Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014727.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14760, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.34
Found at i:944 original size:306 final size:304
Alignment explanation
Indices: 376--941 Score: 821
Period size: 306 Copynumber: 1.8 Consensus size: 304
366 CTCCAGCAAG
* *
376 ATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAAATAGTTTTTCAGATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAA
1 ATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAAATAGTTTTTCAAATTTTTATGAATTAATTTCTAATTAAA
* * * * *
441 TCAAAACAAAATTCATATTCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATGTAATGTGGCTGAAATTTGATTA
66 TCAAAACAAAATTCACATGCTCATAAAAATAAATCCTTAAATGCAATGCGGCTGAAATTTGATTA
* * * * *
506 GATGAATATAGATATTTCAACGAGTCTCGATACCAAAAATGATGCAAAACTAAGCCGGGCCCTCG
131 GATCAATATAGATATTTCAACGAGTCTC-ATACCAAAAATCATGAAAAACCAACCCGGGCCCTCG
**
571 AAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAA
195 AAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAATTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAA
636 TTGGCTAAAATACTCATTAAATCTATATAATTTAACGCCAAAAAT
260 TTGGCTAAAATACTCATTAAATCTATATAATTTAACGCCAAAAAT
681 ATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAAATAGTTTTTTCAAATTTTTATGAATTAATTTCTAATTAA
1 ATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAAATAG-TTTTTCAAATTTTTATGAATTAATTTCTAATTAA
* * * *
746 ATCAAAACAAGATTCACATGCTCATAAAAATAAATCCTTAAATGCAATGCGGTTGAGATTTGGTT
65 ATCAAAACAAAATTCACATGCTCATAAAAATAAATCCTTAAATGCAATGCGGCTGAAATTTGATT
* * * * *
811 AGATCAATATATATATTTCAAGGAGTCT-TTGCGCAAAAAATCATGAAAAACCGACCCGGGGCCC
130 AGATCAATATAGATATTTCAACGAGTCTCATAC-C-AAAAATCATGAAAAACCAACCC-GGGCCC
* * * *
875 T-GGAATGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGTGATAATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
192 TCGAAACGCGTTTTTAG-CAAAAAACCGTGATAATTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
939 AAA
256 AAA
942 TTGACCCGAA
Statistics
Matches: 229, Mismatches: 27, Indels: 8
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
304 2 0.01
305 31 0.14
306 143 0.62
307 53 0.23
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (304 bp):
ATTGGAGGACTTTTCACGCTTTTAAAATAGTTTTTCAAATTTTTATGAATTAATTTCTAATTAAA
TCAAAACAAAATTCACATGCTCATAAAAATAAATCCTTAAATGCAATGCGGCTGAAATTTGATTA
GATCAATATAGATATTTCAACGAGTCTCATACCAAAAATCATGAAAAACCAACCCGGGCCCTCGA
AACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAATTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAT
TGGCTAAAATACTCATTAAATCTATATAATTTAACGCCAAAAAT
Found at i:1346 original size:331 final size:336
Alignment explanation
Indices: 710--1573 Score: 1020
Period size: 334 Copynumber: 2.6 Consensus size: 336
700 TTTTAAAATA
* * * * * *
710 GTTTTTTCAAATTTTTAT--GAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCACATGCTCATAA
1 GTTTTTCCTAATTTTTATCAGAATTAATATCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAA
* * * * * * *
773 AAATAAATCCTTAAATGCAATGCGGTTGAGATTTGGTTAGATCAATATATATATTTCAAGGAGTC
66 AAACAAATTCTTAAATACAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
* * *
838 TTTG-CGCAAAAAATCATGAAAAACCGACCCGGGGCCCTGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAAACCG
131 -TTGACGCCAAAAATCATGCAAAACCGACCCGGGGCCCTGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAAACCG
* * * *
902 TGATAATTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATATTTCCTCAAT
195 TGATAATTAGTACACAATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGATATTTCCTCAAT
* * *
