Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014571.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14604, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.18, T:0.36
Found at i:730 original size:334 final size:334
Alignment explanation
Indices: 6--1128 Score: 1550
Period size: 335 Copynumber: 3.4 Consensus size: 334
1 AATAT
* * *
6 ATATTAGATGCGTGGAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATT
1 ATATTAGAAGCGTAGAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATT
* *
71 GCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTATGTCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGT
66 GCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTG-CAAAATTTTTTCCGAAATCGTGT
* ** * * * *
136 TCT-ACCATCACGATTCTT-GGCTGAAAATACGTTCTAGGACCCTGGCTCAGTTTTGCATGATTT
130 ACTAACCATCACGATT-TTCGGCTGAAAACGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCGTGATTT
* * * * ** *
199 TTTACGCCAAGACTCATTGAATTA-AC-TATTCATCATCCCAAATATCAGCCACCTTTTATCTAA
194 TTTGCGCCAAGACTCATTGAATTATACTTATTCATCATTCAAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAA
262 GGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGAATAAATT
259 GGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATC-GAAATTAATTCGGAATAAA-T
327 TTTTTAAAAAATG
322 TTTTTAAAAAATG
*
340 ATATTAGAAGCGTAGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATT
1 ATATTAGAAGCGTAGAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATT
* *
405 GCGGTTAAAAATTGGGGAAAAATCTTACGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTTCCGAAATCGTGTA
66 GCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTTCCGAAATCGTGTA
*
470 CTAATCATCACGATTTTCGGCTGAAAACGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCGTGATTTTT
131 CTAACCATCACGATTTTCGGCTGAAAACGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCGTGATTTTT
* * *
535 GGCGCCAAGACTCATTGAATTATTCTTATTCATCATTTAAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGG
196 TGCGCCAAGACTCATTGAATTATACTTATTCATCATTCAAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGG
* *
600 ATTTGATTTTACGAGTATTTGAATTATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAATAAATTTT
261 ATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATC-GAAATTAATTCGGAATAAATTTT
665 TTAAAAAATG
325 TTAAAAAATG
* *
675 ATATTAGAAGCGTAGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATAT-TTTTTTACGAGTTTT
1 ATATTAGAAGCGTAGAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATT
** ** * * * *
739 GCCATTTAAAAATTGAGGAAAAATCCCTCCGGTCAATTTTTGCAAAATTATTACTGAAATCGTGT
66 G-CGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTTCCGAAATCGTGT
* *
804 ACTAACCATCACAATTTTCGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCGTGATTTT
130 ACTAACCATCACGATTTTCGGCTGAAAACGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCGTGATTTT
* * * * * *
869 TTGTGCCAAGACTAATTGAATTATCCTTATTCATCATTCAGAATCTTAGCCACGTTGGATTTAAG
195 TTGCGCCAAGACTCATTGAATTATACTTATTCATCATTCAAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAG
* *
934 GATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGAAATTAATTCTGAA-AAA--AT
260 GATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGAAATTAATTCGGAATAAATTTT
* *
996 TAAAAAAATT
325 TTAAAAAATG
* *
1006 ATATTTGAAGCGTATAAAACCCTTCAATCTTTTTGGC---G---------TTTTTTACGAGTATT
1 ATATTAGAAGCGTAGAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATT
* *
1059 GCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTTGGGTCAATTTTTGC-AAATTTTTTGTCGAAATCGTGT
66 GCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTT-CCGAAATCGTGT
1123 ACTAAC
130 ACTAAC
1129 AAAGCCTGAT
Statistics
Matches: 712, Mismatches: 71, Indels: 27
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
318 7 0.01
319 51 0.07
320 15 0.02
328 1 0.00
331 43 0.06
333 29 0.04
334 200 0.28
335 276 0.39
336 90 0.13
ACGTcount: A:0.30, C:0.15, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (334 bp):
ATATTAGAAGCGTAGAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATT
GCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTTCCGAAATCGTGTA
CTAACCATCACGATTTTCGGCTGAAAACGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCGTGATTTTT
TGCGCCAAGACTCATTGAATTATACTTATTCATCATTCAAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGG
ATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGAAATTAATTCGGAATAAATTTTT
TAAAAAATG
Found at i:1374 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 1355--1386 Score: 55
Period size: 14 Copynumber: 2.3 Consensus size: 14
1345 CTTTTTCACA
*
1355 TATTAGTAATTTAG
1 TATTAGTAATTCAG
1369 TATTAGTAATTCAG
1 TATTAGTAATTCAG
1383 TATT
1 TATT
1387 TTGGATTTTC
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 17 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.03, G:0.12, T:0.50
Consensus pattern (14 bp):
TATTAGTAATTCAG
Found at i:3070 original size:329 final size:328
Alignment explanation
Indices: 1870--3204 Score: 1810
Period size: 327 Copynumber: 4.1 Consensus size: 328
1860 TTTATATCCC
* * *
1870 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTCTACGAGTATTGCAGTTAAAAATTGGGGAAAAATCTTTCGGG
1 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGG
* * *
1935 TCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACACATCACAATTCTTGGCTGAAAACGCGTTC
66 TCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTATACATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTC
*
2000 CGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACACATTGAATTATCCTTATTCATC
131 CGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCCTTATTCATC
* * *
2065 ATTCAAAATCTCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGATTTTACAAGCATTTGAATCATGTTTCGA
196 ATTCAAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGA
* * * *
2130 TTTAATCGGAAATTAATTTGGAAA-AATTAAAAAATTATATTAGAAGCGTAG-AAAGCCATTCAA
261 TTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACAATAAAAAAATGATATTAGAAGCGT-GCAAAGCCCTTCAA
*
2193 TATT
325 TCTT
* * *
2197 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACTAGAACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGG
1 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGG
* *
