Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014412.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14445, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15512
ACGTcount: A:0.30, C:0.20, G:0.15, T:0.35
Found at i:386 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 359--408 Score: 61
Period size: 20 Copynumber: 2.4 Consensus size: 22
349 GTAACAACGC
*
359 GAGAGA-AACTCTCAA-GAGGA
1 GAGAGAGAACTCTCAACAAGGA
379 GAGAGAG-ACTCTCAACCAAGGA
1 GAGAGAGAACTCTCAA-CAAGGA
401 GAGAGAGA
1 GAGAGAGA
409 GCACCGCAAG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 1, Indels: 5
0.81 0.03 0.16
Matches are distributed among these distances:
20 14 0.56
22 11 0.44
ACGTcount: A:0.44, C:0.16, G:0.32, T:0.08
Consensus pattern (22 bp):
GAGAGAGAACTCTCAACAAGGA
Found at i:6718 original size:47 final size:47
Alignment explanation
Indices: 6665--9990 Score: 2080
Period size: 47 Copynumber: 67.6 Consensus size: 47
6655 TCTCTGTTTA
* ***
6665 CTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATT-CTGGGTAATTAAACTAACCT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAG-AATTAAACTAACCT
*
6712 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTAACCAGAATTAAACTAACCT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
* * * *
6759 CTTATTCTTTAACAATTTAGTTTAATTACCCATAATTAAACTAACCT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
* *
6806 CTTCTTCTTTAACAATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
6853 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACAC-
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAAC-CT
*
6900 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCATAATTAAACTAATCTCTTGTTT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-C-C-----T
* * *
6954 ACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCATAATTAAACTAACAT
1 -CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
*
7002 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
* * * * *
7049 CTTCCTGTTTTACTATTCAGTTTAATTACCCAGAATTAAAGTAACAT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
7096 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
*
7143 CTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTGTT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-C-C---T
*
7195 GACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTGTT
1 --CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-C-C---T
*
7249 GACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTACTGTTT
1 --CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAAC--C----T
* * *
7304 ATTTCTTCTTTTAC-ACTTTTAGCTTAATTACCCAGAATTAAACTAGCCT
1 -CTTCTTCTTTTACTA--TTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
* *
7353 CTGTTTACTTCCTTTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATCT
1 C---TT-CTT-C--TTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
7407 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATCTCTTGTTT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-C-C-----T
* *
7461 ACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAAATAAACTAACCT
1 -CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
*
7509 CTTATTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
* *
7556 CTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACAT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
* * *
7603 GTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCATAATTAAATTAACCT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
* *
7650 CTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCATAATTAAACTAACCTCTGTTT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-C-C----T
* *
7703 ACTTCTTCTTTTAGTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTACCATTT
1 -CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACT-A--ACC---T
* * * * * *
7757 ATTTCTTCTTTTACTCTTTTAGCTTAATTACCCATAATTAAAGTAGCCT
1 -CTTCTTCTTTTACT-ATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
* *
7806 CTGGTTACTTCCTTTTTTACTTTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACAT
1 C---TT-CTT-C--TTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
* * * *
7860 CTTCTTGTTTAACTATTTAGTTTAATTTCGCAGAATTAAACTAACCT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
* *
7907 CTGTTTACGTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCTGAATTAAACTAACCT
1 C----T---TCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
* **
7961 CCTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATAT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
* * *
8008 TTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACAT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
* *
8055 CTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACAT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
* * *
8102 CTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTTATTACCCATAATTAAACTAATCTCTTGTTT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-C-C-----T
* *
