Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014585.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14618, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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1 AAT
* ** * * * * *
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* * *
69 CCAGTTATGCCTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
63 TCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
** * * *
134 ATATACATTGTATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTCCAATTTAAGTAGAAA
128 ATCCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAGTAGAAA
* * * * *
199 TTAATTTAGAAAAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAAAGCGTTTAAATATTTTTGGAG
193 TTAATTCAGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATATTTTTGGAG
* ** * *
264 TTGAACTATATAATTTTTTATGAGAATGGTAGCCAAAAATTGAAGAAAATTCTTATGGGTCATTT
258 TTGAACTATAT-ATTTTTTATGAGTATCATGGCCAAAAATTGAAGAAAATT-TT-TGGGTCAATT
329 TGTTGCAAAA
320 T-TTGCAAAA
* * * *
339 TTTTAGTTGAAATCGTGTACTAACAATTACGATTTTTGG-TGAAAAGAAACGCATTACGGGGCCC
1 TTTTAGCTGAAATCGTGTACT---AATCACGGTTTTTGGCT---AA-AAACGCATTCCGGGGCCC
* *
403 CGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTCACATATCTATATTCATCTAACTAAA
59 CGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAA
* *
468 TATCATCCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATTTGAATCTTGTTTCGATTTAAGTA
124 TCTCATCCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAGTA
* *
533 GAAATTAGTTCAGAAAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATATTTT
189 GAAATTAATTCAG-AAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATATTTT
* * * *
598 TGGAGTTGAAATATATATTTTTTATGAGTATCATGGACAAAAATTGAAGAAAATTTTGTCCGGTT
253 TGGAGTTGAACTATATATTTTTTATGAGTATCATGGCCAAAAATTGAAGAAAATTTT-T-GGGTC
* *
663 AAATTTTGTAAAA
316 AATTTTTGCAAAA
* * *
676 TTTTAGCTGAAATCATGTACT-ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCAGGGGCCCCGGTTCA
1 TTTTAGCTGAAATCGTGTACTAATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCCGGCTCA
* *
740 GTTTTGCTTGGTTTTT-GTCGCCAAGACTCCTTGATATATCTATATTCATCTAACCAAATCT-AT
66 GTTTTGCTTGATTTTTGGT-GCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAT
* * * ** * * *
803 GCCGCGTTGGATTTAACAATTTTTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTT-ATTAAGAAA
130 -CCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAGT-AGAAA
* ** * ** * *
867 TCAATTTGGAAAATAATATTAAAAA-GATATTAGAACCGTGAAAA-ACTTTCAATATTTTTGGAG
193 TTAATTCAGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATATTTTTGGAG
* ** * *
930 TT-AATTTATATATTTTTTATGAGTATCATGGCCATGAATTAAAGGAAATTCGTTTGGGTCAATT
258 TTGAA-CTATATATTTTTTATGAGTATCATGGCCAAAAATTGAAGAAAATT--TTTGGGTCAATT
*
994 TTTGCAAAT
320 TTTGCAAAA
* * * * * * * * *
1003 TTTTAGTTGAAATCGTTTACTAACCATCACGATTTCTGACAAAAAACCCATTCCTGGGCCTCGGC
1 TTTTAGCTGAAATCGTGTACT-A--ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCCGGC
* * * ** *
1068 CCAGTTATGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGACATATTTATATTCATCTAAGAAAATATC
63 TCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
* * *
1133 ATCCACATTGCATTTAAGAATTTGATTTTACAAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAGTTGAAA
128 ATCCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAGTAGAAA
* *
1198 TTAATTCAG-AAAAATTA-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCATTTCAATATTTTTGGAG
193 TTAATTCAGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATATTTTTGGAG
* * *
1261 TTGAACTATATA-TTTTTATGAGTATCATGGCAAAAAATTGAAGAATATTTTTTCGGGTAAATTT
258 TTGAACTATATATTTTTTATGAGTATCATGGCCAAAAATTGAAGAA-AATTTTT-GGGTCAATTT
*
1325 TTGTAAAA
321 TTGCAAAA
* * * * *
1333 GTTTAGCTGAAATCGTGTACGT--T-ACAGTTTTTGTCTAAAAACGCATTCCGGGGCCTCGACTC
1 TTTTAGCTGAAATCGTGTAC-TAATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCCGGCTC
* * * *
1395 AGTTTTGCTTGGTTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTAAG
