAAAAAATTTCGGGTAAAT
* *
1440 TTTTAGCAGAAAATCGTGTA-T---CA-CA--GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCTG
578 TTTTAGCAG-AAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACGCATTTCGGGGCCCCAG
*
1498 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGGCTCCTTGAAATATCTAT-TATCATATAA-CAAAGT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATAT-TCATATAACCAAA-T
* ** * * * * *
1561 CTCAGCCAATTTGGATTTATTGATCTCTTTTCACGAGCATTTGAATCTT-TTTCGATTTAATTAA
64 CTCAGCAAATTTGGATTTAAGGATTTCTTTT-ACGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAG
* * * * *
1625 AAATAAATTCGGAAAAATA-TCGAAAAACTAT-TTAGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATTTTTTTG
128 AAATAAATTCGGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTG
* * ** * ** *
1688 GCTTTGACTTATATATTTTTTCAGAATGGTGTGG-CAAAAATAGAGAAAAAAAATTTCGGGTAAA
193 GCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAATGTGGTTAAAAAT-GAGAAAAAAGTTTTCGGGTCAA
* * *
1752 TTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAACAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAAGGCGTTTCGGGGCCC
257 TTTTTAGCAGAAATCGTGCACT---AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCC
* * *
1817 CGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTGGCAACAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACCAAA
319 CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAA
* * * * * *
1882 TATCAGCCAATTTGGATTTATTGATCTCTTTTCACGAGCATTTGAATCTTTTTCGATTTATTTAA
384 TCTCAGCCAATTTGGATTTAATGATCTCTTTTTACGAGCATCTAAATCTTTTTCGATTTAATTAA
*
1947 AAATAAATTCGAAAAAAATATCGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCATCAATTTTTTTT
449 AAATAAATTCGAAAAAAATATCGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA-TTTTTTT
* *
2012 TGGCTTTGAATTATATATTCTTTCAGAGTCGTGTGGCAAAATTTGAGAAAAAAATTTCAGGTAAA
513 TGGCTTTGAATTATATATTCTTTCAGAGTAGTGTGGCAAAA-TTGAGAAAAAAATTTCGGGTAAA
*
2077 TTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAGCGCATTTCGGGGCCCCAG
577 TTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACGCATTTCGGGGCCCCAG
*
2142 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
*
2207 CAGCAAATTTAGATTTAAGGATTTCGTTTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
66 CAGCAAATTTGGATTTAAGGATTTC-TTTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
2272 ATAAATTCGGAAAAAAAATTGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTG
130 ATAAATTCGG-AAAAAAATTGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA-TTTTTTTG
2337 GCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAATGTGGTTAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGGGTCAAT
193 GCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAATGTGGTTAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGGGTCAAT
2402 TTTTAGCAGAAATCGTGCACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGC
258 TTTTAGCAGAAATCGTGCACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGC
*
2467 TCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTC
323 TCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTC
* * * * * *
2532 AGCTAATTTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTTGATTTAATTACAAA
388 AGCCAATTTGGATTTAATGATCTCTTTTTACGAGCATCTAAATCTT-TTTCGATTTAATTAAAAA
* * * * *
2597 GAAATTCG-AAAAAA-ATGGGAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAACCCCTTCACTTTTTTTT
452 TAAATTCGAAAAAAATATCGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTT
2657 TGAAATTGAA
Statistics
Matches: 1578, Mismatches: 181, Indels: 79
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
633 6 0.00
634 96 0.06
635 9 0.01
636 69 0.04
637 197 0.12
638 19 0.01
639 74 0.05
640 78 0.05
641 4 0.00
642 4 0.00
644 243 0.15
645 97 0.06
646 392 0.25
647 184 0.12
648 22 0.01
649 78 0.05
650 6 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (641 bp):
CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
CAGCAAATTTGGATTTAAGGATTTCTTTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAA
TAAATTCGGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCT
TTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAATGTGGTTAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGGGTCAATTTT
TAGCAGAAATCGTGCACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCA
GTTTTGCATGATTTTTGGCAAAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAGC
CAATTTGGATTTAATGATCTCTTTTTACGAGCATCTAAATCTTTTTCGATTTAATTAAAAATAAA
TTCGAAAAAAATATCGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTGGCTTTG
AATTATATATTCTTTCAGAGTAGTGTGGCAAAATTGAGAAAAAAATTTCGGGTAAATTTTTAGCA
GAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACGCATTTCGGGGCCCCAG
Found at i:4255 original size:323 final size:322
Alignment explanation
Indices: 3548--5257 Score: 2280
Period size: 324 Copynumber: 5.3 Consensus size: 322
3538 GGCTCAATCA
* *
3548 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGGAAGACACCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
* *
3613 CAGCAAATTTGGATTTAAGGATTTCTTTTTATGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
66 CAGCAAATTTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* * *
3678 ATAAATTCGGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTGGAAGCATGAAAAATCCTTC-A-ATTTTTTTG
131 ATAAATTCGGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTTTG
* * * **
3741 GCTTCGAATAATATATTTTTTCAGAATAGTGTGGTTAAAAATGAGAAAACAAGTTTTCGGGTCAA
196 GCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAGTGTGGCAAAAAATGAGAAAA-AAGTTTTCGGGTCAA
* * * * * *
3806 GTTTTAGCAGAAATCGTGTAC--GCATCACGGTTTTTGACTAAAAATGCATTTCGAGGTCCCGG
260 CTTTTAGCAGAAATCGTGTACTACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCG-GGCCCCGG
* ** * *
3868 CTCAATTTTGCATGATTTTTCTCAGAAAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATATAATCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
* *
3933 CAGCTAATTTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTACAA
66 CAGCAAATTTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
*
3998 ATAAATTC-GAAAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAACCCCTTCAATATTTTTTTG
131 ATAAATTCGGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTTTG
*** * * * * * * * *
4062 AAGTTGAACTATATGTTTTGT-AGAGTTGTGTGGCAAAAAAAATAAGTAGAAAGTTTTCGAGTCA
196 GCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAGTGTGGC--AAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGGGTCA
* * * *
4126 ACTTTTATCCGAAATCATGTACGT-TCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGGGCCCCG
259 ACTTTTAGCAGAAATCGTGTAC-TACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCCCCG
4190 G
322 G
*
4191 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
* ** * * *
4256 CAGCCAATTTGGATTTATTGATCTCTTTTTACGAGCATTTGAATCTTT-TTTCGATTTAATTAAA
66 CAGCAAATTTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAAT-TTTGTTTCGATTTAATTAGA
* * * *
4320 AACAAATTCGGAAAAAATATCGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAAT-TCTTTTT
130 AATAAATTCGGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTTT
* * * * *
4384 GGCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTGGTGTGGCAAAAATTGAGAAAAAAATTTTTGGGTAAA
195 GGCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAGTGTGGCAAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGGGTCAA
* * *
4449 TTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGTGCCCCG
260 CTTTTAGCAGAAATCGTGTACT-ACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGG-GCCCCG
4514 G
322 G
* * * * * *
4515 CTTACTTTTGCATGATTTTTGGCTGGAAGGCTCATTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
* * * *
4580 CAGAAAATTTGGATTTAAGGATTTCTTTTTATGAGAATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
66 CAGCAAATTTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
* *
4645 ATAAATTCGGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAATCCTTCAAT-TTCTTTTT
131 ATAAATTCGGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATT-TTTTT
* **
4709 GGCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAATGTGGTTAAAAATGAGAAAAAAAGTTTTCGGGTCA
195 GGCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAGTGTGGCAAAAAATGAG-AAAAAAGTTTTCGGGTCA
* * *
4774 ATTTTTAGCAGAAATCGTGCACTAACCATCACGGTGTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCG
259 ACTTTTAGCAGAAATCGTGTACT-ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCCCCG
4839 G
322 G
* * *
4840 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTAAATTCATTTATCCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
* *
