Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014852.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14885, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4663
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Found at i:630 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 607--643 Score: 74
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
597 ATAATTCCAT
607 ATGTTCTCTTTGAATTGG
1 ATGTTCTCTTTGAATTGG
625 ATGTTCTCTTTGAATTGG
1 ATGTTCTCTTTGAATTGG
643 A
1 A
644 AAATAGTTTA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 19 1.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.11, G:0.22, T:0.49
Consensus pattern (18 bp):
ATGTTCTCTTTGAATTGG
Found at i:1839 original size:200 final size:198
Alignment explanation
Indices: 1347--2545 Score: 1642
Period size: 200 Copynumber: 6.0 Consensus size: 198
1337 ATAAGTTTAT
*
1347 TATAAGAAAAATTACACTACAATACATCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTTCACGTGCGGGGTTTA
1 TATAAGAAAAATT--A-TACAATACA-CGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTA
* * *
1412 AGGGTTGACATATGTCCCCTTAGGAAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAGTTATGAAATA
62 AGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATA
* * * * *
1477 GGGTATGTGTCAACTTCTTAATCTGCTTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAATGTATTGTGTA
127 GGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATA
*
1542 ATAGTCC
192 ATAATCC
*
1549 TATAAGAAAAATTATACAATACACTGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGAGGTTTAAGG
1 TATAAGAAAAATTATACAATACAC-GTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGG
* * *
1614 GTTGACATGTGTCCCCTAAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTTATTATGAAATGGGG
65 GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATAGGG
* ** *
1679 TATGTGTCAACTTCTTAACCTGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACCAACAGTGTATTGCATAATA
130 TATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATA
1744 ATCCC
195 AT-CC
1749 TATAAGAAAAATTATACAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGG
1 TATAAGAAAAATTATACAATACAC-GTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGG
*
1814 GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATACT-TATTAATATTAAATGTATTTAATTAATATTTGAAAT
65 GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATA-TGTATTAATATTAAA--TATTTAATTAAT-TATGAAAT
1878 -GGAGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTA
126 AGG-GTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTA
*
1942 TAATAAT-A
190 TAATAATCC
* * * * * * *
1950 TCAT-ATAAAAGTCATACAATACATCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGC-AGGCTTAAG
1 T-ATAAGAAAAATTATACAATACA-CGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAG
* *
2013 GGTTGACATGTGT-CCCTTAGGGAATATGTATTTATAATT-TATATTTAATTAATT-TGAAATAG
64 GGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAAT-ATTAAATATTTAATTAATTATGAAATAG
* * * *
2075 GGTATTTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGAAGTTCAAAATTTACACTGACAATGTATTGTATAA
128 GGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAA
*
2140 CAATCC
193 TAATCC
* * ** * *
2146 TATAAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAACAGACTGCACACGCAGGGCTTAAGG
1 TATAAGAAAAATTATACAATACA-CGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGG
**
2211 GTTGACACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAAATAG
65 GTTG--ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATAG
* * *
2276 AGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCCTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAA
128 GGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAA
*
2341 CAATCC
193 TAATCC
* **
2347 TATAA-AAAAATTATACAATACACCGTCAGTGAAGTTTAGCAGACTGCACGTGCATGGTTTAAGG
1 TATAAGAAAAATTATACAATACA-CGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGG
* * * *
2411 GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATTTATTAAAATTTAATATTTAATTAATTATGAAATAGGA
65 GTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATAGGG
* * * * *
2476 TATGTGTCAATTTCTTAACCCGCTTATCGAGTCCAAAATTTACATTGATAGTGTATTGTATAATG
130 TATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATA
2541 ATCC
195 ATCC
2545 T
1 T
2546 TATTATAAAG
Statistics
Matches: 903, Mismatches: 74, Indels: 44
0.88 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
195 71 0.08
196 47 0.05
197 25 0.03
198 120 0.13
199 196 0.22
200 220 0.24
201 124 0.14
202 29 0.03
203 71 0.08
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (198 bp):
TATAAGAAAAATTATACAATACACGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGG
TTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATAGGGT
ATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAA
TCC
Found at i:2228 original size:399 final size:396
Alignment explanation
