Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014339.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14372, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3591
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Found at i:1319 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 1--1889 Score: 2308
Period size: 332 Copynumber: 5.7 Consensus size: 331
* *
1 TTTCCAATTTTTTCTTAATTAATTTTGAATTAAATAGAAACATGATAC-AATGCTCGTAAAAACA
1 TTTCCAATTTTTTCTGAATTAATTTAGAATTAAATAGAAACATGATACAAATGCTCGTAAAAACA
* *
65 AATCCTTAAAATCCAAAGTGACTGAGATTTGGTCAGATGAATATAAATATTTCAAGGAGTCTTTG
66 AATCCTT-AAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTCAGATGAATATAAATATTTCAAGGAGTCTTCG
* * ** *
130 TGCAAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGTGTCC-CGAAACGTGTTTTTAGCTTAAGGCAATGATG
130 TGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGTGTCCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAAAC-GTGATG
** *
194 G--A--ATACGATTTTTGCTAAAATTTTACAAAAATTGATCCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTTG
194 GAAAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTTG
* * * * *
255 GCGACAACTCTCATAAAATATATATAATTCAAAGCCGAAAAGATT-AAGGGTTTTTCACGCTTCT
259 GCCACAATTCTCATAAAA-ATATATAATTCAAAGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTCT
319 AATATCGTT
323 AATATCGTT
* * * *
328 TTTCCAATTTTTTTCTGAATTAATTTCA-AATAAAATCGAAACATGATTCAAATGGTCGTAAAAA
1 TTTCCAA-TTTTTTCTGAATTAATTT-AGAATTAAATAGAAACATGATACAAATGCTCGTAAAAA
* * * ** * *
392 CATATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAAAAATTTAAATATTTCAAGAAGTCTTC
64 CAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTCAGATGAATATAAATATTTCAAGGAGTCTTC
* * * * * *
457 TTGCCAAAAATCATTCAAAACTGAGTCGGGGT-CTCGAAATGCTTTTTTAGCTTAAAACTGTGAT
129 GTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGTGTCCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAAAC-GTGAT
* * ** * *
521 GGAAAGTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGC-TTAATTGAT-CTGAAAGAGTTTTCCTCAATTTT
193 GGAAAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGGAAA-ATTTTTCCTCAATTTT
* *
584 TGGCCACAATTCTCTTAAAAAAATATAATTCAAAGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTC
257 TGGCCACAATTCTCATAAAAATATATAATTCAAAGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTC
649 TAATATCGTT
322 TAATATCGTT
* * * * *
659 TTTCTAATTTTTTCTGAATTATTTTCGAATTAAATAGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACA
1 TTTCCAATTTTTTCTGAATTAATTTAGAATTAAATAGAAACATGATACAAATGCTCGTAAAAACA
* *
724 AATCC---AA--C--A-TGGCTGAGATTTGGTCAGATGAATATAGATAGTTCAAGGAGTCTTCGT
66 AATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTCAGATGAATATAAATATTTCAAGGAGTCTTCGT
* * *
781 GCTAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGG-GGCCTCGAAACGCGTTTTTAGATTAAAATCGTGAT-G
131 GCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGTGTCCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAAA-CGTGATGG
* * *
