Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014704.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14737, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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* *
1 TTTTTAGAGTAGAATTATATATTTTTTATTAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAATACTTTAC
1 TTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTATTAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAATACTTT-C
* *
66 GGTTC-A-----AC----TTTTA--C-AAAATTTTAGCCAAAAACCATCACGATTTTTGGCTAAA
65 AGTTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGTAAATTTTAGCCAAAAACCATCACGATTTTTGGCTAAA
* * * * *
118 AACGCATT-TTGGGCCTCGGCTATGTTTTGCATGATTTATTGCACCAAGAATCATTGAAATATCT
130 AACGCATTCTGGGGCCTCGGCTCTGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCT
* * * * * *
182 ATATTCATCTGACCAAATTTCAGTAACATTGGATTTAAGGATCTATTTTTAAGAGCATAGAAATC
195 ATATTTATCTGACCAAATTTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTATTTACGAGCATAGAAATC
* * *
247 GGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAATAAAATAGTCAAATCGTTATTATAAGTGTGAAAA
260 GGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAATAAAATAGGCAAATCGTTATTATAAGCGTGAAAA
* * * **
312 TCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAATTTTGTTTAACTAATT-TGGCCAAAAAAGAAG
325 GCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAATTTTG-TTAAGT-ATTGTGGCCAGAAATTAAG
* *
376 GAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCGGAAAATC--GT-GTAACCAACACGATT
388 GAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCG-AAATCGTGTAGTAACCATCACGATT
* * *
438 TTTAGTTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCAGACTCAGTTTTGTTTGATTTTTGGCACTCAGACTCCT
452 TTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTCTTTGATTTTTGGCACTCAGACTCCT
* *
503 TGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGGCCAATTGGATTTAAGGATTTGTCTTTACGAG
517 TGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCCAATTGGATGTAAGGATTTGTCTTTACGAG
* ** *
568 CATCTGAATCTTATTTGGATTTAATTAACAAATTATTTCGCGAAAAAAAAGAAAAATGATATTTG
582 CATCTGAATCTTATTTGGATTTAATTCA-AAATTATTTCG-G-GGAAAAAGAAAAACGATATTTG
*
633 AAGCATGAAAAGTCCTTCAATC
644 AAGCATGAAAAGCCCTTCAATC
* * *
655 TTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTATTAGTATTTCAGCCAAAATTTGAGGAAAATACATTCG
1 TTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTATTAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAATACTTTCA
* *
720 GTTCAATTTTTACAAAATTTTAGCTGTAAATTTTAGCCAAAAACCATCACGATTTTGGGCTAAAA
66 GTTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGTAAATTTTAGCCAAAAACCATCACGATTTTTGGCTAAAA
* * * * *
785 ACGCATTCTGGGGCCTCGGCTCTGTTTTGAATGATTTTTTTGTGGCAAGACACATTAAAATATCT
131 ACGCATTCTGGGGCCTCGGCTCTGTTTTGCATGA-TTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCT
* * *
850 GTATTTATCAGACCAAATTTCTGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTATTTACGAGCATAGAAATC
195 ATATTTATCTGACCAAATTTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTATTTACGAGCATAGAAATC
*
915 AGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAATAAAATAGGCAAATCGTTATTATAAGCGTGAAAA
260 GGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAATAAAATAGGCAAATCGTTATTATAAGCGTGAAAA
*
980 ACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAATTTTGTTAAGTATTGTGGCCTAGAAATTAAGG
325 GCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAATTTTGTTAAGTATTGTGGCC-AGAAATTAAGG
*
1045 AAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAGTAACCATCACGGTTTT
389 AAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAGTAACCATCACGATTTT
1110 TAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCTA-TTTTCTTTGATTTTTGGCACTCAGACTCCTT
454 TAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTC-AGTTTTCTTTGATTTTTGGCACTCAGACTCCTT
* *
