Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014460.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14493, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11605
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Found at i:943 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 919--980 Score: 124
Period size: 21 Copynumber: 3.0 Consensus size: 21
909 TAAGCCCTTC
919 AATCTTTTTGGCGTTGAATTT
1 AATCTTTTTGGCGTTGAATTT
940 AATCTTTTTGGCGTTGAATTT
1 AATCTTTTTGGCGTTGAATTT
961 AATCTTTTTGGCGTTGAATT
1 AATCTTTTTGGCGTTGAATT
981 ATAGATTTTT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 41 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.10, G:0.19, T:0.52
Consensus pattern (21 bp):
AATCTTTTTGGCGTTGAATTT
Found at i:3340 original size:661 final size:658
Alignment explanation
Indices: 1405--3839 Score: 2631
Period size: 661 Copynumber: 3.7 Consensus size: 658
1395 CTCCCGACTC
* * * * *
1405 AGTTTTGCATGATTTTTGACGCCTATAGTAATTAAAATAACTATATTCA-CATAATCGAATCTTA
1 AGTTTTGCATGATTTTTGATGCCAACAGTAATTAAAATATCTATATTCATC-TAATCGAATCTCA
* * *
1469 GGCACATTAGATTTAAGGAATTGTTTTTACGAGCATCCAG-AGCTAGTTTCAATTTAATTAGAAA
65 GGCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT-CAGAAACCAGTTTCAATTTAATTAGAAA
** * * * * *
1533 TTGTTTCAGAAAGAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCATAATATAGAACTAT--ATATTTTTTAT
129 TTAATTCAGAAAGAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTAA-AAAGACCT-TCCATA-TTTTGA-
* *
1596 TTGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATCGAGGAAAAATCATTTGGGTC
190 ---CGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCATTCGGGTC
* * * * *
1661 AACTTTTGTAAAATTTTAACCGAAATCGTGTTCTAACCATCACAGTTTTTGGGT-AAATTGCATT
252 AA-TTTTGCAAAA-TTTAACCGAAATCGTATACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAATGCATT
* * * *
1725 CCGAGGCCCGACTTAGTTTTGCATGA-----GGCACC-AGACTAATTGAGATATCTATATTCATC
315 CTGAGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATC
* * * * * * * * *
1784 TAACCAAATCTAAGCCATACTGGATTTAAAGATTTGTTTTGACAAGCATCTAAATTATGTTTCGA
380 TAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAA
* ** *
1849 TTTAATTTGAAATTAATTTCGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGCAA-CGTCTAAAGCCCTTC
445 TTTAATTAGAAATTAA-TTCGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAG-AAGCGTGAAAAGCCTTTC
* * * * *
1913 AATCTTGTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTTACCAAAAAATGAGGGAAAAACT
508 AAT-TTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTAAGGGAAAAACT
* * * ** *
1978 TTCAGTTCAATTTTTGCAAAATTTAAGCGGAAATCGTGTACTAAATATCACAGTTTTTTAGCTAA
572 TTCGGTTCAATTTTTGC-AAATTTAAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACAGTTTTTGA-CTAA
* * * *
2043 AAACGCGCTCCGGAGCCCCGGCTC
635 AAACGCGTTCTGGGGCCCCGGCTT
* * * ** ** * * * *
2067 AGTTTTGCATTATTTTTGATGCCAAGACTCCTTGTAATATCTACATTAATCTAACCAAATCTCAG
1 AGTTTTGCATGATTTTTGATGCCAACAGTAATTAAAATATCTATATTCATCTAATCGAATCTCAG
** * * ** *
2132 GCATGTCAGATTTAAGGATATAATTTTACAAGCATCAGAAACC-GATTTCAATTTAATTAGAAAT
66 GCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCAG-TTTCAATTTAATTAGAAAT
* * * * * *
2196 TAATTCGGAAAAGAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGTCCTTCAATCTTCTTGGCGA
130 TAATTCAG-AAAGAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTAAAAAGACCTTCCATATT-TTGACGA
** * *
2261 TGAATTATATACCTTTTATAAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGGAAAAAGT--TTCGGTTCAATT
193 TGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGA-GGAAAAA-TCATTCGGGTCAATT
* * *
2324 TTGACAAAATTTAAGCCAAAATCGTGTACTTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCATTCTG
256 TTG-CAAAATTTAA-CCGAAATCGTATAC-TAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAATGCATTCTG
* *
2389 TGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATATCTATATTCATCT
318 AGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTG-AA-ATATCTATATTCATCT
* * **** *
2454 AACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTGAGGATTTGGTTTTACGAGCATCTGAAACCGGTTTTAAT
381 AACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAAT
* * *
2519 TTAATTAGAAATTAATT--AAGAAAAATGGGAAAAACAATATTAGAGGCGTGAAAAGCCGTTTC-
446 TTAATTAGAAATTAATTCGAA-AAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCC-TTTCA
* * ***
2581 ATTTTTCTGGCGATGAATTATTTATTGTTTATGAGTATTGTGGTAAAAAATTAAGGGAAAAACTT
509 ATTTTT-TGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTAAGGGAAAAACTT
* * * *
2646 T-GGATTCATTTCTTTGCGAAATTTAAGCCGAAATCTTATACTAACCGTCACAGTTTTTGACTAA
573 TCGG-TTCAATT-TTTGC-AAATTTAAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACAGTTTTTGACTAA
**
2710 AAACGCGTTCTGGGGCCCCGATTT
635 AAACGCGTTCTGGGGCCCCGGCTT
* * * ** *
2734 AGTTTTGCATTATTTTTTATGCCTACAGTTCTTAAAATATCTATATTCATCTAATCGAATATCAG
1 AGTTTTGCATGATTTTTGATGCCAACAGTAATTAAAATATCTATATTCATCTAATCGAATCTCAG
* * * * *
2799 GCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGACCATCAGACACCAGTTTCAATTTAATTAAAAATT
66 GCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCAGTTTCAATTTAATTAGAAATT
* * * *
2864 ATTTCAGAAATAATAGGAAAAACGATATTAGATGCGTAAAAAGACCTTCCAT-TGTTTGAAGATG
131 AATTCAGAAAGAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTAAAAAGACCTTCCATAT-TTTGACGATG
* * * * **
2928 AATTATATATTATTT-TGAGTATTATGGCAAAAAATTGAGGAAAAATCATCCAAGTCAATTATTG
195 AATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCATTCGGGTCAATT-TTG
*
2992 CAAAATTTTAACCGAAATCGTATACTAACCATCACAGTTTTTGGCAAAAAATGCAATTC-GAGGC
259 CAAAA-TTTAACCGAAATCGTATACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAATGC-ATTCTGAGGC
* *
3056 CCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCTTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAA
322 CCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAA
* * *
3121 ATCTCAGCCACATTGGATTTGAGGATTAGTTTTTAGGAGCATCTGAATTATATTTCAATTTAATT
387 ATCTCAGCCACATTGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTTAATT
*
3186 AAAAATTAATTCGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATGTTTTT
452 AGAAATTAATTCGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAAT-TTTTT
* * *
3251 GGCGATGAATTATATATTTTTTATGACTATTGTGACCAAAAATTAAGGGGAAACCTTTCGGTTCA
