Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014722.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14755, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4601
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.14, T:0.32
Found at i:119 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 94--133 Score: 71
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
84 ATGAGACTCC
94 TTTTCTACATTACATATGAT
1 TTTTCTACATTACATATGAT
*
114 TTTTCTGCATTACATATGAT
1 TTTTCTACATTACATATGAT
134 ATAGCTCAAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 19 1.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.15, G:0.07, T:0.50
Consensus pattern (20 bp):
TTTTCTACATTACATATGAT
Found at i:2211 original size:984 final size:983
Alignment explanation
Indices: 337--2269 Score: 3209
Period size: 979 Copynumber: 2.0 Consensus size: 983
327 TTCTTTAAGT
* * *
337 AAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTACGACAACACTCATAAAAGATATATAACTC
1 AAAAACTATCCCGAAAAATTTTTCCTCAAATTTTGACGACAACACTCATAAAAGATATATAACTC
* * **
402 ATCGCTAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCATGCTTATAATATCGTTTTTCCTCTTTCCGAATTAATT
66 AACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCATGCTTATAATATAATTTTTCCTCTTTCCGAATTAATT
* * *
467 TCTAATTAAATTGGAACATAATTCAGATGCTCCTAAAACCTTATCGTTAAATCCATTGTGTTTGA
131 TCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCCTAAAACCTTATCGTTAAATCCATTGTGTCTGA
* *
532 GATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTTAAGAAGTCTTGTTGCCAAAAATCATCCAAAATTGTGC
196 GATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTTAAGAAGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGC
* *
597 CGGGGCCTAAGAACGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTCAAAATT
261 CGGGGCCTAAGAACACATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGATAGTACACGATTTCGGTCAAAATT
*
662 TTGCAAAAACTGTCTCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAATTACATA
326 TTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAATTACATA
727 ATTCAAATCCAAAAAGACTGAAGGACTTTAGACGCTTCAATTTTCATTTTTCTAATTTTCTCCGA
391 ATTCAAATCCAAAAAGACTGAAGGACTTTAGACGCTTCAATTTTCATTTTTCTAATTTTCTCCGA
* * *
792 AATAATTTCTAATTAAATCGAAACATAGTTCAGATGCTCATAAAAACAAATATTTAAATCTAATG
456 AATAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAAATGCTCATAAAAACAAATATTTAAATCCAATG
857 TGGCCGAGAATTGTTTAGATGAATATAGATATTACAATGACACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAA
521 TGGCCGAGAATTGTTTAGATGAATATAGATATTACAATGACACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAA
922 ACTGTGTCGGGGCCCAAGAACGCATTTTTAGTCAAAAACTGTGATGTACATGATTTCGGCTAAAA
586 ACTGTGTCGGGGCCCAAGAACGCATTTTTAGTCAAAAACTGTGATGTACATGATTTCGGCTAAAA
*
987 TTTTACAAAAACTGTCCAGAAAAATTTTTCCCCAATTTTTAACCACAATACTCATAGAAAATATA
651 TTTTACAAAAACTGGCCAGAAAAATTTTTCCCCAATTTTTAACCACAATACTCATAGAAAATATA
1052 TAAATCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTCCGA
716 TAAATCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTCCGA
1117 ATTAATTTCCATTTAAATCGAAACATAATTTAGATGCTCGTAAAATATTATTCTTAAATCCATTG
781 ATTAATTTCCATTTAAATCGAAACATAATTTAGATGCTCGTAAAATATTATTCTTAAATCCATTG
* *
1182 TGGCCGAGATTTGATTATATGAATGTAAATATTTTAAGGAGTCTTGATGTCCAAAAATCAAGCAA
846 TGGCCAAGATTTGATTATATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTTGATGT-CAAAAATCAAGCAA
*
1247 AACTAAGTCAGG-GCCCCAAAACGCGCGTTTTTAGTCAAAAACAGTGACGTACACGATATCGGCC
910 AACTAAGTC-GGAGCCCCAAAACGCGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGACGTACACGATATCGGCC
1311 AGAATTTTGC