1174 AAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAAGCCAATTGGATGTAAGGATTTGTCTTTACGAGC
518 GAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCCAATTGGATGTAAGGATTTGTCTTTACGAGC
*
1239 ATCTGAATCTTATTTGTATTTAATTCAAAATTATTTCGGGTGAAAAA-AAAAACGATATTTGAAG
583 ATCTGAATCTTATTTGGATTTAATTCAAAATTATTTCGGG-GAAAAAGAAAAACGATATTTGAAG
*
1303 CATCAAAAGCCCTTCAATC
647 CATGAAAAGCCCTTCAATC
* *
1322 TTTTTAGCGTTGAATTATATACTTTTTATTAGTATTTTTAGCCAAAATTTGAGGAAATTACTTTC
1 TTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTATTAGTA-TTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAATACTTTC
*
1387 AGTTCAATTTTTACAACATTTTAGCCGTAAATTTTAGCCAAAAACCATCACGATTTTTTTGGCTA
65 AGTTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGTAAATTTTAGCCAAAAACCATCACGA--TTTTTGGCTA
* * *
1452 AAAACACATTATGGGGCATCGGCTCTGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATAT
128 AAAACGCATTCTGGGGCCTCGGCTCTGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATAT
* *
1517 CTATATTCACCTGACCAAATTTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTATTTACGAGCATAGAAA
193 CTATATTTATCTGACCAAATTTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTATTTACGAGCATAGAAA
* *
1582 TCGGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTCAGAATAAAATAGGCAAATCGTTATTATAAGCGTGAA
258 TCGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAATAAAATAGGCAAATCGTTATTATAAGCGTGAA
*
1647 AAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAATTTTGTTAAGTATTATGGCCAGAAATTAAG
323 AAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAATTTTGTTAAGTATTGTGGCCAGAAATTAAG
*
1712 GAAAAATCTTTCGGGTCAAATTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAGTAACCATCAC-AGTT
388 GAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAGTAACCATCACGA-TT
* *
1776 TTTAGTTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTTAGTTTTCTTTGATTTTTGGCACTCAGACTCCT
452 TTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTCTTTGATTTTTGGCACTCAGACTCCT
* *
1841 TAAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGGCCAATTGGAT-TGAAGGATTTGTCTTTACGA
517 TGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCCAATTGGATGT-AAGGATTTGTCTTTACGA
* * * *
1905 GCATCTAAATCTAATTTGGATTTAATT-ATAAACTATTTC-AGG-AAAA-AAAAACGATATTTGA
581 GCATCTGAATCTTATTTGGATTTAATTCA-AAATTATTTCGGGGAAAAAGAAAAACGATATTTGA
* * *
1966 AGGATGAAAAGCCCTTTAAGC
645 AGCATGAAAAGCCCTTCAATC
* * * ** *
1987 TTTTTAGCGTTGAATTATGTATTTTTTATAAGTATTTTAGCCAAAATTAGAAAAAAATACTTTCG
1 TTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTATTAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAATACTTTCA
*
2052 GTTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGTAAATTTTAGCAAAAAACCATCACGATTTTTGGCTAAAA
66 GTTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGTAAATTTTAGCCAAAAACCATCACGATTTTTGGCTAAAA
* *
2117 ACGCATTCT-GGGCCTCGGCTCTGTTTTGCATGATTTTCTGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTA
131 ACGCATTCTGGGGCCTCGGCTCTGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTA
* *
2181 TATTTGTCTGACCAAATTTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATAGAAATCG
196 TATTTATCTGACCAAATTTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTATTTACGAGCATAGAAATCG
2246 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAATAAAATAGGCAAATCGTTATTATAAGCGTGAAAAG
261 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAATAAAATAGGCAAATCGTTATTATAAGCGTGAAAAG
* *
2311 CCCTTCAGTCTTTTTGGAATTGAATTATATAATTTTGTTAAGTATTGTGGCCAGAAATTAAGGAA
326 CCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAATTTTGTTAAGTATTGTGGCCAGAAATTAAGGAA
* * *
2376 AAATCTTTCGGGTCAATTTGTACAAACTTTTAGCCTAAATCGTGTAGTAACCATCACGATTTTTA
391 AAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAGTAACCATCACGATTTTTA
*
2441 GCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTATTTGATTTTTGGCACTCAGACTCCTTGAA