Indices: 1364--2538 Score: 1659
Period size: 399 Copynumber: 2.9 Consensus size: 396
1354 AAAATTACAC
* * *
1364 TACAATACATCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTTCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATATGTCC
1 TACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCC
* *
1429 CCTTAGGAAATATGTATTAATATTAAA-TATTTAATTAGTTATGAAATAGG-GTATGTGTCAACT
66 CCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATTATTTAATTAATTATGAAAT-GGAGTATGTGTCAACT
* * * * *
1492 TCTTAATCTGCTTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAATGTATTGTGTAATAGTCCTATAAGAA
130 TCTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAA-AA
1557 AAATTATACAATACACTGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGAGGTTTAAGGGTTGACAT
194 AAATTATACAATACAC-GTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGC-AGGTTTAAGGGTTGACAT
* * * * *
1622 GTGTCCCCTAAGGGAATATGTATTAAT-ATTAAATATTTAATTTATTATGAAATGGGGTATGTGT
257 GTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTTATAATT-TATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGT
* ** * *
1686 CAACTTCTTAACCTGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACCAACAGTGTATTGCATAATAATCCCTA
321 CAACTTCTTAACCCGCTTAT-GAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAACAATCCCTA
*
1751 TAAGAAAAATTA
385 TAAAAAAAATTA
*
1763 TACAATACACAGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCC
1 TACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCC
*
1828 CCTTAGGGAATACT-TATTAATATTAAATGTATTTAATTAATATTTGAAATGGAGTATGTGTCAA
66 CCTTAGGGAATA-TGTATTAATATTAAAT-TATTTAATTAAT-TATGAAATGGAGTATGTGTCAA
* * *
1892 CTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAAT-ATCATAT
128 CTTCTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCT-ATAA
* * * * *
1956 AAAAGTCATACAATACATCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCAGGCTTAAGGGTTGACA
192 AAAAATTATACAATACA-CGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGTTTAAGGGTTGACA
*
2021 TGTGT-CCCTTAGGGAATATGTATTTATAATTTATATTTAATTAATT-TGAAATAGGGTATTTGT
256 TGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTTATAATTTATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGT
* *
2084 CAACTTCTTAACCCGCTTATGAAGTTCAAAATTTACACTGACAATGTATTGTATAACAAT-CCTA
321 CAACTTCTTAACCCGCTTATG-AGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAACAATCCCTA
2148 TAAAAAAAATTA
385 TAAAAAAAATTA
* ** * *
2160 TACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAACAGACTGCACACGCAGGGCTTAAGGGTTGACACATGTGT
1 TACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTG--ACATGTGT
** *
2225 CCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTTTA-TATTTAATTAATTATGAAATAGAGTATGTGTCAAC
64 CCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATTATTTAATTAATTATGAAATGGAGTATGTGTCAAC
* *
2289 TTCTTAACCCGCCTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAACAATCCTATAAAA
129 TTCTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAAA
*
2354 AAATTATACAATACACCGTCAGTGAAGTTTAGCAGACTGCACGTGCATGGTTTAAGGGTTGACAT
194 AAATTATACAATACA-CGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCA-GGTTTAAGGGTTGACAT
* * *
2419 GTGTCCCCTTAGGGAATATTTA-TTAAAATTTAATATTTAATTAATTATGAAATAGGATATGTGT
257 GTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTTATAATTT-ATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGT
* * *
2483 CAATTTCTTAACCCGCTTATCGAGTCCAAAATTTACATTGATAGTGTATTGTATAA
321 CAACTTCTTAACCCGCTTAT-GAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAA
2539 TGATCCTTAT
Statistics
Matches: 693, Mismatches: 65, Indels: 36
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
396 120 0.17
397 106 0.15
398 97 0.14
399 215 0.31
400 26 0.04
401 56 0.08
402 73 0.11
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (396 bp):
TACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCC
CCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATTATTTAATTAATTATGAAATGGAGTATGTGTCAACTT
CTTAACCCGCTTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAAAAA
ATTATACAATACACGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCAGGTTTAAGGGTTGACATGTGT
CCCCTTAGGGAATATGTATTTATAATTTATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACT
TCTTAACCCGCTTATGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAACAATCCCTATAAAAA
AAATTA
Found at i:2907 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 2882--2912 Score: 53
Period size: 16 Copynumber: 1.9 Consensus size: 16
2872 TCTAAATATT
2882 ATAAAGATTTAGTAAA
1 ATAAAGATTTAGTAAA
*
2898 ATAAATATTTAGTAA
1 ATAAAGATTTAGTAA
2913 TATTTTTCAA
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 1, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
16 14 1.00
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.10, T:0.35
Consensus pattern (16 bp):
ATAAAGATTTAGTAAA
Done.