8156 ACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACACAGAATTAAACTAACCT
1 -CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
*
8204 CTTCTTCTTTTACTATTTAATTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
* * *
8251 TTTCCTATTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
8298 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
*
8345 CTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTA-CCAGAATTAAACTAACCT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
*
8391 CTGTTTACATCTTCTTTTACTTTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTACTGTTT
1 C----T---TCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAAC--C----T
* * * * *
8451 ATTTCTTCTTTTACTCTTTTAGCTTAATTACCTAGAATTAAACTAGCTTCT
1 -CTTCTTCTTTTACT-ATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAAC--CT
* * * ****
8502 GTTTACTTCCTTTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCCGAATTAAACTTTTTT
1 -CTT-CTT-C--TTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
* ** * ** * * ***** * *
8554 ATGGTGCGATTAGCCACCTATTAGATT-ATTAAGTTTAATGTTAACCTAAGCT
1 CTTCTTCTTTTA-CTA--T-TTAGTTTAATTACCCAGAA--TTAAACTAACCT
* ***** * * ** * ** * * * **
8606 -TGGCAGAGGTAAC-A-CTACACTTAATAAAGTC-TACTT-AACCAGAGAT
1 CT-TCTTCTTTTACTATTTA-GTTTAAT-TACCCAGAATTAAACTA-ACCT
*** * *** * **** * * ** *
8652 CTTACGGTTC-GGGAGTCGGGTACGTGTGGGGA---AGGATTAGCAC-CCCCA
1 CTT-C--TTCTTTTACT-ATTTA-GTTTAATTACCCAGAATTA-AACTAACCT
** * ** ** **** * * * *
8700 CAGCGTC-CGT-C-A-AAAGACGGCACTAACCAG--TCTAGAACTAGCGT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAG-TTTAATTACCCAGAAT-TA-AACTAACCT
* * ** * ** * ** *
8744 ATAGGCTTCAATTAATGGTT-GTTTCTATT-CTTA-ATGCTTAAA-T---CT
1 CT--TCTTCTTTTACTATTTAGTTT-AATTACCCAGA--ATTAAACTAACCT
* * * * * ** **** * *
8789 GTTCATGCCAAGTTTA-AAGGTT--TTTAACGACTTTTAA-TAATA-TTACCC
1 CTTC-T-TC--TTTTACTA-TTTAGTTTAATTACCCAGAATTAA-ACTAACCT
* *** * ** * **** ** * *
8837 CATT-ATCTCACAATGGGTCACCCCGAATTAAACCC---ATTTTACTTA-TT
1 C-TTCTTCTTTTACT-ATTTA-GTTTAATT--ACCCAGAATTAAACTAACCT
** * * * * * ** ** *
8884 AC-TAGT-TTTTACCCTTTTTGGTTGCTCATTA--CTG-CTTACTCTTTCTT
1 -CTTCTTCTTTTA--CTATTTAGTT--TAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
* **** ** * * ** *
8931 CTACTTCGTAGTTTA--A-TTACCCAGAATTAAAC-TAATT--ACCATTCG
1 CTTCTTC-T--TTTACTATTTA-GTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
* * ** ** *
8976 CTTTTTCTTTTATTACCTAGTTTAATTA-CCAGTGTTAAACTAATTACTGTTT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACT-A--AC---CT
* **
9028 ACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATTATTGTTT
1 -CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACT-A--A---CCT
* * * *
9082 ACTTCATCTTTTACTTTTTCGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATCTTTGTTT
1 -CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-C-----CT
* *
9136 ACTTCTTCTATTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATCTCTGTTT
1 -CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-C-C----T
*
9190 ACTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACTCAGAATTAAACTAACCT
1 -CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
*
9238 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAGTTAAACTAACCT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
* *
9285 CGTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA---
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
*
9329 CATCTTCTTTTACTA-TTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
* *
9375 CTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAACTAAACTAACCT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
*
9422 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAAATAAACTAACCT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
* *
9469 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAAATAAACTAACCT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
*
9516 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAAAATTAAACTAACCT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
*
9563 ATTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATCTCTTGTTT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-C-C-----T
* * *
9617 ACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTATCCAGAATTAAATTAACCT
1 -CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
*
9665 CTTCTTCTTATACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
* * *
9712 CTTCCTGTTTTACTATTTAGCTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
*
9759 CTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTACTGTTT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAAC--C----T
* * * * * *
9812 ATTTCTTCTTTTACTCTTTTAGCTTAATTACCCATAATTAAATTAGCTTCT
1 -CTTCTTCTTTTACT-ATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAAC--CT
* * *
9863 GTTTACTTCCTTTTTTACTCTTTAGTTTAATTACTCAGAATTAAACTAACCT
1 -CTT-CTT-C--TTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
*
9915 CTTATTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
* * *