974 AGAATTTTGC
* * ** *
1321 AAAAACTATCCCGAAAAATTTTTCCTCAAATTTTGGC-CCAGTACTCATAACAA-ATATATAATT
1 AAAAACTATCCCGAAAAATTTTTCCTCAAATTTTGACGACAACACTCATAA-AAGATATATAACT
* * *
1384 CAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATAATTTTTCCTATTTTTCCGAATTA
65 CAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCATGCTTATAATATAATTTTTCC--TCTTTCCGAATTA
* *
1449 ATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCTTTAAATCCATTGTGTC
128 ATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCCTAAAACCTTATCGTTAAATCCATTGTGTC
*
1514 TGAGATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTG
193 TGAGATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTTAAGAAGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTG
*
1579 TGTCGGGGCCTAAGAACACATTTTTAGCCAAAAA-T-TG-T-GATAGTACACGATTTCGGTCAAA
258 TGCCGGGGCCTAAGAACACATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGATAGTACACGATTTCGGTCAAA
*
1640 A-TTT-CAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAATTAT
323 ATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAATTAC
* * *
1703 ATAATTCAAATCCAAAAAGACTGAAGGGCTTTAGACGCTTCAATTTTCGTTTTTCTAATTTTTTC
388 ATAATTCAAATCCAAAAAGACTGAAGGACTTTAGACGCTTCAATTTTCATTTTTCTAATTTTCTC
*
1768 CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAAATGCTCATAAAAACAAATATTTAAATCCA
453 CGAAATAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAAATGCTCATAAAAACAAATATTTAAATCCA
1833 ATGTGGCCGAGAATTGTTTAGATGAATATAGATATTACAATGACACTTGGCGCCAAAAATCATGC
518 ATGTGGCCGAGAATTGTTTAGATGAATATAGATATTACAATGACACTTGGCGCCAAAAATCATGC
*
1898 AAAACTGTGTCGGGGCTCAAGAACGCATTTTTAGTCAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTC
583 AAAACTGTGTCGGGGCCCAAGAACGCATTTTTAGTCAAAAACTGTGA----T-GTACATGATTTC
* **
1963 GGCTAAAATTTTGCAAAAACTGGCTGGAAAAATTTTTCCCCAATTTTTAACCACAATACTCATAG
643 GGCTAAAATTTTACAAAAACTGGCCAGAAAAATTTTTCCCCAATTTTTAACCACAATACTCATAG
*
2028 AAAATATATAAATCAATGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTTCCTA
708 AAAATATATAAATCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTTCCTA
* *
2093 TTTTCCGAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACATTATTTAGATGCTCGTAAAATATTATTCTTAA
773 TTTTCCGAATTAATTTCCATTTAAATCGAAACATAATTTAGATGCTCGTAAAATATTATTCTTAA
* * * * * *
2158 ATGCATTGTGGCTAAGATTTGGTTATATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTTGCTGTTAAATAT
838 ATCCATTGTGGCCAAGATTTGATTATATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTTGATGTCAAAAAT
** * *
2223 CAAGCAAAACTAAGTCGGAGCTTCAGAATGCGCGTTTTTAGCCAAAA
903 CAAGCAAAACTAAGTCGGAGCCCCAAAACGCGCGTTTTTAGCCAAAA
2270 GACCACCAAT
Statistics
Matches: 884, Mismatches: 56, Indels: 19
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
979 291 0.33
980 3 0.00
981 23 0.03
982 3 0.00
983 110 0.12
984 288 0.33
985 166 0.19
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (983 bp):
AAAAACTATCCCGAAAAATTTTTCCTCAAATTTTGACGACAACACTCATAAAAGATATATAACTC
AACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCATGCTTATAATATAATTTTTCCTCTTTCCGAATTAATT
TCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCCTAAAACCTTATCGTTAAATCCATTGTGTCTGA
GATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTTAAGAAGTCTTGCTGCCAAAAATCATCCAAAACTGTGC
CGGGGCCTAAGAACACATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGATAGTACACGATTTCGGTCAAAATT
TTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAATTACATA
ATTCAAATCCAAAAAGACTGAAGGACTTTAGACGCTTCAATTTTCATTTTTCTAATTTTCTCCGA
AATAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAAATGCTCATAAAAACAAATATTTAAATCCAATG
