Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014698.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14731, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 27974
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.17, T:0.32
Found at i:13 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1--70 Score: 124
Period size: 2 Copynumber: 35.5 Consensus size: 2
*
1 TC TC TA TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC
1 TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC
43 TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC T- TC TC T
1 TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC TC T
71 TTTTGAAGAT
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 2, Indels: 2
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.02
2 64 0.98
ACGTcount: A:0.01, C:0.47, G:0.00, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
TC
Found at i:25941 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 25887--25944 Score: 82
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25877 TTTTAATAAG
*
25887 TATTCTTTTTAATCATTTAACTTTTTTTTT
1 TATTCTTTTTAATCATTCAACTTTTTTTTT
*
25917 TATT-TTTTTAGATGATTCAACTTTTTTT
1 TATTCTTTTTA-ATCATTCAACTTTTTTT
25945 ATTAATTATG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
29 6 0.24
30 19 0.76
ACGTcount: A:0.21, C:0.09, G:0.03, T:0.67
Consensus pattern (30 bp):
TATTCTTTTTAATCATTCAACTTTTTTTTT
Found at i:27156 original size:328 final size:328
Alignment explanation
Indices: 26467--27971 Score: 1643
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26457 ATTATATATT
* * *
26467 TTTAAATCCAATGTGCCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCA
1 TTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCA
**
26532 AAAATCATGCAAAACAGAATTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG---GT
66 AAAATCATGCAAAACAGAGCTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGT
* * * *
26594 ACACGATTTCGGTTAAAATTTTACAAAAATTAACCCGAAACATATTTCCTCAATTATTGGCTAAA
131 ACACGATTTC-GTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAACATATTTCCTCAATTATTAGCGAAA
* * *** *
26659 ATACTCATAAAAAATATATGATTCGACATCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTAACGCTTCTAATATT
195 ATACTCATAAAAACTATA-GATTCAACATCAAAAAGATTGAAGAACTTTTAACGCTTCTAATATC
* * * * *
26724 GTTTTTCCTATTTTCTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
259 GTTTTTCATATTTTTTCAAATTAATTTCTAATTGAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAA
26789 CAAATCC
324 -AAAT-C
* * * * ** *
26796 TTAAATT-TAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCACAA
1 TTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCA
* ** * *
26860 AAAATCAAGCAAAATTGAGCCG-GGCCCTGGAACGCGGTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGT
66 AAAATCATGCAAAACAGAGCTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGT
* * * * * * *
26924 ACATGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATATTTTTCCTCGATT-TCTACCGAA
131 ACACGATTTC-GTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAACATATTTCCTCAATTAT-TAGCGAA
** * * * *
26988 AATACTCATAAAAACTATA-ATTCAATGTCAAAAATATTGGAGAACTTTTCACGCTTTTAATATC
194 AATACTCATAAAAACTATAGATTCAACATCAAAAAGATTGAAGAACTTTTAACGCTTCTAATATC
* * *
27052 GTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTGAATCGAAACAAGATTCAGATTCACATAAAT
259 GTTTTTCATATTTTTTC-AAATTAATTTCTAATTGAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAA
27117 AAAATC
323 AAAATC
* * * *
27123 TTTAATTCCAATGTGTCTGAGTTTTCATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCA
1 TTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCA
*
27188 AAAATCATGCAAAACAGAGCTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAACCCGTGATGGTTAGT
66 AAAATCATGCAAAACAGAGCTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGT
* * *
27253 ACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAACATAATT-C-C---TATTGGCTAAA
131 ACACGATTTC-GTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAACATATTTCCTCAATTATTAGCGAAA
***
27313 ATACTCATATAAAA-TATATGATTCAACATC-AAAAGATTGAAGGGTTTTTAACGCTTCTAATAT
195 ATACTCATA-AAAACTATA-GATTCAACATCAAAAAGATTGAAGAACTTTTAACGCTTCTAATAT