2262 CCAATTTTTGCAAAATTTTTG-CGAAATCGTGTACTACCATCACGATTTTTGGCTGAATACGCGT
66 TCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTA-TA-CATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGT
* * * * * *
2326 TTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGGTTTCTAGCGCCAAGACTCATTAAATTATCCTTATTCA
129 TCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCCTTATTCA
* * * *
2391 TCATTCTAAATCTCTGCCACGTTTGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTC
194 TCATTCAAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTC
* * * * * * *
2456 GATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAACATTAAAAAAATGTTATTAAAATCGTGCAAAGCGCTTCT
259 GATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACAATAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCA
2521 ATCTT
324 ATCTT
* * * *
2526 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTAGGAGTTTTGCGGTTTAAAAATTGGGGAAAAATCTCTCGG
1 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGG-TTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGG
* * *
2591 TTCAATTTTTGCAAAATTATTGCCGAAATCGTG--TACATCACGATTTTTGGATGAAAACGCGTT
65 GTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTATACATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTT
* * *
2654 CTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTCCAAGACTCATTGAATTAT-TTATATTCA
130 CCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCCT-TATTCA
* * * * * *
2718 TCATCCCAAATCTTAGTCACCTTGGATTTGAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCACGTTTC
194 TCATTCAAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTC
* * *
2783 GATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAA-AAT-AAAAAATGATTTTAGAAGCGTGGAAAACCCTTCA
259 GATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACAATAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCA
*
2846 ATCCT
324 ATCTT
* * * * *
2851 TTTGGCGTTGATTTATATATCTTTTACGACTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCATTCGGA
1 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGG
*
2916 TCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACGATTTTTGGCTGAAAACCCG
66 TCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGT-AT-A-CATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCG
* * *
2981 TTCCGGGGCCACGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTAGG-GGCAAGACTCATTGAATTAT-CTATAT
128 TTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT-GGCGCCAAGACTCATTGAATTATCCT-TAT
* * *
3044 TTATCATCTC-GAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTGATCTTACGAGCATTTGAATCATG
191 TCATCAT-TCAAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATG
* * * *
3108 TTTCGATTTAATCGAAAATTAGTTCGGAAACATTAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCAC
255 TTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACAATAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCC
* *
3173 TTTAATATT
320 TTCAATCTT
*
3182 TTTGGCGTTGAATTATGTATTTT
1 TTTGGCGTTGAATTATATATTTT
3205 ATACTAGTTT
Statistics
Matches: 877, Mismatches: 115, Indels: 28
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
324 54 0.06
325 63 0.07
326 15 0.02
327 241 0.27
328 170 0.19
329 224 0.26
330 48 0.05
331 62 0.07
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (328 bp):
TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGG
TCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTATACATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTC
CGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCCTTATTCATC
ATTCAAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGA
TTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACAATAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAAT
CTT
Found at i:3167 original size:656 final size:655
Alignment explanation
Indices: 1870--3204 Score: 1953
Period size: 656 Copynumber: 2.0 Consensus size: 655
1860 TTTATATCCC
*
1870 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTCTACGAGTATTGCAGTTAAAAATTGGGGAAAAATCTTTCGGG
1 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTCTACGAGTATTGCAGTTAAAAATTGGGGAAAAATCTCTCGGG
* *
1935 TCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACACATCACAATTCTTGGCTGAAAACGCGTTC
66 TCAATTTTTGCAAAATTATTGCCGAAATCGTGTA-ACATCACAATTCTTGGATGAAAACGCGTTC
2000 CGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACACATTGAATTATCCTTATTCATC
130 CGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACACATTGAATTATCCTTATTCATC
* *
2065 ATTCAAAATCTCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGATTTTACAAGCATTTGAATCATGTTTCGA
195 ATCCAAAATCTCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGATTTTACAAGCATTTGAATCACGTTTCGA
* * *
2130 TTTAATCGGAAATTAATTTGGAAAAATTAAAAAATTATATTAGAAGCGTAGAAAGCCATTCAATA
260 TTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATTAAAAAATGATATTAGAAGCGTAGAAAACCATTCAATA
* * * * *
2195 TTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACTAGAACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCG
325 CTTTTGGCGTTGAATTATATATCTTTTACGACAACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCATTCG
* * * *
2260 GGCCAATTTTTGCAAAATTTTTGCGAAATCGTGTACTACCATCACGATTTTTGGCTGAATACGCG
390 GACCAATTTTTGCAAAATTTTTGCGAAATCGTGTAATACCATCACGATTTTTGGCTGAAAACCCG
* * *
2325 TTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGGTTTCTAGCGCCAAGACTCATTAAATTATCCTTATTC
455 TTCCGGGGCCACGACTCAGTTTTGCATGATTTCTAGCGCCAAGACTCATTAAATTATCCTTATTC
* * * *
2390 ATCATTCTAAATCTCTGCCACGTTTGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTT
520 ATCATTCTAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTGATCTTACGAGCATTTGAATCATGTTT
* * * * *
2455 CGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAACATTAAAAAAATGTTATTAAAATCGTGCAAAGCGCTTC
585 CGATTTAATCGAAAATTAATTCGGAAACATTAAAAAAATGATATTAAAAGCGTGCAAAGCACTT-
*
2520 T-ATCTT
649 TAATATT
* * * *
2526 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTAGGAGTTTTGCGGTTTAAAAATTGGGGAAAAATCTCTCGG
1 TTTGGCGTTGAATTATATATTTTCTACGAGTATTGCAG-TTAAAAATTGGGGAAAAATCTCTCGG
* * *
2591 TTCAATTTTTGCAAAATTATTGCCGAAATCGTGT-ACATCACGATTTTTGGATGAAAACGCGTTC
65 GTCAATTTTTGCAAAATTATTGCCGAAATCGTGTAACATCACAATTCTTGGATGAAAACGCGTTC
* * * *
