Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01014918.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig14951, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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172 GCGCCAAGAC
182 TCCTTCGAATATCTATATTCATCAGCCTAAATCTCAGCCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTA
1 TCCTTCGAATATCTATATTCATCAGCCTAAATCTCAGCCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTA
*
247 CAAGCATTAGAATCCAGTTTCGATTTAATAGGAAATTAATTCGGAAAAACATAGGAAAAACGATA
66 CAAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATAGGAAATTAATTCGGAAAAACATAGGAAAAACGATA
312 T
131 T
* *
313 TCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTA
1 TCCTTCGAATATCTATATTCATCAGCCTAAATCTCAGCCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTA
* * * *
378 CGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATTGGAAAAACGATA
66 CAAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATAGGAAATTAATTCGGAAAAACATAGGAAAAACGATA
443 T
131 T
444 TC
1 TC
446 AAAGCGTAAA
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 7, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
131 126 1.00
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Consensus pattern (131 bp):
TCCTTCGAATATCTATATTCATCAGCCTAAATCTCAGCCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTA
CAAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATAGGAAATTAATTCGGAAAAACATAGGAAAAACGATA
T
Found at i:1102 original size:333 final size:333
Alignment explanation
Indices: 313--3755 Score: 3876
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303 AAAACGATAT
313 TCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTA
1 TCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTA
*
378 CGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATTGGAAAAACGATA
66 CGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGGAAAAACGATA
* *
443 TTCAAAGCGTAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATATATTTTTTATGAGTATTTTG
131 TTCGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATATATTTTTTATGAGTATTTTG
*
508 GCCAAAAATTTAAGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAATCGTGTGCTA
196 GCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAATCGTGTGCTA
*
573 ACCATCACAGTTTTCGGCTTAAAAAACACGTTCCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTG
261 ACCATCACAGTTTTCGGC-T-AAAAACACGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTG
638 GCGCCAAGAC
324 GCGCCAAGAC
* *
648 TCCTTCGAATATCTATATTCATCAGCCTAAATCTCAGCCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTA
1 TCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTA
* * *
713 CAAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTATTTCGGAAAAGTATAGGAAAAACGATA
66 CGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGGAAAAACGATA
* *
778 TTCGAAGCGTCAAAAACCCTTCAATATTTTTTGCTATGATTTATATATTTTTTATGAGTATTTTG
131 TTCGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATATATTTTTTATGAGTATTTTG
* * * *
843 GCCAGAAATTTAGGAAAAAACACTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTTACCGAAATCGTGTGCTA
196 GCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAATCGTGTGCTA
* * * * *
908 ACCATCATAGTTTTCAGCTAAGAATACGTTCCGGGGCTCCGACTCAGTTTTGTAT-ATTTTTGGC
261 ACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACACGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGC
972 GCCAAAGAC
326 GCC-AAGAC
* * * * * *
981 TCCTTTGAAAATCTATATTCATCTGCTTTAATCTCAACCACATATGATTTGAATATTTGTTTTTA
1 TCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTA
* * *
1046 CGGGCATCAGAATCCAATTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGTATAGGAAAAACGATA
66 CGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGGAAAAACGATA
* * * * *
1111 TTCGAATCTTTAAAAACCCTTCAATATTTTTGG-TGATGATTCACATATTCTTTATGAGTATTTT
131 TTCGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCT-ATGATTTATATATTTTTTATGAGTATTTT