9962 CTTCTTCTTTTGCTCTTTAGTTCAATTAC
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTAC
9991 TCTTCTAATT
Statistics
Matches: 2662, Mismatches: 400, Indels: 434
0.76 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
40 1 0.00
41 3 0.00
42 5 0.00
43 35 0.01
44 31 0.01
45 27 0.01
46 64 0.02
47 1469 0.55
48 37 0.01
49 19 0.01
50 26 0.01
51 38 0.01
52 31 0.01
53 60 0.02
54 506 0.19
55 305 0.11
56 2 0.00
57 2 0.00
60 1 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.07, T:0.45
Consensus pattern (47 bp):
CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT
Found at i:7428 original size:507 final size:489
Alignment explanation
Indices: 6712--8548 Score: 2310
Period size: 507 Copynumber: 3.7 Consensus size: 489
6702 AAACTAACCT
* * *
6712 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTAACCAGAATTAAACTAACCTC-TTA--TTCTTTAACAA
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTTACCTTCTTTTACTA
* * *
6774 TTTAGTTTAATTACCCATAATTAAACTAACCTCTTCTTCTTTAACA-ATTTAGTTTAATTACCCA
66 TTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTCTTCTTTTACACTTTTAGTTTAATTACCCA
* *
6838 GAATTAAACTAACCTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACAC---
131 GAATTAAACTAACCTCTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTCTTA
*
6900 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCATAATTAAACTAATCTCTTGTTTACTTCTTCTTT
196 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-CTC-TGTTTACTTCTTCTTT
*
6965 TACTCTTTAGTTTAATTACCCATAATTAAACTAACATCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTA
259 TACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACATCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTA
* * * *
7030 CCCAGAATTAAACTAACTTCTTCCTGTTTTACTATTCAGTTTAATTACCCAGAATTAAAGTAACA
324 CCCAGAATTAAACTAACATCTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACA
*
7095 TCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTCTTGTTTTACTATT
389 TCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCATAATTAAACTAACCTCTTCTTGTTTTACTATT
7160 TAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTGTTGA
454 TAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTGTT-A
*
7197 CTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTGTTGACTTCTTCTTTT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCT-TT-AC--CTTCTTTT
* * *
7262 ACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTACTGTTTATTTCTTCTTTTACACTTTTAGC
62 ACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAAC--C----T-CTTCTTCTTTTACACTTTTAGT
* * *
7327 TTAATTACCCAGAATTAAACTAGCCTCTGTTTACTTCCTTTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCA
120 TTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTC---TT-C-T--TGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCA
7392 GAATTAAACTAA-TC-T-CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATCT
178 GAATTAAACTAACTCTTACTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-CT
* * *
7454 CTTGTTTACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAAATAAACTAACCTCTTATTCTTT
242 C-TGTTTACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACATCTTCTTCTTT
*
7519 TACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTA
306 TACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACATCTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTA
* *
7584 CCCAGAATTAAACTAACATGTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCATAATTAAATTAACC
371 CCCAGAATTAAACTAACATCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCATAATTAAACTAACC
*
7649 TCTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCATAATTAAACTAACCTCTGTTTA
436 TCTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTG-TTA
* * *
7704 CTTCTTCTTTTAGTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-CTACCATTTATTTCTTCTTT
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT--C-TTTA--CCTTCTTT
* * * * * **
7768 TACTCTTTTAGCTTAATTACCCATAATTAAAGTAGCCTCTGGTTACTTCCTTTTTTACTTTTTAG
61 TACT-ATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTC---TT-CTT-CTTTTACAC-TTTTAG
* * * *
7833 TTTAATTACCCAGAATTAAACTAACATCTTCTTGTTTAACTATTTAGTTTAATTTCGCAGAATTA
119 TTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTA
* * *
7898 AACTAACCTCTGTTTACGTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCTGAATTAAACTAAC-C--
184 AACTAA-CTC---TTACTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTCTG
* * * * *
7960 --T-CCTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATATTTTCTTGTTTTACT
245 TTTACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACATCTTCTTCTTTTACT
8022 ATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACATCTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCA
310 ATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACATCTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCA
* *
8087 GAATTAAACTAACATCTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTTATTACCCATAATTAAACTAATCTCTT