844 ---GTATTCGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTTGG
195 AAAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTTGG
** * * * * * * * *
906 AAACAATTCGCAAAGAAAATATATAATTCAAAGACAACAAGCTTAAAAGGTTCTTCAGGCTTTTA
260 CCACAATTCTCATA-AAAATATATAATTCAAAGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTCTA
971 ATATCGTT
324 ATATCGTT
* *
979 TTTCCAATTTTTTCTTAATTAATTTAGAATTAAATAGAAACATGACACAAATGCTCGTAAAAACA
1 TTTCCAATTTTTTCTGAATTAATTTAGAATTAAATAGAAACATGATACAAATGCTCGTAAAAACA
* *
1044 AATCCTTCAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAAATATTTCAAGGAGTCATT-G
66 AATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTCAGATGAATATAAATATTTCAAGGAGTC-TTCG
* *
1108 TGCAAAAAATCATGCAAAACTAAGTCGGTGTCCT-GAAACGTGTTTTTAGCTTAAAACAGTGATG
130 TGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGTGTCCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAAAC-GTGATG
* ** *
1172 GAAAGTATACAATTTCTACTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCTGAAAATTTTTCCTCAATTTTTG
194 GAAAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTTG
* * *
1237 GCCACAACTCTCATAAAATATATATAATTCAAAGTCAAAAAGATTGAAGGGTTTTCCAGGCTTCT
259 GCCACAATTCTCATAAAA-ATATATAATTCAAAGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTCT
*
1302 AATATTGTT
323 AATATCGTT
* * * * * * *
1311 TTTCCAATTTTTTCTGAATCAATTTCA-AATAAAATCGAAACATGATTCAGATGGTCGTAAAAAT
1 TTTCCAATTTTTTCTGAATTAATTT-AGAATTAAATAGAAACATGATACAAATGCTCGTAAAAAC
* * * * * *
1375 AAATCCTTAAATCCAATGTGGCTTAGATTTGGTTAGATAAATATAAATATTTCAAGAAGTCTTCT
65 AAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTCAGATGAATATAAATATTTCAAGGAGTCTTCG
*
1440 TGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGG-GGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAAATCGTGATG
130 TGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGTGTCCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAAA-CGTGATG
* ** * * *
1504 GATAGTGCACTATTTCGGCTAAAGTTCTGCAAAAATTGATCCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTTG
194 GAAAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTTG
** * ** * *
1569 GCCACAATTCTCATAGGCAATATATAATTCAAGGA-AAGAAATCTTGAAGGGTTTTTCAGGATTT
259 GCCACAATTCTCATA-AAAATATATAATTCAAAGACAA-AAAGATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTC
**
1633 TAATATATTT
322 TAATATCGTT
**
1643 TTTCCAATTTTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATAGAAACATGATACAAATGCTCGTAAAAAC
1 TTTCCAA-TTTTTTCTGAATTAATTTAGAATTAAATAGAAACATGATACAAATGCTCGTAAAAAC
* * * *
1708 AAAACATTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTCAGATGAATATAAATATTTCAAGGATTTTTCG
65 AAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTCAGATGAATATAAATATTTCAAGGAGTCTTCG
* * * *
1773 TGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCTGTGT-CTCAAAACGCGTTTTTAGCTTAAAGTCTTGATG
130 TGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGTGTCCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAA-ACGTGATG
* * * *