65 AGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAT
* * ** * * *
1460 CCGCATTGGATTTAAGAAATTCTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTT-ATTAAGAAAT
130 CCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAGT-AGAAAT
* ** * ** * * **
1524 CAATTTGGAAAATAATAATAAAAAAGATATTAGAACCGTGAAAAAACTTTCAATATTTTTGGAGT
194 TAATTCAGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATATTTTTGGAGT
* ** *
1589 T-AATTTATATATTTTTTATGAGTATCATGGCCATGAATTGAAGGAAATTCGTTTGGGTCAATTT
259 TGAA-CTATATATTTTTTATGAGTATCATGGCCAAAAATTGAAGAAAATT--TTTGGGTCAATTT
*
1653 TTGCAAAT
321 TTGCAAAA
* * * * * * * **
1661 TTTTAGTTGAAATCGTTTACTAACCATCACAGTTTCTGACAAAAAACCCATTCCGGGGCCTTGGC
1 TTTTAGCTGAAATCGTGTACT-A--ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCCGGC
* * * * * ** *
1726 CCAGTTATGCTTGATTTTTGGTGTCAAGATTCCTTGACATATTTATATTCATCTAAGAAAATATC
63 TCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
* *
1791 ATCCACATTGCATTTAAGAATTTAATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAGTAGAAA
128 ATCCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAGTAGAAA
* * *
1856 TTAATTTAGAAAAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCTTTTCAATATTTTTGGAG
193 TTAATTCAGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATATTTTTGGAG
* * * * *
1921 ATGAACTATATATTTTTTATGAGTATCAAGG-AAAAAATTGAA-TAAATTTTTCGGGTAAATTTT
258 TTGAACTATATATTTTTTATGAGTATCATGGCCAAAAATTGAAGAAAATTTTT-GGGTCAATTTT
1984 TGCAAAA
322 TGCAAAA
* * *
1991 TTTTAGTTGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGTCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCCAGC
1 TTTTAGCTGAAATCGTGTACT-A--ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCCGGC
* * * *
2056 T-ATGTTTTGCTTGGTTTTTGGCGCCAAGACGCCTTGACATATCAATATTCATCTAACCAAATCT
63 TCA-GTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * * * ** * * * *
2120 CAACCGCATTGGATTGAAGAAATTCTTTTTTCGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTT-ATTAAGA
127 CATCCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAGT-AGA
* ** * ** * *
2184 AATCAATTTGGAAAATAATAATAAAAACGATATCAGAAGCGTGAAAAGTCTTTCAATATTTTTGG
191 AATTAATTCAGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATATTTTTGG
* * ** * * *
2249 AGTTTAATTATATATTTTTTATGAGTATCATGGCCAGGAATCGAAGGAAATACTTTCGGGTCAAT
256 AGTTGAACTATATATTTTTTATGAGTATCATGGCCAAAAATTGAA-GAAA-ATTTTTGGGTCAAT
*
2314 TTTTGCAAAT
319 TTTTGCAAAA
* * * *
2324 TTTTAGCTGAAATCGTGTACGTTACATCACGGTTTCTAGCAAAAAACGCATTTCGGGGCCCCGGC
1 TTTTAGCTGAAATCGTGTAC--TA-ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCCGGC
* *
2389 TCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATATAACCAAATCTC
63 TCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
* *
2454 ATCGACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCAATTTAAGTAGAAA
128 ATCCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAGTAGAAA
* * * ** *
2519 TTAATTAAGAAAAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAAAGTGTTTCAATAGTTTTGGAG
193 TTAATTCAGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATATTTTTGGAG
* * ** * * *
2584 TTGGACTATATAATTTTTTAGGAGTATGGTAGCTAAAAATTGAAGAAAACTATTTTGGGTCATTT
258 TTGAACTATAT-ATTTTTTATGAGTATCATGGCCAAAAATTGAAGAAAA-T-TTTTGGGTCAATT
2649 TTTGCAAAA
320 TTTGCAAAA
* * *
2658 TTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGGC-AAAACACGCACTCCGGGGTCCCGG
1 TTTTAGCTGAAATCGTGTACT-A--ATCACGGTTTTTGGCTAAAA-ACGCATTCCGGGGCCCCGG
* * * * *
2722 CTCTGTGTTGCTTGATTTTTAGTGCCAAGACTTCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATAT
62 CTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
2787 CATCCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAGTAGAA
127 CATCCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAGTAGAA
* *
2852 ATTAATTCAG-AAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAACCGTGAAAAACCTTTCAATATTTTTGGA