2655 TGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTCCAAGACTCATTGAATTAT-TTATATTCAT
130 CGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACACATTGAATTATCCT-TATTCAT
* * * * * * *
2719 CATCCCAAATCTTAGTCACCTTGGATTTGAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCACGTTTCG
194 CATCCAAAATCTCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGATTTTACAAGCATTTGAATCACGTTTCG
* * *
2784 ATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAA-TAAAAAATGATTTTAGAAGCGTGGAAAACCCTTCAAT
259 ATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATTAAAAAATGATATTAGAAGCGTAGAAAACCATTCAAT
* * * *
2848 CCTTTTGGCGTTGATTTATATATCTTTTACGACTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCATTC
324 ACTTTTGGCGTTGAATTATATATCTTTTACGACAACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCATTC
*
2913 GGATCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTAATAACCATCACGATTTTTGGCTGAAAAC
389 GGACCAATTTTTGCAAAATTTTTG-CGAAATCGTGTAAT-ACCATCACGATTTTTGGCTGAAAAC
** * * * *
2978 CCGTTCCGGGGCCACGGTTCAGTTTTGCATGATTTTTAGGGGCAAGACTCATTGAATTAT-CTAT
452 CCGTTCCGGGGCCACGACTCAGTTTTGCATGATTTCTAGCGCCAAGACTCATTAAATTATCCT-T
* *
3042 ATTTATCA-TCTCGAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTGATCTTACGAGCATTTGAATCA
516 ATTCATCATTCT-AAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTGATCTTACGAGCATTTGAATCA
* *
3106 TGTTTCGATTTAATCGAAAATTAGTTCGGAAACATTAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAGC
580 TGTTTCGATTTAATCGAAAATTAATTCGGAAACATTAAAAAAATGATATTAAAAGCGTGCAAAGC
3171 ACTTTAATATT
645 ACTTTAATATT
*
3182 TTTGGCGTTGAATTATGTATTTT
1 TTTGGCGTTGAATTATATATTTT
3205 ATACTAGTTT
Statistics
Matches: 605, Mismatches: 67, Indels: 14
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
654 111 0.18
655 186 0.31
656 251 0.41
657 57 0.09
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (655 bp):
TTTGGCGTTGAATTATATATTTTCTACGAGTATTGCAGTTAAAAATTGGGGAAAAATCTCTCGGG
TCAATTTTTGCAAAATTATTGCCGAAATCGTGTAACATCACAATTCTTGGATGAAAACGCGTTCC
GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACACATTGAATTATCCTTATTCATCA
TCCAAAATCTCAGCCACATTCGATTTAAGGATTTGATTTTACAAGCATTTGAATCACGTTTCGAT
TTAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATTAAAAAATGATATTAGAAGCGTAGAAAACCATTCAATAC
TTTTGGCGTTGAATTATATATCTTTTACGACAACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCATTCGG
ACCAATTTTTGCAAAATTTTTGCGAAATCGTGTAATACCATCACGATTTTTGGCTGAAAACCCGT
TCCGGGGCCACGACTCAGTTTTGCATGATTTCTAGCGCCAAGACTCATTAAATTATCCTTATTCA
TCATTCTAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTGATCTTACGAGCATTTGAATCATGTTTC
GATTTAATCGAAAATTAATTCGGAAACATTAAAAAAATGATATTAAAAGCGTGCAAAGCACTTTA
ATATT
Found at i:3920 original size:333 final size:330
Alignment explanation
Indices: 3217--6421 Score: 3994
Period size: 333 Copynumber: 9.8 Consensus size: 330
3207 ACTAGTTTGG
* *
3217 CCATCACGATT-TTCGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCGTGATTTTTAGC
1 CCATCACGATTCTT-GGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * *
3281 GCCAAGACTCATTTAATTATCCT-TATTCATCATTCAAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGAT
65 GCCAAGACTCATTGAATTAT-CTATATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGAT
** *
3345 TTGATTTCGCGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGTAAATTAATTCAG----A--AAAAA
129 TTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATT-AGAAAAATTAAAAA
* * *
3404 AA-CATATTAGAAGCGTGGAATA-CCCTTCAAT-TTATTTGGCGTTGATTTATATATTTTTTACG
193 AATGATATTAGAAGCGTGCAA-AGCCCTTCAATCTT-TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACG
* *
3466 AGTATTGTGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGTAAT
256 AGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAAT
3531 CGTGTACTAA
321 CGTGTACTAA
* * *
3541 CCATCACGATTCTTGGTTGAAAACGAGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
1 CCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
* * * ** *
3606 CCAAGACTCATTGAATTATCCT-TATTCTTCATTCAAAATCTCAGCCACATTCAATTTAAGGATA
66 CCAAGACTCATTGAATTAT-CTATATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATT
*
3670 TGATTTTACGGGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTAGGAAAAATTTTAAAA
130 TGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTA-GAAAAA--TTAAAA
* * * * * * *
3735 AAATTATATTGGAAACGTGGAAAGCCCTTCAATATTATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACTA
192 AAATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGA
* * * * * * *
3800 GTATTGTGGTTAAAAA-TGGGGGAAAATCTTTCGGGTCAGTTTTTGGGACATTTTTTGCCGAAAT
257 GTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTT-GCAAAATTTTTGCCGAAAT
3864 CGTGTACTAA
321 CGTGTACTAA
* *
3874 CCATCACGATTCTTGGCTGAAAATGCG-TCCTGGGGCCCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
1 CCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCC-GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * * *
3938 GCCAAGACGCATTGAATTATCCT-TATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGTATTTAACGAT
65 GCCAAGACTCATTGAATTAT-CTATATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGAT
* *
4002 TTGATTTTACGAGCATTTGAATCATATTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCAGAAAAA-TATAAA
129 TTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATT-AGAAAAATTAAAAA
* * *
4066 AATAATATCAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAG
193 AATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAG
* *
4131 TATTGCGGTTAAAAATTGGGGAAAAATCTTTCGGGTTAATTTTTGCAAAA--TTT-------T--
258 TATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCG
4185 TG------
323 TGTACTAA
* * *
4187 CCA--A--ATTCTTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGCCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCTGTG
1 CCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTT-TG-G
* * * * ** * *
4248 -G-CAAGACTCATTGAAATATCTATATTTATCATTCCAAATCTGAGTCATATTGGATATAAGGAA
64 CGCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGAT
* * ** *
4311 TTGACTTTACGAGCATTTGAATCATATTTAAATTTAATCGGAAATTAATTCAGAAATA-TAAAAA
129 TTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATT-AGAAAAATTAAAAA
* * * * * *
4375 AATGAAATTAGAAGCATGCAAAGCCCTTCACTCTTTTCGGAGTTGAATTATATATTTTTTAC-AA
