Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014261.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14294, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 19275
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.16, T:0.32
Found at i:1355 original size:321 final size:320
Alignment explanation
Indices: 8--2861 Score: 3697
Period size: 321 Copynumber: 8.9 Consensus size: 320
1 CTATATT
* *
8 CATGATTTTTGGCAGGAAGACTCCTTGAAATATCTTTATGT-ATCGAACCAAATCTCAGCCACAG
1 CATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTAT-TCATCGAACCAAATCTCAGCCACAG
* * *
72 TGGATTTAAAGATTTGTTTTTTGAGCTTCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGA
65 CGGATTTAAGGATTTGTTTTTTGAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTC-A
* *
137 AAAAAAATTTAAAAACGATAATAGAGGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATATTA
129 AAAAAAATTTAAAAACGATAATAGAGGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATAATA
* * * *
202 TATTTTTTATGAGCATTGTGGTAGAAAATTGAGAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAA
194 TATTTTTTATGAGCATTGTGGTAAAAAATTGGGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAA
* * *
267 TTGTGGTAC--A-A---ACGGTTTTTTTGATAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTAAATTTTG
259 TCGT-GTACTAATACTCACGG-TTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTG
* * *
325 CATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCGAATCAAATATCAGGCACAGC
1 CATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAGC
*
390 GGATTTAAGGATTTGTTTTTTTGAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTC-G
66 GGATTTAAGGATTTG-TTTTTTGAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCAA
* ** * *
454 AAAAAATTTAAAAACGATAGTAGAGATGAGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATATTAT
130 AAAAAATTTAAAAACGATAATAGAGGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATAATAT
* * *
519 AATTTTTTATGAGCATTGTGGTAAAAAATTGTGAAAAAAAATTTCGGGTCAGCTTTTAGCTGAAA
195 -ATTTTTTATGAGCATTGTGGTAAAAAATTGGGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAA
* *
584 TTGTGTAC---TACTCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGTCCCGACTCAATTTTG
259 TCGTGTACTAATACTCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTG
* * * * * *
643 -ATTGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCGAAACAAATCTCAGCCATAT
1 CA-TGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAG
** * * * *
707 TAGACTTAAGGATTTGTTTTTATGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG
65 CGGATTTAAGGATTTGTTTTT-TGAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTC-
* * * * * * * *
772 GGGAAAAAAA-TGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTTGCGTTAAATT
128 --AAAAAAAATTTAAAAACGATAATAGAGGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATA
*
836 ATATATTTTTTATGAGCATTGTGGTAAAAAATTGGGAAAAAAAATTTT-GGGTCAGATTTTAGCT
191 ATATATTTTTTATGAGCATTGTGGTAAAAAATTGGG-AAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCT
* * * *
900 GAAATCGTATACTAATACTCACGGTTTTTTGCTAAAAACTCGTTTTGGGTCCCCGACTCAATTTT
255 GAAATCGTGTACTAATACTCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTT
965 G
320 G
* ** * * **
966 CATGTTTTTTGGCAGAAAGGTTCCTTAAAATATATTAATTCATCGAACCAAATCTCAGATACAGC
1 CATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAGC
* * *
1031 GGATTTAAGTATTTGTTTTTTGAGCATCTAAATCTT-TTTCAATTTAATTAAAAATTAATTCAAA
66 GGATTTAAGGATTTGTTTTTTGAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCAAA
*
1095 AAAAATTTAAAAAACGATAATAGAGGCGTGAAAAACGCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATAATAT
131 AAAAATTT-AAAAACGATAATAGAGGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATAATAT
* * * *
1160 ATTTTTTATGAGCATTATGGCAAAAATTTGGGAAAAAAATTTTCGGATCAGTTTTTAGCTGAAAT
195 ATTTTTTATGAGCATTGTGGTAAAAAATTGGGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAAT
* * *
1225 CGTGTACTAATACTCACGGTTTTATTGTTAAAAACGCGTTTCGGTGCCCCGACTCAACTTTG