456 GCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTCTTTGATTTTTGGCACTCAGACTCCTTGAA
*
2506 ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCCAATTCGATGTAAGGATTTGTCTTTACGAGCATC
521 ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCCAATTGGATGTAAGGATTTGTCTTTACGAGCATC
**
2571 TGAATCTTATTTGGATTTAATTCAAAATTATTTCGGTAAAAATAAAAAAAGAAAAACGATATTTG
586 TGAATCTTATTTGGATTTAATTCAAAATTATTTCGG-------GGAAAAAGAAAAACGATATTTG
2636 AAGCATGAAAAGCCCTTCAATC
644 AAGCATGAAAAGCCCTTCAATC
* *
2658 TTTTTAGCGTTGAATTATATAATTTTTATTAGTATTTTTAGCCAAAATTTGAGGAAATTACTTTC
1 TTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTATTAGTA-TTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAATACTTTC
* **
2723 AGTTCAATTTTTACAACATTTTAGCCGTAAATTTTAGCCAAAAACCATCACGATTTTTTTGATTA
65 AGTTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGTAAATTTTAGCCAAAAACCATCACGA--TTTTTGGCTA
* * *
2788 AAAACACATTCTGGGGCATCGGCTCTGTTTTCCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATAT
128 AAAACGCATTCTGGGGCCTCGGCTCTGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATAT
* * *
2853 CTGTATTTATCTGACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATAGAAA
193 CTATATTTATCTGACCAAATTTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTATTTACGAGCATAGAAA
* *
2918 TCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAATAAAATATG-AAATCGTTATTATAAGCGTGAA
258 TCGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAATAAAATAGGCAAATCGTTATTATAAGCGTGAA
*
2982 AAGCCCTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATGAATTTTG-TAAGTATTGTGGCCAGAAATTAA
323 AAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATAT-AATTTTGTTAAGTATTGTGGCCAGAAATTAA
* * *
3046 GGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTGGCTGAAATCGTGTAGTAACCATCACGGTT
387 GGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAGTAACCATCACGATT
*
3111 TTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGTTTGATTTTTGGCACTCAGACTCCT
452 TTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTCTTTGATTTTTGGCACTCAGACTCCT
* *
3176 TGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGGCCAATTGGATTTAAGGATTTGTCTTTACGAG
517 TGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCCAATTGGATGTAAGGATTTGTCTTTACGAG
*
3241 CATCTGAATCTTATTTGGTTTTAATTCAAAATTATTTCGGGGAAAAAAAAGAAAAACGATATTTG
582 CATCTGAATCTTATTTGGATTTAATTCAAAATTATTTCGGGG---AAAAAGAAAAACGATATTTG
*
3306 AAGCATGAAAAGCCATTCAATC
644 AAGCATGAAAAGCCCTTCAATC
*
3328 TTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTATTAGTATTTTAGACAAAATTTGAGGAAAATA-TTTCC
1 TTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTATTAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAATACTTT-C
* * * *
3392 TGTTCAATATTTACAAAATTTTAGTCGTAAATTTTAGCCAAAAACCATCCCGATTTTTGGCTAAA
65 AGTTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGTAAATTTTAGCCAAAAACCATCACGATTTTTGGCTAAA
*
3457 AACGCATTCT-GGGCCTCGGCTCTGTTTTGCATGATTTTTTGCGTCAAGACTCATTG-AA-A-CT
130 AACGCATTCTGGGGCCTCGGCTCTGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCT
* * *
3518 ATATTCATCTAACCAAATTTCAGCAACATTGGATTTATGGATTTGTATTTACGAGCATAGAAATC
195 ATATTTATCTGACCAAATTTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTATTTACGAGCATAGAAATC
* *
3583 GGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTCGGAATAAAATAGGCAAATCGTTAGTATAAGCGTGAAAA
260 GGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAATAAAATAGGCAAATCGTTATTATAAGCGTGAAAA
* * * *
3648 GCCCTTCAGTCTTTTT-GAATTGAATTATATAATTTTGTTAAGTATAGTGGCCAGAAATTAAAGA
325 GCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAATTTTGTTAAGTATTGTGGCCAGAAATTAAGGA
* * *
3712 AAAATCTTTCGGGTCAATTTGTACAAACTTTTAGCCCAAATCGTGTAGTAACCATCACGATTTTT
390 AAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAGTAACCATCACGATTTTT
* * * *
3777 AGCTAAAAACGCCTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTCTTTGATTTCTAGCACTCAGACTCCTTAA