193 AATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAG
* * *
4439 TCTCTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTCAATATTTTTGCCGAAATC
258 TAT-TGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATC
4504 GTGTACTAA
322 GTGTACTAA
* * * * * *
4513 CTATCACGATTTTTGGCTGAAAACGTGTTCTGAGGCCCCGGCTCAGTTTTACATGA-TTTTGTGC
1 CCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTG-GC
* * * * *
4577 TCCAAGACTCATTGAATTATTTATATTAATCATCCCGAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATT
65 GCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATT
* * * * * *
4642 TAACTTTACGAGCATTTGAATCACGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAATATAAAAAAA
130 TGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATT-AGAAAAATTAAAAAA
* * * * * *
4707 ATGATATTAGAAGCGTGGAAAACCCTTCAAACTTTTTGGTGTTGAATTATATTTTTTTTACGACT
194 ATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGT
* *
4772 ATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTGTGCCGAAATCGT
259 ATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGT
4837 GTACTAA
324 GTACTAA
* * ** *
4844 CTATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTTTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCT
1 CCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
* * * *
4909 CCAAGACTCATTGAAGTATTTATATTCATCATCCCAAATCTTAGCCACCTTGGATTTAAGGATTT
66 CCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTT
*
4974 GATTTTACGAGCATTTGAATCACGTTTCGATTTAATCGGAAATTAA-TA-AAAAA-T------AT
131 GATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTAGAAAAATTAAAAAAAT
* * * * * *
5030 GATATTAGAAGCGTGGAAAACCCTTCAGTCTTTTTGGTGTTGAATTATAGATTTTTTACGACTAT
196 GATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTAT
*
5095 TGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGCCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGT
261 TGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGT
5160 ACTAA
326 ACTAA
* * * *
5165 CCATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGCGGACCCCGGCTCAGTTTTGCATGGTTTTTAGC
1 CCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCG-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * * *
5230 GCCAAGACTCATTAAATTATC-ATTATTCATCATTCCAAATCTCTGCCACGTTGGATGTAAGGAT
65 GCCAAGACTCATTGAATTATCTA-TATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGAT
* * *
5294 TTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAACATTAAAAA
129 TTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATT-AGAAAAATTAAAAA
* * * * *
5359 AATGTTATTAGAATCGTGCAAAGCGCTTCTATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTAGGAG
193 AATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAG
* * * *
5424 TTTTGCGGTTTAAAAATTGAGGAAATATCTCTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTATTGCCGAAATC
258 TATTGCGG-TTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATC
5489 GTGTACTAA
322 GTGTACTAA
* * *
5498 CTC-TCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTTCATGATTTTTGGC
1 C-CATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * *
5562 TCCAAGACTCATTGAATTATTTATATTCATCATCCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATT
65 GCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATT
* *
5627 TGATTTTACGAGCATTTGAATCACGTTTCGATTTAATCGGATAATTAATTCGGAAAAATTTAAAA
130 TGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGA-AATTAATT-AGAAAAA-TTAAAA
* * * * *
5692 AAATGATATTAGAAGCGTGGAAAACCCTTCAATCTATTTGGCGTTGAACTATATATTTTTAACGA
192 AAATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGA
* * * *
5757 CTACTACGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATC
257 GTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATC
*
5822 GTGTAATAA
322 GTGTACTAA
* *
5831 CCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCGCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
1 CCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
* * * * *
5896 CCAATACTAATTGAATTATCCT-TATTCATCATTCCAAATCTCAACTA-CTTGTATTTAAGGATT
66 CCAAGACTCATTGAATTAT-CTATATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATT
* * * *
5959 TGATTTTACGAGCATTTGAATCATATTTCAATTTAATAGGAAATTAATTCAGAAAAA-TATAAAA
130 TGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATT-AGAAAAATTAAAAAA
*
6023 ATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGT
194 ATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGT
* * *
6088 ATTGCGGTTAAAAATTGGGGGAAAATCTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGT
259 ATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGT
6153 G---T-A
324 GTACTAA
* ** * *
6156 -CATCACGATTCTTGGTTGAAAACAAGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCC
1 CCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
* * *
6220 CCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATCCCGAATCTCAGCCACCTTGGAATTAAGGATTT
66 CCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTT
* * *
6285 GATTTTACGAGTATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACATTAAAAAAA
131 GATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATT-AGAAAAATTAAAAAAA
* * * * * * * *
6350 TATATATTAGAAGCGTGCAAAGCGCTTTAATATTTTTGGCATTGAATTATGTATTTTATACTAGT
195 T-GATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGT
*
6415 TTTGCGG
259 ATTGCGG
6422 GATGAATTAT
Statistics
Matches: 2521, Mismatches: 289, Indels: 139
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
308 5 0.00
309 247 0.10
310 6 0.00
311 5 0.00
313 3 0.00
318 1 0.00
319 2 0.00
320 2 0.00
321 161 0.06
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330 222 0.09
331 324 0.13
332 280 0.11
333 518 0.21
334 71 0.03
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (330 bp):
CCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
CCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTT
GATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTAGAAAAATTAAAAAAAT
GATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTAT
TGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGT
ACTAA
Found at i:5573 original size:654 final size:657
Alignment explanation
Indices: 3217--6967 Score: 4232
