Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014461.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14494, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6347
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.18, T:0.35
Found at i:2027 original size:297 final size:298
Alignment explanation
Indices: 1443--2027 Score: 900
Period size: 297 Copynumber: 2.0 Consensus size: 298
1433 GGGGCTCCAA
1443 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGACTCCAAGACTACTTATAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGACTCCAAGACTACTTATAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
*
1508 CAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCTACGAGCATCTGAATTATTTTTCAATTTAATTAGAA
66 CAGGCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTCTACGAGCATCTGAATTATTTTTCAATTTAATTAGAA
*
1573 ATTATTCCGGAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTAAAAAGCCCTTCAATCTTCTTGGCG
131 ATTATTCCGAAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTAAAAAGCCCTTCAATCTTCTTGGCG
* * *
1638 TTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGGAAATACTTCCGGATCAATTT
196 GTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGGAAAAACTTCCGGATCAATTT
*
1703 TTGCAAAATTTTAGCGGAAATCGTGTATCGGGTCCCGT
261 TTGCAAAATTTAAGCGGAAATCGTGTATCGGGTCCCGT
* * *
1741 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAGT-CAAGACTCCTTGTAATAT-T-T-TT-ATTCTAACCAAAT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTT-GACTCCAAGACTACTTATAATATCTATATTCA-TCTAACCAAAT
* *
1801 CTCAGGCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCT-TTTTTCGATTTAATTA
64 CTCAGGCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTCTACGAGCATCTGAAT-TATTTTTCAATTTAATTA
1865 GAAATTAAATT-CGAAAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAA-CCCTTCAATCTT
128 GAAATT--ATTCCG-AAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGT-AAAAAGCCCTTCAATCTT
* * *
1928 CTTTGCGGTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGGCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTC-GA
189 CTTGGCGGTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGGAAAAACTTCCGGA
*
1992 TTCAATTTTTGCAAAATTTAAGCTGAAATCGTGTAT
254 -TCAATTTTTGCAAAATTTAAGCGGAAATCGTGTAT
2028 TAACCATCAT
Statistics
Matches: 264, Mismatches: 15, Indels: 17
0.89 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
294 1 0.00
295 78 0.30
296 6 0.02
297 135 0.51
298 41 0.16
299 3 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (298 bp):
CTCAGTTTTGCATGATTTTTGACTCCAAGACTACTTATAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
CAGGCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTCTACGAGCATCTGAATTATTTTTCAATTTAATTAGAA
ATTATTCCGAAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTAAAAAGCCCTTCAATCTTCTTGGCG
GTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGGAAAAACTTCCGGATCAATTT
TTGCAAAATTTAAGCGGAAATCGTGTATCGGGTCCCGT
Found at i:2410 original size:332 final size:326
Alignment explanation
Indices: 1730--4750 Score: 2780
Period size: 332 Copynumber: 9.2 Consensus size: 326
1720 AAATCGTGTA
* * * * *
1730 TCGGGTCCCGTCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG-AGTCAAGACTCCTTGTAATAT-T-T-TT-AT
1 TCGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA-CCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCA-
* * *
1790 TCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTTTTTC
64 TCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAA--ATGTTTC
* * *
1855 GATTTAATTAGAAATTAAATTCGAAAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAACCCT
127 GATTTAATTAGAAATT-AATTCG-GAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCT
* * * *
1920 TCAATCTTCTTT-GCGGTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGTGGGCAAAAATTGAGGGAAAA
190 TCAATATT-TTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGA-GGAAAA
** * * ** *
1984 ACTTTCGATTCAATTTTTGCAAAA-TTTAAGCTGAAATCGTGTATTAACCATCATTGTTTTTGGT
253 ACTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAA-CCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGC
2048 TAAAAACGCGTT
317 TAAAAA--CGTT
* * ** * * * *
2060 TCGAGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCTACAGTAATTGAAATATCTATATTCAT
1 TCG-GGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCAT
* ** * * * * * *
2125 CTAGCTGAATCTCAAGAACATTGGATTTAAGGATTTATTTTTACGAGCATCAGTAAACGGTTTCA
65 CTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTG-AAA-TGTTTCG
* * *
2190 ATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTTCC
128 ATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCA
* * *
