Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014728.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14761, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 991
Length: 1653
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.16, T:0.33
Found at i:1220 original size:333 final size:333
Alignment explanation
Indices: 240--1651 Score: 1888
Period size: 334 Copynumber: 4.2 Consensus size: 333
230 AACGTGATGG
* *** * *
240 TTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCTAATTTTTTCTAAATTAAAATTCTAATCGTATTGGAAAAC
1 TTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAATTTTTTCTAAATTAAAATTCTAATTAAATCGGAAAAA
* * * *
305 GATTTTGATGCTCGTAAAAA-AAATTCTTAAATCCATTGTAGCTGAGATTTCGATAGATGAATAC
66 GATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCGATAGATGAATAC
369 AGATATTTTAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAACGCGTTT
131 AGATATTTTAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAACGCGTTT
* * * *
434 TGAGCC-AAAAATCGTGATGGTTAGTACACTATTTCGGCTAAAATTTTGCTAAAATTGACCCGAA
196 TGAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGACCCGAA
* *
498 ACTTTTGCGCTCAATTTTTTTCCACAATAATCGTATAAAATATATAACTCAATGTCAAAAAGATT
261 ACTTTTGCGCTCAATTTTTTGCCACAATAATCGTATAAAATATATAACTCAACGTCAAAAAGATT
*
563 TTAGGGCT
326 TTAGGGCC
* * * * ** * *
571 TTTAACGCGTCTAATATCATTTTTCCAAGTTTTTCTAAAATCGAATTCTAATCATA-CTGGAAAA
1 TTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAATTTTTTCTAAATTAAAATTCTAATTAAATC-GGAAAA
* * * *
635 CGATTCTGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCGATTGATGGATA
65 AGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCGATAGATGAATA
* * *
700 CAGATATTTTAATGAGTCTTGACGGAAAAAAATCATGCAAAACTTAGTC-GGGCCCCGAAACGCG
130 CAGATATTTTAATGAGTCTTGAC-GCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCG-AACGCG
*
764 TTTTGAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCC
193 TTTTGAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGACCC
829 GAAACTTTTGCGCTCAATTTTTTGCCACAATAATCGTATAAAATATATAACTCAACGTCAAAAAG
258 GAAACTTTTGCGCTCAATTTTTTGCCACAATAATCGTATAAAATATATAACTCAACGTCAAAAAG
*
894 ATTTTAGAGCC
323 ATTTTAGGGCC
*
905 TTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAATTTTTTCTGAATTAAAATTCTAATTAAATCGGAAAAA
1 TTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAATTTTTTCTAAATTAAAATTCTAATTAAATCGGAAAAA
* * * * * *
970 GATTCTGATGCTAGTAAAAACAAATCCTT-AATGCCAATATGGCTGAGTTTTTGCTAGGTGAATA
66 GATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT-CCAATGTGGCTGAGATTTCGATAGATGAATA
* * * * * * ** *
1034 CATATATTTTAATGTGTCTTGACGTAAAAAATCATGTATAACTGAGCCAGGGCCATTGATCGCGT
130 CAGATATTTTAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCC-CCGAACGCGT
* * *
1099 TTTTAGTC-AAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGACCCG
194 TTTGAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGACCCG
** * *
1163 AATGTTTTGCGCTCAATTTTTTTCCACAATAATCGTATAAAATATATAACTCAACGTCAAAAATA
259 AAACTTTTGCGCTCAATTTTTTGCCACAATAATCGTATAAAATATATAACTCAACGTCAAAAAGA
1228 TTTTAGGGCC
324 TTTTAGGGCC
* * * *
1238 TTTCACGCTGCTAATATCATTTTTCCAATTTTTTTCTGAACTAAAATACTAATTAAATCGGAAAA
1 TTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAA-TTTTTTCTAAATTAAAATTCTAATTAAATCGGAAAA
* ** * * *
1303 AGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATTTAAGGTGGCTGAGATTTCGATAAATGAATC
