Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014911.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14944, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.17, T:0.32
Found at i:602 original size:330 final size:330
Alignment explanation
Indices: 1--962 Score: 1390
Period size: 330 Copynumber: 2.9 Consensus size: 330
* * *
1 GTTGAGATTTGGTTCGACGAACACAGATATTTTAAGAAGTCTTGCTGGAAAAAATCATCCAAAAC
1 GTTGAGATTTGGTTCGATGAACACAGATATTTTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAAC
*
66 TGTGTCGGGGCCTAGGAACGCGTTTTTAACCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGACTTCGGCCA
66 TGTGTCGGGGCCTAGGAACTCGTTTTTAACCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGACTTCGGCCA
* * *
131 AAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAGTTTTTGGCTAAAATACTTATAAAAAAT
131 AAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAGTTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAAT
* * * *
196 ATATAACACAACGCCAAAAAAATTTAAAGGTTTTTCATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTC
196 ATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCATGTTTACAATATCGTTTTTCCTATTTTC
* * *
261 CGAATTAATTTCTAAATAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAATCTTATCCTTGAACCAA
261 CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAACCAA
326 TTGTA
326 TTGTA
*
331 GTTGAGATTTGGTTCGATGAACACAGATATTTTATGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAAC
1 GTTGAGATTTGGTTCGATGAACACAGATATTTTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAAC
* *
396 TGTGTCGGGGCCTAGGAACTCGTTTTTAACAAAAAACTGTGATGATTAGTACACGACTTCGGCCA
66 TGTGTCGGGGCCTAGGAACTCGTTTTTAACCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGACTTCGGCCA
* * * *
461 AAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAATTTTTTTCTCAGTTTTTGGCCACGATACTCATAAAAAAT
131 AAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAGTTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAAT
* *
526 ATATAACTCAACGACAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCATGTTTACAATATCGTTTTTCCTGTTTTC
196 ATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCATGTTTACAATATCGTTTTTCCTATTTTC
* * * *
591 AGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGA
261 CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAACCAA
*
656 TTGTG
326 TTGTA
* * * *
661 GCTGAGATTTGGTTAGATGGACATAGATATTTTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAAC
1 GTTGAGATTTGGTTCGATGAACACAGATATTTTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAAC
* * * *
726 TGTGTCGGGGCCTAGGAACTCGTTTTTAGCCAAAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGACCA
66 TGTGTCGGGGCCTAGGAACTCGTTTTTAACCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGACTTCGGCCA
* * * * *
791 AAAATTTGCAAAAACTGTCTCGAAAAATTTTTCCTCAATTTCTGGCCACAACACTCATAAAAAAT
131 AAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAGTTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAAT
* * * * * * * *
856 ATGTAATTCAA-GTCCAAATAGATTGAAGGGCTTTACACGCTT-CAATTATCGTATTTTCCTATT
196 ATATAACTCAACG-CCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCATGTTTACAA-TATCGT-TTTTCCTA--
*
919 TTTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATTAATT-AGAT
256 -TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA-TAATTCAGAT
963 ACTCAAGAAA
Statistics
Matches: 564, Mismatches: 61, Indels: 10
0.89 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
329 4 0.01
330 514 0.91
331 7 0.01
334 34 0.06
335 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (330 bp):
GTTGAGATTTGGTTCGATGAACACAGATATTTTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAAC
TGTGTCGGGGCCTAGGAACTCGTTTTTAACCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGACTTCGGCCA
AAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAGTTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAAT
ATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCATGTTTACAATATCGTTTTTCCTATTTTC
CGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAACCAA
TTGTA
Found at i:2350 original size:330 final size:322
Alignment explanation
Indices: 1601--2402 Score: 1208
Period size: 322 Copynumber: 2.5 Consensus size: 322
1591 CACTTGGTGC
* * * * * *
1601 CAAAACTCATGCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACACGTTTTTAGCTAAAAACTGTAATGGTTA
1 CAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTA
* * * *