192 ATTAATTCAGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATATTTTTGGA
* * * * *
2916 GTTGAATTATATATTTTTTATGACTATCGTGGCCAAAAATTGAAGAAAATTTTGTCGAGTCAAAT
257 GTTGAACTATATATTTTTTATGAGTATCATGGCCAAAAATTGAAGAAAATTTT-T-GGGTCAATT
2981 TTTGCAAAA
320 TTTGCAAAA
* ** * *
2990 TTTTAGCTGAAA-----T-C--ATCAC-ATTTTTGGGCTAAAAACGCATTTTGGGGCCCTGACTC
1 TTTTAGCTGAAATCGTGTACTAATCACGGTTTTT-GGCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCCGGCTC
* * * * * *
3046 AGTTTTGCTTGATTTTTTGCGCCTAGACTCCTTGACATATTTATATTCATCTAACCAATTATCAT
65 AGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAT
* * * *
3111 CCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATTTGAATCTTATTTCGAATTAAATAGAAATT
130 CCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAGTAGAAATT
3176 AATTCAGAAAAAAA
195 AATTCAGAAAAAAA
3190 GGCTAAAAGT
Statistics
Matches: 2401, Mismatches: 385, Indels: 143
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
320 6 0.00
321 149 0.06
322 10 0.00
324 2 0.00
325 142 0.06
326 12 0.00
327 143 0.06
328 79 0.03
329 38 0.02
330 475 0.20
331 184 0.08
332 78 0.03
333 539 0.22
334 235 0.10
335 32 0.01
337 32 0.01
338 184 0.08
339 61 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (328 bp):
TTTTAGCTGAAATCGTGTACTAATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCCGGCTCA
GTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCATC
CACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAGTAGAAATTA
ATTCAGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTTTCAATATTTTTGGAGTTG
AACTATATATTTTTTATGAGTATCATGGCCAAAAATTGAAGAAAATTTTTGGGTCAATTTTTGCA
AAA
Found at i:2317 original size:663 final size:663
Alignment explanation
Indices: 4--3189 Score: 3903
Period size: 663 Copynumber: 4.8 Consensus size: 663
1 AAT
* ** * * * * *
4 TTTTAGTTGAAATCGTGTACTAACCATCACAATTTCTGACAAAAAACCCATTCCGGGGCCTCGGC
1 TTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCCGG-
* * * * *
69 CCAGTTATGCCTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
65 CTAGTTTTGCTTGGTTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
** * * ** * * * * *
134 ATA-TACATTGTATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTCCAATTTAAGT-AGA
130 A-ACCGCATTGGATTTAAGAAATTCTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTT-ATTAAGA
* * * ** * * * * *
197 AATTAATTTAGAAAAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCATG-AAAAGCGTTTAAATATTTTTG
193 AATCAATTTGGAAAATAATAATAAAAACGATATTAGAACCGTGAAAAAAC-TTTCAATATTTTTG
* * * ** * * *
261 GAGTTGAACTATATAATTTTTTATGAGAATGGTAGCCAAAAATTGAAGAAAATTCTTATGGGTCA
257 GAGTTTAATTATAT-ATTTTTTATGAGTATCATGGCCAAGAATTGAAGGAAATTCTT-TGGGTCA
* * * * * *
326 TTTTGTTGCAAAATTTTAGTTGAAATCGTGTACTAACAATTACGATTTTTGGTGA-AAAGAAACG
320 ATTT-TTGCAAATTTTTAGTTGAAATCGTGTACTAACCATCAC-A-GTTT-CTGACAAA-AAACG
* * *
390 CATTACGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTCACATATCTATAT
380 CATTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGACATATTTATAT
* *
455 TCATCTAACTAAATATCATCCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATTTGAATCTTGT
445 TCATCTAACAAAATATCATCCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTTGT
* *
520 TTCGATTTAAGTAGAAATTAGTTCAGAAAAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAGC
510 TTCGATTTAAGTAGAAATTAATTCAG-AAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGC
* * *
585 CTTTCAATATTTTTGGAGTTGAAATATATATTTTTTATGAGTATCATGGACAAAAATTGAAGAAA
574 TTTTCAATATTTTTGGAGTTGAACTATATATTTTTTATGAGTATCAAGGA-AAAAATTGAAGAAA
* *
650 A-TTTTGTCCGGTTAAA-TTTTGTAAAA
638 ACTTTT-T-CGGGTAAATTTTTGCAAAA
* * *
676 TTTTAGCTGAAATCATGTACT----ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCAGGGGCCCCGGT
1 TTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCCGGC
* *
737 TCAGTTTTGCTTGGTTTTTGTCGCCAAGACTCCTTGATATATCTATATTCATCTAACCAAATCT-
66 T-AGTTTTGCTTGGTTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
* * * * *
801 ATGCCGCGTTGGATTTAACAATTTTTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTATTAAGAA
130 A-ACCGCATTGGATTTAAGAAATTCTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTATTAAGAA
*
866 ATCAATTTGGAAAATAATATTAAAAA-GATATTAGAACCGTG-AAAAACTTTCAATATTTTTGGA
194 ATCAATTTGGAAAATAATAATAAAAACGATATTAGAACCGTGAAAAAACTTTCAATATTTTTGGA
* *
929 G-TTAATTTATATATTTTTTATGAGTATCATGGCCATGAATTAAAGGAAATTCGTTTGGGTCAAT
259 GTTTAA-TTATATATTTTTTATGAGTATCATGGCCAAGAATTGAAGGAAATTC-TTTGGGTCAAT
* *
993 TTTTGCAAATTTTTAGTTGAAATCGTTTACTAACCATCAC-GATTTCTGACAAAAAACCCATTCC
322 TTTTGCAAATTTTTAGTTGAAATCGTGTACTAACCATCACAG-TTTCTGACAAAAAACGCATTCC
* * * *
1057 TGGGCCTCGGCCCAGTTATGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGACATATTTATATTCATCT
386 GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGACATATTTATATTCATCT
* * *
1122 AAGAAAATATCATCCACATTGCATTTAAGAATTTGATTTTACAAACATCTGAATCTTGTTTCGAT
451 AACAAAATATCATCCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGAT
* * *
1187 TTAAGTTGAAATTAATTCAG-AAAAATTA-GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCATTTCAA
516 TTAAGTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCTTTTCAA
* * *
1250 TATTTTTGGAGTTGAACTATATA-TTTTTATGAGTATCATGGCAAAAAATTGAAGAATATTTTTT
581 TATTTTTGGAGTTGAACTATATATTTTTTATGAGTATCAAGG-AAAAAATTGAAGAAAACTTTTT
*
1314 CGGGTAAATTTTTGTAAAA
645 CGGGTAAATTTTTGCAAAA
* * * * *
1333 GTTTAGCTGAAATCGTGTACGT-----T-ACAGTTTTTGTCTAAAAACGCATTCCGGGGCCTCGA
1 TTTTAGCTGAAATCGTGTAC-TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCCGG
1392 CTCAGTTTTGCTTGGTTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
65 CT-AGTTTTGCTTGGTTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
1457 -AAGCCGCATTGGATTTAAGAAATTCTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTATTAAGA
129 CAA-CCGCATTGGATTTAAGAAATTCTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTATTAAGA
*
1521 AATCAATTTGGAAAATAATAATAAAAAAGATATTAGAACCGTGAAAAAACTTTCAATATTTTTGG
193 AATCAATTTGGAAAATAATAATAAAAACGATATTAGAACCGTGAAAAAACTTTCAATATTTTTGG
*
1586 AG-TTAATTTATATATTTTTTATGAGTATCATGGCCATGAATTGAAGGAAATTCGTTTGGGTCAA
258 AGTTTAA-TTATATATTTTTTATGAGTATCATGGCCAAGAATTGAAGGAAATTC-TTTGGGTCAA
* *
1650 TTTTTGCAAATTTTTAGTTGAAATCGTTTACTAACCATCACAGTTTCTGACAAAAAACCCATTCC
321 TTTTTGCAAATTTTTAGTTGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCTGACAAAAAACGCATTCC
** * * * *
1715 GGGGCCTTGGCCCAGTTATGCTTGATTTTTGGTGTCAAGATTCCTTGACATATTTATATTCATCT
386 GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGACATATTTATATTCATCT
* * *
1780 AAGAAAATATCATCCACATTGCATTTAAGAATTTAATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGAT
451 AACAAAATATCATCCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGAT
* *
1845 TTAAGTAGAAATTAATTTAGAAAAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGCTTTTCAA
516 TTAAGTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCTTTTCAA
* *
1910 TATTTTTGGAGATGAACTATATATTTTTTATGAGTATCAAGGAAAAAATTGAA-TAAA-TTTTTC
581 TATTTTTGGAGTTGAACTATATATTTTTTATGAGTATCAAGGAAAAAATTGAAGAAAACTTTTTC
1973 GGGTAAATTTTTGCAAAA
646 GGGTAAATTTTTGCAAAA
* * *
1991 TTTTAGTTGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGTCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCCAGC
1 TTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCCGGC
* *
2056 TATGTTTTGCTTGGTTTTTGGCGCCAAGACGCCTTGACATATCAATATTCATCTAACCAAATCTC
66 TA-GTTTTGCTTGGTTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
* *
2121 AACCGCATTGGATTGAAGAAATTCTTTTTTCGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTATTAAGAAA
130 AACCGCATTGGATTTAAGAAATTCTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTATTAAGAAA
* * **
2186 TCAATTTGGAAAATAATAATAAAAACGATATCAGAAGCGTGAAAAGTCTTTCAATATTTTTGGAG
195 TCAATTTGGAAAATAATAATAAAAACGATATTAGAACCGTGAAAAAACTTTCAATATTTTTGGAG