Period size: 657 Copynumber: 5.7 Consensus size: 657
3207 ACTAGTTTGG
* * *
3217 CCATCACGATTTTCGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCGTGATTTTTAGCG
1 CCATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
* *
3282 CCAAGACTCATTTAATTATCCTTATTCATCATTCAAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTT
66 CCAAGACTCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTT
** * *
3347 GATTTCGCGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGTAAATTAATTC----AGA--AAAAAAA
131 GATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACATTAAAAAAA
* * *
3406 -CATATTAGAAGCGTGGAATA-CCCTTCAAT-TTATTTGGCGTTGATTTATATATTTTTTACGAG
196 TGATATTAGAAGCGTGCAA-AGCCCTTCAATCTT-TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAG
* * * *
3468 TATTGTGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGTAATCG
259 TATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTCTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTATTGCCGAAATCG
* * *
3533 TGTACTAAC-CATCACGATTCTTGGTTGAAAACGAGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA
324 TGTAC-AACTC-TCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA
* * * * * * **
3597 TTTTTGGCGCCAAGACTCATTGAATTATCCT-TATTCTTCATTCAAAATCTCAGCCACATTCAAT
387 TTTTTGGCTCCAAGACTCATTGAAATAT-CTATATTCATCATCCCAAATCTCAGCCACCTTGGAT
* * *
3661 TTAAGGATATGATTTTACGGGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTAGGAAAA
451 TTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCACGTTTCGATTTAATCGG-AA-TAATT-----AA
* * * * * * * * * *
3726 ATT-TTAAAAAAATTATATTGGAAACGTGGAAAGCCCTTCAATATTATTGGCGTTGAATTATATA
509 ATTAATAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAACCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATAGA
* * * * * * * * * *
3790 TTTTTTACTAGTATTGTGGTTAAAAA-TGGGGGAAAATCTTTCGGGTCAGTTTTTGGGACATTTT
574 TTTTTTACGACTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTT-GCAAAATTT
3854 TTGCCGAAATCGTGTACTAA
638 TTGCCGAAATCGTGTACTAA
* * *
3874 CCATCACGATTCTTGGCTGAAAATGCG-TCCTGGGGCCCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
1 CCATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCC-GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * *
3938 GCCAAGACGCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGTATTTAACGATT
65 GCCAAGACTCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATT
* * * *
4003 TGATTTTACGAGCATTTGAATCATATTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCAGAAA-AATATAAAA
130 TGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACATTAAAAAA
* * *
4067 ATAATATCAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGT
195 ATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGT
* * * *
4132 ATTGCGGTTAAAAATTGGGGAAAAATCTTTCGGGTTAATTTTTGCAAAATTTTTG-C-----C--
260 ATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTCTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTATTGCCGAAATCGT
* *
4189 --A-AA-T-T--C-----TTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGCCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTT
325 GTACAACTCTCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTT
* * * * * ** *
4242 TCT-G-TGGCAAGACTCATTGAAATATCTATATTTATCATTCCAAATCTGAGTCATATTGGATAT
390 T-TGGCT-CCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCATCCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTT
* * ** ** *
4305 AAGGAATTGACTTTACGAGCATTTGAATCATATTTAAATTTAATCGGAAATTAATTCAGAAAT-A
453 AAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCACGTTTCGATTTAATCGG-AA-TAATT-A-AATTAA
* * * * * * *
4369 TAAAAAAATGAAATTAGAAGCATGCAAAGCCCTTCACTCTTTTCGGAGTTGAATTATATATTTTT
514 TAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAACCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATAGATTTTT
* * *
4434 TACAATCT-CTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTCAATATTTTTGCC
579 TACGA-CTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCC
4498 GAAATCGTGTACTAA
643 GAAATCGTGTACTAA
* * * * *
4513 CTATCACGATTTTTGGCTGAAAACGTGTTCTGAGGCCCCGGCTCAGTTTTACATGA-TTTTGTGC
1 CCATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTG-GC
* * * * * *
4577 TCCAAGACTCATTGAATTAT-TTATATTAATCATCCCGAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGAT
65 GCCAAGACTCATTGAATTATCCT-TATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGAT
* * * * *
4641 TTAACTTTACGAGCATTTGAATCACGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAATATAAAAAA
129 TTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACATTAAAAA
* * * * * *
4706 AATGATATTAGAAGCGTGGAAAACCCTTCAAACTTTTTGGTGTTGAATTATATTTTTTTTACGAC
194 AATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAG
* *
4771 TATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATT-TGTGCCGAAATC
259 TATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTCTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTAT-TGCCGAAATC
* ***
4835 GTGTACTAACTATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTTTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA
323 GTGTAC-AACTCTCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA
* * *
4900 TTTTTGGCTCCAAGACTCATTGAAGTATTTATATTCATCATCCCAAATCTTAGCCACCTTGGATT
387 TTTTTGGCTCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCATCCCAAATCTCAGCCACCTTGGATT
4965 TAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCACGTTTCGATTTAATCGG-A-AATT-AA-T-A-AA
452 TAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCACGTTTCGATTTAATCGGAATAATTAAATTAATAA
* * *
5024 AAATATGATATTAGAAGCGTGGAAAACCCTTCAGTCTTTTTGGTGTTGAATTATAGATTTTTTAC
517 AAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAACCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATAGATTTTTTAC
* *
5089 GACTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGCCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAA
582 GACTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAA
5154 TCGTGTACTAA
647 TCGTGTACTAA
* * *
5165 CCATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGCGGACCCCGGCTCAGTTTTGCATGGTTTTTAGC
1 CCATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCG-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC
* * * *