1666 GTACACGATTTCGGACAAAATTTTCCAAAAACTGTCCCGAAAAAATTTTCCTCAATTTTTGGCCA
66 GTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTCGGCCA
* * *
1731 CAATACTCATAAAAAATATATAACTCAATGCCAAAAAAATTTAAAGGCTTTTCCTGTTTATAATA
131 CAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGACAAAAAAATTTAAAGGCTTTTCATGTTTATAATA
*
1796 TCGTTTTTTCTATTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTCAGATGCTCGTATCC
196 TCGTTTTTCCTATTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTCAGATGCTCGTATCC
1861 TTAAATCGGTTGTGACTGAGATTTGCTTAGATGAACATAGATATTCTAAGGAGTCTTGCTGG
261 TTAAATCGGTTGTGACTGAGATTTGCTTAGATGAACATAGATATTCTAAGGAGTCTTGCTGG
* * *
1923 CAAAAATCATCCAAAACTGTGCCGGGGCCTAAGAACGCGTTTTTAACCAAAAACTGTGATGGTTA
1 CAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTA
* * * **
1988 ATACACGATTTCGGCCAAAATTTTGTAAAAACTGTCCCGAAAACTTTTTCCTCAATTTTCGGGTA
66 GTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTCGGCCA
2053 CAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGACAAAAAAATTTAAAGGCTTTTCATGTTTATAATA
131 CAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGACAAAAAAATTTAAAGGCTTTTCATGTTTATAATA
* *
2118 TCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTCATATGCTCGTAAAA
196 TCGTTTTTCCTATTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTCAGATGCTCG-----
* *
2183 CCTTATCCTTAAATCGGTTGTGGCTGAGATTTGCTTAGATGAACATAGATATTTTAAGGAGTCTT
256 ---TATCCTTAAATCGGTTGTGACTGAGATTTGCTTAGATGAACATAGATATTCTAAGGAGTCTT
*
2248 GTTGG
318 GCTGG
* *
2253 CAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAATGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATGGTTA
1 CAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTA
* * * * *
2318 GTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTACCGAAAAATATTTCCTCAATTTTTGACCC
66 GTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTCGGCCA
* *
2383 CAACACTTATAAAAAATATA
131 CAATACTCATAAAAAATATA
2403 CTCCCTCCGT
Statistics
Matches: 428, Mismatches: 44, Indels: 8
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
322 231 0.54
330 197 0.46
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (322 bp):
CAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTA
GTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTCGGCCA
CAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGACAAAAAAATTTAAAGGCTTTTCATGTTTATAATA
TCGTTTTTCCTATTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTCAGATGCTCGTATCC
TTAAATCGGTTGTGACTGAGATTTGCTTAGATGAACATAGATATTCTAAGGAGTCTTGCTGG
Found at i:6542 original size:659 final size:652
Alignment explanation
Indices: 5282--8248 Score: 3804
Period size: 659 Copynumber: 4.5 Consensus size: 652
5272 GACCTTGGAC
*
5282 TTATCGTTTTTCCTATATTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATTAATTAGATGCTCA
1 TTATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATTAATTAGATGCTCA
*
5347 AAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTTGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGA
66 AAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGA
* *
5412 CACTTGGTGCCAAAACTCATGCAAAACTGTGTCGGGGTCCAGGAACACGTGTTTAGCTAAAAACT
131 CACTTGGTGCCAAAACTCATGCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACACGTGTTTAGCTAAAAACC
* * **
5477 ATGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTGCAAAAACGGTAGCGAAAAATTTTTCCTCAA
196 GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAA
*
5542 TTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCGACACCAAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCA
261 TTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACACC-AAAAAAATTTAAGGGCTTTTCA
* *
5607 TGTTTATAATATCATTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTCAGA
325 TGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGA
* * * *
5672 TGCTCGTAATACCTTATCCTTGAACCGATTGTGGCTGTGTTTTGGTTAGATGAACATAGATATTT
390 TGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAACCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTT
* *
5737 TAAGCAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACTCGTTTTTAGGCA
455 TAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACTCGTTTTTAGCCA
* * * * *
5802 AAAATTGTGATGGTTAGTACATGATTTCGTCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAAGTTTTT
520 AAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTACAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTT
* *
