Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014917.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14950, whole genome shotgun sequence
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*
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* *
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1 T
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Statistics
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2846 AGACATGGGC
2856 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
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Statistics
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* * * * * * *
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323 TGATTTGAAGA
* * * *
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* * * *
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*
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* * * *
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* * * * *
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* *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* *
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* *
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323 TGATTTGAAGA
* *
41435 TTTATTTTTACGAACATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGG
1 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGG
* * *
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* ** * *
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195 ATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACACGTTCCAGGGCTC-CGGCTCAGTTTTGT
* * *
41692 ATGATTTTTGGCACCAAGACTCATTTGAATATCTATATTCATCTTACC-AAATCTCAGCCACATA
259 ATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATC-TGCCTAAATCTCAGCCACATA
* *
41756 AGATTTAAAGA
323 TGATTTGAAGA
* * * * * *
41767 TTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGGTTCGATTTAATAGGAAATTAACTCGGAAAAGCATTGG
1 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGG
* * * * *
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66 -AAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAACCCTTCAAT-ATTTTTGGCGATGATTTATATATTTTTT
* *
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129 ATGAGTATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGA
* *
41961 AATCGTGTGCGT---TATCACAGTTTTCGGCTTAAAAAACACGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTT
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* * **
42023 TGTATGATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTATATCTCAGCCATG
256 TGTATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCACA
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321 TATGATTTGAAGA
* * *
42101 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAAGT-CAGTTTCGATTTAGTTGGAAATTGATTCGGAAAAGTATAG
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* * *
42165 GAAAAACGATATTCGAAGCTTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGATGATTCATATATATTTTT
65 GAAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGATGATT--TATATATTTTT
* ** * *
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128 TATGAGTATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCG
* * * *
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193 AAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTG
* * * * * * *
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258 TATGA-TTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCACAT
* *
42424 AAGATTTAAAGA
322 ATGATTTGAAGA
* * * *
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1 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGG
* * * *
42501 AAAAACGATATTTGAAGCGTGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGATGATTTATAAATTTTTTAT
66 AAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGATGATTTATATATTTTTTAT
* * * * * *
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* * *
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195 ATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGTA
** * * * * * * * *
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260 TGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCACATATG
*
42758 ATTTAAAGA
325 ATTTGAAGA
*
42767 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATT-GAGAAAAGCATTG
1 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCG-GAAAAGCATAG
* * * *
42831 GAAAAACGATATTCTAAGGGTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATATATTTTTTA
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195 ATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGC-T-AAAAACACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTG
* *
43026 TATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTCGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCATATA
258 TATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCACATA
43091 TGATTTGAAGA
323 TGATTTGAAGA
*
43102 TTTGTTTTGACGAGCATCAGAAGT-CAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAG
1 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAA-TCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAG
* * * * *
