Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014558.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14591, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 680
Length: 1134
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.18, T:0.37
Found at i:846 original size:334 final size:335
Alignment explanation
Indices: 3--1134 Score: 1848
Period size: 334 Copynumber: 3.4 Consensus size: 335
1 AA
* * *
3 CCCTTTAATTATTTTGGCATTGAATTATATAATTTTTTATGAGTATCGTGGCAAAAAATTGAGTA
1 CCCTTCAATTATTTTGGCATTGAATTATAT-ATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATGGAGTA
68 AAAAAC-TTTCGGGTCAGTTTTTTCAAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCATGATTT
65 AAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTTCAAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCATGATTT
*
132 TTGGCTAAAAATGCGCTATGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGTGCCAAGACTCCTT
130 TTGGCTAAAAATGCGCTATGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTT
* *
197 GAAATATCTTTATTCATTTAACCAAATCTCAGTCGCAATGGGTTTAATGATTTGTTTTTGCGAGC
195 GAAATATCTTTATTCATTTAACCAAATCTCAGACGCAATGGGTTTAAGGATTTGTTTTTGCGAGC
* * *
262 ATCTGAATCATGTTCCGATTTACTTAAAAAATAATTT-GAAAAAATTTTGAAAAACGATATTAGA
260 ATCTGAATCATGTTTCGATTTAGTTAAAAATTAATTTGGAAAAAATTTTGAAAAACGATATTAGA
*
326 AGCGTAAAAAG
325 AGCGTGAAAAG
*
337 CCCTTCAATCT-TTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTGTGAGTATTGTGGCAAAAAATGGAG-A
1 CCCTTCAAT-TATTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATGGAGTA
* * *
400 AAAAAATTTTCGGGTCGGTTTTTTCAAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGATTT
65 AAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTTCAAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCATGATTT
*
465 TTGGCTAAAAATGCGCTATGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACTCTTT
130 TTGGCTAAAAATGCGCTATGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTT
*
530 GAAATATCTTTATTCATTTAACCAAATCTCAGACGCAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTGCGAGC
195 GAAATATCTTTATTCATTTAACCAAATCTCAGACGCAATGGGTTTAAGGATTTGTTTTTGCGAGC
* * *
595 ATCTGAATCATGTTTCGATTTAGTTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATTTGAAAGACGATATTAGA
260 ATCTGAATCATGTTTCGATTTAGTTAAAAATTAATTTGGAAAAAATTTTGAAAAACGATATTAGA
660 AGCGTGAAAA-
325 AGCGTGAAAAG
* * * *
670 CCCTTTAATTATTTTGGCATTGAATTATATAATTTTTTATGAGTATTTTAGCAAAAAATTGAGTA
1 CCCTTCAATTATTTTGGCATTGAATTATAT-ATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATGGAGTA
* *
735 AAAAACTTTT-GGGTCAGTTTTTTCAAAAATTTTAGTCAAAATCGTGTAATAACCATCATGATTT
65 AAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTTCAAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCATGATTT
* *
799 TTGGCTAAAAACGCGATATGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTT
130 TTGGCTAAAAATGCGCTATGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTT
* * *
864 GAAATATCTTTATTCATCTAACCAAATCTTAGCCGCAATGGGTTTAAGGATTTGTTTTTGCGAGC
195 GAAATATCTTTATTCATTTAACCAAATCTCAGACGCAATGGGTTTAAGGATTTGTTTTTGCGAGC
*
929 ATCTGAATGATGTTTCGATTTAGTTAAAAATTAATTTGGAAAAAATTTTGAAAAACGATATTAGA
260 ATCTGAATCATGTTTCGATTTAGTTAAAAATTAATTTGGAAAAAATTTTGAAAAACGATATTAGA
994 AGCGTGAAAAG
325 AGCGTGAAAAG
* * *
1005 CCCTTCAA-TATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTGTGAGTATTGTGACAAAAAAATGGAGG
1 CCCTTCAATTA-TTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGC-AAAAAATGGAGT
*
1069 AAAAAA-TTTTCGGGTCAGTTTTTTCAAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGATT
64 AAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTTCAAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCATGATT
1133 TT
129 TT
Statistics
Matches: 738, Mismatches: 50, Indels: 19
0.91 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
332 7 0.01
333 270 0.37
334 356 0.48
335 105 0.14
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.18, T:0.37
Consensus pattern (335 bp):
CCCTTCAATTATTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATGGAGTAA
AAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTTCAAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCATGATTTT
TGGCTAAAAATGCGCTATGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTG
AAATATCTTTATTCATTTAACCAAATCTCAGACGCAATGGGTTTAAGGATTTGTTTTTGCGAGCA
TCTGAATCATGTTTCGATTTAGTTAAAAATTAATTTGGAAAAAATTTTGAAAAACGATATTAGAA
GCGTGAAAAG
Done.