5867 CGTCAATTTTTGGCCACATCACTCATAAAAAATATATAATTCAAGTCCAAATAAATTGACACACT
585 CCTCAATTTTTGGCCACAT-ACTCATAAAAAATATATAATTCAAGTCCAAATAAATTGAAACACT
5932 TTCA
649 TTCA
* * *
5936 TTATCATTTTTCCTATTTTTTCTGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATTAATTAGACGCTCA
1 TTATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATTAATTAGATGCTCA
*
6001 AAAACACAAATCCTTAAATTCAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGA
66 AAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGA
* * *
6066 CACTTGGTGACAAAACTCATGCAAAACTGTGTCGGGGTCTAGGAACACGTGTTTAGCTAAAAACC
131 CACTTGGTGCCAAAACTCATGCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACACGTGTTTAGCTAAAAACC
* * *
6131 GTGATGGTTAGTTAGTACACGATTTTGGACAAAATTTTGCAAAAATTTTCCCCGAAAAATTTTTC
196 GTGAT-G---GTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTGCAAAAACTGT-CCCGAAAAATTTTTC
* * **
6196 CTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCGACGCCAAAAATTTTTTAAGGGCT
256 CTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACACCAAAAA-AATTTAAGGGCT
* *
6261 TTTCATGTTTATAATATCGTGTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAACGAAACATAAT
320 TTTCATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAAT
* *
6326 TCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTGAACCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACAAAGA
385 TCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAACCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGA
* * *
6391 TATTTTAAGGAGTCTTGCAGGCAAAAATCAGCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGCAACTCGTTTTT
450 TATTTTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACTCGTTTTT
*
6456 AGCCAAAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGTCCAAAATTTTACAAAAACTGTCCCGAAAAA
515 AGCCAAAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTACAAAAACTGTCCCGAAAAA
* * * * * *
6521 TTTTTCCTCAATTTCTGGCCACAACACTCGTAAAAATTATTTAATTCAAGTCCAAATAGATTGAA
580 TTTTTCCTCAATTTTTGGCCAC-ATACTCATAAAAAATATATAATTCAAGTCCAAATAAATTG-A
*
6586 GGGATTTACACGCTTCAA
643 ---A---ACAC-TTTC-A
6604 TTATCGTTTTTCCTATATTTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATTAATTAGATGCTC
1 TTATCGTTTTTCCTAT-TTTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATTAATTAGATGCTC
*
6669 AAAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAAATATTTCAATG
65 AAAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATG
* * *
6734 ACACATGGTGCCAAAACTCATGCAAAACTGTGTCAGGGCCCAGGAACACGTTTTTAGCTAAAAAC
130 ACACTTGGTGCCAAAACTCATGCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACACGTGTTTAGCTAAAAAC
* * *
6799 TGTAATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTCGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCA
195 CGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCA
*
6864 ATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAA-ATATAACTCAACACCGAAAAAATTTAAGGGCTTTTCA
260 ATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACACCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCA
* * *
6928 TGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACCTAATTCAAA
325 TGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGA
* *
6993 TGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATATATATTT
390 TGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAACCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTT
* *
7058 TAAGGAGTCTTGCTGGAAAAAATCATCCAAAACTGTGTTGGGGCCTAGGAACTCGTTTTTAGCCA
455 TAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACTCGTTTTTAGCCA
* ** ** * *
7123 CAAATTGTGATGGTTAGTACGTGATTTCGGCCAAAATTTTGTAAAAACTGTGCCGATAAATTTTT
520 AAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTACAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTT
* * * *
7188 CCTCAATTTTCGGCTACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAGA-AAATTTAAAGGC
585 CCTCAATTTTTGGCCAC-ATACTCATAAAAAATATATAATTCAAGTCCAA-ATAAATTGAAA--C
*
7252 TTAACCTGTTTA
646 ---A-CT-TTCA
* *
7264 TAATATCGTTTTTCCTA--TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAGCA-TAATTCAGATGC
1 T--TATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATTAATT-AGATGC
** * * ** * * * * *
7326 TCGTAAAACCATATCCTTAAA-TCGTTTGTGGCTGTGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTA
63 TCAAAAAAACAAATCCTTAAATTC-AATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTTCA
* ** * * * * * * * *