1837 GAAAGTATACGATTTCAGCTAACATTCTACAAAAATTGATCCGGAAAATTTTT
194 GAAAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGGAAAATTTTT
1890 GGCACAAATC
Statistics
Matches: 1327, Mismatches: 193, Indels: 78
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
318 22 0.02
319 33 0.02
320 119 0.09
321 2 0.00
322 92 0.07
323 3 0.00
325 2 0.00
327 12 0.01
328 227 0.17
329 28 0.02
330 84 0.06
331 83 0.06
332 412 0.31
333 207 0.16
334 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (331 bp):
TTTCCAATTTTTTCTGAATTAATTTAGAATTAAATAGAAACATGATACAAATGCTCGTAAAAACA
AATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTCAGATGAATATAAATATTTCAAGGAGTCTTCGT
GCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGTGTCCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAAACGTGATGGA
AAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGC
CACAATTCTCATAAAAATATATAATTCAAAGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTCTAAT
ATCGTT
Found at i:3002 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 1930--3584 Score: 1967
Period size: 332 Copynumber: 5.0 Consensus size: 331
1920 AAAGCCACAA
* * *
1930 AAATTTGATCAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCGT-TCCAAAAACCATGCAAAACTGA
1 AAATTTGGTCAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTCGTGT-CAAAAATCATGCAAAACTGA
* * * ** * *
1994 GCCAGGGCCT-AGAAACGCGTTTTTTGCTTAAAACTGTGATGAAAAAAGTACACGATTTCGACTT
65 GTCAGGGCTTCA-AAACGCGTTTTTAGCTTAAAACCATGATG--AAAAGTACACGATTTCGGCTA
* * * * * *
2058 AAATTTTACAAAAATCGATTCGGAAAA-TTTT--TCACTTTTTGGCGAAAATTCTCATA-AAAGT
127 AAATTTTGCAAAAATTGATTCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATTCTCATAGAAAAT
* *
2119 ATATAATTCAAAGACAAAACGATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTT
192 ATATAATTCAAAGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTTTAATATCGTTTTTCCAATTTTT
* * *
2184 TCTGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATTCAGATGCTCATACAAACAAATCCTTAAATC
257 TCTGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAA-A
2249 CAAAGTGGCTG
321 CAAAGTGGCTG
* * *
2260 AGATTTGGTCAGATGAATATAAATATTTCAAGGAGTCTTT-GTG-CAAAAAATCATGCAAAACTA
1 AAATTTGGTCAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGT-TTTCGTGTC-AAAAATCATGCAAAACTG
* * * * * *
2323 AGTC-GGTG-TCCCGAAACGTGTTTTTAGCTT-AAAGCAGTGATGGAAAGTATACGATTTCGGCT
64 AGTCAGG-GCT-TCAAAACGCGTTTTTAGCTTAAAACCA-TGATGAAAAGTACACGATTTCGGCT
* * * * *
2385 AAAAGTTTGCAAAAATTGATCCGGAAAGTTTTTCCTCAA-TTTTGGCCACAATTCTCATAGACAT
126 AAAATTTTGCAAAAATTGATTCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATTCTCATAGAAAA
* * * * *
2449 TATGTAATTCAAAGCCAAAAAAGCTTGAAGGGTTTTCCACG-TTTCTAATATCGTTTTTCCAATT
191 TATATAATTCAAAGAC-AAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTT-TAATATCGTTTTTCCAATT
* * * * * * *
2513 TTTTCTGAATCAATTTTGAATTAAATAGAAACATGATACAAATGCTCGT-AAACCAAAACATTAA
254 TTTTCTGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
*
2577 ATCCAAAGTGGCTG
319 A-ACAAAGTGGCTG
* *