375 GAATTAAACTAACATCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCATAATTAAACTAA-C-C--
* * *
8152 GTTTACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACACAGAATTAAACTAA-C-C---T-
436 ---T-CTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTGTTA
* *
8204 CTTCTTCTTTTACTATTTAATTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT-TTT-CC-TATTTTACTA
1 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTTACCTTCTTTTACTA
8266 TTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTCTTCTTTT--ACTATTTAGTTTAATTACCC
66 TTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTCTTCTTTTACACT-TTTAGTTTAATTACCC
8329 AGAATTAAACTAACCTCTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTA-CCAGAATTAAACTAACCTCT
130 AGAATTAAACTAACCTCTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-CTC-
* * *
8393 GTTTACATCTTCTTTTACTTTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTACTGTTTATTTCTT
193 --TTACTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACT-CTGTTTACTTCTT
* * * * *
8458 CTTTTACTCTTTTAGCTTAATTACCTAGAATTAAACTAGCTTCTGTTTACTTCCTTTTTTACTCT
255 CTTTTACTC-TTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACATC---TT-CTT-C--TTTTACTAT
*
8523 TTAGTTTAATTACCCCGAATTAAACT
312 TTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACT
8549 TTTTTATGGT
Statistics
Matches: 1190, Mismatches: 94, Indels: 122
0.85 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
484 67 0.06
485 105 0.09
486 1 0.00
487 7 0.01
488 4 0.00
489 2 0.00
490 1 0.00
491 12 0.01
492 93 0.08
493 8 0.01
494 2 0.00
495 2 0.00
496 3 0.00
497 3 0.00
498 1 0.00
499 217 0.18
500 108 0.09
501 4 0.00
502 4 0.00
503 3 0.00
504 5 0.00
505 6 0.01
506 15 0.01
507 485 0.41
508 31 0.03
509 1 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.05, T:0.46
Consensus pattern (489 bp):
CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTTACCTTCTTTTACTA
TTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTCTTCTTTTACACTTTTAGTTTAATTACCCA
GAATTAAACTAACCTCTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTCTTA
CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTCTGTTTACTTCTTCTTTTA
CTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACATCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACC
CAGAATTAAACTAACATCTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACATC
TTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCATAATTAAACTAACCTCTTCTTGTTTTACTATTTA
GTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTGTTA
Found at i:8168 original size:55 final size:50
Alignment explanation
Indices: 6453--8548 Score: 2028
Period size: 47 Copynumber: 41.8 Consensus size: 50
6443 TGCTTACTCT
* ** *
6453 TTCTTTTACT-TCCTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATTACCGTTCGCTCC
1 TTCTTTTACTAT-TTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACT-A--ACC-TTTTCTTC
* ** *
6507 TTCTTTTATTACCTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATTACTGTTTACTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA--CCT-TTT-CTTC
* * * *
6561 TTCTTTTACTCTATAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATTACTATTTACTCC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA--CCT-TTT-CTTC
* * *
6615 TTTTTTTACTCTTTCA-ATTAATTACCCAGAATTAAACTAATCTCTGTTTACTTC
1 TTCTTTTACTATTT-AGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-C-CT-TTT-CTTC
* ***
6669 TTCTTTTACTCTTTAGTTTAATT-CTGGGTAATTAAACTAACC---TCTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAG-AATTAAACTAACCTTTTCTTC
* *
6716 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTAACCAGAATTAAACTAACC---TCTTA
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTTTTCTTC
* * *
6763 TTCTTTAACAATTTAGTTTAATTACCCATAATTAAACTAACC---TCTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTTTTCTTC
* *
6810 TTCTTTAACAATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACC---TCTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTTTTCTTC
6857 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACAC----CTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAAC-CTTTTCTTC
*
6904 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCATAATTAAACTAATCTCTTGTTTACTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-C-C-T-TTT-CTTC
* * *
6959 TTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCATAATTAAACTAA-C--ATCTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTTTTCTTC
7006 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-C--TTCTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTTTTCTTC
* * * * *
7053 CTGTTTTACTATTCAGTTTAATTACCCAGAATTAAAGTAA-C--ATCTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTTTTCTTC
7100 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACC---TCTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTTTTCTTC
*
7147 TTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTGTTGACTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT-T-TT--CTTC
*
