Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014715.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14748, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:1375 original size:643 final size:642
Alignment explanation
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Period size: 643 Copynumber: 6.6 Consensus size: 642
*
1 AAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAATACAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGA
1 AAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGA
* * * * * * *
66 TGAATATAGATAAATCAAGGAGTCTTTCTGCAAAAAATCTTGCAAAATTCAGCCTGCACTCCGCA
66 TGAATATAGATGATTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCGGCACTCCGGA
131 ACGCGTTTTTAGCCAATAATTGTGAAGGTTATAGTACA-ATATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
131 ACGCGTTTTTAGCCAATAATTGTGAAGGTTATAGTACACA-ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
* * * *
195 TTAACCCAAAAAGTTTTTCCTCAATTATTGGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGC
195 TTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTATTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGC
*
260 -AAAAAAATTGAAGTGTTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTCCCCGAATTTATTT
260 AAAAAAAATTGAAGTGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTT-CCCGAATTTATTT
*
324 CTAGTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCATTGTGGC
324 CTAGTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGC
* * *
389 ATAGATTTGGTTAAGATGAATATAGATATTTCCAGGAGTCTTTTTGCCAAAAATCATGCAAAATT
389 TTAGATTTGGTT-AGATGAATATAGATATTTCCAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACT
* * * *
454 GAGTCGGGGCGCAGAAACGCCTTTTTAGCCGAAAACCGTGATAGCTAGTACATGATTTCGGATAA
453 GAGTCGGGGCCCAGAAA--AC---TT-----------GTGATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAA
* * ** *
519 AAACAGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTACGAAATATTTTTTAAAAATATATAACTCAAT
502 AAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCGAAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAAT
*
584 GCCAAAAAGATTGACACGTTGTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAATT
567 GCCAAAAAGATTGACAGGTT-TTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAATT
649 TCTAATTAAATC
631 TCTAATTAAATC
* *
661 AAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGGTGACATTTGTTTCGA
1 AAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGA
* *
726 TGAATATAGATGATTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGTCGACACTCCGGA
66 TGAATATAGATGATTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCGGCACTCCGGA
*
791 ACGCGTTTTTATCCAATAATTGTGAAGGTTATAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAT
131 ACGCGTTTTTAGCCAATAATTGTGAAGGTTATAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAT
* * * *
856 TGATCCGAAAATTTTTTTCCTCAATTATTTGCCATAATACTCAGAAAAAATAAATAATTCAACGC
196 TGACCCGAAAA-GTTTTTCCTCAATTATTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGC
* *
921 AAAAAAAATTGAAGTGTTTTCCACGCTTCTAATATCG-TTTTCCTTTTTTTCCCCAAATTTATTT
260 AAAAAAAATTGAAGTGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTT-CCCGAATTTATTT
* * *
985 CTAGTTAATTAAATCGAAACTAGATGCATATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGC
324 CTAGTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGC
* * * *
1050 TTAGATTTGGATAGATGAATATATATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAACCTG
389 TTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCCAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTG
*
1115 AGTCGGGGCCCAG-AAAC-TGTGATAGTTAGTACATGATTTTCAGCTAAAAACTGACCCGAAAAG
454 AGTCGGGGCCCAGAAAACTTGTGATAGTTAGTACATGA-TTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAG
* * * *
1178 TTTTTTCTTAATTTTTTGTGAAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAATGCTAAAAAGATTGACG
518 TTTTTTCTCAATTTTTTGCGAAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACA
*
1243 GGCTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATC
583 GG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATC
* * * *
1304 AAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAATACAATTCCTTAAATCCAATGTGGGTGACATTTGTTTCGC
1 AAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGA
* *
1369 TGAATATAGATGATTCAAGGAGTCTTTGTTCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCGGCAGTCCGGA
66 TGAATATAGATGATTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCGGCACTCCGGA
*
1434 ACGCGTTTTTAGCCAATAATTGTGAAGGTTATAATACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAT
131 ACGCGTTTTTAGCCAATAATTGTGAAGGTTATAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAT
* * *
1499 TGACCCGAATAGTTTTTCCTCAATTATTTGCCAGAATAC-CTAGAAAATATACATAATTCAACGC
196 TGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTATTTGCCAGAATACTC-AGAAAAAATATATAATTCAACGC
*
1563 AAAAAAGAATTGAAGTGATTTTCACGCATT-TAATATCGTTTTTCCTTTTTTT-CCGAATTTATT
260 AAAAAA-AATTGAAGTGTTTTTCACGC-TTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTCCCGAATTTATT
*
1626 TCTAGTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCGTAAATCCATTGTGG
323 TCTAGTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGG
* * *
1691 CTTAGATTTGGTTTGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCGTGCAAAACT
388 CTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCCAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACT
* *
1756 GAGTCGGGGCCCAGAAATGCGATTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAA
453 GAGTCGGGGCCCAGAAA----A-CTT-----------GTGATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAA
* * *
1821 AAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTTAATTTTTTGCGAAATATTATGAAAAATTATATAATTCAAT
502 AAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTTTGCGAAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAAT
1886 GCCAAAAAGATTGACAGGTTGTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAATT
567 GCCAAAAAGATTGACAGGTT-TTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAATT
*
1951 TCTAATTAGATC
631 TCTAATTAAATC
* *
1963 AAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAATACAAATCCTTATATCCAATGTGCCTGACATTTGGTTCGA
1 AAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGA
* *
2028 TGAATATAGATAATTCAAGGACTCTTTGTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCGGCACTCCGGA
66 TGAATATAGATGATTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCGGCACTCCGGA
* *** *
2093 ACGCGTTTTTAGCCAATAATTGTGATGGTCGGAG--CACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAT
131 ACGCGTTTTTAGCCAATAATTGTGAAGGTTATAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAT
* * * *
2156 TGACCCGAAAAGTATTTCATCAATTATTTGCCAGAATATTCATAAAAAATATATAATTCAACGCA
196 TGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTATTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGC-
*
2221 AAAAAAAAATTTGAAGTGTTTTTCACGCATCTAATATCG---TT--TTTTTTTCCCGAATTTATT
260 -AAAAAAAA-TTGAAGTGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTCCCGAATTTATT
* *
2281 TCTAGTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATTCATTGTGG
323 TCTAGTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGG
* *
2346 CTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCCAGGAGACTTTCTGCCAAAAATCATTCAAAACT
388 CTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCCAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACT
2411 GAGTCGGGGCCCAGAAATGCGATTTTATCCGAAAATTGTGATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAA
453 GAGTCGGGGCCCAG-AA----A----A--C-----TTGTGATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAA
*
2476 AAACTGACCCGAAAAGTTTTTTTCTCAATTTTTTGCGAAATATTTTGAAAAAATATGTAATTCAA
502 AAACTGACCCGAAAAG-TTTTTTCTCAATTTTTTGCGAAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAA
*
2541 TGCCAAAAAGATTGACAGGCTGTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAAT
566 TGCCAAAAAGATTGACAGG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAAT
2606 TTCTAATTAAATC
630 TTCTAATTAAATC
2619 AAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAATACAAATCCTT--ATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGA
1 AAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGA
* *
2682 TGAATATAG--G------GGAGTCTTTGTGCCAAAAATCTTACAAAATTGAGTCGGCACTCCGGA
66 TGAATATAGATGATTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCGGCACTCCGGA
* * *
2739 ACGCGTTTTTAGCCAATAATTGTGATGGTTA-A-TGCACAATTTCGGCTAAGATTTTGCAAAAAT
131 ACGCGTTTTTAGCCAATAATTGTGAAGGTTATAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAT
* *
2802 TGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTATTTGCGAGAATATTCAGAAAAAATATATAATTCAACGC-
196 TGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTATTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCA
* * *
2866 AAAAAAATTGAAGTGTTTTTCACGCATGTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTCCCGAATTTATTTAT
261 AAAAAAATTGAAGTGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTCCCGAATTTATTTCT
* *
2931 AGTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCCTT-AATTCATTGTGGCTT
326 AGTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTT
* *