* * *
2251 TTTAATTATATATTTTTTATGAGTATCATGGCCAGGAATCGAAGGAAATACTTTCGGGTCAATTT
260 TTTAATTATATATTTTTTATGAGTATCATGGCCAAGAATTGAAGGAAATTCTTT-GGGTCAATTT
* * * *
2316 TTGCAAATTTTTAGCTGAAATCGTGTACGTTA-CATCACGGTTTCT-AGCAAAAAACGCATTTCG
324 TTGCAAATTTTTAGTTGAAATCGTGTAC-TAACCATCACAGTTTCTGA-CAAAAAACGCATTCCG
* * *
2379 GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATATA
387 GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGACATATTTATATTCATCTA
* * * *
2444 ACCAAATCTCATCGACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCAATT
452 ACAAAATATCATCCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATT
* * *
2509 TAAGTAGAAATTAATTAAGAAAAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAAAG-TGTTTCAA
517 TAAGTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCT-TTTCAA
* * * ** **
2573 TAGTTTTGGAGTTGGACTATATAATTTTTTAGGAGTATGGTAGCTAAAAATTGAAGAAAACTATT
581 TATTTTTGGAGTTGAACTATAT-ATTTTTTATGAGTAT-CAAGGAAAAAATTGAAGAAAACT-TT
* *
2638 TT-GGGTCATTTTTTGCAAAA
643 TTCGGGTAAATTTTTGCAAAA
* * *
2658 TTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGGC-AAAACACGCACTCCGGGGTCCCGG
1 TTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA-ACGCATTCCGGGGCCCCGG
* * * * * * *
2722 CTCTGTGTTGCTTGATTTTTAGTGCCAAGACTTCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATAT
65 CT-AGTTTTGCTTGGTTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * * ** * * *
2787 CATCCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAGT-AGA
129 CAACCGCATTGGATTTAAGAAATTCTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTT-ATTAAGA
* ** ** *
2851 AATTAATTCAGAAAA-AATAGGAAAAACGATATTAGAACCGTGAAAAACCTTTCAATATTTTTGG
193 AATCAATTTGGAAAATAATAATAAAAACGATATTAGAACCGTGAAAAAACTTTCAATATTTTTGG
* * * * * *
2915 AGTTGAATTATATATTTTTTATGACTATCGTGGCCAAAAATTGAAGAAAATT-TTGTCGAGTCAA
258 AGTTTAATTATATATTTTTTATGAGTATCATGGCCAAGAATTGAAGGAAATTCTT-T-GGGTCAA
* * * * * * *
2979 ATTTTGCAAAATTTTA---G----C-TG-A--AATCATCACA-TTTTTGGGCTAAAAACGCATTT
321 TTTTTGCAAATTTTTAGTTGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCT-GACAAAAAACGCATTC
* * * * * *
3032 TGGGGCCCTGACTCAGTTTTGCTTGATTTTTTGCGCCTAGACTCCTTGACATATTTATATTCATC
385 CGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGACATATTTATATTCATC
* * * *
3097 TAACCAATTATCATCCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATTTGAATCTTATTTCGA
450 TAACAAAATATCATCCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGA
* *
3162 ATTAAATAGAAATTAATTCAGAAAAAAA
515 TTTAAGTAGAAATTAATTCAGAAAAAAA
3190 GGCTAAAAGT
Statistics
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0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (663 bp):
TTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCCGGC
TAGTTTTGCTTGGTTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA
ACCGCATTGGATTTAAGAAATTCTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTATTAAGAAAT
CAATTTGGAAAATAATAATAAAAACGATATTAGAACCGTGAAAAAACTTTCAATATTTTTGGAGT
TTAATTATATATTTTTTATGAGTATCATGGCCAAGAATTGAAGGAAATTCTTTGGGTCAATTTTT
GCAAATTTTTAGTTGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTCTGACAAAAAACGCATTCCGGGGC
CCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGACATATTTATATTCATCTAACAA
AATATCATCCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAG
TAGAAATTAATTCAGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCTTTTCAATATTT
TTGGAGTTGAACTATATATTTTTTATGAGTATCAAGGAAAAAATTGAAGAAAACTTTTTCGGGTA
AATTTTTGCAAAA
Found at i:3423 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 3372--3423 Score: 50
Period size: 15 Copynumber: 3.3 Consensus size: 15
3362 ATGTGTCACG
*
3372 TTATATATTTTTTTA
1 TTATATAATTTTTTA
*
3387 TTATTATAAATTCTTTTT
1 TTA-TAT-AATT-TTTTA
*
3405 TTATATAATTATTTA
1 TTATATAATTTTTTA
3420 TTAT
1 TTAT
3424 TGTAATTTCA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 4, Indels: 6
0.75 0.10 0.15
