Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014714.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14747, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:1535 original size:321 final size:317
Alignment explanation
Indices: 560--2837 Score: 1987
Period size: 321 Copynumber: 6.9 Consensus size: 317
550 TGGATTTACT
* * *
560 AAATATTTCGAAAACATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACAGGTTGTTCACGCTTCTAATA
1 AAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGACAGGTTGTTCACGCTTCTAATA
* *
625 TTGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAA
66 TCGTTTTTCCATTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAA
* * *
690 ATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGACATTTGTTTAGATGAATATAGATGATTCAAGGAGTC
131 ATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTAGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTC
* * *
755 TTTGTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCGGCACTCCGGAACGCGTTTTTATCCAATAATTGTG
196 TTTCTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGTCGGCACTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAATAATTGTG
* * * * *
820 AAGGTTATAGTACACAATTACGGCTAAAGTTTTGCAAAATTTGACCCGGAAAGTTTTTCCTCAAC
261 AAGGTT-TAGTACACGATTTCGGCTAAA-ATTTGCAAAATTTG-TCC-TAAA-TTTTT--T---C
885 TATTTTCC
316 -----T-C
* * * * *
893 AGAATACTTAGAAAAAATATATAATTCAACG-CAAAAGAAATTGA-AGTGTTTTTCACGTTTCTA
1 A-AATATTTTGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAA-AAATTGACAG-GTTGTTCACGCTTCTA
* * * * * *
956 ATATCG-TTTT-CGTTTTTTTTCCCGAATTTATTTCTAGTTAATTAAATCGAAACATGATTCAGA
63 ATATCGTTTTTCCATTTGTTTT--CGAATTAATTTC----TAATTAAATCAAAACAAGATTGAGA
* * * * * *
1019 TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTTGTTAGATGAATATAGATATTT
122 TGCTCGTAAATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTAGATGAATATAGATAATT
* * * * * * * *
1084 CAAGGAGTCTTTCTGCCAGAAATCGTGCAAAACTGAGTCGGGAC-CTAGAAATGCGATTTTAGCC
187 CAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGTCGGCACTC-CGGAACGCGTTTTTAGCC
** * * * ** * * *
1148 GAA-AACCGTGATGG-TTAGTACATGATTTTGGCTAAAAACTGACTCGAAAAGTTTTTTCTCAAT
251 -AATAATTGTGAAGGTTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTG---C-AAAA-TTTGTCCTAAAT
* *
1211 TTTTTGTG
310 TTTTTCTC
* *
1219 AAATATTTTGAAAACATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACAGGTTGTTCACGCTTCTAATA
1 AAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGACAGGTTGTTCACGCTTCTAATA
*
1284 TCGTTTTTCCCTTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAA
66 TCGTTTTTCCATTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAA
* *
1349 ATACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTC
131 ATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTAGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTC
* * *
1414 TTTCTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCTGCACTCCGGAACGCGTTTTTATCCAATAATTGTG
196 TTTCTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGTCGGCACTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAATAATTGTG
* * *
1479 AAGGTTATAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCTGAAAATTTTTTCCTC
261 AAGGTT-TAGTACACGATTTCGGCTAAAA-TTTGCAAAATTTGTCCT--AAATTTTTT-CTC
* * *
1541 AATTATTTGCCAGGATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAAATTGA-AGTGTT-TT
1 AAATA-TT-------T--T--GAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGACAG-GTTGTT
* * * *
1604 CCACGCTTCTAATATTGTTTTTCC-TTT-TTTTCCCCAAATTTATTTCTAGTTAATTAAATCGAA
53 -CACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTGTTTT---CGAATTAATTTC----TAATTAAATCAAA
* * * * * *
1667 ACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGTTAGGTGA
110 ACAAGATTGAGATGCTCGTAAATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTAGATGA
* ** * * * ** **
1732 ATATAGATATTTCAAGGAACCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGGGC-CCAAAAAC
175 ATATAGATAATTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGTCGGCACTCC-GGAAC
** * **
1796 GCGTTTTTAGCCGAA-AACCGTGATA-G-TTAGTACATGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAA
239 GCGTTTTTAGCC-AATAATTGTGA-AGGTTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTG---C-AAAA
* * * * *
1858 GTTTTTTCTCAATCTTTTGC-G
298 -TTTGTCCTAAAT-TTTTTCTC