7201 TTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTGTTGACTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT-T-TT--CTTC
* *
7255 TTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTACTGTTTATTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAAC--CT-TTT-CTTC
* *
7309 TTCTTTTAC-ACTTTTAGCTTAATTACCCAGAATTAAACTAGCCTCTGTTTACTTCC
1 TTCTTTTACTA--TTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTA-AC-CT-TTT-CTT-C
* *
7365 TT-TTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA---TCTCTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTTTTCTTC
7411 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATCTCTTGTTTACTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-C-C-T-TTT-CTTC
* * *
7466 TTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAAATAAACTAACC---TCTTA
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTTTTCTTC
7513 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACC---TCTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTTTTCTTC
* * *
7560 TTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-C--ATGTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTTTTCTTC
* *
7607 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCATAATTAAATTAACC---TCTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTTTTCTTC
* *
7654 TTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCATAATTAAACTAACCTCTGTTTACTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-C-CT-TTT-CTTC
* *
7708 TTCTTTTAGTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTACCATTTAT-TTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACT-A--ACC-TTT-TCTTC
* * * * *
7762 TTCTTTTACTCTTTTAGCTTAATTACCCATAATTAAAGTAGCCTCTGGTTACTTCC
1 TTCTTTTACT-ATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCT-T--TT-CTT-C
* *
7818 TT-TTTTACTTTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-C--ATCTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTTTTCTTC
* * * * *
7864 TTGTTTAACTATTTAGTTTAATTTCGCAGAATTAAACTAACCTCTGTTTACGTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-C-CT-TTT-CTTC
* * *
7918 TTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCTGAATTAAACTAACC---TCCTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTTTTCTTC
*
7965 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA--TATT-TTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTTTTCTTC
* *
8012 TTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-C--ATCTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTTTTCTTC
* *
8059 TTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-C--ATCTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTTTTCTTC
* * *
8106 TTGTTTTACTATTTAGTTTTATTACCCATAATTAAACTAATCTCTTGTTTACTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-C-C-T-TTT-CTTC
* *
8161 TTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACACAGAATTAAACTAACC---TCTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTTTTCTTC
*
8208 TTCTTTTACTATTTAATTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTTTTC--C
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTTTTCTTC
*
8256 -TATTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACC---TCTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTTTTCTTC
8302 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACC---TCTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTTTTCTTC
* *
8349 TTGTTTTACTATTTAGTTTAATTA-CCAGAATTAAACTAACCTCTGTTTACATC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-C-CT-TTT-CTTC
* *
8402 TTCTTTTACTTTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACTACTGTTTATTTC
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAAC--CT-TTT-CTTC
* * * *
8456 TTCTTTTACTCTTTTAGCTTAATTACCTAGAATTAAACTAGCTTCTGTTTACTTCC
1 TTCTTTTACT-ATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAAC--CT-TTT-CTT-C
* *
8512 TT-TTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCCGAATTAAACT
1 TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACT
8549 TTTTTATGGT
Statistics
Matches: 1794, Mismatches: 146, Indels: 204
0.84 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
44 2 0.00
46 24 0.01
47 950 0.53
48 18 0.01
49 1 0.00
50 4 0.00
51 2 0.00
52 9 0.01
53 41 0.02
54 475 0.26
55 251 0.14
56 16 0.01
57 1 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.20, G:0.05, T:0.46
Consensus pattern (50 bp):
TTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTTTTCTTC
Found at i:9707 original size:196 final size:194
Alignment explanation
Indices: 8939--9990 Score: 1184
Period size: 196 Copynumber: 5.3 Consensus size: 194
8929 TTCTACTTCG
* * **
8939 TAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATTACCATTCGCTTTTTCTTTTATTACCTAGTTTAATTA
1 TAGTTTAATTACCCAGAATTAAACT-A--ACC--T--CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTA
** *
9004 -CCAGTGTTAAACTAATTACTGTTTACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAA
59 CCCAGAATTAAACTAACT-CTGTTTACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATT--