2255 AT-TTTTCAGTCGATGAATTATATATTTTTATATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATC
193 ATATTTT-TGGCGATGAATTATATATTTTT-TATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAA-C
* * * * * * *
2319 ATTCGGGTCCATTTTTGTAAAATTTTAACCGAAATCGAGTACTAACCATCACGGATTTTCGATAA
255 TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAA
*
2384 AAATGTAT
320 AAACGT-T
* * * *
2392 TCTAGGGTCCGGCTCAGTTTTGCATGGA-TTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATTTATATCCA
1 TC-GGGGCCCGGCTCAGTTTTGCAT-GATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCA
* * * * * * * *
2456 TCTAACGAAATCTCTGCCACATTCGATTAAAGAACTTGTTTTTATGAGCATCTGAATTATGTTTC
64 TCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAA--ATGTTTC
* * * * *
2521 GATTTAATTAGTAATTAATTCGGAAAAAATA-GAATAACGATATTTGAAGCGT-AAAAACTCCTC
127 GATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGC-CCTT
* * * *
2584 CAATATTTTTGGCGTTGAATTATATA-CTTTT-T--GTGTTGTGG-CTAAAATTGAGGAAAAAAC
191 CAATATTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGG-AAAAAC
* * * ** *** *
2644 TTTCAGTTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCAAAATCGTGTTTTAATGGTTTTA-GGATGTATTTG
255 TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAA--CCATCACGG-T-T-TTT-
2708 CGATTTTCGACTAAAAACGCGTT
314 -G------G-CTAAAAA--CGTT
* * * * * * *
2731 TCGGGGCCTCGG-TCCATTTTTACATGATTTTTGGCGCCAACAGTAATT-ACAATATCTTTATTC
1 TCGGGGCC-CGGCT-CAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGA-AATATCTATATTC
** * * * *
2794 ATCTAACTGAATCTCAGGCACATTGGATTGAAGGATGTGTTTTTACGAGCATCAGAATTCAGTTT
63 ATCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAAAT--GTTT
* * * * * * *
2859 CAATTTAAATAGAAATTAATTCAGAAAAATTTAGAAAAAACGATATTAGATGCGTAAAAAGCCCT
126 CGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAA-ATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCT
* * ** * *
2924 TCCATTTTTTTTGTGAAATGAATTATATA---TTTATGGGTATTGTGGCCAAAATTTGAGGAAAA
190 T-CAATATTTTTG-GCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAA
* * *
2986 ATCATTCAGGTCAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGC
253 A-CTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGC
3051 TAAAAA----
317 TAAAAACGTT
* * * *
3057 T----------CACAGTTTTGCTTGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAGATATCTATATTTATC
1 TCGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATC
** * * *
3112 TAACCAAATCTCAACCACATTGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATTATATTTCGA
66 TAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAA--ATGTTTCGA
* *
3177 TTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAATCGGGAAAAGCCCTTCAA
129 TTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAA
* * * * * *
3242 TCTTTTTGGGGATGAATTGTATATTTTTTATGAGTAATATGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTT
194 TATTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGA-GGAAAAACTTT
* * * *
3307 CGGATCAATTTTCGCAAAA-TTTAAGCGGAAATCGTGTACTTACCATCA-GGTTTTTTTTTGGCT
258 CGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAA-CCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG----TTTTTGGCT
3370 AAAAACGCGTT
318 AAAAA--CGTT
* * * *
3381 CCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGACTCCAAGACTCCTT-ATAATATCTATATTCA
1 TCGGGGC-CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGA-AATATCTATATTCA
* * * **
3445 GCTGACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTATTTCCACGAGCATCTGAATTATGTTTC
64 TCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAA--ATGTTTC
* *
3510 GATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAGATAGTG-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCTT
127 GATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAG-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTT
* * * *
3574 CAATATTTTTGGGGATGAATTGTATATTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATCGAGGGAAAAAC
191 CAATATTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGA-GGAAAAAC
* * *
3639 TTTCGGATCAATTTTCGCAAAA-TTTAAGCGGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGGCT
255 TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAA-CCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG-TTTTTGGCT
*
3703 AAAGACGCGTT
318 AAA-A-ACGTT
* * * *
3714 TCGGGGCTCTGGCTCCGTTTTGCATGATTTTTGGCTCCAAGACTCCTT-ATAATATCTATATTCA
1 TCGGGGC-CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGA-AATATCTATATTCA
** * *
3778 TCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCCACGAACATCTGATTTATGTTTC
64 TCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGA--AATGTTTC
* *