43166 GAAAAACGATGTTCGAAGCTTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGATGATTCATATATTTTTTA
65 GAAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGATGATTTATATATTTTTTA
* ** *
43231 TGAGTATCTTGGCTGAAAATTTGAGGAAAAATCATTCGGGTCAACTTTTGCAAAATCTTGACCGA
130 TGAGTATTTTGGCCAAAAATTT-AGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGA
* ** ** * *
43296 AATCGTGTGCTAACCATCATAGTTTTCATCTAAAAATGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGT
194 AATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGT
* * * * *
43361 ATGATTTTTGGCGCCAAAACTCCTTGGAATATTTATATTCATCTACCCAAATCTCAGCCACATAA
259 ATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCACAT-A
*
43426 T-ATTTAAAGA
323 TGATTTGAAGA
43436 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGG
1 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGG
* * *
43501 AAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGATGATTTATAAATTTTTTAT
66 AAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGATGATTTATATATTTTTTAT
* * * * * * *
43566 GAGTATTTTGGCTAAAAATTTAGGAAAAATCATTTGGTTCAATTTTCG-AACATCTTCACTGAAA
131 GAGTATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAA
* * *
43630 TCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGC-CCGACTCAGATTTGTAT
196 TCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGTAT
** * * * * * * * *
43694 GATTTTTGAAGCCAAGAGTCCTTGGAAAATGTATATTCATCTACCCAAATCGCAGCCACATAGGA
261 GATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCACATATGA
*
43759 TTTAAAGA
326 TTTGAAGA
* * *
43767 TTTGTTTTTACGAGAATCAGAATCCAGTTTCGTTTTAATTGGAAATTAATT-GAGAAAAGCATTG
1 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCG-GAAAAGCATAG
** * * * *
43831 GAAAAACGATATTATAAGCGTAAAAAATCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATAGATTTTTTA
65 GAAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGATGATTTATATATTTTTTA
* * *
43896 TGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCATTCAGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAA
130 TGAGTATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAA
* *
43961 ATCGTGTGCTATCCATCACAGTTTTCGGCTTAAAAAACACGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTG
195 ATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGC-T-AAAAACACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTG
* * *
44026 TATGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCAGCCTAAATCTCAGCCATATA
258 TATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCACATA
44091 TGATTTGAAGA
323 TGATTTGAAGA
* *
44102 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTATCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGT
1 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGG
* * * *
44167 AAAAACGATATTCGAAGCGT-CAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATATATCTTTTAA
66 AAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGATGATTTATATATTTTTTAT
* * *
44231 GAGTATTTTGGCCAAAAATTTAAGAAAAATTATTCGGGTCAA--TTTGCAAAATCTTGACCGATA
131 GAGTATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAA
*
44294 TCGTGT--T-A-CATCACAGTTTTCGGCTTAAAAAACACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAATTTTGT
196 TCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGC-T-AAAAACACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGT
* * *
44355 ATGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCAGCCTAAATCTCAGCCATATAT
259 ATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCACATAT
44420 GATTTGAAGA
324 GATTTGAAGA
*
44430 TTTGTTTTTACAAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAA-CATAGG
1 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGG
* * *
44494 AAAAACGATATTCGAAGCGTCAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATAGATTTTTTAT
66 AAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGATGATTTATATATTTTTTAT
*
44559 GAGTATTTTGGCCAAAAATTCAGGAAAAATCATT-GGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAA
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* * * * *
44623 TTGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTTAAAAAATACGTTCCGGGGATCCGGCTCATTTTTGT
196 TCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGC-T-AAAAACACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGT
* * * *
44688 ATGATTTTTGGCGCCAAGATTCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCGTAAATCTCAGTCATATAT
259 ATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCACATAT
44753 GATTTGAAGA
324 GATTTGAAGA
* *
44763 TTTGGTTTTACGAGCATTAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGG
1 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGG
** ** * * *
44828 AAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAACCCTTTGATAAATTTGGAGATGATTTATATATTTATAAT
66 AAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGATGATTTATATATTTTTTAT
* * * *
44893 GAGTATTTT-GCTCAAAAATTGAGGAAAAATCATTTGGCTCAATTTTTGCAAAATCTTAACCGAA
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* * * * * *
44957 ATCGTGTGCTAACCATCCCAGTTTTCAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGTA
195 ATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGTA
* * * *
