Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014737.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14770, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:626 original size:332 final size:330
Alignment explanation
Indices: 74--2452 Score: 2047
Period size: 332 Copynumber: 7.3 Consensus size: 330
64 TGATCCGAAA
* *
74 CAATTTTTGGCCACTATACT--TATAAAAATATATAATTCAAC-GCAAAAAGATTGACAGGCATT
1 CAATTTTTGGCCACTATACTCGTA-AAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAAGGCATT
* * * * * *
136 TCACGTTTCTAATATCGTTTTTCC-TACATTTTTGAATTGATTTATAATAAAATCGAAAAAAGAT
65 TCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTTTC-TTTTTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGAT
* * *
200 T-TTATTGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAG
129 TCTGA-TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAG
* * * * *
264 ATATTTAAAGGAGTCTTAGCGCCGAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTATTGGAACACATTTT
193 ATATTTCAAGGAGTCTTAGC-CCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCTCGGAACACGTTTT
* *
329 TAGTC-AAAAACCGTGATGGATAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA
257 TAG-CAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAA
*
393 AAATTTCCCT
321 AAATTTTCCT
* *
403 CAATTTTTGGCCACTATACTCGTAAAAAATATATATTTCAACACCAAAACGATTGAAAGGCATTT
1 CAATTTTTGGCCACTATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAAGGCATTT
* * * * *
468 CACGCTTCTATTATCATTTTTCTTATTCTTTTTGAATTCATTTCTAATAAAATTGAAATAAGATT
66 CACGCTTCTAATATCATTTTTCCT-TTCTTTTTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATT
* * * ** *
533 CTGATGCTCTTTAAAACAAATCCTTAAATCTAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGTGTATATAT
130 CTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGAT
* * * * * *
598 ATTTCAATGAGTTTTAGCGGCAAAAATCATGCATAACTGAGCCGGGGTCTCGAAACATGTTTTTA
195 ATTTCAAGGAGTCTTAGC-CCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCTCGGAACACGTTTTTA
* * *
663 GCAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGTTAAAATTTTGCAAAAATTAACCC-AAAATT
259 GCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAA--
**
727 TTTTTTTCCT
322 -AATTTTCCT
* * * * * *** *
737 TAA-TTTTAGCCACAATACTCATAAAAAAAATATAATTCATTGCCAAAAAGATTGAAGGGC-TTC
1 CAATTTTTGGCCACTATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAAGGCATT-
* * * * * ** *
800 ACACGCTTCTAATATCGTTTTT-CTTTTTTTTTCGAATTAATTTCAAATTAAATCGAAACCGGTT
65 TCACGCTTCTAATATCATTTTTCCTTTCTTTTT-GAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGAT
* ** * * *
864 TCTGATGCTCGTAAAAA-AATAT--TTAAATCCAACGTGTTTGAGATTTAGTTATATGAAAATAG
129 TCTGATGCTCGTAAAAACAA-ATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAG
* * * ** ** * * *
926 ATATTTCAAGGAGTC-TACACGCCAAAAATAATTCAAAACTGAATCATGGCCCCAGAACACGTTT
193 ATATTTCAAGGAGTCTTA-GC-CCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCTCGGAACACGTTT
* * *
990 TTAGCCAAAAACCATGATGGTTAGTAACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAATTGACCCGAA
256 TTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGT-ACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAA
* * *
1054 ATAGTTTTACT
320 AAAATTTTCCT
* * * * * *
1065 CAATTTTTGGCCCCGATACTCGTAAAAAA-ATATAATTCAACACAAAAAATATT-CAAGGATATT
1 CAATTTTTGGCCACTATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAAGG-CATT
* * * * * *
1128 TCACGCTTC-AATTGTCGTTTTTTCGTTTCTTTTCTGAATTAATTTCTAACAAAATCAAAACTAG
65 TCACGCTTCTAA-TATC-ATTTTTCCTTTCTTTT-TGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAG
* * * * * *
1192 ATTCTGATTCTCGTAAAAATAAATCCATAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGCTAGATGAATATA
127 ATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATA
* * * * *
1257 GATATTTCAAGGAGTCCTGGTCCCAAAAATCATACAAAACTGAGCCTGGATCAT-GGAA-AGCGT
192 GATATTTCAAGGAGTCTTAG-CCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTC-TCGGAACA-CGT
* * * * * * * *
1320 TTTTAGCCAAAACCCGTAATGG---GTACATGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGAACTGA
254 TTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGA
* *
1382 AAATATTTTCTT
319 AAAAATTTTCCT
* ** *
1394 CAATTTTTGGCCACTATACTTGTAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGAAAGGCATTT
1 CAATTTTTGGCCACTATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAAGGCATTT
* * * *
1459 CACGCTTCTAATATGA-TTTTCC--TATTTTTGAATTAATTTATAATAAAATCGAAACAAAATTC
66 CACGCTTCTAATATCATTTTTCCTTTCTTTTTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTC
* * * *
1521 TGATGCTCGTTAAAACAAATCCATAAAT-CAAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGGACATAGAT
131 TGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAA-GTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGAT
* * * * *
1585 ATTTCCAGGAGCCTTAGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCTCGAAACGCGTTTTTA
195 ATTTCAAGGAGTCTTAGC-CCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCTCGGAACACGTTTTTA
* * *
1650 GCAAAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTTACCCGAAAG
259 GC--AAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAA
*
1715 ACTTTTCCT
322 AATTTTCCT
* * * ** * * *
1724 CAATTTATGGACACAATACTTATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAATATTGAAGGGCTTTT
1 CAATTTTTGGCCACTATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAAGGCATTT
* ** * *** * *
1789 CACGCTTGTAATATTGTTTTTCCTAT-TTTTT---CCGA--T-T--T-AAATCGAAAAAAGATTA
66 CACGCTTCTAATATCATTTTTCCTTTCTTTTTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTC
*
1844 AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT-AAT------T--C--A-ATTTGGTTAGATGAATATAGATA
131 TGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATA
* * * * *
1897 TTTCAAGGAGTTTTGGCGCAAAAGAATCATGC-AAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCAC-TTTT
196 TTTCAAGGAGTCTTAGC-CCAAA-AATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCTCGGAA--CACGTTTT
* * * * * * * * ** * *
1960 TATCTAATAACCATTATAGTTAATACACGATATCAATTAAAATTTT-TAAAAATTGACCCG-AAT