967 TTTTGGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTGAACATCAAAAAAATTG-AAGGGATTTTAAA
260 TTTTAGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACATCAAAAAAATTGAAAGGCATTTTAAA
1031 GCTTCTAATATT
325 GCTTCTAATATT
*
1043 GTTTTTCCT-ATTTTTATCAGAATTAAAATCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAA
1 GTTTTTCCTAATTTTTATCAGAATTAATATCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAA
* * *
1107 AAACAAATTTTTAAATCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
66 AAACAAATTCTTAAATACAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
* * ** * **
1172 TTGACACCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGTCCC-GAAATGCG-TTTTA-CCCGAAAACCGT
131 TTGACGCCAAAAATCATGCAAAACCGACCCGGGGCCCTGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGT
* * *
1234 GA-AGGTTAGTACACAATTTCGATTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGATTTTTCCTCAAT
196 GATA-ATTAGTACACAATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGATATTTCCTCAAT
* * * * * * * *
1298 TTTTAGCGAAAGTACTTATAAAAAATATATAATTCAACGTCAAAAAAATTGAAAGTCTTTTTCAC
260 TTTTAGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACATCAAAAAAATTGAAAGGCATTTTAAA
1363 GCTTCTAATATT
325 GCTTCTAATATT
* * * * *
1375 GTTTTTCCTAATTTATT-TCCA-AATTATTAT-TGATTAAATCGAAACAAGATTTAGATACTTGT
1 GTTTTTCCTAATTT-TTAT-CAGAATTAATATCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT
* * * *
1437 AAAAACAAATTCTTAAATACAATGTAGCTGAGATTTAGTTATATGAATATAGATATATTTTAAGG
64 AAAAACAAATTCTTAAATACAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAG--ATATTTCAAGG
* * * *
1502 AGTCTTAACGCCAAAAATCATGCGAAAA-TGACCCCGGGGCCC-CAGAATGCGTTTTTAGTC-AA
127 AGTCTTGACGCCAAAAATCATGC-AAAACCGA-CCCGGGGCCCTGA-AATGCGTTTTTAGCCAAA
1564 AAACCGTGAT
189 AAACCGTGAT
1574 TTTGACTAAC
Statistics
Matches: 451, Mismatches: 64, Indels: 27
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
330 1 0.00
331 110 0.24
332 116 0.26
333 29 0.06
334 161 0.36
335 12 0.03
336 6 0.01
337 15 0.03
338 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (336 bp):
GTTTTTCCTAATTTTTATCAGAATTAATATCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAA
AAACAAATTCTTAAATACAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
TTGACGCCAAAAATCATGCAAAACCGACCCGGGGCCCTGAAATGCGTTTTTAGCCAAAAAACCGT
GATAATTAGTACACAATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCAAAAGATATTTCCTCAATT
TTTAGCCAAAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACATCAAAAAAATTGAAAGGCATTTTAAAG
CTTCTAATATT
Found at i:1607 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 1567--1623 Score: 114
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 28
1557 TAGTCAAAAA
1567 CCGTGATTTTGACTAACGTACACGATTT
1 CCGTGATTTTGACTAACGTACACGATTT
1595 CCGTGATTTTGACTAACGTACACGATTT
1 CCGTGATTTTGACTAACGTACACGATTT
1623 C
1 C
1624 GGCACACAAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
28 29 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.23, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (28 bp):
CCGTGATTTTGACTAACGTACACGATTT
Found at i:3642 original size:663 final size:650
Alignment explanation
Indices: 2506--3958 Score: 1526
Period size: 663 Copynumber: 2.2 Consensus size: 650
2496 TTAGATTTCG
* * ** * * *
2506 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGGAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGC
1 GTTTCGATTTTATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAGAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAATGC
* * * * *
2571 CCTTCAATCTTTCTAACGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTACTGTGGCCAAAAATTGAGGAAA