TGGCCGAGAATTGTTTAGATGAATATAGATATTACAATGACACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAA
ACTGTGTCGGGGCCCAAGAACGCATTTTTAGTCAAAAACTGTGATGTACATGATTTCGGCTAAAA
TTTTACAAAAACTGGCCAGAAAAATTTTTCCCCAATTTTTAACCACAATACTCATAGAAAATATA
TAAATCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTCCGA
ATTAATTTCCATTTAAATCGAAACATAATTTAGATGCTCGTAAAATATTATTCTTAAATCCATTG
TGGCCAAGATTTGATTATATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTTGATGTCAAAAATCAAGCAAA
ACTAAGTCGGAGCCCCAAAACGCGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGACGTACACGATATCGGCCAG
AATTTTGC
Found at i:2233 original size:656 final size:647
Alignment explanation
Indices: 337--2233 Score: 2064
Period size: 656 Copynumber: 2.9 Consensus size: 647
327 TTCTTTAAGT
* * *
337 AAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTACGACAACACTCATAAAAGATATATAACTC
1 AAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAACCACAACACTCATAAAA-ATATATAAATC
* * * *
402 --ATCGCTAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCATGCTTATAATATCGTTTTTC-CTCTTTCCGAATTA
65 AAATC-C--AAAAAATTTAAGGGCTTTTCACGCTT-CAATATCGTTTTTCTATTTTTCCGAATTA
* * * * * ** **
464 ATTTCTAATTAAATTGGAACATAATTCAGATGCTCCTAAAACCTTATCGTTAAATCCATTGTGTT
126 ATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCATAAAAACTAATATTTAAATCCATTGTGGC
* * * * * *
529 TGAGATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTTAAGAAGTCTTGTTGCCAAAAATCATCCAAAATTG
191 CGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTTAAGAA--CTTGATGCCAAAAATCATGCAAAACTG
* *
594 TGCCGGGGCCTAAGAACGCATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG-TCAA
254 TGTCGGGGCC-AAGAACGCATTTTTAGTCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCT-AA
*
658 AATTTTGCAAAAACTGTCTCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAATTA
317 AATTTTGCAAAAACTGTCTCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAA-TA
* * * * ** *
723 CATAATTCAAAT-CCAA-AAAGACTGAAGGACTTTAGACGCTTC-AATTTTCATTTTT-CTAATT
381 TATAATTC-AATGCCAATAAA-ATTTAAGGGCTTTTCACGCTTCTAA-TATCATTTTTCCT-ATT
* * **
784 TTCTCCGAAATAATTTCTAATTAAATCGAAACA-TAGTTCAGATGCTCATAAAAACAAATAT-TT
442 TT-TCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATTA-TTCAGATGCTCGTAAAAA-TTAT-TCTT
* * * * ** * **
847 AAATCTAATGTGGCCGAGAATTGTTTAGATGAATATAGATATTACAATGACACTTGGC-GCCAAA
503 AAATC-ATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTT-GCTGCCAAA
* * *
911 AATCATGCAAAACTGTGTCGGGGCCCAAGAACGCATTTTTAGTCAAAAACTGTGATGTACATGAT
566 AATCATGCAAAACTGTGTCGGGGCCCAAGAACACATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGTACACGAT
976 TTCGGCTAAAATTTTAC
631 TTCGGCTAAAATTTTAC
* * *
993 AAAAACTGTCCAGAAAAATTTTTCCCCAATTTTTAACCACAATACTCATAGAAAATATATAAATC
1 AAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAACCACAACACTCATA-AAAATATATAAATC
** * *
1058 AACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTTCCTA-TTTTCCGAATTAA
65 AAATCCAA-AAAATTTAAGGGCTTTTCACGCTTC-AATATCGTTTTT-CTATTTTTCCGAATTAA
* * * * *
1122 TTTCCATTTAAATCGAAACATAATTTAGATGCTCGT-AAAA-TATTATTCTTAAATCCATTGTGG
127 TTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCATAAAAACTAATA-T-TTAAATCCATTGTGG
* * * * *
1185 CCGAGATTTGATTATATGAATGTAAATATTTTAAGGAGTCTTGATGTCCAAAAATCAAGCAAAAC
190 CCGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTTAA-GA-ACTTGATG-CCAAAAATCATGCAAAAC
** * * * * *
1250 TAAGTCAGGGCCCCAA-AACGCGCGTTTTTAGTCAAAAACAGTGA-----CGTACACGATATCGG
252 TGTGTC-GGG-GCCAAGAA--CGCATTTTTAGTCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGG
* * * * * *
1309 CCAGAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAAATTTTTCCTCAAATTTTGGCC-CAGTACTCATAACA
313 CTAAAATTTTGCAAAAACTGTCTCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAA-A
* * *
1373 AATATATAATTCAACGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCATGCTTCTAATATAATTTTTCCTATT
377 AATATATAATTCAATGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATT
* *
1438 TTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTA-TCTTTAA
442 TTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATTATTCAGATGCTCGTAAAA-ATTATTC-TTAA
* *
1502 ATCCATTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAAT
505 AT-CATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAAT
* * *
1567 CATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAAGAACACATTTTTAGCCAAAAATTGTGATAGTACACGATTT
569 CATGCAAAACTGTGTCGGGGCCCAAGAACACATTTTTAGCCAAAAACTGTGAT-GTACACGATTT
1632 CGG-TCAAAA-TTT-C
633 CGGCT-AAAATTTTAC
** *
1645 AAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAATTATATAATTC
1 AAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAACCACAACACTCATAAAAA-TATATAAATC
* * ** *
1710 AAATCCAAAAAGACTGAAGGGCTTTAGACGCTTCAATTTTCGTTTTTCTAATTTTTTCCGAATTA
65 AAATCCAAAAA-ATTTAAGGGCTTTTCACGCTTCAA-TATCGTTTTTCT-A-TTTTTCCGAATTA
* * *
1775 ATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAAATGCTCATAAAAACAAATATTTAAATCCAATGTGGC
126 ATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCATAAAAACTAATATTTAAATCCATTGTGGC
* * ** **
1840 CGAGAATTGTTTAGATGAATATAGATATTACAATGACACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTG
191 CGAGATTTGATTAGATGAATATAGATATTTTAA-GA-ACTTGATGCCAAAAATCATGCAAAACTG
*
1905 TGTCGGGGCTCAAGAACGCATTTTTAGTCAAAAACTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGCTAAA
254 TGTCGGGGC-CAAGAACGCATTTTTAGTCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAA
* * * **
1970 ATTTTGCAAAAACTGGCTGGAAAAATTTTTCCCCAATTTTTAACCACAATACTCATAGAAAATAT
318 ATTTTGCAAAAACTGTCTCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATA-AAAATAT
* *
2035 ATAAATCAATGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCAGGCTTCTAATATCATTTTTCCTA-TTTTCC
382 ATAATTCAATGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTCC
* *
2099 GAATTAATTTCTATTTAAATCGAAACATTATTTAGATGCTCGTAAAATATTATTCTTAAATGCAT
447 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATTATTCAGATGCTCGTAAAA-ATTATTCTTAAAT-CAT
* * * ** * *
2164 TGTGGCTAAGATTTGGTTATATGAATATAAATATTTTAAGGAGTCTTGCTGTTAAATATCAAGCA
510 TGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATGCA
2229 AAACT
575 AAACT
2234 AAGTCGGAGC
Statistics
Matches: 1032, Mismatches: 161, Indels: 96
0.80 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
651 35 0.03
652 95 0.09
653 176 0.17
654 163 0.16
655 76 0.07
656 269 0.26
657 166 0.16
658 24 0.02
659 5 0.00
660 23 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (647 bp):
AAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTAACCACAACACTCATAAAAATATATAAATCA
AATCCAAAAAATTTAAGGGCTTTTCACGCTTCAATATCGTTTTTCTATTTTTCCGAATTAATTTC
TAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCATAAAAACTAATATTTAAATCCATTGTGGCCGAGA
TTTGATTAGATGAATATAGATATTTTAAGAACTTGATGCCAAAAATCATGCAAAACTGTGTCGGG
GCCAAGAACGCATTTTTAGTCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
AAAACTGTCTCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAATATATAATTCAA
TGCCAATAAAATTTAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTCCGAATTAATT
TCTAATTAAATCGAAACATTATTCAGATGCTCGTAAAAATTATTCTTAAATCATTGTGGCTGAGA
TTTGGTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAGTCTTGCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGTGTCG
GGGCCCAAGAACACATTTTTAGCCAAAAACTGTGATGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTAC
Found at i:2982 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 2927--4000 Score: 745
Period size: 31 Copynumber: 38.6 Consensus size: 25
2917 TAGATAATGC
* *
2927 ATATGAAACTATATGACGCCCTACTAA
1 ATATGCAACTATATGA--CCCTACTGA
* *
2954 ATATGCAACTACATGACCATACTGA
1 ATATGCAACTATATGACCCTACTGA
2979 ATATGCAACTATATGATAGTGACCCTACTGA
1 ATATGCAAC----T-ATA-TGACCCTACTGA
* ** *
3010 ATATTCAACTATATGGTCCTACGGA
1 ATATGCAACTATATGACCCTACTGA
*
3035 ATATGCAACTATATGACCATACTGA
1 ATATGCAACTATATGACCCTACTGA
3060 ATATGCAACTATATGATAATGACCCTACTGA
1 ATATGCAAC----T-AT-ATGACCCTACTGA
* ** *
3091 ATATTCAACTATATGGTCCTACGGA
1 ATATGCAACTATATGACCCTACTGA
3116 ATATGCAACTATATGACCCTACT-A
1 ATATGCAACTATATGACCCTACTGA
* *
3140 GATAT-CTATA-TGATTATGGCCTTACTGA
1 -ATATGC-A-ACT-A-TATGACCCTACTGA
*
3168 ATATGCAACTATATGATTATGGCCCTATTGA
1 ATATGCAACTATATG---A---CCCTACTGA
*
3199 ATATGCAACTATATGGCCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATGACCCTACTGA
*
3224 ATATGCAACTATATGATTATGGCCTTACTGA
1 ATATGCAACTATATG---A---CCCTACTGA
3255 ATATGCAACTATATGATTATACCCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATG-----A-CCCTACTGA
*
3286 ATATGCAACTATATGATTATGCCCCTACTGG
1 ATATGCAACTATATG---A---CCCTACTGA
3317 ATATGCAACTATATGACCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATGACCCTACTGA
* *
3342 ATATACAACTATATTACCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATGACCCTACTGA
3367 ATATGCAACTATATGACCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATGACCCTACTGA
*
3392 ATATGCAACTATACTGGCCCTACTGA
1 ATATGCAACTATA-TGACCCTACTGA
*
3418 ATATGCTAACTATATGGCCCTACTGA
1 ATATGC-AACTATATGACCCTACTGA
3444 ATATGCAACTATATGATTATGGCCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATG---A---CCCTACTGA
3475 ATATGCAACTATATGATTATGGCCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATG---A---CCCTACTGA
3506 ATATGCAACTATATGATTATGACCCTACTGA
1 ATATGCAAC----T-A-TATGACCCTACTGA
*
3537 ATATGCAACTATATGATTATGGCCTTACTGA
1 ATATGCAACTATATG---A---CCCTACTGA
*
3568 ATATGCAATTATATGATTATGACCCTACTGA
1 ATATGC-A--A-CT-A-TATGACCCTACTGA
*
3599 ATATGCAACTATATGGCCCCTACTGA
1 ATATGCAACTATAT-GACCCTACTGA
3625 ATATGCAACTATATGACCCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATGA-CCCTACTGA
3651 ATATGCAACTATATGATTATGGCCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATG---A---CCCTACTGA
3682 ATATGCAACTATATGATTATGGCCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATG---A---CCCTACTGA
3713 ATATGCAACTATATGATTATGTCCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATG---A---CCCTACTGA
3744 ATATGCAACTATATGATTATGGCCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATG---A---CCCTACTGA
*
3775 ATATGCAACTATATGGCCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATGACCCTACTGA
* * *
3800 ATATGTAACTATATGGCCGTACTGA
1 ATATGCAACTATATGACCCTACTGA
3825 ATATGCAACTATATGATTATGACCCTACTGA
1 ATATGCAAC----T-A-TATGACCCTACTGA
*
3856 ATATGCCACTATATGATTATGACCCTACTGA
1 ATATG-CA--A-CT-A-TATGACCCTACTGA
* *
3887 GTATGCAACTATATGGCCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATGACCCTACTGA
* * *
3912 ATATGTAACTACATGGCCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATGACCCTACTGA
*
3937 ATATGCAACTAGATG-CCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATGACCCTACTGA
*
3961 ATATGCAACTATATGATCCTACTGA