455 AGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTCTTTGATTTTTGGCACTCAGACTCCTTGA
*
3842 AATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCCAATTGGATATAAGGATTTGTCTTTACGAGCAT
520 AATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCCAATTGGATGTAAGGATTTGTCTTTACGAGCAT
* *
3907 CTGAATCTTATTTGGATTTAATTCAAAATTATTTCGGTGAAAAATAAAAAAAGAAAAATGATATT
585 CTGAATCTTATTTGGATTTAATTCAAAATTATTTCGG-G-------GAAAAAGAAAAACGATATT
3972 TGAAGCATGAAAAGCCCTTCAATC
642 TGAAGCATGAAAAGCCCTTCAATC
* * *
3996 TTTTTAGCGTTGAATTATATAATTTTTATTAGTATTTTTAGCCAAATTTTGAGGAAATTACTTTC
1 TTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTATTAGTA-TTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAATACTTTC
*
4061 AGTTCAATTTTTACAACATTTTAGCCGTAAATTTTAGCCAAAAACCATCACGATTTTTTTGGCTA
65 AGTTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGTAAATTTTAGCCAAAAACCATCACGA--TTTTTGGCTA
* * * * * *
4126 AAAACACATCCTGGAGCATCGACTCTGTTTTACATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATAT
128 AAAACGCATTCTGGGGCCTCGGCTCTGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATAT
* * *
4191 CTGTATTTATCTGACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTGTTTACGAGCATAGAAA
193 CTATATTTATCTGACCAAATTTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTATTTACGAGCATAGAAA
*
4256 TCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAATAAAATAGGCAAATCGTTATTATAAGCGTGAA
258 TCGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAATAAAATAGGCAAATCGTTATTATAAGCGTGAA
* * *
4321 AATCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAATTTTGTTAAGTATTATGGCTAGAAATTAAG
323 AAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAATTTTGTTAAGTATTGTGGCCAGAAATTAAG
* *
4386 GGAAAATCTTTTGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAGTAACCATCACGATTT
388 GAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAGTAACCATCACGATTT
* * *
4451 TTAGCTAAAAAGGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTATTTGATTTTTGTCACTCAGACTCCTT
453 TTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTCTTTGATTTTTGGCACTCAGACTCCTT
4516 GAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCCAATTGGATGTAAGGATTTGTCTTTACGAGC
518 GAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCCAATTGGATGTAAGGATTTGTCTTTACGAGC
* ** * *
4581 ATCTAAATCTTATTTGGATTTAATTGGAAACTATTTC-AGGAAAAA-AAAAACGATATTTGAAGC
583 ATCTGAATCTTATTTGGATTTAATTCAAAATTATTTCGGGGAAAAAGAAAAACGATATTTGAAGC
4644 ATGAAAAGCCCTTCAATC
648 ATGAAAAGCCCTTCAATC
** *
4662 TTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTATTAGTATTTTAGCCAAAATTTGAAAAAAATACTTTCG
1 TTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTATTAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAATACTTTCA
4727 GTTCAATTTTTACAAAATTTTA
66 GTTCAATTTTTACAAAATTTTA
Statistics
Matches: 3744, Mismatches: 280, Indels: 129
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
653 6 0.00
654 60 0.02
659 2 0.00
661 448 0.12
662 30 0.01
663 358 0.10
664 115 0.03
665 116 0.03
666 159 0.04
667 132 0.04
668 606 0.16
669 355 0.09
670 283 0.08
671 85 0.02
672 117 0.03
673 2 0.00
674 320 0.09
675 294 0.08
676 256 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (665 bp):
TTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTATTAGTATTTTAGCCAAAATTTGAGGAAAATACTTTCA
GTTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGTAAATTTTAGCCAAAAACCATCACGATTTTTGGCTAAAA
ACGCATTCTGGGGCCTCGGCTCTGTTTTGCATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTA
TATTTATCTGACCAAATTTCAGCAACATTGGATTTAAGGATTTGTATTTACGAGCATAGAAATCG
GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAATAAAATAGGCAAATCGTTATTATAAGCGTGAAAAG
CCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAATTTTGTTAAGTATTGTGGCCAGAAATTAAGGAA
AAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAGTAACCATCACGATTTTTA
GCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTCTTTGATTTTTGGCACTCAGACTCCTTGAA
ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCCAATTGGATGTAAGGATTTGTCTTTACGAGCATC
TGAATCTTATTTGGATTTAATTCAAAATTATTTCGGGGAAAAAGAAAAACGATATTTGAAGCATG
AAAAGCCCTTCAATC
Found at i:1884 original size:332 final size:333
Alignment explanation
Indices: 95--4748 Score: 4251
Period size: 332 Copynumber: 13.9 Consensus size: 333
85 TTTAGCCAAA
* * ** * * * *
95 AACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCATT-TTGGGCCTCGGCTAT-GTTTTGC-ATGATTTAT
1 AACCATCACGATTTTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCTAGTTTT-CTTTGATTT-T
* * * * *
157 T-GCAC-CAAGAATCATTGAAATATCTATATTCATCTGACCAAATTTCAGTAACATTGGATTTAA
64 TGGCACTC-AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAA
* * * * * * *
220 GGATCTATTTTTAAGAGCATAGAAATCGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAATAAAATA
128 GGATTTGTCTTTACGAGCATAGAAATCTGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTCGGAATAAAATA
* * * * *
285 GTCAAATCGTTATTAT-AAGTGTGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAATTTT
193 GGCAAATCGATATT-TGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTAGCATTGAATTATATAATTTT
* * * ** *
349 GTTTAACTAATTTGGCCAAAAAAGAAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCG
257 G-TTAAGTATTTTAGCC-AAAATTAAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCC
*
414 GAAAATC--GT-GT
320 GTAAATCGTGTAGT
* * * *
425 AACCAACACGATTTTTAGTTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCAGACTC-AGTTTTGTTTGATTTTTG
1 AACCATCACGATTTTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCTAGTTTTCTTTGATTTTTG
* *
489 GCACTCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGGCCA-ATTGGATTTAAGG
66 GCACTCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA-GCAACATTGGATTTAAGG
* * * *
553 ATTTGTCTTTACGAGCATCTG-AATCTTATTTGGATTTAATTAAC-AAATTATTTCGCGAA-AAA
130 ATTTGTCTTTACGAGCAT-AGAAATC-TGTTTCGATTTAATT--CGAAATTAATTCG-GAATAAA
* ** * * *
615 AAAGAAAAAT-GATATTTGAAGCATGAAAAGTCCTTCAATCTTTTTAGCGTTGAATTATAT-ATT
190 ATAGGCAAATCGATATTTGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTAGCATTGAATTATATAATT
* * * *
678 TT-TTATTAGTATTTCAGCCAAAATTTGAGG-AAAATACATTCGGTTCAATTTTTACAAAATTTT
255 TTGTTA--AGTATTTTAGCCAAAA-TTAAGGAAAAAT-CTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTT
* ** * **
741 AGCTGTAAATTTTAGCCAAA
316 AGCCGTAAATCGT-G-TAGT
** * * * * ***
761 AACCATCACGATTTTGGGCTAAAAACGCATTCTGGGGCCTCGGCTCT-GTTTTGAATGATTTTTT
1 AACCATCACGATTTTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCTAGTTTTCTTTGA---TTT
* * * * * * *
825 TGTGGCA---AGACACATTAAAATATCTGTATTTATC-AGACCAAATTTCTGCAACATTGGATTT
63 T-TGGCACTCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA-ACCAAATCTCAGCAACATTGGATTT
* * *
886 AAGGATTTGTATTTACGAGCATAGAAATCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAATAAAA
126 AAGGATTTGTCTTTACGAGCATAGAAATCTGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTCGGAATAAAA
* * *
951 TAGGCAAATCGTTATTAT-AAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAATT
191 TAGGCAAATCGATATT-TGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTAGCATTGAATTATATAATT
* *
1015 TTGTTAAGTATTGTGGCCTAGAAATTAAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAG
255 TTGTTAAGTATTTTAGCC-A-AAATTAAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAG
1080 CCG-AAATCGTGTAGT
318 CCGTAAATCGTGTAGT
*
1095 AACCATCACGGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCTA-TTTTCTTTGATTTTTG
1 AACCATCACGATTTTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCTAGTTTTCTTTGATTTTTG
* * *
1159 GCACTCAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAAGCCA-ATTGGATGTAAGG
66 GCACTCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC-AGCAACATTGGATTTAAGG