66 CCTTCAATCTTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGGGGCCAAAAATTGAGGAAA
* * * *
2636 AATCCTTCGGGTCAATTTTTTCAAAATTTTAACCGAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTTTT
131 AATCCTTCGGGTCAAGTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCATGTACTAACCATCACGA-GTGTTT
* * * * * * * **
2701 TGCTAAAAACGCGTTTCGAGACCCCGAGTAAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCTAAGACTCCTTGA
195 AGCTAAAAACACGTTTAGAGACCACGACTAAGTTTTGAATGATGTTTGGACCTAAGACTCCTTGA
* * * *
2766 AATATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGAAT
260 AATATATATATTTATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTAAAAGATTTGTTTTTACGAGAAT
* ** * ** *
2831 CAGAATCTTGTTTCGATTTTATTTGAAATTAATTAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTG
325 CAGAAACCGGTTTCGATTTTAATCAAAATTAATTAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTC
* * ** ** * * * * *
2896 AATTGTCTTTCAATCCTTTTGGTGTTGGATTATATGTTTTTTATGAGTATAGTGGCCAAAAATTT
390 AATAGCCCATCAATCCTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATAAGTACAATGGCCAAAAA--T
* * * * *
2961 TTCAAAAAAAATTTTCGGGTCAATTTTTTGCAAAATTTTAGCTGACATCGTGTGCTATCCATCAT
453 TTCAAAAAAAATTTTCGGGTCAA-TTTTTACAAAATTTTAACCGAAATC--ATG-TA---ATCA-
* * ** * *
3026 GGTTTTTTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCAAGTTCCCGGCTCAGTTTTGTATCATTTTTTGCGCC
510 CG---ATTTTTT-GCTAAAAACGCATTCCAAGACCCCGGCTAAGTTTTGCATCATTTTTTGCGCC
* * * * * *
3091 CAGACTCCTTGAAATATCTATATTCCTCTAGCCAAATCTAAGCCAC-A-TAAGGATTT-ATTTTA
571 AAGACTCCTTAAAATATCAATATTCATCTAACCAAATC-AACCCACGATTAAGGATTTGATTTTA
**
3153 TGAGCATCAAAATCTT
635 CAAGCATCAAAATCTT
*
3169 GTTTCGATTTTATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAGAGGAAAAACGATATTAGAATCGTGAAATGC
1 GTTTCGATTTTATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAGAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAATGC
*
3234 CCTACAATCTTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTTACGAGTATTGGGGCCAAAAATTGAGGAA
66 CCTTCAATCTTTTTAGCGTTGAATTATATA-TTTTTTACGAGTATTGGGGCCAAAAATTGAGGAA
* ** ** * * * * *
3299 AACTTTTTTTGGTC-AGTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGT-GTACCCATCACG-GTGTTT
130 AAATCCTTCGGGTCAAGTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCATGTACTAACCATCACGAGTGTTT
* * * *
3361 AGTTAAAACCACGTTCTAG-GGCCATGACTAAGTTTTGAATGATGTTTGGAACCT-AGACTCCTT
195 AGCTAAAAACACGTT-TAGAGACCACGACTAAGTTTTGAATGATGTTTGG-ACCTAAGACTCCTT
* * * *
3424 GAAATATATATTTTTTTTATCAAATCAAATCTCAGCCATATTGGATTAAAATATTT-TTTTTACG
258 GAAATATATA---TATTTATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTAAAAGATTTGTTTTTACG
* * * * *
3488 AGCATCAGAAACCGGTTTCGA-TTTAATCAAAGATTAATTCAGAGGAAATATGAAAAATGATATT
320 AGAATCAGAAACCGGTTTCGATTTTAATCAAA-ATTAATT-A-A-AAAAAAGGAAAAACGATATT
*
3552 AGAAGCGTCCAA-AGCCCATCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATAAGTACAATGG
381 AGAAGCGT-CAATAGCCCATCAATCCTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATAAGTACAATGG
* **
3616 CCAAAAA-TTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATCATGTAATC
445 CCAAAAATTTCAAAAAAAAT-TTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATCATGTAATC
* * * * * *
3680 ACGATTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGAGACCCCGGCTAAGTTTTGCATGATTTTTTGCGCTAAT
509 ACGATTTTTTGCTAAAAACGCATTCCAAGACCCCGGCTAAGTTTTGCATCATTTTTTGCGCCAAG
* *
3745 ATTCCTTAAAATATCAATATTCATCTAACCAAATCCACCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTT
574 ACTCCTTAAAATATCAATATTCATCTAACCAAATCAACCCAC----GA-TTAAGGATTTGATTTT
*
3810 ACAAGCATCAGAATCTT