*** * * *
9068 ACTAATTATTGTTTACTTCATCTTTTACTTTTTCGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATCTTTG
121 A--AATTA--ACCT-CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-C----
* * *
9133 TTTACTTCTTCTATTACTCTT
176 -CT-CTTCTTCTTTTACTATT
9154 TAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAATCTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTA
1 TAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA-C-C----T-CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTA
* * *
9219 CTCAGAATTAAACTAAC-C----T-CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAGTTAAA
59 CCCAGAATTAAACTAACTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAA
* * * *
9278 CTAACCTCGTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAA---CATCTTCTTTT
124 TTAACCTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTCTTCTTTT
9340 ACTA-T
189 ACTATT
*
9345 TAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAA
1 TAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAA
* * * *
9410 CTAAACTAAC-C----T-CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAAATAAACTAACCT
66 TTAAACTAACTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAATTAACCT
* *
9469 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCTAGAAATAAACTAACCTCTTCTTCTTTTACTATT
131 CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTCTTCTTTTACTATT
* *
9533 TAGTTTAATTACCCAAAATTAAACTAACCTATTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAA
1 TAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAA
*
9598 TTAAACTAATCTCTTGTTTACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTATCCAGAATTAAATTAAC
66 TTAAACTAA-CTC-TGTTTACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAATTAAC
* * *
9663 CTCTTCTTCTTATACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTCCTGTTTTACTAT
129 CTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTCTTCTTTTACTAT
9728 T
194 T
* *
9729 TAGCTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTCTTGTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAA
1 TAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAA
* * * *
9794 TTAAACTAACTACTGTTTATTTCTTCTTTTACTCTTTTAGCTTAATTACCCATAATTAAATTAGC
66 TTAAACTAACT-CTGTTTACTTCTTCTTTTACTC-TTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAATTAAC
* * * *
9859 TTCTGTTTACTTCCTTTTTTACTCTTTAGTTTAATTACTCAGAATTAAACTAACCTCTTATTCTT
129 --CT-CTT-CTT-C--TTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTCTTCTT
9924 TTACTATT
187 TTACTATT
* * *
9932 TAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTCTTCTTTTGCTCTTTAGTTCAATTAC
1 TAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTAC
9991 TCTTCTAATT
Statistics
Matches: 743, Mismatches: 68, Indels: 64
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
184 129 0.17
185 1 0.00
187 14 0.02
188 71 0.10
189 2 0.00
190 2 0.00
191 28 0.04
192 12 0.02
195 23 0.03
196 199 0.27
198 2 0.00
199 2 0.00
200 3 0.00
201 1 0.00
202 39 0.05
203 106 0.14
205 4 0.01
207 1 0.00
209 35 0.05
210 1 0.00
212 1 0.00
213 1 0.00
214 3 0.00
215 49 0.07
216 14 0.02
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.06, T:0.46
Consensus pattern (194 bp):
TAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAA
TTAAACTAACTCTGTTTACTTCTTCTTTTACTCTTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAATTAACCT
CTTCTTCTTTTACTATTTAGTTTAATTACCCAGAATTAAACTAACCTCTTCTTCTTTTACTATT
Found at i:10059 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 9992--10061 Score: 72
Period size: 22 Copynumber: 3.2 Consensus size: 22
9982 TTCAATTACT
* * **
9992 CTTCTAATTACTCTTTATTTTA
1 CTTCTGATTACTCTTTCTCCTA
10014 CTTCTGATTACTCTTTCTCCTA
1 CTTCTGATTACTCTTTCTCCTA
*
10036 CTTCTGATTGCT-TTTCATCC-A
1 CTTCTGATTACTCTTTC-TCCTA
10057 CTTCT
1 CTTCT
10062 TAGCTTAATT
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 5, Indels: 3
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
21 10 0.24
22 32 0.76
ACGTcount: A:0.16, C:0.27, G:0.04, T:0.53
Consensus pattern (22 bp):
CTTCTGATTACTCTTTCTCCTA
Found at i:15451 original size:86 final size:85
Alignment explanation
Indices: 15289--15451 Score: 222
Period size: 86 Copynumber: 1.9 Consensus size: 85
15279 GGGTTTCATG
* * * * *
15289 TAAAAAATTATAAAGTTGAATATTAGTGAGAATATTTTTTTAAATCTTGCCAAATTGTGGAAGGT
1 TAAAAAATTATAAAGTTAAATAATAATGAGAATATTTTTCTAAATCTTGCCAAATTGTGGAAGAT
*
15354 TTAGGAGATATTTTAAGAAA
66 TTAGGAAATATTTTAAGAAA
*
15374 TAAATAAATTATAAAGATTAAATAATAATGAGAATA-TTTTCTAAATCTTGCCAAATTGTGGGAG
1 TAAA-AAATTATAAAG-TTAAATAATAATGAGAATATTTTTCTAAATCTTGCCAAATTGTGGAAG
15438 ATTT-GGAAAATATT
64 ATTTAGG-AAATATT
15452 AAATAAAATA
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 7, Indels: 5
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
85 6 0.09
86 46 0.68
87 16 0.24
ACGTcount: A:0.43, C:0.04, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (85 bp):
TAAAAAATTATAAAGTTAAATAATAATGAGAATATTTTTCTAAATCTTGCCAAATTGTGGAAGAT
TTAGGAAATATTTTAAGAAA
Done.