2995 ATATTTGGTTAGATGAATATAAATATTTCCAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
391 AGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCCAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
* *
3060 TCGGGGCCCAGAAACACGTTTTTAGCCGAAAACCGTGATGGTTAGTACATGTTTTGCGGCTAAAA
456 TCGGGGCCCAGAAA-AC----TT-----------GTGATAGTTAGTACATGATTT-CGGCTAAAA
* * *
3125 ACTTACCTGAAAAGTTTTTTTTCTCAATTTTTTGTGAAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAAT
504 ACTGACCCGAAAAG--TTTTTTCTCAATTTTTTGCGAAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAAT
** * * *
3190 ATCAAAAAGATGGACAGGTTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCC-TTT-TTTTCCCGAATTTA
567 GCCAAAAAGATTGACAGG-TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCATTTGTTTT--CGAA-TTA
3253 TTTATATT-TAATTAAATC
628 ---AT-TTCTAATTAAATC
* * * * * * * *
3271 GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGTTAGA
1 AAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGA
* * * * **
3336 TGAATATAGAT-ATTTTC-AGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGG--GGCCG
66 TGAATATAGATGA--TTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCGGCACTCCG
* ** * **
3397 AGAAACACGTTTTTAGCCGAA-AACCGT----G--ATGGTACATGATTTCGGC--------T--A
129 -G-AACGCGTTTTTAGCC-AATAATTGTGAAGGTTATAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCA
* * * * ***
3445 AAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATT-TCTTGCGA-AATATTTTTAAAAAATATATAATTC
191 AAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTAT-TTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * * * * * *
3508 AATGCCAAAAAGATTGACGGGTTGTTCACGTTTCTAAAATCGTTTTTCCGTTTGTTTT--CGAAT
255 AACGCAAAAAAAATTGAAGTGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC-TTT-TTTTCCCGAAT
* * * * *
3571 TAATTTC----TAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAATAA-AAATCCTTATATCTA
318 TTATTTCTAGTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAA-AACAAATCCTTAAATCCA
* * * * * * * * * * *
3631 ATGTGGATGACATTTGTTTCGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAGTCTTGC
382 TTGTGGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCCAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGC
* * ** ** * * * *
3696 AAAATTGAGCCGGCACTCCAGAATGCGTTTTTCCCCAATAATTATGAAGGTACACGATTTCGGCT
447 AAAACTGAGTCGGGGC-CCAGAAAAC--TTGT----GAT-AGT-T--A-GTACATGATTTCGGCT
* * * * **
3761 AAAATTTTGCAAACATTGACCCAAAAAGTTTTTCCTCAATTATTTTTGCCAGAATACTCAGAAAA
500 --AA------AAAC--TGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAA-T-TTTTTGCGA-AATATTTTGAAAA
* * * * * * * * *
3826 AAAAAATTTATTCAACGCAAAAAAAATTTA-AGTGTTTTTCAC-ATATCTAATATCGTTTTTCC-
552 AATATA-TAATTCAATGCCAAAAAGATTGACAG-G-TTTTCACGCT-TCTAATATCGTTTTACCA
* *
3888 TTTTTTTTCCCGAATTTATTTCTAGTTAATTAAATC
613 TTTGTTTT--CGAATTAATTTC----TAATTAAATC
* * * * * * *
3924 GAAACAAGATTCAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTACATTTGGTTAGA
1 AAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGA
* * * * * * *
3989 TGAATATAGA-CATTTCAAGGAGTCTTTCTGTCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGAC-CCAG
66 TGAATATAGATGA-TTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCGGCACTCC-G
* * * **
4052 AAACGCGTTTTTAGCCGAA-AATCGTGATGG-T-TAGTACATGATTTCGGCT---A------AAA
129 GAACGCGTTTTTAGCC-AATAATTGTGAAGGTTATAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
* * * * **
4105 ACTT-ACCCGAAAAGTTTTTTTCTCAATTTTTTG-C-GATATATTTTGAAAAAATATATAATTCA
193 AATTGACCCGAAAAG-TTTTTCCTCAATTATTTGCCAGA-ATACTCAGAAAAAATATATAATTCA
* * * * * * *
4167 ATGCCAAAAAGATTGACAG-GCTGTTCACGCTTCGAACATCGTTTTTCTCTTTGTTTT--CGAAT
256 ACGCAAAAAAAATTGA-AGTGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC-CTTT-TTTTCCCGAAT
* * * * * * *
4229 TAATTTC----TAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAATACAAAACCTTATATCCAA
318 TTATTTCTAGTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAT
* * *
4290 TGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAA
383 TGTGGCTTAGATTTGGTTAGATGAA
4315 GATGAATATA
Statistics
Matches: 3223, Mismatches: 284, Indels: 296
0.85 0.07 0.08
Matches are distributed among these distances:
632 1 0.00
635 2 0.00
636 3 0.00
637 1 0.00
638 2 0.00
640 6 0.00
641 11 0.00
642 245 0.08
643 370 0.11
644 57 0.02
645 76 0.02
646 276 0.09
647 120 0.04
648 187 0.06
649 10 0.00
650 21 0.01
651 17 0.01
652 93 0.03
653 156 0.05
654 76 0.02
655 191 0.06
656 159 0.05
657 114 0.04
658 195 0.06
659 326 0.10
660 271 0.08
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662 86 0.03
663 2 0.00
666 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (642 bp):