257 TAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAA
** *
2023 GTTTATTGCT
322 AATT-TTCCT
* * * *
2033 CAA-TTTTGGCC-CTAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACACTAAAAATATTGAAGGGTATT
1 CAATTTTTGGCCACT-ATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAAGGCATT
* * * *
2096 TCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTCTT-TTTTTCCGAATTAATTTTTTATAAAATTGAAACAAG
65 TCACGCTTCTAATATCATTTTTCCT-TTCTTTTT--GAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAG
* * * * *
2160 ATTTTGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATA-TGGCTGAGATTTTGTAAGAAGAATAT
127 ATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA-AGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * * * * *
2224 TGATATTTTAAGGAGTCTTAGCGCAAAAAAACATGCAAAACAT-AGCCGGGGT-TTGGAAACGCG
191 AGATATTTCAAGGAGTCTTAGC-CCAAAAATCATGCAAAAC-TGAGCCGGGGTCTCGG-AACACG
* * ** * *
2287 TTTTTAGCAAAAAAAAACGTGATGATTAGTACATTATATCGGTTAAAATTTTGTAAAAATTGACC
253 TTTTTAGC--AAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACC
* *
2352 CG-AAAGATATATCCT
316 CGAAAAAAT-TTTCCT
** * * **
2367 CAATTTTTGGCCAC-AGTACTTATAAAAAATACATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGC-TT
1 CAATTTTTGGCCACTA-TACTCGTAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAAGGCATT
*
2430 TGGACGCTTCTAATATCATTTTT
65 T-CACGCTTCTAATATCATTTTT
2453 TCTATTTCCT
Statistics
Matches: 1643, Mismatches: 320, Indels: 168
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
307 1 0.00
308 77 0.05
309 25 0.02
310 32 0.02
311 56 0.03
312 16 0.01
313 2 0.00
314 2 0.00
316 2 0.00
317 1 0.00
319 1 0.00
320 36 0.02
321 3 0.00
322 3 0.00
323 35 0.02
324 6 0.00
325 133 0.08
326 6 0.00
327 18 0.01
328 65 0.04
329 98 0.06
330 322 0.20
331 112 0.07
332 385 0.23
333 104 0.06
334 36 0.02
335 65 0.04
336 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (330 bp):
CAATTTTTGGCCACTATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTGAAAGGCATTT
CACGCTTCTAATATCATTTTTCCTTTCTTTTTGAATTAATTTCTAATAAAATCGAAACAAGATTC
TGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATA
TTTCAAGGAGTCTTAGCCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCTCGGAACACGTTTTTAGC
AAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAAAATT
TTCCT
Found at i:3095 original size:333 final size:331
Alignment explanation
Indices: 2515--3336 Score: 1266
Period size: 333 Copynumber: 2.5 Consensus size: 331
2505 TCAGCCACAT
* * * ** *** * *
2515 TGTACTAACCATAACGGTTTTTGGCTAAAAACTCGTTCCGGGGCCACGGCTCAGTTTTGCATGAT
1 TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGATCCATGGCTTTGGCTCAGTTATACATGAT
* * ** * * *
2580 TTTTTTGCGTCAAGACTCATTAAAATATTTGTATTCATTTATC-GAATCTCAGCCACATT-G---
66 TTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATATGTATTCACCTAACAAAATCTCAGCCATATTGGATT
2640 --GATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAATTAGAATTTTAATTCAGAAAAAT
131 AAGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAATTAGAATTTTAATTCAGAAAAAT
*
2703 TGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAAAATTTTTTTGACGTTGACTTATATATTTTA
196 TGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAAAATATTTTTGACGTTGACTTATATATTTTA
* * *
2768 TACGATTATTGTGGAAAAAAAATGAGCGCAAAACATTCGGGTCTA-TTTTTGTAAAATTTTAGCC
261 TACGATTATTGTGGAAAAAAAATGAGCGCAAAACATTAGGATC-AGTTTTTGCAAAATTTTAGCC
2832 GAAATCG
325 GAAATCG
* *
2839 TGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAACACGCGATCCATGGCTTTGGCTCAGTTATACATGAT
1 TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGATCCATGGCTTTGGCTCAGTTATACATGAT
*
2904 TTTTTTACG-CAGGACTCATTAAAATATATGTATTCACCTAACAAAATCTCAGCCATATTGGAAT
66 TTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATATGTATTCACCTAACAAAATCTCAGCCATATTGG-AT
2968 TAAGTATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAATTAGAATTTTAATTCAGAAAA
130 TAAG-ATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAATTAGAATTTTAATTCAG-AAA
* *
3033 AATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCTCTAAAATATTTTTGACGTTGAGTTATATATT
193 AATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAAAATATTTTTGACGTTGACTTATATATT
* * *
3098 TTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAACTTTAGGATCAGTTTTTGCAAAATTTTAG
258 TTATACGATTATTGTGGAAAAAAAATGAGCGCAAAACATTAGGATCAGTTTTTGCAAAATTTTAG
3163 CCGAAATCG
323 CCGAAATCG
3172 TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGATCCATGGCTTTGGCTCAGTTATACATGAT
1 TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGATCCATGGCTTTGGCTCAGTTATACATGAT
3237 TTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATATGTATTCACCTAACAAAATCTCAGCCATATTGGCAT
66 TTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATATGTATTCACCTAACAAAATCTCAGCCATATTGG-AT
3302 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTT
130 TAA-GATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTT
3337 TGCAAAATTT
Statistics
Matches: 452, Mismatches: 33, Indels: 16
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
323 28 0.06
324 75 0.17
325 1 0.00
331 1 0.00
332 57 0.13
333 203 0.45
334 86 0.19
335 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (331 bp):
TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGATCCATGGCTTTGGCTCAGTTATACATGAT
TTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATATGTATTCACCTAACAAAATCTCAGCCATATTGGATT
AAGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATTTAATTAGAATTTTAATTCAGAAAAAT
TGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAAAATATTTTTGACGTTGACTTATATATTTTA
TACGATTATTGTGGAAAAAAAATGAGCGCAAAACATTAGGATCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCG
AAATCG
Found at i:3475 original size:187 final size:186
Alignment explanation
Indices: 3146--3523 Score: 510
Period size: 187 Copynumber: 2.0 Consensus size: 186
3136 TTAGGATCAG
* *
3146 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGATCC
1 TTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGATCC
* *** * *
