Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014335.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14368, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6371
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Found at i:1967 original size:334 final size:329
Alignment explanation
Indices: 20--2166 Score: 1714
Period size: 334 Copynumber: 6.5 Consensus size: 329
10 GTCTTGGCGC
* * * *
20 CAAAAATCATGCAAAACCT-AGCCGGGGCCCCGGAACGCTTTTTTTAGCCAAAAACCGTTATGAT
1 CAAAAATCATGCAAAA-TTGAGCCGGGGCCCCGGAACGC-GTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGAT
* * * ** *
84 TATTATACGATTTCGGCTAGAATTTTACAAAAATTGACTCA-AAAGTTATTTTCTCAATTTTTAT
64 TATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-TCAGAAAAATATTTCCTCAATTTTTA-
*** * * *
148 CCGCAATACTCATAAAAATTATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGG-GTTTTCCATAC-TTC
127 CTAAAATACTCATAAAAA-TATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTT-C--ACGTTT
* * * *
211 TAATATCGTTTTTCCTATTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGC
188 TAATATCGTTTTTCATATTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGC
* *** * * *
276 TTGT-TTTACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTT-AGTTGGATGAATATAGATATTTGA
253 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGA-TTAGATGAATAT-GAAATTTCA
*** *
339 AGGACACTCGGCG-
316 AGGAGTGTCGGAGA
* * * * *
352 CAAAAAATCATGC--AA---A-CCGTGGTCCTGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATTTCG
1 C-AAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGA--T-G
* * * * * *
411 ACTAACATACACGATTTCGGCTAATATTTTGCAAAAATTGA-CGAGAAATATTTTTCCTCAATAT
62 A-TTA-TTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATC-AGAAAAATATTTCCTCAATTT
* * * ** * * *
475 TTATTTAAAATATTCATAAGATATATATAATTCAACTTCAAAAA-ATTGGAGGACTTTTCTCATT
124 TTA-CTAAAATACTCATAA-AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCAC-GT
**
539 TTTAATATCGTTTTTCATA--TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAT
186 TTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAT
* * ** * *
602 GCACATAAAAACAAATCCTTAAAGGCAATGTGGCTGAGATTT-A--ATAT-AA-AT---ATTTCG
251 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGAAATTTCA
*
659 AGGAGTCTC-GACGTA
316 AGGAGTGTCGGA-G-A
* * ** *
674 -AAAAATCATACAAAACTGATTCGGGGCCCC-GAAGCGCGTTTTTAGCCAAAAAAAAAATCGTGA
1 CAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCCCCGGAA-CGCGTTTTTAGCC----AAAAACT-GTGA
* * * *
737 TTG-TTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCAGAAATATA-TTCTCTCAATT
60 -TGATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCAGAAAAATATTTC-CTCAATT
* * * * * ** *
800 TTTAGCCACAATGCTCATAAAAAAAATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACAC
123 TTTA-CTAAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCAC-G
* *
865 TTTTAATATCGTTTTTTC-TATTTATTTT-CGAATTAATTTCTAATTAAAAT-GAAACATGATTC
185 TTTTAATATCG-TTTTTCATATTT-TTTTCCAAATTAATTTCTAATT-AAATCGAAACAAGATTC
* * ** ** * * *
927 AGATGTTTGTAAAAAC-AATGGTT--A--GGAT-T--C-G-G-TTAGA-TAAAT--ATA-GATAT
247 AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGAAAT
* * * *
977 TTCAAGGAGTCTCCGCGC
312 TTCAAGGAGTGTCGGAGA
* * * *
995 CAAAAATCGCT-CAAAATTGAACC-GGGCCCCGGAAGGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGATT
1 CAAAAATC-ATGCAAAATTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATT
* * * * * * *
1058 ATTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAGATATCTCCTCAATTTTTAGTC
65 ATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCAGAAAAATATTTCCTCAATTTTTACT-
* * *
1123 ATAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAATATTGAAGGACTTTTCACACTTTTAAT
129 AAAATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCAC-GTTTTAAT
* ** * *
1188 ATCGTTTTTCATA-TATTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGT
192 ATCGTTTTTCATATTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT
* * * *
1252 AAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTAAGATTTTATTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
257 AAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAT-GAAATTTCAAGGAG
*
1317 TGTCGGTGA
321 TGTCGGAGA
* * * * * * *
1326 AAAAAACCATGAAAAATTGAGCCGGGGCCCCGAAACGCATTTTTAGCAAAAAAAACTGTGAT-AA
1 CAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGC--CAAAAACTGTGATGAT
* * * * * * * * *
1390 CA-TACACGATTTTGGCTAAAACTTTGCAAAAAAAATT-ACCCGAAAAGTTTTTCCCCTATTTCT