*** * *
1175 GGCTTCAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTTAATTTTTGGAAAATCTTGACCGAAATCGTGTGC-
195 GGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAATCGTGTGCT
* * *
1239 -A--ATCACAGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGC-CTCGGCTCAGTTTTGTATCATTTTTT
260 AACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACACGTTCCGGGGCTC-CGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTG
1300 GCGCCAAGAC
324 GCGCCAAGAC
* * * * * * **
1310 TCCTTGGAATATCTATATTCATCTACCCAAATCTTAGCCACATAAGATTCAAAGATTTGTTTTTA
1 TCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTA
* * *
1375 CGAGCACCAGAATCTAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAGGCATAGGAAAAACGATA
66 CGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGGAAAAACGATA
* * * ** *
1440 TTTGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATATTTTTGGAGATGATTAATATATTTTTTATGAGTATTTTG
131 TTCGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATATATTTTTTATGAGTATTTTG
* * *
1505 GTC-AAAATTTGAGGAAAAATCATTTGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAATCGTGTACT
196 GCCAAAAATTT-AGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAATCGTGTGCT
* * *
1569 AAGTAGCAACTATCACAATTTTCGGCTAAAAACACGTTTCAGGGCTCCGGCTCAGTTTTGTATGA
260 -A--A-C--C-ATCACAGTTTTCGGCTAAAAACACGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGTATGA
1634 TTTTTGGCGCCAAGAC
318 TTTTTGGCGCCAAGAC
* * * * *
1650 TCCTTTGAATATCTATATTCATCTACCCAAATCT-AGGCCACATAAGGTTT-AACGATTTGTTTT
1 TCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCA-GCCATATATGATTTGAA-GATTTGTTTT
* * *
1713 TACGAGTATCAGAGTCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAGAGCATAGGAAAAACGA
64 TACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGGAAAAACGA
* *
1778 TATTCAAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGA-TT-TATATTTTTTATGAGTATTT
129 TATTCGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATATATTTTTTATGAGTATTT
* * * *
1841 TGGCCAAAAATTTAGGAAAAATTATTCGGGTGAATTTTTGCCAAATCTTAACCGAAATCGTGTGC
194 TGGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAATCGTGTGC
* *
1906 TAACCATCACTGTTTTCGGCTTAAAAAACACGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGTATAATTTT
259 TAACCATCACAGTTTTCGGC-T-AAAAACACGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTT
**
1971 TGGCTTCAAGAC
322 TGGCGCCAAGAC
* * *
1983 TACTTTGAATATCTATATACATCTGCCTATATCTCAGCCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTA
1 TCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTA
* * *
2048 CGAGCATCAGAATCCAATTTCGATTTAATTGGTAATTAATTCGGAAAATCATAGGAAAAACGATA
66 CGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGGAAAAACG--A
* * * * *
2113 TTATTTGAAGCTTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGATGATTCATATATTTTTTATGAGTATT
129 -TATTCGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATATATTTTTTATGAGTATT
* * * * * *
2178 TTGGCTAAAAATTT-TGAAAAATCTTTCGGATCAAGTTTTGCAAAATCTTGACCGAAATCGTGTA
193 TTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAATCGTGTG
* *
2242 CTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAATACGTTCCGGGTCTCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTT
258 CTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACACGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTT
*
2307 GACGCCAAGAC
323 GGCGCCAAGAC
2318 TCCTTTG-A-A--TATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTA
1 TCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTA
*
2379 CGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATTGGAAAAAACGAT
66 CGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGG-AAAAACGAT
** * * *
2444 ATTATAAGCGTAAAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATAAATTTTTTATGAATATTT
130 ATTCGAAGCGT-TAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATATATTTTTTATGAGTATTT
2509 TGGCCAAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTTGCAAAATCTTGACCGAAATCGTGT
194 TGGCC-AAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAA-TTTTTGCAAAATCTTGACCGAAATCGTGT
* *
2574 GCTAACTATCACAGTTTTCGGCTTAAAAAACACGTTCTGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGTATGATT
257 GCTAACCATCACAGTTTTCGGC-T-AAAAACACGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGTATGATT
*
2639 TTTGGTGCCAAGAC
320 TTTGGCGCCAAGAC
2653 TCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTA
1 TCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTA
* * * *
2718 CGAGCATTAGAAGT-CAATTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGAATTGGAAAAACGAT
66 CGAGCATCAGAA-TCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGGAAAAACGAT
** * *
2782 ATTCGAAGTTTTAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCGATGATTTATATATTTTTTATGAGTATTTT
130 ATTCGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATATATTTTTTATGAGTATTTT
* * * *
2847 GGCTAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTCG-AACATCTTGACCGAAATCGTGTGTT
195 GGCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAATCGTGTGCT
* * * * * * * * *
2911 AACCATCGCGGTTTTTGGCTCAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCT-TGATTGTTG
260 AACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACACGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTG-TATGATTTTTG
* *
2975 G-GACAAAAAC
324 GCG-CCAAGAC
* * *
2985 TCC-TTGAAATATCTATATTCATCTAACC-AAAGT-TTAGCCACA-ATGGATTT-AAGAATTTGT
1 TCCTTTG-AATATCTATATTCATCT-GCCTAAA-TCTCAGCCATATAT-GATTTGAAG-ATTTGT
* * ** ** * ** * *
3045 TTTTACGAGTATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTC-GAAAAAAAAATGAAAAA
61 TTTTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATA-GGAAAA
* * * * * * * * * *
3109 ACGATATTGGAAGCG-TGAAAACCATTTTAAT-TTTTTGGGGT-TGAATAATATAGTTTTTCTAA
125 ACGATATTCGAAGCGTTAAAAACC-CTTCAATATTTTT-GGCTATGATTTATATATTTTTTATGA
* * * * * * * * *
3171 GTATTGTGACAAAAAATTGAGGAAAAA-CTTTTCGGGTTAGTTTTTGTAAAATTTTAGA-CGAAA
188 GTATTTTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATC-ATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTT-GACCGAAA
** * * * * * * * *
3234 TCGTGTATTAACCATCAC-GTTTTTGGCTAATAACGCCTTCTGGAGC-CCTGTCTCAATTTTGCT
251 TCGTGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACACGTTCCGGGGCTCC-GGCTCAGTTTTG-T
*
3297 -TGATTTTTGGCG-AAAGAC
314 ATGATTTTTGGCGCCAAGAC
** * ** *
3315 TCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACC-AAATCTTTGCCACA-ATGGATTT-AAGTATTTGTTT
1 TCCTTTGAATATCTATATTCATCT-GCCTAAATCTCAGCCATATAT-GATTTGAAG-ATTTGTTT
* ** * ** * **
3377 TTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAAAAATAAATTC-GAAAAAAAT-GGAAAAACG
63 TTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGGAAAAACG
* * * * * * * * * * *
3440 ATATTGGAAGCG-TGAAAACCATTTTAAT-TTTTGGGGT-TGAATAATATAGTTCTTCTGAGTAT
128 ATATTCGAAGCGTTAAAAACC-CTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATATATTTTTTATGAGTAT
** * * * * *
3502 TACGG-CAAAAATTGAGGAAAAA-CTTTTCAGGT-AAGTTTTTGCAAATTTTTTG-CCGAAATCG
192 TTTGGCCAAAAATTTAGGAAAAATC-ATTCGGGTCAA-TTTTTGCAAA-ATCTTGACCGAAATCG
** * * ** * * * * *** * *
3563 TGTATTAACTATCACGGTTTTTAGTTAAAAACGCATTCAGCAACCCCGGCTCAATTTTGCT-TGA
254 TGTGCTAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACACGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTG-TATGA
*
3627 TTTTTGGCGCAAAGAC
318 TTTTTGGCGCCAAGAC
** * * * *
3643 TCCTTCAAATATCTATATTCATCTAACC-AAATCTTAGCCACA-ATGGATTT-AAGGGTTTGTTT
1 TCCTTTGAATATCTATATTCATCT-GCCTAAATCTCAGCCATATAT-GATTTGAA-GATTTGTTT
* ** ** * *
3705 TTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGAAAAA
63 TTACGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAA
3756 AAATTGAAAA
Statistics
Matches: 2742, Mismatches: 298, Indels: 142
0.86 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
325 1 0.00
326 57 0.02