*
1879 AAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGACAGGTTGTTCACGCTTCTAATA
1 AAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGACAGGTTGTTCACGCTTCTAATA
* *
1944 TCGTTTTACCATTTGTTTTCCAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAA
66 TCGTTTTTCCATTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAA
* * * *
2009 ATACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATAAATAAAGGAGTC
131 ATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTAGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTC
* * * * *
2074 TTTCTGCCAAAGATTTTGCAAAATTGAGTCTGCTCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAATAATTATG
196 TTTCTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGTCGGCACTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAATAATTGTG
* * *
2139 AAGGTTATAGTACACGATTTAGGCTAAAACTTTGCAAAAATTTGTCCGAAAAGTTTTTCCTC
261 AAGGTT-TAGTACACGATTTCGGCTAAAA-TTTGC-AAAATTTGTCC-TAAA-TTTTTTCTC
* * ** *
2201 AATTATTTTCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGGAAAAAAAATTGA-AGTGTTTTT
1 AA--ATATT------T--T--GAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGACAG-GTTGTT
* * * *
2265 CACGTTTCTAATATCG-TTTTCC-TTTTTTTGTCCCGAATTTATTTCTAGTTAATTAAATCGAAA
53 CACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTGTTT-T--CGAATTAATTTC----TAATTAAATCAAAA
* * * * * *
2328 CAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGTTAGACGAA
111 CAAGATTGAGATGCTCGTAAATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTAGATGAA
* * * * * * *
2393 TATAGATATTTCCAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTT-AGTCGAG-GCGCAGAAAC
176 TATAGATAATTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCTTGCAAAA-TTGAGTCG-GCACTCCGGAAC
* ** * * ***
2456 GCCTTTTTAGCCGAA-AACCGTGATA-G-TTAGTACATGATTTCGGTTAAAAACAGACCCGAAAA
239 GCGTTTTTAGCC-AATAATTGTGA-AGGTTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTG---C-AAAA
* * * *
2518 GTTTTTTCTCAATTTTTTAC-G
298 -TTTGTCCTAAATTTTTT-CTC
** * *
2539 AAATATTTTTTAAAAATATATAATTCATTGCCAAAAAGATTGACAGGTTGTTCACGCTTCTAATA
1 AAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGACAGGTTGTTCACGCTTCTAATA
* * *
2604 TTGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATTAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAA
66 TCGTTTTTCCATTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAA
* * * *
2669 ATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGACATTTGTTTCGATGAATATAGATAAATCAAGGAGTC
131 ATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTAGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTC
* * *
2734 TTTCTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCTGCACTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAATAATTTTG
196 TTTCTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGTCGGCACTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAATAATTGTG
* *
2799 TAGGTGGTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA
261 AAGGT-TTAGTACACGATTTCGGCTAAAA-TTTGCAAAA
2838 ATTAAGGCAA
Statistics
Matches: 1552, Mismatches: 283, Indels: 233
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
319 4 0.00
320 24 0.02
321 425 0.27
322 13 0.01
323 61 0.04
324 9 0.01
325 83 0.05
326 113 0.07
327 24 0.02
328 12 0.01
330 4 0.00
332 20 0.01
333 26 0.02
334 166 0.11
335 23 0.01
336 24 0.02
337 48 0.03
338 155 0.10
339 289 0.19
340 25 0.02
341 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (317 bp):
AAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATTGACAGGTTGTTCACGCTTCTAATA
TCGTTTTTCCATTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAA
ATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTAGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTC
TTTCTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGTCGGCACTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAATAATTGTG
AAGGTTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGCAAAATTTGTCCTAAATTTTTTCTC
Found at i:1975 original size:660 final size:658
Alignment explanation
Indices: 560--2840 Score: 3725
Period size: 660 Copynumber: 3.5 Consensus size: 658
550 TGGATTTACT
* *
560 AAATATTTCGAAAACATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACAGGTTGTTCACGCTTCTAATA
1 AAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACAGGTTGTTCACGCTTCTAATA
*
625 TTGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAA
66 TCGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAA
* * * * *
690 ATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGACATTTGTTTAGATGAATATAGATGATTCAAGGAGTC
131 ATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATAAATCAAGGAGTC
* * *
755 TTTGTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCGGCACTCCGGAACGCGTTTTTATCCAATAATTGTG
196 TTTCTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCTGCACTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAATAATTGTG
* * * * *
820 AAGGTTATAGTACACAATTACGGCTAAAGTTTTGCAAAATTTGACCCGGAAAGTTTTTCCTCAAC
261 AAGGTTATAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGA-CCGAAAAGTTTTTCCTCAAT
* *
885 TATTTTCCAGAATACTTAGAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAGAAATTGAAGTGTTTTTCACG
325 TATTTTCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAAATTGAAGTGTTTTTCACG
* *
950 TTTCTAATATCGTTTTCGTTTTTTTTCCCGAATTTATTTCTAGTTAATTAAATCGAAACATGATT
390 TTTCTAATATCGTTTTCCTTTTTTTTCCCGAATTTATTTCTAGTTAATTAAATCGAAACAAGATT
*
1015 CAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTTGTTAGATGAATATAGAT
455 CAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGAT
* * * * * *
1080 ATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAGAAATCGTGCAAAACTGAGTCGGGACCTAGAAATGCGATTTTA
520 ATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCAGAAACGCGTTTTTA
* * *
1145 GCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTTGGCTAAAAACTGACTCGAAAAGTTTTTTCTCAA
585 GCCGAAAACCGTGATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAA
*
1210 TTTTTTGTG
650 TTTTTTGCG
*
1219 AAATATTTTGAAAACATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACAGGTTGTTCACGCTTCTAATA
1 AAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACAGGTTGTTCACGCTTCTAATA
* *
1284 TCGTTTTTCCCTTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAA
66 TCGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAA
* *
1349 ATACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTC
131 ATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATAAATCAAGGAGTC
*
1414 TTTCTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCTGCACTCCGGAACGCGTTTTTATCCAATAATTGTG
196 TTTCTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCTGCACTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAATAATTGTG
*
1479 AAGGTTATAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCTGAAAATTTTTTCCTCAAT
261 AAGGTTATAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACC-GAAAAGTTTTTCCTCAAT
* * *
1544 TATTTGCCAGGATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAAATTGAAGTGTTTTCCACG
325 TATTTTCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAAATTGAAGTGTTTTTCACG
* * * *
1609 CTTCTAATATTGTTTTTCCTTTTTTTCCCCAAATTTATTTCTAGTTAATTAAATCGAAACAAGAT
390 TTTCTAATATCG-TTTTCCTTTTTTTTCCCGAATTTATTTCTAGTTAATTAAATCGAAACAAGAT
* *
1674 TTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGTTAGGTGAATATAGA
454 TCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGA
** * *
1739 TATTTCAAGGAACCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAATCGGGGCCCAAAAACGCGTTTTT
519 TATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCAGAAACGCGTTTTT
1804 AGCCGAAAACCGTGATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCA
584 AGCCGAAAACCGTGATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCA
*
1869 ATCTTTTGCG
649 ATTTTTTGCG
*
1879 AAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGACAGGTTGTTCACGCTTCTAATA
1 AAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACAGGTTGTTCACGCTTCTAATA
*
1944 TCGTTTTACCATTTGTTTTCCAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAA
66 TCGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAA
* *
2009 ATACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATAAATAAAGGAGTC
131 ATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATAAATCAAGGAGTC
* * * * *
2074 TTTCTGCCAAAGATTTTGCAAAATTGAGTCTGCTCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAATAATTATG
196 TTTCTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCTGCACTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAATAATTGTG
* * * *