3843 AATTTAATTAGAAACTAATTCGGAAAAAATAGTG--AAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTT
127 GATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAG-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTT
* * * * *
3906 CAATCTTCTTGGCGTTGAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGACAAATC
191 CAATATTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGA-AAAAC
* * *
3971 ATTCGGGTTAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAA
255 TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAA
*
4036 AAATGGTT
320 AAA-CGTT
* * * * * * *
4044 TCCGGGGTCCGGATCAG--TTGAATGATTTTTTGCACCAAGACTTATTGAAAAATATATATTCAT
1 T-CGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCAT
* * ** *
4107 TTAACCAAATCTCTGTTACATTGGATTTAAGGATTT-TCTTTTACGAGCATCTGAGTTATGTTTC
65 CTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGT-TTTTACGAGCATCTGA--AATGTTTC
* * *
4171 GATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAGAAATA-GAAAAACGATAATAGAATCGTG-AAAGCACCTT
127 GATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGC-CCTT
* * * * * *
4234 CAATATTTTTGGCGTTGAATTATATA-CTTTCATCAGTATTGTGTCCAAAAATTGAGGGAAGAAC
191 CAATATTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGA-GGAAAAAC
* * * *
4298 TTTCAGTTAAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGT--T---C-TAACGGTTTTTGGCTAA
255 TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAA
4357 AAACGCGTT
320 AAA--CGTT
* * * * * * * *
4366 TCGGGGCCTCGG-TCCATTTTTACATGATTTTTGGCGCCAACAGTAATTGGAATTTCTATATTCA
1 TCGGGGCC-CGGCT-CAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCA
** * *
4430 TCTAACTGAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCGGTTTC
64 TCTAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAAA--TGTTTC
* * * * * *
4495 AATTTAAGTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCATGAAAAGCCGTTC
127 GATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTC
* * *
4560 CAT-TTTTCAGTCGATGAATTATA-ATTTTTTATGAGTATTGTGG-CACAAAATTGAGGAAAAAT
192 AATATTTT-TGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCA-AAAATTGAGGAAAAA-
* * *
4622 CATTCGGGTCCATTTTTGTAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTCGG-T
254 CTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT-GGCT
*
4686 AAAAATGTAT
318 AAAAACGT-T
4696 TCTGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATAT
1 TC-GGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATAT
4751 TAAGTCGGAA
Statistics
Matches: 2204, Mismatches: 362, Indels: 250
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
312 12 0.01
313 9 0.00
314 37 0.02
315 175 0.08
316 8 0.00
317 1 0.00
318 14 0.01
321 25 0.01
322 11 0.00
324 125 0.06
325 142 0.06
326 22 0.01
327 73 0.03
328 169 0.08
329 7 0.00
330 64 0.03
331 126 0.06
332 324 0.15
333 254 0.12
334 74 0.03
335 270 0.12
336 3 0.00
337 2 0.00
338 14 0.01
339 117 0.05
340 4 0.00
341 26 0.01
342 16 0.01
343 15 0.01
344 15 0.01
345 50 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (326 bp):
TCGGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATC
TAACCAAATCTCAGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAAATGTTTCGATT
TAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATA
TTTTTGGCGATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAACTTTCGG
GTCAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGT
T
Found at i:3877 original size:333 final size:331
Alignment explanation
Indices: 3060--4750 Score: 1930
Period size: 335 Copynumber: 5.1 Consensus size: 331
3050 CTAAAAATCA
* * *
3060 CAGTTTTGCTTGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAGATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCA
1 CAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATT-AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA
** * * *
3125 ACCACATTGGATTTGAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTGAATTATATTTCGATTTAATTAGAAAT
65 GGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAAT
* * * *
3190 TAATTCGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAATCGGGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGGGAT
130 TAATTCGGAAAAAATAGG-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCGAT
* * * *
3255 GAATTGTATATTTTTTATGAGTAATATGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGATCAATTTTC
194 GAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGATCAATTTTT
* * *
3320 GCAAAA-TTTAAGCGGAAATCGTGTACTTACCATCA-GGTTTTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
259 GCAAAATTTTAA-CCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG---TTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC
3383 GGGGCTCCGGCT
