Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014910.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14943, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Length: 39192
ACGTcount: A:0.30, C:0.17, G:0.19, T:0.34
Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:16 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 4--51 Score: 87
Period size: 2 Copynumber: 23.5 Consensus size: 2
1 TAC
4 TA TA TA CTA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA -TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
47 TA TA T
1 TA TA T
52 TCAGTATCAT
Statistics
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0.96 0.00 0.04
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2 43 0.96
3 2 0.04
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Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:991 original size:15 final size:15
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Indices: 971--1004 Score: 52
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961 TAAGGGTTTA
971 TTTTTCTTTTCTTT-T
1 TTTTTCTTTT-TTTCT
986 TTTTTCTTTTTTTCT
1 TTTTTCTTTTTTTCT
1001 TTTT
1 TTTT
1005 GTGATTTCGG
Statistics
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15 15 0.83
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TTTTTCTTTTTTTCT
Found at i:26586 original size:40 final size:39
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26518 CGTATTTATA
* * * *
26528 ATTAAGGGCTAAATCTGGATTTAATTTCTTAT-CTTAATT
1 ATTAGGGGCTAAACCTGGATTTAATTTATT-TCCTTAAAT
26567 ATTAGGGGACTAAACCTGGATTTAATTTATTTCCTTAAAT
1 ATTAGGGG-CTAAACCTGGATTTAATTTATTTCCTTAAAT
26607 ATTAGG
1 ATTAGG
26613 AGGGTCAAGT
Statistics
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39 8 0.20
40 32 0.80
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ATTAGGGGCTAAACCTGGATTTAATTTATTTCCTTAAAT
Found at i:29924 original size:11 final size:12
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Indices: 29908--29939 Score: 50
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29898 TAGTGTTCTT
29908 TTTTCTTTTT-C
1 TTTTCTTTTTCC
29919 TTTTCTTTTTCC
1 TTTTCTTTTTCC
29931 TTTT-TTTTT
1 TTTTCTTTTT
29940 TAAAATGTTA
Statistics
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11 15 0.75
12 5 0.25
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Consensus pattern (12 bp):
TTTTCTTTTTCC
Found at i:29940 original size:18 final size:18
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Indices: 29903--29939 Score: 58
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29893 GGTATTAGTG
*
29903 TTCTTTTTTCTTTTTCTT
1 TTCTTTTTCCTTTTTCTT
29921 TTCTTTTTCCTTTTT-TT
1 TTCTTTTTCCTTTTTCTT
29938 TT
1 TT
29940 TAAAATGTTA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.22
18 14 0.78
ACGTcount: A:0.00, C:0.16, G:0.00, T:0.84
Consensus pattern (18 bp):
TTCTTTTTCCTTTTTCTT
Found at i:32660 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 32602--32962 Score: 626
Period size: 41 Copynumber: 9.0 Consensus size: 41
32592 TTGAGGGCCA
32602 ATGTGAATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGG
1 ATGTGAATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGG
*
32643 TTGTGAATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGG
1 ATGTGAATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGG
*
32684 ATGTGAGTTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGG
1 ATGTGAATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGG
*
32725 ATGTGAGTTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGG
1 ATGTGAATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGG
32766 ATGTG-ATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGG
1 ATGTGAATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGG
32806 ATGTGAATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGG
1 ATGTGAATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGG
*
32847 ATGTGAATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAATTTGG
1 ATGTGAATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGG
*
32888 ATGTGAA-TAAGGCAAGTTCAATGTCAATTGGGAAAGTTGG
1 ATGTGAATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGG
*
32928 A--TG--TTAAGGCAAGTTCAATGTCAATTGGGAAAGTT
1 ATGTGAATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTT
32963 AAACGTGAAT
Statistics
Matches: 311, Mismatches: 7, Indels: 8
0.95 0.02 0.02
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37 31 0.10
38 2 0.01
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41 207 0.67
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ATGTGAATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGG
Found at i:32820 original size:122 final size:121
Alignment explanation
Indices: 32602--32962 Score: 620
Period size: 122 Copynumber: 3.0 Consensus size: 121
32592 TTGAGGGCCA
*
32602 ATGTGAATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGGTTGTGAATTAAGGCAAGTTCAATG
1 ATGTGAATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGGATGTG-ATTAAGGCAAGTTCAATG
32667 TCATTTGGGAAAGTTGGATGTGAGTTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGG
65 TCATTTGGGAAAGTTGGATGTGA-TTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGG
*
32725 ATGTGAGTTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGGATGTGATTAAGGCAAGTTCAATGT
1 ATGTGAATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGGATGTGATTAAGGCAAGTTCAATGT
32790 CATTTGGGAAAGTTGGATGTGAATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGG
66 CATTTGGGAAAGTTGGATGTG-ATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGG
* *
32847 ATGTGAATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAATTTGGATGTGAATAAGGCAAGTTCAATGT
1 ATGTGAATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGGATGTGATTAAGGCAAGTTCAATGT
* *
32912 CAATTGGGAAAGTTGGA--TG-TTAAGGCAAGTTCAATGTCAATTGGGAAAGTT
66 CATTTGGGAAAGTTGGATGTGATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTT
32963 AAACGTGAAT
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 7, Indels: 7
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
118 31 0.13
120 2 0.01
122 152 0.66
123 45 0.20
ACGTcount: A:0.31, C:0.07, G:0.29, T:0.32
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ATGTGAATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGGATGTGATTAAGGCAAGTTCAATGT
CATTTGGGAAAGTTGGATGTGATTAAGGCAAGTTCAATGTCATTTGGGAAAGTTGG
Found at i:35765 original size:37 final size:40
Alignment explanation
Indices: 35680--35766 Score: 126
Period size: 41 Copynumber: 2.2 Consensus size: 40
35670 TTGGCTTCCA
* *
35680 TGGGCCTTCAAAGCTTATTGTTAAAAATCATAGGCTTATAT
1 TGGGCCTTCAAAGCATATTGTTAAAAA-CATAGGATTATAT
35721 TGGGCCTTCAAAGCATATTGTT-AAAA-AT-GGATTATAT
1 TGGGCCTTCAAAGCATATTGTTAAAAACATAGGATTATAT
35758 TGGGCCTTC
1 TGGGCCTTC
35767 CAAGTAATGA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 2, Indels: 4
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
37 17 0.39
38 2 0.05
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41 21 0.48
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TGGGCCTTCAAAGCATATTGTTAAAAACATAGGATTATAT
Found at i:36952 original size:330 final size:329
Alignment explanation
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35944 TGGGCCTGAT
* *
35954 TGTG-TGGTTAGTACACGATTTCGTCCAAAATTTTGCAAAAACTGTTCCG-AAAATTTTTCCTCA
1 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCA
* * * * * *
36017 ATTTTTGGCTACAATACTCATAAGAAATATATAACACAACG-CC-AAAAAATTTAAAGGCTTTTC
66 ATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAATATATAACTCAA-GTCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTC
*
36080 ATGTTTATAATATCGTTTTCCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAG
130 ATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAG
* *
36145 ATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATATATATT
195 ATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTAGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATT
* *
36210 TTAAGGAGTCTTGTTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACCCGTTTTTAGCC
260 TTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCAT-CAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTAGCC
*
36275 AAAAAT
324 AAAAAC
36281 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCA
1 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCA
* * * *
36346 GATTTTTGG-CACAACACTCATAAAAAATATATAATTCAAGTCCAAATAGATTGAAGGGCTTTAC
66 -ATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAATATATAACTCAAGTCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTC
* * * * * *
36410 ACGCTTCA-ATTATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATAGAAACATTAA
130 ATG-TTTATAATATCGTTTTTCCTA---TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA-TAA
* ** * * * *
36474 TTCAGATGCTCG-ACAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATA
190 TTCAGATGCTCGTA-AAACCTTATCCTTAAATCGATTGTAGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATA
* * ** * * * *
36538 GATATTTCAATGACACTTGGC-GCCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCGGGGCCCATGAACACGTT
254 GATATTTTAAGGAGTCTT-GCTGGCAAAAATCAT-CAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTT
36602 TTTAGCCAAAAAC
317 TTTAGCCAAAAAC
* * * *
36615 AGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGACAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAACATTTTTCCTCA
1 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCA
* * * *
36680 ATTTTTGGCCACGATACTCGTAAAAAATATATAACTCAACG-CCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTC
66 ATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAATATATAACTCAA-GTCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTC
*
36744 ATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACATAATTCAG
130 ATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAG
* *
36809 ATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGGACATAGATATT
195 ATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTAGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATT
* * *
36874 TTAAGGAGTCTTGCTCGCAAAAATCATCTAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACTCATTTTTAGCC
260 TTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATC-AAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTAGCC
*
36939 AAAAAT
324 AAAAAC
* * *
36945 TGTGATGGTTATTACACAATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCGCGAAAAATTTTTCCTCA
1 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCA
* * ** * * *
37010 CTTTTTGGCCACAACACTCGTAAAAAATATATATTTCAAGTCCAAATAGATTGAAGGGCTTTACA
66 ATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAATATATAACTCAAGTCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTCA
* * * *
37075 CGCTTCA-ATTATCGTTTTTCCTATTTTTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATTAAT
131 TG-TTTATAATATCGTTTTTCCTA---TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA-TAAT
** * ** * * *
37139 T-AGATGCTCAAAAAAACAAATCCTTAAATTC-AATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAG
191 TCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAA-TCGATTGTAGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAG
* * ** * * * *
37202 ATATTTCAATGACACTTGGTGCCAAAACTCATGCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACACGTTTT
255 ATATTTTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCAT-CAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTT
*
37267 TAGCTAAAAAC
319 TAGCCAAAAAC
* * *
37278 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTCCAAAAACTGTCCCGAAAAATGTTTCCTCA
1 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCA
* * *
37343 ATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCGA-TGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTC
66 ATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAATATATAACTCAAGT-CCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTC
*
37407 ATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAAATAAATCGAAACATAATTCAG
130 ATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAG
* * * * * *
37472 ATGCTCGTAAAACCTTATCCTTGAACCGATTGTAGTTGAGATTTGGTTCGACGAACACAGATATT
195 ATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTAGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATT
* * *
37537 TTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAAGAACGCGTTTTTAACC
260 TTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCAT-CAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTAGCC
*
37602 AAAACC
324 AAAAAC
*
37608 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGTCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCA
1 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCA
* * * * *
37673 ATTTTTGG-CACAACACTCATAAAAAATATAAAATTCAAGTCTAAATAAATTGAAGGGCTTTACA
66 ATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAATATATAACTCAAGTCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTCA
* * * * * * * * *
37737 CGCTTCA-ATTATCATTTTTCTTATTTTTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATTGAAGCATTATT
131 TG-TTTATAATATCGTTTTTCCTA---TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATT
* * ** * * * * *
37801 CAGATGCTCGAAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAGTTGAGAATTGGTTAGATGAATATAGAT
192 CAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTAGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGAT
* * ** * * * *
37866 ATTTCAATGACACTTGGC-GCCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCGGGGCCCATGAACACGTTTTT
257 ATTTTAAGGAGTCTT-GCTGGCAAAAATCAT-CAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTT
*
37930 AGTCAAAAAC
320 AGCCAAAAAC
** * * *
37940 AATGATGGTTAGTACATGATTTCGG-AAAAATTTTTGCAAAAACTGTCCCGAAACATTTTTCCTC
1 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAA-TTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTC
* * * *
38004 AATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAACTCAACG-CCAAAAAAATTTAAGAGCTTTT