4905 CAGCTAATTTGGATTAAAGGATTTCTTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTAGA
66 CAGCAAATTTGGATTTAAGGATTTC-TTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTAGA
4970 AATAAATTC-G-AAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTC-A-ATTTTTTT
130 AATAAATTCGGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTTT
* * * * *
5031 GGCTTTCAATTATATATTTTTTCAGAGTGGTGTGGCAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGG-GAT
195 GGCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAGTGTGGCAAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGGGTCA-
* * * *
5095 ACTTTTAGCAAAAATCGTGTACTAACCATCACTGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTGGGGCACC
259 ACTTTTAGCAGAAATCGTGTACT-ACCATCAC-GGTTTTTGGCTAAAAACGCG-TTTCGGGCCCC
*
5160 AG
321 GG
* *
5162 TTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
*
5227 CAGCAAATTTGGATTTAAGGATTTCTATTTA
66 CAGCAAATTTGGATTTAAGGATTTCTTTTTA
5258 TGAGAAACGA
Statistics
Matches: 1214, Mismatches: 153, Indels: 45
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
319 40 0.03
320 139 0.11
321 102 0.08
322 201 0.17
323 196 0.16
324 290 0.24
325 153 0.13
326 93 0.08
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (322 bp):
CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCT
CAGCAAATTTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAA
ATAAATTCGGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTTTG
GCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTAGTGTGGCAAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGGGTCAAC
TTTTAGCAGAAATCGTGTACTACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCGG
Found at i:5475 original size:270 final size:269
Alignment explanation
Indices: 4992--5512 Score: 793
Period size: 270 Copynumber: 1.9 Consensus size: 269
4982 AAAAATGGAA
*
4992 AAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCTTTCAATTATATATTTTTTCAGA
1 AAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCTTTCAATTATATATTTTTCCAGA
* *
5057 GTGGTGTGGCAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGGATACTTTTAGCAAAAATCGTGTACTAACC
66 GTAGTGTGGCAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGCATACTTTTAGCAAAAATCGTGTACTAACC
* *
5122 ATCACTGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTGGGGCACCAGTTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG
131 ATCACTGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCACCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG
*
5187 AAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAG-CAAATTTGGATTTAAGGATTT
196 AAAGACTCCTTCAAATATCTAT-TTAATATAACCAAATCTCAGAC-AATTTGGATTTAAGGATTT
5251 CTATTTATGAG
259 CTATTTATGAG
* * *
5262 AAACGATATTGGAAGCGTGAAAAATCCTTTAATTTTTTTTTGGCTTTGAATTATATA-TTTTCCA
1 AAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA--TTTTTTTGGCTTTCAATTATATATTTTTCCA
* * * *
5326 GAGTAGTGTGGTTAAAAA-TGAGAAAAAAGTTTTCGGGTCA-ATTTTTAGCAGAAATCGTGTACT
64 GAGTAGTGTGG-CAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGG-CATACTTTTAGCAAAAATCGTGTACT
* *
5389 AACCATCACTG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTG
127 AACCATCACTGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCACCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTG
*
5453 GCA-ACAAGACTCCTTGAAATATCTATTTAATATAACCAAATCTCAGACAATTTGGATTTA
192 GCAGA-AAGACTCCTTCAAATATCTATTTAATATAACCAAATCTCAGACAATTTGGATTTA
5513 TTGATCTCTC
Statistics
Matches: 229, Mismatches: 16, Indels: 13
0.89 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
269 32 0.14
270 103 0.45
271 66 0.29
272 28 0.12
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (269 bp):
AAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCTTTCAATTATATATTTTTCCAGA
GTAGTGTGGCAAAAATTGAGAAAAAAATTTTCGGGCATACTTTTAGCAAAAATCGTGTACTAACC
ATCACTGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCACCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG
AAAGACTCCTTCAAATATCTATTTAATATAACCAAATCTCAGACAATTTGGATTTAAGGATTTCT
ATTTATGAG
Found at i:6460 original size:321 final size:319
Alignment explanation
Indices: 5262--7484 Score: 3219
Period size: 321 Copynumber: 7.0 Consensus size: 319
5252 TATTTATGAG
* * *
5262 AAACGATATTGGAAGCGTGAAAAATCCTTTAATTTTTTTTTGGCTTTGAATTATATA-TTTTCCA