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328 157 0.06
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340 213 0.08
341 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (333 bp):
TCCTTTGAATATCTATATTCATCTGCCTAAATCTCAGCCATATATGATTTGAAGATTTGTTTTTA
CGAGCATCAGAATCCAGTTTCGATTTAATTGGAAATTAATTCGGAAAAGCATAGGAAAAACGATA
TTCGAAGCGTTAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTATGATTTATATATTTTTTATGAGTATTTTG
GCCAAAAATTTAGGAAAAATCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATCTTGACCGAAATCGTGTGCTA
ACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACACGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGGC
GCCAAGAC
Found at i:4364 original size:96 final size:95
Alignment explanation
Indices: 4184--4383 Score: 242
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4174 GCAGAGAGGA
* *
4184 TTTTTACAGATAAGTGTAAAGGGTCCAAAATAATCAATATTTTCGGTGATATACGAAAAATATTA
1 TTTTTACAGATAAGTGTAAAGGATCCAAAATAATCAAAATTTTCGGTGATATACGAAAAATATTA
* *
4249 CAATTAAGGTAATACAATGACGTGTCGTGGG
66 CAATTAAGGTAATA-AATGACCTGTCGTGAG
* * * * *
4280 TTTTTACAGATAAGTGTAAAGGATCTAGATTAATTAAAATTTT-GTGTGTTATACGAAAAATATT
1 TTTTTACAGATAAGTGTAAAGGATCCAAAATAATCAAAATTTTCG-GTGATATACGAAAAATATT
* * *
4344 ATAATTATGGTAGAGT-AATGACCTGTCGTGAT
65 ACAATTAAGGTA-A-TAAATGACCTGTCGTGAG
4376 TTTTTACA
1 TTTTTACA
4384 AATTAGTATA
Statistics
Matches: 89, Mismatches: 12, Indels: 6
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
95 1 0.01
96 86 0.97
97 1 0.01
98 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (95 bp):
TTTTTACAGATAAGTGTAAAGGATCCAAAATAATCAAAATTTTCGGTGATATACGAAAAATATTA
CAATTAAGGTAATAAATGACCTGTCGTGAG
Found at i:4702 original size:31 final size:31
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Indices: 4667--4731 Score: 112
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4657 AAGGGACTGA
4667 TTTGTCCCAAAAGAAAAACATAAGGGATTTT
1 TTTGTCCCAAAAGAAAAACATAAGGGATTTT
**
4698 TTTGTCTTAAAAGAAAAACATAAGGGATTTT
1 TTTGTCCCAAAAGAAAAACATAAGGGATTTT
4729 TTT
1 TTT
4732 TAGTATTTAG
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
31 32 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (31 bp):
TTTGTCCCAAAAGAAAAACATAAGGGATTTT
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Indices: 4883--5122 Score: 324
Period size: 126 Copynumber: 1.9 Consensus size: 126
4873 ATTCCCTAAA
* * *
4883 AAAATGGTAAAGATAAAATAGTTATAAAAAATATTGAATTTAATTAAATAAAAATAGAATTTTTG
1 AAAATGCTAAAAATAAAATAGTTATAAAAAATATTGAATTTAATTAAATAAAAATAGAATTTTTA
* **
4948 ATAAAATAAAACTGTAAAATTTTAAATAAT-ATCATTTTTGAAATATATTTAATTAAAATAGT
66 ATAAAATAAAACTGTAAAAGTTTAAA-AATGA-CATTTAAGAAATATATTTAATTAAAATAGT
* * *
5010 AAAATGCTAAAAATAAAATAGTTAT-AAATATATT-AGATTTGATTAAATAAAAATAGAGTTTTT
1 AAAATGCTAAAAATAAAATAGTTATAAAAAATATTGA-ATTTAATTAAATAAAAATAGAATTTTT
* * *
5073 AATTAAGTAAAATTGTAAAAGTTTAAAAATGACATTTAAGAAATATATTT
65 AATAAAATAAAACTGTAAAAGTTTAAAAATGACATTTAAGAAATATATTT
5123 GAAAAATAAG
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 12, Indels: 6
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
125 20 0.20
126 56 0.57
127 23 0.23
ACGTcount: A:0.53, C:0.02, G:0.09, T:0.37
Consensus pattern (126 bp):
AAAATGCTAAAAATAAAATAGTTATAAAAAATATTGAATTTAATTAAATAAAAATAGAATTTTTA
ATAAAATAAAACTGTAAAAGTTTAAAAATGACATTTAAGAAATATATTTAATTAAAATAGT
Found at i:5595 original size:12 final size:12
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Indices: 5564--5597 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 2.8 Consensus size: 12
5554 TTAAATTCAA
* *
5564 TATTTTTATAAC
1 TATTTTTTTTAC
5576 TATTTTTTTTAC
1 TATTTTTTTTAC
5588 TATTTTTTTT
1 TATTTTTTTT
5598 GAATTATCTT
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 20 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.06, G:0.00, T:0.74
Consensus pattern (12 bp):
TATTTTTTTTAC
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Indices: 5909--5988 Score: 79