516 GGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTAAGGGAAAAACTTTCGGTTCA
* *
3316 ATTTTTGCTAAATTTTAA-CCGAAATCATGTACTAACCATCACAGTTTTTTG-CTAAACACGTGT
581 ATTTTTGC-AAA-TTTAAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACAG-TTTTTGACTAAAAACGCGT
* *
3379 TCTGAGGCCTCGGCTT
643 TCTGGGGCCCCGGCTT
* * * *
3395 AGTTTTGCATGAGTTTTTGCT-CCAACAGTAATTGAAATATCTATATAT-GTCTAATCGAATCTT
1 AGTTTTGCATGA-TTTTTGATGCCAACAGTAATTAAAATATCTATAT-TCATCTAATCGAATCTC
* * * * * *
3458 AGGCACATTTGGTTTAAGAATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACCGGTTTCAGTTTAATTAGAAA
64 AGGCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCAGTTTCAATTTAATTAGAAA
* * * * *
3523 TTAATTCATAAA-ATAAAGGAAAAACGATATTAGATGCGTAAAAAGCCCTTCCATATTTTTGGCG
129 TTAATTCAGAAAGA-ATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTAAAAAGACCTTCCATA-TTTTGACG
* * * * *
3587 ATGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTAATGAAAAATCATTTGGGTCACTTT
192 ATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCATTCGGGTCA-ATT
* * * * * * *
3652 TTGGAAAA-TTGA-GGAAA----A-CCGAA--ATCACTGTTTTTAGCTAAAAATGCATTCTGAGG
256 TTGCAAAATTTAACCGAAATCGTATACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAATGCATTCTGAGG
*
3708 CCC-AGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTTATTGAAATATCTATATTCATCTAACC
321 CCCGA-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACC
* * *
3772 AAATCTCAGCCATATTGGTTTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAA
385 AAATCTCAGCCACATTGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTTAA
3837 TTA
450 TTA
3840 TCATGGTTTT
Statistics
Matches: 1482, Mismatches: 241, Indels: 109
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
652 5 0.00
653 146 0.10
655 3 0.00
656 1 0.00
658 10 0.01
659 64 0.04
660 31 0.02
661 331 0.22
662 244 0.16
663 160 0.11
664 51 0.03
665 28 0.02
666 54 0.04
667 228 0.15
668 47 0.03
669 79 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (658 bp):
AGTTTTGCATGATTTTTGATGCCAACAGTAATTAAAATATCTATATTCATCTAATCGAATCTCAG
GCACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCAGTTTCAATTTAATTAGAAATT
AATTCAGAAAGAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTAAAAAGACCTTCCATATTTTGACGATGA
ATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTGCA
AAATTTAACCGAAATCGTATACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAATGCATTCTGAGGCCCGA
CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
CAGCCACATTGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTTAATTAGAA
ATTAATTCGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATTTTTTGGCGA
TGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTAAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTT
TGCAAATTTAAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACAGTTTTTGACTAAAAACGCGTTCTGGGGC
CCCGGCTT
Found at i:3526 original size:332 final size:329
Alignment explanation
Indices: 1397--3816 Score: 1979
Period size: 332 Copynumber: 7.3 Consensus size: 329
1387 TTTTCGTCCT
* * * * * * *
1397 CCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGCCTATAGTAATTAAAATAACTATATTCA-CATAATC
1 CCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTG-CACCAACACTAATTGAAATATCTATATTCATC-TAACC
* * * * * * **
1461 GAATCTTAGGCACA-TTAGATTTAAGGAATTGTTTTTACGAGCATCCAG-AGCTAGTTTCAATTT
64 AAATCTCAGGCACATTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACAT-CAGAAACCGGTTTCAATTT
** * * * *
1524 AATTAGAAATTGTTTCAGAAAGAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCAT-AATATAGAACTATAT-
128 AATTAGAAATTAATTCA-AAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAA-A-AG-CCT-T-TC
* * *
1587 ATTTTTTATTTGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATCGA-GGAAAAAT
187 A-ATTTT-TTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGGAAAAA-
* * * * *
1651 CATTT-GGGTCAACTTTTGTAAAATTTTAA-CCGAAATCGTGTTCTAACCATCACAGTTTTTGGG
249 C-TTTCGGTTCAATTTTTG-CAAATTTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGC
** *
1714 T-AAATTGCATTCCGAGG
312 TAAAAACGCATTCTGAGG
* * * *
1731 CCCGACTTAGTTTTGCATGA----GGCACC-AGACTAATTGAGATATCTATATTCATCTAACCAA
1 CCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGCACCAACACTAATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAA
* * * * **** *
1791 ATCT-AAGC-CATACTGGATTTAAAGATTTGTTTTGAC-AAGCATCTA-AATTATGTTTCGATTT
66 ATCTCAGGCACAT-TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAA-CATC-AGAAACCGGTTTCAATTT
* ** *
1852 AATTTGAAATTAATTTCGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGCAA-CGTCTAAAGCCCTTCAAT
128 AATTAGAAATTAA-TTC-AAAAAAATAGGAAAAACGATATTAG-AAGCGTGAAAAGCCTTTCAAT
* * ** *
1916 CTTGTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTTACCAAAAAATGAGGGAAAAACTTTC
190 -TTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTC
* * * ** *
1981 AGTTCAATTTTTGCAAAATTTAAGCGGAAATCGTGTACTAAATATCACAGTTTTTTAGCTAAAAA
254 GGTTCAATTTTTGCAAATTTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAG-TTTTTGGCTAAAAA
* * * *
2046 CGCGCTCCGGAGC
318 CGC-ATTCTGAGG
* * * ** * * *
2059 CCCGGCTCAGTTTTGCATTATTTTTG-ATGCCAAGACTCCTTGTAATATCTACATTAATCTAACC
1 CCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGCA--CCAACACTAATTGAAATATCTATATTCATCTAACC
** * ** *
2123 AAATCTCAGG--CATGTCAGATTTAAGGATATAATTTTAC-AAGCATCAGAAACCGATTTCAATT
64 AAATCTCAGGCACAT-TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAA-CATCAGAAACCGGTTTCAATT
*
2185 TAATTAGAAATTAATTCGGAAAAGAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGTCC-TTCAA
127 TAATTAGAAATTAATTC--AAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAG-CCTTTCAA
* ** * *
2249 TCTTCTTGGCGATGAATTATATACCTTTTATAAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGGAAAAAGTTT
189 T-TTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGGAAAAACTTT
* * *
2314 CGGTTCAA-TTTTGACAAAATTTAAGCCAAAATCGTGTACTTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA
253 CGGTTCAATTTTTG-CAAATTTTAAGCCGAAATCGTGTAC-TAACCATCACAGTTTTTGGCTAAA
* *
2378 AATGCATTCTGTGG
316 AACGCATTCTGAGG
* * *
2392 CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATATCTATATTCATCTAAC
1 CCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT-GCACCAACACTAATTG-AA-ATATCTATATTCATCTAAC
* * * * *
2457 CAAATCTCA-GCAACA-TTGGATTTGAGGATTTGGTTTTACGAGCATCTGAAACCGGTTTTAATT
63 CAAATCTCAGGC-ACATTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACCGGTTTCAATT
* * *
2520 TAATTAGAAATTAATT-AAGAAAAATGGGAAAAACAATATTAGAGGCGTGAAAAGCCGTTTC-AT
127 TAATTAGAAATTAATTCAA-AAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCC-TTTCAAT
* * ** *
2583 TTTTCTGGCGATGAATTATTTATTGTTTATGAGTATTGTGGTAAAAAATTAAGGGAAAAACTTT-
190 TTTT-TGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTC
* * * * *
2647 GGATTCATTTCTTTGCGAAA-TTTAAGCCGAAATCTTATACTAACCGTCACAGTTTTTGACTAAA
254 GG-TTCAATT-TTTGC-AAATTTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAA
* *
2711 AACGCGTTCTGGGG
316 AACGCATTCTGAGG
* * * * * * ** * *
2725 CCCCGATTTAGTTTTGCATTATTTTT-TATGCCTACAGTTCTTAAAATATCTATATTCATCTAAT
1 -CCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGCA--CCAACACTAATTGAAATATCTATATTCATCTAAC
* * * * * *
2789 CGAATATCAGGCACA-TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTATGACCATCAGACACCAGTTTCAATTT
63 CAAATCTCAGGCACATTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACCGGTTTCAATTT
* * * * * *
2853 AATTAAAAATTATTTCAGAAATAATAGGAAAAACGATATTAGATGCGTAAAAAGACC-TTCCATT
128 AATTAGAAATTAATTCA-AAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAG-CCTTTCAATT
* ** * * * * *
2917 GTTTGAAGATGAATTATATATTATTT-TGAGTATTATGGCAAAAAATTGA-GGAAAAATCATCCA
191 TTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGGAAAAA-CTTTC-
* * * *
2980 AG-TCAATTATTGCAAAATTTTAA-CCGAAATCGTATACTAACCATCACAGTTTTTGGCAAAAAA
254 GGTTCAATTTTTGC-AAATTTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAA
*
3043 TGCAATTC-GAGG
318 CGC-ATTCTGAGG
* ** *
3055 CCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCTTTGAAATATCTATATTAATCTAACCA
1 CCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT-GCACCAACACTAATTGAAATATCTATATTCATCTAACCA
* * * * * * *****
3120 AATCTCAGCCACA-TTGGATTTGAGGATTAGTTTTTAGGAGCATCTGAATTATATTTCAATTTAA
65 AATCTCAGGCACATTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACCGGTTTCAATTTAA
*
3184 TTAAAAATTAATTCGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATGTTT
130 TTAGAAATTAATTC-AAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAAT-TTT
* * * * *
3249 TTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGACTATTGTGACCAAAAATTAAGGGGAAACCTTTCGGTT
193 TTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTT
* * * **
3314 CAATTTTTGCTAAATTTTAA-CCGAAATCATGTACTAACCATCACAGTTTTTTGCTAAACACGTG
258 CAATTTTTGC-AAATTTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCA
3378 TTCTGAGG
322 TTCTGAGG
* * * * * *
3386 CCTCGGCTTAGTTTTGCATGAGTTTTTGCTCCAACAGTAATTGAAATATCTATATAT-GTCTAAT
1 CC-CGACTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGCACCAACACTAATTGAAATATCTATAT-TCATCTAAC
* * * *
3450 CGAATCTTAGGCACATTTGG-TTTAAGAATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACCGGTTTCAGTTT
63 CAAATCTCAGGCACATTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACCGGTTTCAATTT
* * * *
3514 AATTAGAAATTAATTCATAAAATAA-AGGAAAAACGATATTAGATGCGTAAAAAGCCCTTCCATA
128 AATTAGAAATTAATTCA-AAAA-AATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAAT-
* **
3578 TTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATT-AATGAAAAATCATTT
190 TTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGGAAAAA-C-TTT
* * * * * * * * *
3642 -GGGTCACTTTTTGGAAA-ATTGAG--GAAAAC-----CGAA--ATCACTGTTTTTAGCTAAAAA
253 CGGTTCAATTTTTGCAAATTTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAA
*
3696 TGCATTCTGAGG
318 CGCATTCTGAGG
* *
3708 CCC-AGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTTATTGAAATATCTATATTCATCTAACC
1 CCCGA-CTCAGTTTTGCATGATTTTT-GCACCAACACTAATTGAAATATCTATATTCATCTAACC
* * *
3772 AAATCTCA-GC-CATATTGGTTTTGAGGATTTGTTTTTACGAGCATC
64 AAATCTCAGGCACAT-TTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATC
3817 TGAATTATGT
Statistics
Matches: 1689, Mismatches: 313, Indels: 181
0.77 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
319 3 0.00
320 12 0.01
321 74 0.04
322 29 0.02
324 14 0.01
325 77 0.05
326 20 0.01
327 11 0.01
328 98 0.06
329 188 0.11
330 91 0.05
331 128 0.08
332 319 0.19
333 228 0.13
334 295 0.17
335 99 0.06
336 1 0.00
337 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (329 bp):
CCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGCACCAACACTAATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAA
ATCTCAGGCACATTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAACATCAGAAACCGGTTTCAATTTAAT
TAGAAATTAATTCAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATTTTTTG
GCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAA
TTTTTGCAAATTTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCT
GAGG
Found at i:5665 original size:328 final size:331
Alignment explanation
Indices: 3847--5885 Score: 2227
Period size: 328 Copynumber: 6.2 Consensus size: 331
3837 TTATCATGGT
* * * * * *
3847 TTTTTGGCTAAAAACGCTTTACGGGGTCA-CGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGGCATGACT
1 TTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGG-CACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAGTCAAGACT
* *
3911 CCTTGTAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGACTTAAGGATTTGTTTTTAC
65 CCTTGTAATATCTATATT-ATCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTAC
* * * *
3976 GAGCATATGAATCTTGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAATCAATATT
129 GAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACAATATT
* * ** * * *
4041 ATAATCGTGAAAAAACCTTCAATTTTCTTGGTGTTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGC
194 AGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTCTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGC
* * *
4106 CAAAAATCGAGGGAAATAA-TTCCGGATTAATTTTTGCAAAATTTAAGCGGAAATCGTGTACTAA
259 CAAAAATTGAGGGAAA-AACTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAA
*
4170 CCATCACGG
323 CCATCACAG
* * * * *
4179 TGTTTGGCTGAAAAA-GCTTTCTGGGGC-CTGTCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAGTCAAGACT
1 TTTTTGGCT-AAAAACGCATTCCGGGGCACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAGTCAAGACT
* *
4242 CCTTGTAATATCTTTA-T-TCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAAGATTTGATTTTACG
65 CCTTGTAATATCTATATTATCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACG
*
4305 AGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTCGGAAAAAAAATAGGAAAAACAATAT
130 AGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG--AAAAAATAGGAAAAACAATAT
* * * *
4370 TAGAAGAGTGAAAAGCCCTTCAGTCTTCTTGGCGGTGAATTATATACTTATTATGAGTATTGTGG
193 TAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTCTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGG
* * * * *
4435 GCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTCCAAAATTTAAGCCGAAATTGTGTACTAA
258 CCAAAAATTGAGGGAAAAACTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAA
4500 CCATCACAG
323 CCATCACAG
* * * * * * * * *
4509 TTTTTGGTTAAAAACGCATTTCGGGGCACCGGCTCAGCTTTGCATGATTTTTGGTGCCTACAGTA
1 TTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGCACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAGTCAAGACTC
* * * * * * * * * *
4574 ATTGAAATATCTATATTCATCTAGCCGAGTCTCAAGAACAATGGATTTAAGGATTT-ATTTTACG
66 CTTGTAATATCTATATT-ATCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACG
* * * * *
4638 AGCAT-TAGAAAC-CGATTTC-ATTTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATTTAGGAAAAACGAT
130 AGCATCT-GAATCTTG-TTTCGA-TTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAA-ATAGGAAAAACAAT
* * * * * *
4700 ATTAGATGCGTAAAAAGCCCTTCAA--TT-TTGGCAATGAATTATA-A--ATTTAAGGGTATTGT
191 ATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTCTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGT
* * * * *
4759 GGCAAAAAATTGA-GGAAAAGTCATT-C-AATTCAATTTTTACAAAATTTTAA-CCGAAATCGTA
256 GGCCAAAAATTGAGGGAAAA-AC-TTCCGGA-TCAATTTTTGCAAAA-TTTAAGCCGAAATCGTG
* * *
4820 AACTAAGCATCGCAG
317 TACTAACCATCACAG
* ** * * * * *
4835 TTTTTAGCTAAAAATACATTCCGAGGC-CCGACACAGTTTTGCTTGATTTTTGGCA-CCAAGACT
1 TTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGCACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG-AGTCAAGACT
* * * * ** * * *
4898 CGTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCATATTATATTTGAGGATTTATTTTTAC
65 CCTTGTAATATCTATATT-ATCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTAC
* ** * *
4963 GAGTATCTGAATAATATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAATAAAAATAGGAAAAACGATA
129 GAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-A-AAAAATAGGAAAAACAATA
** * * * * * *
5028 TTAGACTCGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGGGATGAATTGTATATTTTTTTATGAGTATTAT
192 TTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTCTTGGCGATGAATTATATA-CTTTTTATGAGTATTGT
* * * *
5093 GACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCC-AATCAA-TTTTGCAAATTTTAAGCAGAAATCGTGTAC
256 GGCCAAAAATTGAGGGAAAAAC-TTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTAC
*
5156 TAACCGTCAC-G
320 TAACCATCACAG
* * * * * *
5167 TTTTTTTTACGGCTAAAAACGCGTTCCGTGGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG-CTCCT
1 ---TTTTT--GGCTAAAAACGCATTCCGGGGCACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAGT-CA
* *
5231 AGACTCCTTATAATATCTATATTCATCTAACCGAATCTCAGGCACATTGGATTTAAAGATTTGTT
60 AGACTCCTTGTAATATCTATATT-ATCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAAGATTTGTT
* * * *
5296 TCTACGAGCATATGAAT-TATGTTTCAATTAAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAAC
124 TTTACGAGCATCTGAATCT-TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAAC
* *
5360 AATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAATCTTCTTGGCGTTGAATTATATACTTTTTATGAGTAT
188 AATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTCTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTAT
* * *
5425 TGTGGCCAAAAATCGA-GGAAAATACTTCCGGATCAATTTTTGCCAAATTTAAGCGGAAATCGTG
253 TGTGGCCAAAAATTGAGGGAAAA-ACTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTG
*
5489 TACTAACCATCACGG
317 TACTAACCATCACAG
* * *
5504 TTTTTGGATGAAAAA-GCGTTCCGGGGC-CCGTCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAGTCAAGACT
1 TTTTTGGCT-AAAAACGCATTCCGGGGCACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAGTCAAGACT
*
5567 CCTTGTAATATCTTTA-T-TCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACG
65 CCTTGTAATATCTATATTATCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACG
*
5630 AGCATCTGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAAATTCGGAAAAAA-AGGAAAAACAATATT
130 AGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATT-AATTCGGAAAAAATAGGAAAAACAATATT
* * *
5694 AGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTCTTGGCGGTGAATTATATAGTTTTTATGAGTATTGTGGG
194 AGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTCTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGC
* * * * *
5759 CAATAATTGAGGGAAAAAGTTTCGGTTCAATTTTTGTAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAAC
259 CAAAAATTGAGGGAAAAACTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAAC
*
5824 CATCATAG
324 CATCACAG
* * *
5832 TTTTTGGTTAAAAACGCATTTCGGGGCACCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGG
1 TTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGCACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
5886 TGCCTACAGT
Statistics
Matches: 1427, Mismatches: 225, Indels: 113
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
325 77 0.05
326 118 0.08
327 50 0.04
328 309 0.22
329 67 0.05
330 170 0.12
331 135 0.09
332 75 0.05
333 76 0.05
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337 19 0.01
338 117 0.08
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (331 bp):
TTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGCACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAGTCAAGACTC
CTTGTAATATCTATATTATCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACGA
GCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAG
AAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTCTTGGCGATGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCCA
AAAATTGAGGGAAAAACTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
TCACAG
Found at i:5746 original size:663 final size:659
Alignment explanation