65 AGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCGATAGATGAATA
* *
1368 CGGATATTTTAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGT
130 CAGATATTTTAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCC-GAACGCGT
* * *
1433 TTTTAGCCAAAAAAGCAAACGTGATGGTTAGTACCCGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAAATG
194 TTTGAGCCAAAAAA-C---CGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATA-G
* * * *
1498 ACCTGAAAGTTTTGCGCTCAATTTTTTGCAACAATAATCGTATAAAATATAAAACTCAACGTCAA
254 ACCCGAAACTTTTGCGCTCAATTTTTTGCCACAATAATCGTATAAAATATATAACTCAACGTCAA
1563 AAAGATTTTAGGG--
319 AAAGATTTTAGGGCC
* * * * ** * *
1576 -TTCACCCTTCTAATATTATTTTTCCAATTTTTTCTTACTTCGAATTCTAATTAACTTGGAAAAA
1 TTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAATTTTTTCTAAATTAAAATTCTAATTAAATCGGAAAAA
*
1640 AATTCTGATGCT
66 GATTCTGATGCT
1652 TG
Statistics
Matches: 952, Mismatches: 111, Indels: 31
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
331 73 0.08
332 69 0.07
333 211 0.22
334 410 0.43
335 9 0.01
336 41 0.04
337 24 0.03
339 42 0.04
340 73 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (333 bp):
TTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAATTTTTTCTAAATTAAAATTCTAATTAAATCGGAAAAA
GATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCGATAGATGAATAC
AGATATTTTAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAACGCGTTT
TGAGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGACCCGAA
ACTTTTGCGCTCAATTTTTTGCCACAATAATCGTATAAAATATATAACTCAACGTCAAAAAGATT
TTAGGGCC
Found at i:1403 original size:667 final size:666
Alignment explanation
Indices: 238--1651 Score: 1980
Period size: 667 Copynumber: 2.1 Consensus size: 666
228 AAAACGTGAT
* ***
238 GGTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCTAATTTTTTCTAAATTAAAATTCTAATCGTATTGGAAA
1 GGTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAATTTTTTCTAAATTAAAATTCTAATTAAATTGGAAA
* * * * * *
303 ACGATTTTGATGCTCGTAAAAAAAATTCTTAAATCCATTGTAGCTGAGATTTCGATAGATGAATA
66 AAGATTCTGATGCTAGTAAAAAAAATCCTTAAATCCAATATAGCTGAGATTTCGATAGATGAATA
*
368 CAGATATTTTAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAACGCGTT
131 CAGATATTTTAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCAGGGCCCCGAACGCGTT
* * * *
433 TTGAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACTATTTCGGCTAAAATTTTGCTAAAATTGACCCGAA
196 TTGAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGACCCGAA
*
498 ACTTTTGCGCTCAATTTTTTTCCACAATAATCGTATAAAATATATAACTCAATGTCAAAAAGATT
261 ACTTTTGCGCTCAATTTTTTTCCACAATAATCGTATAAAATATATAACTCAACGTCAAAAAGATT
* ** * *
563 TTAGGGCTTTTAACGCGTCTAATATCATTTTTCCAAGTTTTTCTAAAATCGAATTCTAATCATAC
326 TTAGGGCCTTTAACGCGTCTAATATCATTTTTCCAAGTTTTTCTAAAATAAAATACTAATCAAAC
* * * * **
628 TGGAAAACGATTCTGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTCGATTG
391 TGGAAAAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAAGGTGGCTGAGATTTCGATAA
* *
693 ATGGATACAGATATTTTAATGAGTCTTGACGGAAAAAAATCATGCAAAACTTAGTC-GGGCCCCG
456 ATGAATACAGATATTTTAATGAGTCTTGACGGAAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCG
757 AAACGCGTTTTGAGCCAAAAAA-C-CGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AA
521 AAACGCGTTTTGAGCCAAAAAAGCACGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
* * *