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5899 CTCATTTTTT
* * * *
5909 AAACGTAAGGGATTAATTTGTCCCGAAAA
1 AAACATAAGAGATTATTTTGTCCCAAAAA
* *
5938 AAATATAAGGGATTATTTTGTCCCAAAAGCA
1 AAACATAAGAGATTATTTTGTCCCAAAA--A
*
5969 AAACATAAGAGATTTTTTTG
1 AAACATAAGAGATTATTTTG
5989 GGTATTTAGC
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 7, Indels: 2
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
29 24 0.57
31 18 0.43
ACGTcount: A:0.41, C:0.11, G:0.17, T:0.30
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AAACATAAGAGATTATTTTGTCCCAAAAA
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Alignment explanation
Indices: 6040--6729 Score: 992
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6030 ACAAATAATG
* *
6040 GAAAAACGATATCGGAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTTGGGGTTGAATAATAAAGTTCTTC
1 GAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTCGGGGTTGAATAATAAAGTTCTTC
* *
6105 TGAGTATTGTTGCAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAA
66 TGAGTATTGTGGCAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
* *
6170 TCGTGTCTTAACTATCACGATTTTTAGTTAAAAACGCGTTCAGCAGCCCCGACTCAATTTTGCTT
131 TCGTGTATTAACCATCACGATTTTTA-TTAAAAACGCGTTCAGCAGCCCCGACTCAATTTTGCTT
* * * * *
6235 GATTTTTGGCGCAAAGGCTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTTAGCCACGATGGA
195 GATTGTTGACACAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTTAGCCACAATGGA
*
6300 TTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAAAAATAAATTTGAAAA
260 TTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAAAAATAAATTCGAAAA
6365 AAA-AAA
325 AAACAAA
* * * * *
6371 GAAAAACGATATTGGATGCGTGAAAAAGCATTTTAATTTTTCGGGGTTGAATAATATATTTTTTC
1 GAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTCGGGGTTGAATAATAAAGTTCTTC
* * * *
6436 TGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACATTTT-TGGTCAGTTTTTGTAAAATTTTAGCTGA
66 TGAGTATTGTGGC-AAAAATTGAGGAAAAAC-TTTTCGGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
* * * * *
6500 AATCGTGTATTAACCATCATGGTTTTT-TCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGC
129 AATCGTGTATTAACCATCACGATTTTTAT-TAAAAACGCGTTCAGCAGCCCCGACTCAATTTTGC
* * *
6564 TTGATTGTTGACACAAAGATTCCTTGAAATTTCTATATTCATCTAA-ACAAATCTTAGCCACAAT
193 TTGATTGTTGACACAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACA-AAATCTTAGCCACAAT
* *
6628 GGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGA
257 GGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAAAAATAAATTCGA
**
6693 AAAAAACATG
322 AAAAAACAAA
**
6703 GAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAA
1 GAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAA
6730 TATCACGGTT
Statistics
Matches: 318, Mismatches: 36, Indels: 9
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
330 2 0.01
331 224 0.70
332 88 0.28
333 4 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (331 bp):
GAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTTTCGGGGTTGAATAATAAAGTTCTTC
TGAGTATTGTGGCAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
TCGTGTATTAACCATCACGATTTTTATTAAAAACGCGTTCAGCAGCCCCGACTCAATTTTGCTTG
ATTGTTGACACAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACAAAATCTTAGCCACAATGGAT
TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAAAAATAAATTCGAAAAA
AACAAA
Found at i:7236 original size:547 final size:546
Alignment explanation
Indices: 6215--7260 Score: 1548
Period size: 547 Copynumber: 1.9 Consensus size: 546
6205 GCGTTCAGCA
** * * *
6215 GCCCCGACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCAAAGGCTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAAC
1 GCCCCGACTCAATTTTGCAAGATTTTTGGAGCAAAGACTCCTTAAAATATCTATAGTCATCTAAC
* * *
6280 AAAATCTTAGCCACGATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTA
66 AAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCAATTTA
* * * *
6345 ATTAAAAATAAATTTGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTGGATGCGTGAAAAAGCATTTTAATTT
131 ATTAAAAATAAATTCGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTT
** * * * *
6410 TTCGGGGTTGAATAATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACATTTTTGG
196 TTCAAGGTTGAATAATATATTTTTTCAGAATACTGTGGAAAAAAATTGAGGAAAAACATTTTTGG
* **
6475 TCAGTTTTTGTAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTATTAACCATCATGGTTTTTTCTAAAAACGCGT
261 TCAGTTTTTGAAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTATTAACCATCATGGTTTTTTCTAAAAACGCGT
* * * * *
6540 TCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTGTTGACACAAAGATTCCTTGAAATTTCTATATTCA
326 TCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTAATTGTTGACACAAAGACTCCTTCAAATATCCATATTCA
* * * * *
6605 TCTAAACAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTC
391 TCTAAACAAATCTTAGCCACAACGGATATAAGGATTTATTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTC
*
6670 GATTTAATTAAAAATAAATTCGAAAAAAACATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATATCA
456 GATCTAATTAAAAATAAATTCG-AAAAAA-ATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATATCA
6735 CGGTTTTTGACAAAAAAGGCGTTTCAGG
519 CGGTTTTTGACAAAAAAGGCGTTTCAGG
* *
6763 GCCCCGGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTGGAAG-AAAGACTCC-TAGAAATATCTATAGTCATCTA
1 GCCCCGACTCAATTTTGCAAGATTTTTGG-AGCAAAGACTCCTTA-AAATATCTATAGTCATCTA
* *
6826 ACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATT
64 ACAAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCAATT
**
6891 TAA-TAAAAATAAATTCG-AAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCATTTTAAT
129 TAATTAAAAATAAATTCGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCATTTTAAT
* *
6954 TTTTCAATGTTGAATAATATATTTTTTCAGAATACTGTGGAAAAAAATTTAGGAAAAAC-TTTTT
194 TTTTCAAGGTTGAATAATATATTTTTTCAGAATACTGTGGAAAAAAATTGAGGAAAAACATTTTT
7018 GGGTCAGTTTTTGAAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTATTAACCATCACT-GTTTTTTGCTAAAAA
259 -GGTCAGTTTTTGAAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTATTAACCATCA-TGGTTTTTT-CTAAAAA
* * * **
7082 CGC-TATCCGGAGTCCCGGCTCAATTTTGCTTAATTTTTGGCTGAAAGACTCCTTCAAATATCCA
321 CGCGT-TCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTAATTGTTGACACAAAGACTCCTTCAAATATCCA
*
7146 TATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACAACGGATATAAGGATTTATTTTTACAAGCATCTGAATCT
385 TATTCATCTAAACAAATCTTAGCCACAACGGATATAAGGATTTATTTTTACAAGCATCTGAATCT
*
7211 TGTTTCGATCTAATTAAAAATAAATTCGAAAAAAATTGAAAAACGATATT
450 TGTTTCGATCTAATTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGATATT
7261 GGTAGCGTGA
Statistics
Matches: 445, Mismatches: 47, Indels: 15
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
545 20 0.04
546 149 0.33
547 161 0.36
548 114 0.26
549 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (546 bp):
GCCCCGACTCAATTTTGCAAGATTTTTGGAGCAAAGACTCCTTAAAATATCTATAGTCATCTAAC
AAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCAATTTA
ATTAAAAATAAATTCGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTT
TTCAAGGTTGAATAATATATTTTTTCAGAATACTGTGGAAAAAAATTGAGGAAAAACATTTTTGG
TCAGTTTTTGAAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTATTAACCATCATGGTTTTTTCTAAAAACGCGT
TCCGGAGCCCCGGCTCAATTTTGCTTAATTGTTGACACAAAGACTCCTTCAAATATCCATATTCA
TCTAAACAAATCTTAGCCACAACGGATATAAGGATTTATTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTC
GATCTAATTAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAATATCACG
GTTTTTGACAAAAAAGGCGTTTCAGG
Found at i:7870 original size:332 final size:328
Alignment explanation
Indices: 6763--7875 Score: 1564
Period size: 330 Copynumber: 3.4 Consensus size: 328
6753 GCGTTTCAGG
* ** ** ** *
6763 GCCCCGGCTCAGTTTTGCAAGATTTTTGGAAGAAAGACTCCTAGAAATATCTATAGTCATCTAAC
1 GCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCCGAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAAC
* *
