Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014644.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14677, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
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Found at i:1200 original size:335 final size:334
Alignment explanation
Indices: 19--3246 Score: 4074
Period size: 336 Copynumber: 9.7 Consensus size: 334
9 ATTGGAGGAA
* * *
19 TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATAGTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-TATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
* * * ** ** * * ** *
84 AGATTGAGATGCACGT-AAAACAAATCCTTAAATCTAATGTGTCTGAGATTTGATTAGATGAATA
65 AAATTAATATGCTTGTAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATA
* ** * * ** * * * **
148 AAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCAAAAATCATACAAAACAGAGCCGTGGCCCCGGAAATCG-
130 TAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGT
*
212 TTTTTAGTCAAAAA-CTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC--------T--AAAAACTGACCC
195 TTTTTTGTCAAAAATC-GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC
* * * * * *
266 GA-AACGTTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATAATTACTTAGAAAAGATATATAATTCAACGCCA
259 GATAA-GGTTTTCCTCAATTTTTTGCCAC---AA-TACTCAGAAAAAATATTTAATTCAATGCCA
* * *
330 AAAACATTGACGGG-C
319 AAAAAATTGAAGGGTT
* * * * *
345 TTTTCACGATTCTAAAATCGTTCTTCCATTTTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA
* * * * * ** * * * * * *
410 GATTCAGATGCTCGGAAAAACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATAAATAT
66 AATTAATATGCTTGTAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * * * *
475 AGATATTTCAAGGAGCCTTTGCGCCAAAAAACACGCAAAATTGAGCCGGGGCTCCGGAATGCG-T
131 AGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTT
* * * *
539 TTTTAG-CCAAAACCGTGATGG-T-GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAACTGACCCGA
196 TTTTTGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGA
* ** * *
601 AAATTTTTTCCTAAATTTTTTGCCACAATACTCAG-ATAAATATTTTAATTCAATGCCAAAAAAA
261 TAAGGTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATA-TTTAATTCAATGCCAAAAAAA
665 TTGAAGGGTT
325 TTGAAGGGTT
* *
675 TTTTCTCACTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTAATTTACTAATTAAATCGAAACA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTAATTT-CTAATTAAATCGAAACA
740 AAATTAATATGCTTGTAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATA
65 AAATTAATATGCTTGTAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATA
*
805 TAGATATTTCAAGGAGTTTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGT
130 TAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCG-
870 TTTTTTTGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC
194 TTTTTTTGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC
*
935 GATAAGGTTTTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATTTAATTCAATGCCAAAAAA
259 GATAAGGTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATTTAATTCAATGCCAAAAAA
1000 ATTGAAGGGTT
324 ATTGAAGGGTT
1011 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA
*
1076 AATTAATATGCTTGTAAAAACAAATAATTAACTCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATAT
66 AATTAATATGCTTGTAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATAT
*
1141 AGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCACCGGAACGCGTT
131 AGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCG--
1206 TTTTTTTGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC
194 TTTTTTTGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC
* *
1271 GATAAGGTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATTTAATTCATTGCCAGAAAA
259 GATAAGGTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATTTAATTCAATGCCAAAAAA
1336 ATTGAAGGGTT
324 ATTGAAGGGTT
*
1347 TTTTCACGCTTCTAATATGGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA
* *
1412 AATTAATATGCTTGTAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGTATGAGATTTGGTTAAATGAATAT
66 AATTAATATGCTTGTAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * *
1477 AGATATTTCATGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTAAGTCGGGACTCCGGAACGCGTT
131 AGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCG--
*
1542 TTTTTTTGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC
194 TTTTTTTGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC
*
1607 GATAAGGTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATATTCAGAAAAAATATTTAATTCAATGCCAAAAAA
259 GATAAGGTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATTTAATTCAATGCCAAAAAA
*
1672 TTTGAAGGGTT
324 ATTGAAGGGTT
* * * *
1683 TTTTCACGATTCTAATATCTTTTTTTTCTAGTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAAC
1 TTTTCACGCTTCTAATATC--GTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
* * * * * *
1748 AAAATTTAGATGCTTGTAAAAACTAATCATTAAATCCATTGTGGCA-AAGTTTTGGTTAGATGAA
64 AAAATTAATATGCTTGTAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGG-ATGAGATTTGGTTAGATGAA
* * ** * * *
1812 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTT-CTTCCAAAAACCATTAAAAACTAAGTCGGGGCTCCAGAACG
128 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGC-GCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACG
* * * *
1876 CG-TTTTTAG-CCAAAATCCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGG--------TT--AAAAACTAA
192 CGTTTTTTTGTCAAAAAT-CGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGA
* * * * * * * * * *
1929 CCCGAAAAGTTTTTTCTTAGTTTTTTG-CACAATATTGAAAAAAAATATATAATTCAACGCCAAA
256 CCCGATAAGGTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATTTAATTCAATGCCAAA
** * *
1993 AAGGTT-AATTGG-C
321 AAAATTGAA-GGGTT
* * * ** * *
2006 TTTTCACGCTTCTGATATCGCTTTTTCATATTTATTTCCGAATTAATTTATAAGAAAATTGAAAA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTTC-TATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
** * * * * *
2071 AAAATTCAA-ATGCTCATAAAAACAAATACTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGTTTTA-ATGA
64 AAAATT-AATATGCTTGTAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGGATGAGATTTG-GTTAGATGA
* ** * * *
2134 ATATTGATATTTCAAAAAGTCTTTGCGTCAAAAATCATGCAAAATTGATTCGGGGCACCGGAACG
127 ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACG
* * * * *
2199 CTATTTTTATTTTAGCCAAAAATTGTAATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
192 C---GTTT-TTTT-GTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
*
2264 CTGAACCGATAAGGTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATTTAATTCAATGC
252 CTGACCCGATAAGGTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATTTAATTCAATGC
*
2329 CAAAAAAATTTTAAGGGTT
317 CAAAAAAA-TTGAAGGGTT
* *
2348 TTTTCACGCTTCTAATATGGTTTTTCAATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA
* *
2413 AATTAATATGCTTGTAAAAACAAATAATTAACTCCATTGTGGATGAGATTTGATTAGATGAATAT
66 AATTAATATGCTTGTAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * *
2478 AGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGTGCACCGGAACGCGTG
131 AGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGC--G
* *
2543 TTTTTTCTGTCAAAAATCGTTATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAACTGACC
194 TTTTTT-TGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACC
* * * * *
2608 CGATAAGGTTTTCCTCAATTTTTTGGCACAATATTCAGAAAAAAAAATTTAATTCAACGCCAGAA
258 CGATAAGGTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAG-AAAAAATATTTAATTCAATGCCAAAA
*
2673 TAATTGAAGGGTT
322 AAATTGAAGGGTT
* *
2686 TTTTCACGCATCTAATATCGTTTTTCTATATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTAT-TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
* * *
2751 AAATTAATATGCCTGTAAAAACAAATAATTAAATCCATTATGGATGAGATTTGGTTATATGAATA
65 AAATTAATATGCTTGTAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATA
* * * * * * *
2816 TAGATATTTCAAGGAGTGTTTTCGCCTAAAATAACGCAAAATAGAGTCGGGGGCACCGGAACGCG
130 TAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTC-GGGGCTCCGGAACGCG
*