3211 ATGGCTTTGGCTCAGTTATACATGATTTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATATGTATTCACC
66 AGGGCCCCGACTCAGTTATACATGATTTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATATGTATCCACC
* * *
3276 TAACAAAATCTCAGCCATATTGGCA-TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCT
131 TAACAAAATCTCAGCCACATT-ACATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATAAGAAT-T
*
3333 TTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTATACT-ACTCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
1 TTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTATACTAAC-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGATC
* * * *
3397 CGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTT-CGTCAAGACTCAATTAAAATATCTGTATCCA
65 CAGGGCCCCGACTCAGTTATACATGATTTTTTTACGTCAAGACTC-ATTAAAATATATGTATCCA
* * ** *
3461 TCTATCGGAATCTCAGCCACATTATATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATAAGAATT
129 CCTAACAAAATCTCAGCCACATTACATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATAAGAATT
3519 TTTTT
1 TTTTT
3524 CCGATTTAAT
Statistics
Matches: 167, Mismatches: 21, Indels: 7
0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
186 20 0.12
187 147 0.88
ACGTcount: A:0.29, C:0.19, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (186 bp):
TTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTATACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGATCC
AGGGCCCCGACTCAGTTATACATGATTTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATATGTATCCACC
TAACAAAATCTCAGCCACATTACATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATAAGAATT
Found at i:4520 original size:332 final size:333
Alignment explanation
Indices: 3333--7815 Score: 5993
Period size: 332 Copynumber: 13.5 Consensus size: 333
3323 ATCAGAATCT
* *
3333 TTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTATACT-ACTCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
* * *
3397 CGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTTCGTCAAGACTCAATTAAAATATCTGTATCCAT
65 CGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTC-ATTAAAATATCTGTATTCAT
**** ** * *
3462 CTATCGGAATCTCAGCCACATTATATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATAAGAATTTTTTTCCG
129 CTAAAAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCG
** * * * *
3527 ATTTAATTAGAATTCGAAGTAAGAAAAAATTGGAAAATTAATATTAGAAAGCGTGAAAGGCCCTA
194 ATTTAATTAGAATTTTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAATGATATTAG-AAGCGTGAAAGGCCCTA
* *
3592 AGATCTTTTT-ACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCCAAAC
258 AAATCTTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAAC
3656 TTTCGGGTCAA
323 TTTCGGGTCAA
** * * * *
3667 TTTTTATAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACAATCACGGTTTTTCGC-AAAAGACGCATTC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA-ACGCGTTC
* * * * * *
3731 TGGTGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTTACGACAAGACTCATTAAAATATATGTATTCATA
65 CGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATC
* * *
3796 TAAAAAAATCTCAGCCACATTGTATTTAAGGATTTGCTTTTTA-TAGCATCAGAATCTTTTTTCG
130 TAAAAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG-TTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCG
* * * *
3860 ATTTAATTAGTATTTTAATTCAGAAAAAAATTTGAAAAATGATATTAGAGGCGTGATAGGCCCTA
194 ATTTAATTAGAATTTTAATTCAG-AAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTA
3925 AAATCTTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTCA-TGTGGCAAAAAATTGAGCGC-AAA
258 AAATCTTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATT-ATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAA
3988 CATTTCGGGTCAA
322 C-TTTCGGGTCAA
* *
4001 TTTTTGAAAAATTTTAGCCGAAATCGTG---T-ACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCGTTCC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
* * * *
4062 GGGGCTCTGGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTCACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATCT
66 GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATCT
* ** *
4127 AAAAAAATCTCAGTCACATTGGATTTATCGATTTGTTTTTACGAGTATCAGAATCTTTTTCCGAT
131 AAAAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGAT
*
4192 TTAATTAGAATTTTAATTCAG-AAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAATA
196 TTAATTAGAATTTTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAAAA
* * *
4256 TCTTTCTGACGTTAAGTTATATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAACTTT
261 TCTTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAACTTT
4321 CGGGTCAA
326 CGGGTCAA
* * * * * *
4329 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTAATGACAATCACGGTTTTTGGCTAAAAGCGCATTCC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
* * *
4394 AGGGCCCTGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATCT
66 GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATCT
* ** * *
4459 AACAAAATCTCAGCCGTATTGGCA-TTAAGTATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCAA
131 AAAAAAATCTCAGCCACATTGG-ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGA
*
4523 TTTAATTAGAATTTTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAGGCCCTAAA
195 TTTAATTAGAATTTTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAAA
* * *
4588 ATCTTTTTGACATTGAGGTTTATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAG-GGAAAACTT
260 ATCTTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAACTT
4652 TCGGGTCAA
325 TCGGGTCAA
* * * * * *
4661 TTTCTGCAAAACTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAATCGAGTTAC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
* * *
4726 GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTACGTCAAGACCCATTAAAATATATGTATTCATCG
66 GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATCT
* * * *
4790 AACAAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGTATTTGTTTCTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGAT
131 AAAAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGAT
* *