* * * * * *
27376 TGTTTTTCCTATTTTTTCAAATTAATTTCTAAGTCAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAA
258 CGTTTTTCATATTTTTTCAAATTAATTTCTAATTGAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAA
*
27441 ACAAGTTC
323 A-AA-ATC
* * * * * * * * **
27449 TTAAAATT--AATATGGCTGAGATTTGGTTAAATGAATATAGATATTTTATGGAGTCTTAGCACC
1 TT-TAATTCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCC
* * * * * * *
27512 AAAAATCAAGTAAAACTGAGCCG-GGCCCTGGAACGTG-GTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAG
65 AAAAATCATGCAAAACAGAGCTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
* * * * * *
27575 TACATGATTTC----------TGCTAAAATTGACCCGAAATATTTTTGCTCGATT-TGTAGCGAA
130 TACACGATTTCGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAACATATTTCCTCAATTAT-TAGCGAA
** * ** * *
27629 AATACTCATAAATAACTATA-ATTCAATGTCAAAAGGATTGGGGAACTTTTCACGCTTTTAATAT
194 AATACTCATAAA-AACTATAGATTCAACATCAAAAAGATTGAAGAACTTTTAACGCTTCTAATAT
* * *
27693 CGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTATTTTCTAATTGAATCGAAACAAGATTCAGATTCACATAAA
258 CGTTTTTCATATTTTTTC-AAATTAATTTCTAATTGAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAA
*
27758 AAAAAAC
322 AAAAATC
* **
27765 TTTAAGTCCAATGTGTTTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGT-TTCGGTGCC
1 TTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTT-GGTGCC
*
27829 -AAAATCATGCAAAACAGAACTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
65 AAAAATCATGCAAAACAGAGCTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
* * * * *
27893 TACACGATTTCGTTTAAAATTTTGAAAAAATTGACTCGAAACATCTTTCCTCAATTATTGGCTAA
130 TACACGATTTCG-TTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAACATATTTCCTCAATTATTAGCGAA
27958 AATACTCATAAAAA
194 AATACTCATAAAAA
27972 TTT
Statistics
Matches: 959, Mismatches: 176, Indels: 83
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
312 22 0.02
313 1 0.00
314 1 0.00
315 3 0.00
316 33 0.03
317 115 0.12
318 79 0.08
323 33 0.03
324 73 0.08
325 110 0.11
326 12 0.01
327 48 0.05
328 186 0.19
329 172 0.18
330 71 0.07
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (328 bp):
TTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTGGTGCCA
AAAATCATGCAAAACAGAGCTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGT
ACACGATTTCGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAACATATTTCCTCAATTATTAGCGAAAA
TACTCATAAAAACTATAGATTCAACATCAAAAAGATTGAAGAACTTTTAACGCTTCTAATATCGT
TTTTCATATTTTTTCAAATTAATTTCTAATTGAATCGAAACAAGATTCAGATGCACATAAAAAAA
ATC
Found at i:27467 original size:653 final size:645
Alignment explanation
Indices: 26467--27972 Score: 2382
Period size: 653 Copynumber: 2.3 Consensus size: 645
26457 ATTATATATT
*
26467 TTTAAATCCAATGTGCCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCA
1 TTTAAATCCAATGTGTCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCA
*
26532 AAAATCATGCAAAACAGAATTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG---GT
66 AAAATCATGCAAAACAGAACTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGT
* *
26594 ACACGATTTCGGTTAAAATTTTACAAAAATTAACCCGAAACATATTTCCTCAATTATTGGCTAAA
131 ACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAACATATTTCCTC-A-TATTGGCTAAA
*
26659 ATACTCATAAAAAATATATGATTCGACATCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTAACGCTTCTAATATT
194 ATACTCAT-AAAAATATATGATTCAACATCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTAACGCTTCTAATATT
*
26724 GTTTTTCCTATTTTCTCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
258 GTTTTTCCTATTTTCTCAAATTAATTTCTAAGTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
* * * *
26789 CAAATCCTTAAATTTAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTG
323 CAAATCCTTAAAATTAATATGGCTGAGATTTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTA
*
26854 GCACAAAAAATCAAGCAAAATTGAGCCGGGCCCTGGAACGCGGTTTTAGCCAAAAACCGTGATGG
388 GCACAAAAAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGCCCTGGAACGCGG-TTTAGCCAAAAACCGTGATGG
26919 TTAGTACATGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAATATTTTTCCTCGATTTCTAC
452 TTAGTACATGATTT---C--------TGCAAAAATTGACCCAAAATATTTTTCCTCGATTTCTAC
*
26984 CGAAAATACTCATAAA-AACTATAATTCAATGTCAAAAATATTGGAGAACTTTTCACGCTTTTAA
506 CGAAAATACTCATAAATAACTATAATTCAATGTCAAAAAGATTGGAGAACTTTTCACGCTTTTAA
27048 TATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTGAATCGAAACAAGATTCAGATTCACAT
571 TATCGTTTTTCATATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTGAATCGAAACAAGATTCAGATTCACAT
* *
27113 AAATAAAATC
636 AAAAAAAAAC
* * *
27123 TTTAATTCCAATGTGTCTGAGTTTTCATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCA
1 TTTAAATCCAATGTGTCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCA
* *
27188 AAAATCATGCAAAACAGAGCTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAACCCGTGATGGTTAGT
66 AAAATCATGCAAAACAGAACTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGT
*
27253 ACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAACATAATT-C-C-TATTGGCTAAAAT
131 ACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAACATATTTCCTCATATTGGCTAAAAT
27315 ACTCATATAAAATATATGATTCAACATC-AAAAGATTGAAGGGTTTTTAACGCTTCTAATATTGT
196 ACTCATA-AAAATATATGATTCAACATCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTAACGCTTCTAATATTGT
* *
27379 TTTTCCTATTTTTTCAAATTAATTTCTAAGTCAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACA
260 TTTTCCTATTTTCTCAAATTAATTTCTAAGTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACA
* * * *
27444 AGTTCTTAAAATTAATATGGCTGAGATTTGGTTAAATGAATATAGATATTTTATGGAGTCTTAGC
325 AATCCTTAAAATTAATATGGCTGAGATTTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTAGC
* * * *
27509 ACCAAAAATCAAGTAAAACTGAGCCGGGCCCTGGAACGTGGTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTA
390 ACAAAAAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGCCCTGGAACGCGGTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTA
* * * * *
27574 GTACATGATTTCTGCTAAAATTGACCCGAAATATTTTTGCTCGATTTGTAGCGAAAATACTCATA
455 GTACATGATTTCTGCAAAAATTGACCCAAAATATTTTTCCTCGATTTCTACCGAAAATACTCATA
* *
27639 AATAACTATAATTCAATGTCAAAAGGATTGGGGAACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA
520 AATAACTATAATTCAATGTCAAAAAGATTGGAGAACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATA
*
27704 TTTTTTCTGAATTATTTTCTAATTGAATCGAAACAAGATTCAGATTCACATAAAAAAAAAC
585 TTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTGAATCGAAACAAGATTCAGATTCACATAAAAAAAAAC
* * *
27765 TTTAAGTCCAATGTGTTTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTTTCGGTGCC-
1 TTTAAATCCAATGTGTCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCA
27829 AAAATCATGCAAAACAGAACTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGT
66 AAAATCATGCAAAACAGAACTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGT
* * * *
27894 ACACGATTTCGTTTAAAATTTTGAAAAAATTGACTCGAAACATCTTTCCTCAATTATTGGCTAAA
131 ACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAACATATTTCCTC-A-TATTGGCTAAA
27959 ATACTCATAAAAAT
194 ATACTCATAAAAAT
27973 TT
Statistics
Matches: 790, Mismatches: 50, Indels: 31
0.91 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
641 155 0.20
642 177 0.22
643 1 0.00
645 5 0.01
646 20 0.03
649 1 0.00
652 34 0.04
653 193 0.24
654 38 0.05
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657 1 0.00
658 1 0.00
659 46 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (645 bp):
TTTAAATCCAATGTGTCTGAGATTTGATTAGATGAATAAAGATATTTCAAGGAGTCTCGGTGCCA
AAAATCATGCAAAACAGAACTGTGGCCCTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGT
ACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAACATATTTCCTCATATTGGCTAAAAT
ACTCATAAAAATATATGATTCAACATCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTAACGCTTCTAATATTGTT
TTTCCTATTTTCTCAAATTAATTTCTAAGTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAA
ATCCTTAAAATTAATATGGCTGAGATTTGGTTAAATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTAGCA
CAAAAAATCAAGCAAAACTGAGCCGGGCCCTGGAACGCGGTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAG
TACATGATTTCTGCAAAAATTGACCCAAAATATTTTTCCTCGATTTCTACCGAAAATACTCATAA
ATAACTATAATTCAATGTCAAAAAGATTGGAGAACTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCATAT
TTTTTCTGAATTAATTTCTAATTGAATCGAAACAAGATTCAGATTCACATAAAAAAAAAC
Done.