2881 TTTTTTTGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC
194 TTTTTTTGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC
* *
2946 GATAAGGTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATTTAATTCATTGCCAGAAAA
259 GATAAGGTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATTTAATTCAATGCCAAAAAA
3011 ATTGAAGGGGTT
324 ATTGAA-GGGTT
*
3023 TTTTCACGCTTCTAATATGGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA
* * * * *
3088 AATTAATATGCTTGTAAAAACTAATCATTAAATCCATTGTGGCTGAGCTTTGGTTAGATGATTAT
66 AATTAATATGCTTGTAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * ** * * *
3153 AGATATTTCAAGGAGTCTTT-CTTCCAAAAACCATTAAAAACTAAGTCGGGGCTCCAGAACGCG-
131 AGATATTTCAAGGAGTCTTTGC-GCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGT
* *
3216 TTTTTAG-CCAAAATCCGTGATGGTTAGTACA
195 TTTTTTGTCAAAAAT-CGTGATGGTTAGTACA
3247 TATATGGTTA
Statistics
Matches: 2550, Mismatches: 287, Indels: 122
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
322 6 0.00
323 160 0.06
324 45 0.02
325 90 0.04
326 121 0.05
327 4 0.00
328 8 0.00
329 53 0.02
330 48 0.02
331 128 0.05
333 46 0.02
334 43 0.02
335 188 0.07
336 780 0.31
337 132 0.05
338 283 0.11
339 200 0.08
340 185 0.07
341 10 0.00
342 20 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (334 bp):
TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA
AATTAATATGCTTGTAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATAT
AGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCGGAACGCGTT
TTTTTGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGA
TAAGGTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATTTAATTCAATGCCAAAAAAAT
TGAAGGGTT
Found at i:3293 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 3249--3293 Score: 63
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
3239 TTAGTACATA
*
3249 TATGGTTAACCAAAATCCGT
1 TATGGTTAACCAAAATCCAT
* *
3269 GATGGTTAGCCAAAATCCAT
1 TATGGTTAACCAAAATCCAT
3289 TATGG
1 TATGG
3294 GATTTTTCAC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 4, Indels: 0
0.84 0.16 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 21 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.20, T:0.29
Consensus pattern (20 bp):
TATGGTTAACCAAAATCCAT
Found at i:4550 original size:658 final size:662
Alignment explanation
Indices: 3296--4830 Score: 1927
Period size: 658 Copynumber: 2.3 Consensus size: 662
3286 CATTATGGGA
*
3296 TTTTTCACGCTTCTAATATGGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
1 TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
* *
3361 AAATTAATATGCTTGTAAAAATAAATAATTAACTCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATA
66 AAATTAATATGCTTGTAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATA
3426 TAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCACC-AGAACGCG
131 TAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCACCGA-AACGCG
*** * *
3490 TTTTTTTGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCACAAACTGACCC
195 -TTTTTACCCAAAAATCGTGA--GTAAGCACACGATTTCGGCTAAAA---TG----AACTGACCC
* * * * * * **
3555 GATAAGGTTTTCCTCAATTTATTGCCACAATACTCAGAAAAATATTTATTTCATTGCCAGAAAAA
250 AAGAAGGTTTTCCTCAATTTATTGCAAAAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAGAAAAA
* * * *
3620 TTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCCAATTAAAT
315 TTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTACAATTAAAT
* * *** *
3685 CGAAACAAAATTAATATGCTTGTAAAAACAAATAATTAACTCCACTGTGGATGAGATTTAGTTAG
380 CGAAACAAAATTAAGATACCCATAAAAACAAATAATTAACTCCAATGTGGATGAGATTTAGTTAG
* * * * * *
3750 ATGAATATAGAGATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAATTCTTGCAAAATTGAGTCGGAGCTCCGG
445 ATGAATATAGAGATTTCAAAGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATACAAAATTGAGTCGGAGCACCAG
* * * *
3815 AACGCGTTTTTTTTTTGTCAAAAATCGTGATGGTTAATACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
510 AACGCGTTTTTTTTTTGTCAAAAATCGTGATGGTTAATACACAATTTCAGATAAAACTTTACAAA
* *