5230 GCCAAGACTCATTAAATTATCATTATTCATCATTCCAAATCTCTGCCACGTTGGATGTAAGGATT
65 GCCAAGACTCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATT
*
5295 TGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAACATTAAAAAA
130 TGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACATTAAAAAA
* * * * *
5360 ATGTTATTAGAATCGTGCAAAGCGCTTCTATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTAGGAGT
195 ATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGT
* *
5425 TTTGCGGTTTAAAAATTGAGGAAATATCTCTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTATTGCCGAAATCG
260 ATTGCGG-TTAAAAATTGAGGAAAAATCTCTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTATTGCCGAAATCG
** *
5490 TGTACTAACTCTCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTTCATGAT
324 TGTAC-AACTCTCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGAT
* *
5555 TTTTGGCTCCAAGACTCATTGAATTATTTATATTCATCATCCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTT
388 TTTTGGCTCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCATCCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTT
5620 AAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCACGTTTCGATTTAATCGG-ATAATT-AATTCGGAAA
453 AAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCACGTTTCGATTTAATCGGAATAATTAAATT------
* * * * *
5683 AATTTAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAACCCTTCAATCTATTTGGCGTTGAACTATATAT
512 AA--TAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAACCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATAGAT
* * *
5748 TTTTAACGACTACTACGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTT
575 TTTTTACGACTACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTT
*
5813 GCCGAAATCGTGTAATAA
640 GCCGAAATCGTGTACTAA
* * *
5831 CCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCGCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
1 CCATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
* * * * *
5896 CCAATACTAATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAACTAC-TTGTATTTAAGGATTT
66 CCAAGACTCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTT
* * * * * *
5960 GATTTTACGAGCATTTGAATCATATTTCAATTTAATAGGAAATTAATTCAGAAA-AATATAAAAA
131 GATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACATTAAAAAAA
*
6024 TGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTA
196 TGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTA
* * * * *
6089 TTGCGGTTAAAAATTGGGGGAAAATCTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTG
261 TTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTCTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTATTGCCGAAATCGTG
* * **
6154 TAC-A---TCACGATTCTTGGTTGAAAACAAGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTT
326 TACAACTCTCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTT
* * * *
6215 TGGCCCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATCCCGAATCTCAGCCACCTTGGAATTAAG
391 TGGCTCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCATCCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAG
* *
6280 GATTTGATTTTACGAGTATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACATTAA
456 GATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCACGTTTCGATTTAATCGG-AA-TAATT----AA-ATTAA
* * * * *
6345 -AAAAATAT-ATATTAGAAGCGTGCAAAGCGCTTTAATATTTTTGGCATTGAATTATGTATTTTA
514 TAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAACCCTTCAATCTTTTTGG---TG---T-TG-A----A
* * **
6408 TACTAGTTTTGCGGGATGAATTATATTTTTTTATGAGTTTTGCGGTTTAAAAATTGAGGAAAAAT
567 T--TA----T-----A-G------A-TTTTTTACGACTACTGCGG-TTAAAAATTGAGGAAAAAT
* *
6473 CTCTT-GGGTCAATTTTTGCAAAATTATTGCCGACATCGTG---T-A
612 CT-TTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAA
* *
6515 CCATCACGATTTTCGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGATTTGCATGATTTTTGGCG
1 CCATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
*
6580 CCAAGACTCATTGAGTTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTT
66 CCAAGACTCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTT
*
6645 GATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTTGGAAACATTAAAAAAA
131 GATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACATT-AAAAAA
* ** * ** * * * * * *
6710 ATGTTATTAGAATTGTGCAAAGCGCAACTATGTTTTCGGCGTTGAATTACATATTTTTTATGAAT
195 ATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGT
* * *
6775 TTTGCGGTTTAAAAATTGAGGAAAAATCTCTCGGGTCAATTTTGGCAAAGTTATTGCCGAAA-C-
260 ATTGCGG-TTAAAAATTGAGGAAAAATCTCTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTATTGCCGAAATCG
* * * ** *
6838 CGTA-AACGCATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGATCCAGGGCCCCAACTCAGTTTTTCATGAT
324 TGTACAACTC-TCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA-
* * * * * * *
6902 TTTTTTGCACCAAGACTCATAGAAATATCTATATTCATCATTCCAAATATCAGTCACATTGGATT
387 TTTTTGGCTCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCATCCCAAATCTCAGCCACCTTGGATT
6967 T
452 T
6968 GCAAAAATTT
Statistics
Matches: 2655, Mismatches: 324, Indels: 196
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
638 7 0.00
639 248 0.09
640 140 0.05
641 3 0.00
642 137 0.05
643 1 0.00
646 1 0.00
647 1 0.00
649 1 0.00
650 1 0.00
651 4 0.00
652 157 0.06
653 199 0.07
654 233 0.09
655 7 0.00
656 35 0.01
657 325 0.12
659 3 0.00
660 10 0.00
661 133 0.05
662 66 0.02
663 180 0.07
664 67 0.03
665 70 0.03
666 165 0.06
668 1 0.00
670 2 0.00
674 1 0.00
679 1 0.00
684 104 0.04
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687 77 0.03
688 100 0.04
689 2 0.00
690 45 0.02
691 56 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (657 bp):
CCATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
CCAAGACTCATTGAATTATCCTTATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTT
GATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACATTAAAAAAA
TGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTA
TTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTCTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTATTGCCGAAATCGTG
TACAACTCTCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTT
TGGCTCCAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCATCCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAG
GATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCACGTTTCGATTTAATCGGAATAATTAAATTAATAAAAAA
ATGATATTAGAAGCGTGCAAAACCCTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATTATAGATTTTTTACGACT
ACTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGT
GTACTAA
Found at i:5591 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 3218--6967 Score: 3988
Period size: 333 Copynumber: 11.4 Consensus size: 332
3208 CTAGTTTGGC
* * * *
3218 CATCACGATTTTCGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCGTGATTTTTAGCGC
1 CATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTC
* * *
3283 CAAGACTCATTTAATTATCCT-TATTCATCATTCAAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTT
66 CAAGACTCATTGAATTAT-CTATATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTT
** * *
3347 GATTTCGCGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGTAAATTAATTC----AGA--AAAAAAA
130 GATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACATTAAAAAAA
* * * *
3406 -CATATTAGAAGCGTGGAATA-CCCTTCAAT-TTATTTGGCGTTGATTTATATATTTTTTACGAG
195 TGATATTAGAAGCGTGCAA-AGCCCTTCAATCTT-TTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAC
* *
3468 TATTGTGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGTAATCG
258 TATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCG
3533 TGTACTAAC-
323 TGTACTAACT
* * * * *
3542 CATCACGATTCTTGGTTGAAAACGAGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
1 CATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTC
* * * ** *
3607 CAAGACTCATTGAATTATCCT-TATTCTTCATTCAAAATCTCAGCCACATTCAATTTAAGGATAT
66 CAAGACTCATTGAATTAT-CTATATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTT
* * *
3671 GATTTTACGGGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTAGGAAAAATTTTAAAAA
130 GATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACA--TTAAAAA
* * * * * * * *
3736 AATTATATTGGAAACGTGGAAAGCCCTTCAATATTATTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACTAG
193 AATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAC
* * * * * * *
3801 TATTGTGGTTAAAAA-TGGGGGAAAATCTTTCGGGTCAGTTTTTGGGACATTTTTTGCCGAAATC
258 TATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTT-GCAAAATTTTTGCCGAAATC
3865 GTGTACTAAC-
322 GTGTACTAACT
* * * *
3875 CATCACGATTCTTGGCTGAAAATGCG-TCCTGGGGCCCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCG
1 CATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCC-GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCT
* * * *
3939 CCAAGACGCATTGAATTATCCT-TATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGTATTTAACGATT
65 CCAAGACTCATTGAATTAT-CTATATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATT
* * * *
4003 TGATTTTACGAGCATTTGAATCATATTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCAGAAA-AATATAAAA
129 TGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACATTAAAAAA
* * * *
4067 ATAATATCAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGT
194 ATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGACT
* *
4132 ATTGCGGTTAAAAATTGGGGAAAAATCTTTCGGGTTAATTTTTGCAAAATTTTTG-C-----C--
259 ATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGT
4189 --A--AA-T
324 GTACTAACT
* * *
4193 --T--C-----TTGGCTAAAAACGCGTTCCAGGCCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCT-G-T
1 CATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTT-TGGCT
* * * * * ** * *
4247 GGCAAGACTCATTGAAATATCTATATTTATCATTCCAAATCTGAGTCATATTGGATATAAGGAAT
65 -CCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATT
* * ** * *
4312 TGACTTTACGAGCATTTGAATCATATTTAAATTTAATCGGAAATTAATTCAGAAATA-TAAAAAA
129 TGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACATTAAAAAA
* * * * * *
4376 ATGAAATTAGAAGCATGCAAAGCCCTTCACTCTTTTCGGAGTTGAATTATATATTTTTTACAATC
194 ATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGA-C
* * *
4441 T-CTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTTCAATATTTTTGCCGAAATCG
258 TATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCG
4505 TGTACTAACT
323 TGTACTAACT
* * * *
4515 -ATCACGATTTTTGGCTGAAAACGTGTTCTGAGGCCCCGGCTCAGTTTTACATGA-TTTTGTGCT
1 CATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTG-GCT
* * * *
4578 CCAAGACTCATTGAATTATTTATATTAATCATCCCGAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTT
65 CCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTT
* * * * *
4643 AACTTTACGAGCATTTGAATCACGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAATATAAAAAAAA
130 GATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACATTAAAAAAA
* * * * *
4708 TGATATTAGAAGCGTGGAAAACCCTTCAAACTTTTTGGTGTTGAATTATATTTTTTTTACGACTA
195 TGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGACTA
* *
4773 TTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTGTGCCGAAATCGTG
260 TTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTG
4838 TACTAACT
325 TACTAACT
**
4846 -ATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTTTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTC
1 CATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTC
* * * *
4910 CAAGACTCATTGAAGTATTTATATTCATCATCCCAAATCTTAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTG
66 CAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTG
* *
4975 ATTTTACGAGCATTTGAATCACGTTTCGATTTAATCGGAAATTAA-T-------A--AAAAATAT
131 ATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACATTAAAAAAAT
* * * * *
5030 GATATTAGAAGCGTGGAAAACCCTTCAGTCTTTTTGGTGTTGAATTATAGATTTTTTACGACTAT
196 GATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGACTAT
*
5095 TGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGCCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGT
261 TGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGT
5160 ACTAAC-
326 ACTAACT
* * * *
5166 CATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGCGGACCCCGGCTCAGTTTTGCATGGTTTTTAGCG
1 CATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCG-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCT
* * * *
5231 CCAAGACTCATTAAATTATC-ATTATTCATCATTCCAAATCTCTGCCACGTTGGATGTAAGGATT
65 CCAAGACTCATTGAATTATCTA-TATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATT
*