4855 TTGAA-TAAAATTTTAATTCAG-AAAAATTAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAAA
196 TT-AATTAGAATTTTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAAA
* * * *
4918 ATCCTTTTTGACGTTGATTTTTATATTTTATACAATTATTGTGTCAAAAAAATGGAGCGCAAAAC
260 AT-CTTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTATTGTGGC-AAAAAATTGAGCGCAAAAC
*
4983 TTTCGGGTAAA
323 TTTCGGGTCAA
* *
4994 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC--G---------TCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCGTTCT
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
* *
5048 GGGACCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATCT
66 GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATCT
* *
5113 AAAAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAAGAGCATCATAATCTTTTTCCGAT
131 AAAAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGAT
* * * *
5178 TTAATTAGAATATTAATTAAGAAAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTAAAAGGCCCTAAA
196 TTAATTAGAATTTTAATTCAG-AAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAAA
* * *
5243 ATCTTTTTTACGTTGAG-TTTATATTTTATACGATTAATGTGGCAAAAAATTGAGCGC-GAACGT
260 ATCTTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAAC-T
5306 TTCGGGTCAA
324 TTCGGGTCAA
* * * *
5316 CTTTTGCAAAATTTTAGCCTAAATCGT-T--T-ACCATTACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCA
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
* * * * *
5377 GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGAATTTTTGCATCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTTATCC
66 GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATCT
**** * * *
5442 GTCGAAATCTCTGCCACCTTGGATTTAAGGATTT-TTTTATACGAGCATCATAATCTTTTTCCGA
131 AAAAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT-TACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGA
* * * * *
5506 TTTAATTAGAATTTTATTTAAG-AAAAATTGAAAAAATGATATTGGAAGCATGAAAGGCCCTAAA
195 TTTAATTAGAATTTTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAAA
* * * *
5570 ATCTTTTTGACGTTGAGTTTTGTATTTTATACGATTAATGTGGCAAAAAATTTAGCG-GAAACAT
260 ATCTTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAAC-T
5634 TTCGGGTCAA
324 TTCGGGTCAA
* * * *
5644 TTTTCGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTCGCTAAAACCGTGTTCC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
*
5709 GGGGCCCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATCT
66 GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATCT
* *
5774 AAAAAAATCTCAGCCGCATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCATAATCTTTTTCCGAT
131 AAAAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGAT
* ** * *
5839 TTAATTAGAATATTAATGAAG-AAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTAAAAGGCCCTAAAA
196 TTAATTAGAATTTTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAAAA
* * * *
5903 TCTTTTTTACGTTGAG-TTTATATTTTATACGAATAATGTGGCAAAAAATTGAGCGC-GAACGTT
261 TCTTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAAC-TT
5966 TCGGGTCAA
325 TCGGGTCAA
* * *
5975 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATTACGGTGTTTGGCTAAAAACGCGTTCA
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
* * * * *
6040 GGGG-CCCGACTCAGTTTTGTATGATTTTTTGCATCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTTATCT
66 GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATCT
**** * *
6104 GTCGAAATCTCTA-CCACCTTGGATTTAAGGATTT-TTTTATACGAGCATCATAATCTTTTTCCG
131 AAAAAAATCTC-AGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT-TACGAGCATCAGAATCTTTTTCCG
* * *
6167 ATTTAATTAGAATTTT-ATTTATG-AAAAATTGAAAAAATGATATTGGAAGCGTGAAAGGCCCTA
194 ATTTAATTAGAATTTTAATTCA-GAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTA
* * * * * *
6230 AAATCTTTTTGACTTTGAGTTTTGTATTTTATACGATTAATGTAGCAAAAAATTTAGCG-GAAAC
258 AAATCTTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAAC
*
6294 ATTTCGGGTTAA
323 -TTTCGGGTCAA
* * * *
6306 TTTTCGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTCGCTAAAACCGCGTTTC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
* * * * *
6371 GGGGCCTCTGCTCAGTTTTGAATGATTTCTTACGTCAAAACTCATTAAAATATCTGTATTCATCT
66 GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATCT
6436 AAAAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGAT
131 AAAAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGAT
* * * *
6501 TTAATTAGAATTTTAATTAAGAAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGT-AAGAGG-CTTTAA
196 TTAATTAGAATTTTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAA-AGGCCCTAAA
* * *
6564 ATCTTTTTTACGTTGAG-TTTATATTTTATACGATTAATGTGGCAAAAAATTGAGCGC-GAACGT
260 ATCTTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAAC-T
*
6627 TTCGGATCAA
324 TTCGGGTCAA
* * *
6637 CTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCACCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
* * * *
6702 GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTTACGTCAAGACTAATTAAAATATATGTATTCATCG
66 GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATCT
* * *
6767 AAAAAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGTATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATATTTTTCCGAT
131 AAAAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGAT
* * *
6832 TTGAA-TAAAATTTTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTAAAAGGTCCTAAA
196 TT-AATTAGAATTTTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAAA
6896 ATCTTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAACTT
260 ATCTTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAACTT
6961 TCGGGTCAA
325 TCGGGTCAA
* * * * * * **
6970 TTTTTACAAAATTTTAACCGAAATTGTGTACTAACTATTACGGTTTTTCGCTAAAAACGCAATCC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
* * * * * *
7035 GGTGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTCACGACAAGACTCATTAAAATATATGTATTCATAT
66 GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATCT
* * **
7100 AAAAAAATGTCAGCCACATTGTATTTAAGGATTT-ACTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGAT
131 AAAAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGAT
* * *
7164 TTAATTAGTATTTTAATTCAGAAAAAATTTGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAAAT
196 TTAATTAGAATTTTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAAAA
* *
7229 TCTTTTTGACGTTAAGTTATATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAACTTT
261 TCTTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAACTTT
*
7294 CGAGTCAA
326 CGGGTCAA
* * * * *
7302 TTTTTGCAAAATTTTA-CTCGAAATCGTGTACTGACAATAACGGTTTTTGGCTAAAAGCGCATTC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGC-CGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTC
* * * * *
7366 CAGGGCCCCGGCTCAATTTTGCTTTATTTTATACGTC-AGACTCATTAAAATATCTGTATTCATC
65 CGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATC
* * * * *
7430 TAACAAATTCTCAGCCATATTGGCA-TTAAGTATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCGG
130 TAAAAAAATCTCAGCCACATTGG-ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCG
* *
7494 ATTTAATTAAAATTTTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAATGATTTTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAA
194 ATTTAATTAGAATTTTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAA
* * * *
7559 AATCTTTTTGACGTTGAGCTATATGTTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCACAAAACT
259 AATCTTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAACT
7624 TTCGGGTCAA
324 TTCGGGTCAA
* * * * *
7634 TATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC--GTA-TAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCATTTC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
* * *
7696 GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCGTGATTTTTTGCGTCAAGACTCATTAAAATATTTGTATTCATCT
66 GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATCT
*** *
7761 ATCGAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTTTTTTTTTTACGAGCATCAGA
131 AAAAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGA---TTTGTTTTTACGAGCATCAGA
7816 CAATTCACGC
Statistics
Matches: 3665, Mismatches: 413, Indels: 143
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
321 3 0.00
322 93 0.03
323 133 0.04
324 13 0.00
325 41 0.01
327 56 0.02
328 207 0.06
329 233 0.06
330 421 0.11
331 707 0.19
332 1056 0.29
333 500 0.14
334 199 0.05
335 3 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (333 bp):
TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATCT
AAAAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGAT
TTAATTAGAATTTTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAAAA
TCTTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAACTTT
CGGGTCAA
Found at i:6253 original size:662 final size:663
Alignment explanation
Indices: 3333--7815 Score: 6049
Period size: 662 Copynumber: 6.8 Consensus size: 663
3323 ATCAGAATCT
* * *
3333 TTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTATACTACTCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAC-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCA
* * *
3398 GGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTTCGTCAAGACTCAATTAAAATATCTGTATCCATC
65 GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTC-ATTAAAATATCTGTATTCATC
** ** * *
3463 T-ATCGGAATCTCAGCCACATTATATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATAAGAATTTTTTTCCG
129 TGA-CAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCG
** * * * *
3527 ATTTAATTAGAATTCGAAGTAAGAAAAAATTGGAAAATTAATATTAGAAAGCGTGAAAGGCCCTA
193 ATTTAATTAGAATTTTAATTCAG-AAAAATTGGAAAAATGATATTAG-AAGCGTGAAAGGCCCTA
* *
3592 AGATCTTTTT-ACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCCAAAC
256 AAATCTTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAAC
** *
3656 TTTCGGGTCAATTTTTATAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACAATCACGGTTTTTCGC-AA
321 TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACAATCACGGTTTTTCGCTAA
* * * *
3720 AAGACGCATTCTGGTGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTTACGACAAGACTCATTAAAATAT
386 AA-ACGCATTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATAT
* * * *
3785 ATGTATTCATATAAAAAAATCTCAGCCACATTGTATTTAAGGATTTGCTTTTTA-TAGCATCAGA
450 CTGTATTCATCTAAAAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG-TTTTTACGAGCATCAGA
* * * *
3849 ATCTTTTTTCGATTTAATTAGTATTTTAATTCAGAAAAAAATTTG-AAAAATGATATTAGAGGCG
514 ATCTTTTTCCGATTTAATTAGAATTTTAATTAAG-AAAAAA-TTGAAAAAATGATATTAGAAGCG
* * *
3913 TGATAGGCCCTAAAATCTTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTCATGTGGCAAAAAAT
577 TAAAAGGCCCTAAAATCTTTTTGACGTTGAG-TTTATATTTTATACGATTAATGTGGCAAAAAAT
*
3978 TGAGCGCAAACATTTCGGGTCAA
641 TGAGCGCAAACGTTTCGGGTCAA
* * *
4001 TTTTTGAAAAATTTTAGCCGAAATCGTG---TACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCGTTCCG
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCAG
* * * * *
4063 GGGCTCTGGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTCACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATCTA
66 GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATCTG
* * ** *
4128 AAAAAATCTCAGTCACATTGGATTTATCGATTTGTTTTTACGAGTATCAGAATCTTTTTCCGATT
131 ACAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATT
*
4193 TAATTAGAATTTTAATTCAGAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAATATC
196 TAATTAGAATTTTAATTCAGAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAAAATC
* * *
4258 TTTCTGACGTTAAGTTATATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAACTTTCG
261 TTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAACTTTCG
* * * * *
4323 GGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTAATGACAATCACGGTTTTTGGCTAAAAGCG
326 GGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACAATCACGGTTTTTCGCTAAAAACG
* * *
4388 CATTCCAGGGCCCTGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTAT
391 CATTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTAT
* ** *
4453 TCATCTAACAAAATCTCAGCCGTATTGGCA-TTAAGTATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTT
456 TCATCTAAAAAAATCTCAGCCACATTGG-ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTT
* * * * *
4517 TTCCAATTTAATTAGAATTTTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAGGC
520 TTCCGATTTAATTAGAATTTTAATTAAGAAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTAAAAGGC
* * * *
4582 CCTAAAATCTTTTTGACATTGAGGTTTATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGGGAA
585 CCTAAAATCTTTTTGACGTTGA-GTTTATATTTTATACGATTAATGTGGCAAAAAATTGAGCGCA
4647 AAC-TTTCGGGTCAA
649 AACGTTTCGGGTCAA
* * * * *
4661 TTTCTGCAAAACTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAATCGAGTT-A
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT-ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCA
* *
4725 CGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTACGTCAAGACCCATTAAAATATATGTATTCATC
65 -GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATC
* * *
4789 -GAACAAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGTATTTGTTTCTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCG
129 TG-ACAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCG
* *
4853 ATTTGAA-TAAAATTTTAATTCAGAAAAATTAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAA
193 ATTT-AATTAGAATTTTAATTCAGAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAA
* * * *
4917 AATCCTTTTTGACGTTGATTTTTATATTTTATACAATTATTGTGTCAAAAAAATGGAGCGCAAAA
257 AAT-CTTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTATTGTGGC-AAAAAATTGAGCGCAAAA
* * *
4982 CTTTCGGGTAAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC--G---------TCACGGTTTTTGGTTA
320 CTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACAATCACGGTTTTTCGCTA
* * * *
5036 AAAACGCGTTCTGGGACCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATAT
385 AAAACGCATTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATAT
* *
5101 CTGTATTCATCTAAAAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAAGAGCATCATAA
450 CTGTATTCATCTAAAAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAA
*
5166 TCTTTTTCCGATTTAATTAGAATATTAATTAAGAAAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTA
515 TCTTTTTCCGATTTAATTAGAATTTTAATTAAG-AAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTA
*
5231 AAAGGCCCTAAAATCTTTTTTACGTTGAGTTTATATTTTATACGATTAATGTGGCAAAAAATTGA
579 AAAGGCCCTAAAATCTTTTTGACGTTGAGTTTATATTTTATACGATTAATGTGGCAAAAAATTGA
*
5296 GCGCGAACGTTTCGGGTCAA
644 GCGCAAACGTTTCGGGTCAA
* * *
5316 CTTTTGCAAAATTTTAGCCTAAATCGT-T--TACCATTACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCAG
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCAG
* * * * *
5378 GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGAATTTTTGCATCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTTATCCG
66 GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATCTG
* * * * *
5443 TCGAAATCTCTGCCACCTTGGATTTAAGGATTT-TTTTATACGAGCATCATAATCTTTTTCCGAT
131 ACAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT-TACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGAT
* * * * *
5507 TTAATTAGAATTTTATTTAAGAAAAATTGAAAAAATGATATTGGAAGCATGAAAGGCCCTAAAAT
195 TTAATTAGAATTTTAATTCAGAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAAAAT
* * * *
5572 CTTTTTGACGTTGAGTTTTGTATTTTATACGATTAATGTGGCAAAAAATTTAGCG-GAAACATTT
260 CTTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAAC-TTT
* * *
5636 CGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTCGCTAAAAC
324 CGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACAATCACGGTTTTTCGCTAAAAA
** *
5701 CGTGTTCCGGGGCCCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGT
389 CGCATTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGT
* *
5766 ATTCATCTAAAAAAATCTCAGCCGCATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCATAATCTT
454 ATTCATCTAAAAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTT
* *
5831 TTTCCGATTTAATTAGAATATTAATGAAG-AAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTAAAAGG
519 TTTCCGATTTAATTAGAATTTTAATTAAGAAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTAAAAGG
* * *
5895 CCCTAAAATCTTTTTTACGTTGAGTTTATATTTTATACGAATAATGTGGCAAAAAATTGAGCGCG
584 CCCTAAAATCTTTTTGACGTTGAGTTTATATTTTATACGATTAATGTGGCAAAAAATTGAGCGCA
5960 AACGTTTCGGGTCAA
649 AACGTTTCGGGTCAA
* *
5975 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATTACGGTGTTTGGCTAAAAACGCGTTCA
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT-ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCA
* * * * *
6040 GGGG-CCCGACTCAGTTTTGTATGATTTTTTGCATCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTTATCT
65 GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATCT
* * * *
6104 GTCGAAATCTCTA-CCACCTTGGATTTAAGGATTT-TTTTATACGAGCATCATAATCTTTTTCCG
130 GACAAAATCTC-AGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTT-TACGAGCATCAGAATCTTTTTCCG
* * *
6167 ATTTAATTAGAATTTT-ATTTATGAAAAATTGAAAAAATGATATTGGAAGCGTGAAAGGCCCTAA
193 ATTTAATTAGAATTTTAATTCA-GAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAA
* * * * * *
6231 AATCTTTTTGACTTTGAGTTTTGTATTTTATACGATTAATGTAGCAAAAAATTTAGCG-GAAACA
257 AATCTTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAAC-
* * *
6295 TTTCGGGTTAATTTTCGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTCGCTAA
321 TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACAATCACGGTTTTTCGCTAA
* * * * * * * *
6360 AACCGCGTTTCGGGGCCTCTGCTCAGTTTTGAATGATTTCTTACGTCAAAACTCATTAAAATATC
386 AAACGCATTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATC
6425 TGTATTCATCTAAAAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAT
451 TGTATTCATCTAAAAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAT
*
6490 CTTTTTCCGATTTAATTAGAATTTTAATTAAGAAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTAAG
516 CTTTTTCCGATTTAATTAGAATTTTAATTAAGAAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTAAA
* * *
6555 AGG-CTTTAAATCTTTTTTACGTTGAGTTTATATTTTATACGATTAATGTGGCAAAAAATTGAGC
581 AGGCCCTAAAATCTTTTTGACGTTGAGTTTATATTTTATACGATTAATGTGGCAAAAAATTGAGC
* *
6619 GCGAACGTTTCGGATCAA