* * * * *
1223 ATTTGTCTTTACGAGCATCTG-AATCT-TATTTGTATTTAATTCAAAATTATTTCGG-GTGAAAA
130 ATTTGTCTTTACGAGCAT-AGAAATCTGT-TTCG-ATTTAATTCGAAATTAATTCGGAAT-AAAA
* * * * * *
1285 -A--AAAAACGATATTTGAAGCATCAAAAGCCCTTCAATCTTTTTAGCGTTGAATTATATACTTT
191 TAGGCAAATCGATATTTGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTAGCATTGAATTATATAATTT
* * * * * *
1347 T-TATTAGTATTTTTAGCCAAAATTTGAGG-AAATTACTTTCAGTTCAATTTTTACAACATTTTA
256 TGT-TAAGTA-TTTTAGCCAAAA-TTAAGGAAAAAT-CTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTA
** * **
1410 GCCGTAAATTTTAGCCAAA
317 GCCGTAAATCGT-G-TAGT
* * * ** ** * *
1429 AACCATCACGATTTTTTTGGCTAAAAACACATTATGGGGCATCGGCTCT-GTTTTGC-ATGATTT
1 AACCATCACGA--TTTTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCTAGTTTT-CTTTGATTT
* * * * * *
1492 TTTGCGC-CAAGACTCATTGAAATATCTATATTCACCTGACCAAATTTCAGCAACATTGGATTTA
63 TTGGCACTC-AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTA
* * *
1556 AGGATTTGTATTTACGAGCATAGAAATCGGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTCAGAATAAAAT
127 AGGATTTGTCTTTACGAGCATAGAAATCTGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTCGGAATAAAAT
* *
1621 AGGCAAATCGTTATTAT-AAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAATTT
192 AGGCAAATCGATATT-TGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTAGCATTGAATTATATAATTT
* * *
1685 TGTTAAGTATTATGGCCAGAAATTAAGGAAAAATCTTTCGGGTCAAATTTTACAAAATTTTAGCC
256 TGTTAAGTATTTTAGCCA-AAATTAAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCC
1750 G-AAATCGTGTAGT
320 GTAAATCGTGTAGT
*
1763 AACCATCAC-AGTTTTTAGTTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACT-TAGTTTTCTTTGATTTTT
1 AACCATCACGA-TTTTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCTAGTTTTCTTTGATTTTT
* * * *
1826 GGCACTCAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTCAGGCCA-ATTGGATTGAAG
65 GGCACTCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA-GCAACATTGGATTTAAG
** * * ** * *
1890 GATTTGTCTTTACGAGCATCTAAATCTAATTTGGATTTAATTATAAACTATTTCAGG-A-AAAA-
129 GATTTGTCTTTACGAGCATAGAAATCT-GTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTC-GGAATAAAAT
* * * *
1952 A---AAA-CGATATTTGAAG-GATGAAAAGCCCTTTAAGCTTTTTAGCGTTGAATTATGT-ATTT
192 AGGCAAATCGATATTTGAAGCG-TGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTAGCATTGAATTATATAATTT
* * *
2011 TTTATAAGTATTTTAGCCAAAATT-AGAAAAAAATACTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTTTAG
256 TGT-TAAGTATTTTAGCCAAAATTAAG-GAAAAAT-CTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAG
** * **
2075 CCGTAAATTTTAGCAAAA
318 CCGTAAATCGT-G-TAGT
* * * * * *
2093 AACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCATT-CTGGGCCTCGGCTCT-GTTTTGC-ATGATTTTC
1 AACCATCACGATTTTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCTAGTTTT-CTTTGATTTT-
* * ** * *
2155 T-GC-GTCAAGACTCATTGAAATATCTATATTTGTCTGACCAAATTTCAGCAACATTGGATTTAA
64 TGGCACTC-AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAA
* * *
2218 GGATTTGTTTTTACGAGCATAGAAATCGGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAATAAAATA
128 GGATTTGTCTTTACGAGCATAGAAATCTGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTCGGAATAAAATA
* * * *
2283 GGCAAATCGTTATTAT-AAGCGTGAAAAGCCCTTCAGTCTTTTTGGAATTGAATTATATAATTTT
193 GGCAAATCGATATT-TGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTAGCATTGAATTATATAATTTT
* * * *
2347 GTTAAGTATTGTGGCCAGAAATTAAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTGTACAAACTTTTAGCC-
257 GTTAAGTATTTTAGCCA-AAATTAAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCG
2411 TAAATCGTGTAGT
321 TAAATCGTGTAGT
*
2424 AACCATCACGATTTTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTC-AGTTTTATTTGATTTTTG
1 AACCATCACGATTTTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCTAGTTTTCTTTGATTTTTG
* * *