7390 AGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTATCCAAA
127 ATGACACTTGGTGCCAAAACTCATGCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACACGTGTTTAGCTAAA
** * * *
7455 AATTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCTGGAAAATTTTTCC
192 AACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCC
* * **
7520 TCAATTTTTGGACACAATACTCAT-TAAAATATATAACTCAACGTCAAAAAAATTTAAGGGCTTT
257 TCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACACCAAAAAAATTTAAGGGCTTT
7584 TCATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTC
322 TCATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTC
*
7649 AGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATA
387 AGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAACCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATA
* * *
7714 TTTTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCGAGGAACACGTTTTTAA
452 TTTTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACTCGTTTTTAG
* *
7779 CCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTACAAAAACTGTCCCGAAAAAAT
517 CCAAAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTACAAAAACTGTCCCGAAAAATT
* * *
7844 TTTCCTCAGTTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAACTCATAAAAAATATATAACTCAA
582 TTTCCTCAATTTTTGG--------C-C---------ACAT-ACTCATAAAAAATATATAATTCAA
* * * *
7909 CG-CCAAAAAAATTTAAAGGCTTTTCCTGTTTA
628 -GTCCAAATAAATTGAAA--C----ACT-TTCA
* * *
7941 TAATATCG-TTTTCC--TTTTTTCCGAATTAAGTTCTAATTAAATCGAAATA-TAATTCAGATGC
1 T--TATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATTAATT-AGATGC
** ** * * * * *
8002 TC-GTAAAACGTTATCCTTAAA-TCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTT
63 TCAAAAAAAC-AAATCCTTAAATTC-AATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTTC
* ** * * ** * * * * * *
8065 AAGGAGTCTTGCTGGCAAAAAACATCCAAAATTGTGTCGGGACCTAGGAACACGTTTTTAGCCAA
126 AATGACACTTGGTGCCAAAACTCATGCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACACGTGTTTAGCTAA
* * * * * **
8130 AAACTGTCATGATTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTTCTTAAAAATTTTTC
191 AAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTC
* *
8195 CTCAATTTTT-GCCTACAATACTCATAAAAAATATATAACTTAACGCCAAAAAAA
256 CTCAATTTTTGGCC-ACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACACCAAAAAAA
8249 GAATAGGGTA
Statistics
Matches: 2069, Mismatches: 187, Indels: 91
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
654 190 0.09
655 2 0.00
657 1 0.00
658 52 0.03
659 874 0.42
660 5 0.00
661 4 0.00
662 313 0.15
663 18 0.01
664 46 0.02
665 35 0.02
666 4 0.00
667 4 0.00
668 17 0.01
669 172 0.08
675 6 0.00
676 244 0.12
677 80 0.04
678 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (652 bp):
TTATCGTTTTTCCTATTTTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATTAATTAGATGCTCA
AAAAAACAAATCCTTAAATTCAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGA
CACTTGGTGCCAAAACTCATGCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACACGTGTTTAGCTAAAAACC
GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAA
TTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACACCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCAT
GTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGAT
GCTCGTAAAACCTTATCCTTAAACCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTT
AAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACTCGTTTTTAGCCAA
AAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTACAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTC
CTCAATTTTTGGCCACATACTCATAAAAAATATATAATTCAAGTCCAAATAAATTGAAACACTTT
CA
Found at i:7138 original size:329 final size:329
Alignment explanation
Indices: 5283--8247 Score: 3624
Period size: 329 Copynumber: 8.9 Consensus size: 329
5273 ACCTTGGACT
* *
5283 TATCGTTTTTCCTATATTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATTAATT-AGATGCTCA
1 TATCGTTTTTCC--TATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA-TAATTCAGATGCTCG
* * ** * * * * * *
5347 AAAAAACAAATCCTTAAATTC-AATGTTGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATG
63 TAAAACCTTATCCTTAAA-TCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTAAGG
** * * * * * *
5411 ACACTTGGTGCCAAAACTCATGCAAAACTGTGTCGGGGTCC-AGGAACACGTGTTTAGCTAAAAA
127 AGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGG-CCTAGGAACACGTTTTTAGCCAAAAA
* * * **