64 TATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC---AAAAATTGATCAGAAAAATATTTCCTCAATTT-T
* * * *
1453 GGA-TAAAATACTCATAAAATATATATAATTTATA-GCCAAAAAGGTTGGAGGACTTTTCACGCT
125 -TACTAAAATACTCATAAAA-ATATATAATTCA-ACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACG-T
* * * *
1516 TTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCT-GAAA-TAATTTCTAATTATATCGAAACAAAATTCAGAT
186 TTTAATATCGTTTTTCATATTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAT
* * * *
1579 GCTTGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGATTAGATGAATATGGAAATCTC
251 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAT-GAAATTTC
* * *
1644 AAGGAGTGTTGGCGT
315 AAGGAGTGTCGGAGA
* * * *
1659 CAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCAGAACGCTTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTA
1 CAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTA
* * * *
1724 TTACACGATTTTGGCTAAAATTTTGTAAAAATTTATTAGAAAAATATTTCCTCAATTTTTGACTA
66 TTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCAGAAAAATATTTCCTCAATTTTT-ACTA
* * * * *
1789 ATATACTCATAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTGACGTTTCCAATAT
130 AAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGTTT-TAATAT
* * *
1854 CGTCTTTTTCCTATTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAAACGAAACAAGATTCATATGCTCGT
194 CG--TTTTTCATATTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT
* * *
1919 AAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATAAATATTTCAAGTAG
257 AAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGAA-ATTTCAAGGAG
* * *
1984 TCTCGAAGC
321 TGTCGGAGA
* * *
1993 CAAAAATCATACAAAATTGAGTCGGGTCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTT
1 CAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGAT-G---
* * * *
2058 GTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CACAAAGGAT-TTCTCCTCAATTTT
62 ATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCAGAAA-AATATT-TCCTCAATTTT
*
2121 TAGCTAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGTCAAAAAGATT
125 TA-CTAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATT
2167 TAATATCATA
Statistics
Matches: 1469, Mismatches: 245, Indels: 196
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
314 8 0.01
315 48 0.03
316 128 0.09
317 7 0.00
318 3 0.00
319 4 0.00
320 29 0.02
321 21 0.01
322 36 0.02
323 4 0.00
324 4 0.00
325 10 0.01
326 121 0.08
327 49 0.03
328 58 0.04
329 82 0.06
330 95 0.06
331 166 0.11
332 59 0.04
333 182 0.12
334 243 0.17
335 15 0.01
336 1 0.00
337 7 0.00
338 89 0.06
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (329 bp):
CAAAAATCATGCAAAATTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGATTA
TTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCAGAAAAATATTTCCTCAATTTTTACTAA
AATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTTCACGTTTTAATATCG
TTTTTCATATTTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAA
ACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATATGAAATTTCAAGGAGTGTCG
GAGA
Found at i:2265 original size:91 final size:91
Alignment explanation
Indices: 2110--2293 Score: 368
Period size: 91 Copynumber: 2.0 Consensus size: 91
2100 AAAGGATTTC
2110 TCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGTCAAAAAGATTTAATATCA
1 TCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGTCAAAAAGATTTAATATCA
2175 TATTTCTTATTTTTTCTAAATTAATT
66 TATTTCTTATTTTTTCTAAATTAATT
2201 TCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGTCAAAAAGATTTAATATCA
1 TCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGTCAAAAAGATTTAATATCA
2266 TATTTCTTATTTTTTCTAAATTAATT
66 TATTTCTTATTTTTTCTAAATTAATT
2292 TC
1 TC
2294 TAATCAAATC
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
91 93 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.03, T:0.43
Consensus pattern (91 bp):
TCCTCAATTTTTAGCTAAAATACTCATAAAAATATATAATTCAACGTCAAAAAGATTTAATATCA
TATTTCTTATTTTTTCTAAATTAATT
Found at i:3865 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 3848--3872 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 2.1 Consensus size: 12
3838 AATATCACCC
3848 CTTTAACAAAAT
1 CTTTAACAAAAT
3860 CTTTAACAAAAT
1 CTTTAACAAAAT
3872 C
1 C
3873 ACACACATTC
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 13 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.20, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (12 bp):
CTTTAACAAAAT
Done.