260 CGTGTACTAATACTCACGGTTTT-TTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTG
* * * * *
1287 CATGATTTTTGACAGAAAGGCTCCATGAAATATATTTATTCATCGAATCAAATCTCAGGCACAGC
1 CATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAGC
* * *
1352 GGATTTAAGGATTTCTTTTTTTTTGAACATCAGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTC
66 GGATTTAAGGA--T-TTGTTTTTTGAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTC
* * * * *
1417 GAAAAAATTTTAAAAACGATAGTAGAGGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTCTTGGCGTTGAATATT
128 AAAAAAAATTTAAAAACGATAATAGAGGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATAAT
1482 ATATTTTTTATGAGCATTGTGGTAAAAAATTGGGAAAAAAA-TTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAA
193 ATATTTTTTATGAGCATTGTGGTAAAAAATTGGGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAA
* *
1546 ATCGTGTACTAATATTCACGGGTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTG
258 ATCGTGTACTAATACTCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTG
***
1609 CATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATTTTACCAAATCTCAGCCACAGC
1 CATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAGC
* * *
1674 GGATTTAAAGATTTGTTTTTTTGTGCATCTGAATCTTCTTTCAATTCAATTAGAAATTAATTCGA
66 GGATTTAAGGATTTG-TTTTTTGAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTC-A
*
1739 AGAAAAATTTAAAAACGATAATAGAGGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATAATA
129 AAAAAAATTTAAAAACGATAATAGAGGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATAATA
* * * * *
1804 TA-TTTTTATGAGCATTGTGGCAAAAATTTGGGAAAAAAATTTTTCGGGTTAGTTTTTAACCAGA
194 TATTTTTTATGAGCATTGTGGTAAAAAATTGGGAAAAAAA-TTTTCGGGTCAGTTTTT-AGCTGA
* * *
1868 AATCGTGTACTAATACTCACTGTTTTTTGCTAAAAACGTGTTTCGGCGCCCCGACTCAATTTTG
257 AATCGTGTACTAATACTCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTG
** *
1932 CATGATTTTTAACAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCGAACCAAGTCTCAGCCACAGC
1 CATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAGC
*
1997 GGATTTAAGGATTTGTTTCTTTGAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGA
66 GGATTTAAGGATTTGTTT-TTTGAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCAA
*
2062 AAAAAATTTAAAAACGATAATAGAGGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATAATAT
130 AAAAAATTTAAAAACGATAATAGAGGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATAATAT
*
2127 ATTTTTTATGAGCATTGTGGTAAAAAATTGGG-TAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAAT
195 ATTTTTTATGAGCATTGTGGTAAAAAATTGGGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAA-
*
2191 TCGTGTACTAATACTCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTGGGGCCCCGACTCAATTTTG
259 TCGTGTACTAATACTCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTG
** **
2253 CATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCGAACCAAATCTCAGGTACATT
1 CATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAGC
* * * * * * *
2318 GTACTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGA
66 GGATTTAAGGATTTGTTTTT-TGAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTC-A
* * ** * * * * *
2383 TAAAAAAA-TTGAAAACGATATTAGAAACGTGAAAACCCCTTCAATCTTTTTTGTCATTAAATTA
129 -AAAAAAATTTAAAAACGATAATAGAGGCGTGAAAAACCCTTCAATC-TTTTTGGCGTTGAATAA
* * * * * *
2447 TATTTTTTTTATGAGCACTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAATCTT-GGGATCAGTTTTTGGCT
192 TATATTTTTTATGAGCATTGTGGTAAAAAATTG-GGAAAAAAATTTTCGGG-TCAGTTTTTAGCT
* ** * * * *
2511 GAAATCGTGTACGAACCCTCACGGTTTTTTGGCTAAAAACCCGTTTTGGGGCCCCTACTCAGTTT
255 GAAATCGTGTACTAATACTCACGGTTTTTT-GCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTT
2576 TG
319 TG
* * * * * * *
2578 CATGATATTTGGCAGAAAAACTCCTTCAAATAT-TCATATTCATTGAGCCAAATCTCAG-CACAT
1 CATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATAT-TTATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAG
* * * * *