3880 AACTGGCCCGATAAGGTTTTCCTCAA-TTTTTTGCCACAATATTCAGAAAAAATATTTAAT-TCA
575 AACTGACCCGATAAGGTTTTCCTCAATTTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATTTAATATCA
3943 A-CGCCA-AAAAAATTGAAGGGT
640 AGCGCCATAAAAAATTGAAGGGT
* *
3964 TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTAGTTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAAATCG-AACA
1 TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
* *
4028 AAATTAAGT-TGCTTGTAAAAACAAATCATTAAATCCATTGTGGCTGAGCA-TTGGTTAGATGAA
66 AAATTAA-TATGCTTGTAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGGATGAG-ATTTGGTTAGATGAA
* * * * **
4091 TGTAGATATTTCAAGGAGTCTTT-CAAGCCAAAAATCATTCAAAACTGAGCCGGGGTTCCGAAAC
129 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGC--GCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCACCGAAAC
* * * *
4155 GCGTTTTTACCCAAAATTCGTGA-TAACGCATATGATTTCGGTTAAAA-G-A-TGACCCAAGAAG
192 GCGTTTTTACCCAAAAATCGTGAGTAA-GCACACGATTTCGGCTAAAATGAACTGACCCAAGAAG
* * * *
4216 TTTTTTCTCAATTTTTTG-AAAAATATTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCA-AAAAGATT-A
256 GTTTTCCTCAATTTATTGCAAAAATACTCAG-AAAAATATATAATTCAACGCCAGAAAA-ATTGA
* * *
4278 ATTGGCTTTTCACGCTTCTGATATCGCTTTTCCATATTTATTTCCGAATTAATTTATAATTAAAT
319 A-GGGCTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTCCAT-TTT-TTTCCGAATTAATTTACAATTAAAT
* ** *
4343 CGAAACAAAATTCAGATACCCATAAAAACAAATCCTTATA-TCCAATGTGGCTGAGATTT-GATT
380 CGAAACAAAATTAAGATACCCATAAAAACAAATAATTA-ACTCCAATGTGGATGAGATTTAG-TT
* * * *
4406 TGATGAATATTGATATTTCAAAGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATACAAAATTGAGTCGGGGCACC
443 AGATGAATATAGAGATTTCAAAGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATACAAAATTGAGTCGGAGCACC
* ** *
4471 AGAATGCGTTTTTTTTTTGTCAAAAATCGTGATGGTTTCTACACGATTTCAGATAAAACTTTACA
508 AGAACGCGTTTTTTTTTTGTCAAAAATCGTGATGGTTAATACACAATTTCAGATAAAACTTTACA
*
4536 AAAACTGACCCGATAAGGTTTTCCTGAATTTTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATTTAATA
573 AAAACTGACCCGATAAGGTTTTCCTCAA-TTTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATTTAATA
* * **
4601 TGAAGGGTTATTGCAAAAAATTGAAGGGT
637 TCAAGCGCCA-T--AAAAAATTGAAGGGT
* * *
4630 TTTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTTCTATTTTTTTTTTCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAA
1 TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTA--TTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAA
* * *
4695 CAAAATTAATATGCCTGAAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGGATGTGATTTGGTTAGATGAA
64 CAAAATTAATATGCTTGTAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAA
*
4760 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCACCGGAACGC
129 TATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCACCGAAACGC
4825 GTTTTT
194 GTTTTT
4831 TTGTCAAAAA
Statistics
Matches: 746, Mismatches: 93, Indels: 56
0.83 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
654 15 0.02
655 66 0.09
656 8 0.01
657 4 0.01
658 210 0.28
659 1 0.00
660 33 0.04
661 4 0.01
662 2 0.00
664 2 0.00
665 16 0.02
666 44 0.06
667 97 0.13
668 162 0.22
669 81 0.11
670 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (662 bp):
TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
AAATTAATATGCTTGTAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATA
TAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCACCGAAACGCGT
TTTTACCCAAAAATCGTGAGTAAGCACACGATTTCGGCTAAAATGAACTGACCCAAGAAGGTTTT
CCTCAATTTATTGCAAAAATACTCAGAAAAATATATAATTCAACGCCAGAAAAATTGAAGGGCTT
TTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTTTCCGAATTAATTTACAATTAAATCGAAACAAAAT
TAAGATACCCATAAAAACAAATAATTAACTCCAATGTGGATGAGATTTAGTTAGATGAATATAGA
GATTTCAAAGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATACAAAATTGAGTCGGAGCACCAGAACGCGTTTTT
TTTTTGTCAAAAATCGTGATGGTTAATACACAATTTCAGATAAAACTTTACAAAAACTGACCCGA
TAAGGTTTTCCTCAATTTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATTTAATATCAAGCGCCATAAA
AAATTGAAGGGT
Done.