45022 TGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGGAATATCTATATTCATCTACAC-AAATCTCAGCCACATAA
260 TGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTGC-CTAAATCTCAGCCACATAT
*
45086 GATTTAAAGA
324 GATTTGAAGA
* *
45096 TTTTTTTTTACGAGCA-CTAGAATCCAGTTTCGAATTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAG
1 TTTGTTTTTACGAGCATC-AGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAG
* *
45160 GAAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAACCATTCAATATTTTTGGAGATGATTTATATATTTTTTA
65 GAAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGATGATTTATATATTTTTTA
** * * *
45225 TGAGTATTTTGGTAAAAAATTGAGGAAAAATCATTTGGGTCAATTTTTGCAAATTCTTGACCGAA
130 TGAGTATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAA
* *
45290 ATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTTAAAAACACGTTCCGGGGCTCCGGCTCACTTTTGT
195 ATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGC-TAAAAACACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGT
* *
45355 ATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTTG-ATATCTATATTGATCTGCCTAAATCTCAGCCATATA
259 ATGATTTTTGGCGCCAAGACTCC-TTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCACATA
*
45419 TAATTTGAAGA
323 TGATTTGAAGA
* *
45430 TTT-TTTTTACGAGCATCATAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATTGG
1 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGG
** * * *
45494 AAAAACGATATTATAAGCGTAAAAAACCCTTCAATATTGTTGGCTATGATTTATATATTTTTTAT
66 AAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGATGATTTATATATTTTTTAT
45559 GAGTATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAA
131 GAGTATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAA
45624 TCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTTAAAAAACACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGT
196 TCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGC-T-AAAAACACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGT
* *
45689 ATGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCATATAT
259 ATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCACATAT
45754 GATTTGAAGA
324 GATTTGAAGA
*
45764 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATTGG
1 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGG
** * * *
45829 AAAAACGATATTATAAGCGTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATATATTTTTTAC
66 AAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGATGATTTATATATTTTTTAT
*
45894 GAGTATTGTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAA
131 GAGTATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAA
*
45959 TCGTGTGCTAACTATCACAGTTTTCGGCTTAAAAAACACGTTC
196 TCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGC-T-AAAAACACGTTC
Statistics
Matches: 4695, Mismatches: 452, Indels: 153
0.89 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
322 135 0.03
323 54 0.01
325 87 0.02
326 5 0.00
327 32 0.01
328 251 0.05
329 78 0.02
330 250 0.05
331 469 0.10
332 409 0.09
333 1077 0.23
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337 14 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (333 bp):
TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGG
AAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCGATGATTTATATATTTTTTAT
GAGTATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAA
TCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGTAT
GATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCACATATGA
TTTGAAGA
Found at i:43626 original size:1000 final size:998
Alignment explanation
Indices: 40450--46001 Score: 7875
Period size: 1000 Copynumber: 5.6 Consensus size: 998
40440 GCATACTATC
* * *
40450 TTTGTTTTTACGAGCATTAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTTGGAAAAACATAGG
1 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGG
* *
40515 AAAAACGATATTCGAAGCTTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGATGATTTATATATTTTTTAT
66 AAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGATGATTTATATATTTTTTAT
*
40580 GAGTATTTTGGCCAAAATTTGAGG-AAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAA
131 GAGTATTTTGGCAAAAATTT-AGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAA
* * *
40644 TCGTGTGCGT---TATCACAGTTTTCGGCTAAAAATGCGTTCCGGGGTCTC-AGCTCAGTTTTGT
195 TCGTGTGC-TAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGG-CTCGA-CTCAGTTTTGT
* * * *
40705 ATGATTTTTGGCA-CCTAGACTCCTTGGAATATCTATATTTATCTACCCAAATCTCAACCAC---
257 ATGATTTTT-GAAGCCAAGACTCCTTGGAATATCTATATTCATCTACCCAAATCTCAGCCACATA
* * *
40766 --A--T-AAGATTTGTTTTTACGAGAATCAGAATCCAGTTTCAATTTATTTGGAAATTAATTCGG
321 GGATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGG
* * * * *
40826 AAAAACATAGGAAAAATGATATTCGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTAA
386 AAAAGCATTGGAAAAACGATATTCGAAGCGTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTAT
*
40891 ATATGTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAAT
451 ATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAAT
* * * * *
40956 CTTGACAGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGTC-T-AAAAACACGTTCCAGGGATCCGA
516 CTTGACCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTTAAAAAACACGTTCCGGGGCTCCGG