2641 TGGATTTAAGGATTTATTTTTTCGAACATCTAAATCTTCTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-A
65 CGGATTTAAGGATTTGTTTTTT-GAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCA
* ** * * *
2705 GGAAAAAAATTGAAAAACGATAATAGAAACGTG-AAAACTCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTA
129 --AAAAAAATTTAAAAACGATAATAGAGGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATAA
* * * * *
2769 TATA-TTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAAATTGTGAAAAAAAATTTTCGGGTCAATTTTTAGCC
192 TATATTTTTTATGAGCATTGTGG-TAAAAAATTG-GGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCT
* ** *
2833 GAAATCGTATACTAACCCTCATGGTTTTT
255 GAAATCGTGTACTAATACTCACGGTTTTT
2862 AGATAAAATC
Statistics
Matches: 2239, Mismatches: 250, Indels: 91
0.87 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
316 66 0.03
317 141 0.06
318 198 0.09
319 18 0.01
320 262 0.12
321 441 0.20
322 318 0.14
323 439 0.20
324 216 0.10
325 140 0.06
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (320 bp):
CATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAGC
GGATTTAAGGATTTGTTTTTTGAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCAAA
AAAAATTTAAAAACGATAATAGAGGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATAATATA
TTTTTTATGAGCATTGTGGTAAAAAATTGGGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAATC
GTGTACTAATACTCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTG
Found at i:1517 original size:644 final size:643
Alignment explanation
Indices: 8--2861 Score: 3777
Period size: 644 Copynumber: 4.4 Consensus size: 643
1 CTATATT
* *
8 CATGATTTTTGGCAGGAAGACTCCTTGAAATATCTTTATGT-ATCGAACCAAATCTCAGCCACAG
1 CATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTAT-TCATCGAACCAAATCTCAGCCACAG
* *
72 TGGATTTAAAGATTTG-TTTTTTGAGCTTCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCG
65 TGGATTTAAGGATTTGTTTTTTTGAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCG
*
136 AAAAAAAATTTAAAAACGATAATAGAGGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATATT
130 -AAAAAAATTTAAAAACGATAATAGAGGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATATT
* * * *
201 ATATTTTTTATGAGCATTGTGGTAGAAAATTGAGAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAA
194 ATATTTTTTATGAGCATTGTGGTAAAAAATTGGGAAAAAAAATTTTGGGTCAGTTTTTAGCTGAA
* * *
266 ATTGTGGTAC--A-A---ACGGTTTTTTTGATAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTAAATTTTG
259 ATCGT-GTACTAATACTCACGG-TTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTG
* *
325 CATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCGAATCAAATATCAGGCACAGC
322 CATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCGAACCAAATCTCAGGCACAGC
390 GGATTTAAGGATTTGTTTTTTTGAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCG-
387 GGATTTAAGGATTTGTTTTTTTGAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGA
* * * *
454 -AAAAAATTTAAAAACGATAGTAGAGATGAGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATATTA
452 AAAAAAATTTAAAAACGATAATAGAGACGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATAATA
* * * * *
518 TAATTTTTTATGAGCATTGTGGTAAAAAATTGTGAAAAAAAATTTCGGGTCAGCTTTTAGCTGAA
517 T-ATTTTTTATGAGCATTGTGGCAAAAAATTGGGAAAAAAATTTTCGGATCAGTTTTTAGCTGAA
* *
583 ATTGTGTAC---TACTCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGTCCCGACTCAATTTTG
581 ATCGTGTACTAATACTCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTG
* * * * * *
643 -ATTGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCGAAACAAATCTCAGCCATAT
1 CA-TGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAG
* * * * * *
707 TAGACTTAAGGATTTGTTTTTATGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG
65 TGGATTTAAGGATTTGTTTTTTTGAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTC-
* * * * * *
772 GGGAAAAAAA-TGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTTGCGTTAAAT-
129 --GAAAAAAATTTAAAAACGATAATAGAGGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATA
*
835 TATATATTTTTTATGAGCATTGTGGTAAAAAATTGGGAAAAAAAATTTTGGGTCAGATTTTAGCT
192 T-TATATTTTTTATGAGCATTGTGGTAAAAAATTGGGAAAAAAAATTTTGGGTCAGTTTTTAGCT
* * * *
900 GAAATCGTATACTAATACTCACGGTTTTTTGCTAAAAACTCGTTTTGGGTCCCCGACTCAATTTT
256 GAAATCGTGTACTAATACTCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTT
* ** * * **
965 GCATGTTTTTTGGCAGAAAGGTTCCTTAAAATATATTAATTCATCGAACCAAATCTCAGATACAG
321 GCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCGAACCAAATCTCAGGCACAG
* * *
1030 CGGATTTAAGTATTTG-TTTTTTGAGCATCTAAATCTT-TTTCAATTTAATTAAAAATTAATTC-
386 CGGATTTAAGGATTTGTTTTTTTGAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCG
* *
1092 AAAAAAAATTTAAAAAACGATAATAGAGGCGTGAAAAACGCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATAA
451 AAAAAAAATTT-AAAAACGATAATAGAGACGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATAA
* *
1157 TATATTTTTTATGAGCATTATGGCAAAAATTTGGGAAAAAAATTTTCGGATCAGTTTTTAGCTGA
515 TATATTTTTTATGAGCATTGTGGCAAAAAATTGGGAAAAAAATTTTCGGATCAGTTTTTAGCTGA
* * *
1222 AATCGTGTACTAATACTCACGGTTTTATTGTTAAAAACGCGTTTCGGTGCCCCGACTCAACTTTG
580 AATCGTGTACTAATACTCACGGTTTT-TTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTG
* * * * * *
1287 CATGATTTTTGACAGAAAGGCTCCATGAAATATATTTATTCATCGAATCAAATCTCAGGCACAGC
1 CATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAGT
* * *
1352 GGATTTAAGGATTTCTTTTTTTTTGAACATCAGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTC
66 GGATTTAAGGA-TT-TGTTTTTTTGAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTC
* * *
1417 GAAAAAATTTTAAAAACGATAGTAGAGGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTCTTGGCGTTGAATATT
129 GAAAAAAATTTAAAAACGATAATAGAGGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATATT
*
1482 ATATTTTTTATGAGCATTGTGGTAAAAAATTGGG-AAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAA
194 ATATTTTTTATGAGCATTGTGGTAAAAAATTGGGAAAAAAAATTTTGGGTCAGTTTTTAGCTGAA
* *
1546 ATCGTGTACTAATATTCACGGGTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCA
259 ATCGTGTACTAATACTCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCA
*** *
1611 TGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATTTTACCAAATCTCAGCCACAGCGG
324 TGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCGAACCAAATCTCAGGCACAGCGG
* * * *
1676 ATTTAAAGATTTGTTTTTTTGTGCATCTGAATCTTCTTTCAATTCAATTAGAAATTAATTCGAAG
389 ATTTAAGGATTTGTTTTTTTGAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGAAA
*
1741 AAAAATTTAAAAACGATAATAGAGGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATAATATA
454 AAAAATTTAAAAACGATAATAGAGACGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATAATATA
* * * * *
1806 -TTTTTATGAGCATTGTGGCAAAAATTTGGGAAAAAAATTTTTCGGGTTAGTTTTTAACCAGAAA
519 TTTTTTATGAGCATTGTGGCAAAAAATTGGGAAAAAAA-TTTTCGGATCAGTTTTT-AGCTGAAA
* * *
1870 TCGTGTACTAATACTCACTGTTTTTTGCTAAAAACGTGTTTCGGCGCCCCGACTCAATTTTG
582 TCGTGTACTAATACTCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTG
** * *
1932 CATGATTTTTAACAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCGAACCAAGTCTCAGCCACAGC
1 CATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAGT
*
1997 GGATTTAAGGATTTGTTTCTTTGAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGA
66 GGATTTAAGGATTTGTTTTTTTGAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGA
* *
2062 AAAAAATTTAAAAACGATAATAGAGGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATAATAT
131 AAAAAATTTAAAAACGATAATAGAGGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATATTAT
*
2127 ATTTTTTATGAGCATTGTGGTAAAAAATTGGG--TAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCTGAAA
196 ATTTTTTATGAGCATTGTGGTAAAAAATTGGGAAAAAAAATTTT-GGGTCAGTTTTTAGCTGAAA
*
2190 TTCGTGTACTAATACTCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTGGGGCCCCGACTCAATTTTGCA
260 -TCGTGTACTAATACTCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCA
* ** *
2255 TGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCGAACCAAATCTCAGGTACATTGT
324 TGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCGAACCAAATCTCAGGCACAGCGG
* * ** * * *
2320 ACTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGATA
389 ATTTAAGGATTTGTTTTTTTGAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGA-A
* * * * * * * *
2385 AAAAAA-TTGAAAACGATATTAGAAACGTGAAAACCCCTTCAATCTTTTTTGTCATTAAATTATA
453 AAAAAATTTAAAAACGATAATAGAGACGTGAAAAACCCTTCAATC-TTTTTGGCGTTGAATAATA
* * * * * *
2449 TTTTTTTTATGAGCACTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAAAAATCTTGGGATCAGTTTTTGGCTGAA
517 TATTTTTTATGAGCATTGTGGCAAAAAATTG-GGAAAAAAATTTTCGGATCAGTTTTTAGCTGAA
* ** * * * *
2514 ATCGTGTACGAACCCTCACGGTTTTTTGGCTAAAAACCCGTTTTGGGGCCCCTACTCAGTTTTG
581 ATCGTGTACTAATACTCACGGTTTTTT-GCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTG
* * * * * * *
2578 CATGATATTTGGCAGAAAAACTCCTTCAAATAT-TCATATTCATTGAGCCAAATCTCAG-CACAT
1 CATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATAT-TTATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAG
* * * * * *
2641 TGGATTTAAGGATTTATTTTTTCGAACATCTAAATCTTCTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTAG
65 TGGATTTAAGGATTTGTTTTTTTGAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATT-C
* ** * *
2706 GAAAAAAATTGAAAAACGATAATAGAAACGTG-AAAACTCTTCAATCTTTTTGGCTTTG-A-ATT
129 GAAAAAAATTTAAAAACGATAATAGAGGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATATT
* * * * *
2768 ATATATTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAAATTGTGAAAAAAAATTTTCGGGTCAATTTTTAGCC
194 ATAT-TTTTTATGAGCATTGTGG-TAAAAAATTGGGAAAAAAAATTTT-GGGTCAGTTTTTAGCT
* ** *
2833 GAAATCGTATACTAACCCTCATGGTTTTT
256 GAAATCGTGTACTAATACTCACGGTTTTT
2862 AGATAAAATC
Statistics
Matches: 1946, Mismatches: 230, Indels: 75
0.86 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
634 2 0.00
635 67 0.03
636 46 0.02
637 111 0.06
638 8 0.00
639 26 0.01
640 93 0.05
641 157 0.08
642 12 0.01
643 339 0.17
644 455 0.23
645 346 0.18
646 248 0.13
647 36 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (643 bp):
CATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAGT
GGATTTAAGGATTTGTTTTTTTGAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGA
AAAAAATTTAAAAACGATAATAGAGGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATATTAT
ATTTTTTATGAGCATTGTGGTAAAAAATTGGGAAAAAAAATTTTGGGTCAGTTTTTAGCTGAAAT
CGTGTACTAATACTCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTGCATG
ATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATATTTATTCATCGAACCAAATCTCAGGCACAGCGGAT
TTAAGGATTTGTTTTTTTGAGCATCTGAATCTTCTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAA
AAATTTAAAAACGATAATAGAGACGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATAATATATT
TTTTATGAGCATTGTGGCAAAAAATTGGGAAAAAAATTTTCGGATCAGTTTTTAGCTGAAATCGT
GTACTAATACTCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAATTTTG
Found at i:3287 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 3254--3290 Score: 56
Period size: 14 Copynumber: 2.6 Consensus size: 14
3244 TGAAAATGCC
3254 AAAAATGGAACGCA
1 AAAAATGGAACGCA
*
3268 AAAAATGGAATGCA
1 AAAAATGGAACGCA
3282 ACAAAATGG
1 A-AAAATGG
3291 GCCCATTGTA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 1
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
14 14 0.67
15 7 0.33
ACGTcount: A:0.57, C:0.11, G:0.22, T:0.11
Consensus pattern (14 bp):
AAAAATGGAACGCA
Found at i:4198 original size:13 final size:14
Alignment explanation
Indices: 4174--4203 Score: 53
Period size: 13 Copynumber: 2.2 Consensus size: 14
4164 AGCTAATGAC
4174 AAAGCTAAACACAT
1 AAAGCTAAACACAT
4188 AAAGC-AAACACAT
1 AAAGCTAAACACAT
4201 AAA
1 AAA
4204 TAAGCAAAAC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 1
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
13 11 0.69
14 5 0.31
ACGTcount: A:0.63, C:0.20, G:0.07, T:0.10
Consensus pattern (14 bp):
AAAGCTAAACACAT