2591 AGATTTGGTCAGATGAATATAAATATTTCAAGGA-TTCTTCGTG-CAAAAAATCATGCAAAACTG
1 AAATTTGGTCAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTT-TTCGTGTC-AAAAATCATGCAAAACTG
* * * *
2654 AGTCTGTG-TCTCAAAACGCGTTTTTAGCTTAAAACCATGATGAAAAAGTACATGATTTCGACTA
64 AGTCAGGGCT-TCAAAACGCGTTTTTAGCTTAAAACCATGATG-AAAAGTACACGATTTCGGCTA
* * * * *
2718 AAATTTTGCAAAAATTGATTCGGAAAATTTTTCCTCACTTTTTGTCCAAAATACTCA-AAAAAAT
127 AAATTTTGCAAAAATTGATTCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATTCTCATAGAAAAT
* * * * * *
2782 ATATAATTTAAAGACAAAAAGATTGAATGGCTATT-AGGGCTTTTAATATTGTTTTCCCAATTTT
192 ATATAATTCAAAGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCA-GGCTTTTAATATCGTTTTTCCAATTTT
* * *
2846 TTCTGAATTAATTTCGAATTAAGTAGAAACATGATTCAGATGCTTGTAAAAATAAATCCTTAAAA
256 TTCTGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAA
*
2911 CAAGAGTGGCTT
321 CAA-AGTGGCTG
* *
2923 AAATTTGGTCAGATAAATATAGATATTTTGAAGGAGTTTTCGTGTCAAAAATCATGCAAAACTGA
1 AAATTTGGTCAGATGAATATAGATA-TTTCAAGGAGTTTTCGTGTCAAAAATCATGCAAAACTGA
* * **
2988 GTC-GGGCTTCAAAACGTGTTTTTAGCTTAAAACC-TTATGTATCAGTACACGATTTCGGCTAAA
65 GTCAGGGCTTCAAAACGCGTTTTTAGCTTAAAACCATGATG-AAAAGTACACGATTTCGGCTAAA
*
3051 ATTTTGCAAAAATTGA-TCTGGAAAATTTTTCTTCAATTTTTGGCCACAATTCTCATAGAAAATA
129 ATTTTGCAAAAATTGATTC-GGAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATTCTCATAGAAAATA
* * * *
3115 TATAATTCAAAGACAAAAA-ACATGAAAGGTTTTTCAGGCCTTTAATACCGTTTTTCCAATTTTT
193 TATAATTCAAAGACAAAAAGA-TTGAAGGGTTTTTCAGGCTTTTAATATCGTTTTTCCAATTTTT
3179 TCTGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAAC
257 TCTGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAAC
*
3244 AAAAGTGGCTT
322 -AAAGTGGCTG
* *
3255 AAATTTGGTCAGATAAATATAGATATTTTGAAGGA-TTCTTCGTGTCAAAAATCATGCAAAACTG
1 AAATTTGGTCAGATGAATATAGATA-TTTCAAGGAGTT-TTCGTGTCAAAAATCATGCAAAACTG
* * * * * *
3319 AGTCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAAACCGTGATGGATAGTGACACGATTTCGGCTAA
64 AGTCAGGGCTTCAAAACGCGTTTTTAGCTTAAAACCATGATGAAAAGT-ACACGATTTCGGCTAA
*
3384 AA-TTTGC-AAAATTGATCCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATTCTCATAGAAAATA
128 AATTTTGCAAAAATTGATTCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATTCTCATAGAAAATA
* * *
3447 TATAATTCAAAGAAAAAAAGGTTCAAGGGTTTTTTCAGGCTTTTAATATCGTTTTTCCAATTTTT
193 TATAATTCAAAGACAAAAAGATTGAAGGG-TTTTTCAGGCTTTTAATATCGTTTTTCCAA-TTTT
* ** * * * *
3512 TTCTGAATTAATTTTGAATTAAATAGAAACATGACACAAATGCTCGTAAAATCAAAACCATAAAA
256 TTCTGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAA
3577 CAAAGTGG
321 CAAAGTGG
3585 TTGAGAT
Statistics
Matches: 1144, Mismatches: 141, Indels: 77
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
328 39 0.03
329 11 0.01
330 99 0.09
331 285 0.25
332 495 0.43
333 127 0.11
334 88 0.08
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (331 bp):
AAATTTGGTCAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTCGTGTCAAAAATCATGCAAAACTGAG
TCAGGGCTTCAAAACGCGTTTTTAGCTTAAAACCATGATGAAAAGTACACGATTTCGGCTAAAAT
TTTGCAAAAATTGATTCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATTCTCATAGAAAATATAT
AATTCAAAGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTTTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTCTG
AATTAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAACAAAG
TGGCTG
Found at i:3202 original size:663 final size:662
Alignment explanation
Indices: 1930--3584 Score: 2156
Period size: 663 Copynumber: 2.5 Consensus size: 662
1920 AAAGCCACAA
* * * *
1930 AAATTTGATCAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCGTTCCAAAAACCATGCAAAACTGAG
1 AAATTTGGTCAGATGAATATAGATATTTCAAGGATTCTTCG-TGCAAAAATCATGCAAAACTGAG
* * * *
1995 CCAGGGCCT-AGAAACGCGTTTTTTGCTTAAAACTGTGATGAAAAAAGTACACGATTTCGACTTA
65 TCAGGGCCTCA-AAACGCGTTTTTAGCTTAAAACCGTGATG-AAAAAGTACACGATTTCGACTAA
* * * * *
2059 AATTTTACAAAAATCGATTCGGAAAA-TTTT--TCACTTTTTGGCGAAAATTCTCATAAAAGTAT
128 AATTTTGCAAAAATTGATTCGGAAAATTTTTCCTCACTTTTTGGCCAAAATTCTCAAAAAAATAT
* *
2121 ATAATTCAAAGACAAAACGATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTC
193 ATAATTCAAAGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTTTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTC
* * * *
2186 TGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATTCAGATGCTCATACAAACAAATCCTTAAATCCA
258 TGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAA-ACA
* *
2251 AAGTGGCTGAGATTTGGTCAGATGAATATAAATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCAAAAAATCATGC
322 AAGTGGCTGAAATTTGGTCAGATAAATATAAATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCAAAAAATCATGC
* * * *
2316 AAAACTAAGTCGGTGTCCCGAAACGTGTTTTTAGCTTAAAGCAGTGATGGAAAGTATACGATTTC
387 AAAACTAAGTCGGTGTCCCAAAACGTGTTTTTAGCTTAAAACACTGATGGAAAGTACACGATTTC
*
2381 GGCTAAAAGTTTGCAAAAATTGATCCGGAAAGTTTTTCCTCAATTTTGGCCACAATTCTCATAGA
452 GGCTAAAAGTTTGCAAAAATTGATCCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTGGCCACAATTCTCATAGA
* * * * * * * *
2446 CATTATGTAATTCAAAGCCAAAAAAGCTTGAAGGGTTTTCCACGTTTCTAATATCGTTTTTCCAA
517 AAATATATAATTCAAAGACAAAAAAGCATGAAAGGTTTTCCACGCTTCTAATACCGTTTTTCCAA
* *
2511 TTTTTTCTGAATCAATTTTGAATTAAATAGAAACATGATACAAATGCTCGT-AAACCAAAACATT
582 TTTTTTCTGAATCAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATACAAATGCTCGTAAAAACAAAACATT
* *
2575 AAATCCAAAGTGGCTG
647 AAAACAAAAGTGGCTG
* *
2591 AGATTTGGTCAGATGAATATAAATATTTCAAGGATTCTTCGTGCAAAAAATCATGCAAAACTGAG
1 AAATTTGGTCAGATGAATATAGATATTTCAAGGATTCTTCGTGC-AAAAATCATGCAAAACTGAG
* * * * *
2656 TCTGTGTCTCAAAACGCGTTTTTAGCTTAAAACCATGATGAAAAAGTACATGATTTCGACTAAAA
65 TCAGGGCCTCAAAACGCGTTTTTAGCTTAAAACCGTGATGAAAAAGTACACGATTTCGACTAAAA
* *
2721 TTTTGCAAAAATTGATTCGGAAAATTTTTCCTCACTTTTTGTCCAAAATACTCAAAAAAATATAT
130 TTTTGCAAAAATTGATTCGGAAAATTTTTCCTCACTTTTTGGCCAAAATTCTCAAAAAAATATAT
* * * * * *
2786 AATTTAAAGACAAAAAGATTGAATGGCTATT-AGGGCTTTTAATATTGTTTTCCCAATTTTTTCT
195 AATTCAAAGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCA-GGCTTTTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTCT
* *