1 AAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA--TTTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTCA
* * * *
5326 GAGTAGTGTGGTTAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGGGTCAATTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAA
64 GAGTGGTGTGG-GAAAAATGAGAAAAAAATTTTCGGGTAAATTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAA
*
5391 CCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA
128 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA
* * *
5456 ACAAGACTCCTTGAAATATCTA-TTTAATATAACCAAATCTCAGACAATTTGGATTTATTGATCT
193 GCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACCAAATCTCAGCCAATTTGGATTTATTGATCT
5520 CTCTTTACGAGCATTTGAATCTTTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGGAAAAAATATCGAA
258 CT-TTTACGAGCATTTGAATCTTTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGGAAAAAATATCGAA
* *
5583 AAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTCTTGGCTTTGAATGATATATTCTTTCTA
1 AAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTT-TTGGCTTTGAATTATATATTTTTTC-A
*
5648 -AGTGGTGTGGGAAAAATAGAGAAAAAAATTTTCGGGTAAATTTTTAGCAGAAATTGTGTACTAA
64 GAGTGGTGTGGGAAAAAT-GAGAAAAAAATTTTCGGGTAAATTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAA
* * * *
5712 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTTCGGGGCCCCAGCTCAGTTTTGCATAATTTTTCGCA
128 CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA
* * * * ** *
5777 GAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAAATAACCAAATCTCAGCAAATTTGGATTTAAGGATTT
193 GCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACCAAATCTCAGCCAATTTGGATTTATTGATCT
* * * * * *
5842 CTTTTTACGAGCATCTAAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAAATTGGA
258 C-TTTTACGAGCATTTGAATCTT-TTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGG-AAAAAATA-TCGA
5907 A
319 A
* * * * *
5908 ATACGATATTGGAATCGTGAAAAATCCTTCAATTTTTTTTGGCTTTGAATTAAATATTTTTCCAG
1 AAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA-TTTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTCAG
* * * *
5973 AGTAGTGTGGTTAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGGGTCAATTTTTAGCAGAAA------AC---C
65 AGTGGTGTGG-GAAAAATGAGAAAAAAATTTTCGGGTAAATTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAAC
* * *
6029 GCATCAC-GTTTTTAGCTATAAACGCGTTTCGGGGCCCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGCCA
129 -CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA
* * * *
6093 GAAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCTTATAACCAAATATCAGCCAATTTGGATTTATTGATAT
193 GCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACCAAATCTCAGCCAATTTGGATTTATTGATCT
6158 CTTTTCACGAGCATTTGAATCTTTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGGAAAAAATATCGAA
258 CTTTT-ACGAGCATTTGAATCTTTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGGAAAAAATATCGAA
6221 AAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTCTA-
1 AAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTC-AG
*
6285 AGTGGTGTGGGAAAAATAGAGAAAAAAATTTTCGGGTAAATTTTTAGCAGAAATTGTGTACTAAC
65 AGTGGTGTGGGAAAAAT-GAGAAAAAAATTTTCGGGTAAATTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAAC
* * *
6350 CATCACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTG
129 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG
* * * *
6415 CAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACTAATTCTCAGCCAAATTGGATTTATTTATCTC
194 CAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACCAAATCTCAGCCAATTTGGATTTATTGATCT-
*
6480 CTTTTACGAGCATTTGAATCTTTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCAGAAAAAATATCGAA
258 CTTTTACGAGCATTTGAATCTTTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGGAAAAAATATCGAA
* *
6542 AAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTCTTGACTTTGAATTATATGTTTTTTCAG
1 AAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTT-TTGGCTTTGAATTATATATTTTTTCAG
* *
6607 AGTGGTGT-GG--ATA-GAGAAAAAAATTTTCGGGTAAATTTTTAGCAGAAATTGTGTACGT---
65 AGTGGTGTGGGAAAAATGAGAAAAAAATTTTCGGGTAAATTTTTAGCAGAAATCGTGTAC-TAAC
* *
6665 --T-ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTGTCGGAAG-CCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA
129 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGG-GGCCCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA
** *
6726 TAAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACCAAATCTCAGCCAATTTGGATTTGTTGATCT
193 GCAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACCAAATCTCAGCCAATTTGGATTTATTGATCT
*
6791 CTTTTCACGAGCATTTGAATCTTTTTTGATTTAATTAAAAATAAATTCGGAAAAAATATCGAA
258 CTTTT-ACGAGCATTTGAATCTTTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGGAAAAAATATCGAA
6854 AAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTCAG
1 AAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA-TTTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTCAG
* *
6919 AGTGGTGTGGCAAAAAT-TGAAAAAAA-TTTCGGGTAAATTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAA-C
65 AGTGGTGTGGGAAAAATGAGAAAAAAATTTTCGGGTAAATTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAACC
* *
6981 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTGC
130 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGC
* *
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195 AAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACCAAATCTCAGCCAATTTGGATTTATTGATCTCT
* *
7111 TTTACGAGCATTTGAATCTTTTTCGATTTAATT-AAAATAAATTCGAAAAAAATATCGGA
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* *
7170 AAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTATTGGCTTTGAATTATAAATTATTTCAG
1 AAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTT-TTGGCTTTGAATTATATATTTTTTCAG
* * * * *
7235 AGTAGTGTGGCCAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGTGTCAATTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAAC
65 AGTGGTGTGG-GAAAAATGAGAAAAAAATTTTCGGGTAAATTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAAC
* * * *
7300 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCTGGGCCCCAGCTAAGTTTTGCATGATTTTTTGCAG
129 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG
*
7365 CAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACCAAATCTCAGACAATTTGGATTTATTGATCTC
194 CAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACCAAATCTCAGCCAATTTGGATTTATTGATCTC
*
7430 TTTTTACGAGCATTTGAATC-TTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGCAAAAAAT
259 -TTTTACGAGCATTTGAATCTTTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGGAAAAAAT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (319 bp):
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TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGCA
AGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACCAAATCTCAGCCAATTTGGATTTATTGATCTCTT
TTACGAGCATTTGAATCTTTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGGAAAAAATATCGAA
Found at i:7449 original size:638 final size:637
Alignment explanation
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Period size: 637 Copynumber: 3.5 Consensus size: 637
5252 TATTTATGAG
* * * *
5262 AAACGATATTGGAAGCGTGAAAAATCCTTTAATTTTTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTCCAG
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*
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*
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* * *
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* * * * * *
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* * *** *
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* * * * *
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578 TTTTACGAGCATTTGAATCTT-TTTCGATTTAATTA-AAATAAATTC-GAAAAAAATATCGGA
* *
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* * *
6029 GCATCAC-GTTTTTAGCTATAAACGCGTTTCGGGGCCCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGCCA
128 -CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA
* * * *
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257 CTTTTCACGAGCATTTGAATCTTTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGGAAAAAATATCGAAAA
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322 ACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTCTAAG
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387 TGGTGTGGGAAAAATA-AGAAAAAAATTTTCGGGTAAATTTTTAGCAGAAATTGTGTACTAACCA
*
6352 TCACGGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTGCA
451 TCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTGCA
* * *