634 ACAAGCATCAAAATCTT
* *
3827 ATTTCAATTTTATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAGAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAATGC
1 GTTTCGATTTTATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAGAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAATGC
* * * * *
3892 CCTTCAATCTTTTTAGCATTGAATTATATATTTTTTCCGAGTATTAGGGCCCAAAATTGAGTAAA
66 CCTTCAATCTTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGGGGCCAAAAATTGAGGAAA
3957 AA
131 AA
3959 ATATTCTGGT
Statistics
Matches: 656, Mismatches: 114, Indels: 46
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
650 5 0.01
651 74 0.11
652 6 0.01
655 2 0.00
656 4 0.01
657 41 0.06
658 109 0.17
659 2 0.00
660 59 0.09
661 11 0.02
662 72 0.11
663 157 0.24
664 41 0.06
665 71 0.11
666 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (650 bp):
GTTTCGATTTTATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAGAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAATGC
CCTTCAATCTTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGGGGCCAAAAATTGAGGAAA
AATCCTTCGGGTCAAGTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCATGTACTAACCATCACGAGTGTTTA
GCTAAAAACACGTTTAGAGACCACGACTAAGTTTTGAATGATGTTTGGACCTAAGACTCCTTGAA
ATATATATATTTATCAAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTAAAAGATTTGTTTTTACGAGAATC
AGAAACCGGTTTCGATTTTAATCAAAATTAATTAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTCA
ATAGCCCATCAATCCTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATAAGTACAATGGCCAAAAATTTC
AAAAAAAATTTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATCATGTAATCACGATTTTTTGC
TAAAAACGCATTCCAAGACCCCGGCTAAGTTTTGCATCATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTAAAAT
ATCAATATTCATCTAACCAAATCAACCCACGATTAAGGATTTGATTTTACAAGCATCAAAATCTT
Found at i:5511 original size:333 final size:329
Alignment explanation
Indices: 4441--6032 Score: 2276
Period size: 336 Copynumber: 4.8 Consensus size: 329
4431 TCAGCCACAT
* *
4441 TCAATTTTTTGCCACAATAATCGTATAAAATATAAAACTCAACGTCAAAAAGATTTTAGGGCCTT
1 TCAATTTTTTGCCACAATAATCGTATAAAATATATAACTCAACGTCAAAAGGATTTTAGGGCCTT
* * * * * *
4506 TCACGCTTATAATACCATTTTCCCAATTTTTTCTGAATTAAAATTTTATTTAAATCAGAAAAAGA
66 TCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAATTTTTTCTGAATTAAAATTCTAATTAAATCGGAAAAAGA
* * * * * *
4571 TTCTGATGCTCGTAAAAATAAATCCTCAAATCCAATGTGGCTAAGATTTTGTTAGATGAATATAG
131 TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCGATAGATGAATACAG
** * * *
4636 ATATTTTAATGAGTCTTGACGTGAAAAATCATGCAAAACTGATCCGAGACCCCAGAACGCGTTTT
196 ATATTTTAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCG-GGCCCCGGAACGCGTTTT
* * * *
4701 TAGCTAAAAACCGTG-A--TGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGTAAAAATTGACCCGAAAATT
260 TAGCCAAAAA-CGTGAACGTGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTT
4763 TTGCGC
324 TTGCGC
* *
4769 TCAATTTTTTGCCACAATAATCCTATAAAATATATAACTCAACGTCAAAAGGATTTTATGGCCTT
1 TCAATTTTTTGCCACAATAATCGTATAAAATATATAACTCAACGTCAAAAGGATTTTAGGGCCTT
*
4834 TCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAA-TTTTTCTGAATTAAAATTCTAATTAAATTGGAAAAAGA
66 TCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAATTTTTTCTGAATTAAAATTCTAATTAAATCGGAAAAAGA
*
4898 TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCGATAGATGAATACAT
131 TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCGATAGATGAATACAG
* * *
4963 ATATTTTAATGAGTCTTGATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGAGTTTT
196 ATATTTTAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCC-GGGCCCCGGAACGCGTTTT
*