5475 CTATGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTGCAAAAACGGTAGCGAAAAATTTTTCCTC
191 CTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTC
* *
5540 AATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCGACACCAAAAAAAATTTAAGGGCTTTT
256 AATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCC--AAAAAATTTAAGGGCTTTT
5605 CATGTTTATAA
319 CATGTTTATAA
* *
5616 TATCATTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTCAGATGCTCGTAA
1 TATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAA
* * * * * *
5681 TACCTTATCCTTGAACCGATTGTGGCTGTGTTTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTAAGCAGTC
66 AACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTAAGGAGTC
* * *
5746 TTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACTCGTTTTTAGGCAAAAATTGTG
131 TTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTG
* * * * *
5811 ATGGTTAGTACATGATTTCGTCCAAAATTTTGCAAAAACTATCCCGAAAAGTTTTTCGTCAATTT
196 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTT
* * *
5876 TTGGCCAC-ATCACTCATAAAAAATATATAATTCAA-GTCCAAATAAA-TT---GAC---ACACT
261 TTGGCCACAAT-ACTCATAAAAAATATATAACTCAACG-CCAAA-AAATTTAAGGGCTTTTCA-T
*
5932 -TTCAT--
322 GTTTATAA
* * * *
5937 TATCATTTTTCCTATTTTTTCTGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATTAATT-AGACGCTC-
1 TATCGTTTTTCCTA--TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA-TAATTCAGATGCTCG
* ** * * * * * *
6000 AAAAACACAAATCCTTAAATTC-AATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAT
63 TAAAAC-CTTATCCTTAAA-TCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTAAG
** * * * * * * *
6064 GACACTTGGTGACAAAACTCATGCAAAACTGTGTCGGGGTCTAGGAACACGTGTTTAGCTAAAAA
126 GAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTAGCCAAAAA
* * * * *
6129 CCGTGATGGTTAGTTAGTACACGATTTTGGACAAAATTTTGCAAAAATTTTCCCCGAAAAATTTT
191 CTGTGAT-G---GTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGT-CCCGAAAAATTTT
* *
6194 TCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCGACGCCAAAAATTTTTTAAGGG
251 TCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAA--ATTTAAGGG
6259 CTTTTCATGTTTATAA
314 CTTTTCATGTTTATAA
* *
6275 TATCGTGTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAACGAAACATAATTCAGATGCTCGTAA
1 TATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAA
* * *
6340 AACCTTATCCTTGAACCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACAAAGATATTTTAAGGAGTC
66 AACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTAAGGAGTC
* * * * *
6405 TTGCAGGCAAAAATCAGCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGCAACTCGTTTTTAGCCAAAAATTGTG
131 TTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTG
* *
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196 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTT
* * * * * * * * * * *
6535 CTGGCCACAACACTCGTAAAAATTATTTAATTCAA-GTCCAAATAGATTGAAGGGATTTACACGC
261 TTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACG-CCAAA-AAATTTAAGGGCTTTTCATG-
* *
6599 TTCA-AT
323 TTTATAA
*
6605 TATCGTTTTTCCTATATTTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATTAATT-AGATGCTC
1 TATCGTTTTTCC--TA-TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA-TAATTCAGATGCTC
** * ** * * * * * * *
6669 AAAAAAACAAATCCTTAAATTC-AATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAAATATTTCAAT
62 GTAAAACCTTATCCTTAAA-TCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTAAG
** * * * * * * * *
6733 GACACATGGTGCCAAAACTCATGCAAAACTGTGTCAGGGCCCAGGAACACGTTTTTAGCTAAAAA
126 GAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTAGCCAAAAA
* * *
6798 CTGTAATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTCGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTC
191 CTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTC
*
6863 AATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAA-ATATAACTCAACACCGAAAAAATTTAAGGGCTTTTC
256 AATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCC-AAAAAATTTAAGGGCTTTTC
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320 ATGTTTATAA
* * *
6937 TATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACCTAATTCAAATGCTCGTAA
1 TATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAA
*
7002 AACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATATATATTTTAAGGAGTC
66 AACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTAAGGAGTC
* * * * *
7067 TTGCTGGAAAAAATCATCCAAAACTGTGTTGGGGCCTAGGAACTCGTTTTTAGCCACAAATTGTG