Indices: 3845--5891 Score: 2555
Period size: 659 Copynumber: 3.1 Consensus size: 659
3835 AATTATCATG
* * *
3845 GTTTTTTGGCTAAAAACGC-TTTACGGGGTCA-CGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGGC-AT
1 GTTTTTTGGTTAAAAACGCATTT-CGGGG-CACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCTA-
* * *
3907 GACTCCTTGTAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGACTTAAGGATTTGTTT
63 GACTCCTTATAATATCTATATTCATCTAACCGAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTG-TT
* * *
3972 TTACGAGCATATGAATCT-TGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAATCA
127 TTACGAGCATATGAAT-TATGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAACA
* * * *
4036 ATATTATAATCGTGAAAAA-ACCTTCAATTTTCTTGGTGTTGAATTATATACTTTTTATGAGTAT
191 ATATTAGAAGCGT-AAAAAGCCCTTCAA-TTTCTTGGCGTTGAATTATATACTTTTTATGAGTAT
* * *
4100 TGTGGCCAAAAATCGAGGGAAATAATTCCGGATTAATTTTTGCAAAATTTAAGCGGAAATCGTGT
254 TGTGGCCAAAAATCGAGGAAAATACTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTAAGCGGAAATCGTGT
* * * *
4165 ACTAACCATCACGGTGTTTGGCTGAAAAAGCTTTCTGGGGCCTGTCTCAGTTTTGCATGATTTTT
319 ACTAACCATCACGGTTTTTGGCTGAAAAAGCATTCCGGGGCCCGTCTCAGTTTTGCATGATTTTT
4230 GGAGTCAAGACTCCTTGTAATATCTTTATTCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAAGATT
384 GGAGTCAAGACTCCTTGTAATATCTTTATTCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAAGATT
* * *
4295 TGATTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAATTTAATTCGGAAAAAAAATAGGA
449 TGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAAATAGGA
* * *
4360 AAAACAATATTAGAAGAGTGAAAAGCCCTTCAGTCTTCTTGGCGGTGAATTATATACTTATTATG
513 AAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTCTTGGCGGTGAATTATATACTTTTTATG
*
4425 AGTATTGTGGGCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTCCAAAATTTAAGCCGAAAT
578 AGTATTGTGGGCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAAT
*
4490 TGTGTACTAACCATCAC
643 CGTGTACTAACCATCAC
* *
4507 AG-TTTTTGGTTAAAAACGCATTTCGGGGCACCGGCTCAGCTTTGCATGATTTTTGGTGCCTACA
1 -GTTTTTTGGTTAAAAACGCATTTCGGGGCACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCTAGA
* ** * * * * * *
4571 GTAATTGA-AATATCTATATTCATCTAGCCGAGTCTCAAGAACAATGGATTTAAGGATTTATTTT
65 CTCCTT-ATAATATCTATATTCATCTAACCGAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT
* * *
4635 ACGAGCAT-TAGAA--ACCGATTTCATTTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATTTAGGAAAAAC
129 ACGAGCATAT-GAATTA-TG-TTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAA-ATAGGAAAAAC
* * ** * * *
4697 GATATTAGATGCGTAAAAAGCCCTTCAA-TT-TTGGCAATGAATTATA-A--ATTTAAGGGTATT
190 AATATTAGAAGCGTAAAAAGCCCTTCAATTTCTTGGCGTTGAATTATATACTTTTTATGAGTATT
* * * * *
4757 GTGGCAAAAAATTGAGGAAAAGT-CATT-C-AATTCAATTTTTACAAAATTTTAA-CCGAAATCG
255 GTGGCCAAAAATCGAGGAAAA-TAC-TTCCGGA-TCAATTTTTGCAAAA-TTTAAGCGGAAATCG
** * * * * * * * * *
4818 TAAACTAAGCATCGCAGTTTTTAGCT-AAAAATACATTCCGAGGCCCGACACAGTTTTGCTTGAT
316 TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTGAAAAA-GCATTCCGGGGCCCGTCTCAGTTTTGCATGAT
* * * * * * **
4882 TTTTGGCA-CCAAGACTCGTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCATATTATATT
380 TTTTGG-AGTCAAGACTCCTTGTAATATCTTTA-T--TCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATT
* * * * **
4946 TGAGGATTTATTTTTACGAGTATCTGAATAATATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAATAA
441 TAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAA-AA
* ** * * *
5011 AAATAGGAAAAACGATATTAGACTCGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGG-GGATGAATTGTATA
505 AAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTCTTGGCGG-TGAATTATATA
* * ** *** *
5075 TTTTTTTATGAGTATTATGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCCAATCAA-TTTTGCAAATTTT
569 -CTTTTTATGAGTATTGTGGGCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTT
* *
5139 AAGCAGAAATCGTGTACTAACCGTCAC
633 AAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC
* * * * * *
5166 GTTTTTTTTACGGCTAAAAACGCGTTCCGTGGCTCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCT-CC
1 G--TTTTTT--GGTTAAAAACGCATTTCGGGGCACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG-TGCC
*
5230 TAGACTCCTTATAATATCTATATTCATCTAACCGAATCTCAGGCACATTGGATTTAAAGATTTGT
61 TAGACTCCTTATAATATCTATATTCATCTAACCGAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGT
* *
5295 TTCTACGAGCATATGAATTATGTTTCAATTAAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAAC
126 TT-TACGAGCATATGAATTATGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAAC
*
5360 AATATTAGAAGCGTTAAAAGCCCTTCAATCTTCTTGGCGTTGAATTATATACTTTTTATGAGTAT
190 AATATTAGAAGCGTAAAAAGCCCTTCAAT-TTCTTGGCGTTGAATTATATACTTTTTATGAGTAT
*
5425 TGTGGCCAAAAATCGAGGAAAATACTTCCGGATCAATTTTTGCCAAATTTAAGCGGAAATCGTGT
254 TGTGGCCAAAAATCGAGGAAAATACTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTAAGCGGAAATCGTGT
* *
5490 ACTAACCATCACGGTTTTTGGATGAAAAAGCGTTCCGGGGCCCGTCTCAGTTTTGCATGATTTTT
319 ACTAACCATCACGGTTTTTGGCTGAAAAAGCATTCCGGGGCCCGTCTCAGTTTTGCATGATTTTT
5555 GGAGTCAAGACTCCTTGTAATATCTTTATTCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAAGATT
384 GGAGTCAAGACTCCTTGTAATATCTTTATTCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAAGATT
*
5620 TGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGAAATTAAATTCGG-AAAAAA-AGGA
449 TGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATT-AATTCGGAAAAAAATAGGA
*
5683 AAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTCTTGGCGGTGAATTATATAGTTTTTATG
513 AAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTCTTGGCGGTGAATTATATACTTTTTATG
* * *
5748 AGTATTGTGGGCAATAATTGAGGGAAAAAGTTTCGGTTCAATTTTTGTAAAATTTAAGCCGAAAT
578 AGTATTGTGGGCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAAT
*
5813 CGTGTACTAACCATCATA
643 CGTGTACTAACCATCA-C
*
5831 G-TTTTTGGTTAAAAACGCATTTCGGGGCACCGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGTGCCTA
1 GTTTTTTGGTTAAAAACGCATTTCGGGGCACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCTA
5892 CAGTAATTGA
Statistics
Matches: 1147, Mismatches: 187, Indels: 103
0.80 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
655 6 0.01
656 119 0.10
657 10 0.01
658 6 0.01
659 179 0.16
660 92 0.08
661 56 0.05
