Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01001435.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig01435, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1800
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.10, T:0.41


Found at i:1073 original size:110 final size:111

Alignment explanation


    Indices: 926--1147  Score: 437
    Period size: 110  Copynumber: 2.0  Consensus size: 111

        916 AACCTTGACC

                                                                             
        926 TGAAATATCTAAATTACCCTTTTTAATTTAAAATATTAAATTAAATTTTTAAGATTCAATATGTA
          1 TGAAATATCTAAATTACCCTTTTTAATTTAAAATATTAAATTAAATTTTTAAGATTCAATATGTA

                                                          
        991 ATTTCATTTATCAATTAAATTAAATATATTATTATATTAAAATTTA
         66 ATTTCATTTATCAATTAAATTAAATATATTATTATATTAAAATTTA

                                                                             
       1037 TGAAATATCTAAATTACCC-TTTTAATTTAAAATATTAAATTAAATTTTTAAGATTCAATATGTA
          1 TGAAATATCTAAATTACCCTTTTTAATTTAAAATATTAAATTAAATTTTTAAGATTCAATATGTA

                                                          
       1101 ATTTCATTTATCAATTAAATTAAATATATTATTATATTAAAATTTA
         66 ATTTCATTTATCAATTAAATTAAATATATTATTATATTAAAATTTA

             
       1147 T
          1 T

       1148 AATTTCTTTT


Statistics
Matches: 111,  Mismatches: 0, Indels: 1
        0.99            0.00        0.01

Matches are distributed among these distances:
 110   92  0.83
 111   19  0.17

ACGTcount: A:0.44, C:0.06, G:0.03, T:0.47


Consensus pattern (111 bp):   
TGAAATATCTAAATTACCCTTTTTAATTTAAAATATTAAATTAAATTTTTAAGATTCAATATGTA
ATTTCATTTATCAATTAAATTAAATATATTATTATATTAAAATTTA
Done.