5028 TAGCCAAAAAC-----CGTG-A-TCGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTT
260 TAGCCAAAAACGTGAACGTGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTT
*
5086 TGCAC
325 TGCGC
* *
5091 TCCATTTTTTGCCACAGTAATC-TCATAAAATATATAACTCAACGTCAAAAGGATTTTAGGGCCT
1 TCAATTTTTTGCCACAATAATCGT-ATAAAATATATAACTCAACGTCAAAAGGATTTTAGGGCCT
5155 TTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAATATTTTTCTGAATTAAAATTCTAATTAAATCGGAAAAA
65 TTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAAT-TTTTTCTGAATTAAAATTCTAATTAAATCGGAAAAA
*
5220 GATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTCGATAGATGAATAC
129 GATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCGATAGATGAATAC
* * *
5285 ATATATTTTAATAAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGCCCCGGAACGCGTTT
194 AGATATTTTAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGCCCCGGAACGCGTTT
* *
5350 TTAGCCAAAAACTGTGAACGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAACTTTGCAAAAATTGACCCGAAA
259 TTAGCCAAAAAC-GTGAACG-T-GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA
5415 GTTTTGCGC
321 GTTTTGCGC
* * * *
5424 TCAATTTTTTTCCACAATAATCGTATAAAATATATAACTCAACTTCAAAAAGATTTTAGGGCCCT
1 TCAATTTTTTGCCACAATAATCGTATAAAATATATAACTCAACGTCAAAAGGATTTTAGGGCCTT
* *
5489 TCACGCTTCTAATATAATTTTTCCAATTTTTTCTTAATTAAAATTCTAATTAAATCGGAAAAAGA
66 TCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAATTTTTTCTGAATTAAAATTCTAATTAAATCGGAAAAAGA
* ** * *
5554 TTATGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTTAAGGTGGCTGAGATTTCGATAAATGAATACAG
131 TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCGATAGATGAATACAG
*
5619 ATATTTTAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACACGTTTT
196 ATATTTTAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCC-GGGCCCCGGAACGCGTTTT
**
5684 TAGCCAAAAAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGA
260 TAGCC----AAAAACGTGAACG-T-GTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGA
5749 AAGTTTTGCGC
319 AAGTTTTGCGC
* * * *
5760 TCCATTTTTTGCCACAATAATCTTATAAAATATATAACTCACCGTCAAAAGGATTTTATGGCCTT
1 TCAATTTTTTGCCACAATAATCGTATAAAATATATAACTCAACGTCAAAAGGATTTTAGGGCCTT
* * * * * * *
5825 TCACGCTTCTAATATCAATTTTCGAATTTTTTCTTAATTAAGATTTTATTTAAATCAGAAAAAGA
66 TCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAATTTTTTCTGAATTAAAATTCTAATTAAATCGGAAAAAGA
* * * *
5890 TTCTGATGCTCGTAAAAACAAGTCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTTGTTAGAAGAATACAG
131 TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCGATAGATGAATACAG
* * * * *
5955 ATACTTTCATGAGTCTTGACG-TAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGCCCCGGAACACGTTTTT
196 ATATTTTAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGCCCCGGAACGCGTTTTT
6019 AG-CAAAAACCGTGA
261 AGCCAAAAA-CGTGA
6033 TTGTTA
Statistics
Matches: 1147, Mismatches: 94, Indels: 44
0.89 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
321 1 0.00
322 128 0.11
323 29 0.03
324 145 0.13
326 1 0.00
327 157 0.14
328 85 0.07
329 7 0.01
330 6 0.01
331 1 0.00
332 140 0.12
333 150 0.13
334 23 0.02
335 21 0.02
336 247 0.22
337 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (329 bp):
TCAATTTTTTGCCACAATAATCGTATAAAATATATAACTCAACGTCAAAAGGATTTTAGGGCCTT
TCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAATTTTTTCTGAATTAAAATTCTAATTAAATCGGAAAAAGA
TTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCGATAGATGAATACAG
ATATTTTAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGCCCCGGAACGCGTTTTT
AGCCAAAAACGTGAACGTGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGTTTT
GCGC
Done.