662 127 0.11
663 179 0.16
664 128 0.11
665 12 0.01
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667 8 0.01
668 10 0.01
669 123 0.11
670 6 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (659 bp):
GTTTTTTGGTTAAAAACGCATTTCGGGGCACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCTAGAC
TCCTTATAATATCTATATTCATCTAACCGAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTAC
GAGCATATGAATTATGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAACAATATT
AGAAGCGTAAAAAGCCCTTCAATTTCTTGGCGTTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCC
AAAAATCGAGGAAAATACTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTAAGCGGAAATCGTGTACTAACC
ATCACGGTTTTTGGCTGAAAAAGCATTCCGGGGCCCGTCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAGTCA
AGACTCCTTGTAATATCTTTATTCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTT
ACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATAGGAAAAACAAT
ATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTCTTGGCGGTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGT
GGGCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACT
AACCATCAC
Found at i:8122 original size:332 final size:330
Alignment explanation
Indices: 5907--10571 Score: 4406
Period size: 332 Copynumber: 14.0 Consensus size: 330
5897 ATTGAAAAAC
* * * * *
5907 TTTTTATGAGGATTATGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCCGATCAA-TTTTGCAAATTTTAA
1 TTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTTAA
* * * * * * * * * * *
5971 ACAGGATTCGTGTACTAACAATCACGTTTTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCTCCAGCTCA
66 GCCGAAATCGTGTACTAACCATCACG-GTTTTT-GGTTAAAAACGCATTCCGAGGCACCGGCTCA
* * * *
6036 GTTTTGCATGATTTTTGGCTCCTAGACTCCTT-ATAATATCTATATTCATCTAACCGAATCTCAG
129 GTTTTGCATGATTTTTGGCTCCAAGACTCATTGA-AATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAA
* *
6100 GCACATTGGATTTACA-GATTTGTTTCTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTAAATTAGAAAT
193 GCACATTGGATTTA-AGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTTAATTAGAAAT
* * * * *
6164 TAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCATTCTTCTTGGCGTT
257 TAATTCGGAAAAAA-AAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGGT
6229 GAATTATATA
321 GAATTATATA
* * * * * * *
6239 CTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATCGAAGGAAATACTTCCGGATCAATTTTTGCCAAATTTA
1 -TTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTTA
* * * ** *
6304 AGCGGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTGAAAAA-GCGTTCCG-GGGTCCGTCTCA
65 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG-TTAAAAACGCATTCCGAGGCACCGGCTCA
* * * * * *
6367 GTTTTGCATGATTTTTGGAGT-CAAGACTCCTTGTAATATCTTTA-T--TCTAACCAAATTTCAG
129 GTTTTGCATGATTTTTGG-CTCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAA
* * * *
6428 GCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCT-TTTTTCGATATAATTAGAAAT
193 GCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAAT-TATGTTTCAATTTAATTAGAAAT
* * * *
6492 TAAATTCGGAAAAAAGAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGATCAATCATCTTG
257 T-AATTCGG-AAAAA-AA-A-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCC-TTCAATCTTTTTG
6557 GCGGTGAATTATATA
316 GCGGTGAATTATATA
* ** * *
6572 GTTTTTATGAGTACTGTGGGCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTAAATTTTTTCAAAATTTA
1 -TTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTTA
* * * * *
6637 AGCCGAAATCGTGTACCAACAATCACAGTTTTTGGTTAAAAACGCATTTCGAGTCACCGGCTCAG
65 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCATTCCGAGGCACCGGCTCAG
* * * * * * *
6702 TTTTGCATGATTTTTGG-TGCCTACAGTAATTGAAATATCTATATTAATCTAGCCGAATCTCAAG
130 TTTTGCATGATTTTTGGCT-CCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAAG
* * * * * *
6766 AACAATGGATTTAAGGATTTGTATTTACGAGCATCAGAA--ACCGAATTCAATTTAATTAGAAAT
194 CACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTA-TG-TTTCAATTTAATTAGAAAT
* * * * * * * *
6829 TAATTCGGAAAAATTTAGGAAAAACGATATTAGATGTGTAAAAAGCCCTTCGATTTTTTTTGGCA
257 TAATTCGGAAAAA--AAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTC-AATCTTTTTGGCG
*
6894 ATGAATTATATA
319 GTGAATTATATA
* * * * ** *
6906 --TTTATGGGTACTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAATCATTCAATTCAATTTTTACAAAATTTTA
1 TTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAA-TTTA
** * * ** * *
6969 A-CCGAAATCGTAAACTAAGCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATACATTCCGAGGC-CCGACTCCG
65 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCATTCCGAGGCACCGGCTCAG
** *
7032 TTTTGTTTGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC-AGT
130 TTTTGCATGATTTTTGGCTCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAAG-
** * * * * *
7096 CACATTATATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATAATATTTCGATTTAATTAGAAATTA
194 CACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTTAATTAGAAATTA
* ** ** *
7161 ATTCGGAAAAAATAGGGAAACGATATTAGACTCGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGG-GGATGA
259 ATTCGGAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGG-TGA
*
7225 ATTGTATATT
323 A-T-TATATA
* * *
7235 TTTTTATGAGTATTATGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTTC-GATCAA-TTTTGCAAATTTTA
1 TTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAAC-TTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTTA
* * * * * ** * * *
7298 AGCGGAAATCGTATACTAACCATCACGTTTTTTTTCGGCTAAAAATGTGTTCCGGGGCTCCAGCT
65 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACG--GTTTTT-GGTTAAAAACGCATTCCGAGGCACCGGCT
*
7363 CAGTTTTGAATGATTTTTGGCT-CATAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
127 CAGTTTTGCATGATTTTTGGCTCCA-AGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
* * *
7427 AGGCACATTGGATTTAAGGATTAGTTTCTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTTAATTAGAAA
191 AAGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTTAATTAGAAA
* *
7492 TTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGA
256 TTAATTCGGAAAAAA-AAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGG
*
7557 TGAATTGTATA
320 TGAATTATATA
* * *
7568 TTTTCTTATGAGTATTATGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCCGATCAATTTTTGCAAAATTT
1 -TTT-TTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTT
* * ** * * *
7633 AAGCGGAAATCGTGTACTAACCATCACGTTTTTTTTTTGACAAAAAACGCATTGCGGGGCACCAG
64 AAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTT----AAAAACGCATTCCGAGGCACCGG
* * *
7698 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTCCAAGACTCCTT-ATAATATCTATACTCATCTAACCGAATC
125 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTCCAAGACTCATTGA-AATATCTATATTCATCTAACCAAATC
* * *
7762 TCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACCAGCATCTGAATTATGTTTCAATTTAATTAGA
189 TCAAGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTTAATTAGA
* * **
7827 AATTAAATTCGGAAAAAAAAGAAAATCAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTACTTGGC
254 AATT-AATTCGGAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGC
7892 GGTGAATTATATA
318 GGTGAATTATATA
**
7905 CTTTTTATGAGTATTGTGGGTC-AAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTT
1 -TTTTTATGAGTATTGT-GACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTT
* * *
7969 AAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAGTTTTTGGTTAAAAACGCATTTCGAGGCACCGGCTCA
64 AAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCATTCCGAGGCACCGGCTCA
* * * * * * *
8034 GTTTTGCATGATTTTTGGTTCCTACAGTAATTGAAATATCTATATTCATCTAGCCGAATCTCAAG
129 GTTTTGCATGATTTTTGGCTCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAAG
* * * * *
8099 AACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAA--ACCGAATTCAATTTAATTAGAAAT
194 CACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTA-TG-TTTCAATTTAATTAGAAAT
* * * * * *
8162 TAATTCCGAAAAATTTAGGAAAAACGAT-TCTAGATGCGTAAAAAGCCCTTCAATTTTTTTTTTG
257 TAATTCGGAAAAA--AAAGAAAAACGATAT-TAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAA---TCTTTTTG
**
8226 GCAATGAATTATATA
316 GCGGTGAATTATATA
* * ** *
8241 --TTTATGGGTATTGTGACCAAAAATTGA-GGAAAAATCATTCAATTCAATTTTTACAAAATTTT
1 TTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAA-CTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAA-TTT
** * * *** * *
8303 AA-CCGAAATCGTAAACTAAGCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATATATTCCGAGGC-CCGACACA
64 AAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCATTCCGAGGCACCGGCTCA
* * *
8366 GTTTTGCTTGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT-TAG
129 GTTTTGCATGATTTTTGGCTCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAAG
** * * * * * * *
8430 TCACATTACATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATAATATTTCGATTTAAATAGAACTT
194 -CACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTTAATTAGAAATT
* ** *
8495 AATTCGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTACACTCGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGG-GGA
258 AATTCGGAAAAAAA-A-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGG-
* *
8559 TTTAATTGTATA
320 -TGAATTATATA
* * * * * * *
8571 TTTTTTATGAGTATTATGACCTAAAACTGAGGGAAAAACGTTCCGATCAA-GTTTGCAAAATTTA
1 -TTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTTA
* * * * * * **
8635 AGCGGAATTCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGATGAAAAA-GCGTTCCGGGGC-CCATCTCA
65 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG-TTAAAAACGCATTCCGAGGCACCGGCTCA
* * * * * *
8698 GTTTTGCATGATTTTTGGATTCAAGACTTC-TTGTAATATC--T-TTAATCTAACAAAATCTCAG
129 GTTTTGCATGATTTTTGGCTCCAAGAC-TCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAA
* * * * * * * *
8759 GAACACTGGATTTAAAGATTTGTTTTTATGAGTATCTGAATCT-TTTTTCGATTTAATTCGAAAT
193 GCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAAT-TATGTTTCAATTTAATTAGAAAT
* *
8823 TAAATTCGGAAAAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTCTTGG
257 T-AATTCGG--AAAAAAA-A-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGG
8888 CGGTGAATTATATA
317 CGGTGAATTATATA
** *
8902 GTTTTTATGAGTATTGTGGGCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTTCAAAATTTA
1 -TTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTTA
* *
8967 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGTTAAAAACGCATTTCGAGGCACCGGCTCAG
65 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCATTCCGAGGCACCGGCTCAG
* * * * * *
9032 TTTTGCATGATTTTTGG-TGCCTACAATAATTGAAATATCTATATTCATCTAGCCGAATCTCAAG
130 TTTTGCATGATTTTTGGCT-CCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAAG
* * * * * *
9096 AACAATGGATTTAAGGATTTGTATTTACGAGCATCAGAA--ACCGAATTCAATTTAATTAGAAAT
194 CACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTA-TG-TTTCAATTTAATTAGAAAT
* * * * * * * * *
9159 TAATTCAGAAAAATTTAGGAAAAACGATATTAGATGTGTAAAAAGCCCTTCGATTTTTTATGGCA
257 TAATTCGGAAAAA--AAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTT-TGGCG
*
9224 ATGAATTATATA
319 GTGAATTATATA
* * * * ** *
9236 --TTTATGGGTACTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAATCATTCAATTCAATTTTTACAAAATTTTA
1 TTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAA-TTTA
** * * *** * *
9299 A-CCGAAATCGTAAACTAAACATCACGGTTTTTGGCTAAAAATATATTCCGAGGC-CCGACACAG
65 AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCATTCCGAGGCACCGGCTCAG
* * *
9362 TTTTGCTTGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT-TAGT
130 TTTTGCATGATTTTTGGCTCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAAG-
* ** * * * * * *
9426 CACACTACATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATAATATTTCAATTTAAATAAAAATTA
194 CACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTTAATTAGAAATTA
* * ** *
9491 ATTCAGAAAAAAAATAGGAAAAACGATATTACACTCGTGAAAGGCCCTTCAATCTTTTTGG-GGA
259 ATTC-GGAAAAAAA-A-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGG-
*
9555 TGAATTGTATA
320 TGAATTATATA
* * *
9566 TTTTCTTATGAGTATTATGACCAAAAATTGAGGG-AAAACTTTCCGATCAATTTTTGCAAAATTT
1 -TTT-TTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTT
* * ** * *
9630 AAGCGGAAATCGTGTACTAAACATCAC-GTTTTTTTTTGACAAAAAACGCATTGC-AGGGCACCA
64 AAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTT----AAAAACGCATTCCGA-GGCACCG
* * *
9693 GCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTCCAAGACTCCTT-ATAATATCTATACTCATCTAACCGAAT