6828 CAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTA
66 CAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
* *
6893 A-TAAAAATAAATTCGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCATTTTAATTTT
131 ATTAAAAATAAATTCGAAAAAAAT-TAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAA-CATTTTAATTTT
** * * * * *
6957 TCAATGTTGAATAATATA-TTTTTTCAGAATACTGTGG-AAAAAAATTTAGGAAAAACTTTTTGG
194 TCAGGGTTGAATAATATAGTTTTCT-A-AGTATTGTGGCAAAAAAA-TGAGGAAAAACTTTTCGG
*
7020 GTCAGTTTTTGAAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTATTAACCATCACTGTTTTTTGCTAAAAACGC
256 GTCAGTTTTTGAAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACTGTTTTTTGCTAAAAACGC
7085 -TATCCGGA
321 GT-TCCGGA
* * * *
7093 GTCCCGGCTCAATTTTGCTTAATTTTTGGCTGAAAGACTCCTTCAAATATCCATATTCATCTAAC
1 GCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCCGAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAAC
* * * * *
7158 CAAATCTTAGCCACAACGGATATAAGGATTTATTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATCTA
66 CAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
* *
7223 ATTAAAAATAAATTCGAAAAAAATTGAAAAACGATATTGGTAGCGTGAAAATCCATTTTAATTTT
131 ATTAAAAATAAATTCGAAAAAAATT-AAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAA-ACATTTTAATTTT
* * *
7288 TCAGGGTTGAATAATATAGTTCTTCTGAGTATTGTGGC-AAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGAGT
194 TCAGGGTTGAATAATATAGTT-TTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAATGAGGAAAAACTTTTCGGGT
* *
7352 CAGTTTTTGCAAAATTTTATCCGAAATCGTGTATT-ACCATCACTGTTTTTTGGCTAAAAACGCG
258 CAGTTTTTGAAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACTGTTTTTT-GCTAAAAACGCG
7416 TTCCGGA
322 TTCCGGA
*
7423 GCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGG-CGCAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCGT-TAA
1 GCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCCG-AAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCT-A
*
7486 ACCAAATCTTAGTCACAATGGATTTAAGGATTTG-TTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATT
64 ACCAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATT
7550 TAATTAAAAATAAATTCGAAGAAAAAAAAATTAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACATTTTA
129 TAATTAAAAATAAATTC---G--AAAAAAATTAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACATTTTA
** *
7615 ATTTTTTTGGGTTGAATAATATAGATTATCTAAGTATTGTGGCAAAAAAATGAGGAAAAACTTTT
189 ATTTTTCAGGGTTGAATAATATAG-TTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAATGAGGAAAAACTTTT
* *
7680 CGGGTCAGTTTTCGAAAAATTTTAGACGAAATCGTGTATTAACCATCACTG-TTTTTGCTAAAAA
253 CGGGTCAGTTTTTGAAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACTGTTTTTTGCTAAAAA
*
7744 CGCGTTCGGGA
318 CGCGTTCCGGA
*
7755 G-CACGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCCGAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAAC
1 GCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCCGAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAAC
* *
7819 CAAATCTTTGCCACAATGGATTTAAGTATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
66 CAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
Statistics
Matches: 698, Mismatches: 64, Indels: 40
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
329 63 0.09
330 263 0.38
331 172 0.25
332 92 0.13
333 89 0.13
334 19 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (328 bp):
GCCCCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCCGAAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCATCTAAC
CAAATCTTAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
ATTAAAAATAAATTCGAAAAAAATTAAAAACGATATTGGAAGCGTGAAAAACATTTTAATTTTTC
AGGGTTGAATAATATAGTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAATGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAG
TTTTTGAAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACTGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCC
GGA
Done.