65 AATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAATATATAACTCAA-GTCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTT
* *
38068 CATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCCAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACATAATTCA
129 CATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCA
* *
38133 GATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGGACATAGATAT
194 GATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTAGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATAT
* * *
38198 TTTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCTTCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACTCATTTTTAGC
259 TTTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCAT-CAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTAGC
*
38263 CAAAAAT
323 CAAAAAC
* * *
38270 TGTGATGGTTATTACACAATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCGCGAAAAATTTTTCCTCA
1 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCA
** * * * * *
38335 ATTTTTGGCCACAACACTTGTAAAAAATATATAATTCAAGTCCAAATAGATTGAAAGGCTTTACA
66 ATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAATATATAACTCAAGTCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTCA
* * * * **
38400 CGCTTCA-ATTATCGTTTTTCCTATTTTTTTCCGGATTAATTTCTAAACAAATCGAAACATTAAT
131 TG-TTTATAATATCGTTTTTCCTA---TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA-TAAT
** * ** * *
38464 T-AGATGCTCAAAAAAACAAATCCTTAAATTC-ATTGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAG
191 TCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAA-TCGATTGTAGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAG
* * ** * * * * *
38527 ATATTTCAATGACACTTGGTGCCAAAACTCATGCAAAACTGTGTCGGGGCCCAAGAACACGTTTT
255 ATATTTTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCAT-CAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTT
*
38592 TAGCTAAAAAC
319 TAGCCAAAAAC
* * *
38603 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTCCAAAAACTGTCCCGAAAAATGTTTCCTCA
1 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCA
* * * * * * * *
38668 GTTTTTGGCTAAAATACTCATACAAAATATATAACACAACG-CCAAAAATAGTT-AAAGGCTTTT
66 ATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAATATATAACTCAA-GTCCAAAAA-AATTGAAGGGCTTTT
* * * *
38731 CATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCTGAAGTAATTTCTAAATAAATCGAAACATAATTAA
129 CATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCA
* * *
38796 GATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAACACAGATAT
194 GATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTAGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATAT
* * *
38861 TTTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGAGCCTAGGAACGCGTTTTTAAC
259 TTTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCAT-CAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTAGC
38926 CAAAAAC
323 CAAAAAC
38933 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCA
1 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCA
* * * * *
38998 ATTTTTGG-CACAACACTCATAAAAAATATACAATTCAAGTCCAAATAGATTGAAGGGCTTTACA
66 ATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAATATATAACTCAAGTCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTCA
* ** * * * * * *
39062 CGCTCCA-ATTATCATTTTTCCTATTTTTTTTCCGGATTAATTTTTAATTAAATTGAAGCACT-A
131 TG-TTTATAATATCGTTTTTCCTA----TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA-TAA
* ** * * * * * *
39125 TTCAAATGCTCG-AAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTAGCTGNGAATTGGTTAGATGAATATA
190 TTCAGATGCTCGTAAAACCT-TATCCTTAAATCGATTGTAGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATA
39189 GATA
254 GATA
Statistics
Matches: 2435, Mismatches: 414, Indels: 120
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
327 4 0.00
328 47 0.02
329 175 0.07
330 968 0.40
331 48 0.02
332 220 0.09
333 710 0.29
334 261 0.11
335 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (329 bp):
TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCA
ATTTTTGGCCACAACACTCATAAAAAATATATAACTCAAGTCCAAAAAAATTGAAGGGCTTTTCA
TGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGA
TGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTAGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTT
TAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTAGCCAA
AAAC
Found at i:37481 original size:663 final size:663
Alignment explanation
Indices: 35954--39192 Score: 5299
Period size: 663 Copynumber: 4.9 Consensus size: 663
35944 TGGGCCTGAT
** *
35954 TGTG-TGGTTAGTACACGATTTCGTCCAAAATTTTGCAAAAACTGTTCCG-AAAATTTTTCCTCA
1 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCA
* * * *
36017 ATTTTTGGCTACAATACTCATAAGAAATATATAACACAACGCC-AAAAAATTTAAAGGCTTTTCA
66 ATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCA
*
36081 TGTTTATAATATCGTTTTCCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGA
131 TGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGA
*
36146 TGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATATATATTT
196 TGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTT
* *
36211 TAAGGAGTCTTGTTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACCCGTTTTTAGCCA
261 TAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACGCGTTTTTAGCCA
36276 AAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTT
326 AAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTT
36341 CCTCAGATTTTTGGCACAACACTCATAAAAAATATATAATTCAAGTCCAAATAGATTGAAGGGCT
391 CCTCA-ATTTTTGGCACAACACTCATAAAAAATATATAATTCAAGTCCAAATAGATTGAAGGGCT
*
36406 TTACACGCTTCAATTATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAT
455 TTACACGCTTCAATTATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAT
*
36471 TAATTCAGATGCTCGACAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATA
520 TAATTCAGATGCTCGAAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATA
*
36536 TAGATATTTCAATGACACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCGGGGCCCATGAACACGT
585 TAGATATTTCAATGACACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGTGTCGGGGCCCATGAACACGT
*
36601 TTTTAGCCAAAAAC
650 TTTTAGCTAAAAAC
* * *
36615 AGTGATGGTTAGTACATGATTTCGGACAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAACATTTTTCCTCA
1 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCA
* *
36680 ATTTTTGGCCACGATACTCGTAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCA
66 ATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCA
*
36745 TGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACATAATTCAGA
131 TGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGA
*
36810 TGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGGACATAGATATTT
196 TGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTT
* * * *
36875 TAAGGAGTCTTGCTCGCAAAAATCATCTAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACTCATTTTTAGCCA
261 TAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACGCGTTTTTAGCCA
* * *
36940 AAAATTGTGATGGTTATTACACAATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCGCGAAAAATTTTT
326 AAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTT
* * *
37005 CCTCACTTTTTGGCCACAACACTCGTAAAAAATATATATTTCAAGTCCAAATAGATTGAAGGGCT
391 CCTCAATTTTTGG-CACAACACTCATAAAAAATATATAATTCAAGTCCAAATAGATTGAAGGGCT
*
37070 TTACACGCTTCAATTATCGTTTTTCCTATTTTTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAT
455 TTACACGCTTCAATTATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAT
* *
37135 TAATT-AGATGCTCAAAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATA
520 TAATTCAGATGCTCGAAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATA
* * *
37199 TAGATATTTCAATGACACTTGGTGCCAAAACTCATGCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACACGT
585 TAGATATTTCAATGACACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGTGTCGGGGCCCATGAACACGT
37264 TTTTAGCTAAAAAC
650 TTTTAGCTAAAAAC
* *
37278 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTCCAAAAACTGTCCCGAAAAATGTTTCCTCA
1 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCA
* *
37343 ATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCGATGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCA
66 ATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCA
*
37408 TGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAAATAAATCGAAACATAATTCAGA
131 TGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGA
* * * * * * *
37473 TGCTCGTAAAACCTTATCCTTGAACCGATTGTAGTTGAGATTTGGTTCGACGAACACAGATATTT
196 TGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTT
* *
37538 TAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAAGAACGCGTTTTTAACCA
261 TAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACGCGTTTTTAGCCA
** *
37603 AAACCTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGTCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTT
326 AAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTT
* * *
37668 CCTCAATTTTTGGCACAACACTCATAAAAAATATAAAATTCAAGTCTAAATAAATTGAAGGGCTT
391 CCTCAATTTTTGGCACAACACTCATAAAAAATATATAATTCAAGTCCAAATAGATTGAAGGGCTT
* * *
37733 TACACGCTTCAATTATCATTTTTCTTATTTTTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATTGAAGCATT
456 TACACGCTTCAATTATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATT
*
37798 -ATTCAGATGCTCGAAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAGTTGAGAATTGGTTAGATGAATAT
521 AATTCAGATGCTCGAAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATAT
*
37862 AGATATTTCAATGACACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGTGTCGGGGCCCATGAACACGTT
586 AGATATTTCAATGACACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGTGTCGGGGCCCATGAACACGTT
37927 TTTAG-TCAAAAAC
651 TTTAGCT-AAAAAC
** * *
37940 AATGATGGTTAGTACATGATTTCGGA-AAAATTTTTGCAAAAACTGTCCCGAAACATTTTTCCTC
1 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAA-TTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTC
* *
38004 AATTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGAGCTTTTC
65 AATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTC
* *
38069 ATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCCAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACATAATTCAG
130 ATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAG
*
38134 ATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGGACATAGATATT
195 ATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATT
* * *
38199 TTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCTTCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACTCATTTTTAGCC
260 TTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACGCGTTTTTAGCC
* * *
38264 AAAAATTGTGATGGTTATTACACAATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCGCGAAAAATTTT
325 AAAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTT
** *
38329 TCCTCAATTTTTGGCCACAACACTTGTAAAAAATATATAATTCAAGTCCAAATAGATTGAAAGGC
390 TCCTCAATTTTTGG-CACAACACTCATAAAAAATATATAATTCAAGTCCAAATAGATTGAAGGGC
* **
38394 TTTACACGCTTCAATTATCGTTTTTCCTATTTTTTTCCGGATTAATTTCTAAACAAATCGAAACA
454 TTTACACGCTTCAATTATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA
* * *
38459 TTAATT-AGATGCTCAAAAAAACAAATCCTTAAATTCATTGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAAT
519 TTAATTCAGATGCTCGAAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAAT
* * *
38523 ATAGATATTTCAATGACACTTGGTGCCAAAACTCATGCAAAACTGTGTCGGGGCCCAAGAACACG
584 ATAGATATTTCAATGACACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGTGTCGGGGCCCATGAACACG
38588 TTTTTAGCTAAAAAC
649 TTTTTAGCTAAAAAC
* *
38603 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTCCAAAAACTGTCCCGAAAAATGTTTCCTCA
1 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCA
* * * * * * * *
38668 GTTTTTGGCTAAAATACTCATACAAAATATATAACACAACGCCAAAAATAGTTAAAGGCTTTTCA
66 ATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCA
* * * *
38733 TGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCTGAAGTAATTTCTAAATAAATCGAAACATAATTAAGA
131 TGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGA
* *
38798 TGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAACACAGATATTT
196 TGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTT
* *
38863 TAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGAGCCTAGGAACGCGTTTTTAACCA
261 TAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACGCGTTTTTAGCCA
*
38928 AAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTT
326 AAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTT
*
38993 CCTCAATTTTTGGCACAACACTCATAAAAAATATACAATTCAAGTCCAAATAGATTGAAGGGCTT
391 CCTCAATTTTTGGCACAACACTCATAAAAAATATATAATTCAAGTCCAAATAGATTGAAGGGCTT
* * * * *
39058 TACACGCTCCAATTATCATTTTTCCTATTTTTTTTCCGGATTAATTTTTAATTAAATTGAAGCAC
456 TACACGCTTCAATTATCATTTTTCCTA-TTTTTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAT
* * *
39123 T-ATTCAAATGCTCGAAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTAGCTGNGAATTGGTTAGATGAATA
520 TAATTCAGATGCTCGAAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATA
39187 TAGATA
585 TAGATA
Statistics
Matches: 2376, Mismatches: 189, Indels: 24
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
661 11 0.00
662 720 0.30
663 1247 0.52
664 398 0.17
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (663 bp):
TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCA
ATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCA
TGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGA
TGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTT
TAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACGCGTTTTTAGCCA
AAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTT
CCTCAATTTTTGGCACAACACTCATAAAAAATATATAATTCAAGTCCAAATAGATTGAAGGGCTT
TACACGCTTCAATTATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATT
AATTCAGATGCTCGAAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATAT
AGATATTTCAATGACACTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGTGTCGGGGCCCATGAACACGTT
TTTAGCTAAAAAC
Done.