124 GCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTCCAAGACTCATTGA-AATATCTATATTCATCTAACCAAAT
*
9757 CTC-AGACACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTTAATTA
188 CTCAAG-CACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTTAATTA
* * **
9821 GAAATTAAATTCGGAAAAAGAAAAAGAAAATCAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTAC
252 GAAATT-AATTCGG--AAA-AAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTT
9886 TTGGCGGTGAATTATATA
313 TTGGCGGTGAATTATATA
** *
9904 CTTTTTATGAGTATTGTGGGTC-AAAATTGAGGGAAAAACTATCGGTTCAATTTTTGCAAAATTT
1 -TTTTTATGAGTATTGT-GACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTT
* *
9968 AAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGTTAAAAACGCATTTCGAGGCACCGGCTCA
64 AAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCATTCCGAGGCACCGGCTCA
* * * * * * **
10033 GTTTTGCATGATTTTT-GATGCCTACAATAATTGAAATATCTATATTCATCTAGCTGAATCTCAA
129 GTTTTGCATGATTTTTGGCT-CCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAA
* * ** * * * *
10097 GAACAATGGATTTAAGGATTTGTAATTACGAGCATCAGAA--ACCGAATTCAATATAATTAGAAA
193 GCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTA-TG-TTTCAATTTAATTAGAAA
* * * * * * * *
10160 TTAGTTCAGAAAAACATAGGAAAAACGATATTAGATGTGTAAAAAGCCCTTCGATTTTTTATGGC
256 TTAATTCGGAAAAA-A-AAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTT-TGGC
**
10225 AATGAATTATATA
318 GGTGAATTATATA
* * * * ** *
10238 --TTTATGGGTATTGTGGCCAAAAATTGA-AGAAAAATCATTCAATTCAATTTTTACAAAATTTT
1 TTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAA-CTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAA-TTT
** * * *** * *
10300 AA-CCGAAATCGTAAACTAAGCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATATATTCCGAGGC-CCGACACA
64 AAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCATTCCGAGGCACCGGCTCA
* * *
10363 GTTTTGCTTGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT-TAG
129 GTTTTGCATGATTTTTGGCTCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAAG
* ** * * * * * *
10427 TCACACTACATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATAATATTTCAATTTAAATAAAAATT
194 -CACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTTAATTAGAAATT
* * **
10492 AATTCAGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTACACTCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGG-GGA
258 AATTCGGAAAAAAA-A-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGG-
*
10556 TGAATTGTATA
320 TGAATTATATA
10567 TTTTT
1 TTTTT
10572 GACAAAAAAC
Statistics
Matches: 3547, Mismatches: 631, Indels: 310
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
327 14 0.00
328 99 0.03
329 113 0.03
330 454 0.13
331 469 0.13
332 559 0.16
333 500 0.14
334 341 0.10
335 222 0.06
336 234 0.07
337 401 0.11
338 123 0.03
339 14 0.00
340 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (330 bp):
TTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTTAA
GCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCATTCCGAGGCACCGGCTCAGT
TTTGCATGATTTTTGGCTCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAAGCA
CATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCAATTTAATTAGAAATTAAT
TCGGAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGGTGAATT
ATATA
Found at i:11348 original size:331 final size:333
Alignment explanation
Indices: 10824--11564 Score: 757
Period size: 331 Copynumber: 2.2 Consensus size: 333
10814 ATTGTGGGTC
* ** * **
10824 AAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGTTCAATTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAATCGTGTACTAACCA
1 AAAATTGAGGGAAAAACATTCAATTCAATTTTTACAAAATTTAAGCCGAAATCGTAAACTAACCA
* * * * * * * ** *
10889 TCACAGTTTTTGGTTAAATACGCATTTCGAGGCACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTTCCT
66 TCACAGTTTTTGGCTAAAAACACAATCCGAGGCACCGACACAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCA
* * * **
10954 ACAGTAATTGAAATATCTATATTCATCTAGCCGAATCTCAAGAACAATGGATTTAAGGATTTGTT
131 ACACTAATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAAGAACAATACATTTAAGGATTTGTT
* * * **
11019 TTTACGAGCATCAGAA-ACCGAATTCAATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAATTTAGGAAAA
196 TTTACGAGCATCAGAATA-AGAATTCAATTTAAATAAAAATTAATTCAGAAAAAAAATAGGAAAA
11082 ACGATATTAGATGTGTAAAAAGCCCTTCGATTTTTTTTTGGCAATGAATTATATATTTATGGGTA
260 ACGATATTAGATGTGTAAAAAGCCCTTCGATTTTTTTTTGGCAATGAATTATATATTTATGGGTA
11147 CTGTGACCA
325 CTGTGACCA
* *
11156 AAAATTGAGGGAAAATCATTCAATTCAATTTTTACAAAATTTTAA-CCGAAATCGTAAACTAAGC
1 AAAATTGAGGGAAAAACATTCAATTCAATTTTTACAAAA-TTTAAGCCGAAATCGTAAACTAACC
* * * * *
11220 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAATATAATCCGAGG-GCCGACACAGTTTTGCTTGATTTTTGGCACC
65 ATCACAGTTTTTGGCTAAAAACACAATCCGAGGCACCGACACAGTTTTGCATGATTTTTGGCACC
* * * * * *
11284 AAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT-TAGTCACACTACATTTGAGGATTTG
130 AACACTAATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAAG-AACAATACATTTAAGGATTTG
* * * * *
11348 TTTTTAGGAGTATCTGAATAATATTTCAATTTAAATAAAAATTAATTCAGAAAAAAAATAGGAAA
194 TTTTTACGAGCATCAGAATAAGAATTCAATTTAAATAAAAATTAATTCAGAAAAAAAATAGGAAA
* * * * * ** *
11413 AACGATATTACACTCATG--AAAGGCCCTTC-A-ATCTTTTTGGGGATGAATTGTATATTTTCTT
259 AACGATATTAGA-T-GTGTAAAAAGCCCTTCGATTTTTTTTTGGCAATGAA-T-TATA-TAT-TT
* * * *
11474 ATGAGTATTATGACTA
318 ATGGGTACTGTGACCA
* * * * **
11490 AAAATTGAGGGAAAAACTTTCCGA-TCAATTTTTGCAAAATTTAAGCGGAAATCGTGTACTAACC
1 AAAATTGAGGGAAAAACATT-CAATTCAATTTTTACAAAATTTAAGCCGAAATCGTAAACTAACC
11554 ATCAC-GTTTTT
65 ATCACAGTTTTT
11565 TTTTTTACAA
Statistics
Matches: 333, Mismatches: 64, Indels: 23
0.79 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
330 15 0.05
331 116 0.35
332 113 0.34
333 19 0.06
334 68 0.20
335 2 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (333 bp):
AAAATTGAGGGAAAAACATTCAATTCAATTTTTACAAAATTTAAGCCGAAATCGTAAACTAACCA
TCACAGTTTTTGGCTAAAAACACAATCCGAGGCACCGACACAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCA
ACACTAATTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAAGAACAATACATTTAAGGATTTGTT
TTTACGAGCATCAGAATAAGAATTCAATTTAAATAAAAATTAATTCAGAAAAAAAATAGGAAAAA
CGATATTAGATGTGTAAAAAGCCCTTCGATTTTTTTTTGGCAATGAATTATATATTTATGGGTAC
TGTGACCA
Done.