* * * * *
41019 CTCAGTTTAGTATGATTTTTGGCGCCAAAACTCCTTTGAAAATCTATATTAACCTGCCTAAATCT
581 CTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCT
** *
41084 CAGCCGCATATGATTTGAAGATTTGTTTTTACGAGCATCAGGATCCAGTTTCGATTTAATTGGAA
646 CAGCCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAA
* * *
41149 ATTAATTCGGAAAAGTATAGGAAAAACAATATTCGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGC
711 ATTAATTCGGAAAAGCATAGGAAAAACGATATTCGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGC
* * * * * *
41214 GATAATTTATATATTTTTCATGATTATTTTGACCAAAGATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATT
776 GATGATTTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCTAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATT
* * * *
41279 TTCGCAAAATCTTGACCGAAATCGTGTGC-GA--ATCACAATTTTCGGCTAAAAACATGTTCCGA
841 TT-GCAAAATCTTGACCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACACGTTCCGG
41341 GGCTCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATAC-A
905 GGCTCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCAT-CTA
* * **
41405 CACAAATCTCAACCACATAGGATTTAAAGA
969 CCCAAATCTCAGCCACATAATATTTAAAGA
* *
41435 TTTATTTTTACGAACATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGG
1 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGG
* *
41500 AAAAACGATATTCGAAGCTTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGATGATTTATATATTTTTTAT
66 AAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGATGATTTATATATTTTTTAT
*
41565 GAGTATTTTGGCCAAAATTTGAGG-AAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAA
131 GAGTATTTTGGCAAAAATTT-AGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAA
* * *
41629 TCTTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAATGCGTTCCGGGGCCTC-AGCTCAGTTTTGTA
195 TCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGG-CTCGA-CTCAGTTTTGTA
* * *
41693 TGATTTTTGGCA-CCAAGACTCATTTGAATATCTATATTCATCTTA-CCAAATCTCAGCCACATA
258 TGATTTTT-GAAGCCAAGACTCCTTGGAATATCTATATTCATC-TACCCAAATCTCAGCCACATA
* * * * * *
41756 AGATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGTATCAAAATCCAGGTTCGATTTAATAGGAAATTAACTCGG
321 GGATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGG
* * * * *
41821 AAAAGCATTGGAAAAAACGATATTCGAAGCTTTAAAAACCCTGCAATCA-TTTTGGCGATGATTA
386 AAAAGCATTGG-AAAAACGATATTCGAAGCGTAAAAAACCCTTCAAT-ATTTTTGGCTATGATTT
* * *
41885 ATATATTTCTTATGAGTATTTTGGCTAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTTAATTTTTGCAAA
449 ATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAA
*
41950 ATCTTGACCGAAATCGTGTGCGT---TATCACAGTTTTCGGCTTAAAAAACACGTTCCGGGGCTC
514 ATCTTGACCGAAATCGTGTGC-TAACCATCACAGTTTTCGGCTTAAAAAACACGTTCCGGGGCTC
* *
42012 CGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTATA
578 CGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAA
* *
42077 TCTCAGCCATGTATGATTTGAAGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAAGT-CAGTTTCGATTTAGTT
643 TCTCAGCCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAA-TCCAGTTTCGATTTAATT
* * *
42141 GGAAATTGATTCGGAAAAGTATAGGAAAAACGATATTCGAAGCTTTAAAAACCCTTCAATCTTTT
707 GGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGGAAAAACGATATTCGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTT
* *
42206 TGGCGATGATTCATATATATTTTTTATGAGTATCTTGGCTGAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGG
772 TGGCGATGATT--TATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCTAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGG
* * * *
42271 TCAATTTTTGCAAAATCCTGGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCG
835 TCAA-TTTTGCAAAATCTTGACCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACACG
* * * * * *
42336 TTCCAGGGCCCCGACTCAGTTTTGTATGATTTTTTGG-GCCAAAAATCCTTGGAATATCTATATT
899 TTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGTATGA-TTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATT
* * *
42400 TATCTACCCAAATTTCAGCCACATAAGATTTAAAGA
963 CATCTACCCAAATCTCAGCCACATAATATTTAAAGA
* * * *
42436 TTTGTTTTTACGAGTATCAGAATCTAGTTTCGATTTAATAGGAAATTAATTCTGAAAAGCATAGG
1 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGG
* * *
42501 AAAAACGATATTTGAAGCGTGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGCGATGATTTATAAATTTTTTAT
66 AAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGATGATTTATATATTTTTTAT
* * * * *
42566 GAGTATTTTGGCTAAAAATTTAGGAAAAATCATTTGGTTCAA-TTTT-CTAACATCTTCACTGAA
131 GAGTATTTTGGC-AAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGC-AAAATCTTGACCGAA
*
42629 ATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCTCGACTCAGATTTGTAT
194 ATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCTCGACTCAGTTTTGTAT
* * * *
42694 GATTTTTGAAGCCAAGAGTCCTTGGAAAATGTATATTCATCTACCCAAATCGCAGCCACATAGGA
259 GATTTTTGAAGCCAAGACTCCTTGGAATATCTATATTCATCTACCCAAATCTCAGCCACATAGGA
42759 TTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATT-GAGAA
324 TTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCG-GAA
* *
42823 AAGCATTGGAAAAACGATATTCTAAGGGTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATAT
388 AAGCATTGGAAAAACGATATTCGAAGCGTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATAT
42888 ATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCT
453 ATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCT
*
42953 TGACCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTTAAAAAACACGTTCCAGGGCTCCGGCT
518 TGACCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTTAAAAAACACGTTCCGGGGCTCCGGCT
*
43018 CAGTTTTGTATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTCGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCA
583 CAGTTTTGTATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCA
*
43083 GCCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTGACGAGCATCAGAAGT-CAGTTTCGATTTAATTGGAAA
648 GCCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAA-TCCAGTTTCGATTTAATTGGAAA
* *
43147 TTAATTCGGAAAAGCATAGGAAAAACGATGTTCGAAGCTTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCG
712 TTAATTCGGAAAAGCATAGGAAAAACGATATTCGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCG
* * *
43212 ATGATTCATATATTTTTTATGAGTATCTTGGCTGAAAATTTGAGGAAAAATCATTCGGGTCAACT
777 ATGATTTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCTAAAAATTT-AGGAAAAATCATTCGGGTCAA-T
* ** **
43277 TTTGCAAAATCTTGACCGAAATCGTGTGCTAACCATCATAGTTTTCATCTAAAAATGCGTTCCGG
840 TTTGCAAAATCTTGACCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACACGTTCCGG
* * * *
43342 GGCCCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGCCAAAACTCCTTGGAATATTTATATTCATCTAC
905 GGCTCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTAC
43407 CCAAATCTCAGCCACATAATATTTAAAGA
970 CCAAATCTCAGCCACATAATATTTAAAGA
43436 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGG
1 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGG
* *
43501 AAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGATGATTTATAAATTTTTTAT
66 AAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGATGATTTATATATTTTTTAT
* * * * * *
43566 GAGTATTTTGGCTAAAAATTTAGGAAAAATCATTTGGTTCAATTTTCG-AACATCTTCACTGAAA
131 GAGTATTTTGGC-AAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAA
* *
43630 TCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCCGACTCAGATTTGTATG
195 TCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCTCGACTCAGTTTTGTATG
* * * *
43695 ATTTTTGAAGCCAAGAGTCCTTGGAAAATGTATATTCATCTACCCAAATCGCAGCCACATAGGAT
260 ATTTTTGAAGCCAAGACTCCTTGGAATATCTATATTCATCTACCCAAATCTCAGCCACATAGGAT
* *
43760 TTAAAGATTTGTTTTTACGAGAATCAGAATCCAGTTTCGTTTTAATTGGAAATTAATT-GAGAAA
325 TTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCG-GAAA
** * *
43824 AGCATTGGAAAAACGATATTATAAGCGTAAAAAATCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATAGA
389 AGCATTGGAAAAACGATATTCGAAGCGTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATATA
* * *
43889 TTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCATTCAGGTCAATTTTTGCAAAATCTT
454 TTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTT
*
43954 GACCGAAATCGTGTGCTATCCATCACAGTTTTCGGCTTAAAAAACACGTTCCGGGGCTCCGGCTC
519 GACCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTTAAAAAACACGTTCCGGGGCTCCGGCTC
* *
44019 AGTTTTGTATGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCAGCCTAAATCTCAG
584 AGTTTTGTATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAG
*
44084 CCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTATCGATTTAATTGGAAATT
649 CCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATT
* * * *
44149 AATTCGGAAAAGCATAGTAAAAACGATATTCGAAGCG-TCAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTAT
714 AATTCGGAAAAGCATAGGAAAAACGATATTCGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGAT
* * * * *
44213 GATTTATATATCTTTTAAGAGTATTTTGGCCAAAAATTTAAGAAAAATTATTCGGGTCAA-TTTG
779 GATTTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCTAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTG
* *
44277 CAAAATCTTGACCGATATCGTGT--T-A-CATCACAGTTTTCGGCTTAAAAAACACGTTCCAGGG
844 CAAAATCTTGACCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGC-T-AAAAACACGTTCCGGGG
* *
44338 CTCCGGCTCAATTTTGTATGATTTTTGGCACCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATC-AGCC
907 CTCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTA-CC
* * *
44402 TAAATCTCAGCCATAT-ATGATTTGAAGA
971 CAAATCTCAGCCACATAAT-ATTTAAAGA
*
44430 TTTGTTTTTACAAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAA-CATAGG
1 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGG
* * * *
44494 AAAAACGATATTCGAAGCGTCAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATAGATTTTTTAT
66 AAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGATGATTTATATATTTTTTAT
*
44559 GAGTATTTTGGCCAAAAATTCAGGAAAAATCATT-GGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAA
131 GAGTATTTTGG-CAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAA
* ** * * * *
44623 TTGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTTAAAAAATACGTTCCGGGGATCCGGCTCATTTTTGT
195 TCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGC-T-AAAAACGCGTTCCAGGGCT-CGACTCAGTTTTGT
** * * * ** * * *
44688 ATGATTTTTGGCGCCAAGATTCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCGTAAATCTCAGTCATATAT
257 ATGATTTTTGAAGCCAAGACTCCTTGGAATATCTATATTCATCTACCCAAATCTCAGCCACATAG
* * *