2488 GCACTCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCCA-ATTCGATGTAAGG
66 GCACTCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA-GCAACATTGGATTTAAGG
* * * * *
2552 ATTTGTCTTTACGAGCATCTG-AATCTTATTTGGATTTAATTCAAAATTATTTCGGTAAAAATAA
130 ATTTGTCTTTACGAGCAT-AGAAATC-TGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTCGG----AATAA
* * * * * *
2616 AAAAAGAAAAACGATATTTGAAGCATGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTAGCGTTGAATTATATAAT
189 AATAGGCAAATCGATATTTGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTAGCATTGAATTATATAAT
* * * * * *
2681 TTT-TATTAGTATTTTTAGCCAAAATTTGAGG-AAATTACTTTCAGTTCAATTTTTACAACATTT
254 TTTGT-TAAGTA-TTTTAGCCAAAA-TTAAGGAAAAAT-CTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTT
** * **
2744 TAGCCGTAAATTTTAGCCAAA
315 TAGCCGTAAATCGT-G-TAGT
* * * * * ** * **
2765 AACCATCACGATTTTTTTGATTAAAAACACATTCTGGGGCATCGGCTCT-GTTTTCCATGATTTT
1 AACCATCACGA-TTTTTAG-CTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCTAGTTTTCTTTGATTTT
* * * * * *
2829 TTGCGC-CAAGACTCATTGAAATATCTGTATTTATCTGACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAA
64 TGGCACTC-AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAA
* * *
2893 GGATTTGTTTTTACGAGCATAGAAATCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAATAAAATA
128 GGATTTGTCTTTACGAGCATAGAAATCTGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTCGGAATAAAATA
* * * *
2958 TG-AAATCGTTATTAT-AAGCGTGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTGGCATTGAATTATATGAATTT
193 GGCAAATCGATATT-TGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTAGCATTGAATTATAT-AATTT
* * * *
3021 TG-TAAGTATTGTGGCCAGAAATTAAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTGGCT
256 TGTTAAGTATTTTAGCCA-AAATTAAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCC
3085 G-AAATCGTGTAGT
320 GTAAATCGTGTAGT
* *
3098 AACCATCACGGTTTTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTC-AGTTTTGTTTGATTTTTG
1 AACCATCACGATTTTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCTAGTTTTCTTTGATTTTTG
* *
3162 GCACTCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTTAGGCCA-ATTGGATTTAAGG
66 GCACTCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA-GCAACATTGGATTTAAGG
* * * * * *
3226 ATTTGTCTTTACGAGCATCTG-AATCTTATTTGGTTTTAATTCAAAATTATTTCGGGGAA-AAAA
130 ATTTGTCTTTACGAGCAT-AGAAATC-TGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTC--GGAATAAAA
* * * * * *
3289 -AAGAAAAACGATATTTGAAGCATGAAAAGCCATTCAATCTTTTTAGCGTTGAATTATAT-ATTT
191 TAGGCAAATCGATATTTGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTAGCATTGAATTATATAATTT
* * * * * *
3352 T-TTATTAGTATTTTAGACAAAATTTGAGGAAAATAT-TTCCTGTTCAATATTTACAAAATTTTA
256 TGTTA--AGTATTTTAGCCAAAA-TTAAGGAAAA-ATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTA
* ** * **
3415 GTCGTAAATTTTAGCCAAA
317 GCCGTAAATCGT-G-TAGT
* * * * * * *
3434 AACCATCCCGATTTTTGGCTAAAAACGCATT-CTGGGCCTCGGCTCT-GTTTTGC-ATGATTTTT
1 AACCATCACGATTTTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCTAGTTTT-CTTTGATTTTT
* * * * *
3496 TGC-GTCAAGACTCATTG-AA-A-CTATATTCATCTAACCAAATTTCAGCAACATTGGATTTATG
65 GGCACTC-AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAAG
* *
3557 GATTTGTATTTACGAGCATAGAAATCGGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTCGGAATAAAATAG
129 GATTTGTCTTTACGAGCATAGAAATCTGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTCGGAATAAAATAG
* * * *
3622 GCAAATCGTTAGTAT-AAGCGTGAAAAGCCCTTCAGTCTTTTT-GAATTGAATTATATAATTTTG
194 GCAAATCGATA-TTTGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTAGCATTGAATTATATAATTTTG
** * * * * *
3685 TTAAGTATAGTGGCCAGAAATTAAAGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTGTACAAACTTTTAGCC-C
258 TTAAGTATTTTAGCCA-AAATTAAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGT
3749 AAATCGTGTAGT