2139 AAGGTTATAGTACACGATTTAGGCTAAAACTTTGCAAAAATTTGTCCGAAAAGTTTTTCCTCAAT
261 AAGGTTATAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA-TTGACCGAAAAGTTTTTCCTCAAT
* *
2204 TATTTTCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAAGGAAAAAAAATTGAAGTGTTTTTCACG
325 TATTTTCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAAATTGAAGTGTTTTTCACG
2269 TTTCTAATATCGTTTTCCTTTTTTTGTCCCGAATTTATTTCTAGTTAATTAAATCGAAACAAGAT
390 TTTCTAATATCGTTTTCCTTTTTTT-TCCCGAATTTATTTCTAGTTAATTAAATCGAAACAAGAT
*
2334 TCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGTTAGACGAATATAGA
454 TCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGA
* * * * *
2399 TATTTCCAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTTAGTCGAGGCGCAGAAACGCCTTTTT
519 TATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCAGAAACGCGTTTTT
* *
2464 AGCCGAAAACCGTGATAGTTAGTACATGATTTCGGTTAAAAACAGACCCGAAAAGTTTTTTCTCA
584 AGCCGAAAACCGTGATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCA
*
2529 ATTTTTTACG
649 ATTTTTTGCG
** *
2539 AAATATTTTTTAAAAATATATAATTCATTGCCAAAAAGATTGACAGGTTGTTCACGCTTCTAATA
1 AAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACAGGTTGTTCACGCTTCTAATA
* *
2604 TTGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATTAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAA
66 TCGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAA
* *
2669 ATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGACATTTGTTTCGATGAATATAGATAAATCAAGGAGTC
131 ATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATAAATCAAGGAGTC
*
2734 TTTCTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCTGCACTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAATAATTTTG
196 TTTCTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCTGCACTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAATAATTGTG
* ** *
2799 TAGGTGGTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATT
261 AAGGTTATAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATT
2841 AAGGCAAAAA
Statistics
Matches: 1508, Mismatches: 110, Indels: 8
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
658 2 0.00
659 390 0.26
660 1111 0.74
661 5 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (658 bp):
AAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACAGGTTGTTCACGCTTCTAATA
TCGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAA
ATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATAAATCAAGGAGTC
TTTCTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCTGCACTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAATAATTGTG
AAGGTTATAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCGAAAAGTTTTTCCTCAATT
ATTTTCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAAATTGAAGTGTTTTTCACGT
TTCTAATATCGTTTTCCTTTTTTTTCCCGAATTTATTTCTAGTTAATTAAATCGAAACAAGATTC
AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATA
TTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCAGAAACGCGTTTTTAG
CCGAAAACCGTGATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAAT
TTTTTGCG
Found at i:3204 original size:392 final size:393
Alignment explanation
Indices: 2463--3232 Score: 1292
Period size: 392 Copynumber: 2.0 Consensus size: 393
2453 AACGCCTTTT
*
2463 TAGCCGAAAACCGTGATAGTTAGTACATGATTTCGGTTAAAAACAGACCCGAAAAGTTTTTTCTC
1 TAGCCGAAAACCGTGATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAAACAGACCCGAAAAGTTTTTTCTC
* *
2528 AATTTTTTACGAAATATTTTTTAAAAATATATAATTCATTGCCAAAAAGATTGACAGGTTGTTCA
66 AATTTTTTACGAAATATTTTTTAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACACGTTGTTCA
* * *
2593 CGCTTCTAATATTGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATTAAAACAAGATTGA
131 CGCTTCTAATATCGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAAGTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGA
* * *
2658 GATGCTCGTAAATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGACATTTGTTTCGATGAATATAGATAA
196 GATGCTCGTAAATACAAATCCATAAATCCAATGTGGCTGACATTTGTTCCGATGAATATAGATAA
* *
2723 ATCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCTGCACTCCGGAACGCGTTTTTAGC
261 ATCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGACCCTGCACTCCGGAACGCATTTTTAGC
* * * *
2788 CAATAATTTTGTAGGTGGTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTAAGGCAAAAAGT
326 CAATAATTGTGAAGGTGATAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTAAGGCAAAAAGT
2853 TTA
391 TTA
2856 TAGCCGAAAACCGTGATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAAACAGACCCGAAAA-TTTTTTCTC
1 TAGCCGAAAACCGTGATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAAACAGACCCGAAAAGTTTTTTCTC
*
2920 AATTTTTTACGAAATATTTTTTAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGACACGTTGTTCA
66 AATTTTTTACGAAATATTTTTTAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACACGTTGTTCA
*
2985 CGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTGTTTTCGAATTAAGTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGA
131 CGCTTCTAATATCGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAAGTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGA
*
3050 GATGCTCGTAAATACAAATCCATATATCCAATGTGGCTGACATTT-TGTCCGATGAATATAGATA
196 GATGCTCGTAAATACAAATCCATAAATCCAATGTGGCTGACATTTGT-TCCGATGAATATAGATA
* * ** * *
3114 ATTCAGGGAGTCTTTCTGCCGGAAATTTTGCAAAATTGACCCTGCACTCCGGAACGCATTTTTAT
260 AATCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGACCCTGCACTCCGGAACGCATTTTTAG
*
3179 CCAATAATTGTGAAGGTTATAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATT
325 CCAATAATTGTGAAGGTGATAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATT
3233 GACCCGGAAA
Statistics
Matches: 351, Mismatches: 25, Indels: 3
0.93 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
391 1 0.00
392 296 0.84
393 54 0.15
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (393 bp):
TAGCCGAAAACCGTGATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAAACAGACCCGAAAAGTTTTTTCTC
AATTTTTTACGAAATATTTTTTAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACACGTTGTTCA
CGCTTCTAATATCGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAAGTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGA
GATGCTCGTAAATACAAATCCATAAATCCAATGTGGCTGACATTTGTTCCGATGAATATAGATAA
ATCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGACCCTGCACTCCGGAACGCATTTTTAGC
CAATAATTGTGAAGGTGATAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTAAGGCAAAAAGT
TTA
Found at i:4684 original size:240 final size:235
Alignment explanation
Indices: 4266--4714 Score: 607
Period size: 240 Copynumber: 1.9 Consensus size: 235
4256 TTTTGAAAAC
* *
4266 ATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACAGGTTGTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCCCTTTG
1 ATATATAATTCAATGCAAAAAAAATTGACAGGTTGTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCCCTTTG
* *
4331 TTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAAAAGATTGAGATGCTCGTAAATACAAATCCATATAT
66 TTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAAAAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAAT
* * **
4396 CCAAAGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATTT
131 CCAAAGTGGCTGACATTAGGTTAGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCA
*
4461 TGCAAAATTGAGTCTGCTATCTGGAACGCGTTTTTAGCCA
196 TGCAAAAGTGAGTCTGCTATCTGGAACGCGTTTTTAGCCA
* * *
4501 ATATATAATTCAATGCAAAAAAAATTGA-AGTGTTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTT-CCTTT
1 ATATATAATTCAATGCAAAAAAAATTGACAG-GTTGTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCCCTTT
* * *
4564 -TTTTCCCGAATTTATTTCTAGTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAAT
65 GTTTT--CGAATTAATTTC----TAATTAAATC-AAAAAAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAAT
* ** * * * *
4628 CCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTAGGTTAGGTGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCC
123 CCATAAATCCAAAGTGGCTGACATTAGGTTAGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTTCTGCC
4693 AAAAATCATGCAAAAGTGAGTC
188 AAAAATCATGCAAAAGTGAGTC
4715 GGG
Statistics
Matches: 184, Mismatches: 22, Indels: 11
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
233 4 0.02
234 7 0.04
235 61 0.33
239 10 0.05
240 102 0.55
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (235 bp):
ATATATAATTCAATGCAAAAAAAATTGACAGGTTGTTCACGCTTCGAATATCGTTTTTCCCTTTG
TTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAAAAGATTGAGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAAT
CCAAAGTGGCTGACATTAGGTTAGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCA
TGCAAAAGTGAGTCTGCTATCTGGAACGCGTTTTTAGCCA
Done.