646 GCAAACGTTTCGGGTCAA
* * * *
6637 CTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCACCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTCC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT-ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCA
* * *
6702 GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTTACGTCAAGACTAATTAAAATATATGTATTCATC-
65 GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATCT
* * * *
6766 GAAAAAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGTATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATATTTTTCCGA
130 G-ACAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGA
* * *
6831 TTTGAA-TAAAATTTTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTAAAAGGTCCTAA
194 TTT-AATTAGAATTTTAATTCAG-AAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAA
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257 AATCTTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAACT
* * * * *
6960 TTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAACCGAAATTGTGTACTAACTATTACGGTTTTTCGCTAAA
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* * * * * *
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* * * **
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* * *
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* * *
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581 AGGCCCTAAAATCTTTTTGACGTTGAGTT-TATATTTTATACGATTAATGTGGCAAAAAATTGAG
*
7283 CGCAAAAC-TTTCGAGTCAA
645 CGC-AAACGTTTCGGGTCAA
* * * *
7302 TTTTTGCAAAATTTTA-CTCGAAATCGTGTACTGACAATAACGGTTTTTGGCTAAAAGCGCATTC
1 TTTTTGCAAAATTTTAGC-CGAAATCGTGTACT-ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT-
* * * *
7366 CA-GGGCCCCGGCTCAATTTTGCTTTATTTTATACGTC-AGACTCATTAAAATATCTGTATTCAT
63 CAGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCAT
* * * * *
7429 CTAACAAATTCTCAGCCATATTGGCA-TTAAGTATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCG
128 CTGACAAAATCTCAGCCACATTGG-ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCC
* *
7493 GATTTAATTAAAATTTTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAATGATTTTAGAAGCGTGAAAGGCCCTA
192 GATTTAATTAGAATTTTAATTCAG-AAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTA
* * * *
7558 AAATCTTTTTGACGTTGAGCTATATGTTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCACAAAAC
256 AAATCTTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAAC
* * *
7623 TTTCGGGTCAATATTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC--GTA-TAACTATCACGGTTTTTGGCTAA
321 TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACAATCACGGTTTTTCGCTAA
* * * * *
7685 AATCGCATTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCGTGATTTTTTGCGTCAAGACTCATTAAAATATT
386 AAACGCATTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATC
*** *
7750 TGTATTCATCTATCGAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTTTTTTTTTTACGAGCATCAG
451 TGTATTCATCTAAAAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGA---TTTGTTTTTACGAGCATCAG
7815 A
513 A
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GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTATTCATCTG
ACAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTTTCCGATT
TAATTAGAATTTTAATTCAGAAAAATTGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAGGCCCTAAAATC
TTTTTGACGTTGAGTTTTATATTTTATACGATTATTGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAAACTTTCG
GGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACAATCACGGTTTTTCGCTAAAAACG
CATTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTTACGTCAAGACTCATTAAAATATCTGTAT
TCATCTAAAAAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCTTTT
TCCGATTTAATTAGAATTTTAATTAAGAAAAAATTGAAAAAATGATATTAGAAGCGTAAAAGGCC
CTAAAATCTTTTTGACGTTGAGTTTATATTTTATACGATTAATGTGGCAAAAAATTGAGCGCAAA
CGTTTCGGGTCAA
Found at i:10179 original size:992 final size:972
Alignment explanation
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7809 CATCAGACAA
* * *
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1 TTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTC-TCGAATTAATTTT-AATTAAATCGAAACCAA
* * * *
7881 GATTTTGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
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* * * ** * *
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125 AGATATTTCAAGGA-GTCTAAGCGCCAAAAATCATTCAAAACTGAGTCATGG-CTCGGAACGCGT
* * * * * *
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188 TTTTAGCAAAAAATCGTGATGGTAACACGATTTCGGCTAAAATTTTG-CAAAACTGACCCGAAAA
* * *
8074 A-TTTATCCTCAATTTCTGGACACAGTACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAAAAAGATTG
252 AGTTT-TCCTCAATTTTTGGACACAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAAC-CCAAAAAGATTG
** * * *
8138 AAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATTGTTTTTCCTATTTTTTCCGATTTAATTTTTAATTAAATCG
315 AAGGGCATTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC--TTTTTTCCGAATTAATTTCTAA-TAAATCG
* * *
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* ** * * * ** *
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441 AGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGACTTGGAACGCGTT
* * * ** * *
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506 TTTAGCCAAAA-AAACCGTGATGA-TAATACACGATATCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTC
** ** * *
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569 GAAAAAATTTTTTA-AAAATTTTTGGCCCT-ATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCTAAAA
* * * * **
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* * * * *
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* * * **
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*
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* *
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*
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** * * * **
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* * * * *