1 ATATGCAACTATATGACCCTACTGA
*
3986 ATAT-AAACTATATGA
1 ATATGCAACTATATGA
4001 TGCGCTACTT
Statistics
Matches: 893, Mismatches: 74, Indels: 163
0.79 0.07 0.14
Matches are distributed among these distances:
24 35 0.04
25 300 0.34
26 95 0.11
27 42 0.05
28 6 0.01
29 6 0.01
30 8 0.01
31 380 0.43
32 3 0.00
33 2 0.00
34 4 0.00
35 2 0.00
36 2 0.00
37 8 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.21, G:0.14, T:0.31
Consensus pattern (25 bp):
ATATGCAACTATATGACCCTACTGA
Found at i:3180 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 3145--3977 Score: 909
Period size: 31 Copynumber: 29.3 Consensus size: 31
3135 TACTAGATAT
*
3145 CTATATGATTATGGCCTTACTGAATATGCAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
*
3176 CTATATGATTATGGCCCTATTGAATATGCAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
3207 C----T-A-TATGGCCCTACTGAATATGCAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
*
3232 CTATATGATTATGGCCTTACTGAATATGCAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
**
3263 CTATATGATTATACCCCTACTGAATATGCAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
* *
3294 CTATATGATTATGCCCCTACTGGATATGCAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
*
3325 CTATATG---A---CCCTACTGAATATACAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
3350 C--TAT-ATTA---CCCTACTGAATATGCAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
3375 CTATATG---A---CCCTACTGAATATGCAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
*
3400 C--TAT-A--CTGGCCCTACTGAATATG---
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
3423 CTA-ACT-A-TATGGCCCTACTGAATATGCAA
1 CTATA-TGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
3452 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
3483 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
*
3514 CTATATGATTATGACCCTACTGAATATGCAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
*
3545 CTATATGATTATGGCCTTACTGAATATGCAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
* *
3576 TTATATGATTATGACCCTACTGAATATGCAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
*
3607 CTATATG-----GCCCCTACTGAATATGCAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
*
3633 CTATATG---A--CCCCTACTGAATATGCAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
3659 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
3690 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
*
3721 CTATATGATTATGTCCCTACTGAATATGCAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
3752 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
*
3783 C----T-A-TATGGCCCTACTGAATATGTAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
*
3808 C----T-A-TATGGCCGTACTGAATATGCAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
* *
3833 CTATATGATTATGACCCTACTGAATATGCCA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
* *
3864 CTATATGATTATGACCCTACTGAGTATGCAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
*
3895 C----T-A-TATGGCCCTACTGAATATGTAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
*
3920 C----T-A-CATGGCCCTACTGAATATGCAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
3945 C--TA-G---AT-GCCCTACTGAATATGCAA
1 CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
3969 CTATATGAT
1 CTATATGAT
3978 CCTACTGAAT
Statistics
Matches: 718, Mismatches: 38, Indels: 94
0.84 0.04 0.11
Matches are distributed among these distances:
23 7 0.01
24 20 0.03
25 167 0.23
26 86 0.12
27 7 0.01
28 1 0.00
29 7 0.01
30 4 0.01
31 419 0.58