5295 TGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAACATTAAAAAA
129 TGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACATTAAAAAA
* * * * * *
5360 ATGTTATTAGAATCGTGCAAAGCGCTTCTATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTAGGAGT
194 ATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGACT
* * * *
5425 TTTGCGGTTTAAAAATTGAGGAAATATCTCTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTATTGCCGAAATCG
259 ATTGCGG-TTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCG
5490 TGTACTAACT
323 TGTACTAACT
* *
5500 C-TCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTTCATGATTTTTGGCTC
1 CATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTC
* *
5564 CAAGACTCATTGAATTATTTATATTCATCATCCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTG
66 CAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTG
* *
5629 ATTTTACGAGCATTTGAATCACGTTTCGATTTAATCGGATAATTAATTCGGAAAAATTTAAAAAA
131 ATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGA-AATTAATTCGGAAACA-TTAAAAAA
* * * * *
5694 ATGATATTAGAAGCGTGGAAAACCCTTCAATCTATTTGGCGTTGAACTATATATTTTTAACGACT
194 ATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGACT
* * *
5759 ACTACGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGT
259 ATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGT
*
5824 GTAATAAC-
324 GTACTAACT
* * * *
5832 CATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCGCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGC
1 CATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTC
* * * * *
5897 CAATACTAATTGAATTATCCT-TATTCATCATTCCAAATCTCAACTA-CTTGTATTTAAGGATTT
66 CAAGACTCATTGAATTAT-CTATATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTT
* * * * * *
5960 GATTTTACGAGCATTTGAATCATATTTCAATTTAATAGGAAATTAATTCAGAAA-AATATAAAAA
130 GATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACATTAAAAAAA
* *
6024 TGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTACGAGTA
195 TGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGACTA
* * *
6089 TTGCGGTTAAAAATTGGGGGAAAATCTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTG
260 TTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTG
6154 ---T-A--
325 TACTAACT
* * ** * *
6156 CATCACGATTCTTGGTTGAAAACAAGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCCC
1 CATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTC
* * *
6221 CAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATCCCGAATCTCAGCCACCTTGGAATTAAGGATTTG
66 CAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTG
*
6286 ATTTTACGAGTATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACATTAAAAAAAT
131 ATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACATTAAAAAAAT
* * * * * * * * * *
6351 ATATATTAGAAGCGTGCAAAGCGCTTTAATATTTTTGGCATTGAATTATGTATTTTATACTAGTT
196 -GATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGACTA
* * ** *** *
6416 TTGCGGGATGAATTATATTTTTTTATGAGTTTTGCGGTTTAAAAA--TTGAGGAAAAATCTCTTG
260 TTGC--G--G--TTA-A-------A--A--ATTGAGG---AAAAATCTTTCGGGTCAAT-T-TTT
*** * ** * **
6479 GGTCAATTTTTG-CAAAATTAT-TGCCGACAT
302 GCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAAC-T
* * * * **** * * * * * * * **** *
6509 CGTGTACCATCACGATTTTCGGCTGAAA-ACGCGTTCCGGGGCCCCG-GCTCAGATTTGCATGAT
1 CAT-CACGAT-----TTTTGGCTGAAAACGCG-TTCCGGGGCCCCGGCTC-AGTTTTG-CATGAT
* * *
6572 TTTTGGCGCCAAGACTCATTGAGTTATCCT-TATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACGTTGGATT
57 TTTTGGCTCCAAGACTCATTGAATTAT-CTATATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACCTTGGATT
*
6636 TAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTTGGAAACA
121 TAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACA
* ** * ** * * * *
6701 TTAAAAAAAATGTTATTAGAATTGTGCAAAGCGCAACTATGTTTTCGGCGTTGAATTACATATTT
186 TT-AAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTT
* * * * * * *
6766 TTTATGAATTTTGCGGTTTAAAAATTGAGGAAAAATCTCTCGGGTCAATTTTGGCAAAGTTATTG
250 TTTACGACTATTGCGG-TTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTG
* *
6831 CCGAAA-C-CGTA--AACG
314 CCGAAATCGTGTACTAACT
* * ** * * *
6846 CATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGATCCAGGGCCCCAACTCAGTTTTTCATGATTTTTTTGCA
1 CATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGGCT
* * * * *
6911 CCAAGACTCATAGAAATATCTATATTCATCATTCCAAATATCAGTCACATTGGATTT
65 CCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTT
6968 GCAAAAATTT
Statistics
Matches: 2901, Mismatches: 404, Indels: 235
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
308 2 0.00
309 250 0.09
310 7 0.00
314 1 0.00
315 1 0.00
316 1 0.00
318 2 0.00
319 1 0.00
320 1 0.00
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328 3 0.00
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332 286 0.10
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338 2 0.00
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342 6 0.00
343 6 0.00
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354 5 0.00
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356 1 0.00
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359 18 0.01
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361 10 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (332 bp):
CATCACGATTTTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTC
CAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATTCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTG
ATTTTACGAGCATTTGAATCATGTTTCGATTTAATCGGAAATTAATTCGGAAACATTAAAAAAAT
GATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGACTAT
TGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGT
ACTAACT
Found at i:6428 original size:32 final size:31
Alignment explanation
Indices: 6392--6452 Score: 79
Period size: 31 Copynumber: 1.9 Consensus size: 31
6382 TTTTTGGCAT
*
6392 TGAATTATGTATTTTATACT-AGTTTTGCGGGA
1 TGAATTATAT-TTTTATA-TGAGTTTTGCGGGA
*
6424 TGAATTATATTTTTTTATGAGTTTTGCGG
1 TGAATTATATTTTTATATGAGTTTTGCGG
6453 TTTAAAAATT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
30 1 0.04
31 16 0.62
32 9 0.35
ACGTcount: A:0.23, C:0.05, G:0.21, T:0.51
Consensus pattern (31 bp):
TGAATTATATTTTTATATGAGTTTTGCGGGA
Done.