AAAACAAGATTGAGATGCTCGTAAATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGA
TGAATATAGATGATTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCGGCACTCCGGA
ACGCGTTTTTAGCCAATAATTGTGAAGGTTATAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAT
TGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTATTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCA
AAAAAAATTGAAGTGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTCCCGAATTTATTTCT
AGTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTT
AGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCCAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
TCGGGGCCCAGAAAACTTGTGATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTT
TTTCTCAATTTTTTGCGAAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACAGGT
TTTCACGCTTCTAATATCGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATC
Found at i:2010 original size:659 final size:659
Alignment explanation
Indices: 1128--4314 Score: 3363
Period size: 659 Copynumber: 4.9 Consensus size: 659
1118 CGGGGCCCAG
* * *
1128 AAACTGTGATAGTTAGTACATGATTTTCAGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTTAATTTT
1 AAACCGTGATAGTTAGTACATGA-TTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTT
* * *
1193 TTGTGAAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAATGCTAAAAAGATTGACGGGCTT-TTCACGCTT
65 TTGCGAAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACAGG-TTGTTCACGCTT
*
1257 CTAATATCGTTTTTCCATTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGC
129 CTAATATCGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGC
* * * *
1322 TCGTAAATACAATTCCTTAAATCCAATGTGGGTGACATTTGTTTCGCTGAATATAGATGATTCAA
194 TCGTAAATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATGATTCAA
* *
1387 GGAGTCTTTGTTCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCGGCAGTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAATA
259 GGAGTCTTTGTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCGGCACTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAATA
*
1452 ATTGTGAAGGTTATAATACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAATAGTTTTTC
324 ATTGTGAAGGTTATAATACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTC
* * *
1517 CTCAATTATTTGCCAGAATAC-CTAGAAAATATACATAATTCAACGCAAAAAAGAATTGAAGTGA
389 CTCAATTATTTGCCAGAATACTC-AGAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAA-AATTGAAGTGT
1581 TTTTCACGCATTTAATATCGTTTTTCCTTTTTTT-CCGAATTTATTTCTAGTTAATTAAATCGAA
452 TTTTCACGCATTTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTCCCGAATTTATTTCTAGTTAATTAAATCGAA
* *
1645 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCGTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGTTTGATGA
517 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGTTAGATGA
* * *
1710 ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCGTGCAAAACTGAGTCGGGGCCCAGAAATG
582 ATATAGATATTTCCAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCAGAAACG
1775 CGATTTTAGCCGA
647 CGATTTTAGCCGA
* *
1788 AAACCGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTTAATTTTT
1 AAACCGTGATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTT
* *
1853 TGCGAAATATTATGAAAAATTATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACAGGTTGTTCACGCTTCT
66 TGCGAAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACAGGTTGTTCACGCTTCT
*
1918 AATATCGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAGATCAAAACAAGATTGAGATGCTC
131 AATATCGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCTC
* * *
1983 GTAAATACAAATCCTTATATCCAATGTGCCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATAATTCAAGG
196 GTAAATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATGATTCAAGG
*
2048 ACTCTTTGTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCGGCACTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAATAAT
261 AGTCTTTGTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCGGCACTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAATAAT
* *** * * * *
2113 TGTGATGG-TCGGA-GCACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTATTTCAT
326 TGTGAAGGTTATAATACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCCT
* *
2176 CAATTATTTGCCAGAATATTCATAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAAAAATTTGAAGTGTT
391 CAATTATTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGC--AAAAAAAA-TTGAAGTGTT
*
2241 TTTCACGCATCTAATATCG---TT--TTTTTTTCCCGAATTTATTTCTAGTTAATTAAATCGAAA
453 TTTCACGCATTTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTCCCGAATTTATTTCTAGTTAATTAAATCGAAA
