Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014645.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14678, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1963
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Found at i:1037 original size:336 final size:335
Alignment explanation
Indices: 4--1963 Score: 2307
Period size: 336 Copynumber: 5.9 Consensus size: 335
1 CCA
** * * * * * * * *
4 TAAAAACAAATCCTTATATCTAATGTGGCTGAGATTTGTTTTGATGAATATTGATATTTCAAAGA
1 TAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGA
** * * *
69 GTCTTTGCGTAAAAAATAATGCAAAATTGAGTTGGGGCTCCAGAACGCGTTTTTTTTTTCAAAAA
66 GTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCAGAACGCG-TTTTTTTGTC-AAAA
* * ** * * * *
134 ATC-TAAATTGTTAGTACGTGATTTCGGTTAAAATTTTGGAAAAACTGACCTGATAAAGTTTTCC
129 ATCGT-GATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGATAAGGTTTTCC
* * * * **
198 TCAATTTTTTGCCTCAATACTCAAAAAAAATATTTAATTCAAAGCCAAAAAAATTGATTGGTTTT
193 TCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAGTATTTAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTT
*
263 TTCACGCTTCTAATATGGTTTTTCTATCTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA
258 TTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTAT-TTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAA
*
328 AATTAATATGCTTT
322 AATTAATATGCTTG
* * *
342 TAAAAGCAAATAATTAAATCCATTGAGGATGAGATTTGGTTATATGAATATAGATATTTCAAGGA
1 TAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGA
* *
407 GTCTTTGCGCCAAAAATCATACAAAATTGAGTCGGGGCAT-CGGAACGCGTTTTTTTGTCAAAAA
66 GTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGC-TCCAGAACGCGTTTTTTTGTCAAAAA
*
471 TCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACACGATAAGGTTTTCCTC
130 TCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGATAAGGTTTTCCTC
* * ** * *
536 AATTTATTGCCACAATACTCTGAAAAAGTATTTAATTCATTGCCAGAAAAATCGAAGGGTTTTTT
195 AATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAGTATTTAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTT
*
601 CACGCTTCTAATATCGTTTTTCTA-TTTTTTTCCGAATTAATTTCTAACTAAATCGAAACAAAAT
260 CACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAAT
665 TAATATGCTTG
325 TAATATGCTTG
*
676 TAAAAACAAATAATTAACTCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGA
1 TAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGA
* * * *
741 GTTTTTGCGCCAAAAATCATGTAAAATTGAGTCGAGGCTCCGGAACGCGCTTTTTTTGTCAAAAA
66 GTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCAGAACGCG-TTTTTTTGTCAAAAA
806 TCGTGATGGTTATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGATAAGGTTTTCC
130 TCGTGATGG-T-TAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGATAAGGTTTTCC
871 TCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAGTATTTAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGG-TTT
193 TCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAGTATTTAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTT
* *
935 TTCACGTTTCTAATATCGTTTTTCTA-TTTTTTTACGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAA
258 TTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAA
999 ATTAATATGCTTG
323 ATTAATATGCTTG
*
1012 TAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATA-AGTATTTCAAGG
1 TAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGA-TATTTCAAGG
* * * * ** *
1076 AGTCTTT----C---AGT--TTCAAAACTGAGTCGGGGCTCCAAAACGCG-TTTTAAG-CCAAAA
65 AGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCAGAACGCGTTTTTTTGTCAAAAA
**
1130 TCCGTGATGGTTAGTACTTGATTTCGGC--------T--AAAAACT-AGCCC-AT----TTTT-C
130 T-CGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGA-CCCGATAAGGTTTTCC
* * * * * * *
1178 TCAATTTTTCG-CAAAATATTCAAATATATATATATATATATATATAATTCAACGGCAAAAAGAT
193 TCAATTTTTTGCCACAATACTC----AGA-A-A-A-A-GTAT-T-TAATTCAACGCCAAAAAAAT
* * * * * * *
1242 TGATGGG-TGTTTCACACTTC-AGATATTGCTTTTCCATTTTTATTTCCGAATTAATTTATAATT
247 TGAAGGGTTTTTTCACGCTTCTA-ATATCGTTTTTCTATTTTT-TTTCCGAATTAATTTCTAATT
* * * *
1305 AAATCGAAA-AAAGATTCAGATACTCG
310 AAATCGAAACAAA-ATTAATATGCTTG
* * * * ** *
1331 TAAAAACAAATCATTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTTTACGAATATAGATATTTCAAGGA
1 TAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGA
* ** * *
1396 GTTTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTTAGGGCTCCGGAACGCTTTTTTTTTTTGTCAAA
66 GTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCAGAACGC---GTTTTTTTGTCAAA
* *
1461 AA-CTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACTCGATAAGGTTTTT
128 AATC-GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGATAAGGTTTTC
**
1525 CTCAATTTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAGTATTTAATTCATTGCCCAAAAAAATTGAAGGGT
192 CTCAA-TTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAGTATTTAATTCAACG-CCAAAAAAATTGAAGGGT
* *
1590 TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTA-TTTTTTTCCGAATTAATTTCCAATAAAATCGAAAC
255 TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAAC
1654 AAAATTAATATGCTTG
320 AAAATTAATATGCTTG
*
1670 TAAAAACAAATAATTAAATCCATTATGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGA
1 TAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGA
* * * *
1735 GTTTTTGCGCCAAAAATCATGGAAATTTGAGTCGGGGCTCCAGAACGCGTTTTTTTGTCCAAAAT
66 GTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCAGAACGCGTTTTTTTGTCAAAAAT
* * *
1800 CGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAATAACTGACCCGATAAGGTTTTCCTGA
131 CGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGATAAGGTTTTCCTCA
* *
1865 A-TTTTTGTCACAATATTCAGAAAAA-TAAAATTTAATTCAACGCCAAAAAAAATTG--GGGTTT
196 ATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAGT---ATTTAATTCAACGCC-AAAAAAATTGAAGGGTTT
* * *
1926 TTTCACGTTTCTAATATCATTTTTCTAGTTTTTTTCCG
257 TTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTTCCG
Statistics
Matches: 1388, Mismatches: 165, Indels: 141
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
306 8 0.01
307 11 0.01
308 4 0.00
310 2 0.00
311 1 0.00
312 4 0.00
313 11 0.01
314 1 0.00
315 4 0.00
316 2 0.00
317 45 0.03
318 7 0.01
319 99 0.07
320 1 0.00
323 16 0.01
324 7 0.01
325 13 0.01
326 2 0.00
327 24 0.02
328 23 0.02
329 2 0.00
331 1 0.00
332 29 0.02
333 7 0.01
334 206 0.15
335 37 0.03
336 375 0.27
337 118 0.09
338 93 0.07
339 145 0.10
340 23 0.02
341 25 0.02
342 11 0.01
343 4 0.00
344 1 0.00
345 1 0.00
346 2 0.00
347 4 0.00
348 5 0.00
349 6 0.00
350 8 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (335 bp):
TAAAAACAAATAATTAAATCCATTGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGA
GTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGTCGGGGCTCCAGAACGCGTTTTTTTGTCAAAAAT
CGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGATAAGGTTTTCCTCA
ATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAGTATTTAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTTTC
ACGCTTCTAATATCGTTTTTCTATTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATT
AATATGCTTG
Done.