131 TTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTG
** * * *
7132 ATGGTTAGTACGTGATTTCGGCCAAAATTTTGTAAAAACTGTGCCGATAAATTTTTCCTCAATTT
196 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTT
* * * * * ** *
7197 TCGGCTACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAGAAAATTTAAAGGCTTAACCTGTT
261 TTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAA-AAAATTTAAGGGCTTTTCATGTT
7262 TATAA
325 TATAA
*
7267 TATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAGCATAATTCAGATGCTCGTAA
1 TATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAA
* * *
7332 AACCATATCCTTAAATCGTTTGTGGCTGTGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTAAGGAGTC
66 AACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTAAGGAGTC
* *
7397 TTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTATCCAAAAATTGTG
131 TTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTG
* *
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196 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTT
* * *
7527 TTGGACACAATACTCAT-TAAAATATATAACTCAACGTCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCATGTT
261 TTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACG-CCAAAAAATTTAAGGGCTTTTCATGTT
7591 TATAA
325 TATAA
7596 TATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAA
1 TATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAA
7661 AACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTAAGGAGTC
66 AACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTAAGGAGTC
* *
7726 TTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCGAGGAACACGTTTTTAACCAAAAACTGTG
131 TTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTG
* * *
7791 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTACAAAAACTGTCCCGAAAAAATTTTCCTCAGTTT
196 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTT
*
7856 TTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAAT
261 TTGG--------C-C-------ACA-AT-ACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCC-AAAAAAT
* *
7921 TTAAAGGCTTTTCCTGTTTATAA
307 TTAAGGGCTTTTCATGTTTATAA
* * *
7944 TATCG-TTTTCCTTTTTTCCGAATTAAGTTCTAATTAAATCGAAATATAATTCAGATGCTCGTAA
1 TATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAA
*
8008 AACGTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTAAGGAGTC
66 AACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTAAGGAGTC
* * * *
8073 TTGCTGGCAAAAAACATCCAAAATTGTGTCGGGACCTAGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTC
131 TTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTG
* * **
8138 ATGATTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTTCTTAAAAATTTTTCCTCAATTT
196 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTT
*
8203 TT-GCCTACAATACTCATAAAAAATATATAACTTAACGCCAAAAAA
261 TTGGCC-ACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAA
8248 AGAATAGGGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (329 bp):
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TTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTG
ATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTT
TTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAATTTAAGGGCTTTTCATGTTT
ATAA
Found at i:7264 original size:992 final size:986
Alignment explanation
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Period size: 992 Copynumber: 3.0 Consensus size: 986
5273 ACCTTGGACT
* *
5283 TATCGTTTTTCCTATATTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATTAATT-AGATGCTCA
1 TATCGTTTTTCC--TATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA-TAATTCAGATGCTCG
* * * * * * * * *
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** * * * * *
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* * * * **
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190 ATTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCT
* **
5539 CAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCGACACCAAAAAAAATTTAAGGGCTTT
255 CAATTTTTGGCCACAATACTCAT-AAAAATATATAACTCAAGTCC-AAAAAAATTTAAGGGCTTT
* *
5604 TCATGTTTATAATATCATTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAATATAATTC
318 TCATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTC
* * * * *
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383 AGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATA
* *