* *
2301 CAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATTCATTGTGGCTTAGATTTGGTTAGATGAA
518 CAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGTTAGATGAA
* * *
2366 TATAGATATTTCCAGGAGACTTTCTGCCAAAAATCATTCAAAACTGAGTCGGGGCCCAGAAATGC
583 TATAGATATTTCCAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCAGAAACGC
*
2431 GATTTTATCCGA
648 GATTTTAGCCGA
**
2443 AAATTGTGATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTTCTCAATTTT
1 AAACCGTGATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAG-TTTTTTCTCAATTTT
* *
2508 TTGCGAAATATTTTGAAAAAATATGTAATTCAATGCCAAAAAGATTGACAGGCTGTTCACGCTTC
65 TTGCGAAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACAGGTTGTTCACGCTTC
2573 TAATATCGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCT
130 TAATATCGTTTTACCATTTGTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTGAGATGCT
2638 CGTAAATACAAATCCTT--ATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAG--G------G
195 CGTAAATACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGACATTTGGTTCGATGAATATAGATGATTCAAG
* *
2693 GAGTCTTTGTGCCAAAAATCTTACAAAATTGAGTCGGCACTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAATAA
260 GAGTCTTTGTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCGGCACTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAATAA
* * *
2758 TTGTGATGG-T-TAATGCACAATTTCGGCTAAGATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCC
325 TTGTGAAGGTTATAATACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAGTTTTTCC
* *
2821 TCAATTATTTGCGAGAATATTCAGAAAAAATATATAATTCAACGC-AAAAAAATTGAAGTGTTTT
390 TCAATTATTTGCCAGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAAATTGAAGTGTTTT
* *
2885 TCACGCATGTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTCCCGAATTTATTTATAGTTAATTAAATCGAAACA
455 TCACGCATTTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTCCCGAATTTATTTCTAGTTAATTAAATCGAAACA
* * *
2950 AGATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCCTT-AATTCATTGTGGCTTATATTTGGTTAGATGAATA
520 AGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGTTAGATGAATA
* * *
3014 TAAATATTTCCAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCAGAAACACGT
585 TAGATATTTCCAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCAGAAACGCGA
3079 TTTTAGCCGA
650 TTTTAGCCGA
* * * *
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1 AAACCGTGATAGTTAGTACATGATTT-CGGCTAAAAACTGACCCGAAAAG--TTTTTTCTCAATT
* ** * *
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63 TTTTGCGAAATATTTTGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGACAGGTTGTTCACGCT
* * *
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* * * * * * *
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* * * * ** *
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** * ** *
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* * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * * *
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* ** * ** *
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*** * *
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1 A-AACCGTGATAGTTAGTACATGATTTCGGCT--AA------AAAC--TGACCCGAAAAGTTTTT
* * * ** * * * * * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * * * * * * *
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238 CGATGAATATAGATGA-TTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCTTGCAAAATTGAGCCGGCACTC
* * * * **
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302 C-GGAACGCGTTTTTAGCC-AATAATTGTGAAGGTTATAATACACAATTTCGGCTAAAATTTTGC
* * * * **
4102 AAAACTT-ACCCGAAAAGTTTTTTTCTCAATTTTTTG-C-GATATATTTTGAAAAAATATATAAT
365 AAAAATTGACCCGAAAAG-TTTTTCCTCAATTATTTGCCAGA-ATACTCAGAAAAAATATATAAT
* * * * * * *
4164 TCAATGCCAAAAAGATTGACAG-GCTGTTCACGC-TTCGAACATCGTTTTTCTCTTTGTTTT--C
428 TCAACGCAAAAAAAATTGA-AGTGTTTTTCACGCATT-TAATATCGTTTTTC-CTTT-TTTTCCC
* * * * * *
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* * * *
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AAACCGTGATAGTTAGTACATGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTCTCAATTTTT
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CACGCATTTAATATCGTTTTTCCTTTTTTTCCCGAATTTATTTCTAGTTAATTAAATCGAAACAA
GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGTTAGATGAATAT
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TTTAGCCGA
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*
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AAAAAAAAAAAG
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Done.