6417 AGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACTAATTCTCAGCCAAATTGGATTTATTTATCTCCT
516 AGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACCAAATCTCAG-CAATTTGGATTTATTTATCT-CT
*
6482 TTTACGAGCATTTGAATCTTTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTC-AGAAAAAATATCGAA
579 TTTACGAGCATTTGAATCTTTTTCGATTTAATT-AAAATAAATTCGA-AAAAAATATCGGA
* * **
6542 AAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTCTTGACTTTGAATTATATGTTTTTTCAG
1 AAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTGGCTTTGAATTATA-AATTTTTCAG
* * * * *
6607 AGTGGTGTGG----ATA-GAGAAAAAAATTTTCGGGTAAATTTTTAGCAGAAATTGTGTACGT--
65 AGTAGTGTGGTTAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGGGTCAATTTTTAGCAGAAATCGTGTAC-TCC
* * *
6665 -T-ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTGTCGGAAG-CCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAT
129 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGG-GGCCCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG
* *
6727 AAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACCAAATCTCAGCCAATTTGGATTTGTTGATCTC
193 AAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACCAAATCTCAGACAATTTGGATTTATTGATCTC
*
6792 TTTTCACGAGCATTTGAATCTTTTTTGATTTAATTAAAAATAAATTCGGAAAAAATATCGAAAAA
258 TTTTCACGAGCATTTGAATCTTTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGGAAAAAATATCGAAAAA
6857 CGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTC-AGAG
323 CGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTCTA-AG
* * *
6921 TGGTGTGGCAAAAAT-TGAAAAAAA-TTTCGGGTAAATTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAA-CAT
387 TGGTGTGGGAAAAATAAGAAAAAAATTTTCGGGTAAATTTTTAGCAGAAATTGTGTACTAACCAT
6983 CACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTGCAA
452 CACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTGCAA
7048 GACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACCAAATCTCAGACAATTTGGATTTATTTATCTCTTT
517 GACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACCAAATCTCAG-CAATTTGGATTTATTTATCTCTTT
7113 TACGAGCATTTGAATCTTTTTCGATTTAATTAAAATAAATTCGAAAAAAATATCGGA
581 TACGAGCATTTGAATCTTTTTCGATTTAATTAAAATAAATTCGAAAAAAATATCGGA
*
7170 AAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTATTGGCTTTGAATTATAAATTATTTCAG
1 AAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTGGCTTTGAATTATAAATT-TTTCAG
** *
7235 AGTAGTGTGGCCAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGTGTCAATTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAAC
65 AGTAGTGTGGTTAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGGGTCAATTTTTAGCAGAAATCGTGTACT--C
* * * *
7300 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCTGGGCCCCAGCTAAGTTTTGCATGATTTTTTGCAG
128 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG
*
7365 CAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACCAAATCTCAGACAATTTGGATTTATTGATCTC
193 AAAGACTCCTTGAAATATCTATTTTCATATAACCAAATCTCAGACAATTTGGATTTATTGATCTC
* *
7430 TTTTTACGAGCATTTGAATC-TTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGCAAAAAAT
258 TTTTCACGAGCATTTGAATCTTTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGGAAAAAAT
Statistics
Matches: 1449, Mismatches: 90, Indels: 86
0.89 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
627 2 0.00
628 90 0.06
629 69 0.05
630 126 0.09
631 34 0.02
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638 270 0.19
640 2 0.00
644 1 0.00
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646 84 0.06
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (637 bp):
AAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTGGCTTTGAATTATAAATTTTTCAGA
GTAGTGTGGTTAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGGGTCAATTTTTAGCAGAAATCGTGTACTCCAT
CACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAA
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TCACGAGCATTTGAATCTTTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGGAAAAAATATCGAAAAACGA
TATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTCTAAGTGGT
GTGGGAAAAATAAGAAAAAAATTTTCGGGTAAATTTTTAGCAGAAATTGTGTACTAACCATCACG
GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTGCAAGACT
CCTTGAAATATCTATTTTCATATAACCAAATCTCAGCAATTTGGATTTATTTATCTCTTTTACGA
GCATTTGAATCTTTTTCGATTTAATTAAAATAAATTCGAAAAAAATATCGGA
Done.