Matches are distributed among these distances:
15 10 0.33
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18 7 0.23
ACGTcount: A:0.31, C:0.02, G:0.00, T:0.67
Consensus pattern (15 bp):
TTATATAATTTTTTA
Found at i:5668 original size:335 final size:332
Alignment explanation
Indices: 4757--6436 Score: 1709
Period size: 334 Copynumber: 5.0 Consensus size: 332
4747 TTGTAAAAAC
* * * *
4757 AAAA-AGGAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAGCGTTTCAATATTTTTGAAGTTGAACTATATA
1 AAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAAAGCGTTTCAATATTTTTGGAGTTGAA--ATATA
* ** * * * *
4821 TTTTTTTTTATGAGTATCATGGCCAAAAATTGAAGATAATTTTGTTGGGTCAA-GTTTTGCAAAA
64 -TATTTTTTATGAGTATGGTAGCCAAAAATTGAAGAAAATTTT-TCGGGT-AATTTTTTGCAAAA
* * *
4885 TTTTAGCTGAAATCGCT-TACTAACCATCACAGTTTTTGGC--AAAACACGCATTCCGAGGCCCC
126 TTTTAGCTGAAATCG-TATACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACACGCGTTCTGGGGCCCC
* * * *
4947 GGCTCAGTTTTGCTTAATTTTTGGC-GCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAACCAAA
190 GACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG-CAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAA
* *
5011 TCTCATCCACATTGGATTTAAGTATTTAATTTTACGAACATCTGAATCT-TGTTTCAATTTAAGT
254 TCTCATCCACATTGGATTTAAGAATTT--TTTTACGAACATCTGAAT-TATGTTTCGATTTAAGT
*
5075 AGAAATTAATTTAGAAA
316 AGAAATTAATTCAGAAA
*
5092 AAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAAAGCGTTTCAATATTTTTGGAGTTGAACTATATG
1 AAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAAAGCGTTTCAATATTTTTGGAGTTGAAATATAT-
* * *
5157 ATTTTTTATGAGTATGGTAGCCAAACATTGAAGAAAATTCTTTTGGGTCATTTTTTGCAAAATTT
65 ATTTTTTATGAGTATGGTAGCCAAAAATTGAAGAAAATT-TTTCGGGTAATTTTTTGCAAAATTT
* * *
5222 TAGCTGAAATCGTATACTAATCATCAC-GATTTTTGGC-AAAAA-ACGCATTCTGGGGCCCCGGC
129 TAGCTGAAATCGTATACTAACCATCACAG-TTTTTGGCTAAAAACACGCGTTCTGGGGCCCCGAC
* * * * * *
5284 TCAGTTTTGCTTGATTTTTAGTGC--CAAGACTACTTGACATATATATATTCATCTAAGCAAATA
193 TCAGTTTTGCATGATTTTT-G-GCAGCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
5347 TCATCCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCT-TGTTTCGATTTAAGTAG
256 TCATCCACATTGGATTTAAGAATTT--TTTTACGAACATCTGAAT-TATGTTTCGATTTAAGTAG
5411 AAATTAATTCAGAAA
318 AAATTAATTCAGAAA
* *
5426 AAAATAAGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAAAGCGTTTAAATAATTTTGGAGTTGAAATATAT
1 AAAAT-AGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAAAGCGTTTCAATATTTTTGGAGTTGAAATATAT
5491 A-TTTTTATGAGTATGGTAGCCAAAAATTGAAGAAAATTCTTTCGGGTAATTTTTTGCAAAATTT
65 ATTTTTTATGAGTATGGTAGCCAAAAATTGAAGAAAATT-TTTCGGGTAATTTTTTGCAAAATTT
* * * *
5555 TAGCTGAAATCATGTATTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACACGCGTTCTGGGGCCCCGACT
129 TAGCTGAAATCGTATACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACACGCGTTCTGGGGCCCCGACT
* * * * *
5620 TAGTTTTGCATGATTTTTGCCAGCAAGACTCCTTAAAACATTTATATTCATCTAACCAAATCTCA
194 CAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA
* * * *
5685 GCCACAATGGATTTAAGAATAATTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAAT
259 TCCACATTGGATTTAAGAAT--TTTTTTACGAACATCTGAATTATGTTTCGATTTAAGTAGAAAT
*
5750 TAATTC-G-GA
322 TAATTCAGAAA
* * ** * * **
5759 AAAATAGGAAAAATGATAGTAGAAACCA-GAAAAGCCCTTAAAT-TTTATTGGCGTTGAGTTATA
1 AAAATAGGAAAAATGATATTAG-AAGCATGAAAAGCGTTTCAATATTT-TTGGAGTTGAAATATA
* * * *
5822 TATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTG-AGATAATATTTTTCGGG-ACAATTGTTGCAAAA
64 TATTTTTTATGAGTATGGTAGCCAAAAATTGAAGA-AA-ATTTTTCGGGTA-ATTTTTTGCAAAA
* * * * * * *
5885 TTTT-GGTCAAGATCGTGTACTAACCTTCACAGTTTTTGACT-AAAA-ATGCGTTCTTGGGCCCC
126 TTTTAGCTGAA-ATCGTATACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACACGCGTTCTGGGGCCCC
* * ** * * *
5947 GACACAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGTGT-CTTGGAAATATCTATATTTATCTAACTAAT
190 GACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTT-GAAATATCTATATTCATCTAACCAAA