Found at i:4362 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 4340--4373 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
4330 TGCGAAAACA
4340 CATTCCTTTACAAGGCT
1 CATTCCTTTACAAGGCT
*
4357 CATTCCTTTTCAAGGCT
1 CATTCCTTTACAAGGCT
4374 TAGCAAAACC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.29, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (17 bp):
CATTCCTTTACAAGGCT
Found at i:4604 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 4592--4620 Score: 58
Period size: 7 Copynumber: 4.1 Consensus size: 7
4582 CCATTCATTC
4592 ACAAACA
1 ACAAACA
4599 ACAAACA
1 ACAAACA
4606 ACAAACA
1 ACAAACA
4613 ACAAACA
1 ACAAACA
4620 A
1 A
4621 TTTGGGGTAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 22 1.00
ACGTcount: A:0.72, C:0.28, G:0.00, T:0.00
Consensus pattern (7 bp):
ACAAACA
Found at i:5161 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 5052--5546 Score: 850
Period size: 52 Copynumber: 9.4 Consensus size: 52
5042 TGTCACTATG
* * *
5052 CTAATTACTAATTTTTTTAAAATGTTTGGAGAGACAGCTCTCATCGGTCT-C
1 CTAATTACTAAATTTTTTAAAATGTTTGGAGGGACAGCCCTCATCGGTCTCC
5103 CTAATTACTAAATTTTTTAAAATGTTTGGAGGGACAGCCCTCATCGGTCTCC
1 CTAATTACTAAATTTTTTAAAATGTTTGGAGGGACAGCCCTCATCGGTCTCC
5155 CTAATTACTAAATTTTTT-AAATGTTTGGAGGGACAGCCCTCATCGGTCTCC
1 CTAATTACTAAATTTTTTAAAATGTTTGGAGGGACAGCCCTCATCGGTCTCC
5206 CTAATTACTAAATTTTTTAAAATGTTTGGAGGGACAGCCCTCATCGGTCTCC
1 CTAATTACTAAATTTTTTAAAATGTTTGGAGGGACAGCCCTCATCGGTCTCC
*
5258 CTAATTATTACTAAATTTTTTAAGATGTTTGGAGGGACAGCCCTCATCGGTCTCC
1 CT-A--ATTACTAAATTTTTTAAAATGTTTGGAGGGACAGCCCTCATCGGTCTCC
* *
5313 CTAATTATTACTAAATTTTTTAAGATGTTTGGAGGGACAGCCCTCATTGGTCTCC
1 CT-A--ATTACTAAATTTTTTAAAATGTTTGGAGGGACAGCCCTCATCGGTCTCC
5368 CTAATTACTAAATTTTTTAAAATGTTTGGAGGGACAGCCCTCATCGGTCTCC
1 CTAATTACTAAATTTTTTAAAATGTTTGGAGGGACAGCCCTCATCGGTCTCC
*
5420 CTAATTACTAAATTTTTTAAAATGTTTGGGGGGACAGCCCTCATCGGTCTCC
1 CTAATTACTAAATTTTTTAAAATGTTTGGAGGGACAGCCCTCATCGGTCTCC
*
5472 CTAATTACTAAATGTTTTAAAATGTTTGGAGGGACAGCCCTCATCGGTCTCC
1 CTAATTACTAAATTTTTTAAAATGTTTGGAGGGACAGCCCTCATCGGTCTCC
5524 CTAATTACTAAATTTTTTAAAAT
1 CTAATTACTAAATTTTTTAAAAT
5547 TTTTAAATTA
Statistics
Matches: 428, Mismatches: 11, Indels: 9
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
51 98 0.23
52 224 0.52
53 1 0.00
54 1 0.00
55 104 0.24
ACGTcount: A:0.27, C:0.20, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (52 bp):
CTAATTACTAAATTTTTTAAAATGTTTGGAGGGACAGCCCTCATCGGTCTCC
Found at i:11059 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 11038--11072 Score: 61
Period size: 16 Copynumber: 2.2 Consensus size: 16
11028 AATTTGTAAT
11038 TAAATTAAAAAATTGA
1 TAAATTAAAAAATTGA
*
11054 TAAATTAAATAATTGA
1 TAAATTAAAAAATTGA
11070 TAA
1 TAA
11073 CACTTGTAAC
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 18 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.06, T:0.34
Consensus pattern (16 bp):
TAAATTAAAAAATTGA
Found at i:11185 original size:14 final size:15
Alignment explanation
Indices: 11161--11189 Score: 51
Period size: 14 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
11151 ATTTTAATTG
11161 AATTGAATTTTTCTT
1 AATTGAATTTTTCTT
11176 AATT-AATTTTTCTT
1 AATTGAATTTTTCTT
11190 TTATATCTCG
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 1
0.93 0.00 0.07
Matches are distributed among these distances:
14 10 0.71
15 4 0.29
ACGTcount: A:0.28, C:0.07, G:0.03, T:0.62
Consensus pattern (15 bp):
AATTGAATTTTTCTT
Found at i:12179 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 12150--12189 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
12140 AATCTGAATA
*
12150 TGTAGGCTAACCGCTAATG
1 TGTAGGCTAAACGCTAATG
*
12169 TGTATGGCTAAATGCTAATG
1 TGTA-GGCTAAACGCTAATG
12189 T
1 T
12190 TTAGTTATAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
19 4 0.22
20 14 0.78
ACGTcount: A:0.28, C:0.15, G:0.25, T:0.33
Consensus pattern (19 bp):
TGTAGGCTAAACGCTAATG
Done.