322 AAATCGTGTAGT
* * *
3761 AACCATCACGATTTTTAGCTAAAAACGCCTTCCGGGGCCCCGACTC-AGTTTTCTTTGATTTCTA
1 AACCATCACGATTTTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCTAGTTTTCTTTGATTTTTG
* * *
3825 GCACTCAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCCA-ATTGGATATAAGG
66 GCACTCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA-GCAACATTGGATTTAAGG
* * * * *
3889 ATTTGTCTTTACGAGCATCTG-AATCTTATTTGGATTTAATTCAAAATTATTTCGGTGAAAAATA
130 ATTTGTCTTTACGAGCAT-AGAAATC-TGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTC-G-G---AAT-
* ** * *
3953 AAAAAAGAAAAAT-GATATTTGAAGCATGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTAGCGTTGAATTATATA
187 AAAATAGGCAAATCGATATTTGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTAGCATTGAATTATATA
* * * * * * *
4017 ATTTT-TATTAGTATTTTTAGCCAAATTTTGAGG-AAATTACTTTCAGTTCAATTTTTACAACAT
252 ATTTTGT-TAAGTA-TTTTAGCCAAA-ATTAAGGAAAAAT-CTTTCGGGTCAATTTTTACAAAAT
** * **
4080 TTTAGCCGTAAATTTTAGCCAAA
313 TTTAGCCGTAAATCGT-G-TAGT
* * * * ** *
4103 AACCATCACGATTTTTTTGGCTAAAAACAC-ATCCTGGAGCATCGACTCT-GTTTTAC-ATGATT
1 AACCATCACGA--TTTTTAGCTAAAAACGCGTTCC-GGGGCCCCGACTCTAGTTTT-CTTTGATT
* * * * * *
4165 TTTTGCGC-CAAGACTCATTGAAATATCTGTATTTATCTGACCAAATCTCAGCAACATTGGATTT
62 TTTGGCACTC-AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCAACATTGGATTT
* * *
4229 AAGGATTTGTGTTTACGAGCATAGAAATCAGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAATAAAA
126 AAGGATTTGTCTTTACGAGCATAGAAATCTGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTCGGAATAAAA
* * *
4294 TAGGCAAATCGTTATTAT-AAGCGTGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATAATT
191 TAGGCAAATCGATATT-TGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTAGCATTGAATTATATAATT
* * * * *
4358 TTGTTAAGTATTATGGCTAGAAATTAAGGGAAAATCTTTTGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGC
255 TTGTTAAGTATTTTAGCCA-AAATTAAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGC
4423 CG-AAATCGTGTAGT
319 CGTAAATCGTGTAGT
* *
4437 AACCATCACGATTTTTAGCTAAAAAGGCGTTCCGGGGCCCCGACTC-AGTTTTATTTGATTTTTG
1 AACCATCACGATTTTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCTAGTTTTCTTTGATTTTTG
* * *
4501 TCACTCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGGCCA-ATTGGATGTAAGG
66 GCACTCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCA-GCAACATTGGATTTAAGG
** * * * * *
4565 ATTTGTCTTTACGAGCATCTAAATCTTATTTGGATTTAATTGGAAACTATTTCAGGAA-AAAA-A
130 ATTTGTCTTTACGAGCATAGAAATC-TGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTC-GGAATAAAATA
* *
4628 ---AAA-CGATATTTGAAGCATGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTAGCGTTGAATTATAT-ATTTT-
193 GGCAAATCGATATTTGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTAGCATTGAATTATATAATTTTG
*
4687 TTATTAGTATTTTAGCCAAAATTTGAA--AAAAATACTTTCGGTTCAATTTTTACAAAATTTTA
258 TTA--AGTATTTTAGCCAAAA-TT-AAGGAAAAAT-CTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTA
Statistics
Matches: 3470, Mismatches: 639, Indels: 432
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
325 2 0.00
326 22 0.01
327 130 0.04
328 151 0.04
329 119 0.03
330 140 0.04
331 503 0.14
332 508 0.15
333 292 0.08
334 218 0.06
335 112 0.03
336 317 0.09
337 360 0.10
338 231 0.07
339 50 0.01
340 11 0.00
341 14 0.00
342 47 0.01
343 134 0.04
344 108 0.03
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (333 bp):
AACCATCACGATTTTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCTAGTTTTCTTTGATTTTTG
GCACTCAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAAGGA
TTTGTCTTTACGAGCATAGAAATCTGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTCGGAATAAAATAGGC
AAATCGATATTTGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTAGCATTGAATTATATAATTTTGTTA
AGTATTTTAGCCAAAATTAAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGTAAAT
CGTGTAGT
Done.