* * *
6011 TCTCATCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTA
254 TCTCATCCACATTGGATTTAA-GAATT-TTTTTACGAACATCTGAATTATGTTTCGATTTAAGTA
*
6076 GATAATTAA---GGAAA
317 GA-AATTAATTCAGAAA
* * * * **** ** * * * *
6090 AAATTA-GAAAAACGAAAATT-GAAGCGTCTTGAGCCCTTCATTCTTTTTGGATTTGAATTATAT
1 AAAATAGGAAAAATG-ATATTAGAAGCATGAAAAGCGTTTCAATATTTTTGGAGTTGAAATATAT
* * * *
6153 ATTTTTTATGAGTGTTGT-GCCTAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGG-ACAGTTTTTGCAAAAT
65 ATTTTTTATGAGTATGGTAGCC-AAAAATTGAAG-AAAATTTTTCGGGTA-ATTTTTTGCAAAAT
* * ** *
6216 TTTGGCCT-AAATCGTATACTAACTATCATTGTTTTTGGCTAAAAACGCGCGTTCTGGGGCCCCG
127 TTTAG-CTGAAATCGTATACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACACGCGTTCTGGGGCCCCG
* * * * * *
6280 ACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGGCAAGACTCCTTTAAACATTTATAGTCATCTAACCAAATC
191 ACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
* * * * *
6345 TCATGCACAATGGATTTATGGATAATTTTTTATGAACATCTGAATTATGTTTCGATTTAA-TAAG
256 TCATCCACATTGGATTTA-AGA-ATTTTTTTACGAACATCTGAATTATGTTTCGATTTAAGT-AG
* *
6409 TAATTAATTC-GGAA
318 AAATTAATTCAGAAA
*
6423 AAATTAGGAAAAAT
1 AAAATAGGAAAAAT
6437 TA
Statistics
Matches: 1155, Mismatches: 141, Indels: 99
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
329 6 0.01
330 112 0.10
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334 258 0.22
335 198 0.17
336 51 0.04
337 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (332 bp):
AAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAAAGCGTTTCAATATTTTTGGAGTTGAAATATATA
TTTTTTATGAGTATGGTAGCCAAAAATTGAAGAAAATTTTTCGGGTAATTTTTTGCAAAATTTTA
GCTGAAATCGTATACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACACGCGTTCTGGGGCCCCGACTCA
GTTTTGCATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCATC
CACATTGGATTTAAGAATTTTTTTACGAACATCTGAATTATGTTTCGATTTAAGTAGAAATTAAT
TCAGAAA
Found at i:6298 original size:663 final size:663
Alignment explanation
Indices: 4751--6436 Score: 1838
Period size: 663 Copynumber: 2.5 Consensus size: 663
4741 AACTTTTTGT
* * * * * ** * * *
4751 AAAAACAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAGCGTTTCAATATTTTTGAAGTTGAACT
1 AAAAA-AATAAGGAAAAACGAAATTAGAAGCATCAAAAGCCCTTAAATAATTTTGGAGTTGAA--
* ** * * *
4816 ATATATTTTTTTTTATGAGTATCATGGCCAAAAATTGAAGATAATT-TTGTTGGGTCAAG-TTTT
63 ATATA--TATTTTTATGAGTATGGTAGCCAAAAATTGAAGAAAATTCTT-TCGGGT-AAGTTTTT
* * * *
4879 GCAAAATTTTAGCTGAAATCGCTTACTAACCATCACAGTTTTTGGC--AAAACACGCATTCCGAG
124 GCAAAATTTTAGCTGAAATCG-TTACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACACGCGTTCTGGG
* * * * * * * *
4942 GCCCCGGCTCAGTTTTGCTTAATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGACATATCTATATTCATCTAAC
188 GCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCG-CAAGACTCCTTAAAACATTTATATTCATCTAAC
* * * *
5007 CAAATCTCATCCACATTGGATTTAAG-TATTTAATTTTACGAACATCTGAATCT-TGTTTCAATT
252 CAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGATAATT--TTTTACGAACATCTGAAT-TATGTTTCGATT
* * * * * ** *
5070 TAAGTAGAAATTAATTTAGAAAAAAATAGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAAAGCGTTTCAAT
314 TAATTAGAAATTAA-TTCG-GAAAAATAGGAAAAATGATAGTAGAACCATGAAAAGCCCTTAAAT
*
5135 ATTTTTGGAGTTGAACTATATGATTTTTTATGAGTATGGTAGCCAAACATTGAAGAAAATTCTTT
377 ATTTTTGGAGTTGAACTATATGATTTTTTATGAGTATGGTAGCCAAAAATTGAAGAAAATTCTTT
* * * * * * *
5200 TGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTATACTAATCATCACGATTTTTGGCAAAAAA
442 CGGGACAATTGTTGCAAAATTTTAGCTCAAATCGTATACTAACCATCACGATTTTTGACAAAAAA
* * * ** *
5265 CGCATTCTGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTAGTGCCAAGACTACTTGACATATATAT
507 CGCATTCTGGGGCCCCGACACAGTTTTGCATGATTTTTAGCACCAAGACTACTTGAAATATATAT
5330 ATTCATCTAAGCAAATATCATCCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTT
572 ATTCATCTAAGCAAATATCATCCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTT
*
5395 GTTTCGATTTAAGTAGAAATTAATTCAG
637 GTTTCGATTTAAGTAG-AATTAATTAAG
* * * **
5423 AAAAAAATAAGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAAAGCGTTTAAATAATTTTGGAGTTGAAATA
1 AAAAAAATAAGGAAAAACGAAATTAGAAGCATCAAAAGCCCTTAAATAATTTTGGAGTTGAAATA
*
5488 TATATTTTTATGAGTATGGTAGCCAAAAATTGAAGAAAATTCTTTCGGGTAATTTTTTGCAAAAT
66 TATATTTTTATGAGTATGGTAGCCAAAAATTGAAGAAAATTCTTTCGGGTAAGTTTTTGCAAAAT
* *
5553 TTTAGCTGAAATCATGTATTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACACGCGTTCTGGGGCCCCGA
131 TTTAGCTGAAATCGT-TACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACACGCGTTCTGGGGCCCCGA
*
5618 CTTAGTTTTGCATGATTTTTGCCAGCAAGACTCCTTAAAACATTTATATTCATCTAACCAAATCT
195 CTTAGTTTTGCATGATTTTTGGC-GCAAGACTCCTTAAAACATTTATATTCATCTAACCAAATCT
*
5683 CAGCCACAATGGATTTAAGAATAATTTTTTACGAGCATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAA
259 CAGCCACAATGGATTTAAG-ATAATTTTTTACGAACATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAA
*
5748 ATTAATTCGGAAAAATAGGAAAAATGATAGTAGAAACCA-GAAAAGCCCTTAAAT-TTTATTGGC
323 ATTAATTCGGAAAAATAGGAAAAATGATAGTAG-AACCATGAAAAGCCCTTAAATATTT-TTGGA
** * *
5811 GTTGAGTTATAT-ATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTG-AGATAATATT-TTTCGGGACA
386 GTTGAACTATATGATTTTTTATGAGTATGGTAGCCAAAAATTGAAGA-AA-ATTCTTTCGGGACA
* * * * * *
5873 ATTGTTGCAAAATTTT-GGTCAAGATCGTGTACTAACCTTCAC-AGTTTTTGACTAAAAATGCGT
449 ATTGTTGCAAAATTTTAGCTCAA-ATCGTATACTAACCATCACGA-TTTTTGACAAAAAACGCAT
* * ** * *
5936 TCTTGGGCCCCGACACAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAGTGT-CTTGGAAATATCTATATTT
512 TCTGGGGCCCCGACACAGTTTTGCATGATTTTTAGCACCAAGACTACTT-GAAATATATATATTC
* * * * *
6000 ATCTAA-CTAATTCTCATCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAAT-TATGT
576 ATCTAAGC-AAATATCATCCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCT-TGT
*
6063 TTCGATTTAATTAG-A-TAATTAAG
639 TTCGATTTAAGTAGAATTAATTAAG
* * * *** * * ** * *
6086 GAAAAAATTA-GAAAAACGAAAATT-GAAGCGTCTTGAGCCCTTCATTCTTTTTGGATTTGAATT
1 AAAAAAATAAGGAAAAACG-AAATTAGAAGCATCAAAAGCCCTTAAATAATTTTGGAGTTGAAAT
* * *
6149 ATATATTTTTTATGAGTGTTGT-GCCTAAAAATTGAGGAAAAATT-TTTCGGG-ACAGTTTTTGC
65 ATATA-TTTTTATGAGTATGGTAGCC-AAAAATTGAAG-AAAATTCTTTCGGGTA-AGTTTTTGC
* * * *
6211 AAAATTTTGGCCT-AAATCGTATACTAACTATCATTGTTTTTGGCTAAAAACGCGCGTTCTGGGG
126 AAAATTTTAG-CTGAAATCGT-TACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACACGCGTTCTGGGG
* *
6275 CCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGGCAAGACTCCTTTAAACATTTATAGTCATCTAACC
189 CCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGC-GCAAGACTCCTTAAAACATTTATATTCATCTAACC
* *
6340 AAATCTCATG-CACAATGGATTTATGGATAATTTTTTATGAACATCTGAATTATGTTTCGATTTA
253 AAATCTCA-GCCACAATGGATTTA-AGATAATTTTTTACGAACATCTGAATTATGTTTCGATTTA
* *
6404 ATAAGTAATTAATTCGGAAAAATTAGGAAAAAT
316 ATTAGAAATTAATTCGGAAAAA-TAGGAAAAAT
6437 TA
Statistics
Matches: 870, Mismatches: 117, Indels: 62
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
662 42 0.05
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672 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (663 bp):
AAAAAAATAAGGAAAAACGAAATTAGAAGCATCAAAAGCCCTTAAATAATTTTGGAGTTGAAATA
TATATTTTTATGAGTATGGTAGCCAAAAATTGAAGAAAATTCTTTCGGGTAAGTTTTTGCAAAAT
TTTAGCTGAAATCGTTACTAACCATCACTGTTTTTGGCTAAAAACACGCGTTCTGGGGCCCCGAC
TTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCAAGACTCCTTAAAACATTTATATTCATCTAACCAAATCTCA
GCCACAATGGATTTAAGATAATTTTTTACGAACATCTGAATTATGTTTCGATTTAATTAGAAATT
AATTCGGAAAAATAGGAAAAATGATAGTAGAACCATGAAAAGCCCTTAAATATTTTTGGAGTTGA
ACTATATGATTTTTTATGAGTATGGTAGCCAAAAATTGAAGAAAATTCTTTCGGGACAATTGTTG
CAAAATTTTAGCTCAAATCGTATACTAACCATCACGATTTTTGACAAAAAACGCATTCTGGGGCC
CCGACACAGTTTTGCATGATTTTTAGCACCAAGACTACTTGAAATATATATATTCATCTAAGCAA
ATATCATCCACATTGGATTTAAGAATTTGATTTTACGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAGT
AGAATTAATTAAG
Done.