ACGTcount: A:0.33, C:0.21, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (31 bp):
CTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAA
Found at i:3671 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 3652--3764 Score: 76
Period size: 16 Copynumber: 7.2 Consensus size: 16
3642 CCCTACTGAA
3652 TATGCAACTATATGAT
1 TATGCAACTATATGAT
* * *
3668 TATGGC-CCTA-CTGAA
1 TAT-GCAACTATATGAT
3683 TATGCAACTATATGAT
1 TATGCAACTATATGAT
* * *
3699 TATGGC-CCTA-CTGAA
1 TAT-GCAACTATATGAT
3714 TATGCAACTATATGAT
1 TATGCAACTATATGAT
* * *
3730 TATGTC-CCTA-CTGAA
1 TATG-CAACTATATGAT
3745 TATGCAACTATATGAT
1 TATGCAACTATATGAT
3761 TATG
1 TATG
3765 GCCCTACTGA
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 18, Indels: 18
0.66 0.17 0.17
Matches are distributed among these distances:
14 5 0.07
15 28 0.40
16 32 0.46
17 5 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (16 bp):
TATGCAACTATATGAT
Found at i:4019 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 3978--4051 Score: 121
Period size: 37 Copynumber: 2.0 Consensus size: 37
3968 ACTATATGAT
*
3978 CCTACTGAATATAAACTATATGATGCGCTACTTACTA
1 CCTACTAAATATAAACTATATGATGCGCTACTTACTA
* *
4015 CCTACTAAATATTAGCTATATGATGCGCTACTTACTA
1 CCTACTAAATATAAACTATATGATGCGCTACTTACTA
4052 TCCACGTTTG
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 34 1.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.22, G:0.11, T:0.34
Consensus pattern (37 bp):
CCTACTAAATATAAACTATATGATGCGCTACTTACTA
Found at i:4046 original size:137 final size:133
Alignment explanation
Indices: 3461--4001 Score: 523
Period size: 145 Copynumber: 3.8 Consensus size: 133
3451 ACTATATGAT
*
3461 TATGGCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTAT
1 TATGGCCCTACTGAATATGCAAC----T-A-CATGGCCCTACTGAATATGCAAC--TA-G---AT
* * * *
3526 GACCCTACTGAATATGCAACTATATGATTATGGCCTTACTGAATATGCAATTATATGATTATGAC
54 GGCCCTACTGAATATGCAACTATATG--TAT-ACC-TACTGAATATGAAACTATATGATTATGAC
*
3591 CCTACTGAATATGCAACTA
115 CCTACTAAATATGCAACTA
* *
3610 TATGGCCCCTACTGAATATGCAACTATATGACCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTATGGCC
1 TATGG-CCCTACTGAATATGCAACTACATG-GCCCTACTGAATATGCAAC--TA-G---ATGGCC
* * *
3675 CTACTGAATATGCAACTATATGATTATGGCCCTACTGAATATGCAACTATATGATTATGTCCCTA
58 CTACTGAATATGCAACTATATG--TAT--ACCTACTGAATATGAAACTATATGATTATGACCCTA
*
3740 CTGAATATGCAACTATATGA
119 CTAAATATGCAAC----T-A
* * * *
3760 TTATGGCCCTACTGAATATGCAACTATATGGCCCTACTGAATATGTAACTATATGGCCGTACTGA
1 -TATGGCCCTACTGAATATGCAACTACATGGCCCTACTGAATATGCAACTAGATGGCCCTACTGA
** * *
3825 ATATGCAACTATATGATTATGACCCTACTGAATATGCCACTATATGATTATGACCCTACTGAGTA
65 ATATGCAACTATATG--TAT-A-CCTACTGAATATGAAACTATATGATTATGACCCTACTAAATA
3890 TGCAACTA
126 TGCAACTA
*
3898 TATGGCCCTACTGAATATGTAACTACATGGCCCTACTGAATATGCAACTAGAT-GCCCTACTGAA
1 TATGGCCCTACTGAATATGCAACTACATGGCCCTACTGAATATGCAACTAGATGGCCCTACTGAA
3962 TATGCAACTATATG-AT-CCTACTGAATAT-AAACTATATGAT
66 TATGCAACTATATGTATACCTACTGAATATGAAACTATATGAT
4002 GCGCTACTTA
Statistics
Matches: 362, Mismatches: 20, Indels: 40
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
129 10 0.03
130 12 0.03
133 2 0.01
136 24 0.07
137 49 0.14
138 1 0.00
139 1 0.00
142 1 0.00
143 77 0.21
144 4 0.01
145 104 0.29
146 4 0.01
147 2 0.01
149 23 0.06
150 43 0.12
151 5 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.21, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (133 bp):
TATGGCCCTACTGAATATGCAACTACATGGCCCTACTGAATATGCAACTAGATGGCCCTACTGAA
TATGCAACTATATGTATACCTACTGAATATGAAACTATATGATTATGACCCTACTAAATATGCAA
CTA
Done.