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64 ATTCTGATGCTCGT--AAAAAATATTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAAAATAG
* * * *
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* * * *
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* * * *
9058 -TTTCCATCAATTTTTGGCCTCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACTCTAAAAAGATTGTA
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*
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* * *
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379 ACAAGATTATGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTATGTGACTTAGATTTGGCTAGATGAATATAGA
* * * *
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444 TATTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGACTTGGAACGCGTTTTT
* ** *
9317 AGCCAAAAAAACCATGATGGATAGCACACGATGTCAGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACTCGAA
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* * * * *
9382 AAACTTTTTTGAAAAATTTTTGGCCACTATACTCGTAAAAAACATATAATTTAACACCAAAATGA
572 AAAATTTTTT-AAAAATTTTTGGCC-CTATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCTAAAATGA
* * *
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* * * *
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700 AACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATG
* *
9577 AATATAGATATTTCAAGGAGTCTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGACTCGGGGTCTCGAAAT
765 AATATAGATATTTCAAGGAGTCTTAGCG-CAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCTCGAAAC
* * * *
9642 GCGTTTTTAGCAAAAAAAATATTGATGGTTAGTTAGTATATGATTTCGGTTAAAATTTTGAAAAA
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*
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* * *
9772 TCAGAAAGATTGAAGGGTTTT
953 CCAAAAAGATTGAAGGG-CTT
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1 TTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTATTTTTCTCGAATTAATTT-TAATTAAATCGAAACCAAA
* * * * *
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** * * * *
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*
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194 -CAAAAAATCGTGATGG-TA--ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAACTGA-CCCGAAAAAG
* * *
10052 TTTTCCTTAATTTTTGGACACAATACTTGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAATATTGAA
254 TTTTCCTCAATTTTTGGACACAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAAC-CC-AAAAAGATTGAA
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317 GGGCATTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAA-ATCGAAAC
* * * * *
10181 AAGATTCTGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTATGTGGCTGAGTTTTGGCTAGATGAATACAGATA
381 AAGATTATGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTATGTGACTTAGATTTGGCTAGATGAATATAGATA
* * * * *
10246 TTTCAAGGAGTTTTGGCGCCAAAAATCATAAAAAACTGAGCCGGGGTCTTGAAACGCG---TT--
446 TTTCAAGGAGTCTTGGCGCCAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGACTTGGAACGCGTTTTTAG
* * * *
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* * * * * *
10369 AATTTTCCT-CAATTTTTTGGCCTGTATACTCGTAAAAAATATTTAATGCAACGCTAAAATGATT
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* * *** *
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637 GAAAGGCATTTCACGCTTCTAATATCGTT-TTTCCTTTTTC--T-AATTAATTTCAAATAAAATT
* * *
10497 GAAACAAGATTCTTATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTAAGATTTGGTTAGT
698 GAAACAAGATTCTGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGA
* * * *
10562 TGAGTATAGTTATTTCAAGGAGTCTTAGCATCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGATCTCGAA
763 TGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTAGC-GCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCTCGAA
* *
10627 ACACGTTTTTAGCAAAAAATCGTGAT-G-TA--ACACGATTTCGGTTAAAATTTCGAAAAAATTG
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*
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10715 AACACAGACT
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AAAAATCGTGATGGTAACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAACTGACCCGAAAAAGTTTTCCT
CAATTTTTGGACACAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACCCAAAAAGATTGAAGGGCATTTC
ACGCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATAAATCGAAACAAGATTATGA
TGCTCGTAAAAATAAATCCTTATGTGACTTAGATTTGGCTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
TCTTGGCGCCAAAAATTATACAAAACTGAGCCGGGGACTTGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAAC
CGTGATGATAATACACGATATCAGCTAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAAAATTTTTTAAAA
ATTTTTGGCCCTATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCTAAAATGATTGAAAGGCATTTCAC
GCTTCTAATATCGTTTTTCCTTTTTCTAATTAATTTCAAATAAAATTGAAACAAGATTCTGATGC
TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAA
GGAGTCTTAGCGCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGTCTCGAAACACGTTTTTAGCAAAAAA
TCGTGATAGTTAGTACATGATTTCGGTTAAAATTTTGAAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTC
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Found at i:14321 original size:21 final size:22
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14269 ATGGTACTTA
14279 TATCTGAACAATTCAACAACATGG
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1 TATCTGAACAATTACAACATGG
14324 TAT
1 TAT
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TATCTGAACAATTACAACATGG
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1 GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA -GA GA
* * *
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GA
Found at i:16300 original size:31 final size:31
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* * *
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* *
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*
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*
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1 TAAT
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Done.