320 GGGGCTCCGGCT
* * * * *
3395 CAGTTTTGCATGATTTTTGACTCCAAGACTCCTTATAATATCTATATTCAGCTGACCAAATCTCA
1 CAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTA-AATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA
* **
3460 GGCACATTGGATTTAAGGATTTATTTCCACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAAT
65 GGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAAT
* * *
3525 TAATTCGGAAAAGATAGTGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAATCCCTTCAATATTTTTGGGGAT
130 TAATTCGGAAAAAATAG-GAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCGAT
* * *
3590 GAATTGTATATTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATCGAGGGAAAAACTTTCGGATCAATTTTC
194 GAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGATCAATTTTT
* *
3655 GCAAAA-TTTAAGCGGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAGACGCGTTTCGGG
259 GCAAAATTTTAA-CCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGG
*
3719 GCTCTGGCT
323 GCTCCGGCT
* * *
3728 CCGTTTTGCATGATTTTTGGCTCCAAGACTCCTTATAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA
1 CAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTA-AATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA
** * * * *
3793 GGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTCCACGAACATCTGATTTATGTTTCAATTTAATTAGAAAC
65 GGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAAT
* * *
3858 TAATTCGGAAAAAATAGTG-AAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTCTTGGCGTT
130 TAATTCGGAAAAAATAG-GAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGCGAT
* * * * * *
3922 GAATTATATACTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGA-GGACAAATCATTCGGGTTAATTTT
194 GAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGA-AAAACTTTCGGATCAATTTT
* *
3986 TGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG-TTTTTGGTTAAAAATG-GTTTCCGG
258 TGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTT-CGG
*
4049 GG-TCCGGAT
322 GGCTCCGGCT
* * * * * * *
4058 CAG--TTGAATGATTTTTTGCACCAAGACTTATTGAAAAATATATATTCATTTAACCAAATCTCT
1 CAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATT-AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA
** *
4121 GTTACATTGGATTTAAGGATTT-TCTTTTACGAGCATCTGAGTTATGTTTCGATTTAATTAGAAA
65 GGCACATTGGATTTAAGGATTTGT-TTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAA
* * * * *
4185 TTAATTCGGAAGAAATAGAAAAACGATAATAGAATCGTG-AAAGCACCTTCAATATTTTTGGCGT
129 TTAATTCGGAAAAAATAGGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGC-CCTTCAATATTTTTGGCGA
* * * * * * * *
4249 TGAATTATATA-CTTTCATCAGTATTGTGTCCAAAAATTGAGGGAAGAACTTTCAGTTAAATTTT
193 TGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGACCAAAAATTGAGGGAAAAACTTTCGGATCAATTTT
*
4313 TGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGT--T---C-TAACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGG
258 TGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGG
4371 GC-CTCGG-T
323 GCTC-CGGCT
* * * * * * * * **
4379 CCATTTTTACATGATTTTTGGCGCCAACAGTAATTGGAATTTCTATATTCATCTAACTGAATCTC
1 -CAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATT-AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
* **** * *
4444 AGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAACCGGTTTCAATTTAAGTAGAAA
64 AGGCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAA
* * * * * * *
4509 TTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCATGAAAAGCCGTTCCAT-TTTTCAGTCG
129 TTAATTCGGAAAAAATAGG-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATATTTT-TGGCG
* * * *
4573 ATGAATTATA-ATTTTTTATGAGTATTGTG-GCACAAAATTGA-GGAAAAATCATTCGGGTCCAT
192 ATGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGACCA-AAAATTGAGGGAAAAA-CTTTCGGATCAAT
* * *
4635 TTTTGTAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTCGG-TAAAAA--TGTATT
255 TTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGCGT-TT
4697 CTGGGGC-CCGGCT
319 C-GGGGCTCCGGCT
4710 CAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTGAAATAT
1 CAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATT-AAATAT
4751 TAAGTCGGAA
Statistics
Matches: 1167, Mismatches: 155, Indels: 73
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
321 26 0.02
322 10 0.01
324 126 0.11
325 93 0.08
326 5 0.00
327 71 0.06
328 168 0.14
329 3 0.00
330 51 0.04
331 39 0.03
332 129 0.11
333 176 0.15
334 1 0.00
335 266 0.23
336 3 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (331 bp):
CAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG
GCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATT
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CCGGCT
Done.