819 AAATTGACCCGAAACTTTTGCGCTCAATTTTTTGCCACAATAATCGTATAAAATATATAACTCAA
586 AAAATGACCCGAAACTTTTGCGCTCAATTTTTTGCAACAATAATCGTATAAAATATAAAACTCAA
884 CGTCAAAAAGATTTTA
651 CGTCAAAAAGATTTTA
* *
900 GAGCCTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAATTTTTTCTGAATTAAAATTCTAATTAAATCGG
1 G-G--TTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAATTTTTTCTAAATTAAAATTCTAATTAAATTGG
* * * * *
965 AAAAAGATTCTGATGCTAGTAAAAACAAATCCTT-AATGCCAATATGGCTGAGTTTTTGCTAGGT
63 AAAAAGATTCTGATGCTAGTAAAAA-AAATCCTTAAAT-CCAATATAGCTGAGATTTCGATAGAT
* * * * * ** *
1029 GAATACATATATTTTAATGTGTCTTGACGTAAAAAATCATGTATAACTGAGCCAGGGCCATTGAT
126 GAATACAGATATTTTAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCAGGGCC-CCGAA
* * *
1094 CGCGTTTTTAGTCAAATACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGA
190 CGCGTTTTGAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGA
**
1159 CCCGAATGTTTTGCGCTCAATTTTTTTCCACAATAATCGTATAAAATATATAACTCAACGTCAAA
255 CCCGAAACTTTTGCGCTCAATTTTTTTCCACAATAATCGTATAAAATATATAACTCAACGTCAAA
* * * * *
1224 AATATTTTAGGGCCTTTCACGC-TGCTAATATCATTTTTCCAATTTTTTTCTGAACTAAAATACT
320 AAGATTTTAGGGCCTTTAACGCGT-CTAATATCATTTTTCCAA-GTTTTTCTAAAATAAAATACT
* **
1288 AATTAAA-TCGGAAAAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATTTAAGGTGGCTGAGA
383 AATCAAACT-GGAAAAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAAGGTGGCTGAGA
* * *
1352 TTTCGATAAATGAATCCGGATATTTTAATGAGTCTTGAC-GCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTC
447 TTTCGATAAATGAATACAGATATTTTAATGAGTCTTGACGGAAAAAAATCATGCAAAACTGAGTC
* * *
1416 GGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAGCAAACGTGATGGTTAGTACCCGATTTCGGCTAA
512 GGGGCCCCGAAACGCGTTTTGAGCCAAAAAAGC--ACGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAA
* *
1481 AATTTTGCAAAAAAATGACCTGAAAGTTTTGCGCTCAATTTTTTGCAACAATAATCGTATAAAAT
575 AATTTTGCAAAAAAATGACCCGAAACTTTTGCGCTCAATTTTTTGCAACAATAATCGTATAAAAT
1546 ATAAAACTCAACGTCAAAAAGATTTTA
640 ATAAAACTCAACGTCAAAAAGATTTTA
* * * * * ** *
1573 GGGTTCACCCTTCTAATATTATTTTTCCAATTTTTTCTTACTTCGAATTCTAATTAACTTGGAAA
1 GGTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAATTTTTTCTAAATTAAAATTCTAATTAAATTGGAAA
*
1638 AAAATTCTGATGCT
66 AAGATTCTGATGCT
1652 TG
Statistics
Matches: 659, Mismatches: 78, Indels: 22
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
662 1 0.00
663 1 0.00
665 79 0.12
666 80 0.12
667 183 0.28
668 131 0.20
669 1 0.00
670 67 0.10
672 37 0.06
673 79 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (666 bp):
GGTTTCACGCTTCTAATATCATTTTTCCAATTTTTTCTAAATTAAAATTCTAATTAAATTGGAAA
AAGATTCTGATGCTAGTAAAAAAAATCCTTAAATCCAATATAGCTGAGATTTCGATAGATGAATA
CAGATATTTTAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCAGGGCCCCGAACGCGTT
TTGAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATAGACCCGAA
ACTTTTGCGCTCAATTTTTTTCCACAATAATCGTATAAAATATATAACTCAACGTCAAAAAGATT
TTAGGGCCTTTAACGCGTCTAATATCATTTTTCCAAGTTTTTCTAAAATAAAATACTAATCAAAC
TGGAAAAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCATTAAATCCAAGGTGGCTGAGATTTCGATAA
ATGAATACAGATATTTTAATGAGTCTTGACGGAAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCG
AAACGCGTTTTGAGCCAAAAAAGCACGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
AAAATGACCCGAAACTTTTGCGCTCAATTTTTTGCAACAATAATCGTATAAAATATAAAACTCAA
CGTCAAAAAGATTTTA
Done.