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* * * * *
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* * * **
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575 TTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATAACTCATAAAAAATATATAACTCAACACCAAA-AAATTTAA
* * * * * *
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* * ** * * *
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* * * ** * * * *
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* * * * *
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* * * *
6173 AAATTTTCCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCG
887 AAACTGT-CCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCTACAATACTCATAAAAAATATATAACTCA
* * **
6238 ACGCCAAAAATTTTTTAAGGGCTTTTCATGTTTATAA
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* *
6275 TATCGTGTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAACGAAACATAATTCAGATGCTCGTAA
1 TATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAA
* * * *
6340 AACCTTATCCTTGAACCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACAAAGATATTTTAAGGAGTC
66 AACCATATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTAAGGAGTC
* * *
6405 TTGCAGGCAAAAATCAGCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGCAACTCGTTTTTAGCCAAAAATTGTG
131 TTGCTGGCAAAAATCAGCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTAGCCAAAAATTGTG
* *
6470 ATGGTTAGTACACGATTTCGTCCAAAATTTTACAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTT
196 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTT
* * * * * * * * * * *
6535 CTGGCCACAACACTCGTAAAAATTATTTAATTCAAGTCCAAATAGATTGAAGGGATTTACACGCT
261 TTGGCCACAATACTCATAAAAA-TATATAACTCAAGTCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCATG-T
* * *
6600 TCA-ATTATCGTTTTTCCTATATTTTTCCGGATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATTAATT-AG
324 TTATAATATCGTTTTTCC--TA-TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA-TAATTCAG
** * ** * * * * *
6663 ATGCTCAAAAAAACAAATCCTTAAATTC-AATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAAATAT
385 ATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAA-TCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATAT
* * * * * * *
6727 TTCAATGACACATGGTGCCAAAACTCATGCAAAACTGTGTCAGGGCCCAGGAACACGTTTTTAGC
449 TTTAA-GACACTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACACGTTTTTAGC
* * *
6792 TAAAAACTGTAATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTCGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTT
513 -AAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTT
6857 TTCCTCAATTTTTGGCCACAAT-ACTCATAAAAAA-ATATAACTCAACACCGAAAAAATTTAAGG
577 TTCCTCAATTTTTGGCCACAATAACTCATAAAAAATATATAACTCAACACC-AAAAAATTTAA-G
* *
6920 GCTTTTCATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACCT
640 GCTTTTCATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAT
*
6985 AATTCAAATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACAT
705 AATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACAT
* * *
7050 ATATATTTTAAGGAGTCTTGCTGGAAAAAATCATCCAAAACTGTGTTGGGGCCTAGGAACTCGTT
770 AGATATTTTAAGGAGTCTTGCTGGAAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTT
* * * * *
7115 TTTAGCCACAAATTGTGATGGTTAGTACGTGATTTCGGCCAAAATTTTGTAAAAACTGTGCCGAT
835 TTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACGTGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAA
* * *
7180 AAATTTTTCCTCAATTTTCGGCTACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAGAAA-AT
900 AAATTTTTCCTCAATTTTTGGCTACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAA-AAATAT
*
7244 TTAAAGGCTTAACCTGTTTATAA
964 TTAAAGGCTTAACATGTTTATAA
*
7267 TATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAGCATAATTCAGATGCTCGTAA
1 TATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAA
* *
7332 AACCATATCCTTAAATCGTTTGTGGCTGTGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTAAGGAGTC
66 AACCATATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTAAGGAGTC
* *
7397 TTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTATCCAAAAATTGTG
131 TTGCTGGCAAAAATCAGCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTAGCCAAAAATTGTG
* *
7462 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCTGGAAAATTTTTCCTCAATTT
196 ATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTT
* *
7527 TTGGACACAATACTCATTAAAATATATAACTCAACGT-CAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCATGTT
261 TTGGCCACAATACTCATAAAAATATATAACTCAA-GTCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCATGTT
7591 TATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCT
325 TATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCT
7656 CGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTAAG
390 CGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTAA-
** * *
7721 GAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCGAGGAACACGTTTTTAACCAAAAA
454 GACACTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACACGTTTTT-AGCAAAAA
* *
7786 CTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTACAAAAACTGTCCCGAAAAAATTTTCCTC
518 CTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTC
* * *
7851 AGTTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATATAACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAA
583 AATTTTTGG--------C-C-------ACA-ATAACTCATAAAAAATATATAACTCAACACC-AA
* * *
7916 AAAATTTAAAGGCTTTTCCTGTTTATAATATCG-TTTTCCTTTTTTCCGAATTAAGTTCTAATTA
630 AAAATTT-AAGGCTTTTCATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTA
* *
7980 AATCGAAATATAATTCAGATGCTCGTAAAACGTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGT
694 AATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGT
* *
8045 TAGATGAACATAGATATTTTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAAA-CATCCAAAATTGTGTCGGGACC
759 TAGATGAACATAGATATTTTAAGGAGTCTTGCTGG-AAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCC
* * **
8109 TAGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTCATGATTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAA
823 TAGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACGTGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAA
* ** * *
8174 AACTGTTCTTAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGCCTACAATACTCATAAAAAATATATAACTTAAC
888 AACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCTACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAAC
8239 GCCAAAAA
953 GCCAAAAA
8247 AAGAATAGGG
Statistics
Matches: 1680, Mismatches: 234, Indels: 103
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
987 7 0.00
988 209 0.12
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1008 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (986 bp):
TATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAA
AACCATATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTAAGGAGTC
TTGCTGGCAAAAATCAGCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTAGCCAAAAATTGTG
ATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTT
TTGGCCACAATACTCATAAAAATATATAACTCAAGTCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCATGTTT
ATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTC
GTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTAAGA
CACTTGCTGGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACACGTTTTTAGCAAAAACTG
TGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAAT
TTTTGGCCACAATAACTCATAAAAAATATATAACTCAACACCAAAAAATTTAAGGCTTTTCATGT
TTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGC
TCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTAA
GGAGTCTTGCTGGAAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTAGCCAAAA
ACTGTGATGGTTAGTACGTGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCT
CAATTTTTGGCTACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAATATTTAAAGGCTTAA
CATGTTTATAA
Found at i:7901 original size:20 final size:18
Alignment explanation
Indices: 7867--7907 Score: 82
Period size: 18 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
7857 TGGCTAAAAT
7867 ACTCATAAAAAATATATA
1 ACTCATAAAAAATATATA
7885 ACTCATAAAAAATATATA
1 ACTCATAAAAAATATATA
7903 ACTCA
1 ACTCA
7908 ACGCCAAAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 23 1.00
ACGTcount: A:0.59, C:0.15, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (18 bp):
ACTCATAAAAAATATATA
Found at i:46286 original size:1 final size:1
Alignment explanation
Indices: 46280--46306 Score: 54
Period size: 1 Copynumber: 27.0 Consensus size: 1
46270 ATGCTCAGAG
46280 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
1 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
46307 TTCACATTCA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 26 1.00
ACGTcount: A:1.00, C:0.00, G:0.00, T:0.00
Consensus pattern (1 bp):
A
Done.