2850 GAATTAATTTCGAATTAAGTAGAAACATGATTCAGATGCTTGTAAAAATAAATCCTTAAAACAAG
259 GAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAAACAA-
* * *
2915 AGTGGCTTAAATTTGGTCAGATAAATATAGATATTTTGAAGGAGT-TTTCGTGTC-AAAAATCAT
323 AGTGGCTGAAATTTGGTCAGATAAATATAAATA-TTTCAAGGAGTCTTT-GTG-CAAAAAATCAT
* * * * *
2978 GCAAAACTGAGTCGG-G-CTTCAAAACGTGTTTTTAGCTTAAAAC-CTTATGTATCAGTACACGA
385 GCAAAACTAAGTCGGTGTC-CCAAAACGTGTTTTTAGCTTAAAACACTGATGGA-AAGTACACGA
* * *
3040 TTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGATCTGGAAAATTTTTCTTCAATTTTTGGCCACAATTCTC
448 TTTCGGCTAAAAGTTTGCAAAAATTGATCCGGAAAATTTTTCCTCAA-TTTTGGCCACAATTCTC
* *
3105 ATAGAAAATATATAATTCAAAGACAAAAAA-CATGAAAGGTTTTTCAGGCCTT-TAATACCGTTT
512 ATAGAAAATATATAATTCAAAGACAAAAAAGCATGAAAGGTTTTCCACG-CTTCTAATACCGTTT
* * *
3168 TTCCAATTTTTTCTGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAA
576 TTCCAATTTTTTCTGAATCAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATACAAATGCTCGTAAAAACAA
* * *
3233 ATCCTTAAAACAAAAGTGGCTT
641 AACATTAAAACAAAAGTGGCTG
* *
3255 AAATTTGGTCAGATAAATATAGATATTTTGAAGGATTCTTCGTGTCAAAAATCATGCAAAACTGA
1 AAATTTGGTCAGATGAATATAGATA-TTTCAAGGATTCTTCGTG-CAAAAATCATGCAAAACTGA
* * * * *
3320 GTCGGGGCCTCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAAACCGTGATG-GATAGTGACACGATTTCGGCTAA
64 GTCAGGGCCTCAAAACGCGTTTTTAGCTTAAAACCGTGATGAAAAAGT-ACACGATTTCGACTAA
* * * *
3384 AA-TTTGC-AAAATTGATCCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATTCTCATAGAAAATA
128 AATTTTGCAAAAATTGATTCGGAAAATTTTTCCTCACTTTTTGGCCAAAATTCTCA-AAAAAATA
* * *
3447 TATAATTCAAAGAAAAAAAGGTTCAAGGGTTTTTTCAGGCTTTTAATATCGTTTTTCCAATTTTT
192 TATAATTCAAAGACAAAAAGATTGAAGGG-TTTTTCAGGCTTTTAATATCGTTTTTCCAA-TTTT
* ** * * *
3512 TTCTGAATTAATTTTGAATTAAATAGAAACATGACACAAATGCTCGT-AAAATCAAAACCATAAA
255 TTCTGAATTAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAAT-AAATCCTTAAA
3576 ACAAAGTGG
319 ACAAAGTGG
3585 TTGAGAT
Statistics
Matches: 861, Mismatches: 110, Indels: 42
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
660 47 0.05
661 91 0.11
662 11 0.01
663 363 0.42
664 166 0.19
665 123 0.14
666 60 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (662 bp):
AAATTTGGTCAGATGAATATAGATATTTCAAGGATTCTTCGTGCAAAAATCATGCAAAACTGAGT
CAGGGCCTCAAAACGCGTTTTTAGCTTAAAACCGTGATGAAAAAGTACACGATTTCGACTAAAAT
TTTGCAAAAATTGATTCGGAAAATTTTTCCTCACTTTTTGGCCAAAATTCTCAAAAAAATATATA
ATTCAAAGACAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCAGGCTTTTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTCTGA
ATTAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAAACAAAGT
GGCTGAAATTTGGTCAGATAAATATAAATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCAAAAAATCATGCAAAA
CTAAGTCGGTGTCCCAAAACGTGTTTTTAGCTTAAAACACTGATGGAAAGTACACGATTTCGGCT
AAAAGTTTGCAAAAATTGATCCGGAAAATTTTTCCTCAATTTTGGCCACAATTCTCATAGAAAAT
ATATAATTCAAAGACAAAAAAGCATGAAAGGTTTTCCACGCTTCTAATACCGTTTTTCCAATTTT
TTCTGAATCAATTTCGAATTAAATAGAAACATGATACAAATGCTCGTAAAAACAAAACATTAAAA
CAAAAGTGGCTG
Done.