44753 GATTTGAAGATTTGGTTTTACGAGCATTAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGA
322 GATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGA
* * ** ** **
44818 AAAGCATAGGAAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAACCCTTTGATAAATTTGGAGATGATTTATA
387 AAAGCATTGGAAAAACGATATTCGAAGCGTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATA
* * * * *
44883 TATTTATAATGAGTATTTT-GCTCAAAAATTGAGGAAAAATCATTTGGCTCAATTTTTGCAAAAT
452 TATTTTTTATGAGTATTTTGGC-CAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAAT
* * * * *
44947 CTTAACCGAAATCGTGTGCTAACCATCCCAGTTTTCAGC-T-AAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGG
516 CTTGACCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTTAAAAAACACGTTCCGGGGCTCCGG
* * * *
45010 CTCAATTTTGTATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTTGGAATATCTATATTCATCTACAC-AAATC
581 CTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTGC-CTAAATC
* * * * *
45074 TCAGCCACATAAGATTTAAAGATTTTTTTTTACGAGCA-CTAGAATCCAGTTTCGAATTAATTGG
645 TCAGCCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTACGAGCATC-AGAATCCAGTTTCGATTTAATTGG
* * *
45138 AAATTAATTCGGAAAAGCATAGGAAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAACCATTCAATATTTTTG
709 AAATTAATTCGGAAAAGCATAGGAAAAACGATATTCGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTG
* * *
45203 GAGATGATTTATATATTTTTTATGAGTATTTTGG-TAAAAAATTGAGGAAAAATCATTTGGGTCA
774 GCGATGATTTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCT-AAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCA
*
45267 ATTTTTGCAAATTCTTGACCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTTAAAAACACGTT
838 A-TTTTGCAAAATCTTGACCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGC-TAAAAACACGTT
* *
45332 CCGGGGCTCCGGCTCACTTTTGTATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTTG-ATATCTATATTGA
901 CCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGCCAAGACTCC-TTTGAATATCTATATTCA
* * * *
45396 TCTGCCTAAATCTCAGCCATAT-ATAATTTGAAGA
965 TCTACCCAAATCTCAGCCACATAAT-ATTTAAAGA
* *
45430 TTT-TTTTTACGAGCATCATAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATTGG
1 TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGG
** * * * *
45494 AAAAACGATATTATAAGCGTAAAAAACCCTTCAATATTGTTGGCTATGATTTATATATTTTTTAT
66 AAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGATGATTTATATATTTTTTAT
45559 GAGTATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAA
131 GAGTATTTTGG-CAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAA
* *
45624 TCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTTAAAAAACACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGT
195 TCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGC-T-AAAAACGCGTTCCAGGGCT-CGACTCAGTTTTGT
** * * * * *
45689 ATGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCATATAT
257 ATGATTTTTGAAGCCAAGACTCCTTGGAATATCTATATTCATCTACCCAAATCTCAGCCACATAG
*
45754 GATTTGAAGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGA
322 GATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGA
**
45819 AAAGCATTGGAAAAACGATATTATAAGCGTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATA
387 AAAGCATTGGAAAAACGATATTCGAAGCGTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATA
* *
45884 TATTTTTTACGAGTATTGTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATC
452 TATTTTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATC
*
45949 TTGACCGAAATCGTGTGCTAACTATCACAGTTTTCGGCTTAAAAAACACGTTC
517 TTGACCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTTAAAAAACACGTTC
Statistics
Matches: 4152, Mismatches: 345, Indels: 122
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
984 1 0.00
985 196 0.05
987 102 0.02
988 2 0.00
992 25 0.01
993 143 0.03
994 341 0.08
995 153 0.04
996 617 0.15
997 29 0.01
998 94 0.02
999 288 0.07
1000 1208 0.29
1001 910 0.22
1002 32 0.01
1003 11 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (998 bp):
TTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGG
AAAAACGATATTCGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGATGATTTATATATTTTTTAT
GAGTATTTTGGCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAAT
CGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCTCGACTCAGTTTTGTATGA
TTTTTGAAGCCAAGACTCCTTGGAATATCTATATTCATCTACCCAAATCTCAGCCACATAGGATT
TAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAG
CATTGGAAAAACGATATTCGAAGCGTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATATATT
TTTTATGAGTATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGA
CCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTTAAAAAACACGTTCCGGGGCTCCGGCTCAG
TTTTGTATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCC
ATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAA
TTCGGAAAAGCATAGGAAAAACGATATTCGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGATGA
TTTATATATTTTTTATGAGTATTTTGGCTAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTGCA
AAATCTTGACCGAAATCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACACGTTCCGGGGCTCC
GGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTTGAATATCTATATTCATCTACCCAAAT
CTCAGCCACATAATATTTAAAGA
Done.