Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01014877.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14910, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 6162
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.18, T:0.36


Found at i:686 original size:198 final size:198

Alignment explanation


    Indices: 1--709  Score: 1029
    Period size: 198  Copynumber: 3.6  Consensus size: 198

                                *   *                                        
          1 CCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAAT-GGAGTATGTGTCAACTT
          1 CCTTAGGGAATATGTATTAAAATTTAATATTTAATTAATTATGAAATAGGAGTATGTGTCAACTT

                                                              *    *     *   
         65 CTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAAT-ATCATATAAA
         66 CTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAACAATCCT-ATAAAAA

             * *          *   *                                              
        129 AGTCATACAATACATCGTAAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCAGGCTTAAGGGTTGACATGT
        130 AATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCAGGCTTAAGGGTTGACATGT

                
        194 GT-C
        195 GTCC

                                *                                   *        
        197 CCTTAGGGAATATGTATTTATAATTT-ATATTTAATTAATT-TGAAATAGG-GTATTTGTCAACT
          1 CCTTAGGGAATATGTA-TTAAAATTTAATATTTAATTAATTATGAAATAGGAGTATGTGTCAACT

                            *   *                 *                          
        259 TCTTAACCCGCTTATGAAGTTCAAAATTTACACTGACAATGTATTGTATAACAATCCTATAAAAA
         65 TCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAACAATCCTAT-AAAA

                                            *          *                     
        324 AAATTAATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAACAGACTGCACACGCAGGGCTTAAGGGTTGACA
        129 AAATT-ATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCA-GGCTTAAGGGTTG--A

                     
        389 CATGTGTCC
        190 CATGTGTCC

                                *    *     *                                 
        398 CCTTAGGGAATATGTATTAATATTTTATATTCAATTAATTATGAAATA-GAGTATGTGTCAACTT
          1 CCTTAGGGAATATGTATTAAAATTTAATATTTAATTAATTATGAAATAGGAGTATGTGTCAACTT

                      *        *                                             
        462 CTTAACCCGCCTATGGAGTTCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAACAATCCTATAAAAAA
         66 CTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAACAATCCTATAAAAAA

                                  *                  *      *                
        527 ATTATACAATACACCGTCAGTGAAGTTTAGCAGACTGCACGTGCATGGTTTAAGGGTTGACATGT
        131 ATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCA-GGCTTAAGGGTTGACATGT

                
        592 GTCC
        195 GTCC

                         *                                                *  
        596 CCTTAGGGAATATTTATTAAAATTTAATATTTAATTAATTATGAAATAGGA-TATGTGTCAATTT
          1 CCTTAGGGAATATGTATTAAAATTTAATATTTAATTAATTATGAAATAGGAGTATGTGTCAACTT

                          *                *   *              
        660 CTTAACCCGCTTATCGAGTCCAAAATTTACATTGATAGTGTATTGTATAA
         66 CTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAA

        710 TGATCCTTAT


Statistics
Matches: 461,  Mismatches: 39, Indels: 24
        0.88            0.07        0.05

Matches are distributed among these distances:
 195   71  0.15
 196   39  0.08
 197   44  0.10
 198  124  0.27
 199    2  0.00
 200   65  0.14
 201   40  0.09
 202   76  0.16

ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.17, T:0.34


Consensus pattern (198 bp):   
CCTTAGGGAATATGTATTAAAATTTAATATTTAATTAATTATGAAATAGGAGTATGTGTCAACTT
CTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAACAATCCTATAAAAAA
ATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCAGGCTTAAGGGTTGACATGTG
TCC

Found at i:1081 original size:16 final size:16

Alignment explanation


    Indices: 1056--1086  Score: 53
    Period size: 16  Copynumber: 1.9  Consensus size: 16

       1046 TCTAAATATT

                            
       1056 ATAAAGATTTAGTAAA
          1 ATAAAGATTTAGTAAA

                 *         
       1072 ATAAATATTTAGTAA
          1 ATAAAGATTTAGTAA

       1087 TATTTTTCAA


Statistics
Matches: 14,  Mismatches: 1, Indels: 0
        0.93            0.07        0.00

Matches are distributed among these distances:
  16   14  1.00

ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.10, T:0.35


Consensus pattern (16